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伊藤　公人 (イトウ　キミヒト)

人獣共通感染症国際共同研究所　バイオインフォマティクス部門教授
附属社会創造数学研究センター教授

研究者基本情報

■ 学位
  • 博士（工学）, 北海道大学
■ URL
researchmap URLホームページURL■ ID 各種
J-Global ID■ 研究キーワード・分野
研究キーワード
  • 感染症モデリング
  • 集団遺伝学
  • 進化生物学
  • バイオインフォマティクス
  • インフルエンザウイルス
  • 計算機科学
  • 計算生物学
  • 知識発見とデータマイニング
研究分野
  • ライフサイエンス, ウイルス学
  • ライフサイエンス, 進化生物学
  • 情報通信, 知能情報学
  • 情報通信, 生命、健康、医療情報学
■ 担当教育組織

経歴

■ 経歴
経歴
  • 2014年04月 - 現在
    北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授
  • 2005年05月 - 2014年03月
    北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授
  • 2009年10月 - 2013年03月
    科学技術振興機構, さきがけ研究者

研究活動情報

■ 論文
  • Analysis of PM-bound polycyclic aromatic hydrocarbons exposure among motorcycle taxi drivers in six central provinces in Thailand in winter
    Kamonwan Samana; Kimihito Ito; Orasa Suthienkul; Arroon Ketsakorn
    PLOS One, 20, 12, e0336587, e0336587, Public Library of Science (PLoS), 2025年12月01日, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, Motorcycle taxis are popular transportation in areas with heavy traffic in Thailand. In this study, we recruited motorcycle taxi drivers in six central provinces in Thailand between January and March 2023 and measured their particulate matter (PM) and PM-bound polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH) exposures using personal air sampling. We found that the PM 10 and PM 2.5 concentrations measured by personal air sampling were independent of those monitored at air quality monitoring stations or by area air sampling devices. Among the six provinces, motorcycle taxi drivers in Pathum Thani were exposed to the highest mean concentration of PM 10 (224.9 µg/m 3 ), PM 2.5 (410.9 µg/m 3 ), PM 10− bound total PAH (38.4 ng/m 3 ), and PM 2.5 -bound total PAH (36.9 ng/m 3 ). Four workstations (PTT-1 to PTT-4) using 22 samples of PM₁₀ and 25 samples of PM₂.₅ personal air samplers showed unexpectedly higher PM₂.₅ than PM₁₀, likely due to route-specific environmental factors, as drivers follow variable routes determined by passenger destinations and daily demand. The incremental lifetime cancer risk of PM 10− bound PAH and PM 2.5 -bound PAH in Pathum Thani were 4.5 × 10 −8 and 7.8 × 10 −8 , respectively, which were acceptable levels. None of the individuals’ lung function parameters was significantly correlated with the individuals’ concentrations of PM 10 , PM 2.5 , PM 10− bound total PAH, or PM 2.5 -bound total PAH. However, province averages of PM 10 -bound total PAH exposure of motorcycle taxi drivers were positively correlated with the proportions of participants who answered symptoms of chronic bronchitis in the province. The causal relationship between motorcycle taxi drivers’ PM and PM-bound PAH exposure in Pathum Thani and their respiratory symptoms needs to be further investigated.
  • RelRe: A command-line tool to predict the trajectory of variant replacement in an epidemic using relative instantaneous reproduction numbers
    Kimihito Ito; Michael A. Zeller; Chayada Piantham; Richard Musonda
    SoftwareX, 32, 102440, 102440, Elsevier BV, 2025年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Forecasting influenza A pandemic lineage dominance in the United States using relative reproduction rates
    Michael A Zeller; Rong Zhang; Yvonne C F Su; Kimihitio Ito
    Virus Evolution, 11, 1, Oxford University Press (OUP), 2025年01月09日
    研究論文（学術雑誌）, Abstract

    The 2009 H1N1 pandemic (pdm09) lineage is a major component of the H1 influenza A virus (IAV) that causes seasonal outbreaks annually. Since its introduction in the 2009–10 season, this lineage has evolved into distinct, successive clades in humans. Predicting the fitness of influenza clades is essential to forecasting future prevalence, providing a critical opportunity to develop a response to mitigate infection. The relative fitness of pdm09 lineages was retrospectively inferred via relative reproduction rate (RRe) through RelRe, a programme that implements a renewal equation to estimate the relative difference in reproduction number between cocirculating clades. For this analysis, pdm09 lineage sequences from the USA, collected from 2017 to 2023 in both human and swine hosts, were downloaded from public databases. Clade designations were assigned using Nextclade. Human case count data were divided by each influenza season, and the RRe was estimated at 3-month intervals. The RRe was then used to forecast clade frequency 90 days into the future, and the predictions were compared to the historical data. The highest predicted frequency at 90 days corresponded to the most frequently detected lineage in 9 out of 13 predictions (69%). The pdm09 lineage plays an important role at the human–swine influenza interface. Bayesian inference using both human and swine data indicated unequal transmission rates of the pdm09 lineage, with 53–79 noted transmissions from human to swine and 0–2 in reverse using the available genetic data. Metadata analysis revealed that new clades of pdm09 in humans were typically detected in swine as early as ~8–20 months after clade emergence in humans. Understanding RRe and the fitness of contemporary IAV strains enables the identification of high-risk reverse-zoonotic strains and provides critical time for responding to emergent human clades.
  • Rapid spread of the SARS-CoV-2 Omicron XDR lineage derived from recombination between XBB and BA.2.86 subvariants circulating in Brazil in late 2023
    Ighor Arantes; Kimihito Ito; Marcelo Gomes; Felipe Cotrim de Carvalho; Walquiria Aparecida Ferreira de Almeida; Ricardo Khouri; Fabio Miyajima; Gabriel Luz Wallau; Felipe Gomes Naveca; Elisa Cavalcante Pereira; Marilda Mendonça Siqueira; Paola Cristina Resende; Gonzalo Bello
    Microbiology Spectrum, 13, 1, American Society for Microbiology, 2025年01月07日
    研究論文（学術雑誌）, ABSTRACT

    Recombination plays a crucial role in the evolution of SARS-CoV-2. The Omicron XBB* recombinant lineages are a noteworthy example, as they have been the dominant SARS-CoV-2 variant worldwide in the first half of 2023. Since November 2023, a new recombinant lineage between Omicron subvariants XBB and BA.2.86, designated XDR, has been detected mainly in Brazil. In this study, we reconstructed the spatiotemporal dynamics and estimated the absolute and relative transmissibility of the XDR lineage. The XDR lineage displayed a recombination breakpoint in the ORF1a-coding region, and the most closely related sequences to the 5′ and 3′ ends of the recombinant correspond to JD.1.1 and JN.1.1 lineages, respectively. The first XDR sequences were detected in November 2023 in the Northeastern Brazilian region, and their prevalence rapidly surged from <1% to 25% by February 2024. The Bayesian phylogeographic analysis supports that the XDR lineage likely emerged in the Northeastern Brazilian region around late October 2023 and rapidly disseminated within and outside Brazilian borders from mid-November onward. The median effective reproductive number of the XDR lineage in Brazil during the initial expansion phase was estimated to be around 1.5, and the average relative instantaneous reproduction numbers of XDR and JN* lineages were estimated to be 1.37 and 1.29 higher than that of co-circulating XBB* lineages. In summary, these findings support that the recombinant lineage XDR arose in the Northeastern Brazilian region in October 2023, shortly after the first detection of JN.1 sequences in the country. In Brazil, the XDR lineage exhibited a higher transmissibility level than its parental XBB.* lineages and is spreading at a rate similar to or slightly faster than the JN.1* lineages.

    IMPORTANCE

    This study highlights the emergence and rapid dissemination of the recombinant SARS-CoV-2 XDR lineage, derived from the Omicron lineages JD.1.1 and JN.1.1. The XDR lineage exhibited equivalent transmissibility to its JN.1* parental lineages and quickly spread across Brazil in late 2023. The findings underscore the critical role of real-time genomic surveillance in detecting novel variants with higher transmission potential. By utilizing phylogenetic and epidemiological methods, this research provides important insights into the molecular dynamics of XDR, which could inform public health responses and vaccine composition updates. The study’s significance lies in its ability to document the impact of recombination on viral evolution, offering valuable information to the field of virology and pandemic preparedness.
  • Assessment of Health Risk from Exposure to Respirable Particulate Matter (RPM) among Motorcycle Taxi Drivers in Bangkok and Adjacent Provinces, Thailand
    Kamonwan Samana; Kimihito Ito; Orasa Suthienkul; Arroon Ketsakorn
    Environment and Natural Resources Journal, 22, 4, 1, 8, Faculty of Environment and Resource Studies - Mahidol University, 2024年07月01日
    研究論文（学術雑誌）, Exposure to outdoor air pollutants, particularly respirable particulate matter (RPM), can cause adverse health outcomes. The cross-sectional study aimed to assess motorcycle taxi driver’s health risk from exposure to RPM. A total of 153 motorcycle taxi drivers were recruited in Bangkok and five adjacent provinces during May and June 2022. The standardized questionnaire for data collection contained exposure time (hour/day), frequency of exposure (days/years), duration of exposure (year), body weight (kg), and averaging time (days). The average RPM concentration from six provinces were assessed personal air sampling pumps and ranged from 0.006-0.031 mg/m3. Bangkok showed the highest average RPM concentration (0.031 mg/m3), followed by Pathumthani (0.028 mg/m3), Samut Prakan (0.009 mg/m3), Nakhon Pathom (0.008 mg/m3), Nonthaburi (0.007 mg/m3), and Samut Sakhon (0.006 mg/m3), respectively. The Hazard Quotient (HQ) values for a non-carcinogenic risk to human health caused by RPM exposure in each province indicated a negligible risk (HQ=0.005-0.028). HQ averages (HQ=0.013) from all provinces were also at an acceptable level (≤1). Not all motorcycle taxi drivers are safe from RPM exposure, although their exposure is within acceptable limits depending on their individual susceptibility. Therefore, this is the first report on quantifying exposure to RPM from personal air sampling and health risk assessment among motorcycle taxi drivers. These findings would be useful information for further preventing and controlling ambient air pollution including policies and strategies to mitigate the risks for motorcycle-taxi drivers and the other exposed populations.
