小柳　香奈子 (コヤナギ　カナコ)

情報科学研究院　生命人間情報科学部門　バイオインフォマティクス分野准教授
高等教育推進機構准教授
Last Updated :2025/06/07

■研究者基本情報

学位

  • 博士（理学）, 京都大学

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J-Global ID

研究キーワード

  • 系統解析
  • エピジェネティクス
  • 細胞系譜
  • 細胞分化
  • イネ
  • ヒト
  • ウイルス
  • 比較ゲノム解析
  • ゲノム構造
  • 発現制御
  • 分子進化
  • 進化
  • ゲノム

研究分野

  • ライフサイエンス, 遺伝学
  • ライフサイエンス, システムゲノム科学
  • ライフサイエンス, 進化生物学
  • ライフサイエンス, ゲノム生物学

担当教育組織

■経歴

経歴

  • 2019年 - 現在
    北海道大学, 大学院情報科学研究院, 准教授
  • 2007年 - 2019年
    北海道大学, 大学院情報科学研究科, 准教授
  • 2004年 - 2007年
    北海道大学, 大学院情報科学研究科, 助教授
  • 2003年 - 2004年
    奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助手
  • 2001年 - 2003年
    生物情報解析研究センター, 特別研究員
  • 2000年 - 2001年
    京都大学, 大学院理学研究科, 派遣研究員

委員歴

  • 2021年04月 - 2023年03月
    文部科学省 科学技術・学術政策研究所 (NISTEP), 専門調査員, 政府
  • 2021年 - 2022年
    日本遺伝学会第94回大会実行委員
  • 2016年 - 2019年
    日本進化学会, 2019年大会準備委員, 学協会
  • 2016年 - 2017年
    IIBMP2017, 実行委員, 学協会

■研究活動情報

受賞

  • 2021年, 公益財団法人 秋山記念生命科学振興財団 研究助成〈一般〉　　　　　　　　　　　　　　　
    リアルタイム選別による未知DNA配列解読－北海道イネゲノム難解読領域への応用－
    小柳香奈子;渡邉日出海
  • 2005年, 日本遺伝学会, 第７７回日本遺伝学会BP賞　　　　　　　　　　　　　　　
    脊椎動物特異的なゲノム構造進化の発見
    小柳香奈子;伊藤剛;萩原正人;五條堀孝;今西規

論文

  • Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis.
    Kanako O Koyanagi
    BMC research notes, 16, 1, 222, 222, 2023年09月19日, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, OBJECTIVE: Diversification of cell types and changes in epigenetic states during cell differentiation processes are important for understanding development. Recently, phylogenetic analysis using DNA methylation and histone modification information has been shown useful for inferring these processes. The purpose of this study was to examine whether chromatin accessibility data can help infer these processes in murine hematopoiesis. RESULTS: Chromatin accessibility data could partially infer the hematopoietic differentiation hierarchy. Furthermore, based on the ancestral state estimation of internal nodes, the open/closed chromatin states of differentiating progenitor cells could be predicted with a specificity of 0.86-0.99 and sensitivity of 0.29-0.72. These results suggest that the phylogenetic analysis of chromatin accessibility could offer important information on cell differentiation, particularly for organisms from which progenitor cells are difficult to obtain.
  • Phylogenetic analysis of endogenous viral elements in the rice genome reveals local chromosomal evolution in Oryza AA-genome species.
    Nozomi Saito, Sunlu Chen, Katsuya Kitajima, Zhitong Zhou, Yohei Koide, Jaymee R Encabo, Maria Genaleen Q Diaz, Il-Ryong Choi, Kanako O Koyanagi, Yuji Kishima
    Frontiers in plant science, 14, 1261705, 1261705, 2023年, ［責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, INTRODUCTION: Rice genomes contain endogenous viral elements homologous to rice tungro bacilliform virus (RTBV) from the pararetrovirus family Caulimoviridae. These viral elements, known as endogenous RTBV-like sequences (eRTBVLs), comprise five subfamilies, eRTBVL-A, -B, -C, -D, and -X. Four subfamilies (A, B, C, and X) are present to a limited degree in the genomes of the Asian cultivated rice Oryza sativa (spp. japonica and indica) and the closely related wild species Oryza rufipogon. METHODS: The eRTBVL-D sequences are widely distributed within these and other Oryza AA-genome species. Fifteen eRTBVL-D segments identified in the japonica (Nipponbare) genome occur mostly at orthologous chromosomal positions in other AA-genome species. The eRTBVL-D sequences were inserted into the genomes just before speciation of the AA-genome species. RESULTS AND DISCUSSION: Ten eRTBVL-D segments are located at six loci, which were used for our evolutionary analyses during the speciation of the AA-genome species. The degree of genetic differentiation varied among the eRTBVL-D segments. Of the six loci, three showed phylogenetic trees consistent with the standard speciation pattern (SSP) of the AA-genome species (Type A), and the other three represented phylogenies different from the SSP (Type B). The atypical phylogenetic trees for the Type B loci revealed chromosome region-specific evolution among the AA-genome species that is associated with phylogenetic incongruences: complex genome rearrangements between eRTBVL-D segments, an introgression between the distant species, and low genetic diversity of a shared eRTBVL-D segment. Using eRTBVL-D as an indicator, this study revealed the phylogenetic incongruence of local chromosomal regions with different topologies that developed during speciation.
  • Adenovirus-associated uveitis with necrotizing retinitis.
    Sunao Sugita, Yoshihiko Usui, Hidemi Watanabe, Laura Panto, Miyabi Iida, Keisuke Suginoshita, Kanako O Koyanagi, Akihiro Nishida, Yasuo Kurimoto, Masayo Takahashi, Tatsuya Shindo, Hiroaki Nishioka, Masahiko Takano, Takeshi Kezuka, Hiroshi Goto, Nobuyoshi Kitaichi
    Ophthalmology, 130, 4, 443, 445, 2022年12月23日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Translation of continuous artificial selection on phenotype into genotype during rice breeding programs
    Fujino Kenji, Kawahara Yoshihiro, Koyanagi Kanako O., Shirasawa Kenta
    Breeding Science, 71, 2, 125, 133, 日本育種学会, 2021年, ［査読有り］, ［国内誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）,

