遠藤　俊徳 (エンドウ　トシノリ)

情報科学研究院　生命人間情報科学部門　バイオインフォマティクス分野教授
数理・データサイエンス教育研究センター教授
Last Updated :2025/06/07

■研究者基本情報

学位

  • 博士（理学）, 総合研究大学院大学

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研究者番号

  • 00323692

J-Global ID

研究キーワード

  • 遺伝子進化と生物進化
  • 正の自然淘汰
  • 機械学習による機能予測
  • 遺伝子構造・機能
  • 情報生物学

研究分野

  • ライフサイエンス, 進化生物学
  • ライフサイエンス, 多様性生物学、分類学
  • ライフサイエンス, 機能生物化学
  • ライフサイエンス, ゲノム生物学
  • ナノテク・材料, 生物分子化学
  • 情報通信, 生命、健康、医療情報学

担当教育組織

■経歴

経歴

  • 2019年04月 - 現在
    北海道大学, 大学院情報科学研究院, 教授, 改組により大学院情報科学研究科から改名, 日本国
  • 2016年12月 - 現在
    北海道大学, 数理・データサイエンス教育研究センター, 日本国
  • 2020年04月 - 2021年03月
    北海道大学, 大学院情報科学院, 生体情報工学コース長, 日本国
  • 2020年04月 - 2021年03月
    北海道大学, 大学院情報科学研究院情報科学専攻, 生命人間情報科学部門長, 日本国
  • 2004年04月 - 2019年03月
    北海道大学, 大学院情報科学研究科, 教授, 改組により情報科学研究院に所属名変更, 日本国
  • 2015年04月 - 2017年03月
    北海道大学, 情報学企画委員会, 委員長, 情報学実施体制改善／Pythonオンライン学習システムの開発・導入, 日本国
  • 2014年04月 - 2015年03月
    北海道大学, 大学院情報科学研究科, 生命人間情報科学専攻長, 日本国
  • 2014年04月 - 2015年03月
    北海道大学, 工学部情報エレクトロニクス, 学科長
  • 2008年04月 - 2009年03月
    北海道大学, 大学院情報科学研究科, 生命人間情報科学専攻長, 日本国
  • 2000年04月 - 2004年03月
    東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 講師
  • 1999年05月 - 2000年03月
    理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員
  • 1997年04月 - 1999年04月
    独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員
  • 1996年04月 - 1997年03月
    国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構, 研究員, 日本国

学歴

  • 1993年04月 - 1996年03月, 総合研究大学院大学, 生命科学研究科, 遺伝学専攻, 日本国
  • 1990年04月 - 1993年03月, 東京大学, 大学院理学系研究科, 生物化学専攻, ～1992.3 修士、～1993.3博士課程, 日本国
  • 1986年04月 - 1990年03月, 東京大学, 理学部, 生物化学科, 日本国

委員歴

  • 2019年04月 - 現在
    日本バイオインフォマティクス学会, 北海道地域部会長, 学協会
  • 2016年12月 - 現在
    数理・データサイエンス教育強化拠点コンソーシアム, 委員, その他
  • 2011年04月 - 現在
    日本情報処理学会, バイオ情報学研究会論文誌編集委員会, 学協会
  • 2011年04月 - 現在
    日本情報処理学会, バイオ情報学研究会運営委員会, 学協会
  • 2009年 - 現在
    日本遺伝学会, 幹事, 学協会
  • 2020年09月 - 2022年10月
    日本遺伝学会, 第94回大会長, 学協会
  • 2018年04月 - 2022年03月
    札幌市IoTイノベーション推進コンソーシアム, BI研究部会委員, 自治体
  • 2003年 - 2021年06月
    生き物文化誌学会, 常任理事, その他
  • 2016年09月 - 2019年03月
    日本バイオインフォマティクス学会, 評議員, 学協会
  • 2016年10月 - 2017年12月
    第6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP) / 日本バイオインフォマティクス学会年会, 大会長, 学協会
  • 2011年
    Society for Molecular Biology and Evolution, 年会準備委員, 学協会
  • 2011年
    Society for Molecular Biology and Evolution, Annual meeting committee member, 学協会
  • 2008年 - 2010年
    日本遺伝学会, 第82回大会実行委員, 学協会
  • 2005年 - 2007年
    日本バイオインフォマティクス学会, 幹事, 学協会
  • 2005年 - 2007年
    日本バイオインフォマティクス学会, 北海道地域部会長, 学協会

