遠藤 俊徳エンドウ トシノリresearchmap個人ページ

更新日 : 2018/11/02

基本情報

プロフィール

所属部署名
情報科学研究科 生命人間情報科学専攻 バイオインフォマティクス講座
数理・データサイエンス教育研究センター
職名教授 
学位
博士(理学)(総合研究大学院大学)
メールアドレスendoist.hokudai.ac.jp
ホームページURLhttp://ibio.jp
科研費研究者番号00323692

研究キーワード

情報生物学, 遺伝子構造・機能, 機械学習による機能予測

研究分野

基礎生物学 / 進化生物学
基礎生物学 / 生物多様性・分類
生物科学 / 機能生物化学
ゲノム科学 / ゲノム生物学
生体分子科学 / 生物分子化学
情報学 / 生命・健康・医療情報学
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基礎生物学 / 進化生物学
基礎生物学 / 生物多様性・分類
生物科学 / 機能生物化学
ゲノム科学 / ゲノム生物学
生体分子科学 / 生物分子化学
情報学 / 生命・健康・医療情報学

職歴

2004年04月
-
現在
北海道大学(教授)
2017年04月
-
2018年03月
北海道大学(情報学企画委員長)
2014年04月
-
2015年03月
北海道大学(専攻長)
2014年04月
-
2015年03月
北海道大学(学科長)
2008年04月
-
2009年03月
北海道大学(専攻長)
2000年04月
-
2004年03月
東京医科歯科大学(講師)
1999年05月
-
2000年03月
理化学研究所(研究員)
1997年04月
-
1999年04月
日本学術振興会(特別研究員)
1996年04月
-
1997年03月
新エネルギー・産業技術開発機構(研究員)
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2004年04月
-
現在
北海道大学(教授)
2017年04月
-
2018年03月
北海道大学(情報学企画委員長)
2014年04月
-
2015年03月
北海道大学(専攻長)
2014年04月
-
2015年03月
北海道大学(学科長)
2008年04月
-
2009年03月
北海道大学(専攻長)
2000年04月
-
2004年03月
東京医科歯科大学(講師)
1999年05月
-
2000年03月
理化学研究所(研究員)
1997年04月
-
1999年04月
日本学術振興会(特別研究員)
1996年04月
-
1997年03月
新エネルギー・産業技術開発機構(研究員)

学歴

1993年04月
-
1996年03月
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻
1990年04月
-
1993年03月
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
1986年04月
-
1990年03月
東京大学 理学部 生物化学科
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学歴閉じる
1993年04月
-
1996年03月
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻
1990年04月
-
1993年03月
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
1986年04月
-
1990年03月
東京大学 理学部 生物化学科

所属学協会

日本遺伝学会
Society for Molecular Biology and Evolution
生き物文化誌学会
日本バイオインフォマティクス学会
日本情報処理学会
日本進化学会
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日本遺伝学会
Society for Molecular Biology and Evolution
生き物文化誌学会
日本バイオインフォマティクス学会
日本情報処理学会
日本進化学会