    Understanding genetic diversity among local populations is a primary goal of modern crop breeding programs. Here, we demonstrated the genetic relationships of rice varieties in Hokkaido, Japan, one of the northern limits of rice cultivation around the world. Furthermore, artificial selection during rice breeding programs has been characterized using genome sequences. We utilized 8,565 single nucleotide polymorphisms and insertion/deletion markers distributed across the genome in genotype-by-sequencing for genetic diversity analyses. Phylogenetics, genetic population structure, and principal component analysis showed that a total of 110 varieties were classified into four distinct clusters according to different populations geographically and historically. Furthermore, the genome sequences of 19 rice varieties along with historic representations in Hokkaido, nucleotide diversity and FST values in each cluster revealed that artificial selection of elite phenotypes focused on chromosomal regions. These results clearly demonstrated the history of the selections on agronomic traits as genome sequences among current rice varieties from Hokkaido.

  • Inferring changes in histone modification during cell differentiation by ancestral state estimation based on phylogenetic trees of cell types: Human hematopoiesis as a model case
    Kanako O. Koyanagi
    Gene, 721S, 100021, 100021, 2019年09月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Biosynthetic Short Neuropeptides: A Rational Theory Based on Experimental Results for the Missing Pain-Relief Opioid Endomorphin Precursor Gene
    Ayami Matsushima, Jun Sese, Kanako O. Koyanagi
    ChemBioChem, 20, 16, 2054, 2058, 2019年08月16日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Comparative genomic analysis of retrogene repertoire in two green algae Volvox carteri and Chlamydomonas reinhardtii
    Marcin Jakalski, Kazutaka Takeshita, Mathieu Deblieck, Kanako O. Koyanagi, Izabela Makałowska, Hidemi Watanabe, Wojciech Makałowski
    Biology Direct, 11, 1, 35, 35, 2016年08月04日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Genome-wide association mapping focusing on a rice population derived from rice breeding programs in a region
    FUJINO Kenji, OBARA Mari, SHIMIZU Toshiaki, KOYANAGI Kanako O., IKEGAYA Tomohito
    Breeding Science, 65, 5, 403, 410, 2015年12月19日, ［査読有り］, ［国内誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • DNA barcoding of Oeneis butterflies newly sampled in Mongolia
    Takatoshi Abe, Hidemi Watanabe, Kanako O. Koyanagi, Botaro Inoue
    GENOME, 58, 5, 185, 185, 2015年05月, ［査読有り］
    英語
  • Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information: Hematopoiesis as a model case
    Kanako O. Koyanagi
    Genome Biology and Evolution, 7, 3, 699, 705, 2015年03月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Interregional coevolution analysis revealing functional and structural interrelatedness between different genomic regions in human mastadenovirus D
    Gabriel Gonzalez, Kanako O. Koyanagi, Koki Aoki, Hidemi Watanabe
    Journal of Virology, 89, 12, 6209, 6217, 2015年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Rice genomes recorded ancient pararetrovirus activities: Virus genealogy and multiple origins of endogenization during rice speciation
    Sunlu Chen, Ruifang Liu, Kanako O. Koyanagi, Yuji Kishima
    Virology, 471-473, 141, 152, 2014年12月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A Novel Complex Recombinant Form of Type 48-Related Human Adenovirus Species D Isolated in Japan (vol 67, pg 282, 2014)
    Tsuguto Fujimoto, Shotaro Yamane, Tomoko Ogawa, Nozomu Hanaoka, Atsushi Ogura, Chiemi Hotta, Takeshi Niwa, Yakou Chiba, Gabriel Gonzalez, Koki Aoki, Kanako Ono Koyanagi, Hidemi Watanabe
    JAPANESE JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, 67, 5, 416, 416, 2014年09月, ［査読有り］
    英語
  • Intertypic modular exchanges of genomic segments by homologous recombination at universally conserved segments in human adenovirus species D
    Gabriel Gonzalez, Kanako O. Koyanagi, Koki Aoki, Nobuyoshi Kitaichi, Shigeaki Ohno, Hisatoshi Kaneko, Susumu Ishida, Hidemi Watanabe
    Gene, 547, 1, 10, 17, 2014年08月15日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A novel complex recombinant form of type 48-related human adenovirus species d isolated in Japan
    Tsuguto Fujimoto, Shotaro Yamane, Tomoko Ogawa, Nozomu Hanaoka, Atsushi Ogura, Chiemi Hotta, Takeshi Niwa, Yakou Chiba, Gabriel Gonzalez, Koki Aoki, Kanako Ono Koyanagi, Hidemi Watanabe
    Japanese Journal of Infectious Diseases, 67, 4, 282, 287, 2014年, ［査読有り］, ［国内誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Bidirectional Gene Pairs in the Human Genome
    Kanako O Koyanagi, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori
    eLS. John Wiley & Sons, Ltd: Chichester, 2013年12月, ［査読有り］, ［招待有り］, ［筆頭著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Identification of contamination in the american type culture collection stock of human adenovirus type 8 by whole-genome sequencing
