澤辺 智雄 (サワベ トモオ)
| 水産科学研究院 海洋応用生命科学部門 海洋生物工学分野 | 教授 |
Last Updated :2025/12/04
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論文
- Genomic Repertoire of Twenty-Two Novel Vibrionaceae Species Isolated from Marine Sediments.
Hannah Kaufmann, Carolina Salvador, Vinicius W Salazar, Natália Cruz, Graciela Maria Dias, Diogo Tschoeke, Lucia Campos, Tomoo Sawabe, Masayuki Miyazaki, Fumito Maruyama, Fabiano Thompson, Cristiane Thompson
Microbial ecology, 88, 1, 36, 36, 2025年04月29日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The genomic repertoire of vibrios has been extensively studied, particularly regarding their metabolic plasticity, symbiotic interactions, and resistance mechanisms to environmental stressors. However, little is known about the genomic diversity and adaptations of vibrios inhabiting deep-sea marine sediments. In this study, we investigated the genomic diversity of vibrios isolated from deep-sea core sediments collected using a manned submersible off Japan. A total of 50 vibrio isolates were obtained and characterized phenotypically, and by genome sequencing. From this total, we disclosed 22 novel species examining genome-to-genome distance, average amino acid identity, and phenotypes (Alivibrio: 1; Enterovibrio: 1; Photobacterium: 8; Vibrio: 12). The novel species have fallen within known clades (e.g., Fisheri, Enterovibrio, Profundum, and Splendidus) and novel clades (JAMM0721, JAMM0388, JAMM0395). The 28 remainder isolates were identified as known species: Aliivibrio sifiae (2), A. salmonicida (1), Enterovibrio baiacu (1), E. norvegicus (1), Photobacterium profundum (3), P. angustum (1), P. chitiniliticum (1), P. frigidiphilum (1), Photobacterium indicum (1), P. sanguinicancri (1). P. swingsii (2), Vibrio alginolyticus (3), V. anguillarum (1), V. campbellii (1), V. fluvialis (1), V. gigantis (1), V. lentus (1), V. splendidus (4), and V. tasmaniensis (1). Genomic analyses revealed that all 50 vibrios harbored genes associated with high-pressure adaptation, including sensor kinases, chaperones, autoinducer-2 (AI-2) signaling, oxidative damage repair, polyunsaturated fatty acid biosynthesis, and stress response mechanisms related to periplasmic and outer membrane protein misfolding under heat shock and osmotic stress. Additionally, alternative sigma factors, trimethylamine oxide (TMAO) respiration, and osmoprotectant acquisition pathways were identified, further supporting their ability to thrive in deep-sea environments. Notably, the genomes exhibited a high prevalence of antibiotic resistance genes, with antibiotic efflux pumps being the most abundant group. The ugd gene expanded in number in some novel species (Photobacterium satsumensis sp. nov. JAMM1754: 4 copies; Vibrio makurazakiensis sp. nov. JAMM1826: 3 copies). This gene may confer antibiotic (polymyxin) resistance to these vibrios. - Unexpected Diversity in Gene Clusters Encoding Formate Hydrogenlyase Complex Machinery in Vibrionaceae Correlated to Fermentative Hydrogen Production.
Tomoo Sawabe, Yuito Umeki, Ramesh Kumar Natarajan, Chunqi Jiang, Fabiano Thompson, Sayaka Mino
Current microbiology, 82, 5, 208, 208, 2025年03月25日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, An entire Hyf-type formate hydrogenlyase comple (Hyf-FHL) gene cluster was first discovered in a marine Vibrio species, Vibrio tritonius isolated from the digestive tract of the sea hare Aplysia kurodai [1]. The bacterium is also the first marine bacterium in which hydrogen production ability exceeds that of Escherichia coli under saline conditions [Sawabe et al. in Front Microbiol 4:414, 2013;Matsumura et al. in Int J Hydrog Energy 39:7270-7277, 2014;]. However, we were still unable to answer the evolutionary question as to why only minor groups of vibrios could maintain the FHL gene clusters and hydrogen (gas) production ability. Here, we set up comparative genomics and fermentative hydrogen production profiling using all 16 currently known Vibrionaceae species, which maintain FHL gene clusters and/or gas production, including 12 Vibrio and 4 Photobacterium species. Whole-genome comparison using complete genome sequences revealed unexpected diversity of FHL gene clusters, at least, with two new types of FHL gene clusters. Additional fermentative hydrogen profiling and structure modeling of FHLs showed formate detoxification as a part of formate and pH homeostasis could be one of the selective pressures in the evolution of FHL gene clusters responsible for high hydrogen production in vibrios. - Identification of flexixanthin and its derivatives in Algoriphagus bacteria and evaluation of their antioxidant and anti-inflammatory effects
Naoki Takatani, Yuki Sato-Takabe, Misaki Aoike, Rika Sekine, Takashi Maoka, Tomoo Sawabe, Fumiaki Beppu, Kazutoshi Shindo, Masashi Hosokawa
Food Bioscience, 65, 2025年03月
研究論文（学術雑誌） - Deciphering Probiotic Effects of Sulfitobacter pontiacus Strain BL28 on the Host Sea Cucumber Apostichopus japonicus.
Tomoo Sawabe, Rika Kudo, Juanwen Yu, Thach Nguyen, Andrea Rossi, Yuichi Sakai, Sayaka Mino
Current microbiology, 82, 4, 156, 156, 2025年02月26日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Recently, sea cucumber has been an increasingly important marine invertebrate in the fields of EcoDevo and fisheries studies. After the discovery of Sulfitobacter pontiacus strain BL28, which is a growth-promoting probiotic bacteria isolated from blastula of Apostichopus japonicus, host-microbes interaction has become a major new focus of study to be unveiled. Previous genome assessments of the strain BL28 hypothesized involvements of cobalamin/B12 biosynthesis, type IV secretion system, polyhydroxybutyrate production, and sulfate metabolism for host growth promotions. Here, we performed A. japonicus host transcriptome after five weeks of supplementation with S. pontiacus BL28. Unexpectedly, the host transcriptome revealed significant gene regulations of the BL28 supplementation on the host lipid and chondroitin metabolisms and transcriptionally "rest" status of heat shock protein genes un-expressed. Physiological and environmental crossover by the S. pontiacus BL28 supplementation may trigger stress-free growth promotion in the host sea cucumber. These symbiotics-type probiotics could help herald the future eco-friendly aquaculture of sea cucumber. - Identification of a novel monocyclic carotenoid and prediction of its biosynthetic genes in Algoriphagus sp. oki45.
Naoki Takatani, Takashi Maoka, Tomoo Sawabe, Fumiaki Beppu, Masashi Hosokawa
Applied microbiology and biotechnology, 108, 1, 102, 102, 2024年12月, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Bacteria belonging to the genus Algoriphagus have been isolated from various sources, such as Antarctic sea ice, seawater, and sediment, and some strains are known to produce orange to red pigments. However, the pigment composition and biosynthetic genes have not been fully elucidated. A new red-pigmented Algoriphagus sp. strain, oki45, was isolated from the surface of seaweed collected from Senaga-Jima Island, Okinawa, Japan. Genome comparison revealed oki45's average nucleotide identity of less than 95% to its closely related species, Algoriphagus confluentis NBRC 111222 T and Algoriphagus taiwanensis JCM 19755 T. Comprehensive chemical analyses of oki45's pigments, including 1H and 13C nuclear magnetic resonance and circular dichroism spectroscopy, revealed that the pigments were mixtures of monocyclic carotenoids, (3S)-flexixanthin ((3S)-3,1'-dihydroxy-3',4'-didehydro-1',2'-dihydro-β,ψ-caroten-4-one) and (2R,3S)-2-hydroxyflexixanthin ((2R,3S)-2,3,1'-trihydroxy-3',4'-didehydro-1',2'-dihydro-β,ψ-caroten-4-one); in particular, the latter compound was new and not previously reported. Both monocyclic carotenoids were also found in A. confluentis NBRC 111222 T and A. taiwanensis JCM 19755 T. Further genome comparisons of carotenoid biosynthetic genes revealed the presence of eight genes (crtE, crtB, crtI, cruF, crtD, crtYcd, crtW, and crtZ) for flexixanthin biosynthesis. In addition, a crtG homolog gene encoding 2,2'-β-hydroxylase was found in the genome of the strains oki45, A. confluentis NBRC 111222 T, and A. taiwanensis JCM 19755 T, suggesting that the gene is involved in 2-hydroxyflexixanthin synthesis via 2-hydroxylation of flexixanthin. These findings expand our knowledge of monocyclic carotenoid biosynthesis in Algoriphagus bacteria. KEY POINTS: • Algoriphagus sp. strain oki45 was isolated from seaweed collected in Okinawa, Japan. • A novel monocyclic carotenoid 2-hydroxyflexixanthin was identified from strain oki45. • Nine genes for 2-hydroxyflexixanthin biosynthesis were found in strain oki45 genome. - Hydrogenimonas leucolamina sp. nov., a hydrogen- and sulphur-oxidizing mesophilic chemolithoautotroph isolated from a deep-sea hydrothermal vent chimney at the Suiyo Seamount in the Western Pacific Ocean
Shuya Hatakeyama, Sayaka Mino, Mana Mizobata, Mako Takada, Jiro Tsuchiya, Shogo Yamaki, Yasuhiro Ando, Tomoo Sawabe, Ken Takai
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 74, 10, Microbiology Society, 2024年10月22日
研究論文（学術雑誌）, A novel mesophilic bacterium, strain SS33T, was isolated from a deep-sea hydrothermal vent chimney at Suiyo Seamount, Izu-Bonin Arc, Western Pacific Ocean. The cells of strain SS33T were motile short rods with a single polar flagellum. The growth of strain SS33T was observed at the temperature range between 33 and 55 °C (optimum growth at 45 °C), at the pH range between 5.0 and 7.1 (optimum growth at pH 6.0) and in the presence of between 2.0 and 4.5% (w/v) NaCl [optimum growth at 3.5% (w/v)]. Strain SS33T was a facultative anaerobic chemolithoautotroph using molecular hydrogen and elemental sulphur as the sole electron donor. Nitrate, nitrous oxide, sulphate, elemental sulphur and molecular oxygen were capable of serving as the sole electron acceptor. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences placed strain SS33T in the genus Hydrogenimonas belonging to the class Epsilonproteobacteria. The closely related species of strain SS33T were Hydrogenimonas urashimensis SSM-Sur55T (95.96%), Hydrogenimonas thermophila EP1-55-1%T (95.75%) and Hydrogenimonas cancrithermarum ISO32T (95.24%). According to the taxonomic and physiological characteristics, it is proposed that strain SS33T was classified into a novel species of genus Hydrogenimonas, Hydrogenimonas leucolamina sp. nov., with SS33T (=JCM 39184T =KCTC 25253T) as the type strain. Furthermore, the genome comparison of Epsilonproteobacteria revealed that their [NiFe] hydrogenase genes belonging to Group 1b could be divided into two phylogenetic lineages and suggested that the reverse gyrase gene has been lost after division to the genus Hydrogenimonas. - Time-course transcriptomic profiling suggests Crp/Fnr transcriptional regulation of nosZ gene in a N2O-reducing thermophile
Jiro Tsuchiya, Sayaka Mino, Fuki Fujiwara, Nao Okuma, Yasunori Ichihashi, Robert M. Morris, Brook L. Nunn, Emma Timmins-Schiffman, Tomoo Sawabe
iScience, 111074, 111074, Elsevier BV, 2024年09月
研究論文（学術雑誌） - The Description of Pseudoalteromonas apostichopi sp. nov., Vibrio apostichopi sp. nov., and Marinobacter apostichopi sp. nov. from the Fertilized Eggs and Larvae of Apostichopus japonicus
Rika Kudo, Ryota Yamano, Juanwen Yu, Shuya Hatakeyama, Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Shogo Yamaki, Yasuhiro Ando, Yuichi Sakai, Tomoo Sawabe
Current Microbiology, 81, 8, Springer Science and Business Media LLC, 2024年06月28日
研究論文（学術雑誌） - Core Transcriptome of Hydrogen Producing Marine Vibrios Reveals Contribution of Glycolysis in Their Efficient Hydrogen Production.
Yoshihiro Sato, Sayaka Mino, Fabiano Thompson, Tomoo Sawabe
Current microbiology, 81, 8, 230, 230, 2024年06月19日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Pyruvate (Pyr) is the end product of the glycolysis pathway. Pyr is also renewable and is further metabolized to produce formate, which is the precursor of H2, via pyruvate formate lyase (PFL) under anaerobic conditions. The formate is excluded and re-imported via the formate channel and is then converted to H2 via the formate hydrogenlyase (FHL) complex. In H2 producing marine vibrios, such as Vibrio tritonius and Vibrio porteresiae in the Porteresiae clade of the family Vibrionaceae, apparent but inefficient H2 production from Pyr has been observed. To elucidate the molecular mechanism of why this inefficient H2 production is observed in Pry-metabolized marine vibrio cells and how glycolysis affects those H2 productions of marine vibrios, the "Core Transcriptome" approach to find common gene expressions of those two major H2 producing Vibrio species in Pyr metabolism was first applied. In the Pyr-metabolized vibrio cells, genes for the "Phosphoenolpyruvate (PEP)-Pyruvate-Oxalate (PPO)" node, due to energy saving, and PhoB-, RhaR-, and DeoR-regulons were regulated. Interestingly, a gene responsible for oxalate/formate family antiporter was up-regulated in Pyr-metabolized cells compared to those of Glc-metabolized cells, which provides new insights into the uses of alternative formate exclusion mechanics due to energy deficiencies in Pyr-metabolized marine vibrios cells. We further discuss the contribution of the Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) pathway to efficient H2 production in marine vibrios. - Hydrogenimonas cancrithermarum sp. nov., a hydrogen- and thiosulfate-oxidizing mesophilic chemolithoautotroph isolated from diffuse-flow fluids on the East Pacific Rise, and an emended description of the genus Hydrogenimonas
Sayaka Mino, So Fukazawa, Jiro Tsuchiya, Jesse C. McNichol, Stefan M. Sievert, Shogo Yamaki, Yasuhiro Ando, Tomoo Sawabe
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 73, 11, Microbiology Society, 2023年11月03日
研究論文（学術雑誌）, A novel mesophilic, hydrogen- and thiosulfate-oxidizing bacterium, strain ISO32T, was isolated from diffuse-flow hydrothermal fluids from the Crab Spa vent on the East Pacific Rise. Cells of ISO32T were rods, being motile by means of a single polar flagellum. The isolate grew at a temperature range between 30 and 55 °C (optimum, 43 °C), at a pH range between 5.3 and 7.6 (optimum, pH 5.8) and in the presence of 2.0–4.0 % NaCl (optimum, 2.5 %). The isolate was able to grow chemolithoautotrophically with molecular hydrogen, thiosulfate or elemental sulfur as the sole electron donor. Thiosulfate, elemental sulfur, nitrate and molecular oxygen were each used as a sole electron acceptor. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences placed ISO32T in the genus Hydrogenimonas of the class Epsilonproteobacteria, with Hydrogenimonas thermophila EP1-55–1 %T as its closest relative (95.95 % similarity). On the basis of the phylogenetic, physiological and genomic characteristics, it is proposed that the organism represents a novel species within the genus Hydrogenimonas, Hydrogenimonas cancrithermarum sp. nov. The type strain is ISO32T (=JCM 39185T =KCTC 25252T). Furthermore, the genomic properties of members of the genus Hydrogenimonas are distinguished from those of members of other thermophilic genera in the orders Campylobacterales (Nitratiruptor and Nitrosophilus) and Nautiliales (Caminibacter, Nautilia and Lebetimonas), with larger genome sizes and lower 16S rRNA G+C content values. Comprehensive metabolic comparisons based on genomes revealed that genes responsible for the Pta–AckA pathway were observed exclusively in members of mesophilic genera in the order Campylobacterales and of the genus Hydrogenimonas. Our results indicate that the genus Hydrogenimonas contributes to elucidating the evolutionary history of Epsilonproteobacteria in terms of metabolism and transition from a thermophilic to a mesophilic lifestyle. - Unveiling the early life core microbiome of the sea cucumber Apostichopus japonicus and the unexpected abundance of the growth-promoting Sulfitobacter.
Juanwen Yu, Chunqi Jiang, Ryota Yamano, Shotaro Koike, Yuichi Sakai, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
Animal microbiome, 5, 1, 54, 54, 2023年10月24日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: Microbiome in early life has long-term effects on the host's immunological and physiological development and its disturbance is known to trigger various diseases in host Deuterostome animals. The sea cucumber Apostichopus japonicus is one of the most valuable marine Deuterostome invertebrates in Asia and a model animal in regeneration studies. To understand factors that impact on host development and holobiont maintenance, host-microbiome association has been actively studied in the last decade. However, we currently lack knowledge of early life core microbiome during its ontogenesis and how it benefits the host's growth. RESULTS: We analyzed the microbial community in 28 sea cucumber samples from a laboratory breeding system, designed to replicate aquaculture environments, across six developmental stages (fertilized eggs to the juvenile stage) over a three years-period to examine the microbiomes' dynamics and stability. Microbiome shifts occurred during sea cucumber larval ontogenesis in every case. Application of the most sophisticated core microbiome extraction methodology, a hybrid approach with abundance-occupancy core microbiome analyses (top 75% of total reads and > 70% occupation) and core index calculation, first revealed early life core microbiome consisted of Alteromonadaceae and Rhodobacteraceae, as well as a stage core microbiome consisting of pioneer core microbe Pseudoalteromonadaceae in A. japonicus, suggesting a stepwise establishment of microbiome related to ontogenesis and feeding behavior in A. japonicus. More interestingly, four ASVs affiliated to Alteromonadaceae and Rhodobacteraceae were extracted as early life core microbiome. One of the ASV (ASV0007) was affiliated to the Sulfitobactor strain BL28 (Rhodobacteraceae), isolated from blastula larvae in the 2019 raring batch. Unexpectedly, a bioassay revealed the BL28 strain retains a host growth-promoting ability. Further meta-pangenomics approach revealed the BL28 genome reads were abundant in the metagenomic sequence pool, in particular, in that of post-gut development in early life stages of A. japonicus. CONCLUSION: Repeated rearing efforts of A. japonicus using laboratory aquaculture replicating aquaculture environments and hybrid core microbiome extraction approach first revealed particular ASVs affiliated to Alteromonadaceae and Rhodobacteraceae as the A. japonicus early life core microbiome. Further bioassay revealed the growth promoting ability to the host sea cucumber in one of the core microbes, the Sulfitobactor strain BL28 identified as ASV0007. Genome reads of the BL28 were abundant in post-gut development of A. japonicus, which makes us consider effective probiotic uses of those core microbiome for sea cucumber resource production and conservation. The study also emphasizes the importance of the core microbiome in influencing early life stages in marine invertebrates. Understanding these dynamics could offer pathways to improve growth, immunity, and disease resistance in marine invertebrates. - A lesson from polybutylene succinate plastisphere to the discovery of novel plastic degrading enzyme genes in marine vibrios.
Yutaro Kimura, Yutaka Fukuda, Rumi Otsu, Juwanen Yu, Sayaka Mino, Satoru Misawa, Satoshi Maruyama, Yuta Ikeda, Remi Miyamachi, Hiroshi Noguchi, Satoshi Kato, Yasuhito Yamamoto, Tomoo Sawabe
Environmental microbiology, 2023年09月29日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Polybutylene succinate (PBS) is an eco-friendly green plastic. However, PBS was shown as being non-biodegradable in marine environments, and up until now, only a limited number of PBS-degrading marine microbes have been discovered. We first set up in vitro PBS- and PBSA (polybutylene succinate adipate)-plastispheres to characterize novel PBS-degrading marine microbes. Microbial growth and oxygen consumption were observed in both PBS- and PBSA-plastispheres enriched with natural seawater collected from Usujiri, Hokkaido, Japan, and Vibrionaceae and Pseudoalteromonadaceae were significantly enriched on these films. Further gene identification indicated that vibrios belonging to the Gazogenes clade possess genes related to a PBS degrading enzyme (PBSase). The PBS degradation assay for six Gazogenes clade vibrios identified Vibrio ruber, Vibrio rhizosphaerae, and Vibrio spartinae as being capable of degrading PBS. We further identified the gene responsible for PBSase from the type strain of V. ruber, and the purified recombinant vibrio PBSase was found to have low-temperature adaptation and was active under high NaCl concentrations. We also provided docking models between the vibrio PBSase and PBS and PBSA units to show how vibrio PBSase interacts with each substrate compared to the Acidovorax PBSase. These results could contribute to a more sustainable society through further utilization of PBS in marine environments and plastic recycling. - Genome taxonomy of the genus Thalassotalea and proposal of Thalassotalea hakodatensis sp. nov. isolated from sea cucumber larvae.
Ryota Yamano, Juanwen Yu, Alfabetian Harjuno Condro Haditomo, Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Jesús L Romalde, Kyuhee Kang, Yuichi Sakai, Tomoo Sawabe
PloS one, 18, 6, e0286693, 2023年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The genus Thalassotalea is ubiquitous in marine environments, and up to 20 species have been described so far. A Gram-staining-negative, aerobic bacterium, designated strain PTE2T was isolated from laboratory-reared larvae of the Japanese sea cucumber Apostichopus japonicus. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene nucleotide sequences revealed that PTE2T was closely related to Thalassotalea sediminis N211T (= KCTC 42588T = MCCC 1H00116T) with 97.9% sequence similarity. ANI and in silico DDH values against Thalassotalea species were 68.5-77.0% and 19.7-24.6%, respectively, indicating the novelty of PTE2T. Based on genome-based taxonomic approaches, strain PTE2T (= JCM 34608T = KCTC 82592T) is proposed as a new species, Thalassotalea hakodatensis sp. nov. - Genome taxonomy of the genus Neptuniibacter and proposal of Neptuniibacter victor sp. nov. isolated from sea cucumber larvae.
