Researcher basic information

• Doctor of agriculture, Hokkaido University, Dec. 2017

• https://researchmap.jp/reika-isoda?lang=en

• https://orcid.org/0000-0003-2589-6897
• https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=202001008805044303

• https://orcid.org/0000-0003-2589-6897

• 202001008805044303

Research activity information

• Complete genome sequences of two Mesoterricola strains belonging to the phylum Acidobacteriota , isolated from sediment and paddy soil
  Reika Isoda; Miyu Kuniyasu; Hideomi Itoh
  Microbiology Resource Announcements, 09 Apr. 2026
  Scientific journal
• Water-Soluble Aromatic Nanobelt with Unique Cellular Internalization.
  Konstantin Günther; Hideya Kono; Hiroki Shudo; Daisuke Shimizu; Reika Isoda; Masayoshi Nakamura; Akiko Yagi; Kazuma Amaike; Kenichiro Itami
  Angewandte Chemie (International ed. in English), e202414645, 30 Sep. 2024, [International Magazine]
  English, Scientific journal, A water-soluble aromatic nanobelt was synthesized, and its cellular uptake behavior in HeLa cells was investigated. The late-stage functionalization of the parent methylene-bridged [6]cycloparaphenylene ([6]MCPP) provided an easily accessible alkyne-functionalized nanobelt in a single reaction step. The alkyne-substituted [6]MCPP was subjected to Cu-catalyzed azide-alkyne cycloaddition by using a dye-attached azide to obtain a water-soluble aromatic nanobelt. Cell-imaging experiments on the synthesized nanobelt in HeLa cells revealed stop-and-go cellular uptake dynamics. Similar experiments with control molecules and theoretical studies indicated that the unique dynamics of the nanobelt was derived from the belt-shaped structure.
• Near‐infrared imaging of phytochrome‐derived autofluorescence in plant nuclei
  Akira Yoshinari; Reika Isoda; Noriyoshi Yagi; Yoshikatsu Sato; Jelmer J. Lindeboom; David W. Ehrhardt; Wolf B. Frommer; Masayoshi Nakamura
  The Plant Journal, Jun. 2024
  Scientific journal
• SWEET13 transport of sucrose, but not gibberellin, restores male fertility in Arabidopsis sweet13;14.
  Reika Isoda; Zoltan Palmai; Akira Yoshinari; Li-Qing Chen; Florence Tama; Wolf B Frommer; Masayoshi Nakamura
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119, 42, e2207558119, 18 Oct. 2022, [International Magazine]
  English, Scientific journal, SWEET sucrose transporters play important roles in the allocation of sucrose in plants. Some SWEETs were shown to also mediate transport of the plant growth regulator gibberellin (GA). The close physiological relationship between sucrose and GA raised the questions of whether there is a functional connection and whether one or both of the substrates are physiologically relevant. To dissect these two activities, molecular dynamics were used to map the binding sites of sucrose and GA in the pore of SWEET13 and predicted binding interactions that might be selective for sucrose or GA. Transport assays confirmed these predictions. In transport assays, the N76Q mutant had 7x higher relative GA3 activity, and the S142N mutant only transported sucrose. The impaired pollen viability and germination in sweet13;14 double mutants were complemented by the sucrose-selective SWEET13S142N, but not by the SWEET13N76Q mutant, indicating that sucrose is the physiologically relevant substrate and that GA transport capacity is dispensable in the context of male fertility. Therefore, GA supplementation to counter male sterility may act indirectly via stimulating sucrose supply in male sterile mutants. These findings are also relevant in the context of the role of SWEETs in pathogen susceptibility.
• OsSWEET11b, a potential sixth leaf blight susceptibility gene involved in sugar transport‐dependent male fertility
  Lin‐Bo Wu; Joon‐Seob Eom; Reika Isoda; Chenhao Li; Si Nian Char; Dangping Luo; Van Schepler‐Luu; Masayoshi Nakamura; Bing Yang; Wolf B. Frommer
  New Phytologist, 234, 3, 975, 989, Wiley, May 2022
  Scientific journal
• Advances in Synthetic Fluorescent Probe Labeling for Live Cell Imaging in Plants.
