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Hiragori Yuta
| Research Faculty of Agriculture Fundamental AgriScience Research Applied Bioscience | Assistant Professor |
Researcher basic information
■ Degree■ URL
researchmap URLホームページURL■ Various IDs
Researcher number
- 81003366
Research KeywordResearch Field■ Educational Organization
- Bachelor's degree program, School of Agriculture
- Master's degree program, Graduate School of Agriculture
- Doctoral (PhD) degree program, Graduate School of Agriculture
Research activity information
■ Papers- Upstream open reading frame-mediated upregulation of ANAC082 expression in response to nucleolar stress in Arabidopsis
Shun Sasaki; Toru Murakami; Miharu Yasumuro; Ayaka Makita; Yutaro Oi; Yuta Hiragori; Shun Watanabe; Rin Kudo; Noriya Hayashi; Iwai Ohbayashi; Munetaka Sugiyama; Yui Yamashita; Satoshi Naito; Hitoshi Onouchi
Plant Biotechnology, 40, 1, 21, 30, Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology, 25 Mar. 2023, [Peer-reviewed]
English, Scientific journal - Genome-wide identification of Arabidopsis non-AUG-initiated upstream ORFs with evolutionarily conserved regulatory sequences that control protein expression levels
Yuta Hiragori; Hiro Takahashi; Taihei Karino; Atsushi Kaido; Noriya Hayashi; Shun Sasaki; Kodai Nakao; Taichiro Motomura; Yui Yamashita; Satoshi Naito; Hitoshi Onouchi
Plant Molecular Biology, 111, 1-2, 37, 55, Springer Science and Business Media LLC, 31 Aug. 2022, [Peer-reviewed], [Lead author]
English, Scientific journal - Comprehensive genome-wide identification of angiosperm upstream ORFs with peptide sequences conserved in various taxonomic ranges using a novel pipeline, ESUCA
Hiro Takahashi; Noriya Hayashi; Yuta Hiragori; Shun Sasaki; Taichiro Motomura; Yui Yamashita; Satoshi Naito; Anna Takahashi; Kazuyuki Fuse; Kenji Satou; Toshinori Endo; Shoko Kojima; Hitoshi Onouchi
BMC Genomics, 21, 1, Springer Science and Business Media LLC, 30 Mar. 2020, [Peer-reviewed]
English, Scientific journal, Abstract
Background
Upstream open reading frames (uORFs) in the 5′-untranslated regions (5′-UTRs) of certain eukaryotic mRNAs encode evolutionarily conserved functional peptides, such as cis-acting regulatory peptides that control translation of downstream main ORFs (mORFs). For genome-wide searches for uORFs with conserved peptide sequences (CPuORFs), comparative genomic studies have been conducted, in which uORF sequences were compared between selected species. To increase chances of identifying CPuORFs, we previously developed an approach in which uORF sequences were compared using BLAST between Arabidopsis and any other plant species with available transcript sequence databases. If this approach is applied to multiple plant species belonging to phylogenetically distant clades, it is expected to further comprehensively identify CPuORFs conserved in various plant lineages, including those conserved among relatively small taxonomic groups.
Results
To efficiently compare uORF sequences among many species and efficiently identify CPuORFs conserved in various taxonomic lineages, we developed a novel pipeline, ESUCA. We applied ESUCA to the genomes of five angiosperm species, which belong to phylogenetically distant clades, and selected CPuORFs conserved among at least three different orders. Through these analyses, we identified 89 novel CPuORF families. As expected, ESUCA analysis of each of the five angiosperm genomes identified many CPuORFs that were not identified from ESUCA analyses of the other four species. However, unexpectedly, these CPuORFs include those conserved across wide taxonomic ranges, indicating that the approach used here is useful not only for comprehensive identification of narrowly conserved CPuORFs but also for that of widely conserved CPuORFs. Examination of the effects of 11 selected CPuORFs on mORF translation revealed that CPuORFs conserved only in relatively narrow taxonomic ranges can have sequence-dependent regulatory effects, suggesting that most of the identified CPuORFs are conserved because of functional constraints of their encoded peptides.
Conclusions
This study demonstrates that ESUCA is capable of efficiently identifying CPuORFs likely to be conserved because of the functional importance of their encoded peptides. Furthermore, our data show that the approach in which uORF sequences from multiple species are compared with those of many other species, using ESUCA, is highly effective in comprehensively identifying CPuORFs conserved in various taxonomic ranges.
