研究活動情報

• 2024年04月, 北海道大学, Program for Supporting Challenging and Interdisciplinary Research Field
• 2023年04月, 北海道大学, Program for Supporting Challenging and Interdisciplinary Research Field
• 2022年04月, 北海道大学, Program for Supporting Challenging and Interdisciplinary Research Field
• 2022年04月, 北海道大学, DX 博士人材フェローシップ

• Probe-based identification of metal-binding sites using deep learning representations
  Shijie Xu; Akira Onoda
  Nature Communications, Springer Science and Business Media LLC, 2026年06月30日, ［筆頭著者］
  研究論文（学術雑誌）
• Accurate prediction of enzymatic degradation of plastics by language models
  Shijie Xu; Ke Xu; Akira Onoda
  Chemistry Letters, 55, 2, Oxford University Press (OUP), 2026年02月03日, ［筆頭著者］
  研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  Plastic pollution poses a significant environmental threat, with PET comprising 12% of global solid waste. Enzymatic degradation provides a sustainable recycling method, yet optimizing enzymes for industrial use remains difficult. This study utilizes protein and polymer language models to predict plastic degradation from protein sequences and polymer SMILES. The approach demonstrates high prediction accuracy with key structural features revealed by language models, enabling efficient in silico screening for protein design.
• Accurate and Rapid Prediction of Protein pKa: Protein Language Models Reveal the Sequence–pKa Relationship
  Shijie Xu; Akira Onoda
  Journal of Chemical Theory and Computation, 2025年04月08日, ［筆頭著者］
  研究論文（学術雑誌）
• PsiPartition: Improved Site Partitioning for Genomic Data by Parameterized Sorting Indices and Bayesian Optimization
  Shijie Xu; Akira Onoda
  Journal of Molecular Evolution, 92, 6, 874, 890, Springer Science and Business Media LLC, 2024年12月05日, ［筆頭著者］
  研究論文（学術雑誌）
• Accurate and Fast Prediction of Intrinsically Disordered Protein by Multiple Protein Language Models and Ensemble Learning
  Shijie Xu; Akira Onoda
  Journal of Chemical Information and Modeling, 64, 7, 2901, 2911, American Chemical Society (ACS), 2023年10月26日, ［筆頭著者］
  研究論文（学術雑誌）

• Accurate and Fast Prediction of Metal-binding Sites in Proteins Using Deep Learning Methods
  Shijie Xu, Akira Onoda
  52nd Biomolecule Science Symposium, 2026年05月14日, 英語, 口頭発表（一般）
  2026年05月14日 - 2026年05月16日, Himeji, Japan, 日本国
• Accurate and Fast Prediction of Protein pKa by A Protein Language Model
  Shijie Xu, Akira Onoda
  the 19th Symposium on Biorelevant Chemistry, 2025年09月02日, 英語, ポスター発表
  2025年09月02日 - 2025年09月04日, Kyoto, Japan, 日本国
• Accurate and Fast Prediction of Protein pKa by Protein Language Model
  Shijie Xu, Akira Onoda
  51st Biomolecule Science Symposium, 2025年06月26日, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年06月26日 - 2025年06月27日, Sapporo, Japan, 日本国
• Accurate and Fast Prediction of Protein pKa by Protein Language Model
  Shijie Xu, Akira Onoda
  8th ICReDD International Symposium, 2024年10月22日, 英語, ポスター発表
  2024年10月22日 - 2024年10月24日, Sapporo, Japan, 日本国
• Accurate Prediction of Intrinsically Disordered Protein by Protein Language Models
  Shijie Xu, Akira Onoda
  the 24th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan, 2024年07月11日, 英語, ポスター発表
  2024年07月11日 - 2024年07月13日, Sapporo, Japan, 日本国
• Accurate Prediction of Protein pKa by Geometric Deep Learning
  Shijie Xu, Akira Onoda
  the 104th CSJ annual meeting, 2024年03月18日, 英語, 口頭発表（一般）
  2024年03月18日 - 2024年03月21日, Funabashi, Japan, 日本国
• Accurate Prediction of Intrinsically Disordered Protein by Protein Language Models
  Shijie Xu, Akira Onoda
  the 17th Biorelevant Chemistry Symposium, 2023年09月08日, 英語, ポスター発表
  2023年09月08日 - 2023年09月10日, Chiba, Japan, 日本国
• Fast and Accurate Prediction of Intrinsically Disordered Protein by Protein Language Model
  Shijie Xu, Akira Onoda
  the 103rd CSJ annual meeting, 2023年03月22日, 英語, 口頭発表（一般）
  2023年03月22日 - 2023年03月25日, Chiba, Japan, 日本国

• 2023年03月 - 現在
  日本化学会