■研究活動情報

論文

  • A Quadruple Revolution: Deciphering Biological Complexity with Artificial Intelligence, Multiomics, Precision Medicine, and Planetary Health
    Yi Cong, Toshinori Endo
    OMICS: A Journal of Integrative Biology, 2024年06月01日
    研究論文（学術雑誌）
  • Inference of selective forces on house mouse genomes during secondary contact in East Asia
    Kazumichi Fujiwara, Shunpei Kubo, Toshinori Endo, Toyoyuki Takada, Toshihiko Shiroishi, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
    Genome Research, 2024年03月20日
    研究論文（学術雑誌）
  • Advancing Antibody-antigen Interface Analysis in Docking Scoring Functions for Precision Docking Analysis
    Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada
    IPSJ Transactions on Bioinformatics, 17, 40, 47, Information Processing Society of Japan, 2024年
    研究論文（学術雑誌）
  • Exploring The Interplay Between Scoring Functions and Physico-chemical Properties in Antibody-antigen Docking
    Sangeetha Ratnayake, Axel Martinelli, Toshinori Endo, Naoki Osada
    IPSJ Transactions on Bioinformatics, 17, 10, 17, Information Processing Society of Japan, 2024年
    研究論文（学術雑誌）
  • Current trends in RNA virus detection through metatranscriptome sequencing data.
    So Nakagawa, Shoichi Sakaguchi, Atsushi Ogura, Katsuhiko Mineta, Toshinori Endo, Yoshiyuki Suzuki, Takashi Gojobori
    FEBS open bio, 13, 6, 992, 1000, 2023年05月10日, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, With advances in sequencing technology, metatranscriptome sequencing from a variety of environmental and biological sources has revealed the existence of various previously unknown RNA viruses. This review presents recent major RNA virome studies sampled from invertebrate and vertebrate species as well as aquatic environments. In particular, we focus on severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) and related RNA virus identification through metatranscriptome sequencing analyses. Recently developed bioinformatics software and databases for RNA virus identification are introduced. A relationship between newly identified RNA viruses and endogenous viral elements in host genomes is also discussed.
  • Multi-Omics and Artificial Intelligence-Guided Drug Repositioning: Prospects, Challenges, and Lessons Learned from COVID-19
    Yi Cong, Toshinori Endo
    OMICS: A Journal of Integrative Biology, 26, 7, 361, 371, Mary Ann Liebert Inc, 2022年07月01日, ［査読有り］, ［招待有り］, ［最終著者, 責任著者］
    研究論文（学術雑誌）
  • 疾患特異的遺伝子発現データに対する機械学習と教師なしクラスタリングを用いた新しい2段階のドラッグリポジショニング予測法
    CONG Yi, 新谷美咲, 今成楓河, 長田直樹, 遠藤俊徳
    情報処理学会研究報告(Web), 26, 6, 339, 347, Mary Ann Liebert Inc, 2022年06月01日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
  • Whole-Genome Sequencing of Vero E6 (VERO C1008) and Comparative Analysis of Four Vero Cell Sublines
    Kazuhiro Konishi, Toshiyuki Yamaji, Chisato Sakuma, Fumio Kasai, Toshinori Endo, Arihiro Kohara, Kentaro Hanada, Naoki Osada
    Frontiers in Genetics, 13, 1, 9, 2022年03月22日, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Predicting PRDM9 Binding Sites by a Convolutional Neural Network and Verification Using Genetic Recombination Map
    Takahiro Nakamura, Toshinori Endo, Naoki Osada
    IPSJ Transactions on Bioinformatics, 15, 9, 16, Information Processing Society of Japan, 2022年
    研究論文（学術雑誌）
  • Identification of Characteristic Genomic Markers in Human Hepatoma HuH-7 and Huh7.5.1-8 Cell Lines
    Masaki Kawamoto, Toshiyuki Yamaji, Kyoko Saito, Yoshitaka Shirasago, Kazuhiro Satomura, Toshinori Endo, Masayoshi Fukasawa, Kentaro Hanada, Naoki Osada
    Frontiers in Genetics, 11, 546106, 546106, Frontiers Media SA, 2020年10月09日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, The human hepatoma-derived HuH-7 cell line and its derivatives (Huh7.5 and Huh7.5.1) have been widely used as a convenient experimental substitute for primary hepatocytes. In particular, these cell lines represent host cells suitable for propagating the hepatitis C virus (HCV) in vitro. The Huh7.5.1-8 cell line, a subline of Huh7.5.1, can propagate HCV more efficiently than its parental cells. To provide genomic information for cells' quality control, we performed whole-genome sequencing of HuH-7 and Huh7.5.1-8 and identified their characteristic genomic deletions, some of which are applicable to an in-house test for cell authentication. Among the genes related to HCV infection and replication, 53 genes were found to carry missense or loss-of-function mutations likely specific to the HuH-7 and/or Huh7.5.1-8. Eight genes, including DDX58 (RIG-I), BAX, EP300, and SPP1 (osteopontin), contained mutations observed only in Huh7.5.1-8 or mutations with higher frequency in Huh7.5.1-8. These mutations might be relevant to phenotypic differences between the two cell lines and may also serve as genetic markers to distinguish Huh7.5.1-8 cells from the ancestral HuH-7 cells.
  • Exhaustive identification of conserved upstream open reading frames with potential translational regulatory functions from animal genomes.
    Hiro Takahashi, Shido Miyaki, Hitoshi Onouchi, Taichiro Motomura, Nobuo Idesako, Anna Takahashi, Masataka Murase, Shuichi Fukuyoshi, Toshinori Endo, Kenji Satou, Satoshi Naito, Motoyuki Itoh
    Scientific reports, 10, 1, 16289, 16289, 2020年10月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, Upstream open reading frames (uORFs) are present in the 5'-untranslated regions of many eukaryotic mRNAs, and some peptides encoded by these regions play important regulatory roles in controlling main ORF (mORF) translation. We previously developed a novel pipeline, ESUCA, to comprehensively identify plant uORFs encoding functional peptides, based on genome-wide identification of uORFs with conserved peptide sequences (CPuORFs). Here, we applied ESUCA to diverse animal genomes, because animal CPuORFs have been identified only by comparing uORF sequences between a limited number of species, and how many previously identified CPuORFs encode regulatory peptides is unclear. By using ESUCA, 1517 (1373 novel and 144 known) CPuORFs were extracted from four evolutionarily divergent animal genomes. We examined the effects of 17 human CPuORFs on mORF translation using transient expression assays. Through these analyses, we identified seven novel regulatory CPuORFs that repressed mORF translation in a sequence-dependent manner, including one conserved only among Eutheria. We discovered a much higher number of animal CPuORFs than previously identified. Since most human CPuORFs identified in this study are conserved across a wide range of Eutheria or a wider taxonomic range, many CPuORFs encoding regulatory peptides are expected to be found in the identified CPuORFs.
  • Comprehensive genome-wide identification of angiosperm upstream ORFs with peptide sequences conserved in various taxonomic ranges using a novel pipeline, ESUCA.
    Hiro Takahashi, Noriya Hayashi, Yuta Hiragori, Shun Sasaki, Taichiro Motomura, Yui Yamashita, Satoshi Naito, Anna Takahashi, Kazuyuki Fuse, Kenji Satou, Toshinori Endo, Shoko Kojima, Hitoshi Onouchi
    BMC genomics, 21, 1, 260, 260, 2020年03月30日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: Upstream open reading frames (uORFs) in the 5'-untranslated regions (5'-UTRs) of certain eukaryotic mRNAs encode evolutionarily conserved functional peptides, such as cis-acting regulatory peptides that control translation of downstream main ORFs (mORFs). For genome-wide searches for uORFs with conserved peptide sequences (CPuORFs), comparative genomic studies have been conducted, in which uORF sequences were compared between selected species. To increase chances of identifying CPuORFs, we previously developed an approach in which uORF sequences were compared using BLAST between Arabidopsis and any other plant species with available transcript sequence databases. If this approach is applied to multiple plant species belonging to phylogenetically distant clades, it is expected to further comprehensively identify CPuORFs conserved in various plant lineages, including those conserved among relatively small taxonomic groups. RESULTS: To efficiently compare uORF sequences among many species and efficiently identify CPuORFs conserved in various taxonomic lineages, we developed a novel pipeline, ESUCA. We applied ESUCA to the genomes of five angiosperm species, which belong to phylogenetically distant clades, and selected CPuORFs conserved among at least three different orders. Through these analyses, we identified 89 novel CPuORF families. As expected, ESUCA analysis of each of the five angiosperm genomes identified many CPuORFs that were not identified from ESUCA analyses of the other four species. However, unexpectedly, these CPuORFs include those conserved across wide taxonomic ranges, indicating that the approach used here is useful not only for comprehensive identification of narrowly conserved CPuORFs but also for that of widely conserved CPuORFs. Examination of the effects of 11 selected CPuORFs on mORF translation revealed that CPuORFs conserved only in relatively narrow taxonomic ranges can have sequence-dependent regulatory effects, suggesting that most of the identified CPuORFs are conserved because of functional constraints of their encoded peptides. CONCLUSIONS: This study demonstrates that ESUCA is capable of efficiently identifying CPuORFs likely to be conserved because of the functional importance of their encoded peptides. Furthermore, our data show that the approach in which uORF sequences from multiple species are compared with those of many other species, using ESUCA, is highly effective in comprehensively identifying CPuORFs conserved in various taxonomic ranges.
  • Computational Drug-repositioning Approach Identifying Sirolimus as a Potential Therapeutic Option for Inflammatory Dilated Cardiomyopathy.
    Kyoko Shibata, Toshinori Endo, Yoshikazu Kuribayashi
    Drug research, 69, 10, 565, 571, 2019年10月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, OBJECTIVE: The aim of this study was to determine promising treatment options for human inflammatory dilated cardiomyopathy using a computational drug-repositioning approach (repurposing established drug compounds for new therapeutic indications). BACKGROUND: If the myocardial tissue is detected to be infiltrated with inflammatory cells, primarily of lymphocytes, and if the virus is confirmed using genetic examination (PCR) or immunostaining, the infection is suspected. However, there is no specific treatment (i. e., an antiviral drug) even if the virus is identified; therefore, we used Connectivity Map to identify compounds showing inverse drug-disease signatures, indicating activity against inflammatory dilated cardiomyopathy. RESULTS: Potential drug-repositioning candidates for the treatment of inflammatory dilated cardiomyopathy were explored through a systematic comparison of the gene expression profiles induced by drugs using Gene Expression Omnibus and Connectivity Map databases. CONCLUSION: Using a computational drug-repositioning approach based on the integration of publicly available gene expression signatures of drugs and diseases, sirolimus was suggested as a novel therapeutic option for inflammatory dilated cardiomyopathy.
  • Achiasmy and sex chromosome evolution
    Kazuhiro Satomura, Naoki Osada, Toshinori Endo
    Ecological Genetics and Genomics, 13, 100045, 2019年09月, ［査読有り］, ［最終著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Comprehensive phylogenomic analysis reveals a novel cluster of simian endogenous retroviral sequences in Colobinae monkeys
    Masaki Ikeda, Kazuhiro Satomura, Tsuyoshi Sekizuka, Kentaro Hanada, Toshinori Endo, Naoki Osada
    American Journal of Primatology, e22882, 2018年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A Generalized Linear Model for Decomposing Cis-regulatory, Parent-of-Origin, and Maternal Effects on Allele-Specific Gene Expression
    Yasuaki Takada, Ryutaro Miyagi, Aya Takahashi, Toshinori Endo, Naoki Osada
    G3-GENES GENOMES GENETICS, 7, 7, 2227, 2234, 2017年07月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • 旧世界ザルにおけるサルレトロウイルスの内在化に関する進化系統解析
    池田 昌輝, 遠藤 俊徳, 長田 直樹
    霊長類研究 Supplement, 32, Supplement, 59, 59, 日本霊長類学会, 2016年
    日本語,