  Noriyoshi Yagi; Akira Yoshinari; Ryu J Iwatate; Reika Isoda; Wolf B Frommer; Masayoshi Nakamura
  Plant & cell physiology, 08 Jul. 2021, [Domestic magazines]
  English, Scientific journal, Fluorescent probes are a powerful tool for visualizing cellular and subcellular structures, their dynamics, and cellular molecules in living cells, and enables us to monitor cellular processes in a spatio-temporal manner within complex and crowded systems. In addition to popular fluorescent proteins, a wide variety of small-molecule dyes have been synthesized through close association with the interdisciplinary field of chemistry and biology, ranging from those suitable for labeling cellular compartments such as organelles to those for labeling intracellular biochemical and biophysical processes and signaling. In recent years, self-labeling technologies including the SNAP-tag system have allowed us to attach these dyes to cellular domains or specific proteins, and are beginning to be employed in plant studies. In this mini review, we will discuss the current range of synthetic fluorescent probes that have been exploited for live cell imaging and the recent advances in the application that enable genetical tagging of synthetic probes in plant research.
• Sensors for the quantification, localization and analysis of the dynamics of plant hormones.
  Reika Isoda; Akira Yoshinari; Yuuma Ishikawa; Mayuri Sadoine; Rüdiger Simon; Wolf B Frommer; Masayoshi Nakamura
  The Plant journal : for cell and molecular biology, 105, 2, 542, 557, Jan. 2021, [International Magazine]
  English, Scientific journal, Plant hormones play important roles in plant growth and development and physiology, and in acclimation to environmental changes. The hormone signaling networks are highly complex and interconnected. It is thus important to not only know where the hormones are produced, how they are transported and how and where they are perceived, but also to monitor their distribution quantitatively, ideally in a non-invasive manner. Here we summarize the diverse set of tools available for quantifying and visualizing hormone distribution and dynamics. We provide an overview over the tools that are currently available, including transcriptional reporters, degradation sensors, and luciferase and fluorescent sensors, and compare the tools and their suitability for different purposes.
• Transcriptional silencing of 35S driven-transgene is differentially determined depending on promoter methylation heterogeneity at specific cytosines in both plus- and minus-sense strands
  Wataru Matsunaga; Hanako Shimura; Senri Shirakawa; Reika Isoda; Tsuyoshi Inukai; Takeshi Matsumura; Chikara Masuta
  BMC PLANT BIOLOGY, 19, Jan. 2019
  English, Scientific journal
• Comparison of Archaeal Communities in Mineral Soils at a Boreal Forest in Finland and a Cold-Temperate Forest in Japan
  Reika Isoda; Shintaro Hara; Teemu Tahvanainen; Yasuyuki Hashidoko
  MICROBES AND ENVIRONMENTS, 32, 4, 390, 393, Dec. 2017
  English, Scientific journal
• Physiological and Genotypic Characteristics of Nitrous Oxide (N2O)-Emitting Pseudomonas Species Isolated from Dent Corn Andisol Farmland in Hokkaido, Japan
  Yanxia Nie; Li Li; Reika Isoda; Mengcen Wang; Ryusuke Hatano; Yasuyuki Hashidoko
  MICROBES AND ENVIRONMENTS, 31, 2, 93, 103, Jun. 2016
  English, Scientific journal
• Distinct Metabolites for Photoreactive L-Phenylalanine Derivatives in Klebsiella sp CK6 Isolated from Rhizosphere of a Wild Dipterocarp Sapling
  Lei Wang; Wataru Hisano; Yuta Murai; Munenori Sakurai; Yasuyuki Muto; Haruka Ikemoto; Masashi Okamoto; Takashi Murotani; Reika Isoda; Dongyeop Kim; Yasuko Sakihama; Irnayuli R. Sitepu; Yasuyuki Hashidoko; Yasumaru Hatanaka; Makoto Hashimoto
  MOLECULES, 18, 7, 8393, 8401, Jul. 2013
  English, Scientific journal
• Trace Amounts of Furan-2-Carboxylic Acids Determine the Quality of Solid Agar Plates for Bacterial Culture
  Shintaro Hara; Reika Isoda; Teemu Tahvanainen; Yasuyuki Hashidoko
  PLOS ONE, 7, 7, Jul. 2012
  English, Scientific journal

