2017年08月, 第84回日本細菌学会北海道支部学術総会, 優秀賞　　　　　　　　　　　　　　　
札幌地下歩行空間での空気中浮遊細菌の菌叢解析
大久保寅彦;松尾淳司;大崎敬子;神谷茂;山口博之

2016年09月, 第83回日本細菌学会北海道支部学術総会, 優秀賞　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学病院にて分離されたニューデリー・メタロβラクタマーゼNDM-5産生大腸菌の性状解析
大久保寅彦;松尾淳司;山口博之

2015年09月, 第82回日本細菌学会北海道支部学術総会, 最優秀賞　　　　　　　　　　　　　　　
繊毛虫との共培養で大腸菌から漏れ出す クオラムセンシング分子 autoinducer-2 について
大久保寅彦;松尾淳司;山﨑智拡;花輪智子;中村眞二;神谷茂;山口博之

Exploring potential targets of Chlamydia trachomatis required for cellular adaptation through screening approved-drug libraries
Ruiyu Li, Saicheng Zhang, Satoko Otsuguro, Akira Matsuda, Sora Kuroiwa, Tsubasa Tatsumiya, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Katsumi Maenaka, Yuichi Takizawa, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Next Research, 5, 101318, 101318, Elsevier BV, 2026年03月
研究論文（学術雑誌）

Symbiont- and Bacterial Cell Size-dependent Backpacking and Grazing of Acanthamoeba.
Nana Tanaka, Kotoka Kuriki, Torahiko Okubo, Yoshiaki Enoeda, Ayano Konno, Shinji Nakamura, Toyotaka Sato, Shin-Ichi Yokota, Hiroyuki Yamaguchi
Microbes and environments, 41, 1, 2026年, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, On solid media, Acanthamoeba harboring the endosymbiotic bacterium (Neochlamydia) carries live Escherichia coli on its cell surface without phagocytosing this bacterium, and defends against infection by Legionella pneumophila of a small size in an endosymbiotic bacterium-dependent manner. This implies the presence of an unknown protective mechanism. Therefore, we exami-ned the physical properties of the carried bacteria using transposon insertion mutants that had lost the "backpack" on solid media. A mutant was selected from a library in which the nhaA gene, encoding a Na+/H+ antiporter, was disrupted. The knockout mutant was longer than the parental strain and was gradually consumed by symbiotic amoebae. Similarly, the NhaA-knockout mutant strain was longer and lacked the backpack. The complementation of nhaA restored bacterial cells to their normal size, and the backpack phenomenon reappeared. Using E. coli elongated by a treatment with mitomycin C, the backpack was not evident, and enlarged bacteria were consumed by symbiotic amoebae. Therefore, symbiotic amoebae protected themselves from intruders by not engulfing small bacteria in an endosymbiosis-dependent manner. The present results propose a novel countermeasure by phagocytic cells against intruders that involves the recognition of bacterial sizes and is dependent on endosymbiosis.

Chlamydia trachomatis L2 434/Bu readily activates glycolysis under hypoxia for efficient metabolism
Ruiyu Li, Saicheng Zhang, Satoko Otsuguro, Manabu Nagao, Akira Matsuda, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Katsumi Maenaka, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Biochemical and Biophysical Research Communications, 150461, 150461, Elsevier BV, 2024年08月
研究論文（学術雑誌）

Differential impact of environmental factors on airborne live bacteria and inorganic particles in an underground walkway.
Hiroyuki Yamaguchi, Torahiko Okubo, Eriko Nozaki, Takako Osaki
PloS one, 19, 3, e0300920, 2024年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, We previously reported that variations in the number and type of bacteria found in public spaces are influenced by environmental factors. However, based on field survey data alone, whether the dynamics of bacteria in the air change as a result of a single environmental factor or multiple factors working together remains unclear. To address this, mathematical modeling may be applied. We therefore conducted a reanalysis of the previously acquired data using principal component analysis (PCA) in conjunction with a generalized linear model (Glm2) and a statistical analysis of variance (ANOVA) test employing the χ2 distribution. The data used for the analysis were reused from a previous public environmental survey conducted at 8:00-20:00 on May 2, June 1, and July 5, 2016 (regular sampling) and at 5:50-7:50 and 20:15-24:15 on July 17, 2017 (baseline sampling) in the Sapporo underground walking space, a 520-meter-long underground walkway. The dataset consisted of 60 samples (22 samples for "bacterial flora"), including variables such as "temperature (T)," "humidity (H)," "atmospheric pressure (A)," "traffic pedestrians (TP)," "number of inorganic particles (Δ5: 1-5 μm)," "number of live airborne bacteria," and "bacterial flora." Our PCA with these environmental factors (T, H, A, and TP) revealed that the 60 samples could be categorized into four groups (G1 to G4), primarily based on variations in PC1 [Loadings: T(-0.62), H(-0.647), TP(0.399), A(0.196)] and PC2 [Loadings: A(-0.825), TP(0.501), H(0.209), T(-0.155)]. Notably, the number of inorganic particles significantly increased from G4 to G1, but the count of live bacteria was highest in G2, with no other clear pattern. Further analysis with Glm2 indicated that changes in inorganic particles could largely be explained by two variables (H/TP), while live bacteria levels were influenced by all explanatory variables (TP/A/H/T). ANOVA tests confirmed that inorganic particles and live bacteria were influenced by different factors. Moreover, there were minimal changes in bacterial flora observed among the groups (G1-G4). In conclusion, our findings suggest that the dynamics of live bacteria in the underground walkway differ from those of inorganic particles and are regulated in a complex manner by multiple environmental factors. This discovery may contribute to improving public health in urban settings.

Mastitis on selected farms in Wakiso district, Uganda: Burden, pathogens and predictors of infectivity of antimicrobial resistant bacteria in dairy herds.
Steven Kakooza, Francis Mutebi, Paul Ssajjakambwe, Eddie Wampande, Esther Nabatta, Collins Atuheire, Sayaka Tsuchida, Torahiko Okubo, Kazunari Ushida, John Baligwamunsi Kaneene
Veterinary medicine and science, 9, 5, 2376, 2385, 2023年09月, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: Mastitis and associated antimicrobial resistance (AMR) are major challenges to the dairy industry worldwide. OBJECTIVE: This study aimed to expose the mastitis burden, causative bacteria and drivers for mastitis-causing multi-drug-resistant (MDR) Staphylococci infectivity in cows on dairy farms in Wakiso district, Uganda. METHODS: On 22 farms, practices were documented using questionnaires, and 175 cows were screened by the California mastitis test. Composite milk samples from the positive reactors were submitted to the laboratory for bacterial culture testing. Antimicrobial sensitivity testing by the Kirby Bauer disc diffusion method was done only on Staphylococci with a panel of 10 antimicrobials of clinical relevance. RESULTS: Mastitis was detected in 80.6% (n = 141) of the 175 sampled cows, of which sub-clinical mastitis (76.0%: n = 133) was predominant. The Chi-squared analysis hypothesized that cow age (p = 0.017), sub-county (p = 0.013), parity (p < 0.0001), sex of farm owner (p = 0.003), farm duration in dairy production (p = 0.048) and the use of milking salve (p = 0.006) were associated with mastitis. Coagulase-negative Staphylococci were the most prevalent (71.4%; n = 95), followed by Staphylococcus aureus (30.1%, n = 40). Staphylococci (76.3%; n = 135) were majorly resistant to penicillin and tetracycline. Only one isolate was phenotyped as a methicillin-resistant Staphylococcus specie (MRSS). The prevalences of MDR strains at cow and isolate level were 6.3% and 8.3%. The major MDR phenotype identified was penicillin-tetracycline-trimethoprim-sulphamethoxazole. The isolate detected as an MRSS exhibited the broadest MDR pattern. Cow parity was identified as a predictor of infectivity of mastitis-causing MDR Staphylococci in dairy herds. CONCLUSION: The high prevalence of mastitis and associated pathogen AMR found exposes possibilities of economic losses for the dairy sector warranting the need for farmer sensitization on the institution of proper mastitis prevention and control programs, with emphasis on milking hygiene practices and routine disease monitoring.

Chlamydia trachomatis relies on the scavenger role of aryl hydrocarbon receptor with detyrosinated tubulin for its intracellular growth, but this is impaired by excess indole
Saicheng Zhang, Yuki Funahashi, Satoho Tanaka, Torahiko Okubo, Jeewan Thapa, Shinji Nakamura, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Microbes and Infection, 25, 5, 105097, 105097, Elsevier BV, 2023年06月
研究論文（学術雑誌）

The fecal microbiomes analysis of Marabou storks (Leptoptilos crumenifer) reveals their acclimatization to the feeding environment in the Kampala urban areas, Uganda.
Sayaka Tsuchida, Atsushi Ueda, Steven Kakooza, Torahiko Okubo, Eddie M Wampande, Takuji Yamada, Kazunari Ushida
The Journal of veterinary medical science, 85, 4, 450, 458, 2023年03月30日, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The Marabou stork (Leptoptilos crumenifer) is a typical scavenging bird and adapted to the Savannah environment, where they show a carnivorous feeding style. However, Marabou stork recently penetrated into the city areas and acclimatized to the urban environment, where they modified their feeding habits to an omnivorous type toward more carbohydrate. To reveal their adaptation to the variable feeding customs, this study compared the gut microbiomes and chemical compositions of feces of Marabou storks inhabiting two different locations in peri urban Kampala: one is a slaughter house floc that predicted their original carnivorous feeding, and the other is a landfill floc that adapted more to the omnivorous feeding. 16S rRNA gene sequencing analysis revealed more diverse gut microbiome, more enriched Lactobacilli, and less abundant Peptostreptococci in the landfill flock comparing to the slaughter house flock. Isolation work and predicted metagenome analysis confirmed more diverse Lactobacilli and more enriched functions for carbohydrate metabolism in the landfill flock. In addition, chemical composition of feces revealed higher ammonia in the former, which is consisting with higher Peptostreptococci and their practice of carnivorous feeding. These results highlighted their adaptation to the variable feeding environment, which presumably protects their health and ensure survival of species.

Human pathogenic bacteria on high-touch dry surfaces can be controlled by warming to human-skin temperature under moderate humidity.
Ayano Konno, Torahiko Okubo, Yoshiaki Enoeda, Tomoko Uno, Toyotaka Sato, Shin-Ichi Yokota, Rika Yano, Hiroyuki Yamaguchi
PloS one, 18, 9, e0291765, 2023年, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Healthcare-associated infections have become a major health issue worldwide. One route of transmission of pathogenic bacteria is through contact with "high-touch" dry surfaces, such as handrails. Regular cleaning of surfaces with disinfectant chemicals is insufficient against pathogenic bacteria and alternative control methods are therefore required. We previously showed that warming to human-skin temperature affected the survival of pathogenic bacteria on dry surfaces, but humidity was not considered in that study. Here, we investigated environmental factors that affect the number of live bacteria on dry surfaces in hospitals by principal component analysis of previously-collected data (n = 576, for CFU counts), and experimentally verified the effect of warming to human-skin temperature on the survival of pathogenic bacteria on dry surfaces under humidity control. The results revealed that PCA divided hospital dry surfaces into four groups (Group 1~4) and hospital dry surfaces at low temperature and low humidity (Group 3) had much higher bacterial counts as compared to the others (Group 1 and 4) (p<0.05). Experimentally, warming to human-skin temperature (37°C with 90% humidity) for 18~72h significantly suppressed the survival of pathogenic bacteria on dry surfaces, such as plastic surfaces [p<0.05 vs. 15°C (Escherichia coli DH5α, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, and blaNDM-5 E. coli)] or handrails [p<0.05 vs. 15~25°C (E. coli DH5α, S. aureus, P. aeruginosa, A. baumannii)], under moderate 55% humidity. Furthermore, intermittent heating to human-skin temperature reduced the survival of spore-forming bacteria (Bacillus subtilis) (p<0.01 vs. continuous heating to human-skin temperature). NhaA, an Na+/H+ antiporter, was found to regulate the survival of bacteria on dry surfaces, and the inhibitor 2-aminoperimidine enhanced the effect of warming at human-skin temperature on the survival of pathogenic bacteria (E. coli DH5α, S. aureus, A. baumannii) on dry surfaces. Thus, warming to human-skin temperature under moderate humidity is a useful method for impairing live pathogenic bacteria on high-touch surfaces, thereby helping to prevent the spread of healthcare-associated infections.