    旧世界ザルのゲノムには、サルレトロウイルス（SRV）と相同なDNA塩基配列を持つ内在性サルレトロウイルス（SERV）のDNA塩基配列が存在することが知られている。SERVの多くは挿入や欠損などを含んだ不完全な状態でゲノムに存在するが、一部は完全な状態を保っていることが報告されている。また、不完全なSERV配列が組換えを起こすことによって完全な状態になり感染性を再獲得する可能性がある。さらに、旧世界ザルの細胞は細胞製材として使用されているため、SERV感染の可能性は医学的にも非常に重要な問題であるが、SERVが旧世界ザルのゲノム中にどのように分布、進化したかは明らかになっていない。これらの問題に答えるために本研究では、アフリカミドリザル（Chlorocebus sabaeus）、アカゲザル（Macaca mulatta）、アヌビスヒヒ（Papio anubis）、ヒト（Homo sapiens）のゲノム配列に存在するSERV配列を網羅的に探索し、それらの配列を用いて分子系統学的解析を行った。解析は、系統樹作成や同義置換率と非同義置換率の計算を行った。マルチプルアライメントの結果から、旧世界ザルのゲノムに存在する一部のSERVは、全てのタンパク質をコードしている状態でゲノム上に存在していることがわかった。また、得られた系統樹から、SRVとSERVは2つのクラスターに分かれていることもわかった。さらに、探索して得られた塩基配列の非同義置換率と同義置換率を調べて機能的制約の有無を確認したところ、挿入や欠損を含まない塩基配列は機能的制約を受けていることがわかった。解析の結果から、旧世界ザルのゲノム上に完全な状態で存在する内在性サルレトロウイルスは、過去に感染したSRVが機能を失われないままの状態で残っている可能性が示唆された。

