2025年04月, 文部科学省, 令和7年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒

2024年08月, 日本進化学会, 第24回日本進化学会研究奨励賞　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒

2023年10月, 個体群生態学会, 第16回個体群生態学会奨励賞　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒

2022年09月, 日本数理生物学会, 第17回日本数理生物学会研究奨励賞　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒

2019年03月, 日本生態学会, 第7回日本生態学会奨励賞（鈴木賞）　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒

Why Do Some Lineages Radiate While Others Do Not? Perspectives for Future Research on Adaptive Radiations.
Rishi De-Kayne, Rowan Schley, Julia M I Barth, Luke C Campillo, Catalina Chaparro-Pedraza, Jahnavi Joshi, Walter Salzburger, Bert Van Bocxlaer, Darko D Cotoras, Carmelo Fruciano, Anthony J Geneva, Rosemary Gillespie, Joseph Heras, Stephan Koblmüller, Blake Matthews, Renske E Onstein, Ole Seehausen, Pooja Singh, Erik I Svensson, David Salazar-Valenzuela, Maarten P M Vanhove, Guinevere O U Wogan, Ryo Yamaguchi, Anne D Yoder, José Cerca
Cold Spring Harbor perspectives in biology, 2024年05月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Understanding the processes that drive phenotypic diversification and underpin speciation is key to elucidating how biodiversity has evolved. Although these processes have been studied across a wide array of clades, adaptive radiations (ARs), which are systems with multiple closely related species and broad phenotypic diversity, have been particularly fruitful for teasing apart the factors that drive and constrain diversification. As such, ARs have become popular candidate study systems for determining the extent to which ecological features, including aspects of organisms and the environment, and inter- and intraspecific interactions, led to evolutionary diversification. Despite substantial past empirical and theoretical work, understanding mechanistically how ARs evolve remains a major challenge. Here, we highlight a number of understudied components of the environment and of lineages themselves, which may help further our understanding of speciation and AR. We also outline some substantial remaining challenges to achieving a detailed understanding of adaptation, speciation, and the role of ecology in these processes. These major challenges include identifying factors that have a causative impact in promoting or constraining ARs, gaining a more holistic understanding of features of organisms and their environment that interact resulting in adaptation and speciation, and understanding whether the role of these organismal and environmental features varies throughout the radiation process. We conclude by providing perspectives on how future investigations into the AR process can overcome these challenges, allowing us to glean mechanistic insights into adaptation and speciation.

Toward the integration of speciation research
Sean Stankowski, Asher D Cutter, Ina Satokangas, Brian A Lerch, Jonathan Rolland, Carole M Smadja, J Carolina Segami Marzal, Christopher R Cooney, Philine G D Feulner, Fabricius Maia Chaves Bicalho Domingos, Henry L North, Ryo Yamaguchi, Roger K Butlin, Jochen B W Wolf, Jenn Coughlan, Patrick Heidbreder, Rebeca Hernández-Gutiérrez, Karen B Barnard-Kubow, David Peede, Loïs Rancilhac, Rodrigo Brincalepe Salvador, Ken A Thompson, Elizabeth A Stacy, Leonie C Moyle, Martin D Garlovsky, Arif Maulana, Annina Kantelinen, N Ivalú Cacho, Hilde Schneemann, Marisol Domínguez, Erik B Dopman, Konrad Lohse, Sina J Rometsch, Aaron A Comeault, Richard M Merrill, Elizabeth S C Scordato, Sonal Singhal, Varpu Pärssinen, Alycia C R Lackey, Sanghamitra Kumar, Joana I Meier, Nicholas Barton, Christelle Fraïsse, Mark Ravinet, Jonna Kulmuni
Evolutionary Journal of the Linnean Society, 3, 1, 24, Oxford University Press (OUP), 2024年02月16日, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Abstract

Speciation research—the scientific field focused on understanding the origin and diversity of species—has a long and complex history. While relevant to one another, the specific goals and activities of speciation researchers are highly diverse, and scattered across a collection of different perspectives. Thus, our understanding of speciation will benefit from efforts to bridge scientific findings and the diverse people who do the work. In this paper, we outline two ways of integrating speciation research: (i) scientific integration, through the bringing together of ideas, data, and approaches; and (ii) social integration, by creating ways for a diversity of researchers to participate in the scientific process. We then discuss five challenges to integration: (i) the multidisciplinary nature of speciation research, (ii) the complex language of speciation; (iii) a bias toward certain study systems; (iv) the challenges of working across scales; and (v) inconsistent measures and reporting standards. We provide practical steps that individuals and groups can take to help overcome these challenges, and argue that integration is a team effort in which we all have a role to play.

