研究者データベース

佐々木 隆太(ササキ リユウタ)
創成研究機構 グローバルファシリティセンター
特任助教

基本情報

所属

  • 創成研究機構 グローバルファシリティセンター

職名

    特任助教

学位

  • 博士(理学) (筑波大学)

研究活動情報

論文

その他活動・業績

  • 羽生 剛, 山根 久代, 佐々木 隆太, 矢野 健太郎, 藤井 浩, 清水 徳朗, 山本 俊哉, 田尾 龍太郎 Journal of the Japanese Society for Horticultural Science 83 (1) 1 -16 2014年 [査読無し][通常論文]
     
    永年性作物において越冬芽の休眠は,環境に適応するために進化した成長制御機構のひとつであり,かつ翌年の成長を左右する重要な農業形質のひとつである.芽の休眠には多くの遺伝的要因が関わるばかりでなく,多岐にわたる環境要因や樹勢,樹齢の影響もうけており,多くの遺伝子の発現制御が休眠に関与していると考えられる.そこで本研究では,休眠関与候補遺伝子の単離を目的に,カスタムマイクロアレイを用いたウメ休眠芽のトランスクリプトーム解析をおこなった.まず,我々が先行研究で獲得したウメ芽 EST 配列情報をもとに,ゲノム全体をできるだけ偏りなく網羅するように選びだした 58539 ユニジーンに相当するプローブを搭載したマイクロアレイを構築した.次いで,休眠覚醒を誘導する長期の低温処理を施したウメ休眠芽の遺伝子発現変動を調査した.その結果,有意に 2 倍以上発現が上方制御あるいは下方制御されるプローブが 2345 個あるいは 1059 個同定された.これらの変動遺伝子のなかには季節的な発現同調性がみられるものがあった.下方制御される遺伝子のなかには,先行研究で休眠への関与が示唆されている DORMANCY ASSOCIATED MADS-box が含まれており,上方制御される遺伝子にはリポキシゲナーゼが含まれていた.Parametricanalysis of gene set enrichment 解析の結果,長期の低温遭遇によってジャスモン酸やオキシリピン生合成・代謝の GO タームが有意に上昇し,概日リズムの GO タームが有意に減少した.これらの GO タームに含まれる遺伝子について定量 RT-PCR を行った結果,マイクロアレイで検出された発現変動パターンとほぼ同様であった.以上の結果より,本研究で構築したマイクロアレイはウメ休眠芽の網羅的な遺伝子発現解析に有効であることが示された.本実験では,ウメの休眠覚醒に関与する遺伝子ネットワークあるいは新規候補遺伝子の探索に活用した.
  • 山根 久代, 田尾 龍太郎, 大岡 智美, 上達 弘明, 佐々木 隆太, 米森 敬三 Journal of the Japanese Society for Horticultural Science 80 (3) 276 -283 2011年 [査読無し][通常論文]
     
    This study investigated the regulation of the seasonal expression of PpDAM5 and PpDAM6, two of the six peach (Prunus persica) dormancy-associated MADS-box genes, in relation to the endodormancy and development of lateral vegetative and flower buds of low- and high-chill peach cultivars. PpDAM5 and PpDAM6 were originally found as homologs of Arabidopsis SVP/AGL24 at the EVERGROWING (EVG) locus of peach and have been recently shown to be involved in lateral bud endodormancy. Seasonal expression analyses in this study indicated that PpDAM5 and PpDAM6 transcript levels in lateral vegetative buds of both low- and high-chill cultivars in the field negatively correlated with bud burst percentages determined under forcing conditions. Negative correlation was also found between their transcript levels and the flower organ enlargement rate. These results suggest that distinct seasonal expression patterns of PpDAM5 and PpDAM6 are correlated with a distinct chilling requirement for bud break and flowering of low- and high-chill cultivars. Characterization of the genomic structure of PpDAM5 and PpDAM6 revealed the presence of large insertions in the first introns of both PpDAM5 and PpDAM6 in low-chill peach. Alteration of the genomic structure is discussed with respect to the low-chill character.


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