  • Guidelines for the Nomenclature of Genetic Elements in Tunicate Genomes
    Stolfi, Alberto, Sasakura, Yasunori, Chalopin, Domitille, Satou, Yutaka, Christiaen, Lionel, Dantec, Christelle, Endo, Toshinori, Naville, Magali, Nishida, Hiroki, Swalla, Billie J, Volff, Jean-Nicolas, Voskoboynik, Ayelet, Dauga, Delphine, Lemaire, Patrick
    GENESIS, 53, 1:::SI, 1, 14, WILEY-BLACKWELL, 2015年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Sustained Heterozygosity Across a Self-Incompatibility Locus in an Inbred Ascidian
    Satou, Yutaka, Hirayama, Kazuko, Mita, Kaoru, Fujie, Manabu, Chiba, Shota, Yoshida, Reiko, Endo, Toshinori, Sasakura, Yasunori, Inaba, Kazuo, Satoh, Nori
    MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 32, 1, 81, 90, OXFORD UNIV PRESS, 2015年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, Because self-incompatibility loci are maintained heterozygous and recombination within self-incompatibility loci would be disadvantageous, self-incompatibility loci are thought to contribute to structural and functional differentiation of chromosomes. Although the hermaphrodite chordate, Ciona intestinalis, has two self-incompatibility genes, this incompatibility system is incomplete and self-fertilization occurs under laboratory conditions. Here, we established an inbred strain of C. intestinalis by repeated self-fertilization. Decoding genome sequences of sibling animals of this strain identified a 2.4-Mbheterozygous region on chromosome 7. A self-incompatibility gene, Themis-B, was encoded within this region. This observation implied that this self-incompatibility locus and the linkage disequilibrium of its flanking region contribute to the formation of the 2.4-Mb heterozygous region, probably through recombination suppression. We showed that different individuals in natural populations had different numbers and different combinations of Themis-B variants, and that the rate of self-fertilization varied among these animals. Our result explains why self-fertilization occurs under laboratory conditions. It also supports the concept that the Themis-B locus is preferentially retained heterozygous in the inbred line and contributes to the formation of the 2.4-Mb heterozygous region. High structural variations might suppress recombination, and this long heterozygous region might represent a preliminary stage of structural differentiation of chromosomes.
  • Exploring functionally related enzymes using radially distributed properties of active sites around the reacting points of bound ligands
    Keisuke Ueno, Katsuhiko Mineta, Kimihito Ito, Toshinori Endo
    BMC STRUCTURAL BIOLOGY, 12, 5, 2012年04月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Proteomic Profiling Reveals Compartment-Specific, Novel Functions of Ascidian Sperm Proteins
    Mia Nakachi, Ayako Nakajima, Mamoru Nomura, Kouki Yonezawa, Keisuke Ueno, Toshinori Endo, Kazuo Inaba
    MOLECULAR REPRODUCTION AND DEVELOPMENT, 78, 7, 529, 549, 2011年07月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Predicted expansion of the claudin multigene family
    Katsuhiko Mineta, Yasuko Yamamoto, Yuji Yamazaki, Hiroo Tanaka, Yukiyo Tada, Kuniaki Saito, Atsushi Tamura, Michihiro Igarashi, Toshinori Endo, Kosei Takeuchi, Sachiko Tsukita
    FEBS LETTERS, 585, 4, 606, 612, 2011年02月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein integrated database with large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with ability for user rating and comments
    Lixy Yamada, Mamoru Nomura, Michio Ogasawara, Junko Yaguchi, Hiroki Takahashi, Alu Konno, Ayako Nakajima, Sasakura Yasunori, Akiyasu Yoshizawa, Toshinori Endo, Hisaaki Taniguchi, Keisuke Ueno, Chisato Yamasaki, Kouki Yonezawa, Miho Sera, Katsuhiko Mineta, Tadashi Imanishi, Kazuo Inaba, Kohji Hotta, Mia Nakachi, Yutaka Satou
    Nature Precedings, Springer Science and Business Media LLC, 2011年01月06日
    研究論文（学術雑誌）, Abstract