Isolation may select for earlier and higher peak viral load but shorter duration in SARS-CoV-2 evolution
Junya Sunagawa, Hyeongki Park, Kwang Su Kim, Ryo Komorizono, Sooyoun Choi, Lucia Ramirez Torres, Joohyeon Woo, Yong Dam Jeong, William S. Hart, Robin N. Thompson, Kazuyuki Aihara, Shingo Iwami, Ryo Yamaguchi
Nature Communications, 14, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2023年11月21日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
研究論文（学術雑誌）, Abstract

During the COVID-19 pandemic, human behavior change as a result of nonpharmaceutical interventions such as isolation may have induced directional selection for viral evolution. By combining previously published empirical clinical data analysis and multi-level mathematical modeling, we find that the SARS-CoV-2 variants selected for as the virus evolved from the pre-Alpha to the Delta variant had earlier and higher peak in viral load dynamics but a shorter duration of infection. Selection for increased transmissibility shapes the viral load dynamics, and the isolation measure is likely to be a driver of these evolutionary transitions. In addition, we show that a decreased incubation period and an increased proportion of asymptomatic infection are also positively selected for as SARS-CoV-2 mutated to adapt to human behavior (i.e., Omicron variants). The quantitative information and predictions we present here can guide future responses in the potential arms race between pandemic interventions and viral evolution.

Disentangling the growth curve of microbial culture
Daiki Kumakura, Ryo Yamaguchi, Akane Hara, Shinji Nakaoka
Journal of Theoretical Biology, 573, 111597, 111597, Elsevier BV, 2023年08月, ［査読有り］
研究論文（学術雑誌）

Contact-number-driven virus evolution: A multi-level modeling framework for the evolution of acute or persistent RNA virus infection
Junya Sunagawa, Ryo Komorizono, Hyeongki Park, William S. Har, Robin, N. Thompson, Akiko Makino, Keizo Tomonaga, Shingo Iwami, Ryo Yamaguchi
PLOS Computational Biology, 19, 5, e1011173, e1011173, Public Library of Science (PLoS), 2023年05月30日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Viruses evolve in infected host populations, and host population dynamics affect viral evolution. RNA viruses with a short duration of infection and a high peak viral load, such as SARS-CoV-2, are maintained in human populations. By contrast, RNA viruses characterized by a long infection duration and a low peak viral load (e.g., borna disease virus) can be maintained in nonhuman populations, and the process of the evolution of persistent viruses has rarely been explored. Here, using a multi-level modeling approach including both individual-level virus infection dynamics and population-scale transmission, we consider virus evolution based on the host environment, specifically, the effect of the contact history of infected hosts. We found that, with a highly dense contact history, viruses with a high virus production rate but low accuracy are likely to be optimal, resulting in a short infectious period with a high peak viral load. In contrast, with a low-density contact history, viral evolution is toward low virus production but high accuracy, resulting in long infection durations with low peak viral load. Our study sheds light on the origin of persistent viruses and why acute viral infections but not persistent virus infection tends to prevail in human society., 40241668

Males and females contribute differently to the evolution of habitat segregation driven by hybridization
Daisuke Kyogoku, Ryo Yamaguchi
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2023年01月31日, ［査読有り］, ［最終著者］
研究論文（学術雑誌）

The phoenix hypothesis of speciation
Ryo Yamaguchi, Bryn Wiley, Sarah P Otto
Proceedings of the Royal Society B, 289, 1987, 20221186, 20221186, 2022年11月30日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Genetic divergence among allopatric populations builds reproductive isolation over time. This process is accelerated when populations face a changing environment that allows large-effect mutational differences to accumulate, but abrupt change also places populations at risk of extinction. Here we use simulations of Fisher's geometric model with explicit population dynamics to explore the genetic changes that occur in the face of environmental changes. Because evolutionary rescue leads to the fixation of mutations whose phenotypic effects are larger on average compared with populations not at risk of extinction, these mutations are thus more likely to lead to reproductive isolation. We refer to the formation of new species from the ashes of populations in decline as the phoenix hypothesis of speciation. The phoenix hypothesis predicts more substantial hybrid fitness breakdown among populations surviving a higher extinction risk. The hypothesis was supported when many loci underlie adaptation. With only a small number of potential rescue mutations, however, mutations that fixed in different populations were more likely to be identical, with such parallel changes reducing isolation. Consequently, reproductive isolation builds fastest in populations subject to an intermediate extinction risk, given a limited number of mutations available for adaptation.