  • The impact of respirable dust exposure on lung function parameters of motorcycle taxi drivers in Bangkok and adjacent provinces, Thailand
    Kamonwan Samana; Kimihito Ito; Orasa Suthienkul; Arroon Ketsakorn
    Air Quality, Atmosphere & Health, 17, 11, 2739, 2751, Springer Science and Business Media LLC, 2024年06月29日
    研究論文（学術雑誌）, Abstract

    The motorcycle taxi drivers of Bangkok and adjacent provinces in Thailand may have been heavily exposed to ambient air pollution and the impact of this on their lungs has been neither documented nor studied. In this study, we recruited a total of 343 motorcycle taxi drivers in Bangkok and adjacent provinces in Thailand and their lung function parameters were analyzed using spirometry in May and June 2022. Of these, 153 participants were selected and their exposure to respirable dust during working was measured by personal air sampling. Respirable dust concentrations collected with personal air sampling suggested that motorcycle taxi drivers working at workstations where they were exposed to respirable dust at high concentrations tended to have a low percent predicted FEV1. Twelve% and 7.3% of motorcycle taxi drivers recruited in this study had the symptoms of chronic bronchitis and acute bronchitis, respectively. These results suggested that some motorcycle taxi drivers around Bangkok and adjacent provinces had a high risk of occupational exposure to ambient air pollution. The government needs to establish a medical check-up system for motorcycle taxi drivers to monitor their health status.
  • Spatiotemporal dynamics and epidemiological impact of SARS-CoV-2 XBB lineage dissemination in Brazil in 2023.
    Ighor Arantes; Marcelo Gomes; Kimihito Ito; Sharbilla Sarafim; Tiago Gräf; Fabio Miyajima; Ricardo Khouri; Felipe Cotrim de Carvalho; Walquiria Aparecida Ferreira de Almeida; Marilda Mendonça Siqueira; Paola Cristina Resende; Felipe Gomes Naveca; Gonzalo Bello
    Microbiology spectrum, 12, 3, e0383123, 2024年03月05日, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, UNLABELLED: The SARS-CoV-2 XBB is a group of highly immune-evasive lineages of the Omicron variant of concern that emerged by recombining BA.2-descendent lineages and spread worldwide during 2023. In this study, we combine SARS-CoV-2 genomic data (n = 11,065 sequences) with epidemiological data of severe acute respiratory infection (SARI) cases collected in Brazil between October 2022 and July 2023 to reconstruct the space-time dynamics and epidemiologic impact of XBB dissemination in the country. Our analyses revealed that the introduction and local emergence of lineages carrying convergent mutations within the Spike protein, especially F486P, F456L, and L455F, propelled the spread of XBB* lineages in Brazil. The average relative instantaneous reproduction numbers of XBB* + F486P, XBB* + F486P + F456L, and XBB* + F486P + F456L + L455F lineages in Brazil were estimated to be 1.24, 1.33, and 1.48 higher than that of other co-circulating lineages (mainly BQ.1*/BE*), respectively. Despite such a growth advantage, the dissemination of these XBB* lineages had a reduced impact on Brazil's epidemiological scenario concerning previous Omicron subvariants. The peak number of SARI cases from SARS-CoV-2 during the XBB wave was approximately 90%, 80%, and 70% lower than that observed during the previous BA.1*, BA.5*, and BQ.1* waves, respectively. These findings revealed the emergence of multiple XBB lineages with progressively increasing growth advantage, yet with relatively limited epidemiological impact in Brazil throughout 2023. The XBB* + F486P + F456L + L455F lineages stand out for their heightened transmissibility, warranting close monitoring in the months ahead. IMPORTANCE: Brazil was one the most affected countries by the SARS-CoV-2 pandemic, with more than 700,000 deaths by mid-2023. This study reconstructs the dissemination of the virus in the country in the first half of 2023, a period characterized by the dissemination of descendants of XBB.1, a recombinant of Omicron BA.2 lineages evolved in late 2022. The analysis supports that XBB dissemination was marked by the continuous emergence of indigenous lineages bearing similar mutations in key sites of their Spike protein, a process followed by continuous increments in transmissibility, and without repercussions in the incidence of severe cases. Thus, the results suggest that the epidemiological impact of the spread of a SARS-CoV-2 variant is influenced by an intricate interplay of factors that extend beyond the virus's transmissibility alone. The study also underlines the need for SARS-CoV-2 genomic surveillance that allows the monitoring of its ever-shifting composition.
  • Extraction of the CDRH3 sequence of the mouse antibody repertoire selected upon influenza virus infection by subtraction of the background antibody repertoire
    Masashi Shingai; Sayaka Iida; Naoko Kawai; Mamiko Kawahara; Toshiki Sekiya; Marumi Ohno; Naoki Nomura; Chimuka Handabile; Tomomi Kawakita; Ryosuke Omori; Junya Yamagishi; Kaori Sano; Akira Ainai; Tadaki Suzuki; Kazuo Ohnishi; Kimihito Ito; Hiroshi Kida
    Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2024年02月07日, ［責任著者］
    研究論文（学術雑誌）, As specific interactions between antigens and cell-surface antibodies trigger the proliferation of B-cell clones, the frequency of each antibody sequence in the samples reflects the size of each clonal population. Nevertheless, it is extremely difficult to extract antigen-specific antibody sequences from the comprehensive bulk antibody sequences obtained from blood samples due to repertoire bias influenced by exposure to dietary antigens and other infectious agents. This issue can be addressed by subtracting the background noise from the post-immunization or post-infection repertoire data. In the present study, we propose a method to quantify repertoire data from comprehensive repertoire data. This method allowed subtraction of the background repertoire, resulting in more accurate extraction of expanded antibody repertoires upon influenza virus infection. This accurate extraction of antigen- or infection-specific repertoire information is a useful tool for vaccine evaluation.
  • Comparative epidemic expansion of SARS-CoV-2 variants Delta and Omicron in the Brazilian State of Amazonas
    Ighor Arantes; Gonzalo Bello; Valdinete Nascimento; Victor Souza; Arlesson da Silva; Dejanane Silva; Fernanda Nascimento; Matilde Mejía; Maria Júlia Brandão; Luciana Gonçalves; George Silva; Cristiano Fernandes da Costa; Ligia Abdalla; João Hugo Santos; Tatyana Costa Amorim Ramos; Chayada Piantham; Kimihito Ito; Marilda Mendonça Siqueira; Paola Cristina Resende; Gabriel Luz Wallau; Edson Delatorre; Tiago Gräf; Felipe Gomes Naveca
    Nature Communications, 14, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2023年04月11日
    研究論文（学術雑誌）, Abstract

    The SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) Delta and Omicron spread globally during mid and late 2021, respectively. In this study, we compare the dissemination dynamics of these VOCs in the Amazonas state, one of Brazil’s most heavily affected regions. We sequenced the virus genome from 4128 patients collected in Amazonas between July 1st, 2021, and January 31st, 2022, and investigated the viral dynamics using a phylodynamic approach. The VOCs Delta and Omicron BA.1 displayed similar patterns of phylogeographic spread but different epidemic dynamics. The replacement of Gamma by Delta was gradual and occurred without an upsurge of COVID-19 cases, while the rise of Omicron BA.1 was extremely fast and fueled a sharp increase in cases. Thus, the dissemination dynamics and population-level impact of new SARS-CoV-2 variants introduced in the Amazonian population after mid-2021, a setting with high levels of acquired immunity, greatly vary according to their viral phenotype.
  • Link prediction on bipartite networks using matrix factorization with negative sample selection.
    Siqi Peng; Akihiro Yamamoto; Kimihito Ito
    PloS one, 18, 8, e0289568, 2023年, ［最終著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, We propose a new method for bipartite link prediction using matrix factorization with negative sample selection. Bipartite link prediction is a problem that aims to predict the missing links or relations in a bipartite network. One of the most popular solutions to the problem is via matrix factorization (MF), which performs well but requires reliable information on both absent and present network links as training samples. This, however, is sometimes unavailable since there is no ground truth for absent links. To solve the problem, we propose a technique called negative sample selection, which selects reliable negative training samples using formal concept analysis (FCA) of a given bipartite network in advance of the preceding MF process. We conduct experiments on two hypothetical application scenarios to prove that our joint method outperforms the raw MF-based link prediction method as well as all other previously-proposed unsupervised link prediction methods.
  • Predicting the Trajectory of Replacements of SARS-CoV-2 Variants Using Relative Reproduction Numbers.