研究活動

論文

Exploring functionally related enzymes using radially distributed properties of active sites around the reacting points of bound ligands
 12 5 2012年
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality.
Nucleic Acids Res
 Suppl 1 D807-D814 2011年01月
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality
Nucleic Acids Research 39(suppl) D807-D814 2011年
Proteomic profiling reveals compartment-specific, novel functions of ascidian sperm proteins
Molecular reproduction and development 78 529-549 2011年
Predicted expansion of the claudin multigene family
FEBS Letter  doi:10.1016/j.febslet.2011.01.028 2011年
Proteomic profiling reveals compartment-specific, novel functions of ascidian sperm proteins
 78 529-549 2011年
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts
 36 D793-D799 2008年01月
Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees
 36 D787-D792 2008年01月
Improved genome assembly and evidence-based global gene model set for the chordate Ciona intestinalis: new insight into intron and operon populations.
Genome Biology 9(10) R152 2008年
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.
Nucleic Acids Res. 36(D) 793-799 2008年
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Exploring functionally related enzymes using radially distributed properties of active sites around the reacting points of bound ligands
 12 5 2012年
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality.
Nucleic Acids Res
 Suppl 1 D807-D814 2011年01月
CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality
Nucleic Acids Research 39(suppl) D807-D814 2011年
Proteomic profiling reveals compartment-specific, novel functions of ascidian sperm proteins
Molecular reproduction and development 78 529-549 2011年
Predicted expansion of the claudin multigene family
FEBS Letter  doi:10.1016/j.febslet.2011.01.028 2011年
Proteomic profiling reveals compartment-specific, novel functions of ascidian sperm proteins
 78 529-549 2011年
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts
 36 D793-D799 2008年01月
Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees
 36 D787-D792 2008年01月
Improved genome assembly and evidence-based global gene model set for the chordate Ciona intestinalis: new insight into intron and operon populations.
Genome Biology 9(10) R152 2008年
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.
Nucleic Acids Res. 36(D) 793-799 2008年
Improved genome assembly and evidence-based global gene model set for the chordate Ciona intestinalis: new insight into intron and operon populations.
 9 R152 2008年
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.
PLoS Biology 2 856-875 2004年
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones
 2 856-875 2004年
Standardized phylogenetic tree: a tool to discover functional evolution
J. Mol. Evol. 57 S174-181 2003年
Standardized phylogenetic tree: a tool to discover functional evolution
 57 S174-S181 2003年
The genome sequence and structure of rice chromosome 1.
Nature 420 312-316 2002年
Do introns favor or avoid regions of amino acid conservation?
Mol. Biol. Evol. 19 521-525 2002年
Protein-protein interaction panel using mouse full-length cDNAs.
Genome Res. 11 1758-1765 2001年
Comparative evaluation of 5'-end-sequence quality of clones in CAP trapper and other full-length-cDNA libraries.
Gene 263 93-102 2001年

書籍

分子生物学者のためのバイオインフォマティクス入門
共立出版 2001年
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分子生物学者のためのバイオインフォマティクス入門
共立出版 2001年

講演・口頭発表等

Evolutionary analysis of Mollicutes based on standardized phylogenetic tree
遠藤 俊徳
2013年10月 
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Evolutionary analysis of Mollicutes based on standardized phylogenetic tree
遠藤 俊徳
2013年10月 

競争的資金等の研究課題

オーファンエンザイム情報に基づく遺伝子機能予測
:ゲノム関係研究
研究期間 : 2005年
GPGPUによる高速マルチプルアラインメント法の開発
研究期間 : 2008年
競争的資金等の研究課題を全て表示する
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オーファンエンザイム情報に基づく遺伝子機能予測
:ゲノム関係研究
研究期間 : 2005年
GPGPUによる高速マルチプルアラインメント法の開発
研究期間 : 2008年