Evolving neural networks through bio-inspired parent selection in dynamic environments
Junya Sunagawa, Ryo Yamaguchi, Shinji Nakaoka
Biosystems, 218, 104686, 104686, Elsevier BV, 2022年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Environmental variability often degrades the performance of algorithms designed to capture the global convergence of a given search space. Several approaches have been developed to challenge environmental uncertainty by incorporating biologically inspired notions, focusing on crossover, mutation, and selection. This study proposes a bio-inspired approach called NEAT-HD, which focuses on parent selection based on genetic similarity. The originality of the proposed approach rests on its use of a sigmoid function to accelerate species formation and contribute to population diversity. Experiments on two classic control tasks were performed to demonstrate the performance of the proposed method. The results show that NEAT-HD can dynamically adapt to its environment by forming hybrid individuals originating from genetically distinct parents. Additionally, an increase in diversity within the population was observed due to the formation of hybrids and novel individuals, which has never been observed before. Comparing two tasks, the characteristics of NEAT-HD were improved by appropriately setting the algorithm to include the distribution of genetic distance within the population. Our key finding is the inherent potential of newly formed individuals for robustness against dynamic environments.

Intermediate dispersal hypothesis of species diversity: New insights
Ryo Yamaguchi
Ecological Research, Wiley, 2022年04月08日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
研究論文（学術雑誌）

Adaptive and non‐adaptive causes of radiation: Is adaptation a harsh mistress of diversity?
Kei W. Matsubayashi, Ryo Yamaguchi
Population Ecology, 64, 2, 93, 94, Wiley, 2022年04月, ［査読有り］, ［最終著者］
研究論文（学術雑誌）

Reply to Kagawa's comment: Quantifying mixture modes of evolutionary radiations
Ryo Yamaguchi, Kei W. Matsubayashi
POPULATION ECOLOGY, 2022年03月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
英語

Parental Population Range Expansion Before Secondary Contact Promotes Heterosis
Ailene MacPherson, Silu Wang, Ryo Yamaguchi, Loren Rieseberg, Sarah Otto
The American Naturalist, University of Chicago Press, 2022年02月23日, ［査読有り］
研究論文（学術雑誌）

The speciation view: Disentangling multiple causes of adaptive and nonadaptive radiation in terms of speciation
Kei W. Matsubayashi, Ryo Yamaguchi
POPULATION ECOLOGY, 2021年12月, ［査読有り］
英語

Recurrent speciation rates on islands decline with species number.
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa, Yuuya Tachiki
Proceedings of the Royal Society B, 288, 1949, 20210255, 20210255, 2021年04月28日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, In an archipelagic system, species diversity is maintained and determined by the balance among speciation, extinction and migration. As the number of species increases, the average population size of each species decreases, and the extinction likelihood of any given species grows. By contrast, the role of reduced population size in geographic speciation has received comparatively less research attention. Here, to study the rate of recurrent speciation, we adopted a simple multi-species two-island model and considered symmetric interspecific competition on each island. As the number of species increases on an island, the competition intensifies, and the size of the resident population decreases. By contrast, the number of migrants is likely to exhibit a weaker than proportional relationship with the size of the source population due to rare oceanic dispersal. If this is the case, as the number of species on the recipient island increases, the impact of migration strengthens and decelerates the occurrence of further speciation events. According to our analyses, the number of species can be stabilized at a finite level, even in the absence of extinction.

Insights from Fisher's geometric model on the likelihood of speciation under different histories of environmental change
Ryo Yamaguchi, Sarah P. Otto
EVOLUTION, 74, 8, 1603, 1619, 2020年08月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Preservation of the value of rice paddy fields: Investigating how to prevent farmers from abandoning the fields by means of evolutionary game theory
Joung Hun Lee, Ryo Yamaguchi, Hiroyuki Yokomizo, Mayuko Nakamaru
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 495, 110247, 110247, 2020年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Extra molting, cannibalism and pupal diapause under unfavorable growth conditions in Atrophaneura alcinous (Lepidoptera: Papilionidae)
Toru Nakahara, Junnosuke Horita, Ross D. Booton, Ryo Yamaguchi
ENTOMOLOGICAL SCIENCE, 23, 1, 57, 65, 2020年03月, ［査読有り］, ［最終著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）