- シロイヌナズナにおけるArginine decarboxylaseの発現制御を介したputrescine恒常性維持機構
平郡雄太; 安室美陽; 狩野泰平; 海藤篤; 崎浜靖子; 後藤優弥; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
日本ポリアミン学会 第15回年会, 23 Jan. 2026
23 Jan. 2026 - 24 Jan. 2026 - A Simple Method for Selecting Transgenic Arabidopsis Lines Using Seed Pigmentation
Yuta Hiragori; Shouei Usuki; Hitoshi Onouchi
北海道植物学会 2025年度大会, 09 Dec. 2025 - 非AUG開始型上流ORFとRNA二次構造による翻訳制御を介したシロイヌナズナにおけるポリアミン合成のフィードバック機構
平郡雄太; 安室美陽; 狩野泰平; 海藤篤; 崎浜靖子; 後藤優弥; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第66回日本植物生理学会年会, 14 Mar. 2025, Oral presentation
48580705 - 非AUG開始型uORFを介したシロイヌナズナのputrescine恒常性維持機構
平郡雄太
第12回 植物RNA研究者ネットワークシンポジウム, Dec. 2024
Dec. 2024 - シロイヌナズナにおける"非AUG開始型"上流ORFの探索とその生理学的役割の解明
平郡雄太
2024年度北海道植物学会 大会・総会, Dec. 2024
Dec. 2024, [Invited] - 非AUG開始型uORFによる翻訳制御を介した植物のポリアミン調節機構
平郡雄太
学術変革領域研究 (A)「マルチファセット・プロテインズ 」若手ワークショップ, Aug. 2024
Aug. 2024 - 非AUG開始型上流ORFとRNA二次構造による翻訳制御を介したシロイヌナズナにおけるポリアミン合成のフィードバック機構
平郡雄太; 安室美陽; 狩野泰平; 海藤篤; 崎浜靖子; 後藤優弥; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第65回日本植物生理学会年会, Mar. 2024 - 非AUG開始型uORFとRNA二次構造による翻訳制御を介したシロイヌナズナのポリアミン調節機構
平郡雄太; 高橋広夫; 安室美陽; 狩野泰平; 海藤篤; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
学術変革領域 (A)「マルチファセット・プロテインズ」第2回若手の会, Oct. 2023 - 非AUG開始型上流ORFとRNA二次構造による翻訳制御を介したポリアミン合成のフィードバック機構
平郡雄太; 安室美陽; 狩野泰平; 海藤篤; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
日本植物学会第87回大会, Sep. 2023 - Genome‑wide identification of Arabidopsis non‑AUG‑initiated upstream ORFs with evolutionarily conserved regulatory sequences that control protein expression levels
Yuta Hiragori; Hiro Takahashi; Taihei Karino; Atsushi Kaido; Noriya Hayashi; Shun Sasaki; Kodai Nakao; Yui Yamashita; Satoshi Naito; Hitoshi Onouchi
The 33rd International Conference on Arabidopsis Research, Jun. 2023 - A feedback mechanism of polyamine synthesis via translational control by a non-AUG-initiated upstream ORF and an RNA secondary structure
平郡雄太; 安室美陽; 海藤篤; 狩野泰平; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第64回日本植物生理学会年会, Mar. 2023 - Translational regulation of an Arabidopsis polyamine synthase gene via a non-AUG-initiated uORF
平郡雄太; 安室美陽; 林憲哉; 佐々木駿; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第63回日本植物生理学会年会, Mar. 2022 - シロイヌナズナの非AUG開始型uORFの同定と翻訳制御機構の解明
平郡雄太; 安室美陽; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
2021年度植物RNA研究ネットワークシンポジウム, Dec. 2021 - 被子植物間で保存され翻訳調節に関与する非AUG開始型uORFのゲノムワイドな探索
平郡雄太; 高橋広夫; 林憲哉; 佐々木駿; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
日本植物学会第84回大会, Sep. 2020 - 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索
平郡雄太; 高橋広夫; 林憲哉; 佐々木駿; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第61回日本植物生理学会年会, Mar. 2020 - 植物間で保存された翻訳調節に関与する非AUG型uORFのゲノムワイド探索
平郡雄太; 高橋広夫; 林憲哉; 佐々木駿; 山下由衣; 内藤哲; 尾之内均
第42回日本分子生物学会年会, Dec. 2019
■ Affiliated academic society
■ Research Themes
- 植物におけるプトレシン恒常性維持機構の分子基盤とその種間多様性の解明
科学研究費助成事業
Jul. 2024 - Mar. 2026
平郡 雄太
日本学術振興会, 研究活動スタート支援, 北海道大学, 24K23113 - 植物の環境ストレスに応答した非AUG開始型uORFによる翻訳調節機構の研究
科学研究費助成事業
Mar. 2023 - Mar. 2024
平郡 雄太
令和２年度までに同定した翻訳制御に関わる非AUG開始型のuORFのうち，ポリアミン合成酵素をコードする遺伝子の非AUG開始型uORFについて，①翻訳制御の詳細な機構と②生理学的役割の解明に取り組んだ．ポリアミンは植物において環境ストレス応答など様々な生理学的課程に重要な分子である．
①翻訳制御機構の解析
令和３年度まで，シロイヌナズナのMM2d培養細胞を用いた解析を行ってきたが，内在のポリアミンが多くポリアミン添加による影響が検出されづらいという課題があった．令和４年度からはシロイヌナズナの葉肉細胞のプロトプラストを用いた一過的発現系を導入し，高感度でポリアミンによる翻訳への影響を測定できるようになった．この系により，令和３年度までに明らかになったuORFとRNA二次構造の他に，新たにGUG開始型uORFもポリアミンに応答した翻訳制御に必要であることが明らかになった．さらに今まで使用していたポリアミンとは異なる２種類のポリアミンに対しても応答することがわかった．また，シロイヌナズナ以外の相同遺伝子もポリアミンに応答した同様の翻訳制御を受けることがわかり，本機構の普遍性が示唆された．
②生理学的役割の解析
ポリアミン合成酵素遺伝子の非AUG開始型uORFやRNA二次構造による翻訳制御の生理学的役割を明らかにするため，ゲノム編集により非AUG開始型uORFおよび二次構造に変異を導入したシロイヌナズナを複数系統得た．翻訳制御がポリアミンの恒常性維持のためのフィードバック制御として機能している場合ゲノム編集体においてポリアミンの過剰蓄積が期待されるが，通常の生育条件では顕著な表現系は認められなかった．また，ポリアミンの関与が複数の研究により報告されている塩ストレス応答への影響をみるため，NaClを含む培地でのゲノム編集体の生育解析を行ったが，野生型との間で生育に差は見られなかった．
日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 北海道大学, 22KJ0031
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