Rika Kudo, Ryota Yamano, Juanwen Yu, Shotaro Koike, Alfabetian Harjuno Condro Haditomo, Mayanne A M de Freitas, Jiro Tsuchiya, Sayaka Mino, Fabiano Thompson, Jesús L Romalde, Hisae Kasai, Yuichi Sakai, Tomoo Sawabe
PloS one, 18, 8, e0290060, 2023年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, A Gram-staining-negative, oxidase-positive, strictly aerobic rod-shaped bacterium, designated strain PT1T, was isolated from the laboratory-reared larvae of the sea cucumber Apostichopus japonicus. A phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene nucleotide sequences revealed that PT1T was closely related to Neptuniibacter marinus ATR 1.1T (= CECT 8938T = DSM 100783T) and Neptuniibacter caesariensis MED92T (= CECT 7075T = CCUG 52065T) showing 98.2% and 98.1% sequence similarity, respectively. However, the average nucleotide identity (ANI) and in silico DNA-DNA hybridization (DDH) values among these three strains were 72.0%-74.8% and 18.3%-19.5% among related Neptuniibacter species, which were below 95% and 70%, respectively, confirming the novel status of PT1T. The average amino acid identity (AAI) values of PT1T showing 74-77% among those strains indicated PT1T is a new species in the genus Neptuniibacter. Based on the genome-based taxonomic approach, Neptuniibacter victor sp. nov. is proposed for PT1T. The type strain is PT1T (JCM 35563T = LMG 32868T). - Nitrosophilus kaiyonis sp. nov., a hydrogen-, sulfur- and thiosulfate-oxidizing chemolithoautotroph within "Campylobacteria" isolated from a deep-sea hydrothermal vent in the Mid-Okinawa Trough.
So Fukazawa, Sayaka Mino, Jiro Tsuchiya, Satoshi Nakagawa, Ken Takai, Tomoo Sawabe
Archives of microbiology, 205, 1, 12, 12, 2022年12月03日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, A novel bacterium, strain MOT50T, was isolated from the chimney structure at the Iheya North field in the Mid-Okinawa Trough. The cells were motile short rods with a single polar flagellum. Growth was observed between 40 and 65 ℃ (optimum, 52 ℃), at pH values between 5.0 and 7.1 (optimum, pH 6.1) and in the presence of 2.0-4.0% NaCl (optimum, 2.5%). The isolates utilized molecular hydrogen, thiosulfate, or elemental sulfur as the sole electron donor. Thiosulfate, elemental sulfur, nitrate, and molecular oxygen are utilized as the sole electron acceptor. Ammonium is required as a nitrogen source. Thiosulfate, elemental sulfur, sulfate, or sulfite serves as a sulfur source for growth. The G + C content of the genomic DNA was 28.9%. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequences indicated that strain MOT50T belonged to the genus Nitrosophilus of the class "Campylobacteria", and its closest relative was Nitrosophilus labii HRV44T (97.20%). On the basis of the phylogenetic, physiological, and molecular characteristics, it is proposed that the organism represents a novel species within the genus Nitrosophilus, Nitrosophilus kaiyonis sp. nov. The type strain is MOT50T (= JCM 39187T = KCTC 25251T). - Light response of Vibrio parahaemolyticus
Yunato Kuroyanagi, Jiro Tsuchiya, Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Hisae Kasai, Daisuke Motooka, Tetsuya Iida, Masataka Satomi, Tomoo Sawabe
Frontiers in Marine Science, 9, Frontiers Media SA, 2022年11月10日, ［責任著者］
研究論文（学術雑誌） - Comparative Physiology and Genomics of Hydrogen-Producing Vibrios
Yuta Matsumura, Kazumich Sato, Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Tomoo Swabe
Current Microbiology, 79, 12, Springer Science and Business Media LLC, 2022年11月, ［責任著者］
研究論文（学術雑誌） - Draft genome sequence data of Vibrio harveyi VH1 isolated from a diseased tiger grouper, Epinephelus fuscoguttatus, cultured in Malaysia.
Md Ali Amatul-Samahah, Aslah Mohamad, Nurhidayu Al-Saari, Mohd Zamri-Saad, Mohamad Noor Amal Azmai, Mohd Termizi Yusof, Md Yasin Ina-Salwany, Mami Tanaka, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
Data in brief, 44, 108533, 108533, 2022年10月, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Vibriosis accounts for 66.7% of diseases reported in groupers' cultures and affects almost all stages of growth. The disease could lead up to mortality up to 50% mortality, and it was reported that high stocking density and poor fish handling were among the factors that contributed to the disease dissemination. V. harveyi has been reported to be among the causative agent and has caused acute mortality in cage groupers. In this study, we report the genome of V. harveyi VH1 isolated from a diseased tiger grouper Epinephelus fuscoguttatus, reared in a cage farm located in the coastal area of Langkawi. - The pan-genome of Splendidus clade species in the family Vibrionaceae: insights into evolution, adaptation, and pathogenicity.
Chunqi Jiang, Hisae Kasai, Sayaka Mino, Jesús L Romalde, Tomoo Sawabe
Environmental microbiology, 24, 10, 4587, 4606, 2022年09月15日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The Splendidus clade is the largest clade in Vibrionaceae, and its members are often related to mortality of marine animals with huge economic losses. The molecular bases of their pathogenicity and virulence, however, remain largely unknown. In particular, the complete genome sequences of the Splendidus clade species are rarely registered, which is one of the obstacles to predict core and/or unique genes responsible to their adaptation and pathogenicity, and to perform a fine scale meta-transcriptome during bacterial infection to their hosts. In this study, we obtained the complete genomes of all type strains in the Splendidus clade and revealed that 1) different genome sizes (4.4-5.9 Mb) with V. lentus the biggest and most of them had several big plasmids, likely because of the different features on mobilome elements, 2) the Splendidus clade consists of 19 species except V. cortegadensis, and 3 sub-clades (SC) were defined with the 15 most closely related members as SC1; 3) different carbohydrate degradation preferences may be the result of environmental adaptation, 4) a broad prediction of virulence factors (VFs) revealed core and species unique VF genes. This article is protected by copyright. All rights reserved. - Genomic Analyses of Halioticoli Clade Species in Vibrionaceae Reveal Genome Expansion With More Carbohydrate Metabolism Genes During Symbiotic to Planktonic Lifestyle Transition
Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
Frontiers in Marine Science, 9, Frontiers Media SA, 2022年03月23日, ［責任著者］
研究論文（学術雑誌）, Vibrionaceae is one of the most diverse bacterial families and is currently classified into over 50 clades, some members of which play an important role in the symbiotic relationships with humans and animals. Halioticoli clade, which currently consists of 10 species: 8 species associated with the gut of abalone (symbiotic), 1 species (V. breoganii) from bivalves, and 1 species (V. ishigakensis) from subtropical seawater (planktonic). To accelerate studies in the evolution, ecogenomics, and biotechnology of Halioticoli clade species, the genomic backbones and pangenome analyses based on complete genome sequences are needed. Genome sizes of Halioticoli clade species ranged from 3.5 Mb to 4.8 Mb, with V. ishigakensis the biggest. The evolutionary relationships using multilocus sequence analysis based on eight housekeeping genes and 125 single-copy core genes revealed a division of five sub-clades in this clade; 1) V. breoganii, V. comitans, V. inusitatus and V. superstes, 2) V. ezurae, V. neonatus, and V. halioticoli, 3) V. rarus, 4) V. gallicus, and 5) V. ishigakensis. The pan-genomic analysis combined with function and metabolism estimations showed that the planktonic group (sub-clade 5) contained the greatest number of specific genes, and more genes responsible for carbohydrate metabolisms, especially the genes encoding D-galactonate degradation. These results demonstrated that the genome expanded by acquiring more abilities for utilizing various carbohydrates during the evolution from symbiotic to a planktonic lifestyle. Moreover, according to Carbohydrate-Active enZYmes (CAZy) profiling, genes encoding alginate degrading enzymes (aly), classified into PL6, PL7, PL15, and PL17 were common in the ten genomes, but sub-clade 1 had the most. Meanwhile, sub-clade 1and 5 also possessed abundant genes related to macroalgae substrates degradation (GHs), which are also responsible for the genome expansion of sub-clade 1 and 5. - Taxonomic revision of the genus Amphritea supported by genomic and in silico chemotaxonomic analyses, and the proposal of Aliamphritea gen. nov.
Ryota Yamano, Juanwen Yu, Chunqi Jiang, Alfabetian Harjuno Condro Haditomo, Sayaka Mino, Yuichi Sakai, Tomoo Sawabe
PloS one, 17, 8, e0271174, 2022年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, A Gram-staining-negative, aerobic bacterium, designated strain PT3T was isolated from laboratory-reared larvae of the Japanese sea cucumber Apostichopus japonicus. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene nucleotide sequences revealed that PT3T was closely related to Amphritea ceti RA1T (= KCTC 42154T = NBRC 110551T) and Amphritea spongicola MEBiC05461T (= KCCM 42943T = JCM 16668T) both with 98.3% sequence similarity, however, average nucleotide identity (ANI) and in silico DNA-DNA hybridization (in silico DDH) values among these three strains were below 95% and 70%, respectively, confirming the novelty of PT3T. Furthermore, the average amino acid identity (AAI) values of PT3T against other Amphritea species were on the reported genus delineation boundary (64-67%). Multilocus sequence analysis using four protein-coding genes (recA, mreB, rpoA, and topA) further demonstrated that PT3T, Amphritea ceti and Amphritea spongicola formed a monophyletic clade clearly separate from other members of the genus Amphritea. Three strains (PT3T, A. ceti KCTC 42154T and A. spongicola JCM 16668T) also showed higher similarities in their core genomes compared to those of the other Amphritea spp. Based on the genome-based taxonomic approach, Aliamphritea gen. nov. was proposed together with the reclassification of the genus Amphritea and Aliamphritea ceti comb. nov. (type strain RA1T = KCTC 42154T = NBRC 110551T), Aliamphritea spongicola comb. nov. (type strain MEBiC05461T = KCCM 42943T = JCM 16668T), and Aliamphritea hakodatensis sp. nov. (type strain PT3T = JCM 34607T = KCTC 82591T) were suggested. - Characterization of Microbiomes Associated With the Early Life Stages of Sea Cucumber Apostichopus japonicus Selenka
Juanwen Yu, Yuichi Sakai, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
FRONTIERS IN MARINE SCIENCE, 9, 2022年01月
英語, 研究論文（学術雑誌） - The Structure and Function of Gut Microbiomes of Two Species of Sea Urchins, Mesocentrotus nudus and Strongylocentrotus intermedius, in Japan
Alfabetian Harjuno Condro Haditomo, Masanori Yonezawa, Juanwen Yu, Sayaka Mino, Yuichi Sakai, Tomoo Sawabe
Frontiers in Marine Science, 8, Frontiers Media SA, 2021年12月22日, ［査読有り］, ［責任著者］
研究論文（学術雑誌）, Sea urchin is an indicator of coastal environmental changes in the global warming era, and is also a model organism in developmental biology and evolution. Due to the depletion of wild resources, new aquaculture techniques for improving stocks have been well studied. The gut microbiome shapes various aspects of a host’s physiology. However, these microbiome structures and functions on sea urchins, particularly Mesocentrotus nudus and Strongylocentrotus intermedius which are important marine bioresources commonly found in Japan, have not been fully investigated yet. Using metagenomic approaches including meta16S and shotgun metagenome sequencings, the structures, functions, and dynamics of the gut microbiome of M. nudus and S. intermedius, related to both habitat environment and host growth, were studied. Firstly, a broad meta16S analysis revealed that at the family level, Psychromonadaceae and Flavobacteriaceae reads (38–71%) dominated in these sea urchins, which is a unique feature observed in species in Japan. Flavobacteriaceae reads were more abundant in individuals after rearing in an aquarium with circulating compared to one with running water. Campylobacteraceae and Vibrionaceae abundances increased in both kinds of laboratory-reared sea urchins in both types of experiments. 2-weeks feeding experiments of M. nudus and S. intermedius transplanted from the farm to laboratory revealed that these gut microbial structures were affected by diet rather than rearing environments and host species. Secondly, further meta16S analysis of microbial reads related to M. nudus growth revealed that at least four Amplicon Sequence Variant (ASV) affiliated to Saccharicrinis fermentans, which is known to be a nitrogen (N2) fixing bacterium, showed a significant positive correlation to the body weight and test diameter. Interestingly, gut microbiome comparisons using shotgun metagenome sequencing of individuals showing higher and lower growth rates revealed a significant abundance of “Nitrate and nitrite ammonification” genes in the higher-grown individuals under the circulating water rearing. These findings provide new insights on the structure-function relationship of sea urchin gut microbiomes beyond previously reported nitrogen fixation function in sea urchin in 1950s; we discovered a nitrate reduction function into ammonium for the growth promotion of sea urchin. - Vibrio Clade 3.0: New Vibrionaceae Evolutionary Units Using Genome-Based Approach.
Chunqi Jiang, Mami Tanaka, Sayo Nishikawa, Sayaka Mino, Jesús L Romalde, Fabiano L Thompson, Bruno Gomez-Gil, Tomoo Sawabe
Current microbiology, 79, 1, 10, 10, 2021年12月14日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Currently, over 190 species in family Vibrionaceae, including not-yet-cultured taxa, have been described and classified into over nine genera, in which the number of species has doubled compared to the previous vibrio evolutionary update (Vibrio Clade 2.0) (Sawabe et al. 2014). In this study, "Vibrio Clade 3.0," the second update of the molecular phylogenetic analysis was performed based on nucleotide sequences of eight housekeeping genes (8-HKGs) retrieved from genome sequences, including 22 newly determined genomes. A total of 51 distinct clades were observed, of which 21 clades are newly described. We further evaluated the delineation powers of the clade classification based on nucleotide sequences of 34 single-copy genes and 11 ribosomal protein genes (11-RPGs) retrieved from core-genome sequences; however, the delineation power of 8-HKGs is still high and that gene set can be reliably used for the classification and identification of Vibrionaceae. Furthermore, the 11-RPGs set proved to be useful in identifying uncultured species among metagenome-assembled genome (MAG) and/or single-cell genome-assembled genome (SAG) pools. This study expands the awareness of the diversity and evolutionary history of the family Vibrionaceae and accelerates the taxonomic applications in classifying as not-yet-cultured taxa among MAGs and SAGs. - Genetic Environment Surrounding blaOXA-55-like in Clinical Isolates of Shewanella algae Clade and Enhanced Expression of blaOXA-55-like in a Carbapenem-Resistant Isolate.
Yuki Ohama, Kotaro Aoki, Sohei Harada, Tatsuya Nagasawa, Tomoo Sawabe, Lisa Nonaka, Kyoji Moriya, Yoshikazu Ishii, Kazuhiro Tateda
mSphere, 6, 5, e0059321, 2021年10月27日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Although Shewanella spp. are most frequently isolated from marine environments; more rarely, they have been implicated in human infections. Shewanella spp. are also recognized as the origin of genes for carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases. Due to the spread globally among Enterobacterales in recent years, risk assessments of both clinical and environmental Shewanella strains are urgently needed. In this study, we analyzed the whole-genome sequences of 10 clinical isolates and 13 environmental isolates of Shewanella spp. and compared them with those of Shewanella species strains registered in public databases. In addition, the levels of blaOXA-55-like transcription and β-lactamase activity of a carbapenem-resistant Shewanella algae isolate were compared with those of carbapenem-susceptible S. algae clade isolates. All clinical isolates were genetically identified as S. algae clade (S. algae, Shewanella chilikensis, and Shewanella carassii), whereas all but one of the environmental isolates were identified as various Shewanella spp. outside the S. algae clade. Although all isolates of the S. algae clade commonly possessed an approximately 12,500-bp genetic region harboring blaOXA-55-like, genetic structures outside this region were different among species. Among S. algae clade isolates, only one showed carbapenem resistance, and this isolate showed a high level of blaOXA-55-like transcription and β-lactamase activity. Although this study documented the importance of the S. algae clade in human infections and the relationship between enhanced production of OXA-55-like and resistance to carbapenems in S. algae, further studies are needed to elucidate the generalizability of these findings. IMPORTANCE Shewanella spp., which are known to carry chromosomally located blaOXA genes, have mainly been isolated from marine environments; however, they can also cause infections in humans. In this study, we compared the molecular characteristics of clinical isolates of Shewanella spp. with those originating from environmental sources. All 10 clinical isolates were genetically identified as members of the Shewanella algae clade (S. algae, S. chilikensis, and S. carassii); however, all but one of the 13 environmental isolates were identified as Shewanella species members outside the S. algae clade. Although all the S. algae clade isolates possessed an approximately 12,500-bp genetic region harboring blaOXA-55-like, only one isolate showed carbapenem resistance. The carbapenem-resistant isolate showed a high level of blaOXA-55-like transcription and β-lactamase activity compared with the carbapenem-susceptible isolates. To confirm the clinical significance and antimicrobial resistance mechanisms of the S. algae clade members, analysis involving more clinical isolates should be performed in the future. - Hydrogenimonas urashimensis sp. nov., a hydrogen-oxidizing chemolithoautotroph isolated from a deep-sea hydrothermal vent in the Southern Mariana Trough.
Sayaka Mino, Taiki Shiotani, Satoshi Nakagawa, Ken Takai, Tomoo Sawabe
Systematic and applied microbiology, 44, 1, 126170, 126170, 2021年01月, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - An annual faecal 16S amplicon sequencing of individual sea cucumber (Apostichopus japonicus) demonstrates the feeding behaviours against eukaryotes in natural environments
Yohei Yamazaki, Yuichi Sakai, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
AQUACULTURE RESEARCH, 51, 9, 3602, 3608, 2020年09月
英語, 研究論文（学術雑誌） - Biogeochemical Implications of N2O-Reducing Thermophilic Campylobacteria in Deep-Sea Vent Fields, and the Description of Nitratiruptor labii sp. nov.
Muneyuki Fukushi, Sayaka Mino, Hirohisa Tanaka, Satoshi Nakagawa, Ken Takai, Tomoo Sawabe
iScience, 23, 9, 101462, 101462, 2020年08月15日, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Ecogenomics of the Marine Benthic Filamentous Cyanobacterium Adonisia
Juline M. Walter, Felipe H. Coutinho, Luciana Leomil, Paulo I. Hargreaves, Mariana E. Campeao, Veronica V. Vieira, Beatriz S. Silva, Giovana O. Fistarol, Paulo S. Salomon, Tomoo Sawabe, Sayaka Mino, Masashi Hosokawa, Hideaki Miyashita, Fumito Maruyama, Marcel C. van Verk, Bas E. Dutilh, Cristiane C. Thompson, Fabiano L. Thompson
MICROBIAL ECOLOGY, 80, 2, 249, 265, 2020年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Genomic characterization of closely related species in the Rumoiensis clade infers ecogenomic signatures to non-marine environments
Mami Tanaka, Daiki Kumakura, Sayaka Mino, Hidetaka Doi, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Iseo Yumoto, Man Cai, Yu-Guang Zhou, Bruno Gomez-Gil, Toshiyoshi Araki, Tomoo Sawabe
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 22, 8, 3205, 3217, 2020年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Nitrosophilus alvini gen. nov., sp. nov., a hydrogen-oxidizing chemolithoautotroph isolated from a deep-sea hydrothermal vent in the East Pacific Rise, inferred by a genome-based taxonomy of the phylum "Campylobacterota".
Taiki Shiotani, Sayaka Mino, Wakana Sato, Sayo Nishikawa, Masanori Yonezawa, Stefan M Sievert, Tomoo Sawabe
PloS one, 15, 12, e0241366, 2020年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Tracking the dynamics of individual gut microbiome of sea cucumber Apostichopus japonicus during gut regeneration.
Yohei Yamazaki, Yuichi Sakai, Juanwen Yu, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
PeerJ, 8, e10260, 2020年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio taketomensis sp. nov. by genome taxonomy
Mami Tanaka, Bi Hongyu, Chunqi Jiang, Sayaka Mino, Pedro Milet Meirelles, Fabiano Thompson, Bruno Gomez-Gil, Tomoo Sawabe
SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY, 43, 1, 126048, 126048, 2020年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Repeated selective enrichment process of sediment microbiota occurred in sea cucumber guts
Yohei Yamazaki, Yuichi Sakai, Sayaka Mino, Wataru Suda, Masahira Hattori, Pedro Milet Meirelles, Fabiano Thompson, Tomoo Sawabe
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 11, 6, 797, 807, 2019年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Recent update on the prevalence of Vibrio species among cultured grouper in Peninsular Malaysia
Nor Zulkiply Amalina, Zulperi Dzarifah, Mohammad Noor Azmai Amal, Mohd Termizi Yusof, Mohd Zamri-Saad, Nurhidayu Al-saari, Mami Tanaka, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe, Md Yasin Ina-Salwany
Aquaculture Research, 50, 11, 3202, 3210, Blackwell Publishing Ltd, 2019年11月01日
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibriosis in Fish: A Review on Disease Development and Prevention.
M Y Ina-Salwany, Nurhidayu Al-Saari, Aslah Mohamad, Fathin-Amirah Mursidi, Aslizah Mohd-Aris, M N A Amal, Hisae Kasai, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe, M Zamri-Saad
Journal of aquatic animal health, 31, 1, 3, 22, 2019年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Current growth in aquaculture production is parallel with the increasing number of disease outbreaks, which negatively affect the production, profitability, and sustainability of the global aquaculture industry. Vibriosis is among the most common diseases leading to massive mortality of cultured shrimp, fish, and shellfish in Asia. High incidence of vibriosis can occur in hatchery and grow-out facilities, but juveniles are more susceptible to the disease. Various factors, particularly the source of fish, environmental factors (including water quality and farm management), and the virulence factors of Vibrio, influence the occurrence of the disease. Affected fish show weariness, with necrosis of skin and appendages, leading to body malformation, slow growth, internal organ liquefaction, blindness, muscle opacity, and mortality. A combination of control measures, particularly a disease-free source of fish, biosecurity of the farm, improved water quality, and other preventive measures (e.g., vaccination) might be able to control the infection. Although some control measures are expensive and less practical, vaccination is effective, relatively cheap, and easily implemented. In this review, the latest knowledge on the pathogenesis and control of vibriosis, including vaccination, is discussed. - Understanding the NaCl-dependent behavior of hydrogen production of a marine bacterium, Vibrio tritonius.