    Chayada Piantham; Kimihito Ito
    Viruses, 14, 11, 2022年11月18日, ［責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, New variants of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) with high effective reproduction numbers are continuously being selected by natural selection. To establish effective control measures for new variants, it is crucial to know their transmissibility and replacement trajectory in advance. In this paper, we conduct retrospective prediction tests for the variant replacement from Alpha to Delta in England, using the relative reproduction numbers of Delta with respect to Alpha estimated from partial observations. We found that once Delta's relative frequency reached 0.15, the date when the relative frequency of Delta would reach 0.90 was predicted with maximum absolute prediction errors of three days. This means that the time course of the variant replacement could be accurately predicted from early observations. Together with the estimated relative reproduction number of a new variant with respect to old variants, the predicted replacement timing will be crucial information for planning control strategies against the new variant.
  • Inactivated whole influenza virus particle vaccines induce neutralizing antibodies with an increase in immunoglobulin gene subclones of B-lymphocytes in cynomolgus macaques.
    Masanori Shiohara; Saori Suzuki; Shintaro Shichinohe; Hirohito Ishigaki; Misako Nakayama; Naoki Nomura; Masashi Shingai; Toshiki Sekiya; Marumi Ohno; Sayaka Iida; Naoko Kawai; Mamiko Kawahara; Junya Yamagishi; Kimihito Ito; Ryotarou Mitsumata; Tomio Ikeda; Kenji Motokawa; Tomoyoshi Sobue; Hiroshi Kida; Kazumasa Ogasawara; Yasushi Itoh
    Vaccine, 40, 30, 4026, 4037, 2022年06月26日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, The All-Japan Influenza Vaccine Study Group has been developing a more effective vaccine than the current split vaccines for seasonal influenza virus infection. In the present study, the efficacy of formalin- and/or β-propiolactone-inactivated whole virus particle vaccines for seasonal influenza was compared to that of the current ether-treated split vaccines in a nonhuman primate model. The monovalent whole virus particle vaccines or split vaccines of influenza A virus (H1N1) and influenza B virus (Victoria lineage) were injected subcutaneously into naïve cynomolgus macaques twice. The whole virus particle vaccines induced higher titers of neutralizing antibodies against H1N1 influenza A virus and influenza B virus in the plasma of macaques than did the split vaccines. At challenge with H1N1 influenza A virus or influenza B virus, the virus titers in nasal swabs and the increases in body temperatures were lower in the macaques immunized with the whole virus particle vaccine than in those immunized with the split vaccine. Repertoire analyses of immunoglobulin heavy chain genes demonstrated that the number of B-lymphocyte subclones was increased in macaques after the 1st vaccination with the whole virus particle vaccine, but not with the split vaccine, indicating that the whole virus particle vaccine induced the activation of vaccine antigen-specific B-lymphocytes more vigorously than did the split vaccine at priming. Thus, the present findings suggest that the superior antibody induction ability of the whole virus particle vaccine as compared to the split vaccine is attributable to its stimulatory properties on the subclonal differentiation of antigen-specific B-lymphocytes.
  • Comparative mitogenomics elucidates the population genetic structure of Amblyomma testudinarium in Japan and a closely related Amblyomma species in Myanmar
    Wessam Mohamed Ahmed Mohamed; Mohamed Abdallah Mohamed Moustafa; May June Thu; Keita Kakisaka; Elisha Chatanga; Shohei Ogata; Naoki Hayashi; Yurie Taya; Yuma Ohari; Doaa Naguib; Yongjin Qiu; Keita Matsuno; Saw Bawm; Lat Lat Htun; Stephen C. Barker; Ken Katakura; Kimihito Ito; Nariaki Nonaka; Ryo Nakao
    Evolutionary Applications, 15, 7, 1062, 1078, Wiley, 2022年06月23日, ［査読有り］
    研究論文（学術雑誌）
  • Estimating relative generation times and relative reproduction numbers of Omicron BA.1 and BA.2 with respect to Delta in Denmark
    Kimihito Ito; Chayada Piantham; Hiroshi Nishiura
    Math Biosci Eng, 19, 9, 9005, 9017, Cold Spring Harbor Laboratory, 2022年06月21日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, Abstract

    The Omicron variant is the most transmissible variant of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) we had so far. The BA.1 and BA.2 sublineages of Omicron are circulating in Europe and it is urgent to evaluate the transmissibility of these sub-lineages. Using a mathematical model describing trajectories of variant frequencies that assumes a constant ratio in generation times and a constant ratio in effective reproduction numbers among variants, trajectories of variant frequencies in Denmark from November 22, 2021 to February 26, 2022 were analyzed. We found that the generation times of Omicron BA.1 and BA.2 are 0.60 (95%CI: 0.59–0.62) and 0.51 (95%CI: 0.50–0.52) of the length of that of Delta, respectively. We also found that the effective reproduction number of Omicron BA.1 is 1.99 (95% CI: 1.98–2.02) times and that of Omicron BA.2 is 2.51 (95% CI: 2.48– 2.55) times larger than the effective reproduction number of Delta. The generation times of Omicron BA.2 is 0.85 (95% CI:0.84–0.86) the length of that of BA.1 and that the effective reproduction number of Omicron BA.2 is 1.26 (95% CI:1.25–1.26) times larger than that of Omicron BA.1. These estimates on the ratio of generation times and the ratio of effective reproduction numbers has epidemiologically important implications. The duration of quarantine for people who contacted with an Omicron BA.1 and BA.2 patient can be reduced to 60% and 51% of that for Delta, respectively. The control measures against Omicron BA.1 and BA.2 need to reduce contacts between infectious and susceptible people respectively by 50% (95% CI: 49–50%) and 60% (95% CI: 60–61%) compared to that against Delta to achieve the same effect on their control.
  • Targeted sampling reduces the uncertainty in force of infection estimates from serological surveillance.
    Kiyeon Kim; Kimihito Ito
    Frontiers in veterinary science, 9, 754255, 754255, 2022年, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, Age bins are frequently used in serological studies of infectious diseases in wildlife to deal with uncertainty in the age of sampled animals. This study analyzed how age binning and targeted sampling in serological surveillance affect the width of the 95% confidence interval (CI) of the estimated force of infection (FOI) of infectious diseases. We indicate that the optimal target population with the narrowest 95% CI differs depending on the expected FOI using computer simulations and mathematical models. In addition, our findings show that we can substantially reduce the number of animals required to infer transmission risk by tailoring targeted, age-based sampling to specific epidemiological situations.
  • Relative Instantaneous Reproduction Number of Omicron SARS-CoV-2 variant with respect to the Delta variant in Denmark.
    Kimihito Ito; Chayada Piantham; Hiroshi Nishiura
    Journal of medical virology, 94, 5, 2265, 2268, 2021年12月30日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, The Omicron variant of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become widespread across the world in a flashing manner. As of December 7, 2021, a total of 758 Omicron cases were confirmed in Denmark. Using the nucleotide sequences of the Delta and Omicron variants registered from Denmark in the GISAID database, we found that the effective (instantaneous) reproduction number of Omicron is 3.19 (95%CI 2.82-3.61) times greater than that of Delta under the same epidemiological conditions. Proportion of Omicron infections among all SARS-CoV-2 infections in Denmark was expected exceed the 95% on December 28, 2021 with a 95% CI from December 25 to December 31, 2021. Given that the Delta variant or variants less transmissible than Delta are dominant in most countries, the rapid increase in Omicron in the virus population may be observed as soon as the Omicron is introduced. Preparing proactive control measures is vital, assuming the substantial advantage of the transmission by Omicron. This article is protected by copyright. All rights reserved.
  • Relative Reproduction Number of SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) Compared with Delta Variant in South Africa
    Hiroshi Nishiura; Kimihito Ito; Asami Anzai; Tetsuro Kobayashi; Chayada Piantham; Rodriguez-Morales AJ
    Journal of Clinical Medicine, 11, 1, 2021年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, The world identified the rapidly increasing incidence of the causative variant of SARS-CoV-2 Pangolin B [...].
  • Predicted dominance of variant Delta of SARS-CoV-2 before Tokyo Olympic Games, Japan, July 2021
    Kimihito Ito; Chayada Piantham; Hiroshi Nishiura
    Eurosurveillance, 27, 2021年07月08日, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
    研究論文（学術雑誌）
  • Estimating the increased transmissibility of the B.1.1.7 strain over previously circulating strains in England using frequencies of GISAID sequences and the distribution of serial intervals
    Piantham C; Ito K
    Cold Spring Harbor Laboratory, 2021年03月17日, ［最終著者, 責任著者］
    英語, AbstractThe B.1.1.7 strain, a variant strain of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is thought to have higher transmissibility than previously circulating strains in England. This paper proposes a method to estimate the selective advantage of a mutant strain over previously circulating strains using the time course of B.1.1.7 strain frequencies and the distribution of serial intervals. The method allows instantaneous reproduction numbers of infections to change during the target period of analysis. The proposed method, instead, assumes that the selective advantage of a mutant strain over previously circulating strains is constant over time. Applying this method to the sequence data of SARS-CoV-2 in England, the instantaneous reproduction number of the B.1.1.7 strain is estimated to be 33.7% (with a 95% confidence interval (CI) from 33.6% to 33.9%) higher than previously circulating strains in England, assuming that serial intervals of COVID-19 follow a lognormal distribution with a mean of 4.7 days and a standard deviation of 2.9 days. The result indicated that the control measure against B.1.1.7 strain needs to be strengthened by 33.7% from that against previously circulating strains. To get the same control effect as before, contact rates between individuals needed to be restricted to 0.748 of the contact rates that had been achieved by the control measure taken for previously circulating strains.
