黒田 茂クロダ シゲルresearchmap個人ページ

更新日 : 2017/09/19

基本情報

プロフィール

所属部署名
電子科学研究所
国際連携研究教育局
職名助教 
学位
博士(理学)(北海道大学)
メールアドレス
ホームページURLhttps://sites.google.com/site/labkuroda/
科研費研究者番号

研究キーワード

単細胞生物の行動学, 数理生物学, 力学系, 脳, 粘菌, 生命システム, 自発的ダイナミクス, 符号化, 記憶, 遷移ダイナミクス, locomotion, 時空間ダイナミクス

研究分野

情報学 / ソフトコンピューティング
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情報学 / ソフトコンピューティング

所属学協会

日本応用数理学会
数理生物学会
日本神経科学学会
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日本神経科学学会

研究活動

論文

A Mathematical Model for Adaptive Vein Formation during Exploratory Migration of Physarum polycephalum: Routing while Scouting,
Schenz,D., Shima,Y., Kuroda,S., Nakagaki,T., Ueda,K.
J. Phys. D: Appl. Phys 2017年09月
Behavioural differentiation induced by environmental variation when crossing a toxic zone in an amoeba,
Kunita, I., Ueda,K., Akita,D., Kuroda,S., Nakagaki,T.
J. Phys. D: Appl. Phys 50 354002 2017年08月
Localization of Photoperiod Responsive Circadian Oscillators in the Mouse Suprachiasmatic Nucleus
Yoshikawa,T., Inagaki,N., Takagi,S., Kuroda,S., Yamasaki,M., Watanabe,M., Honma,S., Honma,K.-I.
Scientific reports 7 8210 2017年08月
Current reinforcement model reproduces centre-in-centre vein trajectory of Physarum polycephalum
Akita,D.,Schenz,D.,Kuroda,S.,Sato,K.,Ueda,K.,Nakagaki,T.
Development, Growth & Differentiation DOI:10.1111/dgd.12384 2017年04月
Dissociation of Per1 and Bmal1 circadian rhythms in the suprachiasmatic nucleus in parallel with behavioral outputs,
Ono,D., Honma,S., Nakajima,Y., Kuroda,S., Enoki,R., Honma,K
PNAS doi:10.1073/pnas.1613374114 2017年04月
Physical ethology of unicellular organism
Kuroda,S., Takagi,S., Saegusa,T., Nakagaki,T.
Brain Evolution by Design -kuroda 2017年02月
Dual origins of the intracellular circadian calcium rhythm in the suprachiasmatic nucleus,
Enoki,R., Ono,D., Kuroda,S., Honma,S., Honma,K-I.
Scientific Reports 7 41733-kuroda 2017年02月
Experimental models for Murray's Law
Akita,D.. Kunita,I. Fricker,M.D., Kuroda,S., Sato,K., Nakagaki,T.
J. Phys. D: Appl. Phys. 50 024001-kuroda 2016年12月
A ciliate memorizes the geometry of a swimming arena
Kunita,I., Yamaguchi,T., Tero,A., Akiyama,M., Kuroda,S., Nakagaki,T.
J. R. Soc. Interface 13 20160155-kuroda 2016年05月
Allometry in Physarum plasmodium during free locomotion: size versus shape, speed and rhythm.
Kuroda S, Takagi S, Nakagaki T, Ueda T
The Journal of experimental biology 2015年10月
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A Mathematical Model for Adaptive Vein Formation during Exploratory Migration of Physarum polycephalum: Routing while Scouting,
Schenz,D., Shima,Y., Kuroda,S., Nakagaki,T., Ueda,K.
J. Phys. D: Appl. Phys 2017年09月
Behavioural differentiation induced by environmental variation when crossing a toxic zone in an amoeba,
Kunita, I., Ueda,K., Akita,D., Kuroda,S., Nakagaki,T.
J. Phys. D: Appl. Phys 50 354002 2017年08月
Localization of Photoperiod Responsive Circadian Oscillators in the Mouse Suprachiasmatic Nucleus
Yoshikawa,T., Inagaki,N., Takagi,S., Kuroda,S., Yamasaki,M., Watanabe,M., Honma,S., Honma,K.-I.
Scientific reports 7 8210 2017年08月
Current reinforcement model reproduces centre-in-centre vein trajectory of Physarum polycephalum
Akita,D.,Schenz,D.,Kuroda,S.,Sato,K.,Ueda,K.,Nakagaki,T.
Development, Growth & Differentiation DOI:10.1111/dgd.12384 2017年04月