種分化ダイナミクスと数理モデル －生殖隔離進化の促進要因を探る－　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒
日本生態学会誌, 69, 3, 151, 169, 2019年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
日本語, 研究論文（学術雑誌）

種の境界：進化学と生態学、分子遺伝学から種分化に迫る －序論と趣旨説明－　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒, 松林 圭
日本生態学会誌, 69, 3, 145, 149, 2019年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
日本語, 研究論文（学術雑誌）

Consequences of hybridization during invasion on establishment success
Ryo Yamaguchi, Takehiko Yamanaka, Andrew M. Liebhold
THEORETICAL ECOLOGY, 12, 2, 197, 205, 2019年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）

A population model for diapausing multivoltine insects under asymmetric cannibalism
Ross Booton, Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
POPULATION ECOLOGY, 61, 1, 35, 44, 2019年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）

A color pattern difference in the fifth instar larva of two subspecies of Faunis menado Hewitson (Lepidoptera, Nymphalidae)　　　　　　　　　　　　　　　
Ryo Yamaguchi, Seiichi Suefuji, Ken-Ichi Odagiri, Djunijanti Peggie, Osamu Yata
Lepidoptera Science, 69, 2, 67, 73, 2018年10月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Interactions between immunotoxicants and parasite stress: Implications for host health.
Ross D Booton, Ryo Yamaguchi, James A R Marshall, Dylan Z Childs, Yoh Iwasa
Journal of theoretical biology, 445, 120, 127, 2018年05月14日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Many organisms face a wide variety of biotic and abiotic stressors which reduce individual survival, interacting to further reduce fitness. Here we studied the effects of two such interacting stressors: immunotoxicant exposure and parasite infection. We model the dynamics of a within-host infection and the associated immune response of an individual. We consider both the indirect sub-lethal effects on immunosuppression and the direct effects on health and mortality of individuals exposed to toxicants. We demonstrate that sub-lethal exposure to toxicants can promote infection through the suppression of the immune system. This happens through the depletion of the immune response which causes rapid proliferation in parasite load. We predict that the within-host parasite density is maximised by an intermediate toxicant exposure, rather than continuing to increase with toxicant exposure. In addition, high toxicant exposure can alter cellular regulation and cause the breakdown of normal healthy tissue, from which we infer higher mortality risk of the host. We classify this breakdown into three phases of increasing toxicant stress, and demonstrate the range of conditions under which toxicant exposure causes failure at the within-host level. These phases are determined by the relationship between the immunity status, overall cellular health and the level of toxicant exposure. We discuss the implications of our model in the context of individual bee health. Our model provides an assessment of how pesticide stress and infection interact to cause the breakdown of the within-host dynamics of individual bees.

A tipping point in parapatric speciation
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 421, 81, 92, 2017年05月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Parapatric speciation in three islands: dynamics of geographical configuration of allele sharing
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
ROYAL SOCIETY OPEN SCIENCE, 4, 2, 160819, 160819, 2017年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Smallness of the number of incompatibility loci can facilitate parapatric speciation
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 405, 36, 45, 2016年09月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

メナドヒメワモン Faunis menado は2 つの形態種に分けられる
山口 諒, 末藤 清一, 小田切 顕一, 矢田 脩
蝶と蛾, 67, 1, 12, 21, 日本鱗翅学会, 2016年05月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）,

ヒメワモン属 Faunis はタテハチョウ科ワモンチョウ亜科に属する小型の一群であり，インドの一部や中国からスンダランド，フィリピン諸島，スラウェシ島にかけて約 12-15 種が分布する．メナドヒメワモン F. menado はスラウェシ島およびその周辺の島嶼部にのみ分布する固有種であり，前翅長はオスが約 39 mm，メスが約 43 mmと，本属においてはスラウェシ特有の大型化が見られる．

本種はスラウェシ地域のみにおいて9 つもの亜種を含んでいることは特筆に値する．各地域における亜種内個体変異および亜種間での変異が大きく，それゆえ分布境界も曖昧 である．そこで，スラウェシ本島に生息する5 亜種について，雌雄交尾器にくわえ翅形・斑紋などの外部形態を検討した．その結果，まず♂交尾器の特徴によって F. menado を整理すると，北部亜種 menado を中心に含むタイプと南部亜種 chitone を中心に含む，2 つのタイプ（形態タイプ）に大別できることが判明した．たとえば，♂交尾器は menado タイプではウンクスが強く腹方に湾曲して，バルバ先端は徐々に細まるのに対し，chitone タイプではウンクスはより弱くまた一様に湾曲し，バルバ先端は急に細くなる．さらに♀交尾器も 2 タイプに分けられ，menado タイプではラメラ・ポストバギナルプレートの先端が丸みを帯びるのに対し，chitone タイプではより尖って後方に突出する傾向が見られた．♂交尾器に見られた差異は，ボルネオ・スマトラに同所的に分布する近縁の 2 種，F. canens と F. stomphax の間に見られる♂交尾器の差異と同程度の大きさだった．