    Shotaro Yamane, Amanda Wei Ling Lee, Nozomu Hanaoka, Gabriel Gonzalez, Hisatoshi Kaneko, Susumu Ishida, Nobuyoshi Kitaichi, Shigeaki Ohno, Kanako O. Koyanagi, Koki Aoki, Tsuguto Fujimoto, Nobuyo Yawata, Hidemi Watanabe
    Journal of Virology, 87, 2, 1285, 6, 2, 2013年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Evolutionary force of AT-rich repeats to trap genomic and episomal DNAs into the rice genome: Lessons from endogenous pararetrovirus
    Ruifang Liu, Kanako O. Koyanagi, Sunlu Chen, Yuji Kishima
    Plant Journal, 72, 5, 817, 828, 2012年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • In silico and in vivo identification of the intermediate filament vimentin that is downregulated downstream of Brachyury during Xenopus embryogenesis
    Atsuko Yamada, Kanako O. Koyanagi, Hidemi Watanabe
    Gene, 491, 2, 232, 236, 2012年01月10日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Toward an Integrated Human Adenovirus Designation System That Utilizes Molecular and Serological Data and Serves both Clinical and Fundamental Virology
    Koki Aoki, Maria Benkoe, Andrew J. Davison, Marcela Echavarria, Dean D. Erdman, Balazs Harrach, Adriana E. Kajon, David Schnurr, Goran Wadell
    JOURNAL OF VIROLOGY, 85, 11, 5703, 5704, 2011年06月
    英語
  • Recombination analysis of intermediate human adenovirus type 53 in Japan by complete genome sequence
    Hisatoshi Kaneko, Koki Aoki, Susumu Ishida, Shigeaki Ohno, Nobuyoshi Kitaichi, Hiroaki Ishiko, Tsuguto Fujimoto, Yoshifumi Ikeda, Masako Nakamura, Gabriel Gonzalez, Kanako O. Koyanagi, Hidemi Watanabe, Tatsuo Suzutani
    Journal of General Virology, 92, 6, 1251, 1259, 2011年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Complete genome analysis of a novel intertypic recombinant human adenovirus causing epidemic keratoconjunctivitis in Japan
    Hisatoshi Kaneko, Koki Aoki, Shigeaki Ohno, Hiroaki Ishiko, Tsuguto Fujimoto, Masayuki Kikuchi, Seiya Harada, Gabriel Gonzalez, Kanako O. Koyanagi, Hidemi Watanabe, Tatsuo Suzutani
    Journal of Clinical Microbiology, 49, 2, 484, 490, 2011年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Highly diversified molecular evolution of downstream transcription start sites in rice and arabidopsis
    Tsuyoshi Tanaka, Kanako O. Koyanagi, Takeshi Itoh
    Plant Physiology, 149, 3, 1316, 1324, 2009年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees
    Akihiro Matsuya, Ryuichi Sakate, Yoshihiro Kawahara, Kanako O. Koyanagi, Yoshiharu Sato, Yasuyuki Fujii, Chisato Yamasaki, Takuya Habara, Hajime Nakaoka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Toshinori Endo, Satoshi Oota, Wojciech Makalowski, Kazuho Ikeo, Yoshiyuki Suzuki, Kousuke Hanada, Katsuyuki Hashimoto, Momoki Hirai, Hisakazu Iwama, Naruya Saitou, Aiko T. Hiraki, Lihua Jin, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Katsuhiko Murakami, Akiko Ogura Noda, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Mami Suzuki, Jun Ichi Takeda, Masayuki Tanaka, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh
    Nucleic Acids Research, 36, SUPPL. 1, D787, D792, 2008年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts
    Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada, Motohiko Tanino, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Craig Gough, Hong Woo Chun, Takuya Habara, Hideki Hanaoka, Yosuke Hayakawa, Phillip B. Hilton, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Akihiro Matsuya, Naoki Nagata, Kensaku Nishikata, Akiko Ogura Noda, Shin Nurimoto, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Ryoko Sanbonmatsu, Rie Shiba, Mami Suzuki, Kazuhiko Takabayashi, Aiko Takahashi, Takuro Tamura, Masayuki Tanaka, Susumu Tanaka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Toshihisa Okido, Jun Mashima, Aki Hashizume, Lihua Jin, Kyung Bum Lee, Yi Chueh Lin, Asami Nozaki, Katsunaga Sakai, Masahito Tada, Satoru Miyazaki, Takashi Makino, Hajime Ohyanagi, Naoki Osato, Nobuhiko Tanaka, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Naruya Saitou, Hideaki Sugawara, Claire O'Donovan, Tamara Kulikova, Eleanor Whitfield, Brian Halligan, Mary Shimoyama, Simon Twigger, Kei Yura, Kouichi Kimura, Tomohiro Yasuda, Tetsuo Nishikawa, Yutaka Akiyama, Chie Motono, Yuri Mukai, Hideki Nagasaki, Makiko Suwa, Paul Horton, Reiko Kikuno, Osamu Ohara, Doron Lancet, Eric Eveno, Esther Graudens, Sandrine Imbeaud, Marie Anne Debily, Yoshihide Hayashizaki, Clara Amid, Michael Han, Andreas Osanger, Toshinori Endo, Michael A. Thomas, Mika Hirakawa, Wojciech Makalowski, Mitsuteru Nakao, Nam Soon Kim, Hyang Sook Yoo, Sandro J. De Souza, Maria De Fatima Bonaldo, Yoshihito Niimura, Vladimir Kuryshev, Ingo Schupp, Stefan Wiemann, Matthew Bellgard
    Nucleic Acids Research, 36, SUPPL. 1, D793, D799, 2008年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update
    Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A. Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Takuji Sasaki, Ryo Aono, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Erimi Harada, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Hiroaki Kawashima, Hiromi Kubooka, Akihiro Matsuya, Hajime Nakaoka, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Yoshiharu Sato, Yuji Shinso, Mami Suzuki, Junichi Takeda, Motohiko Tanino, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Chisato Yamasaki, Tadashi Imanishi, Toshihisa Okido, Masahito Tada, Kazuho Ikeo, Yoshio Tateno, Takashi Gojobori, Yao Cheng Lin, Fu Jin Wei, Yueie Hsing, Qiang Zhao, Bin Han, Melissa R. Kramer, Richard W. McCombie, David Lonsdale, Claire C. O’donovan, Eleanor J. Whitfield, Rolf Apweiler, Kanako O. Koyanagi, Jitendra P. Khurana, Saurabh Raghuvanshi, Nagendra K. Singh, Akhilesh K. Tyagi, Georg Haberer, Masaki Fujisawa, Satomi Hosokawa, Yukiyo Ito, Hiroshi Ikawa, Michie Shibata, Mayu Yamamoto, Richard M. Bruskiewich, Douglas R. Hoen, Thomas E. Bureau, Nobukazu Namiki, Hajime Ohyanagi, Yasumichi Sakai, Satoshi Nobushima, Katsumi Sakata, Roberto A. Barrero, Yutaka Sato, Alexandre Souvorov, Brian Smith-White, Tatiana Tatusova, Suyoung An, Gynheung An, Satoshi Oota, Galina Fuks, Joachim Messing, Karen R. Christie, Damien Lieberherr, Hyeran Kim, Andrea Zuccolo, Rod A. Wing, Kan Nobuta, Pamela J. Green, Cheng Lu, Blake C. Meyers, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Olivier Panaud, Manuel Echeverria
    Nucleic Acids Research, 36, SUPPL. 1, D1028, 33, Database issue, 2008年01月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Frequent emergence and functional resurrection of processed pseudogenes in the human and mouse genomes
    Hiroaki Sakai, Kanako O. Koyanagi, Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh, Takashi Gojobori
    Gene, 389, 2, 196, 203, 2007年03月15日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana: The Rice Annotation Project
    Takeshi Itoh, Tsuyoshi Tanaka, Roberto A. Barrero, Chisato Yamasaki, Yasuyuki Fujii, Phillip B. Hilton, Baltazar A. Antonio, Hideo Aono, Rolf Apweiler, Richard Bruskiewich, Thomas Bureau, Frances Burr, Antonio Costa De Oliveira, Galina Fuks, Takuya Habara, Georg Haberer, Bin Han, Erimi Harada, Aiko T. Hiraki, Hirohiko Hirochika, Douglas Hoen, Hiroki Hokari, Satomi Hosokawa, Yue Ie Hsing, Hiroshi Ikawa, Kazuho Ikeo, Tadashi Imanishi, Yukiyo Ito, Pankaj Jaiswal, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Hiroaki Kawashima, Jitendra P. Khurana, Shoshi Kikuchi, Setsuko Komatsu, Kanako O. Koyanagi, Hiromi Kubooka, Damien Lieberherr, Yao Cheng Lin, David Lonsdale, Takashi Matsumoto, Akihiro Matsuya, W. Richard McCombie, Joachim Messing, Akio Miyao, Nicola Mulder, Yoshiaki Nagamura, Jongmin Nam, Nobukazu Namiki, Hisataka Numa, Shin Nurimoto, Claire O'Donovan, Hajime Ohyanagi, Toshihisa Okido, Satoshi OOta, Naoki Osato, Lance E. Palmer, Francis Quetier, Saurabh Raghuvanshi, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Yasumichi Sakai, Katsumi Sakata, Tetsuya Sakurai, Fumihiko Sato, Yoshiharu Sato, Heiko Schoof, Motoaki Seki, Michie Shibata, Yuji Shimizu, Kazuo Shinozaki, Yuji Shinso, Nagendra K. Singh, Brian Smith-White, Jun Ichi Takeda, Motohiko Tanino, Tatiana Tatusova, Supat Thongjuea, Fusano Todokoro, Mika Tsugane, Akhilesh K. Tyagi, Apichart Vanavichit, Aihui Wang, Rod A. Wing, Kaori Yamaguchi, Mayu Yamamoto, Naoyuki Yamamoto, Yeisoo Yu, Hao Zhang, Qiang Zhao, Kenichi Higo, Benjamin Burr, Takashi Gojobori, Takuji Sasaki
    Genome Research, 17, 2, 175, 183, 2, 2007年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs
    Jun Ichi Takeda, Yutaka Suzuki, Mitsuteru Nakao, Roberto A. Barrero, Kanako O. Koyanagi, Lihua Jin, Chie Motono, Hiroko Hata, Takao Isogai, Keiichi Nagai, Tetsuji Otsuki, Vladimir Kuryshev, Masafumi Shionyu, Kei Yura, Mitiko Go, Jean Thierry-Mieg, Danielle Thierry-Mieg, Stefan Wiemann, Nobuo Nomura, Sumio Sugano, Takashi Gojobori, Tadashi Iman ishi
    Nucleic Acids Research, 34, 14, 3917, 3928, 2006年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A web tool for comparative genomics: G-compass
    Yasuyuki Fujii, Takeshi Itoh, Ryuichi Sakate, Kanako O. Koyanagi, Akihiro Matsuya, Takuya Habara, Kaori Yamaguchi, Yayoi Kaneko, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi
    Gene, 364, 1-2, 45, 52, 2005年12月30日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Investigation of protein functions through data-mining on integrated human transcriptome database, H-Invitational database (H-InvDB)
    Chisato Yamasaki, Kanako O. Koyanagi, Yasuyuki Fujii, Takeshi Itoh, Roberto Barrero, Takuro Tamura, Yumi Yamaguchi-Kabata, Motohiko Tanino, Jun Ichi Takeda, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Nobuo Nomura, Sumio Sugano, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori
    Gene, 364, 1-2, 99, 107, 2005年12月30日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Comparative genomics of bidirectional gene pairs and its implications for the evolution of a transcriptional regulation system
    Kanako O. Koyanagi, Masato Hagiwara, Takeshi Itoh, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi
    Gene, 353, 2, 169, 176, 2005年07月04日, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones
    Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh, Yutaka Suzuki, Claire O'Donovan, Satoshi Fukuchi, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Takuro Tamura, Yumi Yamaguchi-Kabata, Motohiko Tanino, Kei Yura, Satoru Miyazaki, Kazuho Ikeo, Keiichi Homma, Arek Kasprzyk, Tetsuo Nishikawa, Mika Hirakawa, Jean Thierry-Mieg, Danielle Thierry-Mieg, Jennifer Ashurst, Libin Jia, Mitsuteru Nakao, Michael A. Thomas, Nicola Mulder, Youla Karavidopoulou, Lihua Jin, Sangsoo Kim, Tomohiro Yasuda, Boris Lenhard, Eric Eveno, Yoshiyuki Suzuki, Chisato Yamasaki, Jun Ichi Takeda, Craig Gough, Phillip Hilton, Yasuyuki Fujii, Hiroaki Sakai, Susumu Tanaka, Clara Amid, Matthew Bellgard, Maria de Fatima Bonaldo, Hidemasa Bono, Susan K. Bromberg, Anthony J. Brookes, Elspeth Bruford, Piero Carninci, Claude Chelala, Christine Couillault, Sandro J. de Souza, Marie Anne Debily, Marie Dominique Devignes, Inna Dubchak, Toshinori Endo, Anne Estreicher, Eduardo Eyras, Kaoru Fukami-Kobayashi, Gopal R. Gopinath, Esther Graudens, Yoonsoo Hahn, Michael Han, Ze Guang Han, Kousuke Hanada, Hideki Hanaoka, Erimi Harada, Katsuyuki Hashimoto, Ursula Hinz, Momoki Hirai, Teruyoshi Hishiki, Ian Hopkinson, Sandrine Imbeaud, Hidetoshi Inoko, Alexander Kanapin, Yayoi Kaneko, Takeya Kasukawa, Janet Kelso, Paul Kersey, Reiko Kikuno, Kouichi Kimura, Bernhard Korn, Vladimir Kuryshev, Izabela Makalowska, Takashi Makino, Shuhei Mano, Regine Mariage-Samson, Jun Mashima, Hideo Matsuda, Hans Werner Mewes, Shinsei Minoshima, Keiichi Nagai, Hideki Nagasaki, Naoki Nagata, Rajni Nigam, Osamu Ogasawara, Osamu Ohara, Masafumi Ohtsubo, Norihiro Okada, Toshihisa Okido, Satoshi Oota, Motonori Ota, Toshio Ota
    PLoS Biology, 2, 6, e162, 6, 2004年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • TTOP: A System for Phylogenetic Tree Editing and Evolutionary Annotation of Genes
    Kundu Srinesh, Hagiwara Masato, Koyanagi Kanako O., Imanishi Tadashi, Itoh Takeshi
    Genome Informatics, 14, 583, 584, Japanese Society for Bioinformatics, 2003年
    英語
  • Detection of Processed Pseudogenes Based on cDNA Mapping to the Human Genome
    Sakai Hiroaki, Koyanagi Kanako O., Itoh Takeshi, Imanishi Tadashi, Gojobori Takashi
    Genome Informatics, 14, 452, 453, Japanese Society for Bioinformatics, 2003年
    英語
  • gLdraw: A General Tool for a Comparison of Chromosome Maps
    Hayakawa Yousuke, Koyanagi Kanako, Tamura Takuro, Gojobori Takashi, Imanishi Tadashi
    Genome Informatics, 12, 466, 468, Japanese Society for Bioinformatics, 2001年
    英語
  • Protein tyrosine phosphatases from amphioxus, hagfish, and ray: Divergence of tissue-specific isoform genes in the early evolution of vertebrates
    Kanako Ono-Koyanagi, Hiroshi Suga, Kazutaka Katoh, Takashi Miyata
    Journal of Molecular Evolution, 50, 3, 302, 311, 2000年, ［査読有り］, ［筆頭著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Extensive gene duplication in the early evolution of animals before the parazoan-eumetazoan split demonstrated by G proteins and protein tyrosine kinases from sponge and hydra
    H Suga, M Koyanagi, D Hoshiyama, K Ono, N Iwabe, K Kuma, T Miyata
    JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, 48, 6, 646, 653, 1999年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Multiple protein tyrosine phosphatases in sponges and explosive gene duplication in the early evolution of animals before the parazoan-eumetazoan split
    K Ono, H Suga, N Iwabe, K Kuma, T Miyata
    JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, 48, 6, 654, 662, 1999年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Multiple TGF-beta receptor related genes in sponge and ancient gene duplications before the parazoan-eumetazoan split
    H Suga, O Kanako, T Miyata
    FEBS LETTERS, 453, 3, 346, 350, 1999年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Phospholipase C cDNAs from sponge and hydra: antiquity of genes involved in the inositol phospholipid signaling pathway
    M Koyanagi, K Ono, H Suga, N Iwabe, T Miyata
    FEBS LETTERS, 439, 1-2, 66, 70, 1998年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Ancient gene duplication and domain shuffling in the animal cyclic nucleotide phosphodiesterase family
    M Koyanagi, H Suga, D Hoshiyama, K Ono, N Iwabe, K Kuma, T Miyata
    FEBS LETTERS, 436, 3, 323, 328, 1998年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Sponge Pax cDNA related to Pax-2/5/8 and ancient gene duplications in the Pax family
    Daisuke Hoshiyama, Hiroshi Suga, Naoyuki Iwabe, Mitsumasa Koyanagi, Naruo Nikoh, Kei-Ichi Kuma, Fumihiko Matsuda, Tasuku Honjo, Takashi Miyata
    Journal of Molecular Evolution, 47, 6, 640, 648, 1998年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Intermittent divergence of the protein tyrosine kinase family during animal evolution
    H Suga, K Kuma, N Iwabe, N Nikoh, K Ono, M Koyanagi, D Hoshiyama, T Miyata
    FEBS LETTERS, 412, 3, 540, 546, 1997年08月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）