One Health Approachに基づいたフルオロキノロン耐性大腸菌の市中内拡散・定着様式の解明　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 立花 徹, 玉井 聡, 星野 祐治, 鳥越 慎吾, 榊原 啓一郎, 前谷 茂樹, 福田 昭, 大久保 寅彦, 臼井 優, 高橋 聡, 横田 伸一, 田村 豊, 堀内 基広
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165回, [F2A, 10], (公社)日本獣医学会, 2022年09月
日本語

Chlamydia trachomatis L2/434/Bu Favors Hypoxia for its Growth in Human Lymphoid Jurkat Cells While Maintaining Production of Proinflammatory Cytokines
Ryoya Tsujikawa, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Saicheng Zhang, Yoshikazu Furuta, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Current Microbiology, 79, 9, Springer Science and Business Media LLC, 2022年09月
研究論文（学術雑誌）

Chlamydia trachomatis Requires Functional Host-Cell Mitochondria and NADPH Oxidase 4/p38MAPK Signaling for Growth in Normoxia
Jeewan Thapa, Gen Yoshiiri, Koki Ito, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Yoshikazu Furuta, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 12, Frontiers Media SA, 2022年05月26日
研究論文（学術雑誌）, Chlamydia trachomatis (Ct) is an intracellular energy-parasitic bacterium that requires ATP derived from infected cells for its growth. Meanwhile, depending on the O₂ concentration, the host cells change their mode of ATP production between oxidative phosphorylation in mitochondria (Mt) and glycolysis; this change depends on signaling via reactive oxygen species (ROS) produced by NADPH oxidases (NOXs) as well as Mt. It has been proposed that Ct correspondingly switches its source of acquisition of ATP between host-cell Mt and glycolysis, but this has not been verified experimentally. In the present study, we assessed the roles of host-cell NOXs and Mt in the intracellular growth of CtL2 (L2 434/Bu) under normoxia (21% O₂) and hypoxia (2% O₂) by using several inhibitors of NOXs (or the downstream molecule) and Mt-dysfunctional (Mt^d) HEp-2 cells. Under normoxia, diphenyleneiodonium, an inhibitor of ROS diffusion, abolished the growth of CtL2 and other Chlamydiae (CtD and C. pneumoniae). Both ML171 (a pan-NOX inhibitor) and GLX351322 (a NOX4-specific inhibitor) impaired the growth of CtL2 under normoxia, but not hypoxia. NOX4-knockdown cells diminished the bacterial growth. SB203580, an inhibitor of the NOX4-downstream molecule p38MAPK, also inhibited the growth of CtL2 under normoxia but not hypoxia. Furthermore, CtL2 failed to grow in Mt^d cells under normoxia, but no effect was observed under hypoxia. We conclude that under normoxia, Ct requires functional Mt in its host cells as an ATP source, and that this process requires NOX4/p38MAPK signaling in the host cells. In contrast to hypoxia, crosstalk between NOX4 and Mt via p38MAPK may be crucial for the growth of Ct under normoxia.

アメーバによる共生細菌依存的な細菌運搬現象のメカニズムの検証　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 横田 伸一, 中村 眞二, 山口 博之, 田中 菜那
日本細菌学雑誌, 77, 1, 64, 64, 日本細菌学会, 2022年02月
日本語

Wild ciliates differ in susceptibility to Legionella pneumophila JR32.
Airi Kawashiro, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Jeewan Thapa, Masaki Miyake, Hiroyuki Yamaguchi
Microbiology (Reading, England), 167, 8, 2021年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, We investigated how Legionella pneumophila (Lp) JR32 interacts with Anteglaucoma CS11A and Colpoda E6, two ciliates that we isolated from sewage and sink trap sludge, respectively, using a handmade maze device containing a 96-well crafting plate. Our 18S rDNA-based phylogenetic analysis showed that Anteglaucoma CS11A and Colpoda E6 formed distinct clades. Scanning electron microscopy showed that Anteglaucoma CS11A had a bigger-sized body than Colpoda E6 and, unlike Tetrahymena IB (the reference strain), neither ciliate produced pellets, which are extracellular vacuoles. Fluorescence microscopic observations revealed that although the intake amounts differed, all three ciliates rapidly ingested LpJR32 regardless of the presence or absence of the icm/dot virulence genes, indicating that they all interacted with LpJR32. In co-cultures with Anteglaucoma CS11A, the LpJR32 levels were maintained but fell dramatically when the co-culture contained the LpJR32 icm/dot deletion mutant instead. Anteglaucoma CS11A died within 2 days of co-culture with LpJR32, but survived co-culture with the deletion mutant. In co-cultures with Colpoda E6, LpJR32 levels were maintained but temporarily decreased independently of the virulence gene. Concurrently, the Colpoda E6 ciliates survived by forming cysts, which may enable them to resist harsh environments, and by diminishing the sensitivity of trophozoites to Lp. In the Tetrahymena IB co-cultures with LpJR32 or Δicm/dot, the Lp levels were maintained, albeit with temporal decreases, and the Tetrahymena IB levels were also maintained. We conclude that unlike Tetrahymena IB with pellet production, Anteglaucoma CS11A can be killed by LpJR32 infection, and Colpoda E6 can resist LpJR32 infection through cyst formation and the low sensitivity of trophozoites to Lp. Thus, the two ciliates that we isolated had different susceptibilities to LpJR32 infection.

Usefulness of a 3D-printing air sampler for capturing live airborne bacteria and exploring the environmental factors that can influence bacterial dynamics.
Saaya Mori, Sakura Ishiguro, Satoru Miyazaki, Torahiko Okubo, Ryosuke Omori, Ayako Kai, Kyohei Sugiyama, Airi Kawashiro, Masato Sumi, Jeewan Thapa, Shinji Nakamura, Chietsugu Katoh, Hiroyuki Yamaguchi
Research in microbiology, 172, 6, 103864, 103864, 2021年07月14日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, We created a handmade 3D-printed air sampler to effectively collect live airborne bacteria, and determined which environmental factors influenced the bacteria. Bacterial colony forming units (CFUs) in the air samples (n=37) were monitored by recording the environmental changes occurring over time, then determining the presence/absence of correlations among such changes. The bacterial CFUs changed sharply and were significantly correlated with the DNA concentrations, indicating that the captured bacteria made up most of the airborne bacteria. Spearman's rank correlation analysis revealed significant correlations between the bacterial CFU values and some environmental factors (humidity, wind speed, insolation, and 24-h rainfall). Similarly the significant associations of CFU with humidity and wind speed were also found by multiple regression analysis with box-cox transformation. Among our panel of airborne bacteria (952 strains), 70 strains were identified as soil-derived Bacillus via the production of Escherichia coli- and Staphylococcus aureus-growth inhibiting antibiotics and by 16S rDNA typing. Soil-derived protozoa were also isolated from the air samples. We conclude that the airborne bacteria mainly derived from soil can alter in number according to environmental changes. Our sampler, which was created by easy-to-customize 3D printing, is a useful device for understanding the dynamics of live airborne bacteria.

A retrospective analysis of antimicrobial resistance in pathogenic Escherichia coli and Salmonella spp. isolates from poultry in Uganda.
Steven Kakooza, Adrian Muwonge, Esther Nabatta, Wilfred Eneku, Dickson Ndoboli, Eddie Wampande, Damian Munyiirwa, Edrine Kayaga, Maria Agnes Tumwebaze, Mathias Afayoa, Paul Ssajjakambwe, Dickson Stuart Tayebwa, Sayaka Tsuchida, Torahiko Okubo, Kazunari Ushida, Ken'ichi Sakurai, Francis Mutebi
International journal of veterinary science and medicine, 9, 1, 11, 21, 2021年05月19日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, There are increasing reports of antimicrobial treatment failures for bacterial diseases of poultry in Uganda. The paucity of data on antimicrobial resistance (AMR) of pathogenic bacteria in Uganda is a major setback to AMR control. This study investigated the occurrence of fowl typhoid, colibacillosis, and AMR in associated pathogens from 2012 to 2018. Laboratory records from the Central Diagnostic Laboratory (CDL), a National Veterinary Diagnostic Facility located at Makerere University, were reviewed. Archived isolates of the causative bacteria for the two diseases were also evaluated for AMR. The frequencies of the two disease conditions, their clinical and necropsy presentations and the demographic data of the diagnostic samples were summarized from the records. Archived bacterial isolates were revived before antimicrobial susceptibility testing. This was done on Mueller Hinton agar using the disk diffusion method, against 16 antimicrobials of medical and veterinary importance according to the Clinical Laboratory Standards Institute guidelines. A total of 697 poultry cases were presented for bacteriological investigations in the review period. Colibacillosis and salmonellosis had prevalence rates of 39.7% (277/697) and 16.2% (113/697), respectively. A total of 63 and 92 isolates of Escherichia coli and Salmonella spp., respectively, were archived but 43 (68.3%) E. coli and 47 (51.1%) Salmonella spp. isolates were recovered and evaluated for AMR. Multidrug resistance was more frequent in E. coli (38; 88.4%) than salmonellae (25; 53.2%), (p < 0.001). The high prevalence of colibacillosis, salmonellosis and the AMR of associated pathogens warrants immediate institution of appropriate disease control measures.

Distribution of amoebal endosymbiotic environmental chlamydia Neochlamydia S13 via amoebal cytokinesis.
Miho Okude, Junji Matsuo, Tomohiro Yamazaki, Kentaro Saito, Yoshikazu Furuta, Shinji Nakamura, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi
Microbiology and immunology, 65, 3, 115, 124, 2021年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, We previously isolated a symbiotic environmental amoeba, harboring an environmental chlamydia, Neochlamydia S13. Interestingly, this bacterium failed to survive outside of host cells and was immediately digested inside other amoebae, indicating bacterial distribution via cytokinesis. This may provide a model for understanding organelle development and chlamydial pathogenesis and evolution; therefore, we assessed our hypothesis of Neochlamydia S13 distribution via cytokinesis by comparative analysis with other environmental Chlamydiae (Protochlamydia R18 and Parachlamydia Bn9 ). Dual staining with 4',6-diamidino-2-phenylindole and phalloidin revealed that the progeny of Neochlamydia S13 and Protochlamydia R18 existed in both daughter cells with a contractile ring on the verge of separation. However, in contrast to other environmental Chlamydiae, little Neochlamydia S13 16S ribosomal DNA was amplified from the culture supernatant. Interestingly, Neochlamydia S13 failed to infect aposymbiotic amoebae, indicating an intimate interaction with the host cells. Furthermore, its infectious rates in cultures expanded from a single amoeba were always maintained at 100%, indicating distribution via cytokinesis. We concluded that unlike other environmental Chlamydiae, Neochlamydia S13 has a unique ability to divide its progeny only via host amoebal cytokinesis. This may be a suitable model to elucidate the mechanism of cell organelle distribution and of chlamydial pathogenesis and evolution.

共生細菌依存的にアメーバに起こる細菌運搬現象には運ばれる細菌のNa+/H+アンチポーターNhaAが関与する　　　　　　　　　　　　　　　
田中 菜那, 大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 横田 伸一, タパ・ジーワン, 山口 博之
日本細菌学雑誌, 76, 1, 68, 68, 日本細菌学会, 2021年02月
日本語

Na+/H+アンチポーター(NhaA)は大腸菌の乾燥抵抗性を規定する　　　　　　　　　　　　　　　
榎枝 秀朗, 田中 菜那, 大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 横田 伸一, タパ・ジーワン, 山口 博之
日本細菌学雑誌, 76, 1, 71, 71, 日本細菌学会, 2021年02月
日本語

Isolation and Characterization of Antimicrobial-Resistant Escherichia coli from Retail Meats from Roadside Butcheries in Uganda.
Torahiko Okubo, Montira Yossapol, Shiori Ikushima, Steven Kakooza, Eddie M Wampande, Tetsuo Asai, Sayaka Tsuchida, Kenji Ohya, Fumito Maruyama, John D Kabasa, Kazunari Ushida
Foodborne pathogens and disease, 17, 11, 666, 671, 2020年11月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Retail meats are one of the main routes for spreading antimicrobial-resistant bacteria (ARB) from livestock to humans through the food chain. In African countries, retail meats are often sold at roadside butcheries without chilling or refrigeration. Retail meats in those butcheries are suspected to be contaminated by ARB, but it was not clear. In this study, we tested for the presence of antimicrobial-resistant Escherichia coli from retail meats (n = 64) from roadside butcheries in Kampala, Uganda. The meat surfaces were swabbed and inoculated on PetriFilm SEC agar to isolate E. coli. We successfully isolated E. coli from 90.6% of these retail meat samples. We identified the phylogenetic type, antimicrobial susceptibility, and antimicrobial resistance genes prevalence between retail meat isolates (n = 89). Phylogenetic type B1 was identified from 70.8% of the retail meat isolates, suggesting that the isolates originated primarily from fecal contamination during meat processing. Tetracycline (TET)-resistant isolates with tetA and/or tetB gene(s) were the most frequently detected (28.1%), followed by ampicillin (AMP) resistance genes with blaTEM (15.7%,) and sulfamethoxazole-trimethoprim (SXT) resistance genes with sul2 (15.7%). No extended-spectrum beta-lactamase-producing isolates were detected. A conjugation assay showed that resistance to AMP, TET, and SXT could be simultaneously transferred to recipients. These findings suggest that antimicrobial-resistant E. coli can easily be transferred from farms to tables from retail meats obtained from roadside butcheries.