  • Modeling the selective advantage of new amino acids on the hemagglutinin of H1N1 influenza viruses using their patient age distributions
    Chayada Piantham; Kimihito Ito
    Virus Evolution, 7, 1, 2021年01月01日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
    研究論文（学術雑誌）
  • Anthropogenic interferences lead to gut microbiome dysbiosis in Asian elephants and may alter adaptation processes to surrounding environments
    Moustafa MAM, Chel HM, Thu MJ, Bawm S, Htun LL, Win MM, Oo ZM, Ohsawa N, Lahdenperä M, Mohamed WMA, Ito K, Nonaka N, Nakao R, Katakura K
    Scientific Reports, 11, 1, 741, Springer Science and Business Media LLC, 2021年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Influenza Virus Infection Induces a Narrow Antibody Response in Children but a Broad Recall Response in Adults.
    Philip Meade; Guillermina Kuan; Shirin Strohmeier; Hannah E Maier; Fatima Amanat; Angel Balmaseda; Kimihito Ito; Ericka Kirkpatrick; Andres Javier; Lionel Gresh; Raffael Nachbagauer; Aubree Gordon; Florian Krammer
    mBio, 11, 1, 2020年01月21日, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, In contrast to influenza virus vaccination, natural infection induces long-lived and relatively broad immune responses. However, many aspects of the antibody response to natural infection are not well understood. Here, we assessed the immune response after H1N1 influenza virus infection in children and adults in a Nicaraguan household transmission study using an influenza virus protein microarray (IVPM). This technology allows us to simultaneously measure IgG and IgA antibody responses to hemagglutinins of many different virus strains and subtypes quantitatively with a high throughput. We found that children under 6 years of age responded to natural infection with a relatively narrow response that targeted mostly the hemagglutinin of the strain that caused the infection. Adults, however, have a much broader response, including a boost in antibodies to many group 1 subtype hemagglutinins. Also, a strong recall response against historic H1 hemagglutinins that share the K133 epitope with the pandemic H1N1 virus was observed. Of note, some children, while responding narrowly within H1 and group 1 hemagglutinins, induced a boost to H3 and other group 2 hemagglutinins when infected with H1N1 when they had experienced an H3N2 infection earlier in life. This is an interesting phenomenon providing evidence for immune imprinting and a significant new insight which might be leveraged in future universal influenza virus vaccine strategies. Finally, preexisting immunity to pandemic H1 hemagglutinins was significantly associated with protection from infection in both children and adults. In adults, preexisting immunity to non-H1 group 1 hemagglutinins was also significantly associated with protection from infection.IMPORTANCE It is known since Thomas Francis, Jr. published his first paper on original antigenic sin in 1960 that the first infection(s) with influenza virus leaves a special immunological imprint which shapes immune responses to future infections with antigenically related influenza virus strains. Imprinting has been implicated in both protective effects as well as blunting of the immune response to vaccines. Despite the fact that this phenomenon was already described almost 60 years ago, we have very little detailed knowledge of the characteristics and breadth of the immune response to the first exposure(s) to influenza virus in life and how this compares to later exposure as adults. Here, we investigate these immune responses in detail using an influenza virus protein microarray. While our findings are mostly descriptive in nature and based on a small sample size, they provide a strong basis for future large-scale studies to better understand imprinting effects.
  • Publisher Correction: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates (Scientific Reports, (2019), 9, 1, (5045), 10.1038/s41598-019-41358-z)
    Anindita, P.D.; Sasaki, M.; Gonzalez, G.; Phongphaew, W.; Carr, M.; Hang’ombe, B.M.; Mweene, A.S.; Ito, K.; Orba, Y.; Sawa, H.
    Scientific Reports, 9, 1, 8502, 8502, 2019年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Efficient approximate 3-dimensional point set matching using root-mean-square deviation score
    Sasaki, Y.; Shibuya, T.; Ito, K.; Arimura, H.
    IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences, E102A, 9, 1159, 1170, 2019年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Recombination and purifying and balancing selection determine the evolution of major antigenic protein 1 (map 1) family genes in Ehrlichia ruminantium
    Salim, B.; Amin, M.; Igarashi, M.; Ito, K.; Jongejan, F.; Katakura, K.; Sugimoto, C.; Nakao, R.
    Gene, 683, 216, 224, Elsevier BV, 2019年, ［査読有り］
    研究論文（学術雑誌）
  • Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates
    Anindita, P.D.; Sasaki, M.; Gonzalez, G.; Phongphaew, W.; Carr, M.; Hang’ombe, B.M.; Mweene, A.S.; Ito, K.; Orba, Y.; Sawa, H.
    Scientific Reports, 9, 1, 5045, 5045, 2019年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Upregulated expression of the antioxidant sestrin 2 identified by transcriptomic analysis of Japanese encephalitis virus-infected SH-SY5Y neuroblastoma cells
    Carr, M.; Gonzalez, G.; Martinelli, A.; Wastika, C.E.; Ito, K.; Orba, Y.; Sasaki, M.; Hall, W.W.; Sawa, H.
    Virus Genes, 55, 5, 630, 642, 2019年, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Fowl Adenovirus (FAdV) recombination with intertypic crossovers in genomes of FAdV-D and FAdV-E, displaying hybrid serological phenotypes
    Schachner, A.; Gonzalez, G.; Endler, L.; Ito, K.; Hess, M.
    Viruses, 11, 12, 2019年, ［査読有り］
    研究論文（学術雑誌）
  • Estimating Transmission Potential of H5N1 Viruses Among Humans in Egypt Using Phylogeny, Genetic Distance and Sampling Time Interval
    Mohamed, W.; Ito, K.; Omori, R.
    Frontiers in Microbiology, 10, 2765, 2019年, ［査読有り］
    研究論文（学術雑誌）
  • Identification of fungi in shotgun metagenomics datasets
    Donovan, P.D.; Gonzalez, G.; Higgins, D.G.; Butler, G.; Ito, K.
    PLoS ONE, 13, 2, 2018年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Comparison of database search methods for the detection of Legionella pneumophila in water samples using metagenomic analysis
    Borthong, J.; Omori, R.; Sugimoto, C.; Suthienkul, O.; Nakao, R.; Ito, K.
    Frontiers in Microbiology, 9, JUN, 2018年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Can machines learn respiratory virus epidemiology?: A comparative study of likelihood-free methods for the estimation of epidemiological dynamics
    Tessmer, H.L.; Ito, K.; Omori, R.
    Frontiers in Microbiology, 9, MAR, 2018年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Inferring epidemiological dynamics of infectious diseases using Tajima's D statistic on nucleotide sequences of pathogens
    Kiyeon Kim; Ryosuke Omori; Kimihito Ito
    EPIDEMICS, 21, 21, 29, 2017年12月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Molecular Dynamics Simulation of the Influenza A(H3N2) Hemagglutinin Trimer Reveals the Structural Basis for Adaptive Evolution of the Recent Epidemic Clade 3C. 2a
    Masaru Yokoyama; Seiichiro Fujisaki; Masayuki Shirakura; Shinji Watanabe; Takato Odagiri; Kimito Ito; Hironori Sato
    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 8, 2017年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Isolation of a simian immunodeficiency virus from a malbrouck (Chlorocebus cynosuros)
    Michael Carr; Akira Kawaguchi; Michihito Sasaki; Gabriel Gonzalez; Kimihito Ito; Yuka Thomas; Bernard M. Hang'ombe; Aaron S. Mweene; Guoyan Zhao; David Wang; Yasuko Orba; Akihiro Ishii; Hirofumi Sawa
    ARCHIVES OF VIROLOGY, 162, 2, 543, 548, 2017年02月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Identification of the same polyomavirus species in different African horseshoe bat species is indicative of short-range host-switching events
    Carr, Michael; Gonzalez, Gabriel; Sasaki, Michihito; Dool, Serena E.; Ito, Kimihito; Ishii, Akihiro; Hang'ombe, Bernard M.; Mweene, Aaron S.; Teeling, Emma C.; Hall, William W.; Orba, Yasuko; Sawa, Hirofumi
    Journal of General Virology, 98, 11, 2771, 2785, 2017年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Discovery of African bat polyomaviruses and infrequent recombination in the large T antigen in the Polyomaviridae
    Carr, M.; Gonzalez, G.; Sasaki, M.; Ito, K.; Ishii, A.; Hang’Ombe, B.M.; Mweene, A.S.; Orba, Y.; Sawa, H.
    Journal of General Virology, 98, 4, 726, 738, 2017年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • An optimistic protein assembly from sequence reads salvaged an uncharacterized segment of mouse picobirnavirus
    Gonzalez, G.; Sasaki, M.; Burkitt-Gray, L.; Kamiya, T.; Tsuji, N.M.; Sawa, H.; Ito, K.
    Scientific Reports, 7, 40447, 2017年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Defining the antibody cross-reactome directed against the influenza virus surface glycoproteins
    Nachbagauer, R.; Choi, A.; Hirsh, A.; Margine, I.; Iida, S.; Barrera, A.; Ferres, M.; Albrecht, R.A.; García-Sastre, A.; Bouvier, N.M.; Ito, K.; Medina, R.A.; Palese, P.; Krammer, F.
