小松﨑 民樹コマツザキ タミキresearchmap個人ページ

更新日 : 2017/09/19

基本情報

プロフィール

所属部署名
電子科学研究所 附属社会創造数学研究センター
職名教授 
学位
博士(理学)(総合研究大学院大学(分子科学研究所))
メールアドレス
ホームページURLhttp://mlns.es.hokudai.ac.jp/
科研費研究者番号

研究キーワード

時系列解析 データマイニング 生体情報 非平衡・非線形物理学 統計物理学 化学物理 生物物理 化学反応 分子動力学 タンパク質・核酸の構造・動態・機能 フォールディング 1分子計測・操作 非平衡・複雑系

研究分野

物理学 / 数理物理・物性基礎
物理学 / 生物物理・化学物理
基礎化学 / 物理化学
生物科学 / 生物物理学
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物理学 / 数理物理・物性基礎
物理学 / 生物物理・化学物理
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生物科学 / 生物物理学

所属学協会

日本化学会
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強光子場科学研究懇談会
WATOC(World Association of Theoretically Oriented Chemists)
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研究活動

論文

Variable Cell Growth Yields Reproducible OrganDevelopment through Spatiotemporal Averaging.
Hong L, Dumond M, Tsugawa S, Sapala A, Routier-Kierzkowska AL, Zhou Y, Chen C, Kiss A, Zhu M, Hamant O, Smith RS, Komatsuzaki T, Li CB, Boudaoud A, Roeder AH
Developmental cell 38(1) 15-32 2016年07月
Extracting Subcellular Fibrillar Alignment with Error Estimation: Application to Microtubules.
Tsugawa S, Hervieux N, Hamant O, Boudaoud A, Smith RS, Li CB, Komatsuzaki T
Biophysical journal 110(8) 1836-1844 2016年04月
Deciphering Time Scale Hierarchy in Reaction Networks.
Nagahata Y, Maeda S, Teramoto H, Horiyama T, Taketsugu T, Komatsuzaki T
The journal of physical chemistry. B 120(8) 1961-1971 2016年03月
Kinetic Analysis for the Multistep Profiles of Organic Reactions: Significance of the Conformational Entropy on the Rate Constants of the Claisen Rearrangement.
Sumiya Y, Nagahata Y, Komatsuzaki T, Taketsugu T, Maeda S
The journal of physical chemistry. A 119(48) 11641-11649 2015年12月
ATP hydrolysis assists phosphate release and promotes reaction ordering in F1-ATPase.
Li CB, Ueno H, Watanabe R, Noji H, Komatsuzaki T
Nature communications 6 10223 2015年12月
Mechanism and Experimental Observability of Global Switching Between Reactive and Nonreactive Coordinates at High Total Energies.
Teramoto H, Toda M, Takahashi M, Kono H, Komatsuzaki T
Physical review letters 115(9) 093003 2015年08月
Error-based extraction of states and energy landscapes from experimental single-molecule time-series.
Taylor JN, Li CB, Cooper DR, Landes CF, Komatsuzaki T
Scientific reports 5 9174 2015年03月
Diversity in ATP concentrations in a single bacterial cell population revealed by quantitative single-cell imaging.
Yaginuma H, Kawai S, Tabata KV, Tomiyama K, Kakizuka A, Komatsuzaki T, Noji H, Imamura H
Scientific reports 4 6522 2014年10月
Local-heterogeneous responses and transient dynamics of cage breaking and formation in colloidal fluids.
Nag P, Teramoto H, Li CB, Terdik JZ, Scherer NF, Komatsuzaki T
The Journal of chemical physics 141(10) 104907 2014年09月
Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis.
Shuang B, Cooper D, Taylor JN, Kisley L, Chen J, Wang W, Li CB, Komatsuzaki T, Landes CF
The journal of physical chemistry letters 5(18) 3157-3161 2014年09月
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Variable Cell Growth Yields Reproducible OrganDevelopment through Spatiotemporal Averaging.
Hong L, Dumond M, Tsugawa S, Sapala A, Routier-Kierzkowska AL, Zhou Y, Chen C, Kiss A, Zhu M, Hamant O, Smith RS, Komatsuzaki T, Li CB, Boudaoud A, Roeder AH
Developmental cell 38(1) 15-32 2016年07月
Extracting Subcellular Fibrillar Alignment with Error Estimation: Application to Microtubules.
Tsugawa S, Hervieux N, Hamant O, Boudaoud A, Smith RS, Li CB, Komatsuzaki T
Biophysical journal 110(8) 1836-1844 2016年04月
Deciphering Time Scale Hierarchy in Reaction Networks.
Nagahata Y, Maeda S, Teramoto H, Horiyama T, Taketsugu T, Komatsuzaki T
The journal of physical chemistry. B 120(8) 1961-1971 2016年03月
Kinetic Analysis for the Multistep Profiles of Organic Reactions: Significance of the Conformational Entropy on the Rate Constants of the Claisen Rearrangement.
Sumiya Y, Nagahata Y, Komatsuzaki T, Taketsugu T, Maeda S
The journal of physical chemistry. A 119(48) 11641-11649 2015年12月
