研究者基本情報

• 博士（獣医学）, 東京大学

• https://researchmap.jp/JumpeiYamazaki

• https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201501084163706568
• https://kaken.nii.ac.jp/d/r/20732902.ja.html

• 20732902

• 201501084163706568

• 白血病
• 腫瘍
• 獣医内科学
• 分子生物学
• DNAメチル化
• エピジェネティクス

• ライフサイエンス, 獣医学, 臨床獣医学

• 学士課程, 獣医学部
• 博士課程, 獣医学院

研究活動情報

• 2017年02月, 第13回 日本獣医内科学アカデミー学術大会（JCVIM 2017）, 研究アワード（文永堂出版 JVM賞）
  イヌにおけるDNAメチル化ゲノムワイド解析法の樹立
  久本真也;山崎淳平;稲葉睦
• 2008年03月, 日本獣医学会, 第145回日本獣医学会 大会長賞
  イヌのリンパ腫における微小残存病変についての研究
  山崎淳平
• 2006年09月, The 16th European College of Veterinary Internal Medicine, Oral Abstract Presentation Award
  Quantification of minimal residual disease (MRD) using real-time polymerase chain reaction in canine lymphoma.
  山崎淳平

• Exploring DNA methylation profiles in blood samples of canine gastrointestinal lymphoma
  Miyuki Nakamura; Yuki Matsumoto; Masatoshi Nagata; Keiji Yasuda; Kei Yonekawa; Shigeki Muramatsu; Anna Goshima; Ryo Nakaki; Nozomu Yokoyama; Ko Nakashima; Masahiro Okumura; Jumpei Yamazaki
  PLOS One, 20, 12, e0339388, e0339388, Public Library of Science (PLoS), 2025年12月30日
  研究論文（学術雑誌）, Blood-based testing represents a valuable tool for the detection and monitoring of patient conditions in both human and veterinary medicine. When conventional tissue-based diagnosis is challenging, blood-derived measurements allow for minimally invasive testing. Recent studies across mammalian species, particularly in humans, have explored the use of DNA methylation from whole blood, revealing its potential to predict individual mortality and responses to environmental stresses. While it is well recognized that tumor lesions display altered epigenetic modifications across some mammalian species, little is known about how DNA methylation in blood, as an indirect tissue sample, reflects the status of individuals in dogs. In this study, we conducted whole genome bisulfite sequencing using whole blood samples from twenty dogs diagnosed with canine gastrointestinal lymphoma, which is a prevalent disease in dogs. Comparative analysis with non-lymphoma controls identified over one thousand differentially methylated regions (DMRs). To develop practical predictive models, we narrowed down the number of DMRs from the total identified to a feasible set of probes using machine learning, achieving high accuracy (0.8–0.9) in predicting lymphoma cases. Our research underscores the potential of utilizing DNA methylation from whole blood as predictors and establishes a foundational data infrastructure for genome-wide DNA methylation for canine health monitoring for future studies.
• Less-invasive age estimation using hair based on DNA methylation in brown bears
  Shiori Nakamura; Jumpei Yamazaki; Naoya Matsumoto; Kyogo Hagino; Hideyuki Sakamoto; Masami Yamanaka; Masanao Nakanishi; Mina Jimbo; Yojiro Yanagawa; Hideyuki Ito; Toshio Tsubota; Michito Shimozuru
  Scientific Reports, 15, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2025年12月29日
  研究論文（学術雑誌）
• Lysine lactylation regulates ATF4-mediated stress responses under glucose starvation in canine hemangiosarcoma
  Tamami Suzuki; Kazuki Heishima; Jumpei Yamazaki; Masaya Yamazaki; Ryohei Kinoshita; Sangho Kim; Kenji Hosoya; Yuko Okamatsu-Ogura; Michihito Sasaki; Peng Xu; Takashi Kimura; Qin Yan; Keisuke Aoshima
  Cold Spring Harbor Laboratory, 2025年08月13日
  Hemangiosarcoma (HSA) is a malignant endothelial tumor that occurs frequently in dogs but is rare in other species including humans. Due to its aggressive behavior and limited therapeutic options, patient prognosis is generally poor. Tumor cells produce excess lactate via anerobic glycolysis, and it regulate gene expressions through histone lactylation in response to cellular metabolic conditions. However, how histone lactylation affects biological behavior under glucose-limited conditions in HSA remains unknown. Here, we established canine HSA cell lines and patient-derived xenograft models and investigated the role of histone lactylation during glucose deprivation. HSA cells exhibited higher global histone lactylation levels than normal endothelial cells. Although glucose restriction reduced global histone lactylation levels, Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag) analysis revealed enrichment of lactylation peaks at transcription‑start sites (TSSs) of ATF4‑regulated stress‑response, asparagine biosynthesis and immune‑related genes. TSSs of stress-response genes were co-occupied with RNA polymerase II phosphorylated at serine 5 and showed increased gene expressions, suggesting that lactylation at TSSs activated transcription under glucose-deprived conditions. [U-13C]glutamine tracing indicated that HSA cells synthesized asparagine from glutamine when glucose was scarce. Asparagine supplementation modestly activated cell proliferation. In HSA patient tissues, H3K18la levels were heterogeneous, and M2-like macrophages preferentially infiltrated tumor regions showing low histone lactylation levels. Consistently, glucose‑starved HSA cells attracted macrophages and induced M2‑like polarization in vitro. These findings demonstrate that lysine lactylation, possibly histone lactylation, persists even under glucose-deprived conditions and regulate transcription that supports tumor cell survival and fosters a pro-tumor microenvironment.
• Epigenetic Clock in Bears: A Simple Cost-Effective Blood DNA Methylation-Based Age Estimation Method Applicable to Multiple Bear Species.
  Michito Shimozuru; Shiori Nakamura; Jumpei Yamazaki; Yojiro Yanagawa; Hiroo Tamatani; Misako Kuroe; Koji Yamazaki; Shinsuke Koike; Yusuke Goto; Tomoko Naganuma; Kahoko Tochigi; Akino Inagaki; Naoki Takekoshi; Seungyun Baek; Nobutaka Sato; Yusuke Honda; Toshio Tsubota; Hideyuki Ito
  Ecology and evolution, 15, 5, e71424, 2025年05月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Age is an essential factor to understand the life history and demographic parameters of wildlife. Previously, we established an age estimation method for brown bears based on blood DNA methylation level. In this study, we first applied the brown bear-specific age estimation model to other bear species, including Asian black, polar, sun, and Andean bears. Using blood DNA, we performed bisulfite pyrosequencing to determine the methylation levels at four cytosine-phosphate-guanine (CpG) sites adjacent to a single gene, SLC12A5. The best model specific to brown bears estimated their ages with satisfactory accuracy, with mean absolute error (MAE) of 1.5, 2.1, 2.2, and 0.4 years for Asian black (52 samples from 16 captive and 36 wild bears), polar (27 samples from 21 captive bears), sun bears (11 samples from 8 captive bears), and Andean bears (one captive bear), respectively. Then, we established an Asian black bear-specific age estimation model and a common age estimation model applicable for other bear species (i.e., a pan-bear model) using the methylation levels of the four CpG sites. The best model specific to Asian black bears had high accuracy with MAE of 1.1 after leave-one-out cross-validation (LOOCV). In addition, the best pan-bear model achieved accuracy with MAE of 1.3, 1.2, 2.1, and 2.2 years after LOOCV for brown, Asian black, polar, and sun bears, respectively. The results suggested that the pan-bear age estimation model using the aging marker (CpG sites adjacent to SLC12A5) is a simple, highly accurate, and cost-effective tool that is applicable to Ursidae.
• Distinct microbiome dysbiosis and epigenetic anomaly in esophageal adenocarcinoma and its underlying Barrett's esophagus.
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Sanshiro Kobayashi; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Tomoyuki Shibata; Makoto Naganuma
  Clinical epigenetics, 16, 1, 184, 184, 2024年12月19日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Interaction between host genotoxic changes and mucosa-associated microbiome (MAM) dysbiosis may have a role in various digestive cancers. We investigated MAM in Barrett's esophagus (BE) and esophageal adenocarcinoma (EAC) progression sequence and its association with host genotoxic changes. 16S rRNA gene sequencing was performed in three different groups of biopsies from nonneoplastic BE from patients without cancer (N, normal group; n = 47) and with EAC (ADJ, adjacent group; n = 27). Endoscopic biopsies were also obtained from EAC tissues (T, tumor group; n = 22). Results were correlated with TP53 mutation, telomere length and DNA methylation of candidate genes (N33, DPYS, SLC16A12, miR124A3 and miR34bc). Genome-wide DNA methylation examined by reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) was available for 32 samples (n = 12 for N, n = 12 for ADJ and n = 22 for T groups). Lower microbial alpha diversity measures were observed in ADJ/T groups relative to N group and associated with higher mean Z score DNA methylation of candidate genes. Specific genera (n = 16) with significant change between ADJ/T groups relative to N group occurred mostly in ADJ group (13/16) and half of them (8/16) were associated with DNA methylation status. Integrated MAM and genome-wide methylation analysis demonstrated that hyper-methylated sites, associated with lower alpha diversity measures dominantly occurred within near the transcription start site, codifying genes were involved in metabolic processes. Our result shows that microbial dysbiosis in EAC mostly occurs in adjacent BE and such dysbiosis was associated with DNA methylation status, offering support for a pathogenic role of interaction between host genotoxic changes and MAM in this tumor type.
• Nodal T-cell lymphoma with eosinophilic infiltration and sclerosing fibroplasia in a cat with eosinophilia.
  Tamami Suzuki; Jumpei Yamazaki; Kouta Yamaguchi; Keisuke Aoshima; Takashi Kimura
  The Journal of veterinary medical science, 86, 12, 1252, 1255, 2024年12月01日, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, An 8-year-old castrated male mixed-breed cat presented with an abdominal mass of unknown origin, accompanied by eosinophilia. Autopsy revealed mild-to-severe enlargement of lymph nodes throughout the body and multiple nodules in the lungs. Histopathologically, the lymph nodes showed severe fibroplasia and infiltration by a large number of eosinophils and fewer tumor cells, exhibiting large-sized lymphoid cell morphology. Metastatic lesions of tumor cells with eosinophilic infiltration and fibrosis were observed in the lungs, liver, kidneys, stomach, and intestines. Immunohistochemistry revealed that the tumor cells were positive for CD3 and negative for B cell and mast cell markers. Thus, T-cell lymphoma with eosinophilic infiltration and sclerosing fibroplasia was diagnosed.
• Unraveling the DNA methylation landscape in dog blood across breeds
  Miyuki Nakamura; Yuki Matsumoto; Keiji Yasuda; Masatoshi Nagata; Ryo Nakaki; Masahiro Okumura; Jumpei Yamazaki
  BMC Genomics, 25, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2024年11月15日
  研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  Background
  
  DNA methylation is a covalent bond modification that is observed mainly at cytosine bases in the context of CG pairs. DNA methylation patterns reflect the status of individual tissues, such as cell composition, age, and the local environment, in mammals. Genetic factors also impact DNA methylation, and the genetic diversity among various dog breeds provides a valuable platform for exploring this topic. Compared to those in the human genome, studies on the profiling of methylation in the dog genome have been less comprehensive.
  
  Results
  
  Our study provides extensive profiling of DNA methylation in the whole blood of three dog breeds using whole-genome bisulfite sequencing. The difference in DNA methylation between breeds was moderate after removing CpGs overlapping with potential genetic variation. However, variance in methylation between individuals was common and often occurred in promoters and CpG islands (CGIs). Moreover, we adopted contextual awareness methodology to characterize DNA primary sequences using natural language processing (NLP). This method could be used to effectively separate unmethylated CGIs from highly methylated CGIs in the sequences that are identified by the conventional criteria.
  