Nurhidayu Al-Saari, Eri Amada, Yuta Matsumura, Mami Tanaka, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe
PeerJ, 7, e6769, 2019年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Biohydrogen is one of the most suitable clean energy sources for sustaining a fossil fuel independent society. The use of both land and ocean bioresources as feedstocks show great potential in maximizing biohydrogen production, but sodium ion is one of the main obstacles in efficient bacterial biohydrogen production. Vibrio tritonius strain AM2 can perform efficient hydrogen production with a molar yield of 1.7 mol H2/mol mannitol, which corresponds to 85% theoretical molar yield of H2 production, under saline conditions. With a view to maximizing the hydrogen production using marine biomass, it is important to accumulate knowledge on the effects of salts on the hydrogen production kinetics. Here, we show the kinetics in batch hydrogen production of V. tritonius strain AM2 to investigate the response to various NaCl concentrations. The modified Han-Levenspiel model reveals that salt inhibition in hydrogen production using V. tritonius starts precisely at the point where 10.2 g/L of NaCl is added, and is critically inhibited at 46 g/L. NaCl concentration greatly affects the substrate consumption which in turn affects both growth and hydrogen production. The NaCl-dependent behavior of fermentative hydrogen production of V. tritonius compared to that of Escherichia coli JCM 1649 reveals the marine-adapted fermentative hydrogen production system in V. tritonius. V. tritonius AM2 is capable of producing hydrogen from seaweed carbohydrate under a wide range of NaCl concentrations (5 to 46 g/L). The optimal salt concentration producing the highest levels of hydrogen, optimal substrate consumption and highest molar hydrogen yield is at 10 g/L NaCl (1.0% (w/v)). - Availability of Nanopore sequences in the genome taxonomy for Vibrionaceae systematics: Rumoiensis Glade species as a test case
Mami Tanaka, Sayaka Mino, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Tomoo Sawabe
PEERJ, 6, e5018, 2018年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Corrigendum to "Thaumasiovibrio occultus gen. nov. sp. nov. and Thaumasiovibrio subtropicus sp. nov. within the family Vibrionaceae, isolated from coral reef seawater off Ishigaki Island, Japan" [Syst. Appl. Microbiol. 40 (5) (2017) 290-296].
A K M Rohul Amin, Mami Tanaka, Nurhidayu Al-Saari, Gao Feng, Sayaka Mino, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Pedro M Meirelles, Fabiano L Thompson, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Systematic and applied microbiology, 41, 1, 62, 63, 2018年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Enrichment and Genomic Characterization of a N2O-Reducing Chemolithoautotroph From a Deep-Sea Hydrothermal Vent.
Sayaka Mino, Naoki Yoneyama, Satoshi Nakagawa, Ken Takai, Tomoo Sawabe
Frontiers in bioengineering and biotechnology, 6, 184, 184, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Nitrous oxide (N2O) is a greenhouse gas and also leads to stratospheric ozone depletion. In natural environments, only a single N2O sink process is the microbial reduction of N2O to N2, which is mediated by nitrous oxide reductase (NosZ) encoded by nosZ gene. The nosZ phylogeny has two distinct clades, clade I and formerly overlooked clade II. In deep-sea hydrothermal environments, several members of the class Campylobacteria are shown to harbor clade II nosZ gene and perform the complete denitrification of nitrate to N2; however, little is known about their ability to grow on exogenous N2O as the sole electron acceptor. Here, we obtained an enrichment culture from a deep-sea hydrothermal vent in the Southern Mariana Trough, which showed a respiratory N2O reduction with H2 as an electron donor. The single amplicon sequence variant (ASV) presenting 90% similarity to Hydrogenimonas species within the class Campylobacteria was predominant throughout the cultivation period. Metagenomic analyses using a combination of short-read and long-read sequence data succeeded in reconstructing a complete genome of the dominant ASV, which encoded clade II nosZ gene. This study represents the first cultivation analysis that shows the occurrence of N2O-respiring microorganisms in a deep-sea hydrothermal vent and provides the opportunity to assess their capability to reduce N2O emission from the environments. - Metagenomics of Coral Reefs Under Phase Shift and High Hydrodynamics.
Pedro Milet Meirelles, Ana Carolina Soares, Louisi Oliveira, Luciana Leomil, Luciana Reis Appolinario, Ronaldo Bastos Francini-Filho, Rodrigo Leão de Moura, Renato Tenan de Barros Almeida, Paulo S Salomon, Gilberto Menezes Amado-Filho, Ricardo Kruger, Eduardo Siegle, Diogo A Tschoeke, Isao Kudo, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe, Cristiane C Thompson, Fabiano L Thompson
Frontiers in microbiology, 9, 2203, 2203, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Local and global stressors have affected coral reef ecosystems worldwide. Switches from coral to algal dominance states and microbialization are the major processes underlying the global decline of coral reefs. However, most of the knowledge concerning microbialization has not considered physical disturbances (e.g., typhoons, waves, and currents). Southern Japan reef systems have developed under extreme physical disturbances. Here, we present analyses of a three-year investigation on the coral reefs of Ishigaki Island that comprised benthic and fish surveys, water quality analyses, metagenomics and microbial abundance data. At the four studied sites, inorganic nutrient concentrations were high and exceeded eutrophication thresholds. The dissolved organic carbon (DOC) concentration (up to 233.3 μM) and microbial abundance (up to 2.5 × 105 cell/mL) values were relatively high. The highest vibrio counts coincided with the highest turf cover (∼55-85%) and the lowest coral cover (∼4.4-10.2%) and fish biomass (0.06 individuals/m2). Microbiome compositions were similar among all sites and were dominated by heterotrophs. Our data suggest that a synergic effect among several regional stressors are driving coral decline. In a high hydrodynamics reef environment, high algal/turf cover, stimulated by eutrophication and low fish abundance due to overfishing, promote microbialization. Together with crown-of-thorns starfish (COTS) outbreaks and possible of climate changes impacts, theses coral reefs are likely to collapse. - Corrigendum to "Vibrio ishigakensis sp. nov., in Halioticoli clade isolated from seawater in Okinawa coral reef area, Japan" [Syst. Appl. Microbiol. 39 (5) (2016) 330-335].
Feng Gao, Nurhidayu Al-Saari, A K M Rohul Amin, Kazumichi Sato, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Paulo Iiboshi Hargreaves, Pedro Milet Meirelles, Fabiano L Thompson, Cristiane Thompson, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Systematic and applied microbiology, 40, 8, 516, 516, 2017年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed (vol 12, e0180053, 2017)
Mami Tanaka, Shoko Endo, Fumihito Kotake, Nurhidayu Al-Saari, A. K. M. Rohul Amin, Gao Feng, Sayaka Mino, Hidetaka Doi, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Isao Yumoto, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe, Toshiyoshi Araki
PLOS ONE, 12, 12, e0189555, 2017年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Thaumasiovibrio occultus gen. nov. sp. nov. and Thaumasiovibrio subtropicus sp. nov. within the family Vibrionaceae, isolated from coral reef seawater off Ishigaki Island, Japan.
A K M Rohul Amin, Mami Tanaka, Nurhidayu Al-Saari, Gao Feng, Sayaka Mino, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Pedro M Meirelles, Fabiano L Thompson, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Systematic and applied microbiology, 40, 5, 290, 296, 2017年07月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed
Mami Tanaka, Shoko Endo, Fumihito Kotake, Nurhidayu Al-Saari, A. K. M. Rohul Amin, Gao Feng, Sayaka Mino, Hidetaka Doi, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Isao Yumoto, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe, Toshiyoshi Araki
PLOS ONE, 12, 6, e0180053, 2017年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - International Committee on Systematics of Prokaryotes Subcommittee on the taxonomy of Aeromonadaceae, Vibrionaceae and related organisms Minutes of the meetings, 31 March 2016, Roscoff, France.
Tomoo Sawabe, James D Oliver
International journal of systematic and evolutionary microbiology, 67, 3, 759, 760, 2017年04月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Endemicity of the cosmopolitan mesophilic chemolithoautotroph Sulfurimonas at deep-sea hydrothermal vents.
Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Hiroko Makita, Tomohiro Toki, Junichi Miyazaki, Stefan M Sievert, Martin F Polz, Fumio Inagaki, Anne Godfroy, Shingo Kato, Hiromi Watanabe, Takuro Nunoura, Koichi Nakamura, Hiroyuki Imachi, Tomo-O Watsuji, Shigeaki Kojima, Ken Takai, Tomoo Sawabe
The ISME journal, 11, 4, 909, 919, 2017年04月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Correction: Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed.
Mami Tanaka, Shoko Endo, Fumihito Kotake, Nurhidayu Al-Saari, A K M Rohul Amin, Gao Feng, Sayaka Mino, Hidetaka Doi, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Isao Yumoto, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe, Toshiyoshi Araki
PloS one, 12, 12, e0189555, 2017年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Microbial biofuels: Potential and challenges
Nurhidayu Al-saari, Tomoo Sawabe, Yuta Matsumura, Kazumichi Sato, Sayaka Mino, Toko Sawabe
Molecular Diversity of Environmental Prokaryotes, 285, 294, CRC Press, 2016年08月19日
英語, 論文集(書籍)内論文 - Vibrio ishigakensis sp. nov., in Halioticoli clade isolated from seawater in Okinawa coral reef area, Japan.
Feng Gao, Nurhidayu Al-Saari, A K M Rohul Amin, Kazumichi Sato, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Paulo Iiboshi Hargreaves, Pedro Milet Meirelles, Fabiano L Thompson, Cristiane Thompson, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Systematic and applied microbiology, 39, 5, 330, 5, 2016年07月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - First microbiota assessments of children's paddling pool waters evaluated using 16S rRNA gene-based metagenome analysis
Toko Sawabe, Wataru Suda, Kenshiro Ohshima, Masahira Hattori, Tomoo Sawabe
JOURNAL OF INFECTION AND PUBLIC HEALTH, 9, 3, 362, 365, 2016年05月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Individual Apostichopus japonicus fecal microbiome reveals a link with polyhydroxybutyrate producers in host growth gaps
Yohei Yamazaki, Pedro Milet Meirelles, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Fabiano L. Thompson, Yuichi Sakai, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
SCIENTIFIC REPORTS, 6, 21631, 21631, 2016年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌） - The First Temporal and Spatial Assessment of Vibrio Diversity of the Surrounding Seawater of Coral Reefs in Ishigaki, Japan.
A K M R Amin, Gao Feng, Nurhidayu Al-Saari, Pedro M Meirelles, Yohei Yamazaki, Sayaka Mino, Fabiano L Thompson, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Frontiers in microbiology, 7, 1185, 1185, 2016年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Coral reefs perform a major role in regulating marine biodiversity and serve as hotspot for highly dynamic and diverse microbiomes as holobionts. Corals around Ishigaki, however, are at risk due to tremendous stressors including elevation of seawater temperature, eutrophication and so on. However, no information is currently available on how Vibrio diversity fluctuates spatially and temporally due to environmental determinants in Ishigaki coral reef ecosystems. The aim of this study is to elucidate spatiotemporal Vibrio diversity dynamic at both community and population levels and to assess the environmental drivers correlated to Vibrio abundance and diversity. The Vibrio community identified based on pyrH gene phylogeny of 685 isolates from seawater directly connecting to Ishigaki coral holobionts consisted of 22 known and 12 potential novel Vibrionaceae species. The most prominent species were V. hyugaensis, V. owensii and V. harveyi followed by V. maritimus/V. variabillis, V. campbellii, V. coralliilyticus, and Photobacterium rosenbergii. The Vibrio community fluctuations, assessed by PCoA with UniFrac distance and clustering with Euclidiean distance were varied less not only by year but also by site. Interestingly, significant positive correlation was observed between rising seawater temperature and the abundance of V. campbellii (r = 0.62; P < 0.05) whereas the opposite was observed for V. owensii (r = -0.58; P < 0.05) and the C6 group of V. hyugaensis (r = -0.62; P < 0.05). AdaptML-based microhabitat differentiation revealed that V. harveyi, V. campbellii, P. rosenbergii, and V. coralliilyticus populations were less-ecologically distinctive whereas V. astriarenae and V. ishigakensis were ecologically diverse. This knowledge could be important clue for the future actions of coral conservation. - Effects of Hemagglutination Activity in the Serum of a Deep-Sea Vent Endemic Crab, Shinkaia Crosnieri, on Non-Symbiotic and Symbiotic Bacteria
So Fujiyoshi, Hiroaki Tateno, Tomoo Watsuji, Hideyuki Yamaguchi, Daisuke Fukushima, Sayaka Mino, Makoto Sugimura, Tomoo Sawabe, Ken Takai, Shigeki Sawayama, Satoshi Nakagawa
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 30, 3, 228, 234, 2015年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Identification of a gene cluster responsible for hydrogen evolution in Vibrio tritonius strain AM2 with transcriptional analyses
Yuta Matsumura, Hidayu Al-saari, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Fumito Maruyama, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Ken Kurokawa, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
INTERNATIONAL JOURNAL OF HYDROGEN ENERGY, 40, 30, 9137, 9146, 2015年08月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Advanced Microbial Taxonomy Combined with Genome-Based-Approaches Reveals that Vibrio astriarenae sp nov., an Agarolytic Marine Bacterium, Forms a New Clade in Vibrionaceae
Nurhidayu Al-Saari, Feng Gao, Amin A. K. M. Rohul, Kazumichi Sato, Keisuke Sato, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Pedro M. Meirelles, Fabiano L. Thompson, Cristiane Thompson, Gilberto M. A. Filho, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
PLOS ONE, 10, 8, 2015年08月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Baseline Assessment of Mesophotic Reefs of the Vitoria-Trindade Seamount Chain Based on Water Quality, Microbial Diversity, Benthic Cover and Fish Biomass Data
Pedro M. Meirelles, Gilberto M. Amado-Filho, Guilherme H. Pereira-Filho, Hudson T. Pinheiro, Rodrigo L. de Moura, Jean-Christophe Joyeux, Eric F. Mazzei, Alex C. Bastos, Robert A. Edwards, Elizabeth Dinsdale, Rodolfo Paranhos, Eidy O. Santos, Tetsuya Iida, Kazuyoshi Gotoh, Shota Nakamura, Tomoo Sawabe, Carlos E. Rezende, Luiz M. R. Gadelha, Ronaldo B. Francini-Filho, Cristiane Thompson, Fabiano L. Thompson
PLOS ONE, 10, 6, 2015年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Microbial taxonomy in the post-genomic era: Rebuilding from scratch?
Cristiane C. Thompson, Gilda R. Amaral, Mariana Campeao, Robert A. Edwards, Martin F. Polz, Bas E. Dutilh, David W. Ussery, Tomoo Sawabe, Jean Swings, Fabiano L. Thompson
ARCHIVES OF MICROBIOLOGY, 197, 3, 359, 370, 2015年04月, ［査読有り］
英語 - Structure of a novel monocyclic carotenoid, 3 ''-hydroxy-2 '-isopentenylsaproxanthin ((3R,2 ' S)-2 -(3-hydroxy-3 -methylbuty1)-3 ', 4 '-didehydro-1 ', 2 '-dihydro-beta, Psi-carotene-3, 1 '-diol), from a flavobacterium Gillisia limnaea strain DSM 15749
Naoki Takatani, Tomoo Sawabe, Takashi Maoka, Kazuo Miyashita, Masashi Hosokawa
BIOCATALYSIS AND AGRICULTURAL BIOTECHNOLOGY, 4, 2, 174, 179, 2015年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Microbial community diversity and physical-chemical features of the Southwestern Atlantic Ocean
Nelson Alves Junior, Pedro Milet Meirelles, Eidy de Oliveira Santos, Bas Dutilh, Genivaldo G. Z. Silva, Rodolfo Paranhos, Anderson S. Cabral, Carlos Rezende, Tetsuya Iida, Rodrigo L. de Moura, Ricardo Henrique Kruger, Renato C. Pereira, Rogerio Valle, Tomoo Sawabe, Cristiane Thompson, Fabiano Thompson
ARCHIVES OF MICROBIOLOGY, 197, 2, 165, 179, 2015年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Biofuel innovation by microbial diversity
Thiago Bruce, Astria D. Ferrão-Gonzales, Yutaka Nakashimada, Yuta Matsumura, Fabiano Thompson, Tomoo Sawabe
Springer Handbook of Marine Biotechnology, 1163, 1180, Springer Berlin Heidelberg, 2015年01月01日, ［査読有り］
英語, 論文集(書籍)内論文 - Corrigendum: Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp nov.
Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, A. K. M. Rohul Amin, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Toko Sawabe, Ramesh Kumar, Yohei Fukui, Masataka Satomi, Ryoji Matsushima, Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez Gil, Richard Christen, Fumito Maruyama, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 5, 583, 2014年11月, ［査読有り］
英語 - ミニシンポジウム記録 水産物の生産・加工・流通段階を保障するリスク管理研究の最新動向
澤辺 智雄, 里見 正隆, 山崎 浩司
日本水産学会誌, 80, 6, 1002, 1008, 2014年11月, ［査読有り］
日本語 - Marinobacter salarius sp nov and Marinobacter similis sp nov., Isolated from Sea Water
Hooi Jun Ng, Mario Lopez-Perez, Hayden K. Webb, Daniela Gomez, Tomoo Sawabe, Jason Ryan, Mikhail Vyssotski, Chantal Bizet, Francois Malherbe, Valery V. Mikhailov, Russell J. Crawford, Elena P. Ivanova
PLOS ONE, 9, 9, 2014年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Enhanced hydrogen production by a newly described heterotrophic marine bacterium, Vibrio tritonius strain AM2, using seaweed as the feedstock
Yuta Matsumura, Kazumichi Sato, Nurhidayu Al-Saari, Satoshi Nakagawa, Tomoo Sawabe
International Journal of Hydrogen Energy, 39, 14, 7270, 7277, Elsevier Ltd, 2014年05月05日, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Zunongwangia mangrovi sp nov., isolated from mangrove (Avicennia marina) rhizosphere, and emended description of the genus Zunongwangia
N. Rameshkumar, Ramya Krishnan, Elke Lang, Yuta Matsumura, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 64, 545, 550, 2014年02月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Allying with armored snails: the complete genome of gammaproteobacterial endosymbiont
Satoshi Nakagawa, Shigeru Shimamura, Yoshihiro Takaki, Yohey Suzuki, Shun-ichi Murakami, Tamaki Watanabe, So Fujiyoshi, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe, Takahiro Maeda, Hiroko Makita, Suguru Nemoto, Shin-Ichiro Nishimura, Hiromi Watanabe, Tomo-O Watsuji, Ken Takai
ISME JOURNAL, 8, 1, 40, 51, 2014年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Physiologic and metagenomic attributes of the rhodoliths forming the largest CaCO3 bed in the South Atlantic Ocean
Giselle S. Cavalcanti, Gustavo B. Gregoracci, Eidy O. dos Santos, Cynthia B. Silveira, Pedro M. Meirelles, Leila Longo, Kazuyoshi Gotoh, Shota Nakamura, Tetsuya Iida, Tomoo Sawabe, Carlos E. Rezende, Ronaldo B. Francini-Filho, Rodrigo L. Moura, Gilberto M. Amado-Filho, Fabiano L. Thompson
ISME JOURNAL, 8, 1, 52, 62, 2014年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - はじめに
澤辺 智雄, 里見 正隆, 山崎 浩司
日本水産学会誌, 80, 6, 1002, 1002, The Japanese Society of Fisheries Science, 2014年
日本語 - Draft genome sequence of marine flavobacterium Jejuia pallidilutea strain 11shimoA1 and pigmentation mutants
Naoki Takatani, Masato Nakanishi, Pedro Meirelles, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Masashi Hosokawa, Kazuo Miyashita, Fabiano L. Thompson, Ako Niwa, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Genome Announcements, 2, 6, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Draft genome sequences of marine flavobacterium Nonlabens strains NR17, NR24, NR27, NR32, NR33, and Ara13
Masato Nakanishi, Pedro Meirelles, Ryohei Suzuki, Naoki Takatani, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Masashi Hosokawa, Kazuo Miyashita, Fabiano L. Thompson, Ako Niwa, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Genome Announcements, 2, 6, American Society for Microbiology, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Draft genome sequences of two Vibrionaceae species, Vibrio ponticus C121 and Photobacterium aphoticum C119, isolated as coral reef microbiota
Nurhidayu Al-saari, Pedro Milet Meirelles, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez-Gil, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Genome Announcements, 2, 5, American Society for Microbiology, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Draft genome sequences of marine flavobacterium Algibacter lectus strains SS8 and NR4
Naoki Takatani, Masato Nakanishi, Pedro Meirelles, Sayaka Mino, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Masashi Hosokawa, Kazuo Miyashita, Fabiano L. Thompson, Ako Niwa, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe
Genome Announcements, 2, 6, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Draft genome sequences of Marinobacter similis A3d10T and Marinobacter salarius R9SW1T
Elena P. Ivanova, Hooi Jun Ng, Hayden K. Webb, Gao Feng, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Moriya Ohkuma, Alexander F. Sergeev, Valery V. Mikhailov, Russell J. Crawford, Tomoo Sawabe
Genome Announcements, 2, 3, American Society for Microbiology, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Identification of a novel carotenoid, 2′-isopentenylsaproxanthin, by Jejuia pallidilutea strain 11shimoA1 and its increased production under alkaline condition
N. Takatani, K. Nishida, T. Sawabe, T. Maoka, K. Miyashita, M. Hosokawa
Applied Microbiology and Biotechnology, 98, 15, 6633, 6640, Springer Verlag, 2014年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Metagenomic Analysis of Healthy and White Plague-Affected Mussismilia braziliensis Corals
Gizele D. Garcia, Gustavo B. Gregoracci, Eidy de O. Santos, Pedro M. Meirelles, Genivaldo G. Z. Silva, Rob Edwards, Tomoo Sawabe, Kazuyoshi Gotoh, Shota Nakamura, Tetsuya Iida, Rodrigo L. de Moura, Fabiano L. Thompson
MICROBIAL ECOLOGY, 65, 4, 1076, 1086, 2013年05月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Biogeography of Persephonella in deep-sea hydrothermal vents of the Western Pacific
Sayaka Mino, Hiroko Makita, Tomohiro Toki, Junichi Miyazaki, Shingo Kato, Hiromi Watanabe, Hiroyuki Imachi, Tomo-o Watsuji, Takuro Nunoura, Shigeaki Kojima, Tomoo Sawabe, Ken Takai, Satoshi Nakagawa
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 4, 107, 2013年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Microbial Communities Associated with Holothurians: Presence of Unique Bacteria in the Coelomic Fluid
Masaki Enomoto, Satoshi Nakagawa, Tomoo Sawabe
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 27, 3, 300, 305, 2012年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - A simple method to collect digestive fluid for monitoring digestive enzyme activities and gut microbes of the abalone Haliotis discus discus
Kentaro Niwa, Hideaki Aono, Tomoo Sawabe
NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 78, 5, 951, 957, 2012年09月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio jasicida sp nov., a member of the Harveyi clade, isolated from marine animals (packhorse lobster, abalone and Atlantic salmon)
Susumu Yoshizawa, Yasuhiro Tsuruya, Youhei Fukui, Tomoo Sawabe, Akira Yokota, Kazuhiro Kogure, Melissa Higgins, Jeremy Carson, Fabiano L. Thompson
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 62, 1864, 1870, 2012年08月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Thermotomaculum hydrothermale gen. nov., sp nov., a novel heterotrophic thermophile within the phylum Acidobacteria from a deep-sea hydrothermal vent chimney in the Southern Okinawa Trough
Hiroshi Izumi, Takuro Nunoura, Masayuki Miyazaki, Sayaka Mino, Tomohiro Toki, Ken Takai, Yoshihiko Sako, Tomoo Sawabe, Satoshi Nakagawa
EXTREMOPHILES, 16, 2, 245, 253, 2012年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - クロアワビの消化酵素活性と消化管内容細菌叢モニタリングのための消化管内容液採取法
丹羽健太郎, 青野英明, 澤辺智雄
日水誌, 78, 5, 951, 957, 日本水産學會, 2012年, ［査読有り］
日本語 - 水産「プロバイオティクス」の創成
杉田 治男, 澤辺 智雄, 吉水 守
日本水産學會誌 = Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries, 78, 4, 779, 779, 公益社団法人 日本水産学会, 2012年, ［査読有り］
日本語 - 培養併用蛍光in situ ハイブリダイゼーション法を用いた黄色ブドウ球菌の迅速定量検出
清水 茂雅, 久保沢 洋介, 松浦 美里, 川合 祐史, 山崎 浩司
日本食品微生物学会雑誌, 28, 1, 29, 36, 日本食品微生物学会, 2011年, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌）, Conventional plating methods for enumerating Staphylococcus aureus are time-consuming and labor-intensive. Rapid methods for specific quantification are desirable. Fluorescence in situ hybridization with filter-cultivation (FISHFC) method has been already developed to enumerate viable specific microorganisms such as Listeria monocytogenes, Clostridium perfringens and Vibrio parahaemolyticus. The purpose of this study was to develop and estimate FISHFC method for S. aureus quantitative detection in food samples. Alexa Fluor® 546-labeled oligonucleotide probe, STA68, was newly designed from the 16S rRNA gene sequences of S. aureus. STA68-conferred fluorescence was observed for S. aureus but not for any other organisms, suggesting that STA68 probe is highly specific for S. aureus. Results were achievable within 12 hours by FISHFC method, containing with 10 hours cultivation, as compared to more than 3 days required for confirmation of S. aureus by conventional plating methods. When inoculated to BPW and food samples, the numbers of viable counts determined by FISHFC method were not significantly different to those obtained by the conventional plating method (p>0.05). This result suggests that FISHFC method was preferable for the specific, rapid and accurate quantification of viable S. aureus in food. - 培養併用蛍光 in situ ハイブリダイゼーション法を用いた汚染指標大腸菌の迅速定量検出
青井良平, 清水茂雅, 山崎浩司, 澤辺智雄, 川合祐史
日本食品科学工学会誌, 58, 10, 483, 489, 2011年, ［査読有り］
日本語 - [Biodiversity and evolution of vibrios].