Hypoxia promotes Chlamydia trachomatis L2/434/Bu growth in immortal human epithelial cells via activation of the PI3K-AKT pathway and maintenance of a balanced NAD+/NADH ratio.
Jeewan Thapa, Kent Hashimoto, Saori Sugawara, Ryoya Tsujikawa, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Hiroyuki Yamaguchi
Microbes and infection, 22, 9, 441, 450, 2020年05月19日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Chlamydia trachomatis LGV (CtL2) causes systemic infection and proliferates in lymph nodes as well as genital tract or rectum producing a robust inflammatory response, presumably leading to a low oxygen environment. We therefore assessed how CtL2 growth in immortal human epithelial cells adapts to hypoxic conditions. Assessment of inclusion forming units, the quantity of chlamydial 16S rDNA, and inclusion size showed that hypoxia promotes CtL2 growth. Under hypoxia, HIF-1α was stabilized and p53 was degraded in infected cells. Moreover, AKT was strongly phosphorylated at S473 by CtL2 infection. This activation was significantly diminished by LY-294002, a PI3K-AKT inhibitor, which decreased the number of CtL2 progeny. HIF-1α stabilizers (CoCl2, desferrioxamine) had no effect on increasing CtL2 growth, indicating no autocrine impact of growth factors produced by HIF-1α stabilization. Furthermore, in normoxia, CtL2 infection changed the NAD+/NADH ratio of cells with increased gapdh expression; in contrast, under hypoxia, the NAD+/NADH ratio was the same in infected and uninfected cells with high and stable expression of gapdh, suggesting that CtL2-infected cells adapted better to hypoxia. Together, these data indicate that hypoxia promotes CtL2 growth in immortal human epithelial cells by activating the PI3K-AKT pathway and maintaining the NAD+/NADH ratio with stably activated glycolysis.

Chlamydia trachomatis isolated from cervicovaginal samples in Sapporo, Japan, reveals the circulation of genetically diverse strains.
Jeewan Thapa, Takanori Watanabe, Mana Isoba, Torahiko Okubo, Kiyotake Abe, Kunihiro Minami, Hiroyuki Yamaguchi
BMC infectious diseases, 20, 1, 53, 53, 2020年01月16日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: This study was conducted to understand the molecular epidemiology of circulating Chlamydia trachomatis (Ct) strains in Sapporo, Japan. METHODS: A total of 713 endocervical samples collected from April 2016 to March 2019 were screened for Ct. The obtained Ct positive samples were analyzed by ompA genotyping and multilocus sequence analysis (MLSA). RESULTS: Eighty-three (11.6%) samples were positive for Ct plasmid DNA. Sequence analysis of the ompA gene from the 61 positive cases revealed eight genotypes: F (40.9%), E (19.6%), D (14.7%), G (9.8%), H (6.5%), I (3.2%), K (3.2%), and J (1.6%). The globally dominant genotype E and F strains were highly conserved with 13 ompA genetic variants being detected, whereas genotype D strains were the most diverse. Genetic characterization of D strains revealed that D1 genetic variants may be potentially specific to Sapporo. MLSA revealed 13 unique sequence types (STs) including four novel STs from 53 positive samples, with the globally dominant STs 39 and 19 being predominant. STs 39, 34, and 21 were exclusively associated with genotypes E and F indicating their global dominance. Novel ST70 and ST30 were specifically associated with genotype D. CONCLUSION: Our study has revealed the circulation of genetically diverse Ct strains in the women population of Sapporo, Japan. We suggest identifying a transmission network of those successful strains and implementing public health prevention strategies to control the spread of Ct in Sapporo.

Effect of thermal control of dry fomites on regulating the survival of human pathogenic bacteria responsible for nosocomial infections
Tomoko Shimoda, Torahiko Okubo, Yoshiki Enoeda, Rika Yano, Jeewan Thapa, Shinji Nakamura, Hiroyuki Yamaguchi
PLoS ONE, e0226952, 12, e0226952, 2019年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, ヒト病原細菌（ブドウ球菌、大腸菌ほか）が乾燥した素材(床材やステンレス)表面でどの程度生存するかを検証するとともに、その生存性に影響する因子として温度が大きく関わることを明らかにしました。単純な環境要因ですが、手摺やドアノブさらにベット柵など乾燥面の温度を調節することで院内感染の制御へと応用できるかもしれません。

Screening of hospital-manhole sewages using MacConkey agar with cefotaxime reveals extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli
Torahiko Okubo, Takaki Hasegawa, Akira Fukuda, Jeewan Thapa, Masaru Usui, Yutaka Tamura, Hiroyuki Yamaguchi
International Journal of Antimicrobial Agents, 54, 6, 831, 833, 2019年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Complete genome and bimodal genomic structure of the amoebal symbiont Neochlamydia strain S13 revealed by ultra-long reads obtained from MinION.
Yamagishi J, Hayashida K, Matsuo J, Okubo T, Kuroda M, Nagai H, Sekizuka T, Yamaguchi H, Sugimoto C
Journal of human genetics, 65, 1, 41, 48, 2019年11月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Neochlamydia strain S13 is an amoebal symbiont of an Acanthamoeba sp. The symbiont confers resistance to Legionella pneumophila on its host; however, the molecular mechanism underlying this resistance is not completely understood. Genome analyses have been crucial for understanding the complicated host-symbiont relationship but segregating the host's genome DNA from the symbiont's DNA is often challenging. In this study, we successfully identified a bimodal genomic structure in Neochlamydia strain S13 using PacBio RS II supported by ultra-long reads derived from MinION. One mode consisted of circular sequences of 2,586,667 and 231,307 bp; the other was an integrated sequence of the two via long homologous regions. They encoded 2175 protein-coding regions, some of which were implied to be acquired via horizontal gene transfer. They were specifically conserved in the genus Neochlamydia and formed a cluster in the genome, presumably by multiplication through genome replication. Moreover, it was notable that the sequenced DNA was obtained without segregating the symbiont DNA from the host. This is an easy and versatile technique that facilitates the characterization of diverse hosts and symbionts in nature.

Detection of the sul2-strA-strB gene cluster in an ice core from Dome Fuji Station, East Antarctica.
Torahiko Okubo, Rieko Ae, Jun Noda, Yoshinori Iizuka, Masaru Usui, Yutaka Tamura
Journal of global antimicrobial resistance, 17, 72, 78, 2019年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, OBJECTIVES: Bacteria harbouring antimicrobial resistance genes (ARGs) have been isolated from various locations, including ancient microbiomes, indicating that these genes pre-date the discovery of antibiotics. To gain further information regarding ARGs in the pre-antibiotic era, ice samples derived from Dome Fuji Station, Eastern Antarctica, were examined. METHODS: DNA was extracted from firn or ice core samples (n=3; 1200-1400ybp, 1700-2100ybp and 2200-2800ybp, respectively) under sterile conditions. Whole-genome amplification and PCR analyses were utilised to detect ARGs. RESULTS: A 2764-bp gene cluster containing the type II dihydropteroate synthase gene sul2 and the aminoglycoside phosphotransferase genes strA and strB was detected in the 1200-1400-year-old Antarctic ice core (DF-63.5). The sul2-strA-strB gene cluster is frequently associated with plasmid RSF1010 and transposon Tn5393; however, these elements were not detected in sample DF-63.5. The gene cluster exhibited a high level of sequence identity to sequences harboured in present-day bacteria, although there were sequence polymorphisms in the strA gene. Furthermore, expression of this gene cluster in Escherichia coli resulted in reduced susceptibility to dihydrostreptomycin and sulfamethoxazole. CONCLUSION: The results of this study provide further evidence that certain ARGs existed in the pre-antibiotic era. Because the sul2 gene confers resistance to the synthetic compound sulfamethoxazole, these findings suggest that ARGs against synthetic antimicrobials emerged in bacteria during the pre-antibiotic era.

A simple and short microbiology practical improves undergraduate nursing students' awareness of bacterial traits and ability to avoid spreading infections
Yano R, Okubo T, Shimoda T, Matsuo J, Yamaguchi H
BMC Medical Education, 19, 53, https://doi.org/10.1186/s12909, 53, 2019年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, 看護系微生物授業(15回)に簡単な微生物物演習(2回: 手指細菌の培養と観察)が微生物の存在や感染制御に関わる看護学生の意識を有意に高めることを見いだした。看護学教員との共同研究。

Activation of caspase-3 during Chlamydia trachomatis-induced apoptosis at a late stage.
Matsuo J, Haga S, Hashimoto K, Okubo T, Ozawa T, Ozaki M, Yamaguchi H
Canadian journal of microbiology, 65, 2, 135, 143, 2019年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The obligate intracellular bacterium Chlamydia trachomatis activates the host cell apoptosis pathway at a late stage of its developmental cycle. However, whether caspase-3, which is a key enzyme of apoptosis, is activated in Chlamydia-infected cells remains unknown. Here, we established HEp-2 cells stably expressing cFluc-DEVD, which is a caspase-3 substrate sequence inserted into cyclic firefly luciferase, and then monitored the dynamics of caspase-3 activity in cells infected with Chlamydia. Transfected cells without infection showed a significant increase in luciferase activity due to stimulation with staurosporine, an inducer of apoptosis. Activation was significantly blocked by addition of caspase inhibitor z-VAD-fmk. Furthermore, as expected, Chlamydia infection caused a significant increase in luciferase activation at 36-48 h postinfection with a contrastive decrease at 24 h postinfection, which is already well known. Such activation caused by the infection was much stronger when the amount of bacteria was increased. Thus, caspase-3 activation was accurately monitored by the luciferase activity in HEp-2 cells constitutively expressing the cFluc-DEVD probe. Furthermore, our data showed that C. trachomatis activates caspase-3 in host cells at a late stage of infection.

Phenotypic and genotypic analyses of antimicrobial resistant bacteria in livestock in Uganda
Torahiko Okubo, Montira Yossapol, Fumito Maruyama, Eddie M. Wampande, Steven Kakooza, Kenji Ohya, Sayaka Tsuchida, Tetsuo Asai, John D. Kabasa, Kazunari Ushida
Transboundary and Emerging Diseases, 66, 1, 317, 326, 2019年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Chlamydia pneumoniae enhances IL-8 production with reduced azithromycin sensitivity under hypoxia
Matsuo J, Sakai K, Okubo T, Yamaguchi H
APMIS, in press, 3, 131, 138, 2018年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, 低酸素状態(2%)にてHEp-2細胞内での肺炎クラミジアの感染動態を解析した。その結果、通常酸素分圧に比べ低酸素では、肺炎クラミジア増殖が促進し、それに伴い炎症性サイトカインIL-8の産生されアジスロマイシンへの効果が減弱した。これらの研究成果は、低酸素状態が肺炎クラミジアの病原性を規定する一つの因子であることを示唆している。

Tetrahymena promotes interactive transfer of carbapenemase gene encoded in plasmid between fecal Escherichia coli and environmental Aeromonas caviae.
Matsushita M, Okubo T, Hasegawa T, Matsuo J, Watanabe T, Iwasaki S, Fukumoto T, Hayasaka K, Akizawa K, Shimizu C, Yamaguchi H
Microbiology and immunology, 62, 11, 720, 728, 2018年10月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Tetrahymena can facilitate plasmid transfer among Escherichia coli or from E. coli to Salmonella Enteritidis via vesicle accumulation. In this study, whether ciliates promote the interactive transfer of plasmids encoding blaIMP-1 between fecal E. coli and environmental Aeromonas caviae was investigated. Both bacteria were mixed with or without ciliates and incubated overnight at 30°C. The frequency of plasmid-acquired bacteria was estimated by colony counts using an agar plate containing ceftazidim (CAZ) followed by determination of the minimum inhibitory concentration (MIC). Cultures containing ciliates interactively transferred the plasmid between E. coli and Aeromonas with a frequency of 10-4 to 10-5 . All plasmid-acquired bacteria showed a MIC against CAZ of >128 μg/mL and the plasmid transfer was confirmed by PCR amplification of the blaIMP-1 gene. Fluorescent observation showed that both bacteria accumulated in the same vesicle and that transwell sequestering significantly decreased the transfer frequency. Although ciliates preferentially ingested E. coli rather than A. caviae, both bacteria were co-localized into the same vesicles of ciliates, indicating that their meeting is associated with the gene transfer. Thus, ciliates interactively promote plasmid transfer between E. coli and A. caviae. The results of this study will facilitate control of the spread of multiple-antibiotic resistant bacteria.

Co-harboring of cephalosporin (bla)/colistin (mcr) resistance genes among Enterobacteriaceae from flies in Thailand
Akira Fukuda, Masaru Usui, Torahiko Okubo, Chie Tagaki, Nop Sukpanyatham, Yutaka Tamura
FEMS Microbiology Letters, 365, 16, fny178, 2018年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, The spreading of antimicrobial-resistant Enterobacteriaceae, especially those co-harboring plasmid-mediated cephalosporin (bla) and colistin (mcr) resistance genes, is becoming increasingly problematic. As a vector, flies carry antimicrobial-resistant bacteria (ARB) into human and livestock habitats. To investigate ARB in flies, we collected 235 flies from 27 sites (18 urban areas, five pig farms and four chicken farms) in Thailand during 2013-2015. Cefotaxime-resistant Enterobacteriaceae (CtxRE) and bla-positive CtxRE were isolated from 70 (29.8%) and 48 (20.4%) flies, respectively. In 93 bla-positive CtxRE isolates that included Escherichia coli, Enterobacter spp., and Klebsiella pneumoniae from 48 flies, the most frequent bla gene was TEM (n = 62), followed by CTX-M-55 (n = 31), CTX-M-14 (n = 26), CMY-2 (n = 24) and SHV (n = 10), and 58 isolates harbored multiple types of these genes. In addition, we detected the mcr-1 (n = 1) and mcr-3 (n = 19) genes in bla-positive CtxRE isolates from 16 flies. In conjugation experiments, 10 mcr-3- and bla-positive isolates exhibited co-transfer of mcr-3 and blaTEM-1 genes. These results suggest that a relatively high proportion of flies in Thailand carries cephalosporin-resistant Enterobacteriaceae harboring co-transmissible cephalosporin and colistin resistance genes.