  Conclusions
  
  This study presents a comprehensive DNA methylation landscape in the dog blood. Our observations reveal the similar methylation patterns across dog breeds, while CGI regions showed high variations in DNA methylation level between individuals. Our study also highlights the potential of NLP approach for analyzing low-complexity DNA sequences, such as CGIs.
• Microbiome of esophageal endoscopic wash samples is associated with resident flora in the esophagus and incidence of cancer.
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Sanshiro Kobayashi; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Tomoyuki Shibata; Makoto Naganuma
  Scientific reports, 14, 1, 19525, 19525, 2024年08月22日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Change in mucosal microbiome is associated with various types of cancer in digestive tract. We hypothesized that microbial communities in the esophageal endoscopic wash fluids reflects resident flora in esophageal mucosa that is associated with esophageal carcinoma (EC) risk and/or directly correlates microbiome derived from EC tumor tissue. Studying microbial communities in esophageal endoscopic wash samples would be therefore useful to predict the incidence or risk of EC. We examined microbial communities of the endoscopic wash samples from 45 primary EC and 20 respective non-EC controls using 16S rRNA V3-V4 amplicon sequencing. The result was also compared with microbial communities in matched endoscopic biopsies from EC and non-cancerous esophageal mucosa. Compared with non-EC controls, 6 discriminative bacterial genera were detected in EC patients. Among them, relative abundance ratio of Prevotella and Shuttlewarthia, as well as decrease of genus Prevotella presented good prognostic performance to discriminate EC from controls (area under curve, 0.86, 0.82, respectively). Multivariate analysis showed occurrence of EC was an independent factor associated with decrease of this bacteria. Abundance of genus Prevotella in the esophageal endoscopic wash samples was significantly correlated with the abundance of this bacteria in the matched endoscopic biopsies from non-cancerous esophageal mucosa but not in the EC tissues. Our findings suggest that microbiome composition in the esophageal endoscopic wash samples reflects resident flora in the esophagus and significantly correlates with the incidence of EC.
• ラブラドール・レトリーバーのコロニーで集団発生したサルファ剤過敏症とCYPB5Rの遺伝子型頻度解析
  岸原 果子; 横山 望; 山崎 淳平; 笹岡 一慶; 森下 啓太郎; 中村 健介; 宮原 和郎; 近藤 厚; 滝口 満喜; 高橋 徹
  北海道獣医師会雑誌, 68, 8, 314, 314, (公社)北海道獣医師会, 2024年08月
  日本語
• Fusobacterium Detected in Barrett's Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma Tissues.
  Tomomitsu Tahara; Takuya Shijimaya; Jumpei Yamazaki; Sanshiro Kobayashi; Anna Horitani; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Takashi Okazaki; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Yusuke Honzawa; Norimasa Fukata; Toshiro Fukui; Makoto Naganuma
  Cancer investigation, 42, 6, 469, 477, 2024年07月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, We examined Fusobacterium nucreatum (F. nucleatum) and whole Fusobacterium species (Pan-fusobacterium) in non-neoplastic Barrett's esophagus (BE) from patients without cancer (n = 67; N group), with esophageal adenocarcinoma (EAC) (n = 27) and EAC tissue (n = 22). F. nucleatum was only detectable in 22.7% of EAC tissue. Pan-fusobacterium was enriched in EAC tissue and associated with aggressive clinicopathological features. Amount of Pan-fusobacterium in non-neoplastic BE was correlated with presence of hital hernia and telomere shortening. The result suggested potential association of Fusobacterium species in EAC and BE, featuring clinicpathological and molecular features.
• A de novo nonsense variant in the DMD gene associated with X-linked dystrophin-deficient muscular dystrophy in a cat.
  Nozomu Yokoyama; Yuki Matsumoto; Takahisa Yamaguchi; Kazuki Okada; Ryohei Kinoshita; Genya Shimbo; Hisashi Ukawa; Ryuga Ishii; Kensuke Nakamura; Jumpei Yamazaki; Mitsuyoshi Takiguchi
  Journal of veterinary internal medicine, 2024年04月13日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: X-linked dystrophin-deficient muscular dystrophy (MD) is a form of MD caused by variants in the DMD gene. It is a fatal disease characterized by progressive weakness and degeneration of skeletal muscles. HYPOTHESIS/OBJECTIVES: Identify deleterious genetic variants in DMD by whole-genome sequencing (WGS) using a next-generation sequencer. ANIMALS: One MD-affected cat, its parents, and 354 cats from a breeding colony. METHODS: We compared the WGS data of the affected cat with data available in the National Center for Biotechnology Information database and searched for candidate high-impact variants by in silico analyses. Next, we confirmed the candidate variants by Sanger sequencing using samples from the parents and cats from the breeding colony. We used 2 genome assemblies, the standard felCat9 (from an Abyssinian cat) and the novel AnAms1.0 (from an American Shorthair cat), to evaluate genome assembly differences. RESULTS: We found 2 novel high-impact variants: a 1-bp deletion in felCat9 and an identical nonsense variant in felCat9 and AnAms1.0. Whole genome and Sanger sequencing validation showed that the deletion in felCat9 was a false positive because of misassembly. Among the 357 cats, the nonsense variant was only found in the affected cat, which indicated it was a de novo variant. CONCLUSION AND CLINICAL IMPORTANCE: We identified a de novo variant in the affected cat and next-generation sequencing-based genotyping of the whole DMD gene was determined to be necessary for affected cats because the parents of the affected cat did not have the risk variant.
• Gastric microbiome composition accompanied with the Helicobacter pylori related DNA methylation anomaly.
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Tsubasa Shimogama; Jumpei Yamazaki; Sanshiro Kobayashi; Naohiro Nakamura; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Makoto Naganuma
  Epigenomics, 16, 21-22, 1329, 1336, 2024年, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Aim: DNA methylation is associated with gastric cancer and Helicobacter pylori (H. pylori) infection, while increasing evidence indicated involvement of other microbes reside in gastric mucosa during gastric tumorigenesis. We investigated bacterial communities in the gastric mucosa accompanied with H. pylori related methylation anomaly.Materials & methods: Gastric mucosa samples from antrum were obtained from 182 cancer-free patients. Bacterial communities were evaluated using 16S rRNA sequencing. The result was correlated with H. pylori related promoter CpG island (CGI) methylation of five genes (IGF2, SLC16A12, SOX11, P2RX7 and MYOD1), LINE1 hypomethylation and telomere length.Results & conclusion: We showed correlation between lower bacterial alpha diversity and higher CGI methylation. Multivariate analysis demonstrated older age (t = 3.46, p = 0.0007), H. pylori infection (t = 9.99, p < 0.0001) and lower bacterial alfa diversity (Shannon index: t = -2.34, p = 0.02) were significantly associated with CGI hypermethylation. In genus or family levels, increased abundance of Helicobacter was associated with hyper CGI methylation with strongest correlation, while decreased abundance of four bacteria (Intrasporangiaceae family, Macellibacteroides, Peptostreptococcus and Dietziaceae family) was also associated with hyper CGI methylation. Our findings suggest the potential correlation between CGI methylation induction and lower bacterial alpha diversity in the gastric mucosa accompanied by H. pylori infection.
• Use of genome-wide DNA methylation analysis to identify prognostic CpG site markers associated with longer survival time in dogs with multicentric high-grade B-cell lymphoma.
  Yong Bin Teoh; Teita Ishizaki; Yumiko Kagawa; Shoko Yokoyama; Jaroslav Jelinek; Yuki Matsumoto; Hirotaka Tomiyasu; Hajime Tsujimoto; Mitsuyoshi Takiguchi; Jumpei Yamazaki
  Journal of veterinary internal medicine, 38, 1, 316, 325, 2024年, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: DNA methylation analysis might identify prognostic CpG sites in CHOP-treated dogs with multicentric high-grade B-cell lymphoma (MHGL) with heterogenous prognosis. OBJECTIVE: To identify prognostic CpG sites of MHGL through genome-wide DNA methylation analysis with pyrosequencing validation. ANIMALS: Test group: 24 dogs. Validation group: 100 dogs. All client-owned dogs were diagnosed with MHGL and treated with CHOP chemotherapy. METHODS: Cohort study. DNA was extracted from lymph node samples obtained via FNA. Genome-wide DNA methylation analysis using Digital Restriction Enzyme Analysis of Methylation (DREAM) was performed on the test group to identify differentially methylated CpG sites (DMCs). Bisulfite pyrosequencing was used to measure methylation status of candidate DMCs in the validation group. Median survival times (MST) were analyzed using Kaplan-Meier (log-rank) product limit method. RESULTS: DREAM analyzed 101 576 CpG sites. Hierarchical clustering of 16 262 CpG sites in test group identified group with better prognosis (MST = 55-477 days vs 10-301 days, P = .007). Volcano plot identified 1371 differentially methylated CpG sites (DMCs). DMC near the genes of FAM213A (DMC-F) and PHLPP1 (DMC-P) were selected as candidates. Bisulfite-pyrosequencing performed on validation group showed group with methylation level of DMC-F < 40% had favorable prognosis (MST = 11-1072 days vs 8-1792 days, P = .01), whereas group with the methylation level combination of DMC-F < 40% plus DMC-P < 10% had excellent prognosis (MST = 18-1072 days vs 8-1792 days, P = .009). CONCLUSION AND CLINICAL IMPORTANCE: Methylation status of prognostic CpG sites delineate canine MGHL cases with longer MST, providing owners with information on expectations of potential improved treatment outcomes.
• Helicobacter pylori infection associated DNA methylation in primary gastric cancer significantly correlates with specific molecular and clinicopathological features.
  Sayumi Tahara; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Takuya Shijimaya; Noriyuki Horiguchi; Kohei Funasaka; Toshiro Fukui; Yoshihito Nakagawa; Tomoyuki Shibata; Makoto Naganuma; Tetsuya Tsukamoto; Naoki Ohmiya
  Molecular carcinogenesis, 2023年10月17日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Helicobacter pylori induces DNA methylation in gastric mucosa, which links to gastric cancer (GC) risk. In contrast, CpG island methylator phenotype (CIMP) is defined as high levels of cancer-specific methylation and provides distinct molecular and clinicopathological features of GC. The association between those two types of methylation in GC remains unclear. We examined DNA methylation of well-validated H. pylori infection associated genes in GC and its adjacent mucosa and investigated its association with CIMP, various molecular subtypes and clinical features. We studied 50 candidate loci in 24 gastric samples to identify H. pylori infection associated genes. Identified loci were further examined in 624 gastric tissue from 217 primary GC, 217 adjacent mucosa, and 190 mucosae from cancer-free subjects. We identified five genes (IGF2, SLC16A2, SOX11, P2RX7, and MYOD1) as hypermethylated in H. pylori infected gastric mucosa. In non-neoplastic mucosa, methylation of H. pylori infection associated genes was higher in patients with GC than those without. In primary GC tissues, higher methylation of H. pylori infection associated genes correlated with CIMP-positive and its related features, such as MLH1 methylated cases. On the other hand, GC with lower methylation of these genes presented aggressive clinicopathological features including undifferentiated histopathology, advanced stage at diagnosis. H. pylori infection associated DNA methylation is correlated with CIMP, specific molecular and clinicopathological features in GC, supporting its utility as promising biomarker in this tumor type.
• Telomere Shortening of Barrett's Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma in Japanese Patients.
  Tomomitsu Tahara; Takuya Shijimaya; Jumpei Yamazaki; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Makoto Naganuma
  Cancer investigation, 41, 7, 640, 645, 2023年09月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Telomere shortening is deeply involved in many types of cancer. Telomere length of esophageal adenocarcinoma (EAC) and Barrett's esophagus (BE) was examined in Japanese patients. Among BE from cancer free patients (Cancer free), BE from patients with EAC (Adjacent) and EAC tissue (Cancer), Cancer free group presented the longest telomeres, while Cancer group presented the shortest telomeres and Adjacent group presented intermediate telomeres. Direction of endoscopic biopsy, 2 o'clock direction was also significantly associated with shorter telomere length in non-neoplastic BE (p = 0.027). Shortened telomere highlighted the impact of this molecular change in early carcinogenesis in EAC.
• Age estimation based on blood DNA methylation levels in brown bears.