教育活動

主要な担当授業

バイオエンジニアリング特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : 遺伝情報, genetic information, バイオインフォマティクス, bioinformatics, イメージング, imaging, 生体医工学, biomedical engineering, 細胞力学, cell mechanics
情報生物学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質、分子進化、遺伝子発現情報、生物学データベース
構造バイオインフォマティクス特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質、分子進化、遺伝子発現情報、生物学データベース
生体機能学
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 工学部
キーワード : 生命情報の流れ,神経系,恒常性,免疫系
生物学Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 生体高分子,細胞の構造と機能,エネルギー代謝,細胞の成長と分裂,遺伝現象と遺伝子発現制御
細胞生物学
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 工学部
キーワード : 細胞の構造と機能、エネルギー代謝、細胞内情報伝達、細胞分裂と分化
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バイオエンジニアリング特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : 遺伝情報, genetic information, バイオインフォマティクス, bioinformatics, イメージング, imaging, 生体医工学, biomedical engineering, 細胞力学, cell mechanics
情報生物学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質、分子進化、遺伝子発現情報、生物学データベース
構造バイオインフォマティクス特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質、分子進化、遺伝子発現情報、生物学データベース
生体機能学
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 工学部
キーワード : 生命情報の流れ,神経系,恒常性,免疫系
生物学Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 生体高分子,細胞の構造と機能,エネルギー代謝,細胞の成長と分裂,遺伝現象と遺伝子発現制御
細胞生物学
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 工学部
キーワード : 細胞の構造と機能、エネルギー代謝、細胞内情報伝達、細胞分裂と分化
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インターンシップⅠ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 想像的人材育成、実践的人材育成、就業体験、国内外インターンシップ
インターンシップⅡ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 創造的人材育成、実践的人材育成、就業体験、国内外インターンシップ
バイオエンジニアリング特論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 情報科学研究科
キーワード : 遺伝情報, genetic information, バイオインフォマティクス, bioinformatics, イメージング, imaging, 生体医工学, biomedical engineering, 細胞力学, cell mechanics
一般教育演習(フレッシュマンセミナー)
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 全学教育
キーワード : 生体、情報、バイオインフォマティクス、医工学、遺伝子、疾患、医学
卒業論文
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
情報生物学特論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質の進化、集団遺伝学、遺伝子発現情報、生物学データベース
構造バイオインフォマティクス特論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 情報科学研究科
キーワード : バイオインフォマティクス、遺伝子とタンパク質の進化、集団遺伝学、遺伝子発現情報、生物学データベース
生体情報工学実験Ⅰ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 物理計測とセンサ,電気・電子計測,ディジタル技術とコンピュータ
生体情報工学実験Ⅱ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 生体電気現象,生体機能情報,遺伝情報,発展課題,ロボット
生体情報工学演習Ⅰ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 電磁気学,電気・電子・ディジタル回路,線形システム論,信号処理
生体情報工学演習Ⅱ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 数値計算法,シミュレーション,統計と検定,データベース,情報検索
生体情報工学特別講義Ⅰ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
生体情報工学特別講義Ⅱ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
生体機能学
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 生命情報の流れ,神経系,恒常性,免疫系
生命人間情報科学特別演習
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 情報科学研究科
生命情報解析学
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 遺伝子,ゲノム,バイオインフォマティクス,生命情報データベース,分子進化
生物学Ⅰ
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 全学教育
キーワード : 生体高分子,細胞の構造と機能,エネルギー代謝,細胞の成長と分裂,遺伝現象と遺伝子発現制御
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データ解析
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 確率的事象,確率分布,統計的推測,統計的有意性検定
情報学Ⅰ
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 全学教育
キーワード : 情報活用,情報社会,情報科学
構造バイオインフォマティクス特論
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 情報科学研究科
生体機能学
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 生命情報の流れ,神経系,恒常性,免疫系
科学技術英語演習
開講年度 : 2013年
科目学籍区分名 : 学士課程
科目学部名 : 工学部
キーワード : 科学技術英語の表現と読解

大学運営

学内役職歴

2014年04月
-
2015年03月
工学部情報エレクトロニクス学科長
2014年04月
-
2015年03月
大学院情報科学研究科生命人間情報科学専攻長
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2014年04月
-
2015年03月
工学部情報エレクトロニクス学科長
2014年04月
-
2015年03月
大学院情報科学研究科生命人間情報科学専攻長

社会貢献

委員歴

2016年09月
-
現在
日本バイオインフォマティクス学会 幹事
2011年04月
-
現在
日本情報処理学会 バイオ情報学研究会運営委員会
2011年04月
-
現在
日本情報処理学会 バイオ情報学研究会論文誌編集委員会
2009年
-
現在
日本遺伝学会 幹事
2003年
-
現在
生き物文化誌学会 常任理事
2016年10月
-
2017年12月
第6回生命医薬情報学連合大会 大会長
2008年
-
2010年
日本遺伝学会 第82回大会実行委員
2005年
-
2007年
日本バイオインフォマティクス学会 幹事
2005年
-
2007年
日本バイオインフォマティクス学会 北海道地域部会長
2011年
Society for Molecular Biology and Evolution 年会準備委員
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2016年09月
-
現在
日本バイオインフォマティクス学会 幹事
2011年04月
-
現在
日本情報処理学会 バイオ情報学研究会運営委員会
2011年04月
-
現在
日本情報処理学会 バイオ情報学研究会論文誌編集委員会
2009年
-
現在
日本遺伝学会 幹事
2003年
-
現在
生き物文化誌学会 常任理事
2016年10月
-
2017年12月
第6回生命医薬情報学連合大会 大会長
2008年
-
2010年
日本遺伝学会 第82回大会実行委員
2005年
-
2007年
日本バイオインフォマティクス学会 幹事
2005年
-
2007年
日本バイオインフォマティクス学会 北海道地域部会長
2011年
Society for Molecular Biology and Evolution 年会準備委員

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