Acanthamoeba S13WT relies on its bacterial endosymbiont to backpack human pathogenic bacteria and resist Legionella infection on solid media
Torahiko Okubo, Mizue Matsushita, Shinji Nakamura, Junji Matsuo, Hiroki Nagai, Hiroyuki Yamaguchi
Environmental Microbiology Reports, 10, 3, 344, 354, Wiley-Blackwell, 2018年06月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Amoebal endosymbiont Neochlamydia protects host amoebae against Legionella pneumophila infection by preventing Legionella entry
Chinatsu Maita, Mizue Matsushita, Masahiro Miyoshi, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Junji Matsuo, Masaharu Takemura, Masaki Miyake, Hiroki Nagai, Hiroyuki Yamaguchi
Microbes and Infection, 20, 4, 236, 244, Elsevier Masson SAS, 2018年04月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Long-term survival of Naegleria polaris from Antarctica after 10 years of storage at 4 °C
Matsuo J, Nakamura S, Okubo T, Fukui M, Yamaguchi H
Parasitology Research, 117, 3, 937, 941, 2018年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Impact of capsaicin, an active component of chili pepper, on pathogenic chlamydial growth (Chlamydia trachomatis and Chlamydia pneumoniae) in immortal human epithelial HeLa cells
Kazuya Yamakawa, Junji Matsuo, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Hiroyuki Yamaguchi
Journal of Infection and Chemotherapy, 24, 2, 83, 87, Elsevier B.V., 2018年02月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Subtle changes in host cell density cause a serious error in monitoring of the intracellular growth of Chlamydia trachomatis in a low-oxygen environment: Proposal for a standardized culture method
Sakai K, Matsuo J, Watanabe T, Okubo T, Nakamura S, Yamaguchi H
Journal of Microbiological Methods, 153, 84, 91, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Impact of bacterial traces belonging to the Enterobacteriaceae on the prevalence of Chlamydia trachomatis in women visiting a community hospital in Japan
Taki K, Watanabe T, Matsuo J, Sakai K, Okubo T, Matsushita M, Abe K, Minami K, Yamaguchi H
Journal of Infection and Chemotherapy, 24, 10, 815, 821, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Analysis of adult damselfly fecal material aids in the estimation of antibiotic-resistant Enterobacterales contamination of the local environment.
Yamaguchi Y, Okubo T, Matsushita M, Wataji M, Iwasaki S, Hayasaka K, Akizawa K, Matsuo J, Shimizu C, Yamaguchi H
PeerJ, 6, e5755, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Because damselflies are ubiquitously but focally present in natural environments and play a critical role as predators of other insect species, the fecal matter of damselflies may be useful for investigating antibiotic-resistant bacterial populations, including human pathogens, in local environments. We therefore examined the prevalence of antibiotic-resistant bacteria, including Enterobacterales, in fecal material from 383 damselflies (adults and larvae) collected from seven locations around Sapporo City, Japan, in 2016 and 2017. Fecal samples were plated on soybean casein digest (SCD) agar plates with and without antibiotics (SCD-A and SCD-w/o, respectively) to identify environmental bacteria and gut bacteria, respectively, and on MacConkey agar plates with antibiotics (MacConkey-A) to select for Gram-negative bacteria, including human pathogenic Enterobacterales species. The prevalence of colonies on each of the plates was compared, and representative colonies on MacConkey-A plates were identified to the species level using an API 20E kit and the MALDI Biotyper system. Overall, SCD-w/o plates showed a gut bacterial load of approximately 108 colony-forming units per adult damselfly or larva. There was a significant difference between the prevalence of colonies on the SCD-A and MacConkey-A plates, and a significantly increased prevalence of antibiotic-resistant bacteria on MacConkey-A plates was observed in samples collected from Shinoroshinkawa. Cluster analysis based on minimum inhibitory concentration values of 59 representative isolates from MacConkey-A agar plates revealed that samples from Shinoroshinkawa contained a higher prevalence of Enterobacterales than those from other sampling locations. Thus, fecal materials discharged by adult damselflies could be used in future studies as a simple tool for estimating antibiotic-resistant bacteria, including Enterobacterales species, in the local environment.

Lateral Gene Transfer Between Protozoa-Related Giant Viruses of Family Mimiviridae and Chlamydiae.
Watanabe T, Yamazaki S, Maita C, Matushita M, Matsuo J, Okubo T, Yamaguchi H
Evolutionary bioinformatics online, 14, 1176934318788337, 1176934318788337, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）, Obligate intracellular chlamydiae diverged into pathogenic and environmental chlamydiae 0.7-1.4 billion years ago. While pathogenic chlamydiae have adapted to a wide range of vertebrates, environmental chlamydiae inhabit unicellular amoebae, the free-living Acanthamoeba. However, how and why this divergence occurred remains unclear. Meanwhile, giant viruses consisting of protozoa-related and protozoa-unrelated viruses have been discovered, with the former group being suggested to have more influenced environmental chlamydiae during their evolution while cohabiting host amoebae. Against this background, we attempted to visualize genes of giant viruses in chlamydial genomes by bioinformatic analysis mainly with comparative genome and phylogenic analysis, seeking genes present in chlamydiae that are specifically shared with protozoa-related giant viruses. As a result, in contrast to protozoa-unrelated giant viruses, the genes of protozoa-related giant viruses were significantly shared in both the chlamydia genomes depending on the giant virus type. In particular, the prevalence of Mimiviridae genes among the protozoa-related giant virus genes in chlamydial genomes was significantly high. Meanwhile, the prevalence of protozoa-related giant virus genes in pathogenic chlamydia genomes was consistently higher than those of environmental chlamydiae; the actual number of sequences similar to giant virus was also significantly predominant compared with those in the environmental chlamydial genomes. Among them, the most prevalent of giant virus was in the case of chlamydiae with Megavirus chiliensis; total of 1338 genes of the chlamydiae were found to be shared with the virus (444 genes specific to environmental chlamydiae, 892 genes shared between both chlamydiae, only two genes in the pathogenic chlamydiae). Phylogenic analysis with most prevalent sets (Megavirus chiliensis and Protochlamydia EI2 or Chlamydia trachomatis L2 434Bu) showed the presence of orthologs between these with several clustered. In addition, Pearson's single regression analysis revealed that almost the prevalence of the genes from the giant viruses in chlamydial genomes was negatively and specifically correlated with the number of chlamydial open reading frames (ORFs). Thus, these results indicated the trace of lateral gene transfer between protozoa-related giant viruses of family Mimiviridae and chlamydiae. This is the first demonstration of a putative linkage between chlamydiae and the giant viruses, providing us with a hint to understand chlamydial evolution.

Walker occupancy has an impact on changing airborne bacterial communities in an underground pedestrian space, as small-dust particles increased with raising both temperature and humidity
Torahiko Okubo, Takako Osaki, Eriko Nozaki, Akira Uemura, Kouhei Sakai, Mizue Matushita, Junji Matsuo, Shinji Nakamura, Shigeru Kamiya, Hiroyuki Yamaguchi
PLOS ONE, 12, 9, e0184980, 2017年09月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Diversity changes of microbial communities into hospital surface environments
Rika Yano, Tomoko Shimoda, Reina Watanabe, Yasutoshi Kuroki, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Junji Matsuo, Sadako Yoshimura, Hiroyuki Yamaguchi
JOURNAL OF INFECTION AND CHEMOTHERAPY, 23, 7, 439, 445, 2017年07月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Ciliates promote the transfer of a plasmid encoding bla(NDM)-5 from Escherichia coli, isolated from a hospital in Japan, to other human pathogens
Torahiko Okubo, Mizue Matushita, Yukiko Ohara, Junji Matsuo, Satoshi Oguri, Tatsuya Fukumoto, Kasumi Hayasaka, Kouzi Akizawa, Hitoshi Shibuya, Chikara Shimizu, Hiroyuki Yamaguchi
INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, 49, 3, 387, 388, 2017年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語

Acanthamoeba containing endosymbiotic chlamydia isolated from hospital environments and its potential role in inflammatory exacerbation
Tatsuya Fukumoto, Junji Matsuo, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Kentaro Miyamoto, Kentaro Oka, Motomichi Takahashi, Kouji Akizawa, Hitoshi Shibuya, Chikara Shimizu, Hiroyuki Yamaguchi
BMC MICROBIOLOGY, 16, 1, 292, 8, 2016年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Horizontal Transfer of Plasmid-Mediated Cephalosporin Resistance Genes in the Intestine of Houseflies (Musca domestica)
Akira Fukuda, Masaru Usui, Torahiko Okubo, Yutaka Tamura
MICROBIAL DRUG RESISTANCE, 22, 4, 336, 341, 2016年06月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Use of Aeromonas spp. as General Indicators of Antimicrobial Susceptibility among Bacteria in Aquatic Environments in Thailand
Masaru Usui, Chie Tagaki, Akira Fukuda, Torahiko Okubo, Chanchai Boonla, Satoru Suzuki, Kanako Seki, Hideshige Takada, Yutaka Tamura
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 7, 710, 710, 2016年05月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

犬由来菌に対するフルオロキノロン系抗菌薬の殺菌能力評価
大久保 寅彦, 臼井 優, 福田 昭, 佐藤 友美, 田村 豊
獣医畜産新報, 69, 1, 39, 42, 文永堂出版, 2016年01月, ［査読有り］
日本語, 研究論文（学術雑誌）

Draft genome sequences of Legionella pneumophila JR32 and Lp01 laboratory strains domesticated in Japan
Chinatsu Maita, Mizue Matushita, Torahiko Okubo, Junji Matsuo, Masaki Miyake, Hiroki Nagai, Hiroyuki Yamaguchi
Genome Announcements, 4, 4, American Society for Microbiology, 2016年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Isolation of multiple drug-resistant enteric bacteria from feces of wild Western Lowland Gorilla (Gorilla gorilla gorilla) in Gabon
Pierre Philippe Mbehang Nguema, Torahiko Okubo, Sayaka Tsuchida, Shiho Fujita, Juichi Yamagiwa, Yutaka Tamura, Kazunari Ushida
JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE, 77, 5, 619, 623, 2015年05月, ［査読有り］, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Draft genome sequence of Chlamydia trachomatis strain 54, isolated from the urogenital tract of a male in Japan
Tomohiro Yamazaki, Junji Matsuo, Momoka Kikuchi, Kentaro Miyamoto, Kentaro Oka, Motomichi Takahashi, Satoshi Takahashi, Torahiko Okubo, Hiroyuki Yamaguchi
Genome Announcements, 3, 5, American Society for Microbiology, 2015年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Protozoal ciliate promotes bacterial autoinducer-2 accumulation in mixed culture with Escherichia coli
Satoshi Oguri, Tomoko Hanawa, Junji Matsuo, Kasumi Ishida, Tomohiro Yamazaki, Shinji Nakamura, Torahiko Okubo, Tatsuya Fukumoto, Kouzi Akizawa, Chikara Shimizu, Shigeru Kamiya, Hiroyuki Yamaguchi
JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY, 61, 5, 203, 210, 2015年, ［査読有り］, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Bacterial Diversity in Sea Ice from the Southern Ocean and the Sea of Okhotsk　　　　　　　　　　　　　　　
Torahiko Okubo, Yuika Tosaka, Toyotaka Sato, Masaru Usui, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki, Satoshi Imura, Yutaka Tamura
Journal of Applied & Environmental Microbiology, 2, 6, 266, 272, 2014年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Isolation of Escherichia coli Strains with AcrAB-TolC Efflux Pump-Associated Intermediate Interpretation or Resistance to Fluoroquinolone, Chloramphenicol and Aminopenicillin from Dogs Admitted to a University Veterinary Hospital
Toyotaka Sato, Shin-ichi Yokota, Risa Ichihashi, Tomoka Miyauchi, Torahiko Okubo, Masaru Usui, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura
JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE, 76, 7, 937, 945, 2014年07月, ［査読有り］, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

北海道で分離された大腸菌におけるキノロン、アミノグリコシド、セフェム交叉耐性株に関する検討　　　　　　　　　　　　　　　
横田 伸一, 大越 康雄, 大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 田村 豊, 塚本 尚行, 桑原 理
日本化学療法学会雑誌, 62, Suppl.A, 403, 403, (公社)日本化学療法学会, 2014年05月
日本語