  Shiori Nakamura; Jumpei Yamazaki; Naoya Matsumoto; Miho Inoue-Murayama; Huiyuan Qi; Masami Yamanaka; Masanao Nakanishi; Yojiro Yanagawa; Mariko Sashika; Toshio Tsubota; Hideyuki Ito; Michito Shimozuru
  Molecular ecology resources, 23, 6, 1211, 1225, 2023年08月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Age is an essential trait for understanding the ecology and management of wildlife. A conventional method of estimating age in wild animals is counting annuli formed in the cementum of teeth. This method has been used in bears despite some disadvantages, such as high invasiveness and the requirement for experienced observers. In this study, we established a novel age estimation method based on DNA methylation levels using blood collected from 49 brown bears of known ages living in both captivity and the wild. We performed bisulfite pyrosequencing and obtained methylation levels at 39 cytosine-phosphate-guanine (CpG) sites adjacent to 12 genes. The methylation levels of CpGs adjacent to four genes showed a significant correlation with age. The best model was based on DNA methylation levels at just four CpG sites adjacent to a single gene, SLC12A5, and it had high accuracy with a mean absolute error of 1.3 years and median absolute error of 1.0 year after leave-one-out cross-validation. This model represents the first epigenetic method of age estimation in brown bears, which provides benefits over tooth-based methods, including high accuracy, less invasiveness, and a simple procedure. Our model has the potential for application to other bear species, which will greatly improve ecological research, conservation, and management.
• Microarchitectures of Barrett's esophagus associated with DNA methylation status.
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Sanshiro Kobayashi; Anna Horitani; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Takashi Okazaki; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Yusuke Honzawa; Norimasa Fukata; Toshiro Fukui; Makoto Naganuma
  Epigenomics, 15, 15, 759, 767, 2023年08月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Aim: DNA methylation is involved in esophageal adenocarcinoma (EAC) and Barrett's esophagus (BE). Microarchitectures of on-neoplastic BE associated with DNA methylation status were examined using magnifying narrow-band imaging (NBI) endoscopy. Patients and methods: Using biopsies from non-neoplastic BE without cancer (n = 66; N group), with EAC (n = 27; ADJ group) and EAC tissue (n = 22; T group), methylation of N33, DPYS, SLC16A12, miR124a3 and miR34bc genes were quantified. Magnifying NBI features of non-neoplastic BE were classified according to their morphologies. Results: The ADJ and T groups presented higher DNA methylation compared with the N group. Magnifying NBI endoscopic features of non-neoplastic BE also correlated with DNA methylation as an independent factor. Conclusion: Microarchitectures of BE visualized by magnifying NBI endoscopy correlated with DNA methylation.
• Comprehensive DNA methylation profiling of Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma in Japanese patients
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Tomoyuki Shibata; Makoto Naganuma
  Molecular Carcinogenesis, 62, 8, 1191, 1200, 2023年08月
  研究論文（学術雑誌）
• Comprehensive DNA methylation profiling of Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma in Japanese patients.
  Takuya Shijimaya; Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Yasushi Matsumoto; Naohiro Nakamura; Yu Takahashi; Takashi Tomiyama; Toshiro Fukui; Tomoyuki Shibata; Makoto Naganuma
  Molecular carcinogenesis, 62, 8, 1191, 1200, 2023年08月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Molecular mechanisms of Barrett's esophagus (BE) and esophageal adenocarcinoma (EAC) remain unclear in Japanese patients. Japanese EACs frequently have underlying short length BE: short-segment BE (SSBE), for which, neoplastic potential remains unclear. We performed comprehensive methylation profiling of EAC and BE in Japanese patients, mostly comprised with SSBE. Using three different groups of biopsies obtained from non-neoplastic BE from patients without cancer (n = 50; N group), with EAC (n = 27; ADJ group) and EAC (n = 22; T group), methylation statuses of nine candidate genes (N33, DPYS, SLC16A12, CDH13, IGF2, MLF1, MYOD1, PRDM5, and P2RX7) were examined by the bisulfite pyrosequencing. Reduced representation bisulfite sequencing was performed to characterize the genome-wide methylation status in 32 samples (12 from N, 12 ADJ, and 8 from T groups). In the candidate approach, methylation levels of N33, DPYS, and SLC16A12 were higher in ADJ and T groups compared to that in N group. The ADJ group was an independent factor for higher DNA methylation in non-neoplastic BE. The genome-wide approach demonstrated an increase of hypermethylation from ADJ to T groups relative to N group near the transcription start sites. Among gene groups hypermethylated in ADJ and T groups (n = 645) and T group alone (n = 1438), 1/4 and 1/3 were overlapped with downregulated genes in the microarray data set, respectively. Accelerated DNA methylation is observed in EAC and underlying BE in Japanese patients, mostly comprised with SSBE, highlighting the potential impact of methylation in early carcinogenesis.
• Diverse genome-wide DNA methylation alterations in canine hepatocellular tumours.
  Yu Asari; Jumpei Yamazaki; Oo Thandar; Tamami Suzuki; Keisuke Aoshima; Kyosuke Takeuchi; Ryohei Kinoshita; Sangho Kim; Kenji Hosoya; Teita Ishizaki; Yumiko Kagawa; Jaroslav Jelinek; Shoko Yokoyama; Noboru Sasaki; Hiroshi Ohta; Kensuke Nakamura; Mitsuyoshi Takiguchi
  Veterinary medicine and science, 2023年07月22日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: Canine hepatocellular tumours (HCTs) are common primary liver tumours. However, the exact mechanisms of tumourigenesis remain unclear. Although some genetic mutations have been reported, DNA methylation alterations in canine HCT have not been well studied. OBJECTIVES: In this study, we aimed to analyse the DNA methylation status of canine HCT. METHODS: Tissues from 33 hepatocellular carcinomas, 3 hepatocellular adenomas, 1 nodular hyperplasia, 21 non-tumour livers from the patients and normal livers from 5 healthy dogs were used. We analysed the DNA methylation levels of 72,367 cytosine-guanine dinucleotides (CpG sites) in all 63 samples. RESULTS AND CONCLUSIONS: Although a large fraction of CpG sites that were highly methylated in the normal liver became hypomethylated in tumours from most patients, we also found some patients with less remarkable change or no change in DNA methylation. Hierarchical clustering analysis revealed that 32 of 37 tumour samples differed from normal livers, although the remaining 5 tumour livers fell into the same cluster as normal livers. In addition, the number of hypermethylated genes in tumour livers varied among tumour cases, suggesting various DNA methylation patterns in different tumour groups. However, patient and clinical parameters, such as age, were not associated with DNA methylation status. In conclusion, we found that HCTs undergo aberrant and diverse patterns of genome-wide DNA methylation compared with normal liver tissue, suggesting a complex epigenetic mechanism in canine HCT.
• Investigation of the therapeutic effects, predictors, and complications of long-term immunosuppressive therapy in dogs with precursor-targeted immune-mediated anemia.
  Mei Sugawara-Suda; Keitaro Morishita; Yuto Iwanaga; Jumpei Yamazaki; Yumiko Kagawa; Nozomu Yokoyama; Noboru Sasaki; Hiroshi Ohta; Kensuke Nakamura; Mitsuyoshi Takiguchi
  The Journal of veterinary medical science, 85, 7, 695, 701, 2023年07月01日, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Dogs with precursor-targeted immune-mediated anemia (PIMA) are commonly treated with immunosuppressive therapy, but information on predictors of treatment response and response time is limited. Therefore, we retrospectively investigated predictive factors that influenced the treatment response and duration required to observe a response in dogs with PIMA receiving continuous immunosuppressive therapies for more than 105 days. Of 50 client-owned dogs that developed PIMA, 27 were included in this study, of which 18 were responders and 9 were non-responders to immunosuppressive therapies. Sixteen of the 18 responders responded to treatment within 60 days and the remaining 2 responded at 93 and 126 days, respectively. We found that an erythroid-maturation ratio of <0.17 may be a useful predictor for treatment response. In addition, complications of immunosuppressive therapies were investigated further in 50 dogs. Pancreatitis (n=4) and pneumonia (3) occurred over the entire treatment period, and infections such as abscesses (3) tended to be more common in dogs on an extended period of immunosuppressive therapy. These findings may be helpful when planning for the initial treatment and may provide evidence for informed consent about potential comorbidities throughout the treatment course.
• Evaluation of responses to immunosuppressive therapy in dogs with suspected non‐regenerative immune‐mediated anaemia: 11 cases (2012‐2018)
  K. Morishita; M. Sugawara‐Suda; J. Yamazaki; N. Sasaki; K. Nakamura; H. Ohta; M. Takiguchi
  Journal of Small Animal Practice, Wiley, 2023年04月07日
  研究論文（学術雑誌）
• Transcriptome and proteome analysis of dogs with precursor targeted immune-mediated anemia treated with splenectomy.
  Mei Sugawara-Suda; Keitaro Morishita; Osamu Ichii; Takashi Namba; Keisuke Aoshima; Yumiko Kagawa; Sangho Kim; Kenji Hosoya; Nozomu Yokoyama; Noboru Sasaki; Kensuke Nakamura; Jumpei Yamazaki; Mitsuyoshi Takiguchi
  PloS one, 18, 5, e0285415, 2023年, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Precursor-targeted immune-mediated anemia (PIMA) in dogs is characterized by persistent non-regenerative anemia and ineffective erythropoiesis, and it is suspected to be an immune-mediated disease. Most affected dogs respond to immunosuppressive therapies; however, some are resistant. In this study, we carried out splenectomy as an alternative therapy for refractory PIMA in dogs, and analyzed gene expression levels in the spleen of dogs with or without PIMA and in serum before and after splenectomy. A total of 1,385 genes were found to express differentially in the spleens from dogs with PIMA compared with healthy dogs by transcriptome analysis, of which 707 genes were up-regulated, including S100A12, S100A8, and S100A9 that are linked directly to the innate immune system and have been characterized as endogenous damage-associated molecular patterns. Furthermore, immunohistochemistry confirmed that S100A8/A9 protein expression levels were significantly higher in dogs with PIMA compared with those in healthy dogs. A total of 22 proteins were found to express differentially between the serum samples collected before and after splenectomy by proteome analysis, of which 12 proteins were up-regulated in the samples before. The lectin pathway of complement activation was identified by pathway analysis in pre-splenectomy samples. We speculated that S100A8/9 expression may be increased in the spleen of dogs with PIMA, resulting in activation of the lectin pathway before splenectomy. These findings further our understanding of the pathology and mechanisms of splenectomy for PIMA.
• 犬尿路上皮癌におけるPDXモデルの樹立
  森下 大暉; 木之下 怜平; 青島 圭佑; 細谷 謙次; 山崎 淳平; 滝口 満喜
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165回, [B2P, 03], (公社)日本獣医学会, 2022年09月
  日本語
• イヌ悪性黒色腫細胞株における放射線照射で生じる上皮間葉転換とDNAメチル化の関与
  田邊 裕晶; 安井 博宣; 山崎 淳平; 木之下 怜平; 山下 晃矢; 加藤 千博; 稲波 修
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165回, [I1A, 14], (公社)日本獣医学会, 2022年09月
  日本語
• ヒストンアセチル化の改変はイヌ血管肉腫細胞に抗腫瘍効果をもたらす
  鈴木 玲海; 青島 圭佑; 山崎 淳平; 小林 篤史; 木村 享史
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165回, [B2P, 08], (公社)日本獣医学会, 2022年09月
  日本語
• Manipulating Histone Acetylation Leads to Antitumor Effects in Hemangiosarcoma Cells.
  Tamami Suzuki; Keisuke Aoshima; Jumpei Yamazaki; Atsushi Kobayashi; Takashi Kimura
  Veterinary and comparative oncology, 2022年05月14日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Canine hemangiosarcoma (HSA) is a malignant tumor derived from endothelial cells. No effective treatment has yet been developed because of the lack of understanding of its pathogenesis. Histone acetylation, an epigenetic modification, is highly associated with cancer pathogenesis. Manipulating histone acetylation by histone deacetylase inhibitors (HDACi) or bromodomain and extraterminal domain inhibitors (BETi) is one approach to treat various cancers. However, the role of histone acetylation in HSA remains unknown. This study aimed to investigate how histone acetylation functions in HSA pathogenesis using two HDACi, suberanilohydroxamic acid (SAHA) and valproic acid (VPA), and one BETi, JQ1, in vitro and in vivo. Histone acetylation levels were high in cell lines and heterogeneous in clinical cases. SAHA and JQ1 induced apoptosis in HSA cell lines. HSA cell lines treated with SAHA and VPA upregulated inflammatory-related genes and attracted macrophage cell line RAW264 cells, which suggests that SAHA and VPA can affect immune responses. JQ1 stimulated autophagy and inhibited the cell cycle in HSA cell lines. Finally, we demonstrated that JQ1 suppressed HSA tumor cell proliferation in vivo although SAHA and VPA did not affect tumor growth. These results suggest that BETi can be alternative drugs for HSA treatment. Although further research is required, our study indicated that dysregulation of histone acetylation is likely to be involved in HSA malignancy. This article is protected by copyright. All rights reserved.