• Live-cell imaging of plant nucleus using phytochrome-derived autofluorescence
  YOSHINARI Akira; YOSHINARI Akira; ISODA Reika; YAGI Noriyoshi; FROMMER Wolf B.; FROMMER Wolf B.; FROMMER Wolf B.; NAKAMURA Masayoshi, 日本植物生理学会年会(Web), 65th, 2024
• Sucrose or gibberellin?-the dissecting role of SWEET13
  礒田玲華; PALMAI Zoltan; 吉成晃; CHEN Li-Qing; TAMA Florence; TAMA Florence; TAMA Florence; FROMMER Wolf B.; FROMMER Wolf B.; 中村匡良, 日本植物生理学会年会(Web), 64th, 2023
• 糖輸送体SWEETの基質選択性を操作する
  礒田玲華; PALMAI Zoltan; 吉成晃; CHEN Li-Qing; TAMA Florence; TAMA Florence; TAMA Florence; FROMMER Wolf B.; FROMMER Wolf B.; 中村匡良, トランスポーター研究会年会抄録集, 17th (Web), 2023
• フィトクロム蛍光を利用した植物核のライブイメージング
  吉成晃; 吉成晃; 礒田玲華; 八木慎宜; フロマー ウォルフ; フロマー ウォルフ; フロマー ウォルフ; 中村匡良, 日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM), 87th, 2023
• Polarity switch of receptor-like kinases
  吉成晃; 礒田玲華; 桑田啓子; FROMMER Wolf; FROMMER Wolf; FROMMER Wolf; 中村匡良, 日本植物生理学会年会(Web), 63rd, 2022
• P1-1-10 ハツカダイコン芽生え地上部に見出された強力な対脱窒細菌N₂O放出亢進効果とその水溶性活性化因子の追跡（ポスター，1-1 物質循環・動態，2016年度佐賀大会）
  橋床 泰之; 西山 隆晃; 高津 祐太; 阿知 和菜子; 礒田 玲華, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 62, 10, 10, 2016
  一般社団法人 日本土壌肥料学会, Japanese
• P3-1-14 オオサビハリタケ菌糸マット直下の土壌微生物群集は北方圏針葉樹林林床でのポドゾル形成に関与しているか？（ポスター，3-1 土壌生物の生態と機能，2016年度佐賀大会）
  礒田 玲華; 宮本 敏澄; 阿部 碧; 原新 太郎; Zackrisson Olle; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 62, 36, 36, 2016
  一般社団法人 日本土壌肥料学会, Japanese
• P3-1-4 亜北極生態系における土壌微生物群集、土壌含水量および窒素固定の関連(ポスター,3-1 土壌生物の生態と機能,2015年度京都大会)
  礒田 玲華; 原 新太郎; 小林 真; Giesler Reiner; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 61, 34, 34, 09 Sep. 2015
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese
• P3-1-10 森林限界線近傍土壌のアセチレン還元と土壌微生物群集構造に対する土壌含水量の関与(ポスター,3-1 土壌生物の生態と機能,2014年度東京大会)
  礒田 玲華; 原 新太郎; 小林 真; Giesler Reiner; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 60, 39, 39, 09 Sep. 2014
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese
• 8-1-35 高温条件下にある牛糞堆肥由来古細菌のメタン発酵における外来遺伝子の寄与 : 牛糞堆肥の高温発酵過程で活動する主要好熱性メタン生成古細菌MethanosarcinaはMethanothermobacter由来のmcrA遺伝子を保有する(8-1 環境保全,2013年度名古屋大会)
  守 次朗; 礒田 玲華; 前田 高輝; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 59, 161, 161, 11 Sep. 2013
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese
• P3-1-6 北方圏森林土壌における微生物群集のアセチレン還元能とそれに特徴的に出現する古細菌叢の解析(ポスター,3-1 土壌生物の生態と機能,2013年度名古屋大会)
  礒田 玲華; 原 新太郎; Tahvanainen Teemu; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 59, 41, 41, 11 Sep. 2013
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese
• P6-10 フィンランド亜北極ツンドラ帯および苫小牧亜寒帯森林土壌微生物群集のアセチレン還元能と炭素源濃度に対する応答(S6.N_2O生成と消去に関わる微生物研究の最前線-遺伝子解析からN_2O発生抑制まで-,6.土壌生物,2012年度鳥取大会)
  礒田 玲華; 原 新太郎; Teemu Tahvanainen; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 58, 42, 42, 04 Sep. 2012
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese
• 6-21 ジェランガムソフトゲル培養法によるフィンランド・ツンドラ帯土壌のアセチレン還元能検出とその土壌、培養物両者についての細菌叢解析(6.土壌生物)
  礒田 玲華; 原 新太郎; Tahvanainen Teemn; 橋床 泰之, 日本土壌肥料学会講演要旨集, 57, 41, 41, 08 Aug. 2011
  一般社団法人日本土壌肥料学会, Japanese