Association of Veterinary Third-Generation Cephalosporin Use with the Risk of Emergence of Extended-Spectrum-Cephalosporin Resistance in Escherichia coli from Dairy Cattle in Japan
Toyotaka Sato, Torahiko Okubo, Masaru Usui, Shin-ichi Yokota, Satoshi Izumiyama, Yutaka Tamura
PLOS ONE, 9, 4, e96101, 2014年04月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Comparison of broad-spectrum cephalosporin-resistant Escherichia coli isolated from dogs and humans in Hokkaido, Japan
Torahiko Okubo, Toyotaka Sato, Shin-ichi Yokota, Masaru Usui, Yutaka Tamura
JOURNAL OF INFECTION AND CHEMOTHERAPY, 20, 3-4, 243, 249, 2014年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Phylogenetic association of fluoroquinolone and cephalosporin resistance of D-O1-ST648 Escherichia coli carrying bla(CMY-2) from faecal samples of dogs in Japan
Toyotaka Sato, Shin-ichi Yokota, Torahiko Okubo, Masaru Usui, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura
JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY, 63, Pt 2, 263, 270, 2014年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

The role of flies in spreading the extended-spectrum β-lactamase gene from cattle.
Usui M, Iwasa T, Fukuda A, Sato T, Okubo T, Tamura Y
Microbial drug resistance (Larchmont, N.Y.), 19, 5, 415, 420, 2013年10月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

豚疣贅性心内膜炎から分離したStreptococcus suisの薬剤感受性及び分子疫学的解析
大野祐太, 柳沢梨沙, 横山光恵, 古崎洋司, 大久保寅彦, 池田徹也, 清水俊一
獣医公衆衛生研究, 16, 1, 33, 36, 2013年09月
日本語

動物病院来院猫からのセファロスポリン耐性およびフルオロキノロン耐性大腸菌の検出　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 小野 匡, 佐藤 豊孝, 臼井 優, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 57, 8, 411, 411, (公社)北海道獣医師会, 2013年08月
日本語

犬由来大腸菌におけるフルオロキノロン耐性及びセファロスポリン耐性の関連　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 大久保 寅彦, 臼井 優, 藤井 暢弘, 田村 豊
日本獣医師会雑誌, 66, 5, 350, 350, (公社)日本獣医師会, 2013年05月
日本語

伴侶動物由来細菌へのフルオロキノロン剤曝露による耐性菌出現リスク
臼井 優, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 田村 豊
獣医畜産新報, 66, 4, 279, 282, 文永堂出版(株), 2013年04月
日本語

Contribution of the AcrAB-TolC efflux pump to high-level fluoroquinolone resistance in Escherichia coli isolated from dogs and humans
Toyotaka Sato, Shin-Ichi Yokota, Torahiko Okubo, Kanako Ishihara, Hiroshi Ueno, Yasukazu Muramatsu, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura
Journal of Veterinary Medical Science, 75, 4, 407, 414, 2013年, ［査読有り］, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Amino acid substitutions in gyrA and parC are associated with fluoroquinolone resistance in mycoplasma bovis isolates from Japanese dairy calves
Toyotaka Sato, Torahiko Okubo, Masaru Usui, Hidetoshi Higuchi, Yutaka Tamura
Journal of Veterinary Medical Science, 75, 8, 1063, 1065, 2013年, ［査読有り］, ［国内誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

Fluoroquinolone resistance mechanisms in an Escherichia coli isolate, HUE1, without quinolone resistance-determining region mutations
Toyotaka Sato, Shin-Ichi Yokota, Ikuo Uchida, Torahiko Okubo, Masaru Usui, Masahiro Kusumoto, Masato Akiba, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura
Frontiers in Microbiology, 4, MAY, 125, 125, Frontiers Research Foundation, 2013年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

High Prevalence of Cross-Resistance to Aminoglycosides in Fluoroquinolone-Resistant Escherichia coli Clinical Isolates
Naoyuki Tsukamoto, Yasuo Ohkoshi, Torahiko Okubo, Toyotaka Sato, Osamu Kuwahara, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura, Shin-ichi Yokot
CHEMOTHERAPY, 59, 5, 379, 384, 2013年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

市販鶏肉由来薬剤耐性サルモネラ属菌における耐性遺伝子の解析　　　　　　　　　　　　　　　
小川 紋, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 臼井 優, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 56, 8, 436, 436, (公社)北海道獣医師会, 2012年08月
日本語

薬剤耐性大腸菌の畜舎内伝播におけるハエの役割　　　　　　　　　　　　　　　
臼井 優, 岩佐 友寛, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 56, 8, 437, 437, (公社)北海道獣医師会, 2012年08月
日本語

犬由来大腸菌におけるフルオロキノロン耐性およびセファロスポリン耐性の関連　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 大久保 寅彦, 臼井 優, 藤井 暢弘, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 56, 8, 438, 438, (公社)北海道獣医師会, 2012年08月
日本語

牛呼吸器由来Mycoplasma bovisにおけるフルオロキノロン系抗菌薬耐性機構　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 臼井 優, 樋口 豪紀, 永幡 肇, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154回, 226, 226, (公社)日本獣医学会, 2012年08月
日本語

南極の氷中に含まれていた細菌叢の解析　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 中村 昇太, 飯田 哲也, 臼井 優, 能田 淳, 萩原 克郎, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154回, 229, 229, (公社)日本獣医学会, 2012年08月
日本語

薬剤耐性大腸菌の畜舎内伝播におけるハエの役割　　　　　　　　　　　　　　　
臼井 優, 岩佐 友寛, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154回, 273, 273, (公社)日本獣医学会, 2012年08月
日本語

市販鶏肉由来薬剤耐性サルモネラ属菌における耐性遺伝子の解析　　　　　　　　　　　　　　　
小川 紋, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 臼井 優, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154回, 276, 276, (公社)日本獣医学会, 2012年08月
日本語

Prevalence of Fluoroquinolone-Resistant Escherichia coli O25:H4-ST131 (CTX-M-15-Nonproducing) Strains Isolated in Japan
Shin-ichi Yokota, Toyotaka Sato, Torahiko Okubo, Yasuo Ohkoshi, Tamaki Okabayashi, Osamu Kuwahara, Yutaka Tamura, Nobuhiro Fujii
CHEMOTHERAPY, 58, 1, 52, 59, 2012年, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）

犬及び人由来フルオロキノロン耐性大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子oqxABの検出　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 内田 郁夫, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 岡林 環樹, 藤井 暢弘, 田村 豊
感染症学雑誌, 85, 5, 557, 557, (一社)日本感染症学会, 2011年09月
日本語

犬および人由来フルオロキノロン耐性大腸菌の性状比較　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 藤井 暢弘, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 55, 8, 417, 417, (公社)北海道獣医師会, 2011年08月
日本語

ヒト及びイヌ由来大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子aac(6')-Ib-crの検出　　　　　　　　　　　　　　　
北原 尚英, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 田村 豊
北海道獣医師会雑誌, 55, 8, 418, 418, (公社)北海道獣医師会, 2011年08月
日本語

牛における第三世代セファロスポリン使用による薬剤耐性菌の発生評価試験　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 泉山 諭, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 152回, 215, 215, (公社)日本獣医学会, 2011年08月
日本語

牛呼吸器由来マイコプラズマにおけるマクロライド系抗菌薬の薬剤感受性調査　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 樋口 豪紀, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 永幡 肇, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 152回, 217, 217, (公社)日本獣医学会, 2011年08月
日本語

ヒト及びイヌ由来大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子aac(6')-Ib-crの検出　　　　　　　　　　　　　　　
北原 尚英, 佐藤 豊孝, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 152回, 262, 262, (公社)日本獣医学会, 2011年08月
日本語

A Fluoroquinolone-Resistant Escherichia coli Clinical Isolate without Quinolone Resistance-Determining Region Mutations Found in Japan
Toyotaka Sato, Shin-ichi Yokota, Ikuo Uchida, Torahiko Okubo, Kanako Ishihara, Nobuhiro Fujii, Yutaka Tamura
ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, 55, 8, 3964, 3965, 2011年08月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語

犬及び人由来フルオロキノロン耐性大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子oqxABの検出　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 内田 郁夫, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 岡林 環樹, 藤井 暢弘, 田村 豊
感染症学雑誌, 85, 臨増, 191, 191, (一社)日本感染症学会, 2011年03月
日本語

犬および人から分離されたセファロスポリン耐性大腸菌における耐性性状の比較　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 石井 良和, 横田 伸一, 石原 加奈子, 田村 豊
感染症学雑誌, 85, 臨増, 301, 301, (一社)日本感染症学会, 2011年03月
日本語

犬由来フルオロキノロン-セファロスポリン多剤耐性大腸菌の系統発生分類による解析　　　　　　　　　　　　　　　
佐藤 豊孝, 横田 伸一, 大久保 寅彦, 石原 加奈子, 岡林 環樹, 藤井 暢弘, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 150回, 253, 253, (公社)日本獣医学会, 2010年09月
日本語

犬および人由来セファロスポリン耐性大腸菌における耐性因子の比較　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 石原 加奈子, 石井 良和, 田村 豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 150回, 254, 254, (公社)日本獣医学会, 2010年09月
日本語

病原性クラミジアL2はその細胞内増殖に芳香族炭化水素受容体と脱チロシン化チューブリンを要求する
ZHANG Saicheng, 大久保寅彦, 中村眞二, 東秀明, 山口博之, 日本細菌学雑誌(Web), 78, 1, 2023年

アメーバによる共生細菌依存的な細菌運搬現象のメカニズムの検証
大久保寅彦, 佐藤豊孝, 佐藤豊孝, 横田伸一, 中村眞二, 山口博之, 日本細菌学雑誌(Web), 77, 1, 2022年

One Health Approachに基づいたフルオロキノロン耐性大腸菌の市中内拡散・定着様式の解明
佐藤豊孝, 立花徹, 玉井聡, 星野祐治, 鳥越慎吾, 榊原啓一郎, 前谷茂樹, 福田昭, 大久保寅彦, 臼井優, 高橋聡, 横田伸一, 田村豊, 堀内基広, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 165th (CD-ROM), 2022年

Na+/H+アンチポーター(NhaA)は大腸菌の乾燥抵抗性を規定する
榎枝秀朗, 田中菜那, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 横田伸一, THAPA Jeewan, 山口博之, 日本細菌学雑誌(Web), 76, 1, 2021年

共生細菌依存的にアメーバに起こる細菌運搬現象には運ばれる細菌のNa⁺/H⁺アンチポーターNhaAが関与する
田中菜那, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 横田伸一, THAPA Jeewan, 山口博之, 日本細菌学雑誌(Web), 76, 1, 2021年

マイクローブトランスファー 身の回りの環境に潜む病原細菌の生態deja vuと健康リスク 病院での環境清浄度評価の盲点と院内細菌叢の実態　　　　　　　　　　　　　　　
矢野 理香, 山口 博之, 松尾 淳司, 大久保 寅彦, 良村 貞子, 下田 智子, 日本細菌学雑誌, 71, 1, 56, 56, 2016年02月
日本細菌学会, 日本語

O22-04 バンコク周辺の水圏環境における薬剤耐性菌とその耐性遺伝子の解析(口頭発表)
大久保 寅彦, 臼井 優, 鈴木 聡, 高田 秀重, 田村 豊, 日本微生物生態学会講演要旨集, 2014, 98, 98, 2014年
日本微生物生態学会, 日本語

O22-05 水圏環境からの薬剤耐性遺伝子伝播におけるハエの役割(口頭発表)
臼井 優, 大久保 寅彦, 福田 昭, 高田 秀重, 鈴木 聡, 田村 豊, 日本微生物生態学会講演要旨集, 2014, 99, 99, 2014年
日本微生物生態学会, 日本語

イエネズミ糞便由来大腸菌の薬剤耐性調査
吉沢創太, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 臼井優, 田中和之, 石塚真由美, 田村豊, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 154th, 275, 2012年08月31日
日本語

イエネズミ糞便由来大腸菌の薬剤耐性調査
吉沢創太, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 臼井優, 田中和之, 石塚真由美, 田村豊, 北海道獣医師会雑誌, 56, 8, 437, 437, 2012年08月10日
(公社)北海道獣医師会, 日本語

オホーツクと南極海で採取した流氷における重金属濃度と金属耐性遺伝子の検出
能田淳, 登坂唯香, 中島千絵, 大久保寅彦, 石原加奈子, 鈴木定彦, 伊村智, 田村豊, 日本獣医学会学術集会講演要旨集, 151st, 248, 2011年03月01日
日本語

南極およびオホーツク海で採取した流氷における構成菌種の同定と薬剤耐性遺伝子の検出
登坂唯香, 中島千絵, 大久保寅彦, 石原加奈子, 鈴木定彦, 伊村智, 田村豊, 極域科学・宙空圏・気水圏・生物・地学シンポジウム講演予稿集(CD-ROM), 2010, ROMBUNNO.PB23, 2010年
日本語

乾燥面の人肌加温はその表面上の細菌数を普遍的に減滅できるのか: 多検体同時評価法の構築と有効域
大久保 寅彦, 六渡 萌, 栗城 琴華, 山口 博之
第89回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2025年08月30日, 日本語, 口頭発表（一般）
51255604

人肌に加温した高頻度接触面がその表面上での病原細菌の生存性 に与える影響：新たな感染制御の試み
大久保 寅彦, 栗城 琴華, 今野 綾乃, 中村 眞二, 山口 博之
第98回日本細菌学会総会, 2025年05月31日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
2025年05月29日 - 2025年05月31日, 51255604