    Nature Immunology, 18, 4, 464, +, 2017年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Tracking the Evolution of Polymerase Genes of Influenza A Viruses during Interspecies Transmission between Avian and Swine Hosts
    Nipawit Karnbunchob; Ryosuke Omori; Heidi L. Tessmer; Kimihito Ito
    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 7, 2118, 2016年12月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Estimating the Lineage Dynamics of Human Influenza B Viruses
    Mayumbo Nyirenda; Ryosuke Omori; Heidi L. Tessmer; Hiroki Arimura; Kimihito Ito
    PLOS ONE, 11, 11, e0166107, 2016年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Multi-reassortant G3P[3] group A rotavirus in a horseshoe bat in Zambia
    Michihito Sasaki; Yasuko Orba; Satoko Sasaki; Gabriel Gonzalez; Akihiro Ishii; Bernard M. Hang'ombe; Aaron S. Mweene; Kimihito Ito; Hirofumi Sawa
    JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 97, 10, 2488, 2493, 2016年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Divergent bufavirus harboured in megabats represents a new lineage of parvoviruses
    Michihito Sasaki; Gabriel Gonzalez; Yuji Wada; Agus Setiyono; Ekowati Handharyani; Ibenu Rahmadani; Siswatiana Taha; Sri Adiani; Munira Latief; Zainal Abidin Kholilullah; Mawar Subangkit; Shintaro Kobayashi; Ichiro Nakamura; Takashi Kimura; Yasuko Orba; Kimihito Ito; Hirofumi Sawa
    SCIENTIFIC REPORTS, 6, 24257, 2016年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Relaxing the Data Access Bottleneck of Geographic Big-data Analytics Applications using Distributed Quad trees
    Mayumbo Nyirenda; Hiroki Arimura; Kimihito Ito
    PROCEEDINGS OF 2016 5TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON MULTIMEDIA COMPUTING AND SYSTEMS (ICMCS), 189, 194, 2016年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Host-Specific and Segment-Specific Evolutionary Dynamics of Avian and Human Influenza A Viruses: A Systematic Review
    Kiyeon Kim; Ryosuke Omori; Keisuke Ueno; Sayaka Iida; Kimihito Ito
    PLOS ONE, 11, 1, e0147021, 2016年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Seroepidemiological Prevalence of Multiple Species of Filoviruses in Fruit Bats (Eidolon helvum) Migrating in Africa
    Hirohito Ogawa; Hiroko Miyamoto; Eri Nakayama; Reiko Yoshida; Ichiro Nakamura; Hirofumi Sawa; Akihiro Ishii; Yuka Thomas; Emiko Nakagawa; Keita Matsuno; Masahiro Kajihara; Junki Maruyama; Naganori Nao; Mieko Muramatsu; Makoto Kuroda; Edgar Simulundu; Katendi Changula; Bernard Hang'ombe; Boniface Namangala; Andrew Nambota; Jackson Katampi; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Heinz Feldmann; Chihiro Sugimoto; Ladslav Moonga; Aaron Mweene; Ayato Takada
    JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, 212, S101, S108, 2015年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Distinct Lineages of Bufavirus in Wild Shrews and Nonhuman Primates
    Michihito Sasaki; Yasuko Orba; Paulina D. Anindita; Akihiro Ishii; Keisuke Ueno; Bernard M. Hang'ombe; Aaron S. Mweeile; Kimihito Ito; Hirofumi Sawa
    EMERGING INFECTIOUS DISEASES, 21, 7, 1230, 1233, 2015年07月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Efficient Isolation of Swine Influenza Viruses by Age-Targeted Specimen Collection
    Makoto Ozawa; Aya Matsuu; Kouki Yonezawa; Manabu Igarashi; Kosuke Okuya; Toshiko Kawabata; Kimihito Ito; Kyoko Tsukiyama-Kohara; Akira Taneno; Eisaburo Deguchi
    JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 53, 4, 1331, 1338, 2015年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Metagenomic analysis of the shrew enteric virome reveals novel viruses related to human stool-associated viruses
    Michihito Sasaki; Yasuko Orba; Keisuke Ueno; Akihiro Ishii; Ladslav Moonga; Bernard M. Hang'ombe; Aaron S. Mweene; Kimihito Ito; Hirofumi Sawa
    JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 96, Pt 2, 440, 452, 2015年02月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Efficient Approximate 3-Dimensional Point Set Matching Using Root-Mean-Square Deviation Score
    Yoichi Sasaki; Tetsuo Shibuya; Kimihito Ito; Hiroki Arimura
    SIMILARITY SEARCH AND APPLICATIONS, SISAP 2015, 9371, 191, 203, 2015年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Closest-Neighbor Resampling for Huge Biological Sequence Datasets
    Kouki Yonezawa; Manabu Igarashi; Yasuo Ohara; Kimihito Ito
    GENES & GENETIC SYSTEMS, 89, 6, 313, 313, 2014年12月, ［査読有り］
    英語
  • A nairovirus isolated from African bats causes haemorrhagic gastroenteritis and severe hepatic disease in mice
    Akihiro Ishii; Keisuke Ueno; Yasuko Orba; Michihito Sasaki; Ladslav Moonga; Bernard M. Hang'ombe; Aaron S. Mweene; Takashi Umemura; Kimihito Ito; William W. Hall; Hirofumi Sawa
    NATURE COMMUNICATIONS, 5, 5651, 2014年12月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • ELM: enhanced lowest common ancestor based method for detecting a pathogenic virus from a large sequence dataset
    Keisuke Ueno; Akihiro Ishii; Kimihito Ito
    BMC BIOINFORMATICS, 15, 254, 2014年07月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • High prevalence of spotted fever group rickettsiae in Amblyomma variegatum from Uganda and their identification using sizes of intergenic spacers.
    Ryo Nakao; Yongjin Qiu; Manabu Igarashi; Joseph W Magona; Lijia Zhou; Kimihito Ito; Chihiro Sugimoto
    Ticks and tick-borne diseases, 4, 6, 506, 12, 2013年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, The spotted fever group (SFG) rickettsiae are obligate intracellular bacteria transmitted by ticks that cause several tick-borne rickettsioses in humans worldwide. This study was intended to determine the prevalence of SFG rickettsiae in Amblyomma variegatum from 7 districts across Uganda. In addition to sequencing of gltA and ompA genes, identification of Rickettsia species based on the sizes of highly variable intergenic spacers, namely, dksA-xerC, mppA-purC, and rpmE-tRNA(fMet) was carried out. Application of multiplex PCR for simultaneous amplification of 3 spacers combined with capillary electrophoresis separation allowed simple, accurate, and high-throughput fragment sizing with considerable time and cost savings. Rickettsia genus-specific real-time PCR detected 136 positives out of 140 samples, giving an overall prevalence of 97.1%. Most samples (n=113) had a size combination of 225, 195, and 341 bp for dksA-xerC, mppA-purC, and rpmE-tRNA(fMet), respectively, which was identical to that of R. africae, a causative agent of African tick bite fever. In addition, several samples had size variants in either dksA-xerC or rpmE-tRNA(fMet). Nonetheless, the partial sequences of gltA and ompA genes of samples of all size combinations showed the greatest similarity to R. africae (99.3-100% for gltA and 98.1-100% for ompA). Given these results, it is highly possible that the tested ticks were infected with R. africae or closely related species. This is a first report on molecular genetic detection of R. africae and its high endemicity in Uganda. Clinicians in this country should be aware of this pathogen as a cause of non-malarial febrile illness. This study provided a starting point for the development of Rickettsia species identification based on the sizes of intergenic spacers. The procedure is simple, rapid, and cost-effective to perform; hence it might be particularly well suited for preliminary species identification in epidemiological investigations. The results may be more detailed and reliable when simultaneous sequencing analysis is performed.