ATP hydrolysis assists phosphate release and promotes reaction ordering in F1-ATPase.
Li CB, Ueno H, Watanabe R, Noji H, Komatsuzaki T
Nature communications 6 10223 2015年12月
Mechanism and Experimental Observability of Global Switching Between Reactive and Nonreactive Coordinates at High Total Energies.
Teramoto H, Toda M, Takahashi M, Kono H, Komatsuzaki T
Physical review letters 115(9) 093003 2015年08月
Error-based extraction of states and energy landscapes from experimental single-molecule time-series.
Taylor JN, Li CB, Cooper DR, Landes CF, Komatsuzaki T
Scientific reports 5 9174 2015年03月
Diversity in ATP concentrations in a single bacterial cell population revealed by quantitative single-cell imaging.
Yaginuma H, Kawai S, Tabata KV, Tomiyama K, Kakizuka A, Komatsuzaki T, Noji H, Imamura H
Scientific reports 4 6522 2014年10月
Local-heterogeneous responses and transient dynamics of cage breaking and formation in colloidal fluids.
Nag P, Teramoto H, Li CB, Terdik JZ, Scherer NF, Komatsuzaki T
The Journal of chemical physics 141(10) 104907 2014年09月
Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis.
Shuang B, Cooper D, Taylor JN, Kisley L, Chen J, Wang W, Li CB, Komatsuzaki T, Landes CF
The journal of physical chemistry letters 5(18) 3157-3161 2014年09月
Non-Markovian properties and multiscale Hidden Markovian Network Buried in Single Molecule Time Series
Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, and Tamiki Komatsuzaki
The Journal of Chemical Physics 139 245101-245101-12 2013年12月
Spatio-temporal hierarchy in the dynamics of a minimalist protein model
Yasuhiro Matsunaga, Akinori Baba, Chun Biu Li, John Straub, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki and R. Stephen Berry
The Journal of Chemical Physics 139 215101-215101-13 2013年12月
Reactivity boundaries for chemical reactions associated with higher index and multiple saddles
Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Shinnosuke Kawai, Tamiki Komatsuzaki
Physical Review E 88(4) 42923-42923-11 2013年10月
Detecting invariant manifolds as stationary Lagrangian coherent structures in autonomous dynamical systems
Hiroshi Teramoto, George Haller and Tamiki Komatsuzaki
Chaos 23 043107-043107-12 2013年10月
Aggregated Markov Model Using Time Series of Single Molecule Dwell Times with Minimum Excessive Information
Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
Physical Review Letter 111 058301-058301-5 2013年08月
Reactivity Boundaries to Separate the Fate of a Chemical Reaction Associated with an Index-two saddle
Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Shinnosuke Kawai, Tamiki Komatsuzaki
Physical Review E 87(6) 062817-062817-4 2013年06月
Numerical Construction of Estimators for single-molecule fluorescence measurements
Shinnosuke Kawai, David Cooper, Christy F. Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, and Tamiki Komatsuzaki
The Journal of Physical Chemistry B 117(27) 8061-8074 2013年06月
Effect of Timescale on Energy Landscape: Distinction between Free Energy Landscape and Potential of Mean Force
Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki
Physical Review E (Rapid Communication) 87(3) 030803-030803-4 2013年03月
Time-Resolved Single Molecule Fluorescence Spectroscopy of an α-Chymotrypsin Catalyzed Reaction
Tatyana Terentyeva, Johan Hofkens, Tamiki Komatsuzaki, Kerstin Blank, Chun-Biu Li
Journal of Physical Chemistry B 117(5) 1252-1260 2013年01月
力学的決定性と統計性の中間領域を探る IV
小松崎民樹、戸田幹人
物性研究 1(3) 2012年11月
Laser Control of Chemical Reactions by Phase Space Structures
Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki
Bulletin of the Chemical Society of Japan  85(8) 854-861 2012年07月
Long-term observation of fluorescence of free single molecules to explore protein-folding energy landscapes
Kiyoto Kamagata, Toshifumi Kawaguchi, Yoshitomo Iwahashi, Akinori Baba, Kazuya Fujimoto, Tamiki Komatsuzaki, Yoshihiro Sambongi, Yuji Goto and Satoshi Takahashi
Journal of American Chemical Society 134(28) 11525-11532 2012年