野外繊毛虫を用いたレジオネラの新規病原因子の探索とその解析
大久保寅彦, 山口博之
第97回日本細菌学会総会, 2024年08月09日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
2024年08月07日 - 2024年08月09日, 44574558

低酸素環境におけるChlamydia trachomatisのヒト細胞内適応機構の探索　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 山口博之
第97回日本細菌学会総会, 2024年08月09日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
2024年08月07日 - 2024年08月09日

環境クラミジアNeochlamydiaが共生するアメーバは菌体形状を認知して細菌を運搬する　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 竹田流碧, 山口博之
第40回日本クラミジア研究会学術集会, 2024年02月17日, 日本語, 口頭発表（一般）

環境クラミジアが共生するアメーバは寒天培地上で何故大腸菌を捕食せずに生きたまま運搬するのか: アメーバによる運搬と菌体サイズとの関連性　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 竹田流碧, 筒井悠可, 山口博之
第88回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2023年08月26日, 日本語, 口頭発表（一般）

Soil bacteria release and migrate into the air in response to change in environmental factors: an experimental field study　　　　　　　　　　　　　　　
Okubo T., Yamaguchi H.
ASM Microbe 2023, 2023年06月18日, 英語, ポスター発表

繊毛虫の殺滅現象を利用したLegionella pneumophila の新規病原因子の探索
大久保寅彦, 山口博之
第96回日本細菌学会総会, 2023年03月16日, 日本語, ポスター発表
44574558

Interaction between Legionella pneumophila and ciliate Anteglaucoma, which in killed by co-culturing
Okubo T., Kawashiro A., Gengyo R., Tanishi R., Yamaguchi H.
The 10th International Conference on Legionella, 2022年09月20日, 英語, 口頭発表（一般）
44574558

Legionella pneumophilaに殺滅される繊毛虫を用いたレジオネラの新規病原因子探索
大久保寅彦, 川代愛梨, 玄行理子, 田西梨渚, 山口博之
第87回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2022年08月27日, 日本語, 口頭発表（一般）
44574558

The Molecular Mechanism by Which Legionella Pneumophila JR32 Instantly Kills Anteglaucoma Harbinensis CS11A, a Ciliate Isolated from Sewage
Okubo T., Kawashiro A., Gengyo R., Yamaguchi H.
ASM Microbe 2022, 2022年06月10日, 英語, その他
44574558

アメーバによる共生細菌依存的な細菌運搬現象のメカニズムの検証　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 佐藤豊孝, 横田伸一, 中村眞二, 山口博之
第95回日本細菌学会総会, 2022年03月29日, 日本語, ポスター発表

環境クラミジアNeochlamydiaが共生するアメーバによる細菌運搬現象：Na+/H+アンチポーターNhaAとの関係性について　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 田中菜那, タパ・ジーワン, 佐藤豊孝, 横田伸一, 山口博之
第38回日本クラミジア研究会学術集会, 2022年02月05日, 日本語, 口頭発表（一般）

アメーバによる細菌運搬現象と Na+/H+ アンチポーターNhaA との関係性の検証　　　　　　　　　　　　　　　
大久保 寅彦, 田中 菜那, Thapa Jeewa, 佐藤 豊孝, 横田 伸一, 山口 博之
第86回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2021年08月28日, 口頭発表（一般）

Acanthamoeba S13WT relies on amoebal endosymbiont and bacterial NhaA for its ability to backpack bacteria on solid media.　　　　　　　　　　　　　　　
Okubo T, Tanaka N, Yoshioka C, Nakamura S, Sato T, Yokota S, Yamaguchi H
World Microbe Forum 2021, 2021年06月22日, 英語, ポスター発表
2021年06月20日 - 2021年06月24日

3D プリンターで作成したエアサンプラーによる空気中浮遊細菌の検出とその変動に関わる環境因子の探索　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 宮﨑 悟, 鷲見 優斗, タパ ジーワン, 山口 博之
第94回日本細菌学会総会, 2021年03月24日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（公募）
2021年03月23日 - 2021年03月25日

野外水系環境由来の繊毛虫存在下におけるLegionella pneumophilaの生存性の検討　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 川代愛梨, 中村眞二, Jeewan Thapa, 山口博之
第93回日本細菌学会総会, 2020年02月20日, 日本語, ポスター発表
2020年02月19日 - 2020年02月21日

イトトンボが保有する薬剤耐性菌の検出と分離菌株の性状解析　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 山口裕々, 綿路昌史, 榎枝秀明, Jeewan Thapa, 山口博之
第85回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2019年08月23日, 日本語, 口頭発表（一般）
2019年08月23日 - 2019年08月23日

Fecal materials of damselfly can work as an indicator for revealing multidrug-resistant bacteria in local environments　　　　　　　　　　　　　　　
Okubo T, Yamaguchi Y, Wamaji M, Iwasaki S, Hayasaka K, Akizawa K, Yamaguchi H
ASM Microbe 2019, 2019年06月22日, 英語, ポスター発表
2019年06月20日 - 2019年06月24日

レジオネラの感染に抵抗性を示す環境由来アメーバによる細菌運搬現象　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松尾淳司, 中村眞二, 山口博之
第92回日本細菌学会総会, 2019年04月24日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
2019年04月23日 - 2019年04月25日

Staphylococcus aureus prompts Escherichia coli survival under dry conditions: a potential threat from the viewpoint of nosocomial infections　　　　　　　　　　　　　　　
Okubo T, Shimoda T, Nakamura S, Yano R, Matsuo J, Yamaguchi H
ASM Microbe 2018, 2018年06月10日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
［国際会議］

病院で用いられる乾燥床材上での細菌間の鬩ぎ合い：残存生菌数と ATP 量のギャップから紐解く細菌の生存戦略　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松尾 淳司, 中村 眞二, 山口博之
第91回日本細菌学会総会学術集会, 2018年03月28日, 日本語, 口頭発表（一般）
［国内会議］

札幌地下歩行空間での空気中浮遊細菌の菌叢解析　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松尾淳司, 大崎敬子, 神谷茂, 山口博之
第84回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2017年08月26日, 日本語, 口頭発表（一般）
［国内会議］

Synergistic effect of walkers with other factors on changing airborne bacterial communities in a built environment, Sapporo Underground Pedestrian Space　　　　　　　　　　　　　　　
Okubo T, Matsuo J, Nakamura S, Yamaguchi H
ASM Microbe 2017, 2017年06月03日, 英語, ポスター発表
［国際会議］

北海道大学病院にて分離されたNDM産生大腸菌の性状解析と繊毛虫によるプラスミド伝達の促進　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松下瑞江, 松尾淳司, 山口博之
第90回日本細菌学会総会, 2017年03月20日, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
［国内会議］

北海道大学病院にて分離されたニューデリー・メタロβラクタマーゼNDM-5産生大腸菌の性状解析　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松尾淳司, 山口博之
第83回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2016年09月17日, 日本語, 口頭発表（一般）
［国内会議］

繊毛虫との共培養で大腸菌から漏れ出すクオラムセンシング分子 autoinducer-2 について　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 松尾淳司, 山﨑智拡, 花輪智子, 中村眞二, 神谷茂, 山口博之
第82回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2015年09月05日, 日本語, 口頭発表（一般）
［国内会議］

水圏環境からの薬剤耐性遺伝子伝播におけるハエの役割
臼井優, 大久保寅彦, 福田昭, 高田秀重, 鈴木聡, 田村豊
日本土壌微生物学会講演要旨集, 2014年10月16日, 日本語

バンコク周辺の水圏環境における薬剤耐性菌とその耐性遺伝子の解析
大久保寅彦, 臼井優, 鈴木聡, 高田秀重, 田村豊
日本土壌微生物学会講演要旨集, 2014年10月16日, 日本語

腸球菌の薬剤耐性性状と人為的影響との関係 腸球菌の薬剤耐性性状と人為的影響との関係 腸球菌の薬剤耐性性状と人為的影響との関係　　　　　　　　　　　　　　　
大久保寅彦, 福田昭, 田中和之, 臼井優, 田村豊
第81回日本細菌学会北海道支部学術総会, 2014年08月29日, 日本語, 口頭発表（一般）
［国内会議］

モンゴル・コスタイ国立公園における遊牧民家畜等の薬剤耐性大腸菌出現状況
平野佑気, 大久保寅彦, 熊田淳, 萩原克郎, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2014年08月11日, 日本語

農場由来耐性菌のベクターとしてのハエの役割
白川崇大, 福田昭, 大久保寅彦, 臼井優, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2014年08月11日, 日本語

北海道の敗血症豚由来Streptococcus suisに関する分子疫学調査
大野祐太, 大久保寅彦, 池田徹也, 清水俊一, 横山光恵, 古崎洋司
北海道獣医師会雑誌, 2014年08月10日, 日本語

豚疣贅性心内膜炎から分離したStreptococcus suisの薬剤感受性及び分子疫学的解析
大野祐太, 柳沢梨沙, 大久保寅彦, 横山光恵, 池田徹也, 清水俊一
日本獣医師会雑誌, 2014年05月20日, 日本語

北海道で分離された大腸菌におけるキノロン,アミノグリコシド,セフェム交叉耐性株に関する検討
横田伸一, 大越康雄, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 田村豊
日本化学療法学会総会プログラム・講演抄録, 2014年05月19日, 日本語

イエバエ体内での大腸菌間の薬剤耐性遺伝子の水平伝達
福田昭, 臼井優, 大久保寅彦, 田村豊
日本細菌学雑誌, 2014年02月25日, 日本語

春季モンゴルと日本におけるバイオエアロゾルの時空間的変動
能田淳, 大久保寅彦, 萩原克郎, 野口泉, 田村豊
大気環境学会年会講演要旨集, 2013年08月31日, 日本語

薬剤耐性遺伝子はイエバエ腸管内で接合伝達する
福田昭, 臼井優, 大久保寅彦, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2013年08月30日, 日本語

動物病院来院猫からのセファロスポリン耐性およびフルオロキノロン耐性大腸菌の検出
大久保寅彦, 小野匡, 佐藤豊孝, 臼井優, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2013年08月10日, 日本語

犬の膿皮症治療のためのStaphylococcus pseudintermedius特異ファージの分離と抗菌薬によるファージ溶菌活性の増強
間瀬香織, 臼井優, 大久保寅彦, 岩野英知, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2013年08月10日, 日本語

豚疣状心内膜炎から分離したStreptococcus suisの薬剤感受性及び分子疫学的解析
柳沢梨沙, 大野祐太, 横山光恵, 古崎洋司, 大久保寅彦, 池田徹也, 清水俊一
北海道獣医師会雑誌, 2013年08月10日, 日本語

犬由来大腸菌におけるフルオロキノロン耐性及びセファロスポリン耐性の関連
佐藤豊孝, 横田伸一, 大久保寅彦, 臼井優, 藤井暢弘, 田村豊
日本獣医師会雑誌, 2013年05月20日, 日本語

伴侶動物由来細菌へのフルオロキノロン剤曝露による耐性菌出現リスク
臼井優, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 田村豊
獣医畜産新報, 2013年04月01日, 日本語

イエネズミ糞便由来大腸菌の薬剤耐性調査
吉沢創太, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 臼井優, 田中和之, 石塚真由美, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2012年08月31日, 日本語

市販鶏肉由来薬剤耐性サルモネラ属菌における耐性遺伝子の解析
小川紋, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 臼井優, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2012年08月31日, 日本語

牛呼吸器由来Mycoplasma bovisにおけるフルオロキノロン系抗菌薬耐性機構
佐藤豊孝, 大久保寅彦, 臼井優, 樋口豪紀, 永幡肇, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2012年08月31日, 日本語

薬剤耐性大腸菌の畜舎内伝播におけるハエの役割
臼井優, 岩佐友寛, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2012年08月31日, 日本語

南極の氷中に含まれていた細菌叢の解析
大久保寅彦, 佐藤豊孝, 中村昇太, 飯田哲也, 臼井優, 能田淳, 萩原克郎, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2012年08月31日, 日本語

犬由来大腸菌におけるフルオロキノロン耐性およびセファロスポリン耐性の関連
佐藤豊孝, 横田伸一, 大久保寅彦, 臼井優, 藤井暢弘, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2012年08月10日, 日本語

薬剤耐性大腸菌の畜舎内伝播におけるハエの役割
臼井優, 岩佐友寛, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2012年08月10日, 日本語

市販鶏肉由来薬剤耐性サルモネラ属菌における耐性遺伝子の解析
小川紋, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 臼井優, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2012年08月10日, 日本語

イエネズミ糞便由来大腸菌の薬剤耐性調査
吉沢創太, 大久保寅彦, 佐藤豊孝, 臼井優, 田中和之, 石塚真由美, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2012年08月10日, 日本語

犬および人から分離されたセファロスポリン耐性大腸菌における耐性性状の比較
大久保寅彦, 佐藤豊孝, 石井良和, 横田伸一, 石原加奈子, 田村豊
感染症学雑誌, 2011年11月20日, 日本語