• Manipulating Histone Acetylation Leads to Adverse Effects in Hemangiosarcoma Cells
  Tamami Suzuki; Keisuke Aoshima*; Jumpei Yamazaki; Atsushi Kobayashi; Takashi Kimura; *Corresponding author
  bioRxiv, 2021年12月11日
• Obese status is associated with accelerated DNA methylation change in peripheral blood of senior dogs.
  Jumpei Yamazaki; Shinji Meagawa; Jaroslav Jelinek; Shoko Yokoyama; Noriyuki Nagata; Masashi Yuki; Mitsuyoshi Takiguchi
  Research in veterinary science, 139, 193, 199, 2021年10月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Obesity and its associated comorbidities constitute a major and growing health problem worldwide not only involved with people but also dogs and cats. Although few genetic mutations have been associated with obesity in dogs, molecular mechanism remains to be clearly understood. Given the fact that DNA methylation leads to gene expression variability and has plasticity affected by metabolic phenotypes such as obesity in human, the objective of this study is to identify obesity-associated differentially methylated cytosine-phosphate-guanine (CpG) dinucleotide sites in dogs. With genome-wide DNA methylation analysis using next-generation sequencing for blood samples from fourteen Miniature dachshunds with body condition score (BCS) 4-5 and BCS ≥6, over 100,000 sites could be analysed to identify genomic locations of differentially methylated CpG sites. As a result, 191 differentially methylated CpG sites (89 CpG sites were hypermethylated in BCS ≥6 and 102 were hypermethylated in BCS 4-5) were identified. These sites included promoter regions of Kisspeptin receptor (KISS1R) and Calcyphosine 2 (CAPS2) genes which were subsequently validated by bisulfite-pyrosequencing for another set of 157 dog blood samples. KISS1R methylation levels were found to be higher in BCS ≥6 group than BCS 4-5 in senior (>84 months) dogs. Especially male dogs but not female dogs as well as uncastrated male dogs but not castrated male dogs showed this trend. DNA methylation of KISS1R gene will be useful for understanding of comprehensive epigenetic change in obese dogs.
• Genome-wide DNA methylation profile in feline haematological tumours: A preliminary study.
  Jumpei Yamazaki; Jaroslav Jelinek; Shoko Yokoyama; Mitsuyoshi Takiguchi
  Research in veterinary science, 140, 221, 228, 2021年09月08日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Although DNA methylation has been analysed in few studies for a limited number of loci in cats with diseases, genome-wide profile of DNA methylation has never been addressed. The hypothesis for this study is that next-generation sequencing with sequential digestion of genomic DNA with SmaI and XmaI enzymes could provide highly quantitative information on methylation levels in cats. Using blood from four healthy control cats and two disease cats as well as three feline lymphoma/leukemia cell lines, approximately 74-94 thousand CpG sites across the cat genome could be analysed. CpG sites in CpG island (CGI) were broadly either methylated or unmethylated in normal blood, while CpG sites in non-CpG islands (NCGI) are largely methylated. Lymphoma cell lines showed thousands of CpG sites with gain of methylation at normally unmethylated CGI sites and loss of methylation at normally methylated NCGI sites. Hypermethylated CpG sites located at promoter regions included genes annotated with 'developmental process' and 'anatomical structure morphogenesis' such as HOXD10. This highly quantitative method would be suitable for studies of DNA methylation changes not only in cancer but also in other common diseases in cats.
• イヌの肝細胞腫瘍におけるDNAメチル化の網羅的解析
  淺利 友; 山崎 淳平; Oo Thander; 細谷 謙次; 金 尚昊; 木之下 怜平; 竹内 恭介; 賀川 由美子; 佐々木 東; 中村 健介; 滝口 満喜
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 164回, [HSO, 30], (公社)日本獣医学会, 2021年09月
  日本語
• 非再生性免疫介在性貧血の犬における脾臓摘出術前後の血清中蛋白の網羅的解析
  菅原 芽伊; 山崎 淳平; 森下 啓太郎; 金 尚昊; 細谷 謙次; 佐々木 東; 中村 健介; 滝口 満喜
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 164回, [HSO, 60], (公社)日本獣医学会, 2021年09月
  日本語
• DNA methylation landscape of 16 canine somatic tissues by methylation-sensitive restriction enzyme-based next generation sequencing.
  Jumpei Yamazaki; Yuki Matsumoto; Jaroslav Jelinek; Teita Ishizaki; Shingo Maeda; Kei Watanabe; Genki Ishihara; Junya Yamagishi; Mitsuyoshi Takiguchi
  Scientific reports, 11, 1, 10005, 10005, 2021年05月11日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, DNA methylation plays important functions in gene expression regulation that is involved in individual development and various diseases. DNA methylation has been well studied in human and model organisms, but only limited data exist in companion animals like dog. Using methylation-sensitive restriction enzyme-based next generation sequencing (Canine DREAM), we obtained canine DNA methylation maps of 16 somatic tissues from two dogs. In total, we evaluated 130,861 CpG sites. The majority of CpG sites were either highly methylated (> 70%, 52.5-64.6% of all CpG sites analyzed) or unmethylated (< 30%, 22.5-28.0% of all CpG sites analyzed) which are methylation patterns similar to other species. The overall methylation status of CpG sites across the 32 methylomes were remarkably similar. However, the tissue types were clearly defined by principle component analysis and hierarchical clustering analysis with DNA methylome. We found 6416 CpG sites located closely at promoter region of genes and inverse correlation between DNA methylation and gene expression of these genes. Our study provides basic dataset for DNA methylation profiles in dogs.
• Genome-wide DNA methylation analysis of dogs with high lead exposure living near a lead mining area in Kabwe, Zambia.
  Jumpei Yamazaki; Haruya Toyomaki; Shouta M M Nakayama; John Yabe; Kaampwe Muzandu; Jaroslav Jelinek; Shoko Yokoyama; Yoshinori Ikenaka; Mitsuyoshi Takiguchi; Mayumi Ishizuka
  Environmental pollution (Barking, Essex : 1987), 286, 117229, 117229, 2021年05月03日, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Lead (Pb) is a heavy metal that has been proven to be toxic to both animals and humans. Genom-wide DNA methylation in domestic dogs exposed to high levels of Pb in Kabwe, Zambia was analyzed in this study. Using next-generation sequencing on samples from 20 domestic dogs (mean blood Pb concentration: 43.6 μg/dL and 7.2 μg/dL in the high and low exposure groups), a digital restriction enzyme analysis of methylation was performed to identify the genomic locations of differentially methylated CpG sites. A validation study on an additional 20 dogs followed (blood Pb concentration: 4.9-29.7 μg/dL). The cluster analysis resolved two broad clusters indicating high and low Pb exposure. The study identified 827 (1.2%) CpG sites with differences in methylation (101 CpG sites were hypermethylated in the low exposure group and 726 were hypermethylated in the high exposure group). The sites corresponded to 26 genes with differentially methylated CpG sites at their promoter regions, including the NGF gene. The methylation of four CpG sites was validated using bisulfite pyrosequencing. The results indicate that aberrant hypermethylation is prevalent in dogs exposed to Pb. The altered DNA methylation of the genes identified in this study contributes to a greater understanding of the epigenetic changes caused by Pb exposure and highlights novel biomarker discoveries across species.
• Long interspersed nucleotide element-1 hypomethylation in canine malignant mucosal melanoma.
  Teita Ishizaki; Jumpei Yamazaki; Shinji Meagawa; Nozomu Yokoyama; Keisuke Aoshima; Mitsuyoshi Takiguchi; Takashi Kimura
  Veterinary and comparative oncology, 18, 4, 854, 860, 2020年12月, ［査読有り］, ［責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Canine malignant melanoma is a common cancer with a high mortality rate and is a clinically important disease. DNA methylation has been considered to be a potential tumorigenic mechanism through aberrant DNA methylation at promoter region which represses gene transcription. Global hypomethylation could also facilitate chromosome instability. There are few reports regarding DNA methylation in canine malignant melanoma; therefore, the purpose of this study was to examine DNA methylation status of long interspersed nucleotide element-1 (LINE-1) to be a surrogate marker of genome-wide methylation changes in this disease. We measured levels of DNA methylation of two adjacent cytosine-guanine sites on CpG island (CGI) at the putative promoter of canine LINE-1 sequence by bisulphite-pyrosequencing in 41 canine melanoma patient samples as well as six cell lines compared with normal mucosae. The survival rates were obtained from owners or medical records. We found DNA methylation levels of LINE-1 in normal mucosae were methylated. Interestingly, both melanoma cell lines and clinical melanoma samples showed remarkable hypomethylation. In addition, patients with lower LINE-1 methylation showed worse prognosis than those with higher LINE-1 methylation, though the difference did not reach statistical significance (P = .09). Here, we demonstrate that hypomethylation of LINE-1 is an epigenetically aberrant feature in canine melanoma with possible prognostic value.
• Genome-wide DNA methylation analysis identifies promoter hypermethylation in canine malignant melanoma.
  T Ishizaki; J Yamazaki; J Jelinek; K Aoshima; T Kimura
  Research in veterinary science, 132, 521, 526, 2020年10月, ［査読有り］, ［責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Canine malignant melanoma is a common cancer with a high mortality rate. Although previous studies have evaluated various aspects of this tumour, the exact mechanism of tumourigenesis remains unknown. Epigenetic mechanisms, such as DNA methylation, have recently gained attention as aetiological factors for neoplasia in humans. This study aimed to analyse genome-wide DNA methylation patterns in canine malignant melanoma based on next-generation sequencing data. A total of 76,213 CpG sites, including 29,482 sites in CpG islands (CGIs), were analysed using next-generation sequencing of methylation-specific signatures, obtained by sequential digestion with enzymes, to compare normal oral mucosal samples from four healthy dogs, four canine melanoma cell lines (3 oral cavity and 1 skin), and five clinical samples of oral canine melanoma. Malignant melanoma showed increased methylation at thousands of normally unmethylated CpG sites in CGIs and decreased methylation at normally methylated CpG sites in non-CGIs. Interestingly, the promoter regions of 81-393 genes were hypermethylated; 23 of these genes were present in all melanoma cell lines and melanoma clinical samples. Among these 23 genes, six genes with "sequence-specific DNA binding" annotation were significantly enriched, including three Homeobox genes-HMX2, TLX2, and HOXA9-that may be involved in the tumourigenesis of canine malignant melanoma. This study revealed widespread alterations in DNA methylation and a large number of hypermethylated genes in canine malignant melanoma.
• Cholesterol-binding protein TSPO2 coordinates maturation and proliferation of terminally differentiating erythroblasts.
  Benjaporn Kiatpakdee; Kota Sato; Yayoi Otsuka; Nobuto Arashiki; Yuqi Chen; Takuya Tsumita; Wataru Otsu; Akito Yamamoto; Reo Kawata; Jumpei Yamazaki; Yoshikazu Sugimoto; Kensuke Takada; Narla Mohandas; Mutsumi Inaba
  The Journal of biological chemistry, 295, 23, 8048, 8063, 2020年06月05日, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, TSPO2 (translocator protein 2) is a transmembrane protein specifically expressed in late erythroblasts and has been postulated to mediate intracellular redistribution of cholesterol. We identified TSPO2 as the causative gene for the HK (high-K+) trait with immature red cell phenotypes in dogs and investigated the effects of the TSPO2 defects on erythropoiesis in HK dogs with the TSPO2 mutation and Tspo2 knockout (Tspo2-/-) mouse models. Bone marrow-derived erythroblasts from HK dogs showed increased binucleated and apoptotic cells at various stages of maturation and shed large nuclei with incomplete condensation when cultured in the presence of erythropoietin, indicating impaired maturation and cytokinesis. The canine TSPO2 induces cholesterol accumulation in the endoplasmic reticulum and could thereby regulate cholesterol availability by changing intracellular cholesterol distribution in erythroblasts. Tspo2-/- mice consistently showed impaired cytokinesis with increased binucleated erythroblasts, resulting in compensated anemia, and their red cell membranes had increased Na,K-ATPase, resembling the HK phenotype in dogs. Tspo2-deficient mouse embryonic stem cell-derived erythroid progenitor (MEDEP) cells exhibited similar morphological defects associated with a cell-cycle arrest at the G2/M phase, resulting in decreased cell proliferation and had a depletion in intracellular unesterified and esterified cholesterol. When the terminal maturation was induced, Tspo2-/- MEDEP cells showed delays in hemoglobinization; maturation-associated phenotypic changes in CD44, CD71, and TER119 expression; and cell-cycle progression. Taken together, these findings imply that TSPO2 is essential for coordination of maturation and proliferation of erythroblasts during normal erythropoiesis.