    CIPRO database is an integrated protein database for a tunicate species Ciona intestinalis that belongs to the Urochordata. Although the CIPRO database deals with proteomic and transcriptomic data of a single species, the animal is considered unique in the evolutionary tree, representing a possible origin of the vertebrates and is a good model for understanding chordate evolution, including that of humans. Furthermore, C. intestinalis has been one of the favorites of developmental biologists; there exists a huge amount of accumulated knowledge on its development and morphology, in addition to the recent genome sequence and gene expression data. The CIPRO database is aimed at not only collecting published data, but also presenting unique information, including the unpublished transcriptomic and proteomic data and human curated annotation, for the use by researchers in broad research fields of biology and bioinformatics.
  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality
    Toshinori Endo, Keisuke Ueno, Kouki Yonezawa, Katsuhiko Mineta, Kohji Hotta, Yutaka Satou, Lixy Yamada, Michio Ogasawara, Hiroki Takahashi, Ayako Nakajima, Mia Nakachi, Mamoru Nomura, Junko Yaguchi, Yasunori Sasakura, Chisato Yamasaki, Miho Sera, Akiyasu C. Yoshizawa, Tadashi Imanishi, Hisaaki Taniguchi, Kazuo Inaba
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 39, suppl, D807, D814, 2011年01月, ［筆頭著者, 責任著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • CIPRO 2.5
    Endo Toshinori, Ueno Keisuke, Yonezawa Kouki, Mineta Katsuhiko, Hotta Kohji, Satou Yutaka, Yamada Lixy, Ogasawara Michio, Takahashi Hiroki, Nakajima Ayako, Nakachi Mia, Nomura Mamoru, Yaguchi Junko, Sasakura Yasunori, Yamasaki Chisato, Sera Miho, Yoshizawa Akiyasu C, Imanishi Tadashi, Taniguchi Hisaaki, Inaba Kazuo
    Nucleic Acids Research, 39, SUPPL. 1, 2011年01月
    英語, <p>The Ciona intestinalis protein database (CIPRO) is an integrated protein database for the tunicate species C. intestinalis. The database is unique in two respects: first, because of its phylogenetic position, Ciona is suitable model for understanding vertebrate evolution; and second, the database includesoriginal large-scale transcriptomic and proteomic data. Ciona intestinalis has also been a favorite ofdevelopmental biologists. Therefore, large amounts of data exist on its development and morphology, along with a recent genome sequence and geneexpression data. The CIPRO database is aimed at collecting those published data as well as providing unique information from unpublished experimental data, such as 3D expression profiling, 2D-PAGE and mass spectrometry-based large-scale analysesat various developmental stages, curated annotation data and various bioinformatic data, to facilitate research in diverse areas, including developmental, comparative and evolutionary biology. For medical and evolutionary research, homologs in humans and major model organisms are intentionally included. The current database is based on a recently developed KH model containing 36 034 unique sequenc
  • CIPRO 2.5: Ciona intestinalis Protein Database - a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses, and curated annotation, with ability for user rating and comments
    Endo, Toshinori, Ueno, Keisuke, Yonezawa, Kouki, Mineta, Katsuhiko, Hotta, Kohji, Satou, Yutaka, Yamada, Lixy, Ogasawara, Michio, Takahashi, Hiroki, Nakajima, Ayako, Nakachi, Mia, Nomura, Mamoru, Yaguchi, Junko, Konno, Alu, Sasakura, Yasunori, Yoshizawa, Akiyasu C, Taniguchi, Hisaaki, Yamasaki, Chisato, Sera, Miho, Imanishi, Tadashi, Inaba, Kazuo
    GENOME BIOLOGY, 11, Suppl. 1, 0, 0, BIOMED CENTRAL LTD, 2010年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts
    Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun-Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada, Motohiko Tanino, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Craig Gough, Hong-Woo Chun, Takuya Habara, Hideki Hanaoka, Yosuke Hayakawa, Phillip B. Hilton, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Akihiro Matsuya, Naoki Nagata, Kensaku Nishikata, Akiko Ogura Noda, Shin Nurimoto, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Ryoko Sanbonmatsu, Rie Shiba, Mami Suzuki, Kazuhiko Takabayashi, Aiko Takahashi, Takuro Tamura, Masayuki Tanaka, Susumu Tanaka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Toshihisa Okido, Jun Mashima, Aki Hashizume, Lihua Jin, Kyung-Bum Lee, Yi-Chueh Lin, Asami Nozaki, Katsunaga Sakai, Masahito Tada, Satoru Miyazaki, Takashi Makino, Hajime Ohyanagi, Naoki Osato, Nobuhiko Tanaka, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Naruya Saitou, Hideaki Sugawara, Claire O'Donovan, Tamara Kulikova, Eleanor Whitfield, Brian Halligan, Mary Shimoyama, Simon Twigger, Kei Yura, Kouichi Kimura, Tomohiro Yasuda, Tetsuo Nishikawa, Yutaka Akiyama, Chie Motono, Yuri Mukai, Hideki Nagasaki, Makiko Suwa, Paul Horton, Reiko Kikuno, Osamu Ohara, Doron Lancet, Eric Eveno, Esther Graudens, Sandrine Imbeaud, Marie Anne Debily, Yoshihide Hayashizaki, Clara Amid, Michael Han, Andreas Osanger, Toshinori Endo, Michael A. Thomas, Mika Hirakawa, Wojciech Makalowski, Mitsuteru Nakao, Nam-Soon Kim, Hyang-Sook Yoo, Sandro J. De Souza, Maria de Fatima Bonaldo, Yoshihito Niimura, Vladimir Kuryshev, Ingo Schupp, Stefan Wiemann, Matthew Bellgard, Masafumi Shionyu, Libin Jia, Danielle Thierry-Mieg, Jean Thierry-Mieg, Lukas Wagner, Qinghua Zhang, Mitiko Go, Shinsei Minoshima, Masafumi Ohtsubo, Kousuke Hanada, Peter Tonellato, Takao Isogai, Ji Zhang, Boris Lenhard, Sangsoo Kim, Zhu Chen, Ursula Hinz, Anne Estreicher, Kenta Nakai, Izabela Makalowska, Winston Hide, Nicola Tiffin, Laurens Wilming, Ranajit Chakraborty, Marcelo Bento Soares, Maria Luisa Chiusano, Yutaka Suzuki, Charles Auffray, Yumi Yamaguchi-Kabata, Takeshi Itoh, Teruyoshi Hishiki, Satoshi Fukuchi, Ken Nishikawa, Sumio Sugano, Nobuo Nomura, Yoshio Tateno, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 36, D, D793, D799, 2008年01月
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees
    Akihiro Matsuya, Ryuichi Sakate, Yoshihiro Kawahara, Kanako O. Koyanagi, Yoshiharu Sato, Yasuyuki Fujii, Chisato Yamasaki, Takuya Habara, Hajime Nakaoka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Toshinori Endo, Satoshi Oota, Wojciech Makalowski, Kazuho Ikeo, Yoshiyuki Suzuki, Kousuke Hanada, Katsuyuki Hashimoto, Momoki Hirai, Hisakazu Iwama, Naruya Saitou, Aiko T. Hiraki, Lihua Jin, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Katsuhiko Murakami, Akiko Ogura Noda, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Mami Suzuki, Jun-Ichi Takeda, Masayuki Tanaka, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 36, Database-Issue, D787, D792, 2008年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Improved genome assembly and evidence-based global gene model set for the chordate Ciona intestinalis: new insight into intron and operon populations.
    Satou Y, Mineta K, Ogasawara M, Sasakura Y, Shoguchi E, Ueno K, Yamada L, Matsumoto J, Wasserscheid J, Dewar K, Wiley GB, Macmil SL, Roe BA, Zeller RW, Hastings KE, Lemaire P, Lindquist E, Endo T, Hotta K, Inaba K
    Genome biology, 9, 10, R152, 2008年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones
    T Imanishi, T Itoh, Y Suzuki, C O'Donovan, S Fukuchi, KO Koyanagi, RA Barrero, T Tamura, Y Yamaguchi-Kabata, M Tanino, K Yura, S Miyazaki, K Ikeo, K Homma, A Kasprzyk, T Nishikawa, M Hirakawa, J Thierry-Mieg, D Thierry-Mieg, J Ashurst, LB Jia, M Nakao, MA Thomas, N Mulder, Y Karavidopoulou, LH Jin, S Kim, T Yasuda, B Lenhard, E Eveno, Y Suzuki, C Yamasaki, J Takeda, C Gough, P Hilton, Y Fujii, H Sakai, S Tanaka, C Amid, M Bellgard, MD Bonaldo, H Bono, SK Bromberg, AJ Brookes, E Bruford, P Carninci, C Chelala, C Couillault, SJ de Souza, MA Debily, MD Devignes, Dubchak, I, T Endo, A Estreicher, E Eyras, K Fukami-Kobayash, GR Gopinath, E Graudens, Y Hahn, M Han, ZG Han, K Hanada, H Hanaoka, E Harada, K Hashimoto, U Hinz, M Hirai, T Hishiki, Hopkinson, I, S Imbeaud, H Inoko, A Kanapin, Y Kaneko, T Kasukawa, J Kelso, P Kersey, R Kikuno, K Kimura, B Korn, Kuryshev, V, Makalowska, I, T Makino, S Mano, R Mariage-Samson, J Mashima, H Matsuda, HW Mewes, S Minoshima, K Nagai, H Nagasaki, N Nagata, R Nigam, O Ogasawara, O Ohara, M Ohtsubo, N Okada, T Okido, S Oota, M Ota, T Ota, T Otsuki, D Piatier-Tonneau, A Poustka, SX Ren, N Saitou, K Sakai, S Sakamoto, R Sakate, Schupp, I, F Servant, S Sherry, R Shiba, N Shimizu, M Shimoyama, AJ Simpson, B Soares, C Steward, M Suwa, M Suzuki, A Takahashi, G Tamiya, H Tanaka, T Taylor, JD Terwilliger, P Unneberg, Veeramachaneni, V, S Watanabe, L Wilming, N Yasuda, HS Yoo, M Stodolsky, W Makalowski, M Go, K Nakai, T Takagi, M Kanehisa, Y Sakaki, J Quackenbush, Y Okazaki, Y Hayashizaki, W Hide, R Chakraborty, K Nishikawa, H Sugawara, Y Tateno, Z Chen, M Oishi, P Tonellato, R Apweiler, K Okubo, L Wagner, S Wiemann, RL Strausberg, T Isogai, C Auffray, N Nomura, T Gojobori, S Sugano
    PLOS BIOLOGY, 2, 6, 856, 875, 2004年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Standardized phylogenetic tree: A reference to discover functional evolution
    T Endo, S Ogishima, H Tanaka
    JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, 57, S174, S181, 2003年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • The genome sequence and structure of rice chromosome 1
    T Sasaki, T Matsumoto, K Yamamoto, K Sakata, T Baba, Y Katayose, JZ Wu, Y Niimura, ZK Cheng, Y Nagamura, BA Antonio, H Kanamori, S Hosokawa, M Masukawa, K Arikawa, Y Chiden, M Hayashi, M Okamoto, T Ando, H Aoki, K Arita, M Hamada, C Harada, S Hijishita, M Honda, Y Ichikawa, A Idonuma, M Iijima, M Ikeno, S Ito, T Ito, Y Ito, Y Ito, A Iwabuchi, K Kamiya, W Karasawa, S Katagiri, A Kikuta, N Kobayashi, Kono, I, K Machita, T Maehara, H Mizuno, T Mizubayashi, Y Mukai, H Nagasaki, M Nakashima, Y Nakama, Y Nakamichi, M Nakamura, N Namiki, M Negishi, Ohta, I, N Ono, S Saji, K Sakai, M Shibata, T Shimokawa, A Shomura, JY Song, Y Takazaki, K Terasawa, K Tsuji, K Waki, H Yamagata, H Yamane, S Yoshiki, R Yoshihara, K Yukawa, HS Zhong, H Iwama, T Endo, H Ito, JH Hahn, HI Kim, MY Eun, M Yano, JM Jiang, T Gojohori
    NATURE, 420, 6913, 312, 316, 2002年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Do introns favor or avoid regions of amino acid conservation?
    T Endo, A Fedorov, SJ de Souza, W Gilbert
    MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 19, 4, 521, 525, 2002年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Protein-protein interaction panel using mouse full-length cDNAs
    Harukazu Suzuki, Yoshifumi Fukunishi, Ikuko Kagawa, Rintaro Saito, Hiroshi Oda, Toshinori Endo, Shinji Kondo, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, Yoshihide Hayashizaki
    Genome Research, 11, 10, 1758, 1765, 2001年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Comparative evaluation of 5 '-end-sequence quality of clones in CAP trapper and other full-length-cDNA libraries
    Y Sugahara, P Carninci, M Itoh, K Shibata, H Konno, T Endo, M Muramatsu, Y Hayashizaki
    GENE, 263, 1-2, 93, 102, 2001年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Construction and Application of Mouse Full-length cDNA Database
    Konno Hideaki, Fukunishi Yoshifumi, Endo Toshinori, Hayashizaki Yoshihide
    Genome Informatics, 10, 288, 289, Japanese Society for Bioinformatics, 1999年
    英語
  • Systematic analysis on mouse genome encyclopedia
    Endo Toshinori, Yamanaka Itaru, Konno Hideki, Fukunishi Yoshifumi, Kawai Jun, Suzuki Harukazu, Ozawa Yasuhiro, Shibata Kazuhiro, Yoshino Masayasu, Itoh Masayoshi, Carninci Piero, Okazaki Yasushi, Hayashizaki Yoshihide
    Genome Informatics, 10, 338, 339, Japanese Society for Bioinformatics, 1999年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Identification of regions in which positive selection may operate in S-RNase of Rosaceae: Implication for S-allele-specific recognition sites in S-RNase
    Takeshi Ishimizu, Toshinori Endo, Yumi Yamaguchi-Kabata, Kazuo T. Nakamura, Fumio Sakiyama, Shigemi Norioka
    FEBS Letters, 440, 3, 337, 342, 1998年12月04日, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Evolutionary significance of intra-genome duplications on human chromosomes (vol 205, pg 19, 1997)
    T Endo, T Imanishi, T Gojobori, H Inoko
    GENE, 210, 2, 351, +, 1998年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Evolutionary significance of intra-genome duplications on human chromosomes.
    Toshinori Endo, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori, Hidetoshi Inoko
    GENE, 205, 1/2, 19, 27, 1997年12月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Evolutionary motif and its biological and structural significance
    Y Tateno, K Ikeo, T Imanishi, H Watanabe, T Endo, Y Yamaguchi, Y Suzuki, K Takahashi, K Tsunoyama, M Kawai, Y Kawanishi, K Naitou, T Gojobori
    JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, 44, S38, S43, 1997年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls
    A Fumihito, T Miyake, M Takada, R Shingu, T Endo, T Gojobori, N Kondo, S Ohno
    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 93, 13, 6792, 6795, 1996年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Large-scale search for genes on which positive selection may operate
    T Endo, K Ikeo, T Gojobori
    MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 13, 5, 685, 690, 1996年05月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Large-scale search for genes on which positive selection may operate.　　　　　　　　　　　　　　　
    Toshinori Endo
    Dessertation. Graduate School for Advanced Studies, 1995年, ［査読有り］
    英語, 学位論文（博士）
  • Domain evolution of serine protease and its inhibitor genes
    T Gojobori, T Endo, K Ikeo
    TRACING BIOLOGICAL EVOLUTION IN PROTEIN AND GENE STRUCTURES, 249, 260, 1995年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • CLONING AND CHARACTERIZATION OF THE MOUSE FRA-2 GENE
    VC FOLETTA, MH SONOBE, T SUZUKI, T ENDO, H IBA, DR COHEN
    ONCOGENE, 9, 11, 3305, 3311, 1994年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • JUND MUTANTS WITH SPONTANEOUSLY ACQUIRED TRANSFORMING POTENTIAL HAVE ENHANCED TRANSACTIVATING ACTIVITY IN COMBINATION WITH FRA-2
    T KAMEDA, A AKAHORI, MH SONOBE, T SUZUKI, T ENDO, H IBA
    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 90, 20, 9369, 9373, 1993年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • DIFFERENCE IN TRANSCRIPTIONAL REGULATORY FUNCTION BETWEEN C-FOS AND FRA-2
    T SUZUKI, H OKUNO, T YOSHIDA, T ENDO, H NISHINA, H IBA
    NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 19, 20, 5537, 5542, 1991年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）