  • Heterosubtypic Antiviral Activity of Hemagglutinin-Specific Antibodies Induced by Intranasal Immunization with Inactivated Influenza Viruses in Mice
    Mieko Muramatsu; Reiko Yoshida; Hiroko Miyamoto; Daisuke Tomabechi; Masahiro Kajihara; Junki Maruyama; Takashi Kimura; Rashid Manzoor; Kimihito Ito; Ayato Takada
    PLOS ONE, 8, 8, e71534, 2013年08月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Whole-genome sequencing of theileria parva strains provides insight into parasite migration and diversification in the african continent
    Kyoko Hayashida; Takashi Abe; William Weir; Ryo Nakao; Kimihito Ito; Kiichi Kajino; Yutaka Suzuki; Frans Jongejan; Dirk Geysen; Chihiro Sugimoto
    DNA Research, 20, 3, 209, 220, 2013年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Antiviral activity of stachyflin on influenza A viruses of different hemagglutinin subtypes
    Yurie Motohashi; Manabu Igarashi; Masatoshi Okamatsu; Takeshi Noshi; Yoshihiro Sakoda; Naoki Yamamoto; Kimihito Ito; Ryu Yoshida; Hiroshi Kida
    VIROLOGY JOURNAL, 10, 118, 2013年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Resampling Nucleotide Sequences with Closest-Neighbor Trimming and Its Comparison to Other Methods
    Kouki Yonezawa; Manabu Igarashi; Keisuke Ueno; Ayato Takada; Kimihito Ito
    PLoS ONE, 8, 2, e57684, 2013年02月27日, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Clustering of Positions in Nucleotide Sequences by Trim Distance
    Takaharu Shimada; Issei Hamada; Kouichi Hirata; Tetsuji Kuboyama; Kouki Yonezawa; Kimihito Ito
    2013 SECOND IIAI INTERNATIONAL CONFERENCE ON ADVANCED APPLIED INFORMATICS (IIAI-AAI 2013), 129, 134, 2013年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Molecular Mechanisms Underlying Oseltamivir Resistance Mediated by an I117V Substitution in the Neuraminidase of Subtype H5N1 Avian Influenza A Viruses
    Ryo Takano; Maki Kiso; Manabu Igarashi; Quynh Mai Le; Masakazu Sekijima; Kimihito Ito; Ayato Takada; Yoshihiro Kawaoka
    JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, 207, 1, 89, 97, 2013年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Population genetic analysis and sub-structuring of Theileria parva in the northern and eastern parts of Zambia
    Walter Muleya; Boniface Namangala; Martin Simuunza; Ryo Nakao; Noboru Inoue; Takashi Kimura; Kimihito Ito; Chihiro Sugimoto; Hirofumi Sawa
    PARASITES & VECTORS, 5, 255, 2012年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Comparative Genome Analysis of Three Eukaryotic Parasites with Differing Abilities To Transform Leukocytes Reveals Key Mediators of Theileria-Induced Leukocyte Transformation
    Kyoko Hayashida; Yuichiro Hara; Takashi Abe; Chisato Yamasaki; Atsushi Toyoda; Takehide Kosuge; Yutaka Suzuki; Yoshiharu Sato; Shuichi Kawashima; Toshiaki Katayama; Hiroyuki Wakaguri; Noboru Inoue; Keiichi Homma; Masahito Tada-Umezaki; Yukio Yagi; Yasuyuki Fujii; Takuya Habara; Minoru Kanehisa; Hidemi Watanabe; Kimihito Ito; Takashi Gojobori; Hideaki Sugawara; Tadashi Imanishi; William Weir; Malcolm Gardner; Arnab Pain; Brian Shiels; Masahira Hattori; Vishvanath Nene; Chihiro Sugimoto
    MBIO, 3, 5, e00204, 12, 2012年09月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Tobacco calmodulin-like protein provides secondary defense by binding to and directing degradation of virus RNA silencing suppressors
    Kenji S. Nakahara; Chikara Masuta; Syouta Yamada; Hanako Shimura; Yukiko Kashihara; Tomoko S. Wada; Ayano Meguro; Kazunori Goto; Kazuki Tadamura; Kae Sueda; Toru Sekiguchi; Jun Shao; Noriko Itchoda; Takeshi Matsumura; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Richard W. Carthew; Ichiro Uyeda
    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 109, 25, 10113, 10118, 2012年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Exploring functionally related enzymes using radially distributed properties of active sites around the reacting points of bound ligands
    Keisuke Ueno; Katsuhiko Mineta; Kimihito Ito; Toshinori Endo
    BMC STRUCTURAL BIOLOGY, 12, 5, 2012年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A Trim Distance between Positions as Packaging Signals in H3N2 Influenza Viruses
    Shunsuke Makino; Takaharu Shimada; Kouichi Hirata; Kouki Yonezawa; Kimihito Ito
    6TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SOFT COMPUTING AND INTELLIGENT SYSTEMS, AND THE 13TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ADVANCED INTELLIGENT SYSTEMS, 1702, 1707, 2012年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Finding Correlated Mutations among RNA Segments in H3N2 Influenza Viruses
    Takaharu Shimada; Tatsuya Hazemoto; Shunsuke makino; Kouichi Hirata; Kimihito Ito
    6TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SOFT COMPUTING AND INTELLIGENT SYSTEMS, AND THE 13TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ADVANCED INTELLIGENT SYSTEMS, 1696, 1701, 2012年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • A conserved region in the prM protein is a critical determinant in the assembly of flavivirus particles
    Kentaro Yoshii; Manabu Igarashi; Osamu Ichii; Kana Yokozawa; Kimihito Ito; Hiroaki Kariwa; Ikuo Takashima
    JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 93, Pt 1, 27, 38, 2012年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A trim distance between positions in nucleotide sequences
    Shunsuke Makino; Takaharu Shimada; Kouichi Hirata; Kouki Yonezawa; Kimihito Ito
    Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 7569, 81, 94, Springer, 2012年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Single Amino Acid Residue in the A2 Domain of Major Histocompatibility Complex Class I Is Involved in the Efficiency of Equine Herpesvirus-1 Entry
    Michihito Sasaki; Eunmi Kim; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Rie Hasebe; Hideto Fukushi; Hirofumi Sawa; Takashi Kimura
    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 286, 45, 39370, 39378, 2011年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Gnarled-Trunk Evolutionary Model of Influenza A Virus Hemagglutinin
    Kimihito Ito; Manabu Igarashi; Yutaka Miyazaki; Teiji Murakami; Syaka Iida; Hiroshi Kida; Ayato Takada
    PLOS ONE, 6, 10, e25953, 2011年10月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • An H5N1 highly pathogenic avian influenza virus that invaded Japan through waterfowl migration
    Masahiro Kajihara; Keita Matsuno; Edgar Simulundu; Mieko Muramatsu; Osamu Noyori; Rashid Manzoor; Eri Nakayama; Manabu Igarashi; Daisuke Tomabechi; Reiko Yoshida; Masatoshi Okamatsu; Yoshihiro Sakoda; Kimihito Ito; Hiroshi Kida; Ayato Takada
    JAPANESE JOURNAL OF VETERINARY RESEARCH, 59, 2-3, 89, 100, 2011年08月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Characterization of influenza A viruses isolated from wild waterfowl in Zambia
    Edgar Simulundu; Akihiro Ishii; Manabu Igarashi; Aaron S. Mweene; Yuka Suzuki; Bernard M. Hang'ombe; Boniface Namangala; Ladslav Moonga; Rashid Manzoor; Kimihito Ito; Ichiro Nakamura; Hirofumi Sawa; Chihiro Sugimoto; Hiroshi Kida; Chuma Simukonda; Wilbroad Chansa; Jack Chulu; Ayato Takada
    JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 92, Pt 6, 1416, 1427, 2011年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of the antigenic changes of the pandemic (H1N1) 2009 influenza virus hemagglutinin
    Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Reiko Yoshida; Daisuke Tomabechi; Hiroshi Kida; Ayato Takada
    INFLUENZA AND OTHER RESPIRATORY VIRUSES, 5, 402, 404, 2011年05月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Virological surveillance and phylogenetic analysis of the PB2 genes of influenza viruses isolated from wild water birds flying from their nesting lakes in Siberia to Hokkaido, Japan in autumn
    Rozanah Asmah Abdul Samad; Yoshihiro Sakoda; Yoshimi Tsuda; Edgar Simulundu; Rashid Manzoor; Masatoshi Okamatsu; Kimihito Ito; Hiroshi Kida
    JAPANESE JOURNAL OF VETERINARY RESEARCH, 59, 1, 15, 22, 2011年02月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Predicting Mutation Trend of Influenza A Virus through Dimensionality Reduction in Hamming Metric on HA Amino Acid Sequences
    Tetsuji Kuboyama; Kimihito Ito; Kouichi Hirata; Hiroshi Sakamoto
    Annual International Conference on BioInformatics and Computational Biology (BICB 2011), 2011年
  • Construction of an infectious cDNA clone for Omsk hemorrhagic fever virus, and characterization of mutations in NS2A and NS5
    Kentaro Yoshii; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Hiroaki Kariwa; Michael R. Holbrook; Ikuo Takashima
    VIRUS RESEARCH, 155, 1, 61, 68, 2011年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Detection of all known filovirus species by reverse transcription-polymerase chain reaction using a primer set specific for the viral nucleoprotein gene
    Hirohito Ogawa; Hiroko Miyamoto; Hideki Ebihara; Kimihito Ito; Shigeru Morikawa; Heinz Feldmann; Ayato Takada
    JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS, 171, 1, 310, 313, 2011年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Genetic characterization and susceptibility on poultry and mammal of H7N6 subtype avian influenza virus isolated in Japan in 2009
    Yuko Uchida; Katsushi Kanehira; Masaji Mase; Nobuhiro Takemae; Chiaki Watanabe; Tatsufumi Usui; Yoshikazu Fujimoto; Toshihiro Ito; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Ayato Takada; Yoshihiro Sakoda; Masatoshi Okamatsu; Yu Yamamoto; Kikuyasu Nakamura; Hiroshi Kida; Yasuaki Hiromoto; Tomoyuki Tsuda; Takehiko Saito
    VETERINARY MICROBIOLOGY, 147, 1-2, 1, 10, 2011年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Detection of Filovirus Species-Specific Antibodies
    Eri Nakayama; Ayaka Yokoyama; Hiroko Miyamoto; Manabu Igarashi; Noriko Kishida; Keita Matsuno; Andrea Marzi; Heinz Feldmann; Kimihito Ito; Masayuki Saijo; Ayato Takada
    CLINICAL AND VACCINE IMMUNOLOGY, 17, 11, 1723, 1728, 2010年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Meningoencephalitis Associated with Sarcocystis spp. in a Free-Living Japanese Raccoon Dog (Nyctereutes procyonoides viverrinus)
    M. Kubo; T. Kawachi; M. Murakami; M. Kubo; S. Tokuhiro; T. Agatsuma; K. Ito; T. Okano; M. Asano; H. Fukushi; M. Nagataki; H. Sakai; T. Yanai
    JOURNAL OF COMPARATIVE PATHOLOGY, 143, 2-3, 185, 189, 2010年08月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A novel copper(II) coordination at His186 in full-length murine prion protein
    Yasuko Watanabe; Wakako Hiraoka; Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Yuhei Shimoyama; Motohiro Horiuchi; Tohru Yamamoria; Hironobu Yasui; Mikinori Kuwabara; Fuyuhiko Inagaki; Osamu Inanami
    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 394, 3, 522, 528, 2010年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Predicting the Antigenic Structure of the Pandemic (H1N1) 2009 Influenza Virus Hemagglutinin
    Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Reiko Yoshida; Daisuke Tomabechi; Hiroshi Kida; Ayato Takada
    PLOS ONE, 5, 1, e8553, 2010年01月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Recent experiences in parameter-free data mining
    Kimihito Ito; Thomas Zeugmann; Yu Zhu
    Lecture Notes in Electrical Engineering, 62, 365, 371, Springer, 2010年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Clustering the Normalized Compression Distance for Influenza Virus Data
    Kimihito Ito; Thomas Zeugmann; Yu Zhu
    ALGORITHMS AND APPLICATIONS, 6060, 130, +, 2010年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Characterization of H3N6 avian influenza virus isolated from a wild white pelican in Zambia
    Edgar Simulundu; Aaron S. Mweene; Daisuke Tomabechi; Bernard M. Hang'ombe; Akihiro Ishii; Yuka Suzuki; Ichiro Nakamura; Hirofumi Sawa; Chihiro Sugimoto; Kimihito Ito; Hiroshi Kida; Lewis Saiwana; Ayato Takada
    ARCHIVES OF VIROLOGY, 154, 9, 1517, 1522, 2009年09月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Cross-Protective Potential of a Novel Monoclonal Antibody Directed against Antigenic Site B of the Hemagglutinin of Influenza A Viruses
    Reiko Yoshida; Manabu Igarashi; Hiroichi Ozaki; Noriko Kishida; Daisuke Tomabechi; Hiroshi Kida; Kimihito Ito; Ayato Takada
    PLOS PATHOGENS, 5, 3, e1000350, 2009年03月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Discovering Networks for Global Propagation of Influenza A (H3N2) Viruses by Clustering
    Kazuya Sata; Kouichi Hirata; Kimihito Ito; Tetsuji Kuboyama
    KNOWLEDGE-BASED AND INTELLIGENT INFORMATION AND ENGINEERING SYSTEMS, PT II, PROCEEDINGS, 5712, 490, +, 2009年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Genetically destined potentials for N-linked glycosylation of influenza virus hemagglutinin
    Manabu Igarashi; Kimihito Ito; Hiroshi Kida; Ayato Takada
    VIROLOGY, 376, 2, 323, 329, 2008年07月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Symmetric item set mining method using zero-suppressed BDDs and application to biological data (論文特集:データマイニングと統計数理)
    MINATO Shin-ichi; ITO Kimihito
    人工知能学会論文誌 = Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence : AI, 22, 2, 156, 164, 人工知能学会, 2007年11月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）, In this paper, we present a method of finding symmetric items in a combinatorial item set database. The techniques for finding symmetric variables in Boolean functions have been studied for long time in the area of VLSI logic design, and the BDD (Binary Decision Diagram) -based methods are presented to solve such a problem. Recently, we have developed an efficient method for handling databases using ZBDDs (Zero-suppressed BDDs), a particular type of BDDs. In our ZBDD-based data structure, the symmetric item sets can be found efficiently as well as for Boolean functions. We implemented the p...