上記の交尾器による分類に基づいて標本を分けた結果，さらに翅の斑紋形態に関してもこれらの 2 タイプに対応した安定した差異が観察された．大きな違いとしては第一に，翅裏の地色に関して，menado タイプは暗褐色であるのに対し，chitone タイプは明るい黄褐色である．後翅裏面の第2 室と第6 室に大きな眼状紋を一つずつ有するが， menado タイプは第2 室の眼状紋がより大きいのに対し，chitone タイプでは第6 室でより大きくなることが挙げられる．その他の斑紋の特徴も踏まえ総合的に判定するならば必ずいずれかのタイプに容易に判別可能である.

筆者らの現地調査では実際に，スラウェシ本島中南部においてこれら 2 タイプの分布域にオーバーラップが見いだされた．しかしこれらは巨視的な地域としての重複ではあるものの，完全に同所的に生息しているわけではないことが予想される．たとえば，同じ山塊における 2 タイプの生息域を比較すると，menado タイプは高標高に生息するのに対し，chitone タイプは低標高に生息していることが観察された．さらにこの 2 系統の生態に関して，menado タイプは林床など暗い環境に生息しているのに対し，chitone タイプは比較的明るい林縁環境に生息している．この事実は，翅裏面の地色と整合性があることに加え，オーバーラップ域における棲み分けを示唆している．以上の諸点から， menado タイプと chitone タイプの 2 タイプが別種（形態種）となる可能性を支持する結果となった．

今後の研究課題として，今回スラウェシ本島内で唯一入手できなかった亜種 fruhstorferi の検討，まだ解明されていない北部亜種 menado タイプの幼生期の解明，亜種間の系統関係および近縁種，特に近縁とされる Faunis stomphax と Faunis sappho との系統解析などが挙げられる．

Reproductive interference can promote recurrent speciation
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
POPULATION ECOLOGY, 57, 2, 343, 346, 2015年04月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）

First passage time to allopatric speciation
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
INTERFACE FOCUS, 3, 6, 20130026, 20130026, 2013年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Reproductive character displacement by the evolution of female mate choice
Ryo Yamaguchi, Yoh Iwasa
EVOLUTIONARY ECOLOGY RESEARCH, 15, 1, 25, 41, 2013年01月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
英語, 研究論文（学術雑誌）

生態学と集団遺伝学のあいだで探す種の起源　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒, 進化学会ニュース, 2025年03月, ［招待有り］, ［筆頭著者］

個体群生態学会奨励賞受賞記　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒, 個体群生態学会会報, 81, 16, 18, 2024年08月, ［招待有り］, ［筆頭著者］

海外で種分化の数理モデルを見つめ直す　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒, 進化学会ニュース, 24, 2, 5, 8, 2023年07月, ［招待有り］, ［筆頭著者］

固有種数でみる東南アジア島嶼部のチョウ類多様性—Butterfly species diversity : Distribution of endemic species in Malay Archipelago
山口 諒, 昆虫と自然 / 昆虫と自然編集委員会 編, 58, 4, 31, 34, 2023年04月, ［筆頭著者, 責任著者］
ニューサイエンス社, 日本語

数理モデルで解き明かす種多様性の起源　　　　　　　　　　　　　　　
山口 諒, 日本数理生物学会ニュースレター, 99, 29, 33, 2023年03月, ［招待有り］, ［筆頭著者］

チョウの生殖隔離と種分化—Reproductive isolation and speciation in butterflies
山口 諒, 昆虫と自然 / 昆虫と自然編集委員会 編, 57, 8, 30, 34, 2022年07月, ［筆頭著者, 責任著者］
ニューサイエンス社, 日本語

スラウェシの固有な蝶相—The endemic butterfly fauna of Sulawesi—特集 東南アジアの蝶学
山口 諒, 昆虫と自然 / 昆虫と自然編集委員会 編, 56, 4, 巻頭2p,13, 17, 2021年04月, ［招待有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
ニューサイエンス社, 日本語