その他活動・業績

書籍等出版物

講演・口頭発表等

  • Evolutionary analysis of Mollicutes based on standardized phylogenetic tree　　　　　　　　　　　　　　　
    遠藤 俊徳
    2013年10月31日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
    ［国際会議］

担当経験のある科目_授業

  • 情報生物学特論　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学
    2019年10月 - 現在
  • 情報生命工学　　　　　　　　　　　　　　　
    東京大学
  • 情報学　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学
  • 細胞生物学　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学工学部
  • 生物学I　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学総合教育部
  • 構造バイオインフォマティクス特論　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学大学院情報科学研究科
  • 生体機能学　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学工学部
  • データ解析　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学工学部

所属学協会

  • 2005年04月 - 現在
    日本バイオインフォマティクス学会　　　　　　　　　　　　　　　
  • 2004年04月 - 現在
    生き物文化誌学会　　　　　　　　　　　　　　　
  • 1993年04月 - 現在
    日本遺伝学会　　　　　　　　　　　　　　　
  • 日本進化学会　　　　　　　　　　　　　　　
  • 日本情報処理学会　　　　　　　　　　　　　　　
  • Society for Molecular Biology and Evolution　　　　　　　　　　　　　　　
  • 日本情報処理学会バイオ情報学研究会　　　　　　　　　　　　　　　