その他活動・業績

書籍等出版物

  • 進化―分子・個体・生態系
    ニコラス・H. バートン, ジョナサン・A. アイゼン, デイビッド・B, ゴールドステイン, ニパム・H. パテル, デレク・E.G. ブリッグス
    メディカルサイエンスインターナショナル, 2009年12月08日, 4895926214, 908

講演・口頭発表等

  • オミクス情報の系統解析による細胞分化過程の理解　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    木村資生記念第5回進化学セミナー, 2024年12月15日, 日本語, 公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等
    ［招待講演］
  • イネ属 AA ゲノム種のイントログレッション領域の探索　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子, 神徳雄太, 貴島祐治
    第26回日本進化学会, 2024年08月21日, 英語, ポスター発表
    2024年08月21日 - 2024年08月24日
  • 比較ゲノム解析によるO. sativa ssp. japonicaとイネ属AAゲノム種のイントログレッション領域の探索　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳 香奈子, 神徳 雄太, 貴島 祐治
    日本育種学会第145回講演会, 2024年03月17日, 日本語, 口頭発表（一般）
  • オミクス情報の系統解析による細胞分化過程推定の可能性　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    第46回日本分子生物学会年会 フォーラム1F-15「ゲノム起源を討論する学問所」, 2023年12月06日
    神戸市, 日本国, ［招待講演］
  • オープンクロマチン情報の系統解析による細胞分化過程の推定　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本遺伝学会第95回大会, 2023年09月08日, 口頭発表（一般）
  • エピゲノム情報の系統解析による細胞分化過程の推定　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    遺伝研研究集会「生命科学を支える分子系統学」, 2022年08月03日
    2022年08月03日 - 2022年08月04日, ［招待講演］
  • Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of epigenomes　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    The 24th Hokkaido University – Seoul National University Joint Symposium, 2021年11月05日, 英語, 口頭発表（招待・特別）
    ［招待講演］
  • Inferring cell type tree based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    EMBO | EMBL Symposium: The Identity and Evolution of Cell Types, 2021年05月06日, 英語, ポスター発表
    2021年05月04日 - 2021年05月07日
  • Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    SMBE 2018, 2018年07月11日, 英語, ポスター発表
    ［国際会議］
  • エピゲノム情報の系統解析による細胞分化過程の推定 —哺乳類の血球系細胞分化をモデルとして　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    分子生物学会, 2017年12月07日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
    ［招待講演］, ［国内会議］
  • Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    CDB symposium 2017, 2017年03月27日, 英語, ポスター発表
    ［国際会議］
  • Inferring cell differentiation processes based on phylogenetic analysis of genome-wide epigenetic information　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    THE 40th NAITO CONFERENCE on Epigenetics―From Histone Code to Therapeutic Strategy, 2015年09月17日, 英語, ポスター発表
    ［国際会議］
  • 新規遺伝子同定法 FATES;その特徴と今後の展開 「基盤整備~専用解析プログ ラムFATESerの開発」　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本育種学会 第128回講演会・新潟, 2015年09月11日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（公募）
    ［国内会議］
  • ヒストン修飾情報の系統解析による細胞分化過程の推定 ーヒト血球系細胞をモデルとして　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本進化学会 第17回大会・東京, 2015年08月22日
  • Inferring cell differentiation processes based on the phylogenetic analysis of genome-wide DNA methylation data: Hematopoiesis as a model case　　　　　　　　　　　　　　　
    Kanako O. Koyanagi
    Keystone Symposia Conference (Z1: DNA Methylation), 2015年03月31日, 英語, ポスター発表
    ［国際会議］
  • アデノウイルスのゲノム進化を可能にする組換えと置換の特徴　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    第15回アデノウィルス研究会 品川インターシティ, 2014年11月08日
    ［招待講演］
  • エピジェネティック情報の最尤推定による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本進化学会 第16回大会・高槻, 2014年08月22日, 日本語, ポスター発表
    ［国内会議］
  • エピジェネティック情報の系統解析による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本分子生物学会 第36回・神戸, 2013年12月05日, 日本語, ポスター発表
    ［国内会議］
  • エピジェネティック情報の系統解析による細胞分化過程の推定 ーマウス血球系細胞をモデルとして　　　　　　　　　　　　　　　
    小柳香奈子
    日本進化学会 第15回大会・つくば, 2013年08月30日, 日本語, 口頭発表（一般）
    ［国内会議］

担当経験のある科目_授業

  • 情報学Ⅱ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 全学教育
    2023年 - 現在
  • 情報学Ⅰ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 全学教育
  • 生体情報工学演習Ⅱ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 工学部
  • 生体情報工学実験Ⅱ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 工学部
  • 外国語演習　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 全学教育
  • 生体機能学　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 工学部
  • 一般教育演習 ゲノムを考える　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 全学教育
  • 細胞生物学　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 工学部
  • 生物学Ⅰ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 全学教育
  • 生体情報工学実験Ⅰ　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 工学部
  • 情報科学特論　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 大学院獣医学研究科
  • ゲノム情報科学応用特論　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 大学院共通授業科目
  • ゲノム情報科学特論　　　　　　　　　　　　　　　
    北海道大学 大学院情報科学研究科