犬及び人由来フルオロキノロン耐性大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子oqxABの検出
佐藤豊孝, 横田伸一, 内田郁夫, 大久保寅彦, 石原加奈子, 岡林環樹, 藤井暢弘, 田村豊
感染症学雑誌, 2011年09月20日, 日本語

牛呼吸器由来マイコプラズマにおけるマクロライド系抗菌薬の薬剤感受性調査
佐藤豊孝, 樋口豪紀, 大久保寅彦, 石原加奈子, 永幡肇, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2011年08月31日, 日本語

牛における第三世代セファロスポリン使用による薬剤耐性菌の発生評価試験
佐藤豊孝, 大久保寅彦, 石原加奈子, 泉山諭, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2011年08月31日, 日本語

ヒト及びイヌ由来大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子aac(6’)‐Ib‐crの検出
北原尚英, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 石原加奈子, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2011年08月31日, 日本語

犬および人由来フルオロキノロン耐性大腸菌の性状比較
佐藤豊孝, 横田伸一, 大久保寅彦, 石原加奈子, 藤井暢弘, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2011年08月10日, 日本語

ヒト及びイヌ由来大腸菌におけるプラスミド介在性キノロン耐性遺伝子aac(6′)‐Ib‐crの検出
北原尚英, 佐藤豊孝, 大久保寅彦, 石原加奈子, 田村豊
北海道獣医師会雑誌, 2011年08月10日, 日本語

オホーツクと南極海で採取した流氷における重金属濃度と金属耐性遺伝子の検出
能田淳, 登坂唯香, 中島千絵, 大久保寅彦, 石原加奈子, 鈴木定彦, 伊村智, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2011年03月01日, 日本語

犬および人由来セファロスポリン耐性大腸菌における耐性因子の比較
大久保寅彦, 佐藤豊孝, 石原加奈子, 石井良和, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2010年09月01日, 日本語

犬由来フルオロキノロン‐セファロスポリン多剤耐性大腸菌の系統発生分類による解析
佐藤豊孝, 横田伸一, 大久保寅彦, 石原加奈子, 岡林環樹, 藤井暢弘, 田村豊
日本獣医学会学術集会講演要旨集, 2010年09月01日, 日本語

南極およびオホーツク海で採取した流氷における構成菌種の同定と薬剤耐性遺伝子の検出
登坂唯香, 中島千絵, 大久保寅彦, 石原加奈子, 鈴木定彦, 伊村智, 田村豊
極域科学・宙空圏・気水圏・生物・地学シンポジウム講演予稿集(CD-ROM), 2010年, 日本語

医用工学概論実習　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

公衆衛生学実習　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

医動物学実習　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

医動物学　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

微生物学実習　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

検査総合管理学　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

関係法規　　　　　　　　　　　　　　　
北海道大学医学部保健学科
現在

癌細胞との類似性から紐解く性器クラミジアの低酸素適応と細胞修飾機構の新たな展開
科学研究費助成事業
2025年04月01日 - 2029年03月31日
山口 博之, 大久保 寅彦
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 25K02490

パンデミッククローンST131をモデルとした大腸菌臨床株の乾燥抵抗性メカニズムの解明
科学研究費助成事業
2025年04月01日 - 2028年03月31日
大久保 寅彦, 佐藤 豊孝, 山口 博之
日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 25K10357

日常生活動作レベルが高頻度接触面の細菌動態に与える影響と感染リスク判断への応用
科学研究費助成事業
2024年04月01日 - 2028年03月31日
宇野 智子, 渡辺 玲奈, 山口 博之, 大久保 寅彦, 矢野 理香
日本学術振興会, 基盤研究(C), 札幌医科大学, 24K13649

アジア諸国と協調して展開するAdvanced One Health Tricycle Project　　　　　　　　　　　　　　　
新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業
2023年04月 - 2026年03月
菅井 基行, 岸井 こずゑ, 小松澤 均, 白川 利朗, 浅井 鉄夫, 春日 郁朗, 大久保 寅彦
23809700

ユニークな繊毛虫との相互作用から迫るレジオネラの新規エフェクターの探索と機能解明
科学研究費助成事業
2022年04月01日 - 2025年03月31日
大久保 寅彦, 中村 眞二, 山口 博之
(1)未知エフェクターの検出：前年度に引き続き、作出済みのトランスポゾン挿入変異Legionella pneumophila (Lp) 菌株と繊毛虫Anteglaucomaの共培養実験を実施した。変異株全体(n=782)の共培養実験を完了し、56株(56/782, 7.2%)の病原性喪失株（繊毛虫が生残）を選抜した。AP-PCR法とシークエンスでトランスポゾン挿入部位を確認した結果、Ⅳ型分泌装置関連遺伝子(dot, icm等）の変異(n=17), 既知のエフェクタータンパク遺伝子の変異(n=6)、各種トランスポータータンパク遺伝子の変異(n=7)などを特定した。既報でヒト細胞または原生生物細胞への病原性が知られているものを除外し、まだ報告がない病原性遺伝子の候補として10遺伝子(lpg1859, lpg1343, lpg1206, lpg2856, lpg1828, lpg1013, lpg0077, lpg2345, DEAD/DEAH box helicase, hypothetical protein)を特定した。
(2)ヒト細胞への影響：上記の10遺伝子が変異したLp菌株をHeLa細胞に感染させて48時間後の細胞生存性を確認した結果、7株で細胞が生残した。これらの7遺伝子がコードするタンパクは繊毛虫細胞とヒト細胞の双方に病原性を及ぼす未報告のエフェクターだと考えられる。研究調書に記載したTHP-1細胞とLpの共培養も開始したが、まだ結果が出揃っていない。
(3)部位特異的変異株による再現実験：部位特異的変異によってLpの遺伝子を改変しても同様の結果が得られるかを検証するために、相同組換えによって上記の10遺伝子を欠損させた株の作出を試みたが、R5年度中には欠損株の樹立には至らなかった。
日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 22K07051

癌細胞との類似性から紐解く性器クラミジアの細胞内適応機構解明研究の新展開
科学研究費助成事業
2021年04月01日 - 2025年03月31日
山口 博之, 中村 眞二, THAPA JEEWAN, 大久保 寅彦
性感染症の原因であるクラミジア(Chlamydia trachomatis)が、発癌の危険因子であることが明らかになってきた。それ故にクラミジアの細胞内への適応機構の分子機構の解明はそれら病態形成機序を明らかにする上で極めて重要である。しかしクラミジアは未だ遺伝子改変が困難なこともあってその詳細な分子機構は明らかになっていない。そこで本年度はクラミジアの生存性を指標に既存薬と阻害剤ライブラリーのスクリーニングを行いヒットした化合物の細胞標的分子の情報からクラミジアが細胞内で頼る新たな候補分子(Gab2、PKA、PKG、CREB)の同定に成功した。具体的には、以下の2つの点について明らかにした。
1. 既存薬ライブラリー(約4,000)のスクリーニングでクラミジアの増殖を顕著に抑制した薬剤(抗菌薬を除く)のKEGG情報から標的分子候補を類推し、それら候補分子の阻害剤によるクラミジアの影響を精査することで、クラミジアの細胞内増殖が細胞の恒常性維持に重要なPKA、PKG、CREBを要求することを明らかにした。
2. 細胞は解糖系に依存したATPを産生を促進し細胞死を回避するためにPPI3K-AKT経路を活性化する。私たちの以前の研究でクラミジア感染細胞においてAKTのリン酸化(Ser473)が促進することを明らかにした。そこでPI3K-AKT経路に関わる分子の阻害剤パネルを用いてクラミジアの感受性を元にスクリーニングを行い、その結果を元に主成分解析を行ったところ、クラミジアが細胞内で利用する分子としてアダプター分子が候補として同定された。そこで主要なアダプター分子の一つであるGabをノックダウンした細胞でクラミジアの動態を精査したところ、クラミジアがその細胞内での増殖にGabを要求することが明らかになった。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 23K21378

癌細胞との類似性から紐解く性器クラミジアの細胞内適応機構解明研究の新展開
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2021年04月01日 - 2025年03月31日
山口 博之, 中村 眞二, THAPA JEEWAN, 大久保 寅彦
性感染症の主な原因である細胞内寄生性細菌クラミジア(Chlamydia trachomatis: Ct)の細胞内への適応機構は、未だ遺伝子改変ができないこともあって明らかになっていない。そこでCt感染細胞と癌細胞との類似性[1. PI3K-AKT経路を活性化、2. 通常酸素分圧下でミトコンドリアを要求する、3. 癌抑制因子として知られる芳香族炭素水素受容体転写因子(AHR)のリガンドであるインドールにてその発育が抑制される、4. 北大既存薬(3200剤)/オリジナル(2640剤)ライブラリーのスクリーニングで、癌の進行を促進するG蛋白共役胆汁酸受容体(TGR5)やHIVインテグラーゼの阻害剤などがクラミジアの増殖を完全に阻止した]から、Ctが細胞内で利用している新たな細胞内情報伝達経路とそれら修飾に関わる分泌エフェクター分子を同定すると共に、それら分子の中から癌治療の標的となりうる分子を探ることを目的とする。その結果、初年度の実験にて、以下の成果を得た。
1. Ct感染細胞では低酸素状態にて感染後30分でAKT(Ser473)リン酸化が起こり、持続することを見いだした。
2. インドールがCtが細胞内で増殖を抑制し、その機構として芳香族炭化水素受容体AhR分子が関与する可能性を示唆する結果を得た。
3. Ctの通常酸素下でのミトコンドリアの要求性は、NOX4/p38MAPKと関連していることを明らかにした。4. 北大既存薬ライブラリーでヒットした12薬剤についてその有効性について検証し11薬剤がCtの細胞内発育を有意に抑制することを確認し、KEGG解析にてCtが利用すると予想される新規の22の情報伝達系を同定した。
5. 北大オリジナルライブラリーでヒットした1薬剤についてその有効性について検証し、KEGG解析にてCtが利用すると予想される新規標的分子候補を同定した。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 21H02726

次世代の耐性菌対策を考慮した、国際的ハイリスク病原性細菌の市中内定着様式の解明
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2021年04月01日 - 2024年03月31日
佐藤 豊孝, 小笠原 徳子, 山本 聡, 浦野 恵美子, 青木 弘太郎, 中島 千絵, 臼井 優, 鈴木 仁人, 大久保 寅彦, 福田 昭
本研究では、フルオロキノロン耐性大腸菌ST131をモデルに、『院内』で問題となるAMR感染症を『院外(市中)』からのプローチでその伝播・定着様式を明らかにすることで、現行のAMR対策が報われない国際的なAMR問題の根本的解決に繋がる次世代型(院内-市中一体型)AMR対策に資する科学的知見を提供することが本研究の目的である。本目的達成の為、本年度は、ST131の伝播状況と伝播様式および定着メカニズム(定着因子の同定)を行なった。具体的には、同一地域（札幌市内）から同一時期に院内及び市中の各サンプル群(患者、健常者、動物、環境)から大腸菌を一斉に分離した。その後、シプロフロキサシンに耐性だった株を対象にST131の検出PCRおよび次世代シーケンス解析により行なった。その結果、ヒトの臨床検体(大学病院)からは25%, ヒトの臨床検体(市中クリニック)からは19.2%, ヒトの健常者の便検体からは16.1%, 伴侶動物(犬や猫)の直腸スワブからは18.3%, 家畜の牛、豚、鶏の便検体からはそれぞれ9.5%, 0%, 6.7%のフルオロキノロン耐性率であった。分離大腸菌全体に占めるST131の割合は、ヒトの臨床検体(大学病院)からは12.5%, ヒトの臨床検体(市中クリニック)からは5.7%, ヒトの健常者の便検体からは8.2%, 伴侶動物(犬や猫)の直腸スワブからは15.9%, 家畜の牛、豚、鶏の便検体からは1株も分離されなかった。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 札幌医科大学, 21H03622

建造環境の微生物叢の実態把握と応用:温度調節による新たな病原体制御理論の創成
科学研究費助成事業 挑戦的研究(開拓)
2020年07月30日 - 2024年03月31日
山口 博之, 矢野 理香, 大森 亮介, 大久保 寅彦
消毒剤や抗菌剤に頼らない温度による新たな病原体制御理論を創成し、空間や高頻度接触面の温度を制御することで、感染予防へと応用を目指すために、2年目は以下の研究を実施しいくつかの成果を得た。
1. 乾燥表面の温度調節による大腸菌の生存性の制御に湿度変化が与える影響: 私達は乾燥面を37℃付近に温めることでその乾燥麺に塗抹した細菌の生存性が顕著に低下することを見いだした。その一方で環境温度は、熱を奪う空気中の水蒸気量すなわち湿度の影響も受ける。そこで恒温恒湿機を使用し，温度(25-37℃)と共に湿度(45-90%)が乾燥表面の大腸菌の生存性に与える影響を調査した。その結果湿度と大腸菌の生存率には逆相関関係(r=-0.241)があり，湿度が上がるほど生存率は有意に低下した(p=0.04)。このように、乾燥面での温度制御において湿度によるネガティブな効果は最小限であることを見いだした。
2. 温度制御手摺デバイス上での細菌の生存性の可視化法の開発: バイク用ハンドヒーターを改良し作成したデバイスの効果を振れ幅の大きい培養に頼らず正確かつ簡便に確認する方法を、無蛍光の透明テープとLIVE/DEAD染色による測定系とキーエンス画像解析ソフトを組み合わせることで実現した。具体的には、ヒーターより距離が離れるほど手摺上の生存菌数は有意に低下し、その効果は温度ヒートマップと一致した。
3. 土壌細菌の空間移動に環境要因の変化が及ぼす影響について: 新型コロナ感染症の影響で公共の閉鎖環境での採材ができなかったので、その代替えとして３Dプリンターを用いて空気中に浮遊する細菌を効率よく生け捕りにできるエアサンプラーを用いて北大農場にて実施した。その結果、環境因子(気圧、蒸気圧、湿度、風向き)が連動し変化することにより、空気中に巻き上げられ浮遊し移動することが明らかになった。
日本学術振興会, 挑戦的研究(開拓), 北海道大学, 20K20613