Dissociation of Per1 and Bmal1 circadian rhythms in the suprachiasmatic nucleus in parallel with behavioral outputs,
Ono,D., Honma,S., Nakajima,Y., Kuroda,S., Enoki,R., Honma,K
PNAS doi:10.1073/pnas.1613374114 2017年04月
Physical ethology of unicellular organism
Kuroda,S., Takagi,S., Saegusa,T., Nakagaki,T.
Brain Evolution by Design -kuroda 2017年02月
Dual origins of the intracellular circadian calcium rhythm in the suprachiasmatic nucleus,
Enoki,R., Ono,D., Kuroda,S., Honma,S., Honma,K-I.
Scientific Reports 7 41733-kuroda 2017年02月
Experimental models for Murray's Law
Akita,D.. Kunita,I. Fricker,M.D., Kuroda,S., Sato,K., Nakagaki,T.
J. Phys. D: Appl. Phys. 50 024001-kuroda 2016年12月
A ciliate memorizes the geometry of a swimming arena
Kunita,I., Yamaguchi,T., Tero,A., Akiyama,M., Kuroda,S., Nakagaki,T.
J. R. Soc. Interface 13 20160155-kuroda 2016年05月
Allometry in Physarum plasmodium during free locomotion: size versus shape, speed and rhythm.
Kuroda S, Takagi S, Nakagaki T, Ueda T
The Journal of experimental biology 2015年10月
脚式と非脚式の這行ロコモーションにおける運動モードスイッチングの共通力学
黒田茂, 田中良己, 中垣俊之
計測と制御 54 248-253 2015年01月
Attempts to retreat from a dead-ended long capillary by backward swimming in Paramecium, Frontiers in microbiology
Kunita,I., Kuorda,S., Ohki,K., Nakagaki,T.
Frontiers in microbiology 5(270) doi:10.3389/fmicb.2014.00270 2014年03月
Common mechanics of mode switching in locomotion of limbless and legged animals
Kuroda,S., Tanaka,Y., Kunita,I., Ishiguro,A., Kobayashi,R., Nakagaki,T.
J. R. Soc. Interface, 11 20140205 2014年03月
Inhibitory network dependency in Cantor coding
Fukushima,Y., Isomura,Y., Yamaguti,Y., Kuroda,S., Tsuda,I., Tsukada,M.
Advances in Cognitive Neurodynamics 3(1) 635-640 2013年01月
Topological specificity and hierarchical network of the circadian calcium rhythm in the suprachiasmatic nucleus
Enoki, R., Kuroda, S., Ono, D., Hasan, M. T., Honma, S., Ueda, T., Honma, K.
PNAS 109(52) 21498-21503 2012年12月
A mathematical model for Cantor coding in the hippocampus.
Yamaguti Y, Kuroda S, Fukushima Y, Tsukada M, Tsuda I
Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society 24(1) 43-53 2011年01月
Emergence of Iterated Function Systems in the Hippocampal CA1
Kuroda,S., Fukushima,Y., Yamaguti,Y., Tsudaka,M., Tsuda,I.
Advances in Cognitive Neurodynamics (II)  103-106 2011年
Iterated function systems in the hippocampal CA1.
Kuroda S, Fukushima Y, Yamaguti Y, Tsukada M, Tsuda I
Cognitive neurodynamics 3 205-222 2009年09月
A mathematical model for the hippocampus: towards the understanding of episodic memory and imagination
Tsuda,I., Yamaguti,Y., Kuroda,S., Fukushima,Y., Tsukada,M.
Progress of Theoretical Physics Supplement 173 99-108 2008年
Spatial clustering property and its self-similarity in membrane potentials of hippocampal CA1 pyramidal neurons for a spatio-temporal input sequence.
Fukushima Y, Tsukada M, Tsuda I, Yamaguti Y, Kuroda S
Cognitive neurodynamics 1 305-316 2007年12月
A complex systems approach to an interpretation of dynamic brain activity II : Does Cantor coding provide a dynamic model for the formation of episodic memory
Tsuda,I. and Kuroda,S.
Lecture Notes in Computer Science 3146 129-139 2004年
Cantor coding in the hippocampus
Tsuda,I. and Kuroda,S.
Japan journal of industrial and applied mathematics 18 249-281 2001年