  • Symmetric item set mining method using zero-suppressed BDDs and application to biological data
    Minato Shin-ichi; Ito Kimihito
    Inform. Media Technol., 2, 1, 300, 308, Information and Media Technologies 編集運営会議, 2007年, ［査読有り］
    英語, In this paper, we present a method of finding symmetric items in a combinatorial item set database. The techniques for finding symmetric variables in Boolean functions have been studied for long time in the area of VLSI logic design, and the BDD (Binary Decision Diagram) -based methods are presented to solve such a problem. Recently, we have developed an efficient method for handling databases using ZBDDs (Zero-suppressed BDDs), a particular type of BDDs. In our ZBDD-based data structure, the symmetric item sets can be found efficiently as well as for Boolean functions. We implemented the program of symmetric item set mining, and applied it to actual biological data on the amino acid sequences of influenza viruses. We found a number of symmetric items from the database, some of which indicate interesting relationships in the amino acid mutation patterns. The result shows that our method is helpful for extracting hidden interesting information in real-life databases.
  • Data Mining in Amino Acid Sequences of H3N2 Influenza Viruses Isolated during 1968 to 2006.
    Ito K; Igarashi M; Takada A
    Knowledge Media Technologies, 21, 154, 158, TU Ilmenau, 2006年07月, ［査読有り］
    英語, The hemagglutinin (HA) of influenza viruses undergoes antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of the HA molecules in future, it is important to understand the patterns of amino acid mutations and structural changes in the past. We performed a retrospective and comprehensive analysis of structural changes in H3 hemagglutinins of human influenza viruses isolated during 1968 to 2006. Amino acid sequence data of more than 2000 strains have been collected from NCBI Influenza virus resources. Information theoretic analysis of the collected sequences revealed a number of simultaneous mutations of amino acids at two or more different positions (correlated mutations). We also calculated the net charge of the HA1 subunit, based on thenumber of charged amino acid residues, and found that the net charge increased linearly from 1968 to 1984 and, after then, has been saturated. This level of the net charge may be an upper limit for H3 HA to be functional. It is noted that "correlated mutations" with the conversion of acidic and basic amino acid residues between two different positions were frequently found after 1984, suggesting that these mutations contributed to counterbalancing effect to keep the net charge of the HA . These approaches may open the way to find the direction of future antigenic drift of influenza viruses.
  • Meme media for clipping and combining Web Resources
    Y Tanaka; K Ito; J Fujima
    WORLD WIDE WEB-INTERNET AND WEB INFORMATION SYSTEMS, 9, 2, 117, 142, 2006年06月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • A meme media framework for introducing a multimodal user interface to existing web applications
    Ito, Kimihito
    Information Modelling and Knowledge Bases XVII, 83, 93, 2006年, ［査読有り］
  • Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface
    Aberg, J.; Agier, M.; Angelis, L.; Appice, A.; Belhajjame, K.; Berardi, M.; Bose, P.; Bulskov, H.; Capello, F.; Caruso, C.; Ceci, M.; Chen, M.; Chisalita, I.; Cholvy, L.; Colazzo, D.; Comito, C.; Congiusta, A.; Cuppens, F.; Daemi, A.; De Marchi, F.; Diaz, E.; Dubhashi, D.; Gammie, P.; Giacometti, A.; Giese, M.; Goutam, P.; Greco, G.; Hammiche, S.; Herault, T.; Im, S.H.; Ito, K.; Jiline, M.; Johannisson, K.; Jouanot, F.; K{\"a},{\"a}ri{\"a}inen, M.; Kiritchenko, S.; Knappe, R.; Lakhal, L.; Lambrix, P.; Lassen, T.; Laurent, A.; Laurent, D.; Lefebvre, A.; Alcantara, J.F.L.; Lindemann, G.; Loyer, Y.; Lu, J.; Mar, P.; Mastroianni, C.; Minor, M.; Monett, D.; Mundluru, D.; Obst, O.; Perego, R.; Ranta, A.; Safar, B.; Saitta, L.; Juan, E.S.; Schr{\"o}ter, K.; Sebag, M.; Shah, B.; Simon, L.; Spezzano, G.; Urbig, D.; Terney, T.V.; Tsay, L.-S.; Viet, P.-L.; Waldinger, R.; Wernhard, C.; Xie, Y.; Yan, J.; Yin, K.; Martini, J.L.Z.; Zhao, N.; Zhou, X.; Hacid, M.-S.; Murray, N.V.; Ras, Z.W.; Tsumoto, S.
    Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 3488 LNAI, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2005年
    研究論文（学術雑誌）
  • Meme media and logic programming approach for intelligent media systems
    K Ito
    Proceedings of the 2005 International Conference on Active Media Technology (AMT 2005), 611, 616, 2005年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Introducing multimodal character agents into existing web applications
    Kimihito Ito
    14th International World Wide Web Conference, WWW2005, 966, 967, ACM, 2005年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Meme media architectures for re-editing and redistributing intellectual assets over the Web
    Y Tanaka; K Ito; D Kurosaki
    INTERNATIONAL JOURNAL OF HUMAN-COMPUTER STUDIES, 60, 4, 489, 526, 2004年04月, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Web application wrapping by demonstration
    K Ito; Y Tanaka
    INFORMATION MODELLING AND KNOWLEDGE BASES XV, 105, 266, 281, 2004年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Meme media architecture for the reediting and redistribution of Web resources
    Y Tanaka; K Ito
    FLEXIBLE QUERY ANSWERING SYSTEMS, PROCEEDINGS, 3055, 1, 12, 2004年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Human-agent co-operation in accessing and communicating knowledge media - A case in medical therapy planning
    Dotsch, V; K Ito; KP Jantke
    INTUITIVE HUMAN INTERFACES FOR ORGANIZING AND ACCESSING INTELLECTUAL ASSETS, 3359, 68, 87, 2004年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Live document framework for re-editing and redistributing contents in WWW
    Y Tanaka; D Kurosaki; K Ito
    INFORMATION MODELLING AND KNOWLEDGE BASES XIV, 94, 247, 262, 2003年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Integrated Visualization and Reification of Database and Web Contents.
    Kimihito Ito; Tsuyoshi Sugibuchi; Yohei Fujita; Takeshi Oda; Makoto Ohigashi; Yuzuru Tanaka
    Proceedings of the Twelfth International World Wide Web Conference - Posters, WWW 2003, Budapest, Hungary, May 20-24, 2003, 2003年, ［査読有り］
  • A visual environment for dynamic web application composition.
    Kimihito Ito; Yuzuru Tanaka
    HYPERTEXT 2003, Proceedings of the 14th ACM Conference on Hypertext and Hypermedia, August 26-30, 2003, Nottingham, UK, 184, 193, ACM, 2003年, ［査読有り］
  • Web Application Wrapping by Demonstration.
    Kimihito Ito; Yuzuru Tanaka
    Information Modelling and Knowledge Bases XV, 13th European-Japanese Conference on Information Modelling and Knowledge Bases (EJC 2003), Kitakyushu, Japan, June 3-6, 2003, 266, 281, IOS Press, 2003年, ［査読有り］
  • Modelling Semi-structured Documents with Hedges for Deduction and Induction.