• 微生物生態学会
• 日本植物生理学会
• 日本土壌肥料学会

• 根圏と腸内のアナロジーから探る：共生適応機構の解明
  科学研究費助成事業
  01 Apr. 2026 - 31 Mar. 2029
  礒田 玲華
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 26K09481
• イボタケ類菌糸マットを構成し土壌酸性化作用を担う微生物群の解明とその活性評価
  科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
  07 Oct. 2022 - 31 Mar. 2027
  宮本 敏澄; 原口 昭; 礒田 玲華
  イボタケ類の菌糸マットの移動方向に沿った、土壌酸性化に関わる遺伝子群mRNAの土壌中での発現量、菌糸マット内の微生物群集変化の調査を行うために、昨年度に土壌から抽出したDNAのPCR作業を進めた。また、mRNAの土壌中での発現量調査については、すでに設定された固定調査地で行うが、予備実験を行った上で最適なサンプリング計画を立てる予定でいる。しかし、土壌資料のサンプリングに伴う調査地の土壌撹乱は避けられず、固定調査地で確認されたイボタケ類の菌糸マットの数やサイズは予備調査による繰り返しのサンプリングのためには不十分であった。さらに、環境条件が異なった場合でも結果が同様となるのかを確かめるために、新たなサイトについても引き続きイボタケ類の菌糸マットを探索し調査サイトの設定を行う必要があった。そこで、フィンランド東部でヨーロッパアカマツとヨーロッパトウヒを主体とする天然林で、新たな調査地を探索した。その結果今年度は、比較的高密度にイボタケ類の菌糸マットが分布している調査地を設置することができた。イボタケ類の菌糸マットの発達－消失過程は子実体の発生と地下の菌糸マットの存在と形状、その直下の土壌漂白層の発達度、および植生の変化パタンから推定した。表層の土壌有機物層を一部剥がすことで菌糸マットの存在を確認し、菌糸マットが未発達（未到達）の林床－発達した菌糸マット－消失過程にある菌糸マットに沿った３地点からDNAおよびmRNA抽出用に層位別の土壌サンプルを採集した。土壌サンプルは東フィンランド大学の実験室に持ち帰り、mRNAを固定する処理を行った上で北海道大学へ輸送した。
  日本学術振興会, 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)), 北海道大学, 22KK0086
• 無機窒素動態に連動する土壌微生物群集解析による北方林窒素ミッシングリンク解明
  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
  24 Apr. 2015 - 31 Mar. 2017
  礒田 玲華
  本研究は北方圏生態系における土壌微生物群集の構造とそれらの窒素循環への寄与を評価することを目的して，フィールド調査と実験室内試験を行ってきた。これまでに，森林限界からツンドラ域における植生，土壌理化学性，土壌微生物群集構造とそれらの窒素固定ポテンシャルを各因子と無機窒素代謝との関連を調査してきている。
  フィンランド北部森林限界線トウヒ疎林と北海道苫小牧カラマツ人工林の土壌微生物群集解析により中温性古細菌群が多数検出されたため，古細菌群集についてより詳細な系統樹解析を行った。両サイトの古細菌群集は大きく２つの門で構成されていた。うち一つが中温性古細菌群であり，これらは４クレードにわかれた。これら中温性古細菌はアンモニア酸化を担っている可能性が考えられる。また，真性細菌群集について窒素固定を担っている可能性のある群集を解析したところ，フィンランドトウヒ疎林の土壌微生物群集から，より多くの窒素固定関連最近群集を見出した。
  スウェーデン北部のU字谷Karkevaggeではツンドラを代表する５タイプの植生がU字谷内に確認できる。５タイプの植生下の有機物土壌に対し，土壌化学特性や窒素固定ポテンシャル評価，次世代シークエンシングによる群集解析を行った。その結果，pHが高い３タイプでは比較的高い窒素固定ポテンシャルを示した一方でpHが低い２タイプでは窒素固定をほとんど示さなかった。真正細菌群集の構成要因は５タイプの植生間でほぼ同じだったのに対し，それらの構成比は植生に依存することがわかった。また，窒素固定ポテンシャルは植生と土壌中のアンモニア態窒素濃度と関連があることが明らかとなった。
  日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 北海道大学, 15J06157