Sawabe T
Nihon saikingaku zasshi. Japanese journal of bacteriology, 65, 2, 333, 342, 2-4, 2010年12月, ［査読有り］
日本語, ビブリオは，コレラ菌，腸炎ビブリオ及びビブリオ・バルニフィカスというヒト病原性種を含むことから，病原微生物学から環境微生物学までにおける幅広い学術分野でモデル微生物として活発に研究されている細菌群である。コレラ菌の発見から156年を経過した今でも，新種のビブリオが発見され続けており，自然界におけるビブリオの種多様性は驚くほど高い。1965年にM. Véonによって作られたビブリオ科（Vibrionaceae）は，6属，103種が包含される巨大な分類群となっている。ビブリオで新種が記載され続ける背景には，株の遺伝的多様性を精密に検出する指紋鑑定法や個体識別法が取り入れられたことにある。また，個体識別の過程で得られる多座位の遺伝子配列を解析することにより，ビブリオの進化の系譜や種分化機構の推定も試みられるようになってきた。さらに，ビブリオをモデルとしたゲノム情報に基づく分類規範の構築も始まっている。本稿ではビブリオの分類の歴史を紐解きながら，ビブリオの多様性と進化に関する最新の成果をまとめて紹介する。 - 腸炎ビブリオの走性行動における遺伝子発現解析－L-セリンとアジ鰓抽出物に対する応答－
澤辺桃子, 澤辺智雄
函館短期大学紀要, 38, 38, 13, 18, 函館短期大学, 2010年, ［査読有り］
日本語 - Environmental determinants correlated to Vibrio harveyi-mediated death of marine gastropods
Youhei Fukui, Sei-Ichi Saitoh, Tomoo Sawabe
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 12, 1, 124, 133, 2010年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - 細菌の進化の系譜をたどる新手法：多遺伝子座配列解析（MLSA）－見えてきた地球史とダイナミックにリンクするビブリオの進化
澤辺 智雄
化学と生物, 47, 1, 4, 6, 公益社団法人 日本農芸化学会, 2009年, ［査読有り］
日本語 - 培養併用蛍光in situ ハイブリダイゼーション（FISHFC）法による緑膿菌の定量
澤辺桃子, 大坪雅史, 澤辺智雄
函館短期大学紀要, 35, 35, 51, 56, 函館短期大学, 2009年, ［査読有り］
日本語 - クロアワビHaliotis discus discusにおける消化酵素の多様性と主要多糖分解酵素の酵素化学的特徴
丹羽健太郎, 青野英明, 澤辺智雄
水産増殖, 57, 4, 557, 565, 水産増殖談話会, 2009年, ［査読有り］
日本語, 本研究ではクロアワビの消化酵素の多様性を定量的に測定し，活性の高い多糖分解酵素の単離精製と主要性状を明らかにした。クロアワビの消化管内容液および消化盲嚢ホモジネートから脂質，タンパク質，糖質代謝酵素が検出され，その中でアルギン酸リアーゼ，セルラーゼおよびマンナナーゼの活性が高かった。これら3種の酵素を単離精製し，酵素化学的特性を調べたところ，精製酵素の分子量はそれぞれ27.5，64.6，38.1 kDaで，至適pHは7.0，5.0，5.0，至適温度は40，40，55°Cであった。 - Poly(ethylene terephthalate) Polymer Surfaces as a Substrate for Bacterial Attachment and Biofilm Formation
Hayden K. Webb, Russell J. Crawford, Tom Sawabe, Elena P. Ivanova
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 24, 1, 39, 42, 2009年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Multi-Probe-Fluorescence in situ Hybridization for the Rapid Enumeration of Viable Vibrio parahaemolyticus
Tomoo Sawabe, Ai Yoshizawa, Yuko Kawanishi, Eriko Komatsu-Takeda, Satoshi Nakagawa, Toko Sawabe, Masashi Ootubo, Masataka Satomi, Yutaka Yano, Koji Yamazaki
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 24, 3, 259, 264, 2009年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Mutation is the Main Driving Force in the Diversification of the Vibrio splendidus Clade
Tomoo Sawabe, Shinichi Koizumi, Youhei Fukui, Satoshi Nakagawa, Elena P. Ivanova, Kumiko Kita-Tsukamoto, Kazuhiro Kogure, Fabiano L. Thompson
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 24, 4, 281, 285, 2009年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio porteresiae sp nov., a diazotrophic bacterium isolated from a mangrove-associated wild rice (Porteresia coarctata Tateoka)
N. Rameshkumar, Youhei Fukui, Tomoo Sawabe, Sudha Nair
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 58, 1608, 1615, 2008年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - 自然界におけるビブリオ－その多様性、進化、生態
澤辺 智雄
化学療法の領域, 24, 6, 24, 32, (株)医薬ジャーナル社, 2008年, ［査読有り］
日本語 - Rapid detection of Vibrio harveyi in seawater by real-time PCR
Youhei Fukui, Tomoo Sawabe
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 23, 2, 172, 176, 2008年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - 『海洋微生物と共生-サンゴ礁・海底熱水孔の生き物たち-』, 石田祐三郎著, 成山堂書店, ベルソーブックス031, ISBN978-4-425-85291-8, 1,680円
澤辺 智雄
日本微生物生態学会誌, 23, 1, 28, 28, 日本微生物生態学会, 2008年
日本語 - Inferring the evolutionary history of vibrios by means of multilocus sequence analysis
Tomoo Sawabe, Kumiko Kita-Tsukamoto, Fabiano L. Thompson
JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 189, 21, 7932, 7936, 2007年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Multilocus sequence analysis reveals that Vibrio harveyi and V-campbellii are distinct species
Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez-Gil, Ana Teresa Ribeiro Vasconcelos, Tomoo Sawabe
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 73, 13, 4279, 4285, 2007年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio comitans sp nov., Vibrio rarus sp nov and Vibrio inusitatus sp nov., from the gut of the abalones Haliotis discus discus, H-gigantea, H-madaka and H-rufescens
Tomoo Sawabe, Yusuke Fujimura, Kentaro Niwa, Hideaki Aono
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 57, 916, 922, 2007年05月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Monitoring of fish-pathogenic vibrios
Tomoo Sawabe, Youhei Fukui
NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 73, 2, 310, 312, 2007年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - V. haryeyi感染によるエゾアワビの大量死
Tomoo Sawabe, Sahoko Inoue, Youhei Fukui, Kaoru Yoshie, Yutaka Nishihara, Hiroki Miura
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 22, 3, 300, 308, 2007年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Improved one-step colony PCR detection of Vibrio harveyi
Youhei Fukui, Tomoo Sawabe
MICROBES AND ENVIRONMENTS, 22, 1, 1, 10, 2007年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Simple conjugation and outgrowth procedures for tagging vibrios with GFP, and factors affecting the stable expression of the gfp tag
T. Sawabe, Y. Fukui, E. V. Stabb
LETTERS IN APPLIED MICROBIOLOGY, 43, 5, 514, 522, 2006年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio2005: The First International Conference on the Biology of Vibrios
Fabiano L. Thompson, Karl E. Klose, Brian Austin, Yan Boucher, Peter Dawyndt, Dirk Gevers, Shah M. Faruque, Bruno Gomez-Gil, John F. Heidelberg, Tetsuya Iida, Didier Mazel, Diane McDougald, G. Balakrish Nair, Frans Ollevier, John H. Paul III, Martin Polz, Tomoo Sawabe, Ana C. P. Vicente, Rita R. Colwell, Jean Swings
Journal of Bacteriology, 188, 13, 4592, 4596, 2006年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス） - Effect of iron on resuscitation of Tenacibaculum sp., the causative bacterium of spotting disease of short-spined sea urchin Strongylocentrotus intermedius, from the viable but non-culturable (VBNC) state
T Yamase, T Sawabe, K Kuma, K Tajima
FISH PATHOLOGY, 41, 1, 1, 6, 2006年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Adhesion of Tenacibaculum sp to short-spined sea urchin Strongylocentroutus intermedius and control of spotting disease by inhibiting adhesion using carbohydrate
R Taniguchi, T Sawabe, K Tajima
FISH PATHOLOGY, 41, 1, 13, 17, 2006年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - エゾバフンウニ斑点病原因菌Tenacibaculum sp.のVBNC状態からの蘇生に及ぼす鉄の影響
山瀬智久, 澤辺智雄, 久万健志, 田島研一
魚病研究, 41, 1, 1, 6, 2006年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Thalassomonas loyana sp nov, a causative agent of the white plague-like disease of corals on the Eilat coral reef
FL Thompson, Y Barash, T Sawabe, G Sharon, J Swings, E Rosenberg
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 56, 365, 368, 2006年02月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Enhanced expression of active recombinant alginate lyase AlyPEEC cloned from a marine bacteriu Pseudoalteromonas elyakovii in Escherichia coli by calcium compounds
Sawabe, T, Takahasi, H. Saeki, H, Niwa, K, Aono, H
Enzyme and Microbial Technology, 40, 285, 291, 2006年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - PCR-RFLP analysis for identification of Aeromonas isolates collected from diseased fish and aquatic animals
MM Rahman, T Somsiri, R Tanaka, T Sawabe, K Tajima
FISH PATHOLOGY, 40, 4, 151, 159, 2005年12月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - 細菌叢を制御したシオミズツボワムシを投与したヒラメの腸内細菌叢
清水 智子, 篠崎 大祐, 笠井 久会, 澤辺 智雄, 渡辺 研一, 吉水 守
水産増殖, 53, 3, 275, 278, 水産増殖談話会, 2005年09月20日
日本語, 消毒前のワムシ卵および未処理区の孵化ワムシの細菌叢は、共にFlavobacterium属が主体を成していたことから、孵化前後でワムシの菌叢は変化しないことが示された。また、消毒して孵化させた後に V. splendidus V-15株を添加した区のワムシの細菌叢はVibrio属が主体を成していた。これらの結果から、ワムシの細菌叢は制御可能であることが示唆された。次いで、ショ糖分解能のない抗ウイルス活性を有する V. splendidus V-15株優勢ワムシをヒラメに給餌した。ヒラメ腸管内における Vibrio属細菌のうち、ショ糖非分解菌の割合は未処理区で62％、消毒区で59％、菌添加区で100％となり、ヒラメの腸内細菌叢も制御可能であることが示唆された。 - Presence of Ecophysiologically Diverse Populations within Cobetia marina Strains Isolated from Marine Invertebrate, Algae and the Environments
Elena P. Ivanova, Richard Christen, Tomoo Sawabe, Yulia V. Alexeeva, Anatoly M. Lysenko, Victor P. Chelomin, Valery V. Mikhailov
Microbes and Environments, 20, 4, 200, 207, 2005年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Characterization of fish myofibrillar protein by conjugation with alginate oligosaccharide prepared using genetic recombinant alginate lyase
R Sato, T Sawabe, H Saeki
JOURNAL OF FOOD SCIENCE, 70, 1, C58, C62, 2005年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Biodiversity and in situ abundance of gut microflora of abalone (Haliotis discus hannai) determined by culture-independent techniques
R Tanaka, M Ootsubo, T Sawabe, Y Ezura, K Tajima
AQUACULTURE, 241, 1-4, 453, 463, 2004年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Molecular phylogeny of Neocalanus copepods in the subarctic Pacific Ocean, with notes on non-geographical genetic variations for Neocalanus cristatus
Marina Taniguchi, Toshinori Kanehisa, Tomoo Sawabe, Richard Christen, Tsutomu Ikeda
Journal of Plankton Research, 26, 10, 1249, 1255, 2004年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio neonatus sp nov and Vibrio ezurae sp nov isolated from the Gut of Japanese Abalones
T Sawabe, K Hayashi, J Moriwaki, Y Fukui, FL Thompson, J Swings, R Christen
SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY, 27, 5, 527, 534, 2004年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Shewanella affinis sp nov., isolated from marine invertebrates
EP Ivanova, OI Nedashkovskaya, T Sawabe, NV Zhukova, GM Frolova, DV Nicolau, VV Mikhailov, JP Bowman
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 54, 1089, 1093, 2004年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio gallicus sp nov., isolated from the gut of the French abalone Haliotis tuberculata
T Sawabe, K Hayashi, J Moriwaki, FL Thompson, J Swings, P Potin, R Christen, Y Ezura
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 54, 843, 846, 2004年05月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Sulfitobacter delicatus sp nov and Sulfitobacter dubius sp nov., respectively from a starfish (Stellaster equestris) and sea grass (Zostera marina)
EP Ivanova, NM Gorshkova, T Sawabe, NV Zhukova, K Hayashi, VV Kurilenko, Y Alexeeva, Buljan, V, DV Nicolau, VV Mikhailov, R Christen
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 54, 475, 480, 2004年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Stereoisomers of marine bacterial phosphatidylglycerols
Hironori Fujishima, Toshiko Gamano, Yukako Taoka, Tomoo Sawabe, Yutaka Itabashi
Nippon Suisan Gakkaishi (Japanese Edition), 70, 2, 200, 202, 2004年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Vibrio superstes sp nov., isolated from the gut of Australian abalones Haliotis laevigata and Haliotis rubra
K Hayashi, J Moriwaki, T Sawabe, FL Thompson, J Swings, N Gudkovs, R Christen, Y Ezura
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 53, 1813, 1817, 2003年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Gut microflora of abalone Haliotis discus hannai in culture changes coincident with a change in diet
R Tanaka, Sugimura, I, T Sawabe, M Yoshimizu, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 69, 5, 951, 958, 2003年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Stability and emulsion-forming ability of water-soluble fish myofibrillar protein prepared by conjugation with alginate oligosaccharide
R Sato, S Katayama, T Sawabe, H Saeki
JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY, 51, 15, 4376, 4381, 2003年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Occurrence and diversity of mesophilic Shewanella strains isolated from the North-West Pacific Ocean
EP Ivanova, T Sawabe, NV Zhukova, NM Gorshkova, OI Nedashkovskaya, K Hayashi, GM Frolova, AF Sergeev, KG Pavel, VV Mikhailov, DV Nicolau
SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY, 26, 2, 293, 301, 2003年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Acetic acid production of Vibrio halioticoli from alginate: a possible role for establishment of abalone-V-halioticoli association
T Sawabe, N Setoguchi, S Inoue, R Tanaka, M Ootsubo, M Yoshimizu, Y Ezura
AQUACULTURE, 219, 1-4, 671, 679, 2003年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Shewanella fidelis sp nov., isolated from sediments and sea water
EP Ivanova, T Sawabe, K Hayashi, NM Gorshkova, NV Zhukova, OI Nedashkovskaya, VV Mikhailov, DV Nicolau, R Christen
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 53, 577, 582, 2003年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Seven-hour fluorescence in situ hybridization technique for enumeration of Enterobacteriaceae in food and environmental water sample
M Ootsubo, T Shimizu, R Tanaka, T Sawabe, K Tajima, Y Ezura
JOURNAL OF APPLIED MICROBIOLOGY, 95, 6, 1182, 1190, 2003年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudomonas extremorientalis sp nov., isolated from a drinking water reservoir
EP Ivanova, NM Gorshkova, T Sawabe, K Hayashi, NI Kalinovskaya, AM Lysenko, NV Zhukova, DV Nicolau, TA Kuznetsova, VV Mikhailov, R Christen
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 52, 2113, 2120, 2002年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudoalteromonas translucida sp nov and Pseudoalteromonas paragorgicola sp nov., and emended description of the genus
EP Ivanova, T Sawabe, AM Lysenko, NM Gorshkova, K Hayashi, NV Zhukova, DV Nicolau, R Christen, VV Mikhailov
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 52, 1759, 1766, 2002年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Fluorescent amplified fragment length polymorphism and repetitive extragenic palindrome-PCR fingerprinting reveal host-specific genetic diversity of Vibrio halioticoli-like strains isolated from the gut of Japanese abalone
T Sawabe, FL Thompson, J Heyrman, M Cnockaert, K Hayashi, R Tanaka, M Yoshimizu, B Hoste, J Swings, Y Ezura
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 68, 8, 4140, 4144, 2002年08月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Development of 16S rRNA targeted PCR for the identification of Vibrio spp., the causative bacteria of the disease in cultured sea urchin Strongylocentrotus intermedius occurring at low water temperatures
Y Sogabe, K Tajima, R Tanaka, T Sawabe, Y Ezura
NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 68, 2, 201, 206, 2002年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Two species of culturable bacteria associated with degradation of brown algae Fucus evanescens
EP Ivanova, IY Bakunina, T Sawabe, K Hayashi, YV Alexeeva, NV Zhukova, DV Nicolau, TN Zvaygintseva, VV Mikhailov
MICROBIAL ECOLOGY, 43, 2, 242, 249, 2002年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Identification of Vibrio halioticoli by colony hybridization with non-radioisotope labeled genomic DNA probe
R Tanaka, M Ootsubo, T Sawabe, K Tajima, J Vandenberghe, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 68, 1, 227, 229, 2002年02月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudoalteromonas issachenkonii sp nov., a bacterium that degrades the thallus of the brown alga Fucus evanescens
EP Ivanova, T Sawabe, YV Alexeeva, AM Lysenko, NM Gorshkova, K Hayashi, NV Zukova, R Christen, VV Mikhailov
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 52, 229, 234, 2002年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudoalteromonas ruthenica sp nov., isolated from marine invertebrates
EP Ivanova, T Sawabe, AM Lysenko, NM Gorshkova, Svetashev, VI, DV Nicolau, N Yumoto, T Taguchi, S Yoshikawa, R Christen, VV Mikhailov
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 52, 235, 240, 2002年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudoalteromonas maricaloris sp nov., isolated from an Australian sponge, and reclassification of [Pseudoalteromonas aurantia] NCIMB 2033 as Pseudoalteromonas flavipulchra sp nov.