書籍

Dynamics of Chemical Reaction around a Saddle Point - What divides reacting and non-reacting trajectories?
Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki
RSC Publishing 2013年11月
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Dynamics of Chemical Reaction around a Saddle Point - What divides reacting and non-reacting trajectories?
Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki
RSC Publishing 2013年11月

講演・口頭発表等

複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出
永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
分子個性と少数性
小松崎 民樹
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
Dynamical heterogeneity and dynamics of cage breaking and formation in colloidal fluids
Nag Preetom, Teramoto Hiroshi, Li Chun-Biu, Komatsuzaki Tamiki
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出
永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
第8回分子科学討論会 2014年09月 
少数性の生物学において顕在化する分子個性
小松崎 民樹
日本物理学会2014年秋季大会 2014年09月 
正準変換摂動理論の有効領域の拡張法とそれによる振動子間の非線系共鳴によるエネルギー移動の解明
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
日本物理学会2014年秋季大会 2014年09月 
複雑分子系に埋め込まれた時間階層構造が映す化学分野の“非常識”
永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2014年度 秋のワークショップ」 2014年09月 
非線形時系列解析による分子の振動エネル ギー移動の解析
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
北大理論化学合同Workshop 2014年09月 
F1 分子モーターにおける温度依存性の高い反応段階について
田宮 裕治、Chun-Biu Li、渡邉力也、野地博行、小松崎民樹
北大理論化学合同Workshop 2014年09月 
数学の力で読み解く一分子時系列〜F1分子モーターを題材として〜
田宮 裕治、Chun-Biu Li、渡邉力也、野地博行、小松崎民樹
第54回 生物物理若手の会 夏の学校 2014年08月 
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複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出
永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
分子個性と少数性
小松崎 民樹
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
Dynamical heterogeneity and dynamics of cage breaking and formation in colloidal fluids
Nag Preetom, Teramoto Hiroshi, Li Chun-Biu, Komatsuzaki Tamiki
第52回日本生物物理学会年会 2014年09月 
複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出
永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
第8回分子科学討論会 2014年09月 
少数性の生物学において顕在化する分子個性
小松崎 民樹
日本物理学会2014年秋季大会 2014年09月 
正準変換摂動理論の有効領域の拡張法とそれによる振動子間の非線系共鳴によるエネルギー移動の解明
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
日本物理学会2014年秋季大会 2014年09月 
複雑分子系に埋め込まれた時間階層構造が映す化学分野の“非常識”
永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2014年度 秋のワークショップ」 2014年09月 
非線形時系列解析による分子の振動エネル ギー移動の解析
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
北大理論化学合同Workshop 2014年09月 
F1 分子モーターにおける温度依存性の高い反応段階について
田宮 裕治、Chun-Biu Li、渡邉力也、野地博行、小松崎民樹
北大理論化学合同Workshop 2014年09月 
数学の力で読み解く一分子時系列〜F1分子モーターを題材として〜
田宮 裕治、Chun-Biu Li、渡邉力也、野地博行、小松崎民樹
第54回 生物物理若手の会 夏の学校 2014年08月 
複雑分子系における構造異性化反応ネットワークの理解に向けて
永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