競争的資金等の研究課題

神経系の起源を探る 上皮系から上皮ー神経系への変化に関する実験および理論的研究
日本学術振興会:基盤研究C
研究期間 : 2017年04月 - 2019年03月 代表者 : 黒田茂
数理科学と生体生命情報科学との連携による生命知の基本アルゴリズムの探求
日本学術振興会:基盤研究B
研究期間 : 2014年04月 - 2016年03月 代表者 : 中垣俊之
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競争的資金等の研究課題閉じる
神経系の起源を探る 上皮系から上皮ー神経系への変化に関する実験および理論的研究
日本学術振興会:基盤研究C
研究期間 : 2017年04月 - 2019年03月 代表者 : 黒田茂
数理科学と生体生命情報科学との連携による生命知の基本アルゴリズムの探求
日本学術振興会:基盤研究B
研究期間 : 2014年04月 - 2016年03月 代表者 : 中垣俊之

教育活動

主要な担当授業

ナノテクノロジー・ナノサイエンス概論Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 大学院共通科目
キーワード : 顕微鏡、生体分子、光制御、動物行動学、ウイルス、感染症、プリオン、薬物動態、光医療診断、一分子生物学、数理生物、シミュレーション、
一般教育演習(フレッシュマンセミナー)
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 電子材料(半導体、金属、コンデンサ)、酸化物材料(透明トランジスタ、高温超伝導、エネルギー変換、磁気デバイス)、高分子材料、バイオミメティクス、光応答性分子、タンパク質分子モーター、バイオデバイス、原生生物(真正粘菌, ゾウリムシ)
生命機能制御科学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 微分方程式、システム生物学、数理生物学、非線形動力学、酵素反応速度論、ミカエリス・メンテンの酵素反応スキーム、生物リズム、リミットサイクル、神経興奮、ホジキン・ハクスレーモデル、準定常状態近似、時間スケール、状態空間、計算機シミュレーション
最新年度を全て表示する
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ナノテクノロジー・ナノサイエンス概論Ⅰ
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 大学院共通科目
キーワード : 顕微鏡、生体分子、光制御、動物行動学、ウイルス、感染症、プリオン、薬物動態、光医療診断、一分子生物学、数理生物、シミュレーション、
一般教育演習(フレッシュマンセミナー)
開講年度 : 2015年
課程区分 : 学士課程
開講学部 : 全学教育
キーワード : 電子材料(半導体、金属、コンデンサ)、酸化物材料(透明トランジスタ、高温超伝導、エネルギー変換、磁気デバイス)、高分子材料、バイオミメティクス、光応答性分子、タンパク質分子モーター、バイオデバイス、原生生物(真正粘菌, ゾウリムシ)
生命機能制御科学特論
開講年度 : 2015年
課程区分 : 修士課程
開講学部 : 生命科学院
キーワード : 微分方程式、システム生物学、数理生物学、非線形動力学、酵素反応速度論、ミカエリス・メンテンの酵素反応スキーム、生物リズム、リミットサイクル、神経興奮、ホジキン・ハクスレーモデル、準定常状態近似、時間スケール、状態空間、計算機シミュレーション
前年度を全て表示する
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生命機能制御科学特論
開講年度 : 2014年
科目学籍区分名 : 修士課程
科目学部名 : 生命科学院
キーワード : 微分方程式、システム生物学、数理生物学、非線形動力学、酵素反応速度論、ミカエリス・メンテンの酵素反応スキーム、生物リズム、リミットサイクル、神経興奮、ホジキン・ハクスレーモデル、準定常状態近似、時間スケール、状態空間、計算機シミュレーションdifferential equation, system biology, mathematical physiology, nonlinear dynamics, enzyme reaction kinetics, Michaelis Menten scheme, cellular rhythm and oscillation, limit cycle, nerve excitation, Hodgkin Huxley model, quasi-steady state approximation, time scale, state space, computer simulation

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