EP Ivanova, LS Shevchenko, TL Sawabe, AM Lysenko, Svetashev, VI, NM Gorshkova, M Satomi, R Christen, VV Mikhailov
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 52, 263, 271, 2002年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Oligonucleotide probe for detecting Enterobacteriaceae by in situ hybridization
M Ootsubo, T Shimizu, R Tanaka, T Sawabe, K Tajima, M Yoshimizu, Y Ezura, T Ezaki, H Oyaizu
JOURNAL OF APPLIED MICROBIOLOGY, 93, 1, 60, 68, 2002年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Cloning, sequence analysis and expression of Pseudoalteromonas elyakovii IAM 14594 gene (alyPEEC) encoding the extracellular alginate lyase
T Sawabe, H Takahashi, Y Ezura, P Gacesa
CARBOHYDRATE RESEARCH, 335, 1, 11, 21, 2001年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Hydrophobic cluster analysis and classification of sixteen bacterial alginate lyases
J Kraiwattanapong, T Ooi, S Kinoshita, Sugimura, I, T Sawabe, Y Ezura
WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 16, 3, 219, 224, 2000年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Isolation of Pseudoalteromonas elyakovii strains from spot-wounded fronds of Laminaria japonica
T Sawabe, M Narita, R Tanaka, M Onji, K Tajima, Y Ezura
NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 66, 2, 249, 254, 2000年03月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌） - Characteristics of virus like growth suppression agents against phytoplankton obtained from seawater at the mouth of Funka Bay, Hokkaido, Japan
M Onji, T Sawabe, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 66, 1, 38, 43, 2000年02月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Variation of size-fractionated Fe concentrations and Fe(III) hydroxide solubilities during a spring phytoplankton bloom in Funka Bay (Japan)
Kenshi Kuma, Akira Katsumoto, Naonobu Shiga, Tomoo Sawabe, Katsuhiko Matsunaga
Marine Chemistry, 71, 1-2, 111, 123, 2000年, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Preparation of neoglycoprotein from carp myofibrillar protein and alginate oligosaccharide: Improved solubility in low ionic strength medium
R Sato, T Sawabe, H Kishimura, K Hayashi, H Saeki
JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY, 48, 1, 17, 21, 2000年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Growth suppression of the marine phytoplankton Alexandrium catenella and Tetraselmis sp caused by ultrafiltrated seawater collected from coastal area on the mouth of Funka Bay
M Onji, T Sawabe, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 65, 5, 687, 693, 1999年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Taxonomical and serological studies on the causative bacteria of the disease of sea urchin Strongylocentrotus intermedius occurring at low water temperatures
K Takeuchi, K Tajima, MM Iqbal, T Sawabe, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 65, 2, 264, 268, 1999年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Characterization of a facultatively psychrophilic bacterium, Vibrio rumoiensis sp. nov., that exhibits high catalase activity
Yumoto, I, H Iwata, T Sawabe, K Ueno, N Ichise, H Matsuyama, H Okuyama, K Kawasaki
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 65, 1, 67, 72, 1999年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Phenotypic and genotypic identification of motile aeromonads isolated from fish with epizootic ulcerative syndrome in Southeast Asian countries
MM Iqbal, K Tajima, T Sawabe, K Nakano, Y Ezura
FISH PATHOLOGY, 33, 4, 255, 263, 1998年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Pseudoalteromonas bacteriolytica sp. nov., a marine bacterium that is the causative agent of red spot disease of Laminaria japonica
T Sawabe, H Makino, M Tatsumi, K Nakano, K Tajima, MM Iqbal, Yumoto, I, Y Ezura, R Christen
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY, 48, 769, 774, 1998年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Intracellular alginate-oligosaccharide degrading enzyme activity that is incapable of degrading intact sodium alginate from a marine bacterium Alteromonas sp.
T Sawabe, C Sawada, E Suzuki, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 64, 2, 320, 324, 1998年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Bacillus horti sp. nov., a new Gram-negative alkaliphilic Bacillus
Yumoto, I, K Yamazaki, T Sawabe, K Nakano, K Kawasaki, Y Ezura, H Shinano
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY, 48, 565, 571, 1998年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Plant regeneration from protoplasts of Laminaria japonica Areschoug (Laminariales, Phaeophyceae) in a continuous-flow culture system
T Sawabe, Y Ezura, H Yamamoto
PLANT CELL REPORTS, 17, 2, 109, 112, 1997年12月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌） - Detection and identification of infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) by reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR)
T Yoshinaka, M Yoshimizu, T Sawabe, Y Ezura
FISHERIES SCIENCE, 63, 4, 592, 595, 1997年08月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
その他活動・業績
- リボソーマルタンパク質遺伝子の塩基配列に基づくビブリオの分子系統
志水智美, 田仲真実, 美野さやか, 澤辺智雄, 日本水産学会大会講演要旨集, 2020, 2020年 - 沖縄トラフ深海底熱水活動域由来の新規好熱性Campylobacteria
深澤操, 美野さやか, 澤辺智雄, 中川聡, 高井研, 日本水産学会北海道支部大会講演要旨集, 2020 (CD-ROM), 2020年 - 水素生成マリンビブリオのギ酸水素リアーゼ(FHL)複合体遺伝子群の構造比較
西川 紗代, 田仲 真実, 美野 さやか, 澤辺 智雄, 小椋 義俊, 林 哲也, 日本細菌学雑誌, 75, 1, 80, 80, 2020年01月
日本細菌学会, 日本語 - Vibriosis in cultured marine fishes: a review
Nurliyana Mohamad, Mohammad Noor Azmai Amal, Ina Salwany Md Yasin, Mohd Zamri Saad, Nurrul Shaqinah Nasruddin, Nurhidayu Al-saari, Sayaka Mino, Tomoo Sawabe, Aquaculture, 512, 2019年10月15日
Elsevier B.V., 英語, 書評論文,書評,文献紹介等 - ニッケル輸送体遺伝子型は海洋ビブリオの水素産生能と相関する(Type of nickel transporter genes correlate with ability of hydrogen production in marine vibrios)
松村 佑太, 美野 さやか, 丸山 史人, 小椋 義俊, 林 哲也, 黒川 顕, 澤辺 智雄, 日本細菌学雑誌, 73, 1, 72, 72, 2018年02月
日本細菌学会, 英語 - 水産物における損傷菌の発生と対策
山崎 浩司, 竹内 勘太郎, 山崎 耀平, 美野 さやか, 笠井 久会, 澤辺 桃子, 澤辺 智雄, 里見 正隆, 日本食品科学工学会誌, 65, 4, 197, 204, 2018年
日本語, 書評論文,書評,文献紹介等 - アルギン酸から水素を生成可能な新規ビブリオ属細菌の分類学的検討
田仲真実, 美野さやか, 土井秀高, 澤辺桃子, 澤辺智雄, 荒木利芳, マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集, 19th, 89, 2017年06月03日
日本語 - ナマコの消化管マイクロバイオーム:メタゲノム解析による成長格差の解明
山崎耀平, 美野さやか, 澤辺智雄, バイオサイエンスとインダストリー, 74, 6, 508‐509, 2016年11月10日
日本語 - マリンビブリオを生物触媒としたアルギン酸の水素変換
天田愛梨, 松村祐太, AL‐SAARI Nurhidayu, 美野さやか, 澤辺智雄, 澤辺桃子, 日本水産学会大会講演要旨集, 2016, 33, 2016年09月08日
日本語 - Vibrio tritonius AM2株のギ酸水素リアーゼ遺伝子群のトランスクリプトーム解析
水越草太, 松村祐太, AL‐SAARI Nurhidayu, 美野さやか, 澤辺智雄, 澤辺桃子, 日本水産学会大会講演要旨集, 2016, 33, 2016年09月08日
日本語 - 16SrRNAタイピング法を用いた幼児用簡易プール水の細菌群集構造解析
澤辺 桃子, 須田 亙, 大島 健志朗, 服部 正平, 澤辺 智雄, 日本細菌学雑誌, 71, 1, 63, 63, 2016年02月
日本細菌学会, 日本語 - 深海底熱水活動域に普遍的に生息する化学合成独立栄養細菌の生物地理学的特徴の解明
美野さやか, 中川聡, 牧田寛子, 工藤桃李, 宮崎淳一, 稲垣史生, 加藤真悟, 布浦拓郎, 井町寛之, 和辻智郎, 高井研, 澤辺智雄, 日本微生物生態学会大会(Web), 31st, 183 (WEB ONLY), 2016年
日本語 - ビブリオ科細菌が有するCRISPR/Casシステムの特徴
遠藤 祥子, 美野 さやか, 澤辺 智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 平成27年度, 201, 201, 2015年09月
(公社)日本生物工学会, 日本語 - マナマコApostichopus japonicusの個体間微生物叢比較
山崎耀平, 美野さやか, 澤辺智雄, 須田亙, 大島健志朗, 服部正平, MEIRELLES P.M, THOMPSON F.L, マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集, 17th, 99, 2015年05月30日
日本語 - 目指せ!細菌学の星☆2015 深海底熱水活動域における固有甲殻類血清の性状解析(We'll be the stars of bacteriology! 2015 Hemagglutination activity in the serum of deep-sea vent endemic crab)
藤吉 奏, 福島 大介, 和辻 智郎, 美野 さやか, 澤辺 智雄, 澤山 茂樹, 高井 研, 中川 聡, 日本細菌学雑誌, 70, 1, 113, 113, 2015年02月
日本細菌学会, 英語 - 海洋細菌Jejuia pallidilutea 11shimoA1株の新規カロテノイド生合成系解析
高谷直己, 澤辺智雄, 宮下和夫, 細川雅史, マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集, 17th, 2015年 - 深海底熱水活動域に生息する化学合成独立栄養細菌の集団遺伝学:遺伝的多様性と分布パターンの解明
美野さやか, 中川聡, 中川聡, 牧田寛子, 宮崎淳一, 加藤真悟, 和辻智郎, 井町寛之, 布浦拓郎, STEFAN Sievert, ANNE Godfroy, 高井研, 澤辺智雄, 日本微生物生態学会大会(Web), 30th, OA‐38 (WEB ONLY), 2015年
日本語 - 深海底熱水活動域に生息する巻貝類とその共生細菌の群集遺伝学的解析
村上竣一, 益崎庸介, 美野さやか, 澤辺智雄, 宮崎淳一, CHEN Chong, ROGERS Alex, COPLEY Jonathan, 高井研, 中川聡, 日本土壌微生物学会講演要旨集, 2014, 129, 129, 2014年10月16日
日本微生物生態学会, 日本語 - 海洋細菌が有するカロテノイド合成系の体系的理解:フラボバクテリアにおけるmyxol合成系の特徴
中西誠人, 高谷直己, 高峰, 宮下和夫, 細川雅史, 大熊盛也, 大島健志朗, 服部正平, 澤辺智雄, 日本水産学会大会講演要旨集, 2014, 34, 2014年09月19日
日本語 - The famlily vibrionaceae
Bruno Gomez-Gil, Cristinane C. Thompson, Yuta Matsumura, Toko Sawabe, Tetsuya Iida, Richard Christen, Fabiano Thompson, Tomoo Sawabe, The Prokaryotes: Gammaproteobacteria, 9783642389221, 659, 747, 2014年07月01日
Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 英語 - 生産・流通・加工工程における体系的な危害要因の特性解明とリスク低減技術の開発〈かび毒・病原微生物〉第4章 水産物における病原微生物のリスク低減技術の開発(1)沿岸漁場および水揚げ場における腸炎ビブリオの動態解明
澤辺智雄, 澤辺桃子, 農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, 522, 156, 160, 2014年03月31日
日本語 - O35-04 浅海性無脊椎動物の体腔液に共存する微生物の群集構造解析(口頭発表)
砂田 高志, 中川 聡, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 2014, 128, 128, 2014年
日本微生物生態学会, 日本語 - 1P-144 マリンビブリオを生物触媒としたギ酸塩の水素変換条件の最適化(代謝工学,一般講演)
天田 愛梨, 澤辺 智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 66, 54, 54, 2014年
日本生物工学会, 日本語 - 1P-145 バイオ燃料生産性を向上させるマリンビブリオの代謝改変:海洋バイオマスのCBP に向けたVibrio halioticoliへのデンプン代謝能付与(代謝工学,一般講演)
杉谷 舞, 澤辺 智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 66, 54, 54, 2014年
日本生物工学会, 日本語 - 2P-026 水素生成マリンビブリオの網羅的遺伝子発現解析:基質の還元度が中央代謝系に与える影響(遺伝子工学,一般講演)
水越 草太, 丸山 史人, 小椋 義俊, 林 哲也, 黒川 顕, 澤辺 智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 66, 113, 113, 2014年
日本生物工学会, 日本語 - 深海底熱水活動域に生息する無脊椎動物の血リンパ中レクチンの探索と性状解析
藤吉奏, 和辻智郎, 美野さやか, 澤辺智雄, 澤山茂樹, 高井研, 中川聡, 中川聡, 日本土壌微生物学会講演要旨集, 2014, 2014年 - Sulfurovum aggregans sp. nov., A hydrogenoxidizing, Thiosulfate-reducing chemolithoautotroph within the Epsilonproteobacteria isolated from a deep-sea hydrothermal vent chimney, And an emended description of the genus Sulfurovum
Sayaka Mino, Hideaki Kudo, Takayuki Arai, Tomoo Sawabe, Ken Takai, Satoshi Nakagawa, Satoshi Nakagawa, Satoshi Nakagawa, International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 64, 3195, 3201, 2014年01月01日 - 深海底熱水活動域に生息する化学合成微生物の分布様式と集団構造の解明
美野さやか, 中川聡, 牧田寛子, 宮崎淳一, 和辻智郎, 渡部裕美, 西澤学, 中村謙太郎, 布浦拓郎, 井町寛之, 山本正浩, 高井研, 加藤真悟, 小島茂明, 島伸和, 石橋純一郎, 澤辺智雄, ブルーアース要旨集, 2014, 106, 2014年
日本語 - 海藻糖質の代謝過程におけるVibrio halioticoliの遺伝子発現解析
久我康太, 中川聡, 丸山史人, 小椋義俊, 林哲也, 黒川顕, 澤辺桃子, 澤辺智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 65th, 134, 134, 2013年08月25日
日本生物工学会, 日本語 - めざせ!細菌学の星 マリンビブリオの水素生産能の評価および実用化へのアプローチ(Young researchers workshop on bacteriology 2013 Characterization of hydrogen producing marine vibrios and the practical approach)
佐藤 一道, 澤辺 智雄, 日本細菌学雑誌, 68, 1, 103, 103, 2013年02月
日本細菌学会, 英語 - 3S-Fa02 海洋微生物を利用したバイオ燃料生産(水圏バイオマスリファイナリー研究の最新動向,シンポジウム)
Sawabe Tomoo, 日本生物工学会大会講演要旨集, 65, 184, 184, 2013年
日本生物工学会, 英語 - 3P-167 Vibrio tritonius AM2^Tを用いた海藻糖質からの水素生産システムの構築(生物化学工学,一般講演)
佐藤 一道, 天田 愛梨, 中川 聡, 澤辺 智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 65, 230, 230, 2013年
日本生物工学会, 日本語 - 海洋細菌Jejuia pallidilutea A1株の新規カロテノイド合成とストレス応答
高谷直己, 西田健太郎, 澤辺智雄, 宮下和夫, 細川雅史, マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集, 15th, 2013年 - 深海底熱水活動域に棲息する大型無脊椎動物の血清中レクチンの探索と性状解析
藤吉奏, 中川聡, 美野さやか, 神藤彩加, 新井崇之, 澤辺智雄, 杉村誠, 和辻智郎, 山本正浩, 丸茂克美, ブルーアース要旨集, 2013, 2013年 - Vibrio halioticoliの代謝改変:Zymomonas mobilis由来のピルビン酸脱炭酸酵素およびアルコール脱水素酵素IIの発現
猪原悠太郎, 中川聡, 澤辺智雄, 日本生物工学会大会講演要旨集, 65th, 2013年 - 深海底熱水活動域の固有甲殻類が有するレクチンの精製と性状解析
藤吉奏, 新井崇之, 美野さやか, 和辻智郎, 澤辺智雄, 中川聡, 日本糖質学会年会要旨集, 32nd, 2013年 - 食品の安全を確保するための評価・管理技術の開発 第1章 有害微生物検出技術の開発 3 高感度蛍光マイクロコロニー法による食中毒細菌の複数同時検出・定量システムの開発
山崎浩司, 澤辺智雄, 農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, 491, 32, 37, 2013年01月
日本語, 機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等 - Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: Proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.
Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, A. K.M. Rohul Amin, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Toko Sawabe, Ramesh Kumar, Yohei Fukui, Masataka Satomi, Ryoji Matsushima, Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez-Gil, Richard Christen, Fumito Maruyama, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi, Frontiers in Microbiology, 4, 414, 1, 14, 2013年
Frontiers Research Foundation, 英語 - PK-05 深海底熱水活動域に棲息する無脊椎動物の血清中レクチンの性状解析(PK 相互作用・共生,ポスター発表)
藤吉 奏, 新井 崇之, 神藤 彩加, 美野 さやか, 和辻 智郎, 杉村 誠, 澤辺 智雄, 丸茂 克美, 中川 聡, 日本微生物生態学会講演要旨集, 28, 171, 171, 2012年
日本微生物生態学会, 英語 - PK-04 深海底熱水活動域に棲息する化学合成独立栄養細菌の細胞表層に存在する糖脂質の構造比較(PK 相互作用・共生,ポスター発表)
神藤 彩加, 新井 崇之, 藤吉 奏, 美野 さやか, 和辻 智郎, 杉村 誠, 澤辺 智雄, 丸茂 克美, 中川 聡, 日本微生物生態学会講演要旨集, 28, 171, 171, 2012年
日本微生物生態学会, 英語 - PK-03 深海性共生細菌とその自由生活型近縁種が有するリポ多糖の構造解析(PK 相互作用・共生,ポスター発表)
新井 崇之, 藤吉 奏, 神藤 彩加, 広瀬 知弘, YK09-13乗船研究者一同, 澤辺 智雄, 中川 聡, 日本微生物生態学会講演要旨集, 28, 171, 171, 2012年
日本微生物生態学会, 英語 - ビブリオは線毛タンパク質PilAを介して海産魚腸内受容体に接着する
松吉亮, 徳永遼平, 松永尚之, 澤辺智雄, 沖野望, 伊東信, 日本水産学会大会講演要旨集, 2012, 2012年 - 深海底熱水活動域に固有の無脊椎動物が有する血清中レクチンの性状
藤吉奏, 新井崇之, 神藤彩加, 美野さやか, 和辻智郎, 杉村誠, 澤辺智雄, 丸茂克美, 中川聡, 日本糖質学会年会要旨集, 31st, 2012年 - ベントスの腸内細菌叢
澤辺 智雄, 中川 聡, 澤辺 桃子, 日本水産學會誌 = Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries, 78, 4, 783, 783, 2012年
公益社団法人 日本水産学会, 日本語 - PK-02 複数の深海底熱水活動域における固有巷貝とその共生細菌の群集遺伝学的解析(PK 相互作用・共生,ポスター発表)
益崎 庸介, 美野 さやか, 渡部 裕美, 宮崎 淳一, 布浦 拓郎, 小島 茂明, 澤辺 智雄, 中川 聡, 日本微生物生態学会講演要旨集, 28, 170, 170, 2012年
日本微生物生態学会, 英語 - 深海底熱水活動域に生息する化学合成微生物の遺伝学的多様性と群集構造の解明
美野さやか, 中川聡, 澤辺智雄, 宮崎淳一, 牧田寛子, 和辻智朗, 中村謙太郎, 加藤真悟, 小島茂明, 渡部裕美, 土岐知弘, 島伸和, 石橋純一郎, 布浦拓郎, 山本正浩, 高井研, ブルーアース要旨集, 2012, 185, 2012年
日本語 - New frontier in Fisheries Sciences beyond the current microbial genome research
Yoshihiko Sako, Takashi Yoshida, Tomoo Sawabe, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 77, 2, 246, 246, 2011年03月
日本語, その他 - ゲノム情報を活用した病原ビブリオの分子疫学
澤辺 智雄, 日本水産學會誌 = Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries, 77, 2, 251, 251, 2011年03月
日本語, その他 - インド洋の深海底熱水活動域に棲息する細胞内共生微生物のゲノム解析
中川聡, 島村繁, 高木善弘, 高井研, 澤辺智雄, ブルーアース要旨集, 2011, 2011年 - PB-006 Vibrio tritoniusのアルコール脱水素酵素遺伝子の多様性(PB 生理/代謝/増殖,ポスター発表)
李 羨, 中川 聡, 丸山 史人, 小椋 義俊, 林 哲也, 黒川 顕, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 27, 85, 85, 2011年
日本微生物生態学会, 日本語 - 腸炎ビブリオによるカキの汚染動態解析
坂牛百合香, 中川聡, 澤辺智雄, 大橋智志, 矢野豊, 里見正隆, 日本水産学会大会講演要旨集, 2011, 2011年 - PA-043 深海底熱水活動域から分離・培養された新規好熱性Acidobacteriaの性状解析(PA 極限環境,ポスター発表)
和泉 裕志, 布浦 拓郎, 宮崎 征行, 美野 さやか, 土岐 知弘, 高井 研, 左子 芳彦, 澤辺 智雄, 中川 聡, 日本微生物生態学会講演要旨集, 27, 76, 76, 2011年
日本微生物生態学会, 日本語 - 腸炎ビブリオの魚介類粘液に対する走性応答の可視化
澤辺 桃子, 坂牛 百合香, 清水 陽子, 澤辺 智雄, 日本食品衛生学会学術講演会講演要旨集, 100回, 136, 136, 2010年09月
(公社)日本食品衛生学会, 日本語 - 培養併用蛍光in situハイブリダイゼーション(FISHFC)法によりミネラルウォーター中の飢餓緑膿菌を検出するための微小集落形成培養条件
澤辺 桃子, 大坪 雅史, 澤辺 智雄, 函館短期大学紀要, 36, 23, 28, 2010年03月
函館短期大学, 日本語 - P-55 インド洋の深海底熱水活動域に棲息する細胎内共生微生物のゲノム解析(D.極限環境,ポスター発表)
中川 聡, 島村 繁, 高木 善弘, 高井 研, 澤辺 智雄, YK09-13 LEG2乗船研究者-同, 日本微生物生態学会講演要旨集, 26, 122, 122, 2010年
日本微生物生態学会, 日本語 - P-49 深海底熱水噴出孔から分離された新規微生物の分類学的・生理学的特徴(D.極限環境,ポスター発表)
森 直哉, 中川 聡, GODFROY ANNE, 高井 研, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 26, 119, 119, 2010年
日本微生物生態学会, 日本語 - P-69 浅海性無脊椎動物の体腔液から検出された微生物の分子系統学的性状(E.群集構造解析,ポスター発表)
相田 正典, 中川 聡, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 26, 129, 129, 2010年
日本微生物生態学会, 日本語 - 海洋好熱細菌Nitratiruptor sp.由来アルギン酸リアーゼの性状解析
井上晶, 安楽萌, 中川聡, 澤辺智雄, 尾島孝男, 日本水産学会大会講演要旨集, 2010, 2010年 - GFP標識ビブリオ病原因菌Vibrio harveyiの糖脂質受容体への接着
清水耕平, 苣田慎一, 松永尚之, 座間宏太, 澤辺智雄, 沖野望, 伊東信, 日本水産学会大会講演要旨集, 2010, 2010年 - エゾアワビ肝膵臓におけるアルギン酸代謝に関する研究
木本雄太, 熊谷祐也, 澤辺智雄, 田中啓之, 井上晶, 尾島孝男, 日本水産学会大会講演要旨集, 2010, 2010年 - P-50 深海底に生息する化学合成微生物の群集遺伝学的構造解明へのアプローチ(D.極限環境,ポスター発表)
美野 さやか, 中川 聡, 牧田 寛子, 稲垣 史生, 山本 正浩, 布浦 拓郎, 中村 光一, GODFROY ANNE, 高井 研, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 26, 119, 119, 2010年
日本微生物生態学会, 日本語 - 培養併用蛍光in situハイブリダイゼーション法を用いた腸炎ビブリオの計数
川西 優子, 澤辺 桃子, 大坪 雅史, 澤辺 智雄, 日本食品衛生学会学術講演会講演要旨集, 98回, 83, 83, 2009年10月
(公社)日本食品衛生学会, 日本語 - GFP標識によるビブリオ属細菌と糖脂質受容体の接着の可視化
清水 耕平, 苣田 慎一, 松永 尚之, 座間 宏太, 澤辺 智雄, 沖野 望, 伊東 信, 日本生化学会大会プログラム・講演要旨集, 82回, 4P, 066, 2009年09月
(公社)日本生化学会, 日本語 - 『海の微生物の利用-未知なる宝探し-』, 今田千秋著, 成山堂書店, ISBN978-4-425-88451-3, 1,680円
澤辺 智雄, 日本微生物生態学会誌, 24, 2, 77, 78, 2009年
日本微生物生態学会, 日本語 - 微生物モニタリングに関する新システムの開発
大坪 雅史, MASASHI OOTSUBO, 日本水産学会誌, 74, 2, 253, 254, 2008年03月15日
公益社団法人 日本水産学会, 日本語 - Shewanella属菌のOXA-型カルバペネマーゼ保有状況に関する検討
石井 良和, 嵯峨 知生, 山本 啓之, 野中 里佐, 山口 惠三, 神山 裕一, 澤辺 智雄, 里見 正隆, 日本細菌学雑誌, 63, 1, 106, 106, 2008年02月
日本細菌学会, 日本語 - 11-220 海水温上昇傾向が海洋動物のVibrio harveyi感染症に与える影響(水圏生態系,研究発表)
福井 洋平, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 24, 168, 168, 2008年
日本微生物生態学会, 日本語 - 『食中毒のリスクと人間社会』, 清水潮著, 幸書房, B6判, 225頁, 1,890円, ISBN978-4782103142
澤辺 智雄, 日本微生物生態学会誌, 23, 2, 75, 75, 2008年
日本微生物生態学会, 日本語 - 10-199 培養併用in situ蛍光ハイブリダイゼーション法によるCampylobacter jejuni及びCampylobacter coliの迅速検出(環境衛生,研究発表)
澤辺 智雄, 吉澤 愛, 澤辺 桃子, 大坪 雅史, 伊藤 武, 日本微生物生態学会講演要旨集, 24, 158, 158, 2008年
日本微生物生態学会, 日本語 - Specific detection of Listeria spp. using fluorescent in situ hybridization in combination with filter cultivation (FISHFC)
Yamazaki, K, Fuchizawa, I, Kawai, Y, Sawabe, T, Ootsubo, M, Proceedings of the United States – Japan Cooperative Program in Natural Resources (UJNR) Food and Agriculture Panel 37th Annual Meeting, 60, 61, 2008年
英語, 記事・総説・解説・論説等（国際会議プロシーディングズ） - Real-time monitoring of microbes in aquatic environments and seafood
Tomoo Sawabe, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 73, 2, 290, 291, 2007年03月
日本語, その他 - PB-30 加熱損傷したEnterobacteriaceaeの培養併用FISH法による迅速検出(モニタリング,ポスターセッションB,ポスター発表)
大坪 雅史, 剣持 美帆, 宮原 則行, 山崎 浩司, 澤辺 智雄, 高橋 信行, 小高 秀正, 伊藤 武, 日本微生物生態学会講演要旨集, 23, 129, 129, 2007年
日本微生物生態学会, 日本語 - PB-23 培養併用蛍光インサイチューハイブリダイゼーション法による腸炎ビブリオの検出(モニタリング,ポスターセッションB,ポスター発表)
澤辺 智雄, 吉澤 愛, 大坪 雅史, 日本微生物生態学会講演要旨集, 23, 126, 126, 2007年
日本微生物生態学会, 日本語 - PB-24 培養併用蛍光インサイチューハイブリダイゼーション法による緑膿菌の迅速検出(モニタリング,ポスターセッションB,ポスター発表)
吉澤 愛, 大坪 雅史, 澤辺 智雄, 日本微生物生態学会講演要旨集, 23, 126, 126, 2007年
日本微生物生態学会, 日本語 - 南極舟底池および子鉢池における真核微生物群集
三宅絵理, 澤辺智雄, 大内真理子, 堀口健雄, 松崎雅広, 伊村智, 極域気水圏シンポジウムプログラム・講演要旨, 29th, 132, 2006年11月
日本語 - PB-63 Vibrio harveyiの定量的real-time PCR法の開発(水圏生態系,ポスターセッションB,(1)ポスター発表会,研究発表会)
福井 洋平, 澤辺 智雄, 田島 研一, 日本微生物生態学会講演要旨集, 22, 181, 181, 2006年
日本微生物生態学会, 日本語 - PB-64 アワビ種苗生産施設周辺環境におけるアワビ病原性Vibrio harveyiの分布(水圏生態系,ポスターセッションB,(1)ポスター発表会,研究発表会)
福井 洋平, 澤辺 智雄, 田島 研一, 日本微生物生態学会講演要旨集, 22, 182, 182, 2006年
日本微生物生態学会, 日本語 - C-10 腸内細菌科細菌の迅速計数をモデルとした培養併用FISH法の食品検査への適応範囲(食品衛生,口頭発表)
大坪 雅史, 剣持 美帆, 宮原 則行, 清水 健志, 澤辺 智雄, 山崎 浩司, 日本微生物生態学会講演要旨集, 21, 254, 254, 2005年
日本微生物生態学会, 日本語 - PA-42 ビブリオ科細菌におけるコレラ菌および腸炎ビブリオの毒素遺伝子の分布(環境衛生,ポスターセッションA,ポスター発表)
齊藤 祐樹, 澤辺 智雄, 田島 研一, 日本微生物生態学会講演要旨集, 21, 88, 88, 2005年
日本微生物生態学会, 日本語 - PB-44 グリセロアルデヒド3リン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子に基づくビブリオ科細菌の分子系統(分類/系統解析,ポスターセッションB,ポスター発表)
澤辺 智雄, 齊藤 祐樹, 小泉 真一, 田島 研一, 日本微生物生態学会講演要旨集, 21, 164, 164, 2005年
日本微生物生態学会, 日本語 - アワビ消化管から分離されたVibrio halioticoli類縁種の遺伝的多様性を反映する遺伝子
沢辺智雄, 森脇潤, 田島研一, 絵面良男, 日本水産学会大会講演要旨集, 2004, 2004年 - 29-B-03 培養併用FISH法による食品および環境からの腸内細菌科細菌の迅速定量(食品衛生,一般講演)
大坪 雅史, 澤辺 智雄, 田島 研一, 日本微生物生態学会講演要旨集, 19, 136, 136, 2003年
日本微生物生態学会, 日本語 - アワビ消化管内から分離された新規海洋細菌の分類
林香倫, 森脇潤, 沢辺智雄, 田島研一, 絵面良男, 日本水産学会大会講演要旨集, 2003, 2003年 - アワビ消化管から分離されたVibrio halioticoliおよびその類似菌の16S rDNAとgap遺伝子に基づく系統解析
森脇潤, 沢辺智雄, 田島研一, 絵面良男, 日本水産学会北海道支部大会講演要旨集, 2002, 2002年 - Distribution of Vibrio halioticoli around an Abalone-farming Center in Japan
Reiji Tanaka, Tomoo Sawabe, Mamoru Yoshimizu, Yoshio Ezura, Microbes and Environments, 17, 1, 6, 9, 2002年
英語 - Purification of A Virus-like Particle Causing Growth Suppression of Alexandrium catenella
Onji Masashi, Sawabe Tomoo, Ezura Yoshio, 北海道大学水産科学研究彙報, 52, 3, 135, 138, 2001年12月
北海道大学, 英語 - Retrieval of the species Alteromonas tetraodonis Simidu et al. 1990 as Pseudoalteromonas tetraodonis comb. nov and emendation of description
EP Ivanova, LA Romanenko, MH Matte, GR Matte, AM Lysenko, U Simidu, K Kita-Tsukamoto, T Sawabe, MV Vysotskii, GM Frolova, Mikhailov, V, R Christen, RR Colwell, INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 51, 1071, 1078, 2001年05月
英語 - Shewanella japonica sp nov.
EP Ivanova, T Sawabe, NM Gorshkova, Svetashev, VI, VV Mikhailov, DV Nicolau, R Christen, INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 51, 1027, 1033, 2001年05月
英語 - Identification of Vibrio halioticoli using 16s rDNA PCR/RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis
Reiji Tanaka, Tomoo Sawabe, Kenichi Tajima, Johan Vandenberghe, Yoshio Ezura, Fisheries Science, 67, 1, 185, 187, 2001年02月
英語 - An Evaluation of Viable Staining Dyes Suitable for Marine Phytoplankton
Onji Masashi, Sawabe Tomoo, Ezura Yoshio, 北海道大學水産學部研究彙報, 51, 3, 153, 157, 2000年12月
北海道大学, 英語 - Properties of novel alginolytic marine bacteria and their applications for fisheries science
T Sawabe, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 66, 4, 615, 618, 2000年07月
日本語, 書評論文,書評,文献紹介等 - アルギン酸分解性海洋細菌とその応用に関する研究
澤辺 智雄, 絵面 良男, Tomoo Sawabe, 日本水産学会誌 = Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries, 66, 3, 368, 368, 2000年05月15日
日本語 - C-115 異体類の腸内細菌叢と抗ウイルス活性を有する細菌の分離(水圏生態系-4、水処理生態系-3,ポスター発表)
吉水 守, 葛西 砂織, 澤辺 智雄, 絵面 良男, 日本微生物生態学会講演要旨集, 16, 107, 107, 2000年
日本微生物生態学会, 日本語 - C-214 各種海産無脊椎動物消化管でのVibrio halioticoliの分布(土壌生態系-4、消化管生態系,ポスター発表)
澤辺 智雄, 瀬戸口 央, 田中 礼士, 吉水 守, 絵面 良男, 日本微生物生態学会講演要旨集, 16, 150, 150, 2000年
日本微生物生態学会, 日本語 - 海産無脊椎動物の消化管内細菌とその機能--アワビとVibrio halioticoliの事例を中心として (総特集 海洋微生物) -- (5章 海洋微生物と相互作用)
澤辺 智雄, 号外海洋, 23, 219, 226, 2000年
海洋出版, 日本語 - In situ polymerase chain reaction visualization of Vibrio halioticoli using alginate lyase gene AlyVG2
Sugimura, I, T Sawabe, Y Ezura, MARINE BIOTECHNOLOGY, 2, 1, 74, 79, 2000年01月
英語 - Cloning and sequence analysis of Vibrio halioticoli genes encoding three types of polyguluronate lyase
Sugimura, I, T Sawabe, Y Ezura, MARINE BIOTECHNOLOGY, 2, 1, 65, 73, 2000年01月
英語 - Assignment of Alteromonas elyakovii KMM 162(T) and five strains isolated from spot-wounded fronds of Laminaria japonica to Pseudoalteromonas elyakovii comb. nov and the extended description of the species
T Sawabe, R Tanaka, MM Iqbal, K Tajima, Y Ezura, EP Ivanova, R Christen, INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 50, 265, 271, 2000年01月
英語 - Bacillus horti sp. nov., a new Gram-negative alkaliphilic bacillus (vol 48, pg 565, 1998)
Yumoto, I, K Yamazaki, T Sawabe, K Nakano, K Kawasaki, Y Ezura, H Shinano, INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY, 49, 1951, 1951, 1999年10月
英語, その他 - 下北半島沿岸域の細菌相調査
小幡 智美, 澤辺 智雄, 田中 礼士, 谷内 喜一, 生地 暢, 田島 研一, 絵面 良男, 北海道大學水産學部研究彙報, 50, 2, 115, 122, 1999年08月
北海道大学, 日本語 - ハナサキガニ幼生の大量死に関する細菌学的研究 : 原因菌の性状と病原性
渡辺 研一, 吉水 守, 尾花 博幸, 鎌田 研一, 杉澤 輝文, 澤辺 智雄, 絵面 良男, 北海道大學水産學部研究彙報, 50, 1, 19, 32, 1999年03月
北海道大学, 日本語 - 323 疎水クラスター分析によるアルギン酸リアーゼの分類
Kraiwattanapong Jintana, 大井 俊彦, 木下 晋一, 澤辺 智雄, 絵面 良男, 日本生物工学会大会講演要旨集, 11, 38, 38, 1999年
日本生物工学会, 日本語 - Pseudoalteromonas bacteriolytica sp. nov., a marine bacterium that is the causative agent of red spot disease of Laminaria japonica
澤辺 智雄, Makino H., Tatsumi M., Nakano K., Tajima K., Iqbal MM, Yumoto I., Ezura Y., Christen R., International Journal of Systematic Bacteriology, 48, 48, 769, 774, 1998年11月
An aerobic, polarly flagellated marine bacterium that produces a prodigiosin-like pigment was isolated from the red-spotted culture beds of Laminaria japonica. Five isolates had unique bacteriolytic activity for both Gram-positive and -negative bacteria, which had never been observed among Alteromonas or related species. The isolates were identified as the causative agent of red spot disease of L. japonica seeds. The phenotypic features of the isolates were similar to these of Pseudoalteromonas rubra ATCC 29570T, but they could be differentiated using 10 traits (growth at 37 degrees C, requirement for organic growth factors, bacteriolytic activity, utilization of sucrose, N- acetylglucosamine, fumarate, succinate, D-galactose, L-proline and acetate). The G+C content of DNAs from the isolates was 44-46 mol%. The isolates constitute a new species, distinct from the other Alteromonas and Pseudoalteromonas species, as shown by DNA-DNA hybridization experiments and phylogenetic clustering of 16S rRNA gene sequences, for which the name Pseudoalteromonas bacteriolytica sp. nov. (type strain = IAM 14595T) is proposed. A set of phenotypic features which differentiate this new species from closely related Pseudoalteromonas and Alteromonas species is provided., International Union of Microbiological Societies, 英語 - Vibrio halioticoli sp. nov., a non-motile alginolytic marine bacterium isolated from the gut of the abalone Haliotis discus hannai
SAWABE T., International Journal of Systematic Bacteriology, 48, 573, 580, 1998年05月