• 非再生性貧血のミニチュア・ダックスフンド11例に対する脾臓摘出術の治療成績
  菅原 芽伊; 森下 啓太郎; 今井 健友; 山崎 淳平; 佐々木 東; 大田 寛; 細谷 謙次; 滝口 満喜
  SA Medicine, 22, 3, 74, 75, (株)エデュワードプレス, 2020年06月
  日本語
• Genome-wide DNA methylation analysis in canine gastrointestinal lymphoma.
  Hiroshi Ohta; Jumpei Yamazaki; Jaroslav Jelinek; Teita Ishizaki; Yumiko Kagawa; Nozomu Yokoyama; Noriyuki Nagata; Noboru Sasaki; Mitsuyoshi Takiguchi
  The Journal of veterinary medical science, 82, 5, 632, 638, 2020年05月20日, ［査読有り］, ［責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, DNA methylation is the covalent modification of methyl groups to DNA mostly at CpG dinucleotides and one of the most studied epigenetic mechanisms that leads to gene expression variability without affecting the DNA sequence. Genome-wide analysis of DNA methylation identified the signatures that could define subtypes of human lymphoma patients. The objective of this study was to conduct the genome-wide analysis of DNA methylation in dogs with gastrointestinal lymphoma (GIL). Genomic DNA was extracted from endoscopic biopsies from 10 dogs with GIL. We performed Digital Restriction Enzyme Assay of DNA Methylation (DREAM) for genome-wide DNA methylation analysis that could provide highly quantitative information on DNA methylation levels of CpG sites across the dog genome. We successfully obtained data of quantitative DNA methylation level for 148,601-162,364 CpG sites per GIL sample. Next, we analyzed 83,132 CpG sites to dissect the differences in DNA methylation between GIL and normal peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). We found 383-3,054 CpG sites that were hypermethylated in GIL cases compared to PBMCs. Interestingly, 773 CpG sites including promoter regions of 61 genes were identified to be commonly hypermethylated in more than half of the cases, suggesting conserved DNA methylation patterns that are abnormal in GIL. This study revealed that there was a large number of hypermethylated sites that are common in most of canine GIL. These abnormal DNA methylation could be involved in tumorigenesis of the canine GIL.
• Dynamic changes in DNA methylation patterns in canine lymphoma cell lines demonstrated by genome-wide quantitative DNA methylation analysis
  J. Yamazaki; J. Jelinek; S. Hisamoto; A. Tsukamoto; M. Inaba
  Veterinary Journal, 231, 48, 54, Bailliere Tindall Ltd, 2018年01月01日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A CpG island methylator phenotype in acute myeloid leukemia independent of IDH mutations and associated with a favorable outcome
  A. D. Kelly; H. Kroeger; J. Yamazaki; R. Taby; F. Neumann; S. Yu; J. T. Lee; B. Patel; Y. Li; R. He; S. Liang; Y. Lu; M. Cesaroni; S. A. Pierce; S. M. Kornblau; C. E. Bueso-Ramos; F. Ravandi; H. M. Kantarjian; J. Jelinek; J-P J. Issa
  LEUKEMIA, 31, 10, 2011, 2019, 2017年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Magnifying narrow-band imaging of gastric mucosal morphology predicts the H. pylori-related epigenetic field defect
  Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Sayumi Tahara; Masaaki Okubo; Tomohiko Kawamura; Noriyuki Horiguchi; Takamitsu Ishizuka; Mitsuo Nagasaka; Yoshihito Nakagawa; Tomoyuki Shibata; Makoto Kuroda; Naoki Ohmiya
  SCIENTIFIC REPORTS, 7, 1, 3090, 2017年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Localization of Toll-like Receptor (TLR) 2 and TLR4 mRNA in the Colorectal Mucosa of Miniature Dachshunds with Inflammatory Colorectal Polyps
  N. Yokoyama; H. Ohta; J. Yamazaki; Y. Kagawa; O. Ichii; N. Khoirun; T. Morita; T. Osuga; S. Y. Lim; N. Sasaki; K. Morishita; K. Nakamura; M. Takiguchi
  JOURNAL OF COMPARATIVE PATHOLOGY, 156, 2-3, 183, 190, 2017年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Case report: Congenital methemoglobinemia in a cat with the reduced NADH-cytochrome b5 reductase 3 activity and missense mutations in CYB5R3
  Akiyoshi Tani; Jumpei Yamazaki; Kensuke Nakamura; Mitsuyoshi Takiguchi; Mutsumi Inaba
  Japanese Journal of Veterinary Research, 65, 4, 201, 206, Hokkaido University, 2017年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Minimal residual disease in canine lymphoma: An objective marker to assess tumour cell burden in remission
  Masahiko Sato; Jumpei Yamazaki; Yuko Goto-Koshino; Asuka Setoguchi; Masashi Takahashi; Kenji Baba; Yasuhito Fujino; Koichi Ohno; Hajime Tsujimoto
  VETERINARY JOURNAL, 215, 38, 42, 2016年09月, ［査読有り］
  英語
• Mutation spectrum of TP53 gene predicts clinicopathological features and survival of gastric cancer
  Tomomitsu Tahara; Tomoyuki Shibata; Yasuyuki Okamoto; Jumpei Yamazaki; Tomohiko Kawamura; Noriyuki Horiguchi; Masaaki Okubo; Naoko Nakano; Takamitsu Ishizuka; Mitsuo Nagasaka; Yoshihito Nakagawa; Naoki Ohmiya
  ONCOTARGET, 7, 27, 42252, 42260, 2016年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Hypomethylation of TET2 Target Genes Identifies a Curable Subset of Acute Myeloid Leukemia
  Jumpei Yamazaki; Rodolphe Taby; Jaroslav Jelinek; Noel J. M. Raynal; Matteo Cesaroni; Sherry A. Pierce; Steven M. Kornblau; Carlos E. Bueso-Ramos; Farhad Ravandi; Hagop M. Kantarjian; Jean-Pierre J. Issa
  JNCI-JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE, 108, 2, 2016年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Methylome sequencing for fibrolamellar hepatocellular carcinoma depicts distinctive features
  Gabriel G. Malouf; Tomomitsu Tahara; Valerie Paradis; Monique Fabre; Catherine Guettier; Jumpei Yamazaki; Hi Long; Yue Lu; Noel J-M Raynal; Jaroslav Jelinek; Roger Mouawad; David Khayat; Laurence Brugieres; Eric Raymond; Jean-Pierre J. Issa
  EPIGENETICS, 10, 9, 872, 881, 2015年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• TET2 Mutations Affect Non-CpG Island DNA Methylation at Enhancers and Transcription Factor-Binding Sites in Chronic Myelomonocytic Leukemia
  Jumpei Yamazaki; Jaroslav Jelinek; Yue Lu; Matteo Cesaroni; Jozef Madzo; Frank Neumann; Rong He; Rodolphe Taby; Aparna Vasanthakumar; Trisha Macrae; Kelly R. Ostler; Hagop M. Kantarjian; Shoudan Liang; Marcos R. Estecio; Lucy A. Godley; Jean-Pierre J. Issa
  CANCER RESEARCH, 75, 14, 2833, 2843, 2015年07月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Vital signs monitoring during injectable and inhalant anesthesia in mice
  Atsushi Tsukamoto; Kazuya Serizawa; Reiichiro Sato; Jumpei Yamazaki; Tomo Inomata
  EXPERIMENTAL ANIMALS, 64, 1, 57, 64, 2015年01月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Effect of midazolam and butorphanol premedication on inhalant isoflurane anesthesia in mice
  Atsushi Tsukamoto; Mami Iimuro; Reiichiro Sato; Jumpei Yamazaki; Tomo Inomata
  Experimental Animals, 64, 2, 139, 145, International Press Editing Centre Incorporation, 2014年12月16日, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• 成人T細胞白血病マウスモデルを用いた癌幹細胞ニッチ形成における破骨細胞の機能解析と破骨細胞を標的とした治療法の開発
  水上 拓郎; 滝澤 和也; 栗林 和華子; 平松 竜司; 倉光 球; 山崎 淳平; Hall William; 長谷川 秀樹; 山口 一成; 浜口 功
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 156回, 194, 194, (公社)日本獣医学会, 2013年08月, ［査読有り］
  日本語
• Establishment of Five Canine Lymphoma Cell Lines and Tumor Formation in a Xenotransplantation Model
  Saori Umeki; Yasuo Ema; Ryoichi Suzuki; Masahito Kubo; Toshiharu Hayashi; Yasuhiko Okamura; Jumpei Yamazaki; Hajime Tsujimoto; Kenji Tani; Hiroko Hiraoka; Masaru Okuda; Takuya Mizuno
  JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE, 75, 4, 467, 474, 2013年04月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The prognostic significance of minimal residual disease in the early phases of chemotherapy in dogs with high-grade B-cell lymphoma
  Masahiko Sato; Jumpei Yamzaki; Yuko Goto-Koshino; Masashi Takahashi; Yasuhito Fujino; Koichi Ohno; Hajime Tsujimoto
  Veterinary Journal, 195, 3, 319, 324, 2013年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Epigenetic aspects of MDS and its molecular targeted therapy
  Jumpei Yamazaki; Jean-Pierre J. Issa
  INTERNATIONAL JOURNAL OF HEMATOLOGY, 97, 2, 175, 182, 2013年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The epigenome of AML stem and progenitor cells.
  Yamazaki J; Estecio MR; Lu Y; Long H; Malouf GG; Graber D; Huo Y; Ramagli L; Liang S; Kornblau SM; Jelinek J; Issa JP
  Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society, 8, 1, 92, 104, 2013年01月, ［査読有り］
• Architecture of epigenetic reprogramming following Twist1-mediated epithelial-mesenchymal transition
  Gabriel G. Malouf; Joseph H. Taube; Yue Lu; Tapasree Roysarkar; Shoghag Panjarian; Marcos R. H. Estecio; Jaroslav Jelinek; Jumpei Yamazaki; Noel J-M Raynal; Hai Long; Tomomitsu Tahara; Agata Tinnirello; Priyanka Ramachandran; Xiu-Ying Zhang; Shoudan Liang; Sendurai A. Mani; Jean-Pierre J. Issa
  GENOME BIOLOGY, 14, 12, R144, 2013年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• マウスモデルを用いたATL癌幹細胞及びそのニッチの解析
  水上 拓郎; 滝澤 和也; 山崎 淳平; 倉光 球; 百瀬 暖佳; 益見 厚子; 長谷川 秀樹; 山口 一成; 浜口 功
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154回, 172, 172, (公社)日本獣医学会, 2012年08月, ［査読有り］
  日本語
• Effects of TET2 mutations on DNA methylation in chronic myelomonocytic leukemia
  Jumpei Yamazaki; Rodolphe Taby; Aparna Vasanthakumar; Trisha Macrae; Kelly R. Ostler; Lanlan Shen; Hagop M. Kantarjian; Marcos R. Estecio; Jaroslav Jelinek; Lucy A. Godley; Jean-Pierre J. Issa
  EPIGENETICS, 7, 2, 201, 207, 2012年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• HTLV-1 Taxトランスジェニックマウスを用いたATL癌幹細胞及びそのニッチの同定
  水上 拓郎; 滝沢 和也; 山崎 淳平; 倉光 球; 百瀬 暖佳; 益見 厚子; 長谷川 秀樹; 山口 一成; 浜口 功
  日本獣医学会学術集会講演要旨集, 152回, 171, 171, (公社)日本獣医学会, 2011年08月, ［査読有り］
  日本語
• Evaluation of Cytoreductive Efficacy of Vincristine, Cyclophosphamide, and Doxorubicin in Dogs with Lymphoma by Measuring the Number of Neoplastic Lymphoid Cells with Real-Time Polymerase Chain Reaction
  M. Sato; J. Yamazaki; Y. Goto-Koshino; M. Takahashi; Y. Fujino; K. Ohno; H. Tsujimoto
  JOURNAL OF VETERINARY INTERNAL MEDICINE, 25, 2, 285, 291, 2011年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Increase in Minimal Residual Disease in Peripheral Blood before Clinical Relapse in Dogs with Lymphoma that Achieved Complete Remission after Chemotherapy
  M. Sato; J. Yamazaki; Y. Goto-Koshino; M. Takahashi; Y. Fujino; K. Ohno; H. Tsujimoto
  JOURNAL OF VETERINARY INTERNAL MEDICINE, 25, 2, 292, 296, 2011年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Monitoring of Minimal Residual Disease (MRD) after Multidrug Chemotherapy and Its Correlation to Outcome in Dogs with Lymphoma: A Proof-of-Concept Pilot Study
  J. Yamazaki; M. Takahashi; A. Setoguchi; Y. Fujino; K. Ohno; H. Tsujimoto
  JOURNAL OF VETERINARY INTERNAL MEDICINE, 24, 4, 897, 903, 2010年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Identification of cancer stem cells in a Tax-transgenic (Tax-Tg) mouse model of adult T-cell leukemia/lymphoma
  Jumpei Yamazaki; Takuo Mizukami; Kazuya Takizawa; Madoka Kuramitsu; Haruka Momose; Atsuko Masumi; Yasushi Ami; Hideki Hasegawa; William W. Hall; Hajime Tsujimoto; Isao Hamaguchi; Kazunari Yamaguchi
  BLOOD, 114, 13, 2709, 2720, 2009年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Quantitative assessment of minimal residual disease (MRD) in canine lymphoma by using real-time polymerase chain reaction
  Jumpei Yamazaki; Kenji Baba; Yuko Goto-Koshino; Asuka Setoguchi-Mukai; Yasuhito Fujino; Koichi Ohno; Hajime Tsujimoto
  VETERINARY IMMUNOLOGY AND IMMUNOPATHOLOGY, 126, 3-4, 321, 331, 2008年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Canine CD20 gene
  R Kano; C Inoiue; H Okano; J Yamazaki; T Takahashi; T Watari; M Tokuriki; A Hasegawa
  VETERINARY IMMUNOLOGY AND IMMUNOPATHOLOGY, 108, 3-4, 265, 268, 2005年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Effect of antineoplastic drugs on the expression of Bcl-2 and Bcl-xL genes in the feline T-cell leukemia cell line
  J Sano; S Nagafuchi; J Yamazaki; K Oguma; R Kano; A Hasegawa
  RESEARCH IN VETERINARY SCIENCE, 79, 3, 197, 201, 2005年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Acute monocytic leukaemia in a cat
  N Nagashima; R Kano; A Hirai; J Yamazaki; C Inoue; M Hisasue; PF Moore; A Hasegawa
  VETERINARY RECORD, 157, 12, 347, 349, 2005年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Expression of apoptosis-related gene mRNAs in feline T-cells infected with feline immunodeficiency virus (FIV)
  J Yamazaki; N Hasebe; S Nagafuchi; K Baba; H Tsujimoto; R Kano; A Hasegawa
  VETERINARY MICROBIOLOGY, 101, 1, 1, 8, 2004年06月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）