第17回理論化学討論会 2014年05月 
生体分子と水の過渡的な集団運動の抽出
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
第17回理論化学討論会 2014年05月 
ノイジーなFRETデータから多重経路を考慮に入れた自由エネルギー地形を抽出する
小松崎 民樹
理研シンポジウム:細胞システムの動態と論理Ⅵ 2014年04月 
タンパク質一分子計測から得られたマルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて
永幡裕,寺本央,Chun-Biu Li,小松崎民樹
日本物理学会 第69回年次大会 2014年03月 
パターン形成における本質的な高次相関情報量の抽出
宮川尚紀,寺本央,河合信之輔,李振風,小松崎民樹
日本物理学会 第69回年次大会 2014年03月 
Dynamical heterogeneity and cage breaking dynamics in colloidal fluids in terms of Lagrangian Coherent structures (LCSs)
寺本央、Preetom Nag、Chun Biu Li、小松崎民樹
2013 年度日本生物物理学会北海道支部例会 2014年03月 
タンパク質の時系列から得られたMarkov連鎖の解析に向けて:グラフの分割とクラスタリングで定義する複雑な化学反応における状態とその時間階層構造
永幡 裕, 堀山 貴史, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
2013 年度日本生物物理学会北海道支部例会 2014年03月 
Extracting coherent dynamics in colloidal fluids in terms of Lagrangian Coherent structures (LCSs)
Teramoto Hiroshi, Nag Preetom, Li Chun-Biu, Komatsuzaki Tamiki
International Life-Science Symposium 2014年03月 
少数分子反応ネットワーク理論の構築
冨樫 祐一,小松崎 民樹,李 振風,寺本 央,新海 創也小松崎 民樹
新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議 2014年02月 
生体分子と水の過渡的な協同運動の抽出
寺本 央、戸田幹人、小松崎民樹
新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議 2014年02月 
Constructing Kinetic Scheme Objectively from Dwell-Time Time Series with Exact Information Content
Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議 2014年02月 
Extracting the Underlying Free Energy Landscape Buried in Photon-by- Photon based Single-Molecule Measurements
J. Nick Taylor, Chun-Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議 2014年02月 
コロイド流体の動的協同運動のLagrangian Coherent Structureによる抽出
寺本央、Preetom Nag、Chun Biu Li、小松崎民樹
北海道大学電子科学研究所平成25年度研究交流会 2014年01月 
タンパク質一分子の計測から得られた定常マルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて
永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2013年度 秋のワークショップ」 2013年11月 
スペクトル解析による生体分子の構造転移モードの解析
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
第1回アライアンス若手研究交流会~計算・計測・合成の融合~ 2013年11月 
タンパク質一分子の計測から得られた定常マルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて
永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2013年度 秋のワークショップ」 2013年11月 
分子個性(Dynamic disorder):一分子生物学から産まれた新しい概念?
小松崎 民樹
第2回バイオ単分子研究会 2013年11月 
力学系をみる二つの視点:軌道と分布の描像、の関係
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
関東力学系セミナー 2013年11月 
An Information-Theoretical approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series
J. Nick Taylor, Li Chun-Biu, Kawai Shinnosuke, Komatsuzaki Tamiki
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
Quantifying the absolute ATP concentration inside single bacteria cells
Hideyuki Yaginuma, Shinnosuke Kawai, Keisuke Tomiyama, Kazuhito V. Tabata, Tamiki Komatsuzaki, Hiromi Imamura, Hiroyuki Noji