Six alginolytic, facultatively anaerobic, non-motile marine bacteria were isolated from the gut of abalone Haliotis discus hannai. DNA-DNA hybridization data showed that the six strains constituted a single genospecies. Phylogenetic analyses of 16S rDNA sequences indicated that the isolates should be assigned to the genus Vibrio. The phenotypic features of the isolates were closely related to Vibrio fischeri and Vibrio pelagius biovar I, but 13 traits (motility, luminescence, alginase production, lipase production, lysine decarboxylase, indole production, growth in 1 and 6% NaCl and assimilation of five carbon compounds) distinguished these strains from V. fischeri, and 17 traits (motility, growth at 37 degrees C, lipase production, indole production, growth in 1 and 6% NaCl, acid from sucrose and D-sorbitol, and assimilation of nine carbon compounds) distinguished these strains from V. pelagius. The G + C content of the isolates was 41.6-43.1 mol%. According to DNA-DNA hybridization data and 16S rDNA phylogenetic analyses, it was concluded that the six isolates constitute a new species different from any other Vibrio species. The name Vibrio halioticoli sp. nov. (type strain IAM 14596T) is proposed. A set of phenotypic features which enables differentiation of the new species from other species of the Vibrionaceae family is described., International Union of Microbiological Societies, 英語 - Vibrio halioticoli sp. nov., a non-motile alginolytic marine bacterium isolated from the gut of the abalone Haliotis discus hannai
T Sawabe, Sugimura, I, M Ohtsuka, K Nakano, K Tajima, Y Ezura, R Christen, INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY, 48, 573, 580, 1998年04月
英語 - 海産食藻動物消化管由来Vibrio属細菌のin situ PCR法による検出--生態解明への応用の可能性 (総特集 バイオマ-カ-による海洋微生物群集の解析)
沢辺 智雄, 杉村 逸郎, 絵面 良男, 海洋, 29, 12, 732, 737, 1997年12月
海洋出版, 日本語 - Novel alginate lyases from marine bacterium Alteromonas sp. strain H-4
T Sawabe, M Ohtsuka, Y Ezura, CARBOHYDRATE RESEARCH, 304, 1, 69, 76, 1997年10月
英語 - 4つの新アルギン酸リアーゼの疎水クラスター解析による分類
クライワタナポン ジンタナ, 大井 俊彦, 木下 晋一, 杉村 逸郎, 澤辺 智雄, 絵面 良男, 日本生物工学会大会講演要旨集, 9, 8, 8, 1997年
日本生物工学会, 英語 - Regeneration from Laminaria japonica Areschoug (Laminariales, Phaeophyceae) protoplasts isolated with bacterial alginase
T Sawabe, Y Ezura, PLANT CELL REPORTS, 15, 12, 892, 895, 1996年09月
英語 - 細菌由来アルギナーゼを用いて単離したプロトプラストの再生
プラントセルリポート, 15, 892, 1996年 - ALGINATE DEGRADATION BY BACTERIA ISOLATED FROM THE GUT OF SEA-URCHINS AND ABALONES
T SAWABE, Y ODA, Y SHIOMI, Y EZURA, MICROBIAL ECOLOGY, 30, 2, 193, 202, 1995年09月
英語 - 赤潮藻類Gymnodinium mikimotoiの増殖に及ぼす田辺湾分離細菌の影響
北海道大学水産研究彙報, 46, 2, 39, 46, 1995年 - ウニ、アワビ消化管から分離した細菌のアルギン酸分解性
30, 193, 202, 1995年 - Effect of marine bactera isolated from Tanabe Bay on the growth of marine red tide dinoflagellate,Gymnodinium mikimotoi
46, 2, 39, 46, 1995年 - 349 海洋細菌Alteromonas sp.H-4株の産生する菌体外アルギン酸リアーゼの基質特異性
澤辺 智雄, 小田 恭弘, 絵面 良男, 日本生物工学会大会講演要旨集, 6, 93, 93, 1994年
日本生物工学会, 日本語 - APPLICATION OF AN ALGINATE LYASE FROM ALTEROMONAS SP FOR ISOLATION OF PROTOPLASTS FROM A BROWN-ALGAE LAMINARIA-JAPONICA
T SAWABE, Y EZURA, T KIMURA, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 59, 4, 705, 709, 1993年04月
英語 - マコンブプロトプラストの単離への┣DBAlteromonas(/)-┫DB sp産生アルギン酸リアーゼの利用
Tomoo Sawabe, Yoshio Ezura, Takahisa Kimura, 日本水産学会誌, 59, 4, 705, 709, 1993年
英語 - PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF AN ALGINATE LYASE FROM MARINE ALTEROMONAS-SP
T SAWABE, Y EZURA, T KIMURA, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 58, 3, 521, 527, 1992年03月
英語 - 海洋性┣DBAlteromonas(/)-┫DB sp.の産生するアルギン酸リアーゼの精製と性質
澤辺 智雄, 絵面 良男, 木村 喬久, 日本水産学会誌, 58, 3, 521, 527, 1992年 - リシリコンブ穴あき病葉体から分離されたアルギン酸分解菌の性状
日本水産学会誌, 58,141-145, 1992年 - CHARACTERIZATION OF AN ALGINOLYTIC MARINE BACTERIUM FROM DECAYING RISHIRI-KOMBU LAMINARIA-JAPONICA VAR OCHOTENSIS
T SAWABE, Y EZURA, T KIMURA, NIPPON SUISAN GAKKAISHI, 58, 1, 141, 145, 1992年01月
英語
書籍等出版物
- 水圏微生物学の基礎
濵﨑 恒二, 木暮 一啓, 澤 辺智雄, 澤辺 桃子, 鈴木 聡, 砂村 倫成, 永田 俊, 春田 伸, 福田 秀樹, 美野 さやか, 和田 実, 濵﨑 恒二, 木暮 一啓
恒星社厚生閣, 2015年09月25日, 4769915683, 280, ［共著］
- The Prokaryotes 4th edition
B. Gomez-Gil, C.C. Thompson, Y. Matsumura, T. Sawabe, T. Iida, R. Christen, F.T. Thompson, T. Sawabe, Family Vibrionaceae
Springer, 2014年, ［分担執筆］ - 海藻バイオ燃料
澤辺 智雄, マリンビブリオを活用した海藻からのエタノール生産
CMC出版, 2011年, ［分担執筆］ - The Biology of Vibrios
澤辺 智雄, The mutual partnership between Vibrio halioticoli and abalones
ASM Press, 2006年, ［分担執筆］ - The biology of vibrios
Thompson, Fabiano Lopes, Austin, B. (Brian), Swings, J. G., American Society for Microbiology
ASM Press, 2006年, 1555813658, xiii, 423 p., 英語
共同研究・競争的資金等の研究課題
- 海洋バイオ水素生成技術の革新に向けたマリンビブリオの分子育種基盤の構築
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2019年04月01日 - 2023年03月31日
澤辺 智雄, 美野 さやか
化石燃料代替エネルギー生産技術開発は，学術的・社会的要請が高い地球規模課題である。海洋バイオマスのエネルギー変換技術の開発もその一つであるが，アルギン酸などの難燃料化成分が多く，その完全変換にはさらなる技術革新が必要である。我々が見いだした新規マリンビブリオは，Hyf複合体を核とするギ酸水素リアーゼ（FHL）複合体を介した独特の水素代謝を示し，海藻由来の種々の糖を水素化する。しかし，マリンビブリオ触媒の水素生成能を高める分子育種基盤の構築は発展途上であり，海洋バイオ水素生産性向上のボトルネックでもある。Hyf複合体の分子レベルで特徴を理解するためには，マリンビブリオは恰好の生物材料であるため，本研究では，マリンビブリオが有する活性型Hyf複合体の特徴を理解し，多彩な海洋バイオマスからのより効率的な水素生成が可能な海洋微生物触媒の構築にフィードバックさせる知見を得ることを目的に研究を進めた。その結果以下の成果を得た。
①バイオ水素生成マリンビブリオ全種の完全ゲノムの取得
水素生成能が観察されているほぼ全種を含む17種のビブリオ科細菌の完全ゲノムを取得した。遺伝子構造に基づき，主に3タイプに分かれることを明らかにした。
②水素生成マリンビブリオ触媒の能力比較
上記17種のうち，水素生成が確認できる12種について，グルコースを基質とした場合の水素生成プロファイルを調べたところ，ギ酸の再取り込み量が水素生成と相関することを明らかにした。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 19H03041 - マナマコの資源増産に向けたパイオニア微生物資源の獲得と利用
科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽)
2019年06月28日 - 2021年03月31日
澤辺 智雄, 美野 さやか
生物は絶えず環境の微生物から接触を受け，その親和性の時間軸の長さに応じて，共生や寄生といった宿主－微生物間相互作用にまで，その関係性は緊密化する。宿主―微生物間の相互作用は，生物が誕生した時から開始され，“パイオニア微生物”と呼ばれる微生物がその役割を担うが，生物進化上重要性の高い海洋無脊椎動物由来のパイオニア微生物探査は未知の研究領域である。パイオニア微生物は，宿主が生まれて初めて自身の上皮組織に定着し，細胞あるいは分子レベルで刺激しあい，成長や免疫系の成熟に寄与し，健全性の基盤を築くものと考えられている。本研究では，知見が少ない海洋動物のパイオニア微生物研究の創生を目的とした。目的の達成に向け，マナマコをモデルとした海洋無脊椎動物の宿主の生理状態とそれに付随する微生物群の構造機能のダイナミックな変化を明らかにするため，以下の研究を随時進展させる。1)マナマコ・ホロビオントの全容解明とパイオニア微生物の発掘、2) 易培養性パイオニア微生物とそのゲノム情報コレクションの整備、3) 難培養性パイオニア微生物の取得、4）パイオニア微生物の宿主への影響把握
本年度は，この中で， 1)マナマコ・ホロビオントの全容解明とパイオニア微生物の発掘，および2) 易培養性パイオニア微生物とそのゲノム情報コレクションの整備，を進めた。その結果，受精卵から着底幼生にいたる6つの成長段階の遺伝子情報を取得し，ある時期から菌叢が変化し始めることが示唆された。また，約250株の易培養株を単離し，これらは約30属40種以上から構成されていた。さらに，ナマコ株の比較のため，ウニの培養株の取得も進め，MALDI-TOF-MASSデータベースの整備を開始した。
日本学術振興会, 挑戦的研究(萌芽), 北海道大学, 19K22262 - 海洋バイオ水素生成技術の革新に向けたマリンビブリオの分子育種基盤の創成
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2016年04月01日 - 2020年03月31日
澤辺 智雄, 美野 さやか
水素社会の形成に向けて水素生成技術基盤の強固化が求められている。研究代表者が見いだした新規マリンビブリオは，海藻に含まれるユニークな炭水化物群を効率よく水素化するため，日本発の海洋生物資源を活用した水素生産技術となり得る。しかし，海洋微生物
を活用したバイオ水素変換技術の基盤，特にマリンビブリオの水素生成能を高める分子育種技術は未成熟であり，水素生産性の向上にはボトルネックとなっている。そこで，本研究では，水素生成能の高いマンビブリオが有する水素生成分子マシナリーの細胞生理学的
特性と遺伝子発現制御の解明および分子育種の進展を目的とした。特に，本年度は，Vibrio tritonius のHyfの特性の解明とアルギン酸から水素を生成可能な新規ビブリオの比較ゲノム解析を進め以下の結果を得た。
1.V.tritonius AM2T株の種々のNaCl濃度下における水素生成キネティクスを測定し，0.5%から1.0% NaCl存在下で水素生成能は高いものの，海水存在下において水素生成が可能である細菌であるとの特徴付けを行った。
2.アルギン酸から水素を生成するV. aphrogenesでは，アルギン酸を基質とした場合の水素生成モル収率がD-グルコースを基質とした場合のそれとほぼ同程度であることを明らかにした。
3. V. ahrogenesと単系統性が強く示唆される全6種の完全ゲノムを取得し，比較ゲノムを行い，アルギン酸から水素を生成する代謝系に関連する遺伝子を保有しているのは，V. aphrogenesのみであることを明らかにした。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 16H04976 - 海藻バイオマスの効果的物質変換に資するマリンビブリオ触媒の一貫バイオプロセス化
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
2016年04月01日 - 2018年03月31日
澤辺 智雄, 美野 さやか
より効率的に海藻原料をバイオ燃料へと生物変換するために，多彩な糖質で構成される海洋バイオマスの効率的利用に適応可能な複数基質の糖化と発酵を統合（一貫バイオプロセス（CBP）化）した生物触媒の開発を行い，①アルギン酸分解性マリンビブリオを核としてポリウロン酸，糖アルコール，グルカンを利用可能な海洋細菌触媒および②増殖能が高いマリンビブリオを核としてガラクトースからもエタノール生産性の高い株を得た。
日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 16K14978 - バイオ燃料生産性を飛躍させる光エネルギー駆動型マリンビブリオファクトリーの創成
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
2014年04月01日 - 2016年03月31日
澤辺 智雄, 細川 雅史
より効率的に海藻原料をバイオ燃料へと生物変換するために，「光エネルギー」を効果的に利用する生物触媒の開発を目的として，①Nonlabens sediminisが有するプロテオロドプシン遺伝子の発現、②新規カロテノイド生合成遺伝子群の収集とクローニングを行った。また，マリンビブリオで適応可能な効率な遺伝子改変システムの開発に向け，マリンビブリオにおけるCRISPR/Casシステムの特徴を調べた。
日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 26660168 - マリンビブリオを核とした海洋バイオ水素生産技術のビッグバン
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2013年04月01日 - 2016年03月31日
澤辺 智雄, 細川 雅史, 中川 聡
高い水素生成能を有するマリンビブリオを生物触媒として，①連続的かつ安定的なバイオ水素生産を達成するための連続培養系の構築，および②発酵残滓の高付加価値化を検討し，①マンニトールを基質として70日間にわたり連続的に水素の生成が可能な培養系の構築，②2種類のマリンビブリオ生物触媒を利用した，アルギン酸‐水素生成システムの構築，および③種々の新規・希少カロテノイド生合成遺伝子資源の獲得に成功した。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 25292122 - バイオマス燃料生産に適する最少遺伝子セットを持つマリンビブリオセルの創成
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
2011年 - 2013年
澤辺 智雄, 細川 雅史, 中川 聡
再生可能な新エネルギーの開発に向けて、海洋バイオマス由来のバイオ燃料の開発は技術基盤の成熟が待たれている。本研究では、海藻糖質を基質にバイオエタノール生産能を示すマリンビブリオに着目し、トランスクリプトーム、代謝産物解析、および合成生物学的代謝改変技術を導入し、バイオマス燃料生産に適する最少の遺伝子セットを持つビブリオセルの創成を行った。
日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 23658172 - 深海生物が身にまとう磁性硫化ナノメタル:金属濃縮機構の網羅解析
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
2011年 - 2012年
中川 聡, 高井 研, 澤辺 智雄, 鈴木 庸平
本研究は、インド洋の深海底熱水活動域に棲息する固有巻貝とその共生微生物の環境応答機構や生物間相互作用を発現遺伝子およびタンパク質の両レベルで網羅的に解明することを目的としている。これまでの研究において、共生微生物およびホスト生物の両者について、次世代シーケンサーを用いたメタトランスクリプトーム解析を行ない、それらの環境応答機構をmRNAレベルで網羅的に解析することに成功した。
日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 23658154 - マリンビブリオを活用した海藻糖質のバイオエタノール変換技術プラットフォームの構築
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2009年 - 2012年
澤辺 智雄, 尾島 孝男, 中川 聡
再生可能な新エネルギーの開発に向けて、海洋バイオマス由来のバイオ燃料の開発は技術基盤の成熟が待たれている。本研究では、海藻糖質を基質にバイオエタノール生産能を示す2種類のマリンビブリオに着目し、これら海洋細菌が有する海藻糖質の発酵代謝系の再構成、各酵素遺伝子の機能解析及びそれら遺伝子群の網羅的解析を実行し、マリンビブリオを活用した海藻糖質のバイオエタノール変換技術プラットフォームの構築を進めた。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 21380129 - 深海底熱水活動域における化学合成微生物の共生機構を分子的に理解する
科学研究費助成事業 若手研究(A)
2008年 - 2010年
中川 聡, 高井 研, 牧田 寛子, 澤辺 智雄
本研究は、深海底熱水孔環境において共生関係にある微生物-大型生物の相互作用・相互認識機構を分子レベルで解明することを目的としている。特に生物間の相互認識に関わる生体分子「糖鎖」に注目し研究を進めてきた。これまでの研究において、深海底熱水孔環境に生息する共生微生物およびそのホスト生物の両者について、糖鎖の発現解析・プロファイリング・構造解析を行い、両者の相互認識・相互作用に寄与する可能性の高い特異な新奇糖鎖を見いだすことに成功した。
日本学術振興会, 若手研究(A), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 20687003 - アワビの海藻多糖代謝機構の解明
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2007年 - 2010年
尾島 孝男, 井上 晶, 田中 啓之, 澤辺 智雄
アワビやアメフラシなどの食藻性腹足類は、アルギン酸やラミラナン、マンナン、キシラン、セルロースなどの海藻多糖を特異的に分解する酵素をもつ。これらの酵素によって分解された海藻多糖は、腹足類の解糖系やTCA回路により代謝される。本研究では、腹足類の海藻多糖代謝機構に関する理解を深めるために、消化液に含まれる一連の多糖代謝系酵素、特にアルギン酸、ラミナラン、マンナンの分解に関連する酵素の性状を解析した。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 19380117 - 安全で安心な牡蠣の周年出荷に向けた研究
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2005年 - 2008年
吉水 守, 田島 研一, 西澤 豊彦, 澤辺 智雄, 笠井 久会
20℃以上に調温した0.3mg/Lの塩素を含む電解海水あるいは中圧紫外線処理海水を用い、V. alginolyticus優勢キートセロスを給餌しながら浄化すれば、カキが痩せることなく、大腸菌、ノロウイルスおよびV. parahaemolyticusを排除できると考えられる。さらに安全性を確保するために2,000気圧の高静水圧をかけて脱殻を行えば、安全性はより向上する。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 17380110 - 大河川の影響を受ける亜寒帯沿岸域における基礎生産過程のダイナミクス
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2003年 - 2005年
工藤 勲, 門谷 茂, 齋藤 誠一, 澤辺 智雄
わが国を代表する一級河川である十勝川とその流入する十勝河口域から沿岸域にかけて基礎生産過程の理解に必要な化学成分、生物化学パラメータの測定を行った。研究期間中に得られた知見は以下のとおりである。
1.十勝川の水量は、4月から雪解けによる増水期を迎え、通常時の10倍程度増加した。この高い水量は、6月下旬まで継続した。河川水中には、植物プランクトンの増殖に必須の窒素、珪素、鉄等の栄養塩を豊富に含んでいた。上流から下流および支流の水質解析より、この栄養塩の起源として、森林、農業・酪農、都市排水などが考えられた。
2.沿岸醐の調査から十勝川の影響が、河口から10km四方、深度20m程度まで確認された。河口に近接した地点では塩分の低下に伴う栄養塩の増加が確認された。十勝川から沿岸域に一年間でもたらされる窒素態栄養塩の総量は、7.83x10^8molと見積もられた。この窒素量は、植物プランクトンの炭素生産量(基礎生産量)に換算して62,000トンであり、これは十勝川の影響を受けている沿岸域における基礎生産量を上回る量である。つまり、この海域における基礎生産量は、河川からの栄養塩によって主に支えられていること、さらに栄養塩の循環過程を経ることにより、より広範囲の海域における基礎生産過程に大きな影響を与えていることが明らかになった。
3.基礎生産の行方の一つとして近年注目されている微生物ループについて、従属栄養バクテリアは、河口域で豊富に存在していた。これは従属栄養バクテリアの成長に必要な溶存有機物が河川を通じて海域に供給されているためと考えられた。また、従属栄養バクテリアの死亡要因としてウイルスによる溶菌が8割以上を占めていることが明らかになった。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 15310019 - 牡蠣の小型球形ウイルス(SRSV)浄化法に関する研究
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2002年 - 2004年
吉水 守, 田島 研一, 西澤 豊彦, 澤辺 智雄
牡蠣の汚染による衛生上の問題に関しては、腸チフス等18世紀から報告があり、我が国でも1924年熊本県不知火での規模な腸チフスの発生が知られている。1950年に『食品衛生検査指針』により貝類の衛生基準が定められた。牡蠣は1日当たり2トンもの海水を吸入し、餌料生物を接種し、同時に細菌やウイルスを濃縮する。しかし清浄海水で飼育すると蓄積した細菌やウイルスを放出する。いかにして、清浄海水を確保するかに関しては、坂井(1953,1954)、河端(1953)の研究により、現在の浄化法の基礎が築かれ、広島・宮城県から全国に普及していった。
平成9年5月31日付けの食品衛生法の一部改正により、食中毒原因物質として新たに小型球形ウイルスとその他のウイルスが追加された。小型球形ウイルス(SRSV;現在、ノロウイルス)は電子顕微鏡像での形態が類似する直径27〜38nの球形ウイルスの総称であり、1972年に米国オハイオ州で起きた非細菌性集団胃腸炎の患者糞便より発見されたNorwalkウイルスがその原型である。ノロウイルスは培養細胞や実験動物を使用して増殖させることが困難であり、現在行われている紫外線やオゾンを用いた循環型浄化装置では、ウイルスが不活化されていてもRT-PCR法では陽性となり、製品の出荷ができない。本研究は、牡蛎のノロウイルス浄化法を培養可能なネコカリシウイルスを代替えウイルスとして検討したものであり、得られた成果は以下のとおりである。1.電解海水を用いることにより牡蠣の大腸菌浄化が可能であることを示した。2.ネコカリシウイルス(FCV)を用いた場合、FCVは紫外線に抵抗性を示したが、海水電解水に高い感受性を示した。3.FCVは高水温下で不安定であったが、低水温下では安定であった。3.FCVは半数以上の牡蠣の消化管内容物で不活化された。4.FCVは牡蠣の脱殻条件、40℃・800気圧で90%以上不活化された。これらを組み合わせることによりカキのノロウイルス浄化は可能となると考えられる。今後はノロウイルスの感染性を評価する系を作る必要性があると改めて認識された。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 14360102 - 漁獲から加工場に至る水産物のHACCP対応用海水殺菌装置の開発