• 患者腫瘍組織移植モデル(PDX)を用いた犬の前立腺癌・移行上皮癌に対するダブラフェニブの有効性の評価
  大橋咲子; 木之下怜平; 木之下怜平; 青島圭佑; 山尾結衣; 山崎淳平; 金尚昊; 細谷謙次; 山崎淳平; 金尚昊; 細谷謙次; 滝口満喜, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 167th, 2024年
• イヌ血管肉腫におけるヒストンラクチル化の役割および代謝の特徴の解析
  鈴木玲海; 青島圭佑; 山崎淳平; 平島一輝; 木村享史, 日本癌学会学術総会抄録集(Web), 83rd, 2024年
• RAISING法を用いたネコ白血病ウイルスの挿入位置決定技術の開発
  佐藤真; 久保田渉誠; 相原浩揮; 直亨則; 斎藤益満; 中村健介; 山崎淳平; 松平崇弘, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 167th, 2024年
• イヌ血管肉腫におけるヒストンラクチル化とグルタミン代謝の役割の解析
  鈴木玲海; 青島圭佑; 山崎淳平; 安井博宣; 平島一輝; 木村享史, がんと代謝研究会プログラム&抄録集, 9th, 2023年
• イヌ血管肉腫におけるDNAメチル化異常とDNAメチル化阻害による抗腫瘍効果
  鹿又崚; 青島圭佑; 青島圭佑; 鈴木玲海; 山崎淳平; 山崎淳平; 木村享史, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 166th, 2023年
• イヌ血管肉腫におけるヒストンラクチル化およびグルタミン代謝の役割の解析
  鈴木玲海; 青島圭佑; 山崎淳平; 安井博宣; 平島一輝; 木村享史, 日本癌学会学術総会抄録集(Web), 82nd, 2023年
• 犬尿路上皮癌におけるPDXモデルの樹立
  森下 大暉; 木之下 怜平; 青島 圭佑; 細谷 謙次; 山崎 淳平; 滝口 満喜, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165回, [B2P, 03], 2022年09月
  (公社)日本獣医学会, 日本語
• イヌの肝細胞腫瘍におけるDNAメチル化の網羅的解析
  淺利 友; 山崎 淳平; Oo Thander; 細谷 謙次; 金 尚昊; 木之下 怜平; 竹内 恭介; 賀川 由美子; 佐々木 東; 中村 健介; 滝口 満喜, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 164回, [HSO, 30], 2021年09月
  (公社)日本獣医学会, 日本語
• 非再生性免疫介在性貧血の犬における脾臓摘出術前後の血清中蛋白の網羅的解析
  菅原 芽伊; 山崎 淳平; 森下 啓太郎; 金 尚昊; 細谷 謙次; 佐々木 東; 中村 健介; 滝口 満喜, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 164回, [HSO, 60], 2021年09月
  (公社)日本獣医学会, 日本語
• エピジェネティック治療
  山崎淳平, Veterinary Oncology, 2020年04月, ［招待有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
• 輸血前検査と血液型
  山崎淳平, Veterinary Board, 2020年01月, ［招待有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
• 過去3年間の輸血後副反応に関する回顧的研究
  細田 千尋; 森下 啓太郎; 山崎 淳平; 高田 健介; 細谷 謙次; 金 尚昊; 佐々木 東; 大田 寛; 滝口 満喜, 北海道獣医師会雑誌, 63, 8, 337, 337, 2019年08月
  (公社)北海道獣医師会, 日本語
• 第13回日本獣医内科学アカデミー学術大会「研究発表」JVM賞受賞研究 犬におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析法の樹立
  久本 真也; 山崎 淳平; 稲葉 睦, 獣医畜産新報, 70, 7, 504, 506, 2017年07月
  文永堂出版, 日本語
• A CpG island methylator phenotype in acute myeloid leukemia independent of IDH mutations and associated with a favorable outcome
  Andrew D. Kelly; Heike Kroeger; Jumpei Yamazaki; Rodolphe Taby; Frank Neumann; Sijia Yu; Justin T. Lee; Rong He; Shoudan Liang; Yue Lu; Matteo Cesaroni; Sherry A. Pierce; Steven M. Kornblau; Carlos E. Bueso-Ramos; Farhad Ravandi; Hagop M. Kantarjain; Jaroslav Jelinek; Jean-Pierre J. Issa, CANCER RESEARCH, 76, 2016年07月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Magnifying Narrow-Band Imaging of Gastric Mucosal Morphology Correlates With H. pylori Related Epigenetic Field Defect
  Tomomitsu Tahara; Jumpei Yamazaki; Tomoyuki Shibata; Masaaki Okubo; Tomohiko Kawamura; Noriyuki Horiguchi; Takamitsu Ishizuka; Naoko Nakano; Mitsuo Nagasaka; Yoshihito Nakagawa; Naoki Ohmiya, GASTROENTEROLOGY, 150, 4, S359, S360, 2016年04月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Genome-wide methylation analysis reveals an independently validated CpG island methylator phenotype associated with favorable prognosis in acute myeloid leukemia.
  Andrew D. Kelly; Heike Kroeger; Jumpei Yamazaki; Rodolphe Taby; Frank Neumann; Justin T. Lee; Rong He; Shoudan Liang; Yue Lu; Matteo Cesaroni; Sherry A. Pierce; Steven M. Kornblau; Carlos E. Bueso-Ramos; Farhad Ravandi; Hagop M. Kantarjian; Jean-Pierre J. Issa; Jaroslav Jelinek, CLINICAL CANCER RESEARCH, 21, 2015年09月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• ミニチュア・ダックスフンドの炎症性結直腸ポリープ症例の結直腸粘膜におけるToll-like receptor 2,4の局在解析
  横山 望; 大田 寛; 賀川 由美子; 山崎 淳平; 市居 修; Khoirun Nisa; 森田 智也; 大菅 辰幸; 佐々木 東; 森下 啓太郎; 中村 健介; 滝口 満喜, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 158回, 402, 402, 2015年08月
  (公社)日本獣医学会, 日本語
• 犬のリンパ腫における微小残存病変（MRD)
  山崎淳平, Veterinary Oncology, 2015年, ［招待有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
• CpG hypermethylation marks potentially curable acute myeloid leukemia
  Jaroslav Jelinek; Heike Kroeger; Jumpei Yamazaki; Rodolphe Taby; Frank Neumann; Justin T. Lee; Rong He; Shoudan Liang; Yue Lu; Matteo Cesaroni; Sherry A. Pierce; Steven M. Kornblau; Carlos E. Bueso-Ramos; Farhad Ravandi-Kashani; Hagop M. Kantarjian; Jean-Pierre J. Issa, CANCER RESEARCH, 74, 19, 2014年10月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• An siRNA screen identifies CHD4 as a target for epigenetic therapy
  Yasuyuki Okamoto; Jumpei Yamazaki; Takahiro Sato; Matteo Cesaroni; Woonbok Chung; Judith Garriga; Jaroslav Jelinek; Richard A. Katz; Jean-Pierre Issa, CANCER RESEARCH, 74, 19, 2014年10月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• The Osteoclast Targeting Therapy In Bone Metastasis For a Mouse Model Of Adult T Cell Leukemia
  Takuo Mizukami; Kazuya Takizawa; Jumpei Yamazaki; Wakako Kuribayashi; Madoka Kuramitsu; Ryuji Hiramatsu; William W. Hall; Hideki Hasegawa; Kazunari Yamaguchi; Isao Hamaguchi, BLOOD, 122, 21, 2013年11月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Cancer Drivers Affected by Aberrant DNA Methylation in MDS and AML
  Jaroslav Jelinek; Shoudan Liang; Frank Neumann; Rong He; Yue Lu; Jumpei Yamazaki; Rodolphe F. Taby; Louis Ramagli; Marcos R. Estecio; Jean-Pierre Issa, BLOOD, 118, 21, 747, 748, 2011年11月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Limited Effect of TET2 Mutations on Promoter DNA Methylation in Chronic Myelomonocytic Leukemia
  Jumpei Yamazaki; Rodolphe F. Taby; Aparna Vasanthakumar; Trisha Macrae; Kelly R. Ostler; Lanlan Shen; Hagop M. Kantarjian; Marcos R. Estecio; Jaroslav Jelinek; Lucy Godley; Jean-Pierre Issa, BLOOD, 118, 21, 599, 599, 2011年11月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Methylation status of histone H3 Lysine 4 in normal melanocytes is a major determinant of DNA hypermethylation in melanoma
  Hai Long; Yue Lu; Jumpei Yamazaki; Na Yoon; Marcos R. H. Estecio; Jaroslav Jelinek; Shoudan Liang; Jean-Pierre J. Issa, CANCER RESEARCH, 71, 2011年04月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• 犬のリンパ腫における微小残存病変(MRD)解析とその臨床的有用性
  山崎淳平, 小動物腫瘍臨床, 2011年, ［招待有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
• Genome-Wide Epigenetic Analysis of Cancer Stem Cells (CSCs) In Acute Myeloid Leukemia
  Jumpei Yamazaki; Marcos R. Estecio; Jaroslav Jelinek; David Graber; Yue Lu; Louis Ramagli; Shoudan Liang; Steven M. Kornblau; Jean-Pierre Issa, BLOOD, 116, 21, 1497, 1497, 2010年11月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Estimating frequency of cancer stem cells in a mouse model of adult T-cell leukemia/lymphoma
  Jumpei Yamazaki; Takuo Mizukami; William W. Hall; Isao Hamaguchi, BLOOD, 115, 10, 2118, 2118, 2010年03月
  英語, 速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）
• HTLV-1 Taxトランスジェニックマウスを用いたATL様腫瘍幹細胞の同定と解析
  滝澤 和也; 水上 拓郎; 山崎 淳平; 倉光 球; 百瀬 暖佳; 益見 厚子; 本嶋 藍; 鶴野 親是; 大隈 和; 長谷川 秀樹; 浜口 功; 山口 一成, 臨床血液, 50, 9, 1170, 1170, 2009年09月
  (一社)日本血液学会-東京事務局, 日本語
• 犬リンパ腫の微小残存病変定量によるウィスコンシン大学多剤併用プロトコール期間中に使用される各抗癌剤の効果の比較
  佐藤雅彦; 山崎淳平; 後藤裕子; 高橋雅; 藤野泰人; 大野耕一; 辻本元, 獣医畜産新報, 1056, 2009年
• イヌのNHLにおける微小残存病変の検討
  山崎淳平; 馬場健司; 瀬戸口明日香; 藤野泰人; 大野耕一; 辻本元, 臨床血液, 48, 9, 952, 2007年09月30日
  日本語