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
Coherent dynamics in colloidal fluids in terms of Lagrangian coherent structures (LCS)
Nag Preetom, Teramoto Hiroshi, Li Chun-Biu, Komatsuzaki Tamiki
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
分子イメージングから要素間の高次相互作用の定量化に向けて
小松崎 民樹
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
一分子時系列から抽出されたマルコフ連鎖 定常ネットワーク における遷移確率が“最小”となる分子の“状態”の同定
永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
A Multiscale Kinetic Scheme Extracted from EGFR-Grb2 Single Molecule Reaction
Sultana Tahmina, Takagi Hiroaki, Morimatsu Miki, Teramoto Hiroshi, Li Chun-Biu, Sako Yasushi, Komatsuzaki Tamiki
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月 
Dynamic Disorder 再考:解析の虚実
小松崎 民樹
研究会「理論と実験」2013 2013年10月 
天文学から生まれたカオスと化学動力学の出会い
小松崎 民樹
Symposium on Cross-Talk between Chemistry and Planetary Sciences 2013年10月 
個々の軌道の振舞いとその集団分布の振舞いの関係~一軌道レベルでのスペクトル解析法とそれによる溶質分子と水の協同運動の抽出~
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
第36回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム 2013年10月 
定常マルコフ連鎖から階層構造を抽出する際に生じる組み合わせ爆発
永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
湊離散構造処理系プロジェクト ERATO セミナー 2013年10月 
反応座標切替機構の量子的兆候
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
第7回分子科学討論会2013京都 2013年09月 
時間スケールに依存して変化する実効自由度とエネルギー地形
河合 信之輔,寺本 央,小松崎 民樹
第7回分子科学討論会2013京都 2013年09月 
反応の運命を分ける反応性境界: 定義の一般化とH5+プロトン移動反応における反応性境界の抽出
永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 河合 信之輔, 小松崎 民樹
第7回分子科学討論会2013京都 2013年09月 
Identifying the most distinct disjoint sets to extract hierarchical structure in Markov chain steady state network extracted from time series by finding “minimum” transition probability
Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry 2013年08月 
Information of multi-order correlation in pattern formation
Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto , Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry 2013年08月 
Co-operative motion in colloidal fluids in terms of Lagrangian Coherent Structures(LCS)
Nag Preetom, Hiroshi Teramoto , Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry 2013年08月 
Toward System Molecular Biology & Data Science
小松崎 民樹
A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry 2013年08月 
確率の起源:偶然と必然の原理
小松崎 民樹
第1回少数性生物学トレーニングコース 2013年08月 
実験データからノイズを取り除き背後の物理量を評価する方法
河合信之輔・David Cooper・Christy Landes・Henning D. Mootz・Haw Yang・小松崎民
日本化学会北海道支部2013年夏季研究発表会 2013年07月 
2つの反応方向を持つサドルにおける化学反応:行先・起源を分ける反応性境界の抽出
永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 河合 信之輔, 小松崎 民樹
日本化学会北海道支部2013年夏季研究発表会 2013年07月 
データ駆動型モデリングと一分子動態解析における虚実
小松崎 民樹
日本顕微鏡学会第69回学術講演会 2013年05月 
階層性と多様性を内包する生命動態システムの解析基盤創成
小松崎 民樹、Chun Biu Li、寺本央、河合信之輔、James N. Taylor
平成24年度アライアンス成果報告会 2013年04月 