形質のモジュール性が適応度地形における進化に及ぼす影響—第15回生物数学の理論とその応用 : 次世代の数理科学への展開
山口 諒, 数理解析研究所講究録, 2165, 59, 63, 2020年07月, ［筆頭著者, 責任著者］
京都大学数理解析研究所, 日本語

連続的に蓄積する遺伝的不和合性と側所的種分化 (第11回生物数学の理論とその応用)
山口 諒, 巌佐 庸, 数理解析研究所講究録, 1937, 56, 63, 2015年04月, ［筆頭著者, 責任著者］
京都大学, 日本語

スラウェシの生物地理とワモンチョウ族
山口 諒, 昆虫と自然, 50(4), 4, 8, 2015年, ［筆頭著者, 責任著者］

メスの配偶者選択による生殖的形質置換 (第9回生物数学の理論とその応用)
山口 諒, 巌佐 庸, 数理解析研究所講究録, 1853, 116, 123, 2013年10月, ［筆頭著者, 責任著者］
京都大学, 日本語

スラウェシ島中南部におけるチョウ相調査—Butterfly fauna of South-Central Sulawesi, Indonesia
山口 諒, 昆虫と自然 / 昆虫と自然編集委員会 編, 47, 3, 25, 29, 2012年03月, ［筆頭著者, 責任著者］
ニューサイエンス社, 日本語

新たな種はどのようにできるのか？―生物多様性の起源をもとめて―　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
共立出版, 2024年03月, 9784320009424, ［単著］

なぜ・どうして種の数は増えるのか : ガラパゴスのダーウィンフィンチ
Grant, Peter R., Grant, B. Rosemary, 山口, 諒, 巌佐, 庸
共立出版, 2017年01月, 9784320057845, xxv, 223p, 図版 [32] p, 日本語

生殖隔離の進化速度と個体群動態　　　　　　　　　　　　　　　
第72回日本生態学会大会自由集会, 2025年03月17日
［招待講演］

Speciation Through the Lens of Population Dynamics　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R
Speciation - Gordon Research Conference, 2025年03月06日
［招待講演］

進化実験における急速な適応と予測制御に向けた挑戦　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第47回日本分子生物学会年会, 2024年11月28日, 口頭発表（招待・特別）
［招待講演］

進化動態の理論的探究と未来予測に向けた探索　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
未踏探索の数理情報技術：第四回WS, 2024年11月13日, 口頭発表（招待・特別）
［招待講演］

Exploring virus evolution and adaptation through genetic algorithms on fitness landscapes　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R
KSMB-SMB conference, 2024年07月
［招待講演］

ダイナミックな進化過程の数理解析: 環境適応から種分化まで　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第1回生物の基礎探求会, 2024年03月
［招待講演］

The phoenix hypothesis of speciation: reproductive isolation among populations experiencing extinction risk　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R
Symposium “Genomics of adaptation and speciation” at The 3rd AsiaEvo Conference, 2023年12月
［招待講演］

種分化サイクルにおける個体群動態−種多様性創出の理解に向けて−　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第39回個体群生態学会⼤会, 2023年10月
［招待講演］

Integrating speciation over spatial temporal scales　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.
Integration Of Speciation Research (IOS) workshop, 2023年03月
［招待講演］

Macroevolutionary patterns of diversification and implications for species persistence　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.
Gordon Research Seminar (Speciation 2023), 2023年01月
［招待講演］

数理モデルで解き明かす種多様性の起源　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第32回⽇本数理⽣物学会⼤会, 2022年09月
［招待講演］

Dynamics of speciation rate in an island biogeography framework　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R
第69回日本生態学会大会, 2022年03月
［招待講演］

群集生態学の中立モデルによるHTLV-1感染クローンの多型進化パターン検出　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒, 立木佑弥
第28回日本数理生物学会年会, 2020年09月
［招待講演］

種間相互作用による地理的分断プロセスの理論と実証　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第67回日本生態学会大会, 2020年03月
［招待講演］

ウイルスの集団遺伝学的動態と群集生態学の中立モデル　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒, 立木佑弥
第27回日本数理生物学会年会, 2019年09月
［招待講演］

Fisher’s geometric model on the likelihood of speciation under different adaptation scenarios　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.
Gordon Research Seminar (Speciation 2019), 2019年03月
［招待講演］

種の境界と生物多様性の隠れたパターン　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第66回日本生態学会大会, 2019年03月
［招待講演］

環境適応シナリオの違いと種分化可能性　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第15回RIMS ⽣物数学の理論とその応⽤―次世代の数理科学への展開―, 2018年09月
［招待講演］