• 猫の治療ガイド2020 : 私はこうしている
  山崎淳平, 輸血療法 輸血副作用
  Eduward press, 2020年08月, 9784866711225, xvi, 963, 23p, 日本語, ［分担執筆］
• 犬の治療ガイド2020 : 私はこうしている
  山崎淳平, 輸血療法 輸血副作用
  株式会社EDUWARD Press, 2020年08月, ［分担執筆］

• イヌのがんにおける異常DNAメチル化解析
  山崎淳平
  遺伝研研究会「コンパニオンアニマルのゲノム医療」, 2020年12月12日, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  ［招待講演］
• イヌ腫瘍の新たなメカニズム～異常DNAメチル化～
  山崎淳平
  第16回日本獣医内科学アカデミー学術大会（JCVIM2020）, 2020年02月
  ［招待講演］
• AML患者の治療奏功群を規定するTET2特異的可変メチル化領域の同定
  山崎淳平
  第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月
  ［招待講演］
• イヌを用いたトランスレーショナル・エピジェネティクス研究
  山崎淳平
  日本人類遺伝学会第64回大会, 2019年11月
  ［招待講演］
• エピジェネティクス 臨床応用の新たな可能性
  山崎 淳平
  第14回日本獣医内科学アカデミー学術大会（JCVIM2018）, 2018年02月
  ［招待講演］
• 犬のリンパ腫における微小残存病変（MRD）
  山崎 淳平
  第12回日本獣医がん学会, 2015年01月
  ［招待講演］
• リンパ腫の微小残存病変(MRD)定量システム
  山崎 淳平
  第7回日本獣医内科学アカデミー学術大会（JCVIM2011）, 2011年02月
  ［招待講演］
• リンパ腫症例における微小残存病変（MRD）定量でわかること
  山崎 淳平
  第4回日本獣医内科学アカデミー学術大会（JCVIM2007）, 2007年08月
  ［招待講演］

• 伴侶動物獣医療実習, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 大学院共通授業科目（一般科目）：複合領域, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• 伴侶動物夜間・救急獣医療実習, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 汎動物科学特論, 2024年, 博士後期課程, 獣医学院
• 伴侶動物獣医療実習Ⅰ, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 保全医学演習, 2024年, 博士後期課程, 獣医学院
• 伴侶動物獣医療実習Ⅱ, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 保全医学演習, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
• 総合獣医療実習, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 獣医コミュニケーション演習, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 伴侶動物獣医療実習Ⅰ, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 伴侶動物獣医療実習Ⅱ, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• 総合獣医療実習, 2024年, 学士課程, 獣医学部
• アドバンスト演習, 2024年, 学士課程, 獣医学部

• 日本エピジェネティクス研究会
• 日本獣医学会
• 日本獣医輸血研究会

• ネコの腎臓に出現する巨大ビオチン含有構造物の発見
  科学研究費助成事業
  2025年06月27日 - 2028年03月31日
  市居 修; 福島 建次郎; 大谷 祐紀; 山崎 淳平; 難波 貴志
  日本学術振興会, 挑戦的研究(萌芽), 北海道大学, 25K22407
• 外来性の化学物質（xenobiotics）に対する哺乳類の適応進化/変化
  科学研究費助成事業
  2021年04月05日 - 2026年03月31日
  石塚 真由美; 早川 卓志; 武田 一貴; 川合 佑典; 山崎 淳平; 池中 良徳; 中山 翔太
  我々はこれまでの研究により、高次の動物が外来性の化学物質（Xenobiotics）への「適応」ために、化学物質の代謝や排泄など、解毒のカスケードに沿って薬物代謝酵素などの一連の多様性を発展させてきたとの仮説を立てた。化学物質感受性には多様性があり、解毒代謝酵素の解析から、この多様性獲得の主要因は食餌由来の化学物質である可能性を報告した。本研究では食性の観点および重度環境汚染域に棲息する動物を中心に、哺乳類が日常的に曝露される化学物質にどのように適応してきたのか、多様な種を用いてその進化を機能面から明らかにする。これまでの研究で構築してきた多様な動物試料を用いた研究体制を生かし、食性のユニークな動物種を対象としたウェットな実験や、データベースを用いた網羅的解析により、外来性の化学物質に対する動物の「適応」と「共存」メカニズムを明らかにする。
  
  
  今年度は、食肉目クマ科、スカベンジャー種（腐肉食類）等について、ゲノムデータベースを用いた遺伝子解析を行った。外来化学物質の代謝を担う第I相反応酵素シトクロムP450、第II相反応のグルクロン酸転移酵素や硫酸転移酵素について、種間比較を行い、食性との関連性について解析した。特に硫酸転移酵素についてはこれまで分子進化と食性に関するデータは少なく、研究成果については、現在論文を作成している。野生げっ歯類、トカゲ、一部の食肉性哺乳類について、次世代シークエンサーを用いて、エクソーム解析およびトランスクリプトームを行っている。また農薬や重金属の環境汚染地域に生活・棲息している野生げっ歯類及びヒトについてメタボローム解析を行った。現在データを解析中であるが、野生げっ歯類についてはDDT高濃度汚染域に棲息している野生げっ歯類のステロイド代謝への影響が認められた。現在、野生げっ歯類をDDT環境汚染レベル下で世代飼育し、フィールドデータの検証を行っている。
  日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 21H04919
• 汚染土壌の重金属濃度を下げずに生物・人への移行、蓄積、毒性影響を低減する技術
  科学研究費助成事業
  2023年04月 - 2026年03月
  中山 翔太; 伊藤 真由美; 山崎 淳平; 江口 哲史; 内田 義崇
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 23K28235
• 尿のリンパ組織発達誘導を中心とする腎盤－腎臓病態軸
  科学研究費助成事業
  2021年04月05日 - 2025年03月31日
  市居 修; 岡村 匡史; 昆 泰寛; 西邑 隆徳; 矢吹 映; 山崎 淳平; 中村 鉄平; 細谷 実里奈; 堀野 太郎
  ヒトと伴侶動物では、個体の高齢化に伴い慢性腎臓病(CKD)症例が増えている。CKDは糸球体や尿細管間質の慢性炎症を主体とし、難治性である。近年、腎臓内に形成された誘導性 リンパ組織による慢性炎症の増悪と遷延が問題視されている。我々は腎盤(腎臓から尿を受ける嚢状構造、腎盂)に尿路関連リンパ組織(UTALT/UTALS)を発見し、その発達がCKD進行と強く相関することを見出した。本研究では、疾患モデル動物や伴侶動物・ヒト症例の精査を基軸に、CKDにおけるUTALS発達の意義、特に腎臓の慢性炎症との病態連関を解明する。さらに、UTALTが発達する理由として“CKD時の尿が導く腎盤上皮バリアの脆弱化とそれに続く尿の腎盤侵入”を証明し、尿の新たな存在意義“リンパ組織の発達誘導”を提唱する。
  これまでヒトとマウスのUTALSは、移行上皮直下でT細胞、B細胞やマクロファージ等の免疫細胞で構成され、膠原線維や細網線維を含むことを明らかにした。また、腎盤UTALSでは、CCL・CXCLケモカインおよびその受容体遺伝子が発現しており、これらケモカインは主に腎盤間質に発現していた。腎炎モデルマウス(MRL/lpr)のUTALSは顕著に発達し、CCL・CXCLケモカインの発現は腎病理スコア(糸球体傷害、尿細管間質傷害、誘導性リンパ組織形成)と有意に正の相関にあった。また、MRL/lprの腎盤上皮は形態や細胞間接着分子(Occludin、ZO-1)の発現を変化させ、腎盤上皮バリア異常が示唆された。さらに色素の尿路逆行性投与実験において、MRL/lprでは色素が腎盤腔から腎盤組織に漏れ出た。今後、尿とUTALSの関係をさらに詳細に解析する。
  腎盤を巻き込む腎臓病の重篤化は深刻であり、死亡率も高い。本研究では、UTALSを中心とした腎盤－腎臓病態軸の解明から、難治性疾患CKDの治療戦略に新たな道を切り拓く。
  日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 21H04751
• 異常DNAメチル化をターゲットとした腫瘍の微小残存病変検出法と超早期診断法の確立
  科学研究費助成事業
  2021年04月01日 - 2025年03月31日
  山崎 淳平; 木之下 怜平; 松本 悠貴
  イヌの悪性黒色腫における特異的なDNAメチル化の変化を血漿中セルフリーDNAに応用し、次世代シークエンサーを用いて微小な腫瘍細胞を検出することによってイヌの悪性黒色腫の早期発見および治療後の新規方針策定につなげるため、R5年度は以下の項目について検討を行った。
  