生体分子と水の過渡的な協同運動の抽出
寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
日本物理学会 第69回年次大会 2013年03月 
Capturing Full Information Contents from Single Molecule Dwell-time Time Series with Minimum Excessive Information
Chun Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
The Physical Society of Japan (JPS) 2013 (68th) Annual Meeting 2013年03月 
任意の確率分布に対する推定量の数値的構成
河合 信之輔、David Cooper、Christy landes、Henning D. Mootz、Haw Yang、小松崎 民樹
日本物理学会第68回年次大会 2013年03月 
法双曲的不変多様体崩壊の量子的兆候
寺本 央・戸田 幹人・小松崎 民樹
日本物理学会第68回年次大会 2013年03月 
Stationary Lagrangian Coherent Structureによる化学反応動力学の理解
寺本 央・戸田 幹人・小松崎 民樹
日本化学会第93春季年会(2013) 2013年03月 
Multiscale Hidden Markovian Network Buried in Recognition Reaction of EGFR and Grb2.
Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako and Tamiki Komatsuzaki
2012年度 日本生物物理学会北海道支部例会 2013年03月 
1分子データをどれだけ正しく読み取れるか?
小松崎 民樹
「物質・デバイス領域共同研究拠点」[B-1]公開シンポジウム 2013年02月 
Toward Deciphering Molecular Individuality in sSystems Biology
小松崎 民樹
French-Japanese Seminar on "Bioinspired Methods and Applications" 2013年02月 
多自由度化学反応系の本質部分を記述する少数自由度の抽出
河合信之輔・寺本央・小松崎民樹
化学系学協会北海道支部2013年冬季研究発表会 2013年01月 
2つの反応方向をもつサドルにおける化学反応:反応の運命を分ける反応性境界の抽出
永幡裕・寺本央・李振風・河合信之輔・小松崎民樹
化学系学協会北海道支部2013年冬季研究発表会 2013年01月 
一分子時系列から掘り起こす多次元自由エネルギー地形の情報理論的構成法の開発
千葉勇太・河合信之輔・馬場昭典・寺本央・李振風・小松崎民樹
化学系学協会北海道支部2013年冬季研究発表会 2013年01月 
蛋白質機能に対するデータ駆動的モデリング
小松崎 民樹
東北大学 原子分子材料科学高等研究機構 Half-day workshop 2013年01月 
Toward deciphering molecular individuality in systems biology
Chun Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
Gordon Research Conferences, Stochastic Physics in Biology 2013年01月 
Let Single Molecule Time Series Tell for Itself: Energy Landscape and Complex Network
小松崎 民樹
4th France-Japan Joint Seminar "Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells – an overview of dynamics from molecules to cells -" 2013年01月 
一分子酵素反応実験におけるDynamic disorderの起源
小松崎 民樹
第85回日本生化学会大会 2012年12月 
Extracting Quasi Normally Repelling Material Surface by Re-formulating Variational Lagrangian Coherent Structure (LCS) Theory
Preetom Nag, Hiroshi Teramoto, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzak
The 13th RIES-Hokudai International Symposium  2012年12月 
Effect of Time Scales on the Essential Dimensionality of a Dynamical System
Shinnosuke Kawai, Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
The 13th RIES-Hokudai International Symposium 2012年12月 
.Extracting cooperative mode of water and peptide in terms of a local Green function
Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
The 13th RIES-Hokudai International Symposium  2012年12月 
Deciphering complex hierarchical living systems in single molecule biology
小松崎 民樹
2nd Discussion Symposium on Artificial Life and Biomimetic Functional Materials 2012年12月 