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2001年 - 2004年
吉水 守, 澤辺 智雄, 上西 敏夫, 絵面 良男
PL法の施行に伴う製造者責任の明確化や、HACCP方式による衛生管理が世界的なスタンダードになりつつあるなど、近年食品産業全体を取り巻く環境は急速に変化し、「品質・安全」に対する取り組みは各分野でますます強化されている。現代社会における水産物の取り扱いは、大量生産、大量流通、大量消費を特徴とし、食中毒など人間に及ぼす危害は、ほんの僅かな過失であってもその規模は著しく拡大する恐れがある。また、流通経路が複雑なために、原因の特定が困難を極め、その間消費者の不安が増幅し、風評被害によりその影響が関連産業全体におよぶ恐れがあるなど、その対策に当たっては、業界や地域全体の取り組みなくしては、万全を期すことは困難である。
水産加工場ではHACCP対応に向けた施設の改善が進んでいるが、水産物の漁獲から加工に至るまでの過程は、対策が不十分である。刺身や寿司といった生・非加熱で食べる食材としての魚を地面に置くことに、何の違和感をも抱かない現状を考えると、産地における衛生意識の啓蒙と一貫した品質管理について緊急に取り組む必要があると考える。特に、加工場に搬入されるまでの、漁獲-漁港-産地市場での衛生的な取り扱いが重要であり、漁船の船体洗浄や船倉に入れる海水、漁港で用いる海水、産地市場で使用する海水の衛生管理が重要な課題と考える。
魚介類の飼育用水および飼育排水の効果的な殺菌法とその装置の開発を行い、海水を直接電気分解する装置の導入により大量の海水を有効にかつ安価に殺菌できることを明らかにした。漁獲から産地市場までの衛生管理を目的に、試験的に海水電気分解装置を漁船、漁港および産地市場に導入し、殺菌効果に関する基礎的知見の集積を行い装置の開発を行った。漁獲物の衛生管理を行うに際し、漁船の船倉に低温の殺菌海水を入れておくことは極めて有効な手法だった。また、電解海水は漁港の岸壁あるいは選別台や魚を入れるパレット、魚箱を洗浄する海水にも適していた。さらに産地市場の床や魚を載せる台あるいはパレットの洗浄にも有効であり、海水電解装置は漁港内の海水を殺菌するに十分な効果を示し、洗浄・除菌効果が実証された。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 13556027 - 水圏生物におけるD型リン脂質の分析法,分布および生理機能
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2001年 - 2003年
板橋 豊, 安藤 靖浩, 澤辺 智雄
本研究では非天然型の構造を有するグリセロ脂質(リン脂質,糖脂質,トリアシルグリセロール)海洋生物における分布,生合成,生物機能を解明することを目的として行われたものである。得られた成果は以下のように要約される。
(1)非天然型グリセロ脂質を分析するためのキラルHPLC,逆相HPLC及びHPLC/質量分析法(ESI/MS)を確立した。
(2)海洋細菌と好熱性細菌を含む約70種の細菌のリン脂質を本研究で開発した方法を用いて分析した結果,約70%の菌株から,非天然型(R, R)配置の構造を有するホスファチジルグリセロール(PG)が検出され(総PG中1〜15%の割合で存在),R, R型PGが細菌に広く分布することが明らかとなった。
(3)非天然型PGの立体構造に及ぼす培養温度の影響を検討した結果,温度の上昇につれて,R, R型PGの割合は著しく増加することを突き止めた。このことから,細菌はPGの脂肪酸組成ばかりでなく,PGの立体構造をも変えて環境の変化に適応していることが明確となった。
(4)PG異性体の合成に関わる酵素(ホスホリパーゼD)の立体特異性を明らかにした。
(5)逆相HPLC/ESI-MSを駆使して,グリセロ脂質海中の位置異性体を詳細に検討した結果,海藻(オゴノリなどの紅藻)のグリセロ糖脂質(モノガラクトシルジアシルグリセロール,MGDG)中に,アシル基の結合位置の逆転した異性体(reverse isomers)の存在することを初めて見出した。このことから,MGDGの前駆体である1,2-ジアシルグリセロールは2つの異なる経路で合成されることが明確となった。
(6)魚類や哺乳類のリン脂質からも正常な構造とは異なるreverse isomerが少量検出された。代謝異常や病気との関連性について言及した。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 13460088 - アワビ消化管内細菌叢の人工制御に関する研究
科学研究費助成事業 若手研究(B)
2001年 - 2002年
澤辺 智雄
本年度の成果は以下の通り。
1.アワビ消化管内細菌叢の抗生物質添加飼料を用いた人工的置換
Vibrio halioticoliは、ペニシリン系、セファロスポリン系、およびクロラムフェニコール(CP)に高い感受性を示した。この中で最小発育阻止濃度の低いベンジルペニシリン(PCG)とCPをそれぞれ0.5-50mg/50gおよび1.5-150mg/50g飼料となるように混合したアワビ配合飼料を1ヶ月間エゾアワビに給餌し、アワビ消化管からのV. halioticoliの除去を試みた。その結果、50mg PCGおよび150mg CP添加飼料給餌区でV. halioticoliの比率は30%から0.04%に減少し、総菌数は10^8cells/9(消化管)から2桁減少した。しかし、生菌数は減少せず10^6CFU/g(消化管)を維持していたが、飼育試験終了時にはPolaribacter sp.が優占し、細菌叢は変化した。次に、アワビ消化管内細菌叢の完全除去を目指し、PCG-CP添加飼料給餌区で残存したPolaribacter sp.に高い感受性を示すセフォタキシム(CTX)を添加したPCG-CP-CTX添加飼料を調製し、飼育試験を試みたが、総菌数および生菌数を著しく減少させる条件を見いだすまでには至らなかった。
2.緑色蛍光タンパク質(GFP)標識V. halioticoliにおけるGFP発現条件の検討
GFP標識V. halioticoli株について細胞単位でのGFP蛍光発現条件の至適化やGFP発現細胞の検出限界時間などを検討した。その結果、GFP発現細胞の比率は培養温度15℃で高く、また、嫌気培養条件(ガスパック法)下においては、好気条件下よりも比率は10%低下するものの、GFP発現細胞は観察された。さらに、15℃-好気条件下でGFPを発現させた細胞は、15-25℃下では滅菌海水中で4日以内までは正確に検出できた。このGFP標識株を用いたトレーサー実験が今後の課題となった。
日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 13760134 - ウニ病原細菌Flexibacter SP.の生存戦略に関する研究
科学研究費助成事業 基盤研究(C)
2000年 - 2002年
田島 研一, 澤辺 智雄
エゾバフンウニ斑点病原因菌Flexibacter sp.の低水温環境における生残性、VBNC状態にある本菌の検出法およびVBNC状態からの蘇生を検討した。得られた主なる成果は以下の通りである。
1.本病原因菌は、75%ASW中5℃で保持すると、約15日でコロニー形成能を消失した。この状態の菌体は、VBNC状態にあることが明らかになった。VBNC状態移行菌体は、短桿状または球状に近い形態を呈し、ウニに対する病原性は消失していた。
2.VBNC細胞を特異検出するためのプライマーセットを、16S rRNAの塩基配列から作成した。本プライマーセットは、原因菌およびそのVBNC細胞以外には増幅産物が見られなかったことから、原因菌の特異検出の可能性を示唆した。
3.VBNC状態からの蘇生を検討した。塩化第二鉄溶液を0.0017%(約60μM鉄濃度)の割合で加えた75%ASWの系とウニ成分を添加した75%ASWの系で5℃から25℃への温度のシフトアップにより蘇生がみられた。ウニ成分添加75%ASWの系では、鉄添加の系では鉄無添加の系でよりもより長いVBNC状態からの蘇生がみられた。蘇生細胞は、主なる性状、元株抗血清との凝集性、ウニに対する病原性、細胞形態などの点で元細胞と一致した性状を示した。
以上の結果から、本病原因菌は、低水温期にVBNC状態となりウニ個体表面などに付着して生残し、高水温期にVBNC状態から蘇生して、再び本病を発生せしめる可能性が強く示唆された。
日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 12660159 - アルギン酸オリゴ糖修飾による魚類筋原線維タンパク質の機能性改変
科学研究費助成事業 基盤研究(C)
2000年 - 2001年
佐伯 宏樹, 澤辺 智雄, 中村 宗一郎
魚類筋原線維タンパク質(Mf)分子中にメイラード反応を利用してアルギン酸オリゴ糖(AO:平均重合度6)を導入し,ネオグリコプロテインを調製した。そして,AO修飾によってMfの諸機能(低イオン強度溶媒に対する溶解性,熱安定性,乳化能,消化性)がどのように変化するか検討した。また,AO修飾したMfの食品衛生学的安全性について調査した。得られた結果を以下に示す。
(1)AO修飾によってMfの低イオン強度溶媒に対する溶解性は著しく向上し,0.05M-0.5Mの広範な塩濃度下では塩濃度に依存せずに溶解するようになった。
(2)AO修飾によってMfの熱安定性は飛躍的に改善された。すなわち,AO結合量が200μg/mgを越えると,Mfは80℃で2h加熱しても全く不溶化しなかった。なお,この熱安定性の改善はpH4.5<で確認できた。
(3)Mf-AOはAO結合量の増加に伴って優れた乳化活性、乳化安定性を呈し,その機能改変効果は加熱処理によっても損なわれなかった。
(4)水溶化,熱安定性,乳化能の改変が達成できたAO結合量の範囲では,Mfの消化性の低下は起こらなかった。
(5)レック・アッセイとエイムス・テストによってMf-AOの変異原性試験をおこなったところ,変異原性の存在は確認できなかった。さらにラットを用いた急性毒性試験では,Mf-AOに顕著な毒性は認められなかった。
以上,本研究の結果から,AO修飾が食品素材としての魚類筋肉タンパク質の機能を改変する極めて有効な手段であることが確認できた。
日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 12660182 - 海洋細菌の遺伝子産物大量発現系の開発
科学研究費助成事業 奨励研究(A)
1999年 - 2000年
澤辺 智雄
本年度は、海洋細菌由来のプラスミッドの探索とそれらのプラスミッドを用いた形質転換の可能性について検討し、以下の結果を得た。
1.海洋細菌由来新規プラスミッドベクターの探索
海水試料から分離した100株の海洋細菌からプラスミッド様核酸を保持するの菌株の探索を行い、5菌株がプラスミッド様核酸を有していた。前年度の成果により、3菌株のプラスミッド保持菌株を見いだしたが、本研究課題で計8菌株が得られた。これら8菌株のプラスミド様核酸に抗生物質耐性マーカー遺伝子が存在するか否かを調べるために、エレクトロポレーション法により、大腸菌JM109株の形質転換を試みた。その結果、OM918-2-6株およびH8株のプラスミッドが、大腸菌内で複製可能で、しかもアンピシリン耐性遺伝子がコードされている可能性が示唆された。
2.Pseudoalteromonas elyakoviiのアルギン酸分解酵素遺伝子を高発現する海洋細菌宿主の探索
P.elyakoviiからクローン化したアルギン酸分解酵素遺伝子alyPEECを挿入した3種類のプラスミッド(pTPB24、pTPB31、pCD11)を用い、2種のアルギン酸非分解性海洋細菌P.haloplanktis IAM12915^TおよびP.tetraodonis IAM14610^Tをエレクトロポレーション法により、形質転換することを試みたが、いずれのプラスミッドとも両海洋細菌で複製しえなかった。
本研究で見いだされたアンピシリン耐性プラスミッドの遺伝子地図の作成とこれらのプラスミッドを安定して保持、複製できる海洋細菌宿主の探索が急務となった。
日本学術振興会, 奨励研究(A), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 11760129 - 食藻動物消化管内細菌の栄養共生に関する研究
科学研究費補助金(基盤研究(B))
1997年 - 2000年
絵面 良男, 澤辺 智雄, 吉水 守, 田島 研一
海洋性食藻性動物とその消化管内細菌との栄養共生関係の解明を目指し、それら消化管内細菌の生理・生態学的意義の解明を試みた。得られた成果は以下の通りである。1.養殖エゾアワビの食性の変化と消化管内細菌叢の変化が密接に関連していることを明らかにした。特に、消化管内で優勢な非運動性アルギン酸分解性はVibrio属の新種であり、V.halioticoliと命名した。2.V.halioticoliを特異的に検出同定できる3種類の特異検出手法((1)16s rDNA制限酵素断片長多型(RFLP)解析、(2)コロニー交雑法、(3)in situ PCR)を開発した。3.前項の特異検出手法を利用し、1)本菌がアワビ養殖施設周辺の海水に分布し、餌料微細藻類に付着して稚アワビの消化管に取り込まれた後、餌料の変化に伴いアワビ消化管内が本菌の増殖しやすい環境に変化し、本菌が優勢となること、および2)日本沿岸に生息するクロアワビ、トコブシ、フクトコブシおよびサザエのみから本菌が検出されることを明らかにした。また、アワビ・サザエ由来V.halioticoli菌株のフィンガープリンティング解析により、本菌種の株間で宿主特異的な遺伝的変化が生じている可能性を示した。4.V.halioticoli IAM14596^T株から4種のアルギン酸分解酵素遺伝子のクローン化に成功し、本菌が複数のアルギン酸分解酵素を産生している可能性を示した。5.150mg/50g(飼料)のクロラムフェニコールおよび50mg/50g(飼料)のペニシリンを添加した餌料を投餌することで、エゾアワビ消化管内でのV.halioticoliの存在比率を0.1%以下に減少させることができた。また、V.halioticoliによるアルギン酸塩の発酵主産物が酢酸および蟻酸であることを明らかにした。
文部科学省, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 09460081 - 種苗生産施設における用水および排水殺菌処理システムの開発
科学研究費補助金(基盤研究(B))
1997年 - 2000年
吉水 守, 渡辺 研一, 三村 元, 上西 敏夫, 澤辺 智雄, 絵面 良男
本研究は、種苗生産施設における飼育用水および飼育排水の効果的殺菌法を開発することを目的とした。特に飼育排水は量が多く、申請時の殺菌法では技術的にもコスト的にも不可能であった。まず飼育用水を対象に低圧および中圧紫外線ランプによる殺菌効果を、次いでオゾン処理による海水の殺菌効果を検討した。飼育排水については紫外線およびオゾン処理に加え、海水を電気分解して得られる次亜塩素酸を用いた殺菌法を検討した。得られた成果は以下のとおりである。1.魚類病原微生物は紫外線感受性から2グループに分けられ、市販の殺菌灯の線量(10^4μW・sec/cm^2)で殺菌されるグループと、中圧ランプ(10^5μW・sec/cm^2)を要するグループに分けられた。2.オゾン殺菌の場合も上記同様、病原体の感受性が異なった。オゾンあるいはオキシダント量で0.5mg/L、1分間の処理で十分な殺菌効果が得られた。淡水では瀑気処理によりオゾンを除去できたが、海水では生成されるオキシダントが魚毒性を示すため、飼育用水として使用するには活性炭等により除去する必要であった。そのまま使用すれば、消毒薬としての利用が可能であった。3.海水をはじめ食塩溶液を電気分解すると、次亜塩素酸が生成され、殺菌効果が認められた。0.5〜1.0mg/Lで1分間処理すれば飼育排水の殺菌が可能であった。本装置は構造が簡単で、残留塩素の処理法を解決すれば、大量の水を殺菌することができ、有機物除去装置との併用で、一般飼育排水の殺菌が可能となった。これらの成果を総合し、種苗生産施設の飼育用水および飼育排水の殺菌に適した殺菌法と殺菌装置を選択し、殺菌処理システムの開発を行った。現在、いくつかの施設では良好な成績が得られている。
文部科学省, 基盤研究(B), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 09556041 - 海産食藻動物の腸内細菌のアルギン酸分解特異性と栄養生理学的役割に関する研究
科学研究費補助金(奨励研究(A))
1996年 - 1996年
澤辺 智雄
本年度に得られた成果は以下の通りである。I.ウニ・アワビ消化管由来アルギン酸分解菌の種構成と分解特異性エゾバフンウニ消化管から分離したアルギン酸分解菌はその一般性状からVibrio属と同定されたものが大半を占めていたが、代表株についてDNA-DNA相同性を測定した結果、少なくとも2菌種以上が混在していることが明らかとなった。一方、エゾアワビ消化管から分離したアルギン酸分解菌は非運動性のVibrio属類似細菌が主体をなしていた。これらの菌群は16SrDNA塩基配列による分子系統解析およびアルギン酸分解性Vibrio属標準株とのDNA-DNA相同性を測定した結果、Vivrio属の新種であることが明らかとなった。また、ウニ消化管由来アルギン酸分解菌のアルギン酸分解特異性はアルギン酸を構成するpolyMおよびpolyGいずれのホモポリマーとも分解する菌株が30%以上を占めているのに対し、アワビ分離株ではpolyGブロックに対する分解性の強い菌株が30-70%占めていた。ウニ自体はアルギン酸分解酵素を分泌しないことから、消化管内細菌がアルギン酸分解の大部分を担っていると考えられた。一方、アワビはpolyM特異的な分解酵素を分泌することから、アワビ消化酵素で分解されにくい部分を分解する消化管内細菌が定住していることが示唆された。II.アルギン酸分解酵素の特性ウニ由来アルギン酸分解菌代表株Ud10株は基質特異性を示さないNaCl要求性の強い酵素を誘導的に産生していた。一方、アワビ由来アルギン酸分解菌A431株はpolyG特異的分解酵素以外にも、基質特異性の異なる6種類以上の酵素を産生しており、その中でpolyMに強い特異性を示す分解活性画分およびpolyGに強い特異性を示す分解活性画分の部分精製物について酵素化学的性状を調べた。それぞれの画分の至適反応温度は40℃および30℃と異なっていたが、至適反応温度(pH7.5)および塩類の要求性(100mM NaCl)は同様の性質を示した。
文部科学省, 奨励研究(A), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 08760172 - 海洋における溶存鉄濃度を支配する因子としての天然有機リガンドの存在とその起源
科学研究費補助金(基盤研究(C))
1996年 - 1996年
久万 健志, 志賀 直信, 澤辺 智雄
1、(1)紫外線を照射して有機物を除去した海水の含水酸化鉄の溶解度(20℃)は、天然海水に比べ著しく低く、その値は【less than or equal】0.1nMであった。(2)含水酸化鉄の溶解度の高い沿岸水(天然有機リガンドを含む)と紫外線を照射して得られた溶解度の低い沿岸水(有機リガンドを除去した)における沿岸性植物プランクトン(珪藻)の鉄添加増殖実験から、紫外線を照射した海水ではその増殖速度は遅くなる。このことは、天然海水に存在する有機リガンドが溶存鉄濃度を高め、より生物に使われやすい溶存形態になっていると思われる。2、(1)北海道噴火湾でのスプリングブルーム前の鉛直混合期(2月上旬)には、海水における含水酸化鉄の溶解度は低く、ほぼ一定値(0.2-0.3nM)を示した。しかしながら、ブルーム最盛期(3月中旬)には20m以浅で最大値(0.7-0.8nM)に達し、ブルーム終了後においても高い溶解度が維持された。これは、植物プランクトン、バクテリア等から放出された有機リガンドによるものと推察され、藻類による鉄の取り込みに重要な影響を与えていると考えられる。しかしながら、溶解度とクロロフィル-a濃度とは必ずしも相関性がなく、すべての植物プランクトンが有機リガンドを放出しているとは考えられない。(2)ブルーム前後における珪藻類優占種の変動は、ブルーム前から最盛期(2月〜3月中旬)にかけてThalassiosira nordenskioldiiが最も優占し、最盛期以降(3月中旬以降)にChaetoceros compressumやChaetoceros concavicorneに遷移した。このことは、ある種の植物プランクトンが有機リガンドを放出している可能性を示している。またある種の海産性バクテリアにもシドロフォアのような有機リガンドを放出することが確認された。以上の結果から、沿岸海水には3価鉄と溶存有機鉄錯体を形成する有機リガンドが存在しており、沿岸域での生物生産に重要な役割を果たしていると
文部科学省, 基盤研究(C), 北海道大学, 連携研究者, 競争的資金, 08640617 - 魚類ウィルス病の遺伝子診断法の開発とその応用に関する研究
科学研究費補助金(一般研究(B), 基盤研究(B))
1994年 - 1996年
吉水 守, 西澤 豊彦, 沢辺 智雄, 田島 研一, 絵面 良男
各種有用魚介類の種苗生産技術が確立され、生産が軌道に乗る過程においてウイルス性の疾病が発生し大きな障害の一つとなっている。このウイルス病対策の確立が増養殖事業における緊急かつ重要な課題である。本研究では海産魚の種苗生産で問題となっているウイルス性神経壊死症(VNN)およびサケ科魚類の伝染性造血器壊死症(IHN)を対象にPCRによる遺伝子診断法の確立を試みた。得られた成果は以下のとおりである。1.シマアジのウイルス性神経壊死症原因ウイルス(SJNNV)の外被タンパク質をコードしているRNA2遺伝子の塩基配列をもとに、本ウイルス検出用RT-PCRを検討し、海産魚のウイルス性神経壊死症の遺伝子診断法を確立した。2.伝染性造血器壊死症ウイルス(IHNV)のNタンパク質をコードしているRNA遺伝子の塩基配列をもとに、本ウイルス検出用RT-PCRを検討し、本法による診断法を確立し、分離株の迅速同定への応用を可能にした。3.伝染性造血器壊死症ウイルス(IHNV)の分離に最適な細胞の選抜と、ウイルス性神経壊死症原因ウイルスに感受性を示す細胞の検索を行い、RTE-2細胞およびSBK-2細胞を選抜し得た。4.本PCRを用いた採卵親魚の生殖産物の検査結果による親魚選別法が有効であることを明らかにし、魚病被害の軽減に貢献した。5.不顕性感染魚あるいはキャリヤ-の検出法として、遺伝子組換え大腸菌が産生する外被タンパク質を抗原としたELISA法を確立し、PCRによる遺伝子診断法と併用することによりウイルス病被害の軽減を計ることができた。6.ウイルス性神経壊死症原因ウイルスのRNA2遺伝子の可変領域の塩基配列の比較から、本病原因ウイルスの進化速度を求め、宿主である種苗の移動との関連性を考察した。7.IHNVに対するプライマーとIPNVに対するプライマーを同時に用い、最適条件下でRT-PCRを行うことにより、同時に両ウイルスの検出が可能になった。
文部科学省, 一般研究(B), 基盤研究(B), 北海道大学, 競争的資金, 06454095 - 海産藻類に感染するウイルスの探索とその生態に関する研究
科学研究費補助金(奨励研究(A))
1995年 - 1995年
澤辺 智雄
本年度に得られた成果は以下の通りである。1.海産微細藻類感染ウイルスの探索と特性北海道噴火湾沿岸海水から海産微細藻類の増殖に影響を与えるウイルスの探索を試み、濃縮した海水の0.45μmろ過性画分に渦鞭毛藻、Alexandrium catenella、Gymnodinium mikimotoiおよびProrocentrum sp.の3藻類の増殖を抑制する現象を見出した。A.catenellaおよびG.mikimotoiに対し増殖抑制効果を示すろ過性因子は、今年度(1995年)と昨年度の9月〜10月に採水した海水に認められ、その抑制効果は40〜90%の範囲であった。また、Prorocentrum sp.に対し増殖抑制効果を示すろ過性因子は1993年9月〜10月に採水した海水に見い出され、その抑制効果は20〜30%であったが、今年度は観察されなかった。いずれの藻類増殖抑制因子とも孔径0.45μmおよび孔径0.22μmのフィルターを通過させた後でも抑制効果は持続した。同様の増殖抑制因子は調査を行なった3年間とも9月〜10月にのみ見出され、季節変動が観察された。Prorocentrum sp.、A.catenellaおよびG.mikimotoiの各増殖抑制因子は0.22μm以上の孔径のフィルターを増殖抑制効果の低減なしに通過したが、孔径0.05μmフィルターでのろ過では増殖抑制効果が消失した。さらに、1993年の海水試料から検出されたProrocentrum sp.、A.catenellaの増殖抑制因子は50℃、30分の加熱およびRNase処理により増殖抑制効果が消失した。また、超遠心沈降画分のネガティブ染色像の観察により長さ約400nm、幅約30nmの屈曲棒状のウイルス様構造体が観察された。これらの特性から、本藻類増殖抑制因子が植物ウイルスに多く見られる屈曲棒状のRNAウイルスである可能性が示唆された。II.海産大型藻類感染ウイルス培養系の構築マコンブプロトプラストの連続培養系を考案し、プロトプラストの再生率を向上させることができた。この培養系はマコンブ感染ウイルスの分離に応用が期待される。
文部科学省, 奨励研究(A), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 07856018 - 海洋細菌由来のアルギン酸分解酵素を利用した褐藻細胞のプロトプラスト化に関する研究
科学研究費補助金(奨励研究(A))
1993年 - 1993年
澤辺 智雄
海洋細菌Alteromonas sp.H-4株の培養上清から精製したアルギン酸分解酵素を5mM HEPES-25mM MgCl_2-50%天然海水-0.7Mマンニトールに対し透析し、アルギン酸分解活性を30U/mlに調整し、1.5%Cellulase Onozuka R-10(Yakult本社)を添加したものを細胞壁分解酵素液とし、マコンブ芽胞体からプロトプラストの単離を試みた。15℃で反応を行った結果、約1時間後からプロトプラストの遊離が認められ、反応3時間後には藻体1g当たり4.5×10^6cells、5時間後には1.3×10^7cellsのプロトプラストが得られた。得られたプロトプラストは球形、黄金色で10〜25mumの大きさであった。また、ニュートラルレッド染色法によりほとんどの細胞が生存していることが確認された。さらにプロトプラストの収量と生存率を高める反応条件を検討した結果、プロトプラストの単離にはアルギン酸分解酵素の他にセルラーゼが必須であり、高張液の組成は海水濃度が50%、MgCl_2濃度は50〜100mM、緩衝液成分は5mMHEPES、マンニトールの濃度は0.5Mとした場合が至適であった。本条件下(MgCl_2濃度は25mM、反応3時間)で得られたプロトプラストの収量は5.2×10^6cells/g、生存率は98%であった。対照として市販のアワビアセトンパウダー(Sigma社)をアルギン酸分解酵素源とし、同一条件下で反応を行った場合ではプロトプラストの単離が認められず、Alteromonas sp.の産生するアルギン酸分解酵素の有効性が明らかとなった。また、マコンブプロトプラストの培養を試み、培養液への抗生物質の添加はプロトプラストの再生に悪影響を及ぼすことが明らかとなった。上記の至適培養条件下で単離したプロトプラストをProvasoliのESI培地で5℃、35001x、12h:12h明暗周期の条件下で培養を行ったところ、培養2〜3日目に細胞壁が再生し、6日目から分裂細胞が観察され始め、その後さらに繰り返し分裂した細胞も認められた。本結果からマコンブプロトプラスト培養系の確立が進展すると期待される。
文部科学省, 奨励研究(A), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 05760144 - 水産無脊椎動物の腸内細菌に関する研究
競争的資金 - 海洋細菌の産生するアルギン酸分解酵素に関する研究
競争的資金 - Studies on intestinal microflora of marine invertebrates
競争的資金 - Studies on alginate degrading enzymes produced by marin bacteria.
競争的資金