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 動植物ゲノム配列解析にもとづくヤポネシアへのヒトの移動の推定
    科学研究費助成事業
    2018年06月29日 - 2023年03月31日
    鈴木 仁, 遠藤 俊徳, 坂井 寛章, 増田 隆一, 伊藤 剛
    本年度は以下の6つの研究を遂行した。研究1:野生ハツカネズミ98個体の全核ゲノムデータを活用し、毛色関連遺伝子Asip (180 kb)およびMc1r (250 kb)に対する系譜学的解析を行った。先史時代、適応的な毛色変異が新規に移入した地域においてそれぞれ定着したことが示された。研究2: マダガスカルのハツカネズミ集団の全核ゲノム解析はアジア南部に展開する亜種M. m. castaneusの寄与、さらには先史時代の航海術を有したオーストロネシア語を繰る農耕民の関与を示唆した。研究3:クマネズミのmtDNA遺伝子変異の解析は、約5千年前に海洋域を含んだ南中国と東南アジアで急激な多様化が生じたことを示唆した。研究4：核ゲノムSNPを用いた集団解析および、15の代表的な栽培化遺伝子の系統解析から、ヤポネシアの栽培イネの集団構造を明らかにした。古い品種であると示唆された古代米（赤米）１系統のゲノム構成は、古いジャポニカ型アリルおよびインディカ由来のアリルからなることが明らかとなった。また、葉緑体ゲノムを用いた解析から、日本のジャポニカ品種は2500年前以降に有効集団サイズの増大が始まったことが示唆された。研究5：岡山県南方(済生会)および滋賀県粟津湖底の遺跡由来のヒョウタン標本(弥生時代中期頃)に関し、在来種を加えて核ゲノムのSNP解析に基づき、日本列島へのヒョウタンの移入経緯を推察した。研究6:解析した北海道のヒグマの全ゲノム情報と既報の海外ヒグマの全ゲノム情報を比較解析することにより，北海道ヒグマでは遺伝的多様性は低いが絶滅が危惧されているヨーロッパの個体群よりは多様性が高いこと、北米やヨーロッパのヒグマ集団とは明瞭に異なること、最終間氷期以前より大陸集団と異なる集団動態を経験していること、北海道ヒグマのミトコンドリアDNAの3系統集団間で交流があることが明らかとなった。
    日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 北海道大学, 18H05508
  • 遺伝的クローンであるアリの適応的な表現型個体差を産み出す分子機構の解明
    科学研究費助成事業
    2019年04月01日 - 2022年03月31日
    遠藤 俊徳, 長谷川 英祐, 伊藤 文紀, 里村 和浩
    昆虫は機械的な動きを示すことが多く、遺伝子が行動を司るなら同一遺伝子をもつ個体の行動閾値は同じにになることが期待される。同巣のワーカーが共通の遺伝子セットをもつクローンであるイカリゲシワアリについて、行動閾値の初期値と条件付けによる変化を観察し、個体間のゲノムの差異を調べたところ、違いは見いだせなかった。この多様性がDNAメチル化のエピジェネティクスによって制御されているかどうかを確かめるため、行動閾値の異なる個体のメチル化状態の違いを解析したが、対象範囲ではメチル化状態に違いがないことがわかった。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 19H02964
  • 多様な無脊椎動物の比較解析基盤としての比較ゲノムデータベース構築
    科学研究費助成事業 基盤研究(C)
    2014年04月01日 - 2018年03月31日
    遠藤 俊徳
    10の動物門に含まれる314種の動物ゲノムについて、遺伝子機能のスペクトル（ゲノムスペクトル）を、門、綱、目、科、属の各系統分類において調べ、共通遺伝子を整理することでプロテオームデータと統計量の整備を進めた。全生物系統に共通して存在する遺伝子は1,908で、ほぼ全てが基本生命維持機能のコア遺伝子群でり、系統固有の遺伝子も系統分類ごとに同定した。また、動物系統のみに共通して存在する1,299の遺伝子群を特定した。その多くはミトコンドリアに関係する遺伝子であり動物固有の機構の存在を示唆した。ほかに脊椎動物系統のみ不在の遺伝子など、生物進化過程を解明する重要な手掛かりが得られた。
    日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 26440193
  • 高速分子動力学法によるHCV抗ウイルス薬耐性化予測仮想アッセイシステムの構築
    科学研究費助成事業
    2014年04月01日 - 2016年03月31日
    坂本 直哉, 遠藤 俊徳, 須田 剛生
    ・NS5A蛋白とNS5A阻害薬分子、小胞体核酸、DAA分子のモデリングと分子動力学シミュレーションを実施し、NS5Aが安定して小胞体膜上に局在する最適構造を確定した。
    ・NS5A阻害薬とNS5A二量体の結合構造をシミュレーションし、薬剤耐性変異の近傍に安定結合することを確認した。
    ・分子動力学シミュレーションで得られた仮説を検証するためにNS5A阻害薬に対する耐性変異を有するHCV replicon増殖能および薬剤感受性を検証した。
    日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 26670375
  • インターメア機能配列の情報量規準と機械学習による同定および進化的解析
    科学研究費助成事業
    2012年04月01日 - 2014年03月31日
    遠藤 俊徳
    ヒト～原索動物のゲノム配列から、既知の機能配列および繰り返し配列の抽出を行い、カタログ化したデータベースを構築した。繰り返し配列の一部は進化的にゲノム上を移動する事のあることが知られるが、それによって選択的スプライシングや、マイクロRNA配列導入が生じる可能性があることから、具体例の収集を行ってデータ解析を進めた。また、生物学的情報を元に機械学習を用いて分類解析する方法の開発を行った。未分類配列から機能配列のもつ特徴的パターンを抽出するためのアルゴリズム開発を行った。また、生物種間の比較に基づいて機能配列を見つけるため、進化的遺伝子分岐の解析方法の開発を行った。
    日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 北海道大学, 24114501
  • 病態のシステム的理解と疾患情報モデルの構築
    科学研究費助成事業 特定領域研究
    2005年 - 2009年
    五條堀 孝, 池尾 一穂, 鈴木 善幸, 遠藤 俊徳, 峯田 克彦, 小倉 淳, 菅原 秀明
    脳・神経系に関与する疾患の疾患情報モデルの構築をおこなうプラットフォームとしての3次元脳データベースを、ヒト、マウス、およびホヤについて構築した。マウスについては、米国におけるポール・アレン脳研究所の3次元マウス脳データベースのミラーサイトの開設に成功し、ヒトとの比較研究を行った。とくに、アルツハイマー症について、関連するタンパク質のネットワークを明らかにした。
    日本学術振興会, 特定領域研究, 国立遺伝学研究所, 17019065
  • GPGPUによる高速マルチプルアラインメント法の開発　　　　　　　　　　　　　　　
    2008年
    競争的資金
  • Development of GPGPU based multiple sequence alignment method　　　　　　　　　　　　　　　
    2008年
    競争的資金
  • オーファンエンザイム情報に基づく遺伝子機能予測　　　　　　　　　　　　　　　
    ゲノム関係研究
    2005年
    競争的資金
  • Prediction of the function of hypothetical genes based on the information of orphan enzymes　　　　　　　　　　　　　　　
    0104 (Japanese Only)
    2005年
    競争的資金
  • ゲノムの遺伝子プロファイルによる生物の形態形成機構の解明
    科学研究費助成事業
    2002年 - 2004年
    遠藤 俊徳
    本研究では遺伝子の進化的背景を知り、機能単位がどのように進化し機能を持ったり変化させたりしてきたかに焦点を当てた研究を進めてきた。昨年度までに分子進化速度に基づく機能解析・推定方法確立の一環として標準化系統樹作成方法確立を行った。標準化系統樹は、相対進化速度を用い、複数の遺伝子系統樹に基づいた複合系統樹で、個々の遺伝子進化速度の誤差を統計的信頼性として表現し、系統樹のトポロジーおよび枝長に信頼性基準および進化速度の変動幅を与え、機能的進化の有無やその時期を推定する上で基準を与えるものである。この方法論および一部の結果については前年度の論文で発表を行った。また大量の実データへの応用は現在進行中で、これを実際に行うためのソフトウェア開発の一部が終了している。この経過は日本分子進化学会にて報告した。また本研究テーマを進める上で重要な遺伝子機能に関して、具体例として薬物代謝に関与する遺伝子ファミリP450に着目し、機能と構造の関係について解析を進め、成果の一部を日本分子生物学会年会で報告した。また当初の大きな目標である、真核生物ゲノム全体に含まれる遺伝子の種類や重複度のベクトルを捉えるという観点では、比較対象に用いるゲノムデータが不十分であるという問題に当たってしまった。このため、自らデータ産生に関与する目的で完全長ヒトゲノムプロジェクトに参画し、分子進化学的視点からの遺伝子機能解析を担当した。この結果は論文(Public Library of Science, Biology)にて報告した。
    日本学術振興会, 若手研究(B), 14740410