Modeling Single Molecule Kinetics Objectively from Dwell-time time series
Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
International Workshop on Quantitative Biology 2012 2012年11月 
1分子時系列情報から読み解く反応ネットワーク:分子動態を多階層な複雑ネット ワークのなかでどう議論できるか?
小松崎 民樹
文部科学省「物質・デバイス領域共同研究拠点」第2回複雑系数理とその応用に関するシンポジウム 2012年11月 
Toward deciphering reality of molecular dynamics in systems biology
小松崎 民樹
RIES - CIS Joint Symposium 2012年10月 
Exploring the Operating Principles and Cooperative Motions from Single F1-ATPase Time Series
Chun Biu LI, Tamiki Komatsuzaki
Paradigm Innovation in Biology: novel strategy and thinking 2012年10月 
Construction of "Optimal" Estimators for Arbitrary Probability Distributions
Shinnosuke Kawai, Tamiki Komatsuzaki
Paradigm Innovation in Biology: novel strategy and thinking 2012年10月 
Theories should meet measurements: What Can We Extract from Time Data?
小松崎 民樹
Paradigm Innovation in Biology: novel strategy and thinking 2012年10月 
過剰情報量を最小にする反応スキーム
小松崎 民樹
研究会「理論と実験」2012 2012年10月 
一分子酵素反応実験におけるDynamic disorder解釈の虚実:我々は何を観ているのか?
小松崎 民樹
生理学研究所研究会「超階層シグナル伝達研究の新展開」 2012年10月 
遷移状態とは何か-鞍点の周辺で起こる運動とその制御
河合 信之輔、小松崎 民樹
シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2012」 2012年09月 
複雑分子系を読み解くための新しい1分子理論
Chun Biu Li, 小松崎 民樹
第6回分子科学討論会 2012年09月 
高次ランクサドルを含めた化学反応ダイナミクスにおける反応の境界
永幡 裕、河合 信之輔、寺本 央、Chun-Biu Li、小松崎 民樹
第6回分子科学討論会 2012年09月 
A novel computational procedure for locating Lagrangian coherent structure(LCS) from Variational LCS theory.
Preetom Nag,Hiroshi Teramoto,Chun Biu Li,Tamiki Komatsuzaki
The Physical Society of Japan (JPS) 2012 Fall Meeting  2012年09月 
反変Lyapunovベクトルを用いた法反発的不変面の構成法
寺本央,George Haller,小松崎民樹
日本物理学会 2012年秋季大会 2012年09月 
凝縮相ダイナミクスにおける時間スケールのエネルギー地形への影響
河合 信之輔、小松崎 民樹
第6回分子科学討論会 2012年09月 
Constructing unbiased estimators for arbitrary probability distribution
Kawai, S., Mootz, H.D., Yang, H., Komatsuzaki, T.
HFSP 12th Annual Awardees Meeting 2012年07月 
Transition States and Reaction Coordinates in Complex Systems
小松崎 民樹
Searching for Reaction Coordinates and Order Parameters 2012年06月 
Theories Should Meet Experiments: What Can We Extract from Time Series Data?
小松崎 民樹
Characterizing Landscapes: From Biomolecules to Cellukar Networks 2012年06月 
Extracting Boundary of Reaction Associated with an Index-two-saddle from a Two Degree-of-Freedom System
NAGAHATA Yutaka; TERAMOTO Hiroshi, LI, Chun-Biu; KAWAI Shinnosuke; KOMATSUZAKI Tamiki
28th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics 2012年06月 
一分子酵素反応の動態解析における虚実:我々は何を観ているのか?
小松崎 民樹
細胞システムの動態と論理IV  2012年04月 
一分子反応の動態解析における虚実:我々は何を観ているのか?
小松崎 民樹
最先端研究開発支援プログラム「1分子解析技術を基盤とした革新ナノバイオデバイスの開発研究-超高速単分子DNAシークエンシング、超低濃度ウイルス検知、極限生体分子モニタリングの実現-」講演会 2012年04月 