都市化と人為的な遺伝子流動: デング熱媒介蚊の集団文化予測　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第65回日本生態学会大会, 2018年03月
［招待講演］

Gene flow by human-mediated dispersal: population structure of Aedes aegypti in the Philippines　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.,Tachiki Y.,Minakawa N.,Iwami S.
IWOMB, 2018年
［招待講演］

都市化に伴う遺伝子流動: デング熱媒介蚊の集団構造予測　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒, 立木佑弥, 布野孝明, 皆川昇, 岩見真吾
第27回日本数理生物学会年会, 2017年10月
［招待講演］

Mathematical modeling of an evolutionary radiation and its patterns caused by non-adaptive processes　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第33回個体群生態学会大会, 2017年10月
［招待講演］

メナドヒメワモンの分類学的再検討とスラウェシの生物地理　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
日本鱗翅学会九州支部例会, 2017年03月
［招待講演］

An increase in gene flow by urbanization: predictions on population structure of Aedes aegypti　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.,Tachiki Y.,Minakawa N.,Iwami S.
ISEM, 2017年
［招待講演］

連続的な変化がもたらす種の分かれ目　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
第63回日本生態学会大会, 2016年03月
［招待講演］

Reproductive character displacement by the evolution of female mate choice　　　　　　　　　　　　　　　
Yamaguchi, R.
第31回個体群生態学会, 2015年10月
［招待講演］

メナドヒメワモンFaunis menadoに見るスラウェシのチョウ相　　　　　　　　　　　　　　　
山口諒
日本鱗翅学会第61回大会, 2014年10月
［招待講演］

生物系の数理科学　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学
2025年 - 現在

生命情報科学演習　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学
2023年 - 現在

一般教育演習（SDGsと生命科学）　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学
2021年 - 現在

実験生物科学　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学
2020年 - 2023年

生態学を鍵とする種分化サイクルと種多様性の統合理論　　　　　　　　　　　　　　　
科学研究費助成事業
2024年04月 - 2028年03月
山口諒, 青木大輔
日本学術振興会, 基盤研究(B), 研究代表者, 24K02092

感染症対策が駆動する新型コロナウイルスの進化予測とウィズコロナ
科学研究費助成事業
2023年04月 - 2026年03月
岩見 真吾, 野下 浩司, 山口 諒
日本学術振興会, 基盤研究(B), 名古屋大学, 研究分担者, 23H03497

AIでリアルタイム制御する進化生態系の確立
ACT-X
2022年10月 - 2025年03月
山口 諒
国立研究開発法人科学技術振興機構, 研究代表者, JPMJAX22AK

生殖隔離における種間非対称性の進化生態学的起源
科学研究費助成事業 若手研究
2021年04月01日 - 2024年03月31日
山口 諒
交配前隔離の非対称性は広範な分類群の近縁種間でごく一般的に観察される。このパターンを進化的帰結として捉え、その原因となるメカニズムを解明するため、野外オオヨモギハムシ集団のゲノム解析および数理モデルによる理論解析を実施した。
まずゲノム解析では、特定集団の全ゲノムシーケンスによるリファレンスゲノムを作成したうえで、交配前隔離に非対称性のある集団間ペアの遺伝的多型情報をRAD-seqデータより得た。過去の集団サイズ遷移を推定した結果、一部の集団で個体数の著しい減少を経験していたことが判明した。またそれらの集団は、同類交配の強度を測定する実験において、メスが自種のオスと同様に他種のオスを受け入れてしまう傾向にある集団であることが明らかとなった。現在は、交配前隔離に非対称性のある3集団の各組み合わせについて、感覚器である触角を含む頭部および前脚のRNA-seqが完了しており、今後は隔離メカニズムの推定に向けた発現変動遺伝子解析を行う予定である。
続いて、性淘汰の量的遺伝モデルの枠組みを拡張し、集団サイズを考慮した同類交配進化モデルを構築した。ここで集団サイズの影響は、遺伝的分散と交配成功率の２つに影響を与えると仮定した。単純化した解析では、ランナウェイ型の形質分化による種分化の条件を導出することができた。一方で、この導出された条件では遺伝的分散（共分散）に強く依存することも判明した。今後は先のゲノム解析によって推定されたシナリオを再現する、集団サイズ依存的な条件の探索を目標として解析を展開する。
日本学術振興会, 若手研究, 北海道大学, 21K15160