入院患者の日常生活動作レベルがベッド周辺環境の微生物汚染に及ぼす影響
科学研究費助成事業 基盤研究(C)
2020年04月01日 - 2024年03月31日
下田 智子, 矢野 理香, 山口 博之, 大久保 寅彦
本研究は、患者の周辺環境への接触とその接触面での細菌の生存を具体的な患者の日常生活動作レベルを精査し、適切な看護実践（環境整備）へ応用することを目指す。
医療施設において、病原体は手指やその他の媒介物による接触を介して、感受性のある人に移動する可能性があるため病原体で汚染された環境表面の接触伝播経路に着目した。特に患者や医療従事者の手指が接触する機会が多い、ベッド柵やオーバーベッドテーブル等の患者周辺環境に着目した環境の調査研究を計画した。
2020年度は、新型コロナウイルス感染症の影響を受け、患者が療養している環境での調査が困難となった。そこで、2021年度は新型コロナウイルス感染症が発生する前に調査した結果から交絡因子を検討し、患者周辺の環境微生物汚染度と日常生活動作レベルの差異との関連について、準実験研究を用いて検討する計画へ変更した。
準実験研究の目的は、模擬病室内の患者周辺環境において、日常生活動作レベルの差異と模擬患者の手が触れる接触面積やアデノシン３リン酸（ATP）値との関連を検討した。模擬患者（12名）に先行研究で看護師の動作が分析されている車いすへの移乗を依頼した。その際のベッド周辺環境への接触面積やATP値を測定した。日常生活動作レベルの差異と模擬患者の手が触れる接触面積には相関関係がなかった。しかし、ATPで評価した環境微生物汚染度は、日常生活動作レベルが高くなるほど高値を示した。本結果は、模擬患者の日常生活動作レベルの差異とベッド周辺環境の汚染度に関連がある可能性を示唆したと考える。
日本学術振興会, 基盤研究(C), 札幌医科大学, 20K10626

病院汚水中薬剤耐性菌の実態解明：汚水は薬剤耐性菌の拡散経路となっているのか？
科学研究費助成事業 若手研究
2019年04月01日 - 2022年03月31日
大久保 寅彦
病院汚水中に存在する薬剤耐性菌を解析するため、病院マンホール汚水(n=5)、一般施設マンホール汚水(n=8)からセフォタキシム2mg/L添加マッコンキー寒天培地で分離した菌株を解析した。その結果、病院マンホール汚水に含まれるセフォタキシム耐性菌数は一般マンホール汚水よりも有意に多いことが分かった。大腸菌に絞って薬剤耐性菌を分離した結果、病院および一般施設汚水のどちらからもblaCTX-M-1groupやblaCTX-M-9groupの基質域拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生大腸菌が分離された。ただし、病院汚水由来ＥＳＢＬ産生大腸菌がフルオロキノロン系のシプロフロキサシンにも耐性を示したのに対し、一般施設汚水由来ＥＳＢＬ産生大腸菌はシプロフロキサシン感受性であったことから、病院汚水由来大腸菌は多剤耐性化の傾向が進んでいることが示唆された。このことから、病院汚水のスクリーニング検査によって薬剤耐性菌の出現状況が病院レベルで網羅的に検査できるものと考えられる。
薬剤耐性菌分離に加え、原生生物の分離を試みた結果、繊毛虫の一種であるAnteglaucoma harbinensisを病院マンホール汚水から分離することに成功した。本研究室は過去の研究で、実験室株の繊毛虫(Tetrahymena)が薬剤耐性菌のプラスミド伝達を促進することを明らかにしている。そのため、今回得られた野外由来繊毛虫についても、薬剤耐性菌のプラスミド伝達を促進するかどうかを検証した。Antegraucomaと供与菌（blaNDM-5保有大腸菌）・受容菌（リファンピシン耐性変異大腸菌）を15℃で共培養した結果、接合伝達頻度は4.26x10^-5となり、供与菌・受容菌のみの場合での伝達頻度（1.95x10^-5）よりも高頻度にはなったものの有意差は認められなかった。
日本学術振興会, 若手研究, 北海道大学, 19K19403

熱帯アフリカにおける畜産由来薬剤耐性菌発生の実態把握と対策の提案
科学研究費助成事業 基盤研究(A)
2016年04月01日 - 2020年03月31日
牛田 一成, 浅井 鉄夫, 丸山 史人, 大久保 寅彦, 大屋 賢司
薬剤耐性菌は、人医療からだけではなく農業、とくに集約的な畜産業からも発生している。近年、先進国では薬剤耐性菌の発生が低下傾向にある。しかし、途上国は発生拡大傾向にあり、とくにアフリカでは実態把握も困難な状況である。本研究では、経済発展に伴い工業的な畜産業が拡大するウガンダを調査地として、畜産から発生する薬剤耐性菌の現状把握と無薬畜産を提案するためのプロバイオ候補菌探索を行った。家畜および畜産物からテトラサイクリン耐性が多く検出されたが、都市周辺の野鳥からESBL多剤耐性菌が検出され、公衆衛生上のリスクを明らかにした。また粗放な飼育形態の家禽および野鳥から抗菌性を示す乳酸菌を複数株選抜できた。
日本学術振興会, 基盤研究(A), 16H02767

熱帯アフリカにおける畜産由来薬剤耐性菌発生の実態把握と対策の提案　　　　　　　　　　　　　　　
KAKENHI
2016年04月 - 2020年03月
牛田一成
JSPS, 競争的資金

腟菌叢とメタボローム: クラミジア卵管線維化機構とPID診断バイオマーカーの探索
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
2016年04月01日 - 2019年03月31日
山口 博之, 中村 眞二, 松尾 淳司, 大久保 寅彦, 岩破 一博
クラミジア(Chlamydia trachomatis)は、主要な性感染症の原因菌であり、慢性化すると不妊の原因になる。そこでクラミジアの腟粘膜面での生存性を規定する要因を臨床材料(腟スワブ検体554検体)を用いて検討した。その結果、腟への腸管内容物の流入量(特にインドール: INFγの効果を減弱させる)の増加が、クラミジアの感染リスクを助長することを発見した。また低酸素でクラミジア感染細胞を維持するための至適培養系を構築し、線維化に関わる遺伝子の発現が低下することを発見した。さらにクラミジア感染細胞のアポトーシス誘導を容易に可視化できるカスパーゼ3プローブ導入細胞を利用した実験系も確立した。
日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 16H05225

アメーバ共生細菌原始クラミジアのレジオネラ撃退に関わる分子マシナリーの探索
科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
2016年04月01日 - 2019年03月31日
山口 博之, 中村 眞二, 松尾 淳司, 大久保 寅彦
私達は土壌から難培養性の原始的なクラミジア(Neochlamydia S13)が共生する一株のアメーバをクローン化した。このアメーバは共生細菌依存的に天敵レジオネラを撃退する。本研究ではその仕組みとアメーバがそのクラミジアを共生させる必然性を明らかにするために検討した。その結果、このアメーバは共生細菌依存的に天敵レジオネラの取り込みを特異的に阻害することで、レジオネラの感染を回避していることを明らかにした。また興味深いことにこのアメーバは固形寒天培地上で共生細菌依存的にヒト病原細菌(大腸菌やサルモネラ)を表面に固着させ運搬することを発見した。この運搬にはイオン交換輸送体nhaAが関与していた。
日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 16K15270

アメーバ共生細菌原始クラミジアのレジオネラ撃退に関わる分子マシナリーの探索　　　　　　　　　　　　　　　
KAKENHI
2016年04月 - 2019年03月
山口博之
JSPS, 競争的資金

腟菌叢とメタボローム: クラミジア卵管線維化機構とPID診断バイオマーカーの探索　　　　　　　　　　　　　　　
KAKENHI
2016年04月 - 2019年03月
山口博之
JSPS, 競争的資金

細菌由来シグナル分子AI-2が原生生物の代謝及び病原性に与える影響の解明
科学研究費助成事業 若手研究(B)
2016年04月01日 - 2018年03月31日
大久保 寅彦, 山口 博之, 松尾 淳司, 中村 眞二, 松下 瑞江, 秋沢 宏次, 早坂 かすみ, 福元 達也, 岩崎 澄夫
細菌はシグナル分子AI-2を介して周囲の細菌と情報交換を行なっている。本研究室では以前、原生生物と細菌を共培養するとAI-2濃度が上昇する現象を発見し、微生物間相互作用においてAI-2量の変動が起こることを明らかにした。一方、AI-2が原生生物に対してどのような影響を与えるかは知られていない。本研究ではAI-2添加下でアメーバおよび繊毛虫を培養し、非添加下と性状を比較した。その結果、固体（寒天培地）上ではアメーバの運動速度が上昇することが明らかとなり、アメーバはAI-2濃度を感知して自身の運動性を上昇させることが示された。
日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 16K19113

細菌由来シグナル分離AI-2が原生生物の代謝及び病原性に与える影響の解明　　　　　　　　　　　　　　　
KAKENHI
2016年04月 - 2018年03月
大久保 寅彦
JSPS, 研究代表者, 競争的資金

市販鶏肉の表面で繰り広げられる細菌と原生動物の相互作用の可視化と応用
科学研究費助成事業 研究活動スタート支援
2015年08月28日 - 2016年03月31日
大久保 寅彦
1. 市販鶏肉上で生じている細菌と原生動物の相互作用を可視化するという当初計画に基づき、予備試験、鶏肉サンプルの採材、微生物叢解析、原生動物の分離培養を実施した。
2. 鶏肉とアメーバまたはアメーバDNAを用いた予備試験により、鶏肉からの原生動物の検出限界は、培養法で1,000cell/g、遺伝子検出法（PCR）で0.1cell/gであると求められた。
3. 市販鶏肉を購入し、(1)当日 (2)4℃ 2days (3)4℃ 7days (4)15℃ 2days (5)15℃ 7daysの条件で静置後にDNAを抽出し、微生物叢解析を行なった。16S rDNAに基づく細菌叢解析の結果、当日サンプルではガンマプロテオバクテリアやバシルスなどが多く、細菌叢に多様性がみられたのに対し、4℃静置サンプルではガンマプロテオバクテリアが圧倒的多数となっていた。属レベルで見た場合、こうしたガンマプロテオバクテリアの多くはエロモナス、シュードモナスなどの水系細菌・低温発育菌であったことから、こうした細菌は冷蔵した鶏肉の上で増殖し続けていたと考えられた。一方、15℃静置サンプルにおいては、2days時点ではガンマプロテオバクテリアが優占化したが、7days時点ではバクテロイデスの大幅な増加がみられた。これは好気性菌の増殖によって鶏肉表面の酸素が消費されたことによるものと考えられる。
4. 当初、18S rDNAにもとづく原生生物叢の解析を実施予定であったが、ニワトリ由来DNAが障害となって解析を実施できなかった。分離培養では、2サンプルから2種類の鞭毛虫(Parabodo sp., Sandona sp.)を得た。これらの鞭毛虫と食中毒菌(E.coli, Salmonella Enteritidis)の共培養を実施したが、鞭毛虫は細菌数の増減に有意な影響を与えなかった。
5. 鶏肉表面で生じている細菌叢構成の劇的な変化、および鶏肉に付着する鞭毛虫を検出した。今回は食中毒菌と相互作用する原生動物は得られなかったが、今後の調査により細菌の生存性や病原性に影響する微生物の検出につなげたい。
日本学術振興会, 研究活動スタート支援, 北海道大学, 15H05997

市販鶏肉表面で繰り広げられる細菌と原生生物の相互作用の可視化と応用　　　　　　　　　　　　　　　
KAKENHI
2015年09月 - 2016年03月
大久保 寅彦
JSPS, 研究代表者, 競争的資金

ウガンダ国絶滅危惧種ヨウム保全の地域連携モデルケース構築支援　　　　　　　　　　　　　　　
2021年 - 2025年
助言・指導, 報告書執筆
独立行政法人国際協力機構（JICA）

JICA短期派遣ボランティア　　　　　　　　　　　　　　　
2012年03月01日 - 2012年05月31日
助言・指導
研究指導
torahiko
短期派遣ボランティアとしてウガンダでの家畜疾病診断ラボ構築プロジェクトに参加。

Microbes and Environments誌 編集委員　　　　　　　　　　　　　　　
査読
査読等