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 細胞分化にともなうエピゲノム変遷過程の単一細胞解像度での推定
    科学研究費助成事業 基盤研究(C)
    2022年04月01日 - 2025年03月31日
    小柳 香奈子
    日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 22K06330
  • 体細胞ヒストン修飾情報の系統解析によるヒトの細胞系譜および細胞分化過程の推定
    科学研究費助成事業 基盤研究(C)
    2016年04月01日 - 2020年03月31日
    小柳 香奈子
    多細胞動物の発生過程の理解には、各細胞の変遷過程の理解が重要である。しかしながら侵襲的な実験が難しいヒトなど、変遷過程の全種類の細胞を網羅的に取得することは困難な場合も多い。そこで本研究では、得ることが比較的容易な成体の分化した体細胞のエピジェネティック修飾の情報を用い、進化学で用いられる系統解析から、細胞分化過程におけるエピジェネティック修飾の変遷過程の推定を試みた。材料として8種類のヒト血球系細胞の6種類のヒストン修飾を用い、本手法により、細胞分化に関連したヒストン修飾の変遷過程が推定されうることが示唆された。
    日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 16K07458
  • 体細胞エピゲノム情報の系統解析による哺乳類の細胞系譜および細胞分化過程の推定
    科学研究費助成事業 基盤研究(C)
    2013年04月01日 - 2017年03月31日
    小柳 香奈子
    受精卵が遺伝子の発現状態を変化させながら、細胞分裂・分化・移動・死を通して、どのようにして多種類の細胞からなる一個体が形成されるのかを理解することは、生物学の大きな目標の一つである。本研究では、体細胞エピゲノム情報の系統解析からin silicoで細胞系譜を構築し、さらに細胞系譜の祖先節の形質状態、すなわち発生過程の細胞のエピゲノム状態を推定することで、この問題の解決を試みた。その結果、マウス血球系細胞のゲノムワイドなDNAメチル化情報の系統解析により、既知の細胞系譜や分化途中の細胞のDNAメチル化状態の推定が可能なことが示された。さらにヒト成体の各種細胞への応用を試みた。
    日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 25440186
  • ゲノムに潜む鎮痛ペプチド・エンドモルフィンは酸化ストレスのRNA編集で誕生する
    科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
    2014年04月01日 - 2016年03月31日
    松島 綾美, 小柳 香奈子
    エンドモルフィンは、アミノ酸４つからなる神経ペプチドである。モルヒネを凌ぐ強力な鎮痛作用があり、痒みとの関連も非常に注目されている。しかし、未だにエンドモルフィン遺伝子は不明のままなのである。近年では、ゲノムから短いペプチドを見出す難しさが認識され、ペプチドを網羅的に質量分析するペプチドーム解析にも注目が集まりつつある。こうしたなか、次世代シークエンサーを用いた網羅的解析とRNA編集を考慮した情報処理技術の両面からの探索を試みた。結果としてエンドモルフィン遺伝子単離には至らなかった。しかし、エンドモルフィン様ペプチド遺伝子を見出し、これに基づいた合成ペプチドはオピオイド受容体と弱く結合した。
    日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 九州大学, 26670288
  • 地域の育種集団におけるFNPsハプロタイプを用いた高速ゲノム育種法の開発　　　　　　　　　　　　　　　
    農林水産業・食品産業科学技術研究推進事業 シーズ創出ステージ
    2013年 - 2016年03月
    藤野 賢治
    農林水産省, 競争的資金
  • ゲノム配列解析に基づく突然変異発生特性と適応進化の解明
    科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)
    2010年04月01日 - 2015年03月31日
    渡邉 日出海, 小柳 香奈子
    真核細胞内で生じる組換えの特性を明らかにすることを目的として、ヒトアデノウイルス(HAdV)のゲノム配列決定と比較解析を進めている。平成23年度においては、これまでに札幌において定点採集された流行性角結膜炎(EKC)発症性HAdVVの計10ゲノムをテロメア領域を含めて完全に配列決定した。また、米国、シンガポール、ハンガリーから、日本において見られなくなったHAdV-8のゲノムDNAを収集し、配列決定を進めている。これらのHAdVゲノム配列を他の既知ゲノム配列を含めて比較解析し、組換え頻度を調べたところ、これまでの血清型等の解析から示唆されていたウイルス表面たんぱく質遺伝子において実際に点突然変異率に比して有意な組換え境界頻度が検出された。興味深いことに、それ以上の頻度で、E3領域に存在する、ウイルスのホスト細胞への侵入過程で用いられる遺伝子や機能未知遺伝子においてきわめて高い組換え頻度が検出された。これら組換えホットスポットにおける組換えが、ゲノム全体で一様に起きる組換えのうちで自然選択の結果残ったものであるのか、あるいは、これらの遺伝子内に組換えを誘起する領域が存在するのかを明らかにするための解析を行った結果、組換えホットスポット近傍に遠縁ウイルス間で高度の保存している領域を見出すことが出来、後者の可能性が示唆された。真核生物ゲノムにおける挿入欠失の発生特性を明らかにするた...
    日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 22125009
  • エピゲノミクスとファイロゲノミクスの融合による哺乳類細胞系譜再構築の試み　　　　　　　　　　　　　　　
    大学院情報科学研究科若手研究費
    2012年07月 - 2013年03月
    小柳香奈子
    北海道大学大学院情報科学研究科
  • イネ属ゲノムに取り込まれたウイルス配列の機能探索イネツングロ病に着目して
    科学研究費助成事業 基盤研究(B)
    2010年 - 2012年
    貴島 祐治, 小柳 香奈子, 安井 秀
    ネゲノムに見いだされる内在性RTBVウイルス配列(ERTBV配列)を日本型日本晴系統やインド型93-11系統で特定し、それらの挿入機構やツングロ病との耐性機構について解析した。ERTBVはゲノムの中のATが連続している領域に挿入する傾向が高く、AT連続配列は外来からDNA断片を取り込む可能性が強く示唆された。また、アフリカイネ系統のWK18と日本型台中65の交雑後代で、イネ染色体5番にRTBV抵抗性を示す遺伝子領域qTDR5を見いだした。qTDR5の中にはERTBVが1箇所含まれている。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 22380001