適応度地形理論による生態的種分化と突然変異順位種分化の定量的比較
人材育成事業 海外特別研究員
2020年04月 - 2022年03月
山口諒
日本学術振興会, ブリティッシュコロンビア大学, 研究代表者

種間相互作用による非適応的放散の新理論と検証
科学研究費助成事業 若手研究
2018年04月01日 - 2021年03月31日
山口 諒
非適応的放散は、複雑な近縁種構成とニッチ利用の間に明確な関係が見出せず、放散のプロセスにおいて適応の貢献してきた割合が比較的少ない場合を指す。非適応的放散の主要因である集団の地理的隔離は、地殻変動による島嶼化などの非生物学的(Abiotic)な現象によってもたらされることが多い。本研究課題では、地理的分断に代表される非生物学的なプロセスではなく、生物学的相互作用によって近縁種が互いに地理的に分断し合う“Biotic Population Subdivision (BPS)”という新規プロセスの提唱を行う。本仮説検証には、飛翔能力が欠如しているオオヨモギハムシの野外集団を用いる。本種を実例として、数理モデル、分子系統解析および実験室交配実験により、連続的な地形空間で隔離集団の創出と種分化の反復を再現・解析し、BPSが野外で非適応的放散の駆動要因の一つとなっていることを検証する。本年度は、分子・交配実験に用いるオオヨモギハムシの北海道集団のサンプリングに注力し、予定よりも広範囲のサンプルを集めることができた。現在、分子系統解析と形態解析を行っており、次年度のBPSシナリオの推定に向けて課題は順調に進行している。
日本学術振興会, 若手研究, 首都大学東京, 18K14793

ゲノムデータと種分化モデルの統合： 新種形成を促進する形質の特定へ
科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
2017年04月26日 - 2020年03月31日
山口 諒
進化実験と種分化をつなぐ研究課題では、適応度地形理論を用い、生態的種分化と突然変異順位種分化が相対的にどれだけ生殖隔離に貢献するかを様々な環境シナリオで検証した。その結果、環境変化速度が速い状況や、より長期間の適応プロセスを経た集団間において、交雑個体の適応度が低下しやすいことを明らかにした。本課題について国内外での学会発表を行ったほか、現在論文を投稿済み（査読中）である。
また、もうひとつの研究課題として、系統情報を考慮した適応形質の遺伝的基盤を探る研究を進めている。系統的な制約のもとである形質が進化してきた事実に着目し、祖先復元によって配列の進化確率を計算することで、より効率的な候補遺伝子領域または塩基置換の探索手法開発を行っている。現在、配列進化と形質進化を結ぶ確率過程シミュレーションが完成し、パラメータ依存性を検証している段階である。次年度、ショウジョウバエ野生種の配列・形質データを伴う具体的な解析を行い、適応形質の遺伝学に関する議論を行う。
日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 首都大学東京, 17J01380

種分化プロセスと種多様性創出速度の理論的研究
科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
2014年04月25日 - 2017年03月31日
山口 諒
平成28年度は、申請時の年次計画に基づき、研究内容[1]局所的な分布パターン: 近縁種における繁殖干渉とその進化的帰結の検証について、メナドヒメワモンの分類学的再検討を行った。大英自然史博物館を訪問し、1850年以降の本種標本全ての外部形態を調査した。その結果、前年度に出版した論文に加え、あらたに1新種を発見したほか、種間の棲み分けが森林の照度と標高に大きく依存していることが明らかとなった。また、交雑個体と思われる標本も発見されており、種分化後の二次的接触と形質置換の可能性が示唆された。これらの内容は共同研究として、現在論文原稿を執筆中である。
研究内容[2]: 大域的な分布パターン: 種形成メカニズムとその分布予測について、集団間で遺伝子流動がある場合に種分化が起こるスピードを定式化する研究を継続して行った。メタ集団間での種多様性創出速度予測のため、これまでの2集団から3集団以上へのモデルの拡張を行った。この内容は「Speciation in Three Islands: Dynamics of Geographic Configuration of Allele Sharing」としてRoyal Society Open Scienceに掲載された。さらに、近年実証研究で支持されている連続的かつ段階的な不和合性蓄積様式による種分化モデルを構築し、他の島への移入個体は在来個体との間には中程度の不和合性が存在するとした。結果として、突然変異による不和合性の蓄積は連続的であっても、移入の効果が急速に薄れる、「種分化への復帰不能点」の存在を提唱した。この種分化メカニズムに関する理論研究は、論文「A tipping point in parapatric speciation」として、Journal of Theoretical Biologyに受理された。
日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 九州大学, 14J02775