  
  1. 腫瘍症例の臨床的評価・検体収集：北海道大学動物医療センターに来院する犬のリンパ腫および悪性黒色腫の症例、肛門嚢腺癌や移行上皮癌症例を追跡、組織サンプルを採取、また血漿を収集し凍結保存した。2. 解析候補メチル化領域の選抜：悪性黒色腫に関しては5か所のCpG配列に絞り込んである。その他の疾患については、特異的CpG配列の同定をすすめている。3. 臨床的評価との相関解析：本年度はさらに6症例延べ8個の異なる症例かつ異なる日付の血漿サンプルについて、上記5か所のDNAメチル化定量を行った。このうち、数症例において同時に評価した腫瘍の進行度とDNAメチル化レベルとの相関が見られた。4. 肛門嚢腺癌2症例における治療前・後の血漿DNAを直接ゲノムワイドDNAメチル化解析に供する試みを行ったところ、700～3000箇所のDNAメチル化レベルが変化していることが判明し、経時的なDNAメチル化の変化を捉えることが可能であることが示唆された。候補CpG領域単独よりも広範な領域をターゲットとすることで、より正確な病状変化との相関を見いだすことが可能となるかもしれない。現在、より多くのサンプルで見られるかどうかサンプル数を増やしている。5. 超早期診断への応用：一次病院における同一個体の数か月～1年毎の定期健康診断サンプルを経時的に収集中である。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 23K21264
• 異常DNAメチル化をターゲットとした腫瘍の微小残存病変検出法と超早期診断法の確立
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2021年04月01日 - 2025年03月31日
  山崎 淳平
  イヌ悪性黒色腫に特異的なDNAメチル化変化部位6カ所を選別、バイサルファイトシークエンス用のPCRアッセイを構築した。血漿中セルフリーDNAからのDNAメチル化検出が可能がどうか検討を行うため、イヌ悪性黒色腫症例の保存血漿よりセルフリーDNAを抽出後、PCRを行い期待通りの増幅産物を確認した。本PCR産物を次世代シークエンスによる解析に進めるため、異なる症例および異なる日付ごとにバーコードプライマーを用いてライブラリ作製を行った。その後、次世代シークエンスによって得られたfastqファイルについてTrim-galoreによるアダプター除去、bismarkによるイヌゲノムの仮想バイサルファイト処理を行ったデータへのマッピング、各CpGサイトにおけるメチル化／非メチル化数のカウントを行った。その結果、最低でもカバレッジが10,000、最高で1,000,000得られた、つまり0.01%から0.0001%のメチル化を定量可能であることが判明した。また、この際の次世代シークエンスによる解析のコストは数万円であったため、同時に解析したサンプル数が10以上であることを考慮すると、定量とコストに見合った結果が得られることが確認できた。
  DNAメチル化定量に関する結果においては、まずその信頼性のチェックのために血漿中セルフリーDNAと並行して腫瘍細胞そのものを同方法によってメチル化を定量したところ、当然のことながら正常細胞には見られない異常なメチル化が検出可能であった。次に血漿セルフリーDNAを用いたDNAメチル化定量では、0.01%-0.2%ほどのメチル化が検出された。本メチル化量が病状と相関するか、サンプル数を増やしている。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 21H02351
• 副腎－肝臓連関によるイヌ肝細胞癌発症メカニズムの解明
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2020年04月01日 - 2023年03月31日
  滝口 満喜; 村上 正晃; 山崎 淳平; 池中 良徳
  犬の肝細胞癌における、ステロイドホルモン産生過剰を起点とする発がん仮説の検証を目指し、前年度に引き続いた検討を行った。2年目となる本年度は肝細胞癌・副腎皮質機能亢進症罹患犬における血中ステロイドホルモン・代謝産物のプロファイリング、ならびに肝臓組織でのエピゲノム変異の解析を遂行した。
  ステロイドプロファイリングでは前年度に確立した測定系を発展拡大させ、新たに6種の副腎皮質ホルモンと4種の代謝産物を合わせた、合計19種類のステロイドプロファイル解析が可能となった。この新たな測定系を用いて、肝細胞癌36症例、副腎皮質機能亢進症15症例、併発11症例、コントロール19症例を対象として、血液中のステロイドプロファイルを解析した。しかし、血液中のステロイドプロファイルに疾患特異性、もしくは疾患群間での差が認められなかった。
  DNAメチル化の解析では、実験的ステロイドホルモン誘発性脂肪肝、副腎皮質腫機能亢進症併発肝細胞癌および肝細胞癌単独症例の腫瘍組織と腫瘍近傍組織の、合計3種類の肝臓組織を用い、多段階発癌仮説の検証を試みた。その結果、脂肪肝・近傍組織・腫瘍組織と段階的なメチル化変化が存在し、腫瘍においてメチル化レベルの高い遺伝子が6、低い遺伝子が12、抽出できた。
  現時点では血中ステロイドプロファイルに肝細胞癌と副腎皮質機能亢進症との関連を示唆する血中ステロイドプロファイリングは見つかっていない。一方で、ステロイド肝から腫瘍への段階的なDNAメチル化レベルの変化が存在することが明らかになった。犬の肝細胞癌においてステロイドが発症に役割を果たしていることは十分に予想され、本年度の成果を複合的かつ詳細に解析することで、多段階発がん説の検証が進む。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 20H03139
• 魚類における自然免疫記憶の誘導機構の解明
  科学研究費助成事業 基盤研究(C)
  2020年04月01日 - 2023年03月31日
  瀧澤 文雄; 末武 弘章; 山崎 淳平
  単球・マクロファージは、自然免疫応答の中心的な白血球であり、病原体に対する初期応答の中枢を担っている。サイトカインであるコロニー刺激因子１（CSF1）は、単球・マクロファージの増殖、分化、および生存に関わる因子であり、我々はこれまでにトラフグのCSF1遺伝子の単離に成功している。そこで、トラフグCSF1組換えタンパク質を用いて、マクロファージの培養を試みるためにトラフグの分泌型CSF1bの組換えタンパク質の大量作製および精製を行った。
  血液や腎臓の白血球から単球・マクロファージを分離するために、従来行われているプラスチックフラスコに対する接着法を試みた。接着した細胞のうち、6割ほどがマクロファージであり、白血球中のマクロファージの濃度を高めることには成功した。しかし、遺伝子発現などによりマクロファージの特性を正確に測定するためには、マクロファージをより高純度に精製する必要である。これまでに、トラフグマクロファージのマーカーとなる分子候補をいくつか発見できているため、これら分子およびセルソーターを利用してマクロファージの精製を試みている。
  魚類のマクロファージは、主に血液や腎臓に存在するが、魚類特有の器官である鰾にもマクロファージのマーカー遺伝子が発現していることが確認でき、ウイルス感染によりこれらマーカー遺伝子の発現量の増加が認められた。以上から、血液やリンパ組織に限らず、粘膜組織においてもマクロファージが感染防御に関わることが分かった。
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 福井県立大学, 20K06230
• イヌの新規ゲノムワイドDNAメチル化解析：腫瘍性疾患特異的DNAメチル化の同定
  科学研究費助成事業 基盤研究(C)
  2018年04月01日 - 2021年03月31日
  山崎 淳平; 市居 修
  イヌの悪性黒色腫、消化器型リンパ腫および肝細胞癌におけるエピジェネティクス特にDNAメチル化に関し、次世代シークエンサーを用いて新たな知見を得ることによってイヌの腫瘍疾患メカニズムを解明することにつなげるため、令和元年度は以下の項目について検討を行った。
  イヌの口腔粘膜型悪性黒色腫28症例と正常犬の口腔内粘膜組織４種類をサンプルとして用いた。
  DNAメチル化の状態によって共通の認識部位(CCCGGG)の切断形式が異なる２種類の制限酵素(SmaI, XmaI)を用いてDNAを切断し、次世代シークエンサーを利用して、ゲノム上に存在するCpGサイトのDNAメチル化の定量解析を行った。各サンプルにおいて、約130,000～180,000箇所のCpGサイトにおけるDNAメチル化の定量解析が可能であった。次に、全てのサンプルに共通して得られた約43,000CpGサイトのDNAメチル化データを用いた相関解析およびクラスタリング解析によって、悪性黒色腫症例と正常粘膜組織群の間にDNAメチル化状態の明らかな違いが認められた。また、興味深いことに、脱メチル化に焦点をあてた詳細な解析において悪性黒色腫症例が２群に分類されること、またより脱メチル化が強い群が脱メチル化が弱い群に比べ、予後が悪い傾向があることが判明した。これについて、ヒトの腫瘍における脱メチル化が報告されているLINE1配列におけるDNAメチル化の解析を行ったところ、脱メチル化の程度によって予後と相関している傾向が認められた。
  また、消化器型リンパ腫10症例、肝細胞癌12症例についても現在DREAM法による検討を行ったところ、正常肝細胞との明らかな差が見出されている。
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 18K05964
• 核内受容体を介した免疫記憶形成機構の解明とワクチン療法への応用
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2017年04月01日 - 2021年03月31日
  高田 健介; 稲葉 睦; 山崎 淳平
  過去に感染した病原体が再度体内に侵入すると、免疫系はより素早く強力に応答する。この現象は免疫記憶と呼ばれ、ワクチンに応用されてきた。しかし、免疫記憶の詳細な成立機構は未だ明らかにされていない。免疫記憶の本体は抗原特異的な応答の後、体内で長期間維持される記憶リンパ球であり、記憶Tリンパ球の分化機構を解明することは、細胞性免疫記憶を誘導可能なワクチンの開発基盤となる。記憶Tリンパ球の分化には、脂質代謝が重要な役割を果たすことが近年明らかとなってきた。本研究は、RORファミリー核内受容体が代謝を競合的制御することで、記憶Tリンパ球の分化を担うという仮説のもと、免疫記憶機構の解明を目的とする。さらに、これらの核内受容体に特異的な合成リガンドを用いて、ワクチン療法に応用することを目指す。
  
  
  本研究ではこれまでに、当該核内受容体を介したシグナルが、in vitroにおいて活性化CD8Tリンパ球の生存に影響を与えることをあきらかにした。さらに、この生存への効果が核内受容体のコレルテロール代謝制御機能に関連することを網羅的遺伝子発現解析から明らかにした。以上の実験結果について、現在論文を作成中であり、近日中に専門誌に投稿する予定である。さらに、当該核内受容体の欠損あるいは合成リガンドの生体内投与がCD8Tリンパ球の感染応答に与える影響について、予備的な検討を行ったところ、細胞の増殖と生存、表現型に影響が認められた。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 17H03928
• DNAメチル化解析による種雄牛由来精子の新規評価法開発
  研究助成
  2019年 - 2020年
  山崎 淳平
  公益財団法人 高橋産業経済研究財団, 研究代表者, 競争的資金
• 犬のリンパ腫におけるDNAメチル化情報を用いた予後予測への応用
  2019年07月
  山崎淳平
  アニコム キャピタル株式会社
• TRIM-SUMO-プロテアソーム経路：新たな膜蛋白質異常認識・分解機構の実証
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2016年04月01日 - 2019年03月31日
  稲葉 睦; 高田 健介; 山崎 淳平
  アニオン交換輸送体バンド3変異体R664X AE1の小胞体関連分解(ERAD)は、Ub化非依存性である。本研究では、それがSUMO化にも非依存性であり、かつプロテアソーム系への関与が知られるTRIM28等のTRIMファミリータンパク質に関与が認められず、いわゆるTRIM-SUMO-11S経路は関与しないことが明らかになった。さらに、R664X AE1の分解は、そのN末端側細胞質ドメインの構造とディスロコンDerlinsの作用が不可欠なこと、26S (20S + 19S)プロテアソームが働くことが示された。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 16H05031
• TET2によるエンハンサー特異的DNA脱メチル化機構の解明
  社会貢献基金
  2018年 - 2019年
  山崎 淳平
  公益財団法人 住友電工グループ, 研究代表者, 競争的資金
• TET2によるエンハンサー特異的DNA脱メチル化機構の解明
  2018年 - 2019年
  山崎 淳平
  公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団, 研究代表者, 競争的資金
• DNAメチル化網羅解析法による種雄牛の受胎性の評価
  研究助成
  2018年 - 2019年
  山崎 淳平
  公益財団法人伊藤記念財団, 研究代表者, 競争的資金
• TET2が司るDNA脱メチル化メカニズムの解明
  研究奨励金
  2017年 - 2019年
  山崎 淳平
  公益財団法人 上原記念生命科学財団, 研究代表者, 競争的資金
• イヌのゲノムワイドDNAメチル化情報基盤の構築と多角的健康増進への応用
  2018年12月
  山崎淳平
  アニコム先進医療研究所株式会社
• DNA脱メチル化酵素TET2の結合因子同定による難治性血液疾患メカニズムの解明
  2017年 - 2018年
  山崎 淳平
  公益信託 永尾武難病研究基金, 研究代表者, 競争的資金
• 網羅的DNAメチル化解析が同定する肥満によるエピジェネティックな変化
  スカラーシッププログラム
  2017年 - 2018年
  山崎 淳平; 山下 青空
  クリニカルニュートリション研究会, 研究代表者, 競争的資金
• DNAメチル化解析を用いたウシの精液性状変化の検出
  若手研究人材育成事業
  2017年 - 2018年
  山崎 淳平
  公益財団法人 北海道科学技術総合振興センター, 研究代表者, 競争的資金
• DNAメチル化解析による環境中鉛汚染水の毒性メカニズム解明
  国内研究助成
  2017年 - 2018年
  山崎 淳平
  公益財団法人 クリタ水・環境科学振興財団, 研究代表者, 競争的資金
• 新規DNAメチル化網羅探索法を用いた牛の精液性状の評価法開発
  研究助成
  2017年 - 2018年
  山崎 淳平
  公益財団法人 伊藤記念財団, 研究代表者, 競争的資金
• DNA脱メチル化酵素TET2によるエンハンサー領域特異的制御機構の解明
  医学系研究奨励（基礎）
  2016年 - 2018年
  山崎 淳平
  公益財団法人 武田科学振興財団, 研究代表者, 競争的資金
• ユビキチン非依存性タンパク質小胞体分解におけるTRIM-SUMO-11Sプロテアソーム経路の解明
  科学研究費補助金 基盤研究（Ｂ）（一般）
  2016年 - 2018年
  稲葉 睦
  文部科学省, 競争的資金
• ＴＳＰＯ２による時期特異的小胞体コレステロール蓄積と赤芽球の成熟制御
  科学研究費助成事業
  2015年04月01日 - 2017年03月31日
  稲葉 睦; 山﨑 淳平; 佐藤 耕太
  成熟異常を呈する犬のHK赤血球表現型は、コレステロール代謝への関与が想定されるTSPO2遺伝子の変異により生じる。本研究では、細胞形態、細胞表面抗原、ヘモグロビン合成、細胞周期、遺伝子発現等に焦点を置き、後期赤芽球の成熟・脱核とTSPO2の関係を犬骨髄由来赤芽球、赤芽球系培養細胞を用いて解析した。その結果、TSPO2が、後期赤芽球におけるコレステロール代謝の変動を介して細胞増殖、細胞周期、ヘモグロビン合成や脱核の時期を調節し得ることが示された。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 15K14861
• イヌのリンパ腫におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析―機序解明と臨床応用―
  科学研究費助成事業 若手研究(B)
  2015年04月01日 - 2017年03月31日
  山崎 淳平
  イヌリンパ腫細胞株5株に関し、次世代シークエンサーによる解析を行ったところ、約100,000CpGサイトのDNAメチル化の定量的な解析が可能であった。また、正常血液サンプルとリンパ腫細胞株の区別が可能であった。さらに、各々のリンパ腫細胞株において1000～4000個の高メチル化部位、および3000~10,000個の低メチル化部位が発見された。これらのうち、特に高メチル化部位の近傍には腫瘍に関連すると考えられる遺伝子が認められた。
  イヌのリンパ腫自然発症例24例についても同様の解析・検討を行ったところ、DNAメチル化のグループ分けが予後因子となる可能性が示された。
  日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 15K18789
• イヌのリンパ腫自然発症例におけるDNAメチル化のゲノムワイド解析
  北海道大学総長室事業推進経費（公募型）「若手研究者自立支援（A）」
  2014年04月 - 2015年03月
  山崎淳平
  北海道大学, 研究代表者, 競争的資金

• Hypomethylation of tet2 target genes for identifying a curable subgroup of acute myeloid leukemia
  特許権, Jean-Pierre J. Issa; Jumpei Yamazaki
  特願WO2017070189A1

• 運営委員
  2020年04月01日 - 現在
  運営参加・支援
  日本獣医輸血研究会
• 輸血前検査の適応と限界
  2018年02月28日
  講師
  北海道大学 動物医療センター