  • ヒト染色体間の相互作用情報の抽出と染色体の核内配置との関連性に関する研究
    科学研究費助成事業 若手研究(B)
    2006年 - 2008年
    小柳 香奈子
    本研究の目的は、ヒトゲノム情報解析から染色体間の相互作用を示す情報を抽出し、核内における染色体の核内配置との関連性を検証することである。本研究では、染色体間の相互作用を示す情報として、ヒトゲノム中にみられるプロセス型偽遺伝子とゲノム内重複領域の染色体分布を解析し、染色体間の偏りを検出した。またこの研究の過程において、種特異的な重複領域を高精度に同定する目的で、分子進化解析に基づくゲノム直系領域の同定方法を開発した。
    日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 18710159
  • 比較ゲノム解析に基づくヒト固有遺伝情報の同定と機能推定
    科学研究費助成事業 特定領域研究
    2006年 - 2007年
    渡邉 日出海, 小柳 香奈子
    本研究課題の目的は、ヒト固有形質に密接に関連すると推定されるヒト固有遺伝情報を同定することである。この目的のために、ヒトとチンパンジーの種分岐後にヒトゲノムに生じたヒト固有遺伝情報ならびにヒト特異的進化状態を示すゲノム領域の同定を行った。まず、基盤となるデータとして、ヒト-チンパンジー一マカク間の高精度なゲノム直系領域多重アラインメントの作成を行った。具体的には、曖昧なゲノム領域の実験による確認、ゲノム概要配列に加えてBACクローン配列を用いた解析、詳細な分子進化学的解析によるゲノム直系領域の推定を行った。次にこのゲノムアラインメントに基づき、ヒト系統に特異的な、挿入・欠失および塩基置換・アミノ酸置換速度変化を同定した。特に、従来は解析が困難であるために対象外とされていた、ヒトとチンパンジーの種分岐後に遺伝子重複が起きた遺伝子群についても解析を行った。その結果、ヒト固有形質に関連する候補遺伝子が推定された。これら候補遺伝子のさらなる機能解析等により、ヒト固有形質の理解が進むことが期待される。上記の研究過程では、プログラムによる自動処理に加えて、人間の目によるデータの精査も重要となる。そこで、このデータ精査を支援するための解析ツールの開発も行った。このツールは、長大なゲノム間の対応領域を可視化し、それを自由に拡大縮小したり、対応領域の各ゲノム上における位置情報や塩基相違度等の必...
    日本学術振興会, 特定領域研究, 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 18017002
  • ヒトゲノム構造にみられる遺伝子位置の偏りの意義とその進化過程に関する研究
    科学研究費助成事業 若手研究(B)
    2004年 - 2005年
    小柳 香奈子
    申請者のこれまでの研究から、ヒトゲノム上の遺伝子位置及びその構造に偏りがあることが明らかとなっていた。そこで、本課題ではこの偏りの意義の解明すること(目的1)、さらにこの遺伝子構造の進化過程を明らかにすること(目的2)、を目的として研究を行った。まず、ヒトゲノム上で偏りのみられたhead-to-head遺伝子ペアについて、成人における組織特異性に関する発現情報を用いて、遺伝子ペア間の発現パターンの比較を行った。その結果、遺伝子ペア間では弱いながら発現組織に相関がみられることがわかった。また、遺伝子ペア間において何か共通の特徴はないか、機能アノテーション情報を比較したが、機能アノテーションには特徴的な偏りはみられないことがわかった。これらのことから、ヒトゲノム構造にみられる偏りと遺伝子発現調節との間に関連性のあることが示唆された。次に、ヒトゲノム上でみられたゲノム構造の偏りが他の生物種でも保存しているか、それはヒトに至る進化の過程でいつ頃進化したのか、また他の生物種にその生物種固有のヒトとは異なった偏りや特徴がないか、といった点について解明する目的で、ヒト以外の生物種(マウス、フグ、ホヤ、ハエ、カ、線虫)についてゲノム構造の比較解析を行った。その結果、この遺伝子構造は哺乳類に特異的にみられるものであり、その他の真核生物にはみられない新しく進化した構造であること、という結果を得た...
    日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 16710142
  • ゲノム配列の種間・種内比較に基づく進化過程の推定
    科学研究費助成事業 特定領域研究
    2004年 - 2004年
    渡邉 日出海, 小柳 香奈子
    理化学研究所が中心となって日独中韓台の9センターで編成したコンソーシアムにおいて、霊長類の染色体としては世界で初めてのチンパンジー22番染色体(PTR22)の完成配列を決定し、Nature誌のArticleとして発表した。この論文において本研究代表者は比較解析全般を担当し、ヒト相同染色体であるヒト21番染色体(HSA21)および他の類人猿との間で種間比較解析を行った。本研究の目的は、500-700万年前にヒトとチンパンジーが分岐した後に、それぞれの系統において生じてきたゲノムの構造変化の詳細を明らかにすることである。同コンソーシアムによる先行研究(Fujiyama et al.,2002)において両ゲノムは塩基配列レベルで平均1.23%の塩基置換が起きていることをあきらかにしていたが、PTR22-HSA21間では若干高い1.44%の平均塩基置換率になっていた。これは主としてテロメア側半分ではGC含量が高くCpGのメチル化脱アミノ化による塩基置換(C:G→T:A)が高頻度で起こっていることによることがわかった。他に、PTR22はHSA21よりも約1%小さいこと、多くの挿入・欠失が存在し短いものほど頻度が高いこと、300bp以上の長さの挿入は大部分が散在性反復配列の挿入によるものであること、挿入はHSA21で高頻度で起こっている一方、欠失は両染色体で完全に同じ傾向をしめしているこ...
    日本学術振興会, 特定領域研究, 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 16011239

社会貢献活動

  • 北大道新アカデミー 情報科学から見える景色　　　　　　　　　　　　　　　
    2024年10月12日
    講師
  • 北海道札幌東高等学校模擬授業　　　　　　　　　　　　　　　
    2022年11月04日
    講師
    出前授業
  • 北大セミナー in オホーツク2015　　　　　　　　　　　　　　　
    2015年10月10日
    講師
  • 北海道大学 公開講座　　　　　　　　　　　　　　　
    2014年07月31日
    講師
    講演会
  • 日本植物学会 第4回男女共同参画セミナー　　　　　　　　　　　　　　　
    2013年09月13日
    パネリスト
  • 日本遺伝学会 男女共同参画ランチョンワークショップ　　　　　　　　　　　　　　　
    2010年09月21日
    パネリスト
  • 第47回サイエンス・カフェ札幌　　　　　　　　　　　　　　　
    2009年10月03日
    出演