競争的資金等の研究課題

蛋白質の折り畳み運動解明を目指した一分子観測法の確立-一分子観察実験のための新しいデータ解析手法の開発
生体分子機能および化学反応網における選択性と統計性のダイナミックス基盤の創生
1分子時系列情報に基づく反応ネットワーク構造の構成論とその複雑さ解析
蛋白質折り畳みにおける分子遷移のカオスと複雑性
多自由度カオスの相空間構造に基付く非平衡反応動力学の構築
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蛋白質の折り畳み運動解明を目指した一分子観測法の確立-一分子観察実験のための新しいデータ解析手法の開発
生体分子機能および化学反応網における選択性と統計性のダイナミックス基盤の創生
1分子時系列情報に基づく反応ネットワーク構造の構成論とその複雑さ解析
蛋白質折り畳みにおける分子遷移のカオスと複雑性
多自由度カオスの相空間構造に基付く非平衡反応動力学の構築

教育活動

主要な担当授業

物理学Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 運動、力、運動の法則、仕事、エネルギー、運動量、保存則、剛体、流体、単振動、音と光、干渉、回折
生命情報分子科学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 生物学データ解析、1分子生物学、エネルギー地形学、化学物理・生物物理、タンパク質、フォールディング、機能
生命融合科学概論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学
生命融合科学概論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 理工系大学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学
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物理学Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 運動、力、運動の法則、仕事、エネルギー、運動量、保存則、剛体、流体、単振動、音と光、干渉、回折
生命情報分子科学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 生物学データ解析、1分子生物学、エネルギー地形学、化学物理・生物物理、タンパク質、フォールディング、機能
生命融合科学概論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学
生命融合科学概論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 理工系大学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学
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生命情報分子科学特論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 生命科学院
キーワード : 生物学データ解析、1分子生物学、エネルギー地形学、化学物理・生物物理、タンパク質、フォールディング、機能Biological Data Mining, Single Molecules Biology, Energy Landscapes, Chemical Physics/Biological Physics, Proteins, Folding, Functions
生命融合科学概論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 生命科学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学【Key Words】Transdisciplinary Life Science, Bioinformation and Molecular Sciences, Biomaterials Science, Functional Cellular Sciences, Functional and Regulatory Life Sciences
生命融合科学概論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 理工系大学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学【Key Words】Transdisciplinary Life Science, Bioinformation and Molecular Sciences, Biomaterials Science, Functional Cellular Sciences, Functional and Regulatory Life Sciences
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ナノテクノロジー・ナノサイエンス概論Ⅰ
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 大学院共通科目
キーワード : タンパク質の折りたたみ、一分子蛍光分析、X線一分子計測、X線溶液散乱、核磁気共鳴
生化学特別講義Ⅰ
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 大学院共通科目
キーワード : 環境、ホスファターゼ、増殖
生化学特別講義Ⅱ
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 大学院共通科目
キーワード : 生殖、脂質生理機能
生命情報分子科学特論
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 生命科学院
キーワード : 1分子生物学、エネルギー地形学、化学物理・生物物理、タンパク質、フォールディング、機能Single Molecules Biology, Energy Landscapes, Chemical Physics/Biological Physics, Proteins, Folding, Functions
生命融合科学概論
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 生命科学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学【Key Words】Transdisciplinary Life Science, Bioinformation and Molecular Sciences, Biomaterials Science, Functional Cellular Sciences, Functional and Regulatory Life Sciences
生命融合科学概論
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 理工系大学院
キーワード : 生命融合科学、生命情報分子科学、生命物質科学、細胞機能科学、生命機能制御科学【Key Words】Transdisciplinary Life Science, Bioinformation and Molecular Sciences, Biomaterials Science, Functional Cellular Sciences, Functional and Regulatory Life Sciences

大学運営

学内役職歴

2017年04月
-
2019年03月
電子科学研究所附属社会創造数学研究センター長
2015年04月
-
2017年03月
電子科学研究所附属社会創造数学研究センター長
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2017年04月
-
2019年03月
電子科学研究所附属社会創造数学研究センター長
2015年04月
-
2017年03月
電子科学研究所附属社会創造数学研究センター長

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