    Akihiro Yamamoto; Kimihito Ito; Akira Ishino; Hiroki Arimura
    Inductive Logic Programming, 11th International Conference, ILP 2001, Strasbourg, France, September 9-11, 2001, Proceedings, 2157, 240, 247, Springer, 2001年, ［査読有り］
    研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Finding hypotheses from examples by computing the least generalization of bottom clauses
    K Ito; A Yamamoto
    DISCOVERY SCIENCE, 1532, 303, 314, 1998年, ［査読有り］
    英語, 研究論文（学術雑誌）
  • Polynomial-Time MAT Learning of Multilinear Logic Programs.
    Kimihito Ito; Akihiro Yamamoto
    Algorithmic Learning Theory, Third Workshop, ALT '92, Tokyo, Japan, October 20-22, 1992, Proceedings, 743, 63, 74, Springer, 1992年, ［査読有り］
    研究論文（国際会議プロシーディングス）
  • Influencing Factors and Prediction of Lung Function Impairment among Motorcycle Taxi Drivers in Bangkok and Adjacent Provinces, Thailand
    Kimihito Ito
■ その他活動・業績
■ 主な担当授業
  • 感染症学特別研究Ⅰ, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 大学院共通授業科目（一般科目）：自然科学・応用科学, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
  • 感染症学特別演習, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 情報科学特論, 2024年, 博士後期課程, 獣医学院
  • 感染症学特別研究ⅡA, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 情報科学特論, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 感染症学特別研究ⅡB, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 感染症数理生物学特論, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 保全医学演習, 2024年, 博士後期課程, 獣医学院
  • 保全医学演習, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 人獣共通感染症対策専門特論, 2024年, 博士後期課程, 国際感染症学院
  • 微生物学, 2024年, 学士課程, 医学部
■ 共同研究・競争的資金等の研究課題
  • Transformerの演繹推論能力の解明と説明可能なAIへの応用
    科学研究費助成事業
    2025年04月01日 - 2030年03月31日
    山本 章博; 佐藤 健; 杉山 麿人; 大久保 好章; 伊藤 公人; 市瀬 夏洋; 明石 望洋
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 京都大学, 25H01112
  • 集団遺伝学における統計的機械学習と感染症疫学への応用
    科学研究費助成事業
    2021年04月01日 - 2026年03月31日
    伊藤 公人
    本研究では，遺伝子の多様性を表す集団遺伝学モデルに感染者数を表す疫学モデルを組み込み，ウイルスの多様性から感染者数や変異ウイルスの割合の時間変動を推定する手法を開発し，実際に観測される遺伝子データと疫学データを統計的機械学習により解析し，データ同化の手法を用いて感染者数や変異株の割合がどのように変化するかをリアルタイムに予測するとともに，予測の精度を検証することを目的としている。
    2022年度までに変異株の従来株に対する相対実効再生産数を計算し，従来株から変異株への置き換わりを予測する手法を開発した。2023年度は，本手法をブラジルでのSARS-CoV-2変異株の置き換わりのデータに適用した。ブラジルでのガンマ株からデルタ株，デルタ株からオミクロンBA.1株への置き換わりを解析した結果，本手法により推定された相対実効再生産数は，Birth-Death-Skyline モデルで推定した実効再生産数の比とほぼ一致していることを明らかにした (Nat Comm, 2023)。また，同手法を用いて，ブラジルで流行するXBBの変異株を解析した結果， XBB＋F486P株，XBB＋F486P＋F456L株，XBB＋F486P＋F456L＋L455F株の他の流行株（主にBQ.1/BE株）に対する相対実効再生産数は，それぞれ1.24，1.33，1.48であることを明らかにした (Microbiol Spectr, 2024)。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 23K21692
  • 集団遺伝学における統計的機械学習と感染症疫学への応用
    科学研究費助成事業
    2021年04月01日 - 2026年03月31日
    伊藤 公人
    本研究では，遺伝子の多様性を表す集団遺伝学モデルに感染者数を表す疫学モデルを組み込み，ウイルスの多様性から感染者数や変異ウイルスの割合の時間変動を推定する手法を開発し，実際に観測される遺伝子データと疫学データを統計的機械学習により解析し，データ同化の手法を用いて感染者数や変異株の割合がどのように変化するかをリアルタイムに予測するとともに，予測の精度を検証することを目的としている。
    ２０２１年度は，下記の項目の研究を実施した。
    変異株の従来株に対する相対実効再生産数を計算し，従来株から変異株への置き換わりを予測する手法を開発した。開発手法を国内外のデータに適用し，アルファ株，デルタ株，オミクロン株の従来株に対する相対実効再生産数を計算した。デルタ株については，従来株に比べて実効再生産数が1.95倍高いことを明らかにし(Eurosurveillance, 2021)，オミクロン株については，デルタ株より実効再生産数が3.2倍高いことを明らかにした (J Med Virol, 2021)。これらの結果に基づき，国内における変異株の割合の推移をリアルタイムに予測し，厚生労働省アドバイザリーボードに計20回報告した。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 21H03490
  • 実世界知識基盤形成のための次世代半構造マイニング技術の研究
    科学研究費助成事業
    2016年04月01日 - 2020年03月31日
    有村 博紀; 宇野 毅明; 湊 真一; 平田 耕一; 伊藤 公人; 下薗 真一; 喜田 拓也
    本研究では，実世界と情報世界が融合した巨大な情報空間から有用な知識を効率よくとりだすための実世界知識基盤形成のための大規模半構造マイニング技術とその周辺技術の確立を目指して研究を行った．とくに，知識表現の発見のための高速半構造マイニングエンジン技術と，確率情報を用いた知識発見技術，実世界の多様な半構造データに適用するための超高速ストリーム処理技術や，高性能圧縮技術，知識索引技術を研究し，それらを実装し，理論解析および実証実験を行った．
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 16H01743
  • 文字列統計量を用いたベイズ推定によるインフルエンザウイルスの抗原変異予測
    科学研究費助成事業
    2016年04月01日 - 2019年03月31日
    伊藤 公人
    感染症流行モデルにQuasi-species理論を導入し，ウイルスの塩基配列，感染者数，人の集団免疫の時間変化を表す数理モデルを提案した。粒子フィルタを用いて提案モデルにH1N1亜型のインフルエンザウイルスの塩基配列と感染者数の観測データをあてはめ，ウイルスの変異と流行規模を予測する手法を開発した。100,000粒子を用いて１カ月ごとにデータ同化を行い，6カ月後のウイルスのヘマグルチニン分子上のアミノ酸置換を予測した。その結果，本手法により，6カ月後のアミノ酸置換を，適合率79%，再現率53%で予測できることを明らかにした。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 16H02863
  • 順序関係が成立する属性を持つデータからの閉集合を用いた知識発見
    科学研究費助成事業
    2014年04月01日 - 2017年03月31日
    山本 章博; 平田 耕一; 伊藤 公人; 久保山 哲二; 吉仲 亮; 小林 靖明; 池田 真土里; 大滝 啓介; 狩山 和亮; 山崎 朋哉; 西村 翔一
    本研究の目標は，属性が備える順序関係と閉集合を利用した知識発見手法を開発することであった．閉集合による知識発見は２項関係データの双クラスタリングとよばれる手法の一種であるので，行列の因子分解と探索による閉集合構成，様々な双クラスタリング手法で得られた閉集合間の関係解析を行った．また，木構造データの部分構造間の半順序を用いた木構造の主成分分析手法，自然言語シソーラスにおける語彙の順序関係を用いたシソーラス拡張，整数計画法による木構造の共通部分の高速発見手法という成果を得た．
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 京都大学, 26280085
  • インフルエンザウイルスヘマグルチニン亜型間交差反応性抗体とエピトープに関する研究
    科学研究費助成事業
    2012年04月01日 - 2017年03月31日
    高田 礼人; 伊藤 公人; 五十嵐 学; 吉田 玲子; 村松 美笑子; 宮本 洋子
    インフルエンザAウイルスのヘマグルチニン(HA)亜型間交差感染防御免疫における抗体の役割を、新たな抗ウイルス活性（ウイルス出芽阻害）を測定する手法によって明らかにした。特に、HA分子上の同じエピトープを認識するモノクローナルIgGおよびIgA抗体の比較によるIgAの優位性の実証に至った。また、構造情報を基にした分子間相互作用シミュレーション技術と組換え抗体作出技術を用いて、抗体の特異性を改変する技術の開発を試みた。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 24390110
  • 文字列集合からの逐次データ同化によるインフルエンザウイルスの抗原変異予測
    科学研究費助成事業
    2013年04月01日 - 2016年03月31日
    伊藤 公人; 高田 礼人; 五十嵐 学
    インフルエンザの予防にはワクチン接種が有効であるが，人の免疫圧による選択淘汰を受けてウイルスの遺伝子が変異し続けるため，ワクチン株を頻繁に更新しなければならない。そこで，本研究では，ワクチン株を先回りして準備するために，文字列の集合に対する逐次データ同化により，ウイルス遺伝子配列の実データから，近い将来におこるウイルス遺伝子上の変異を予測する手法を研究した。その結果，人の集団免疫と感染およびウイルスの遺伝子変異の過程を表すモデルが構築され，文字列集合からの逐次データ同化により，インフルエンザウイルスの抗原変異を予測する研究基盤を構築した。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 25280080
  • 大規模知識基盤形成のための次世代半構造マイニング技術の展開
    科学研究費助成事業
    2012年04月01日 - 2016年03月31日
    有村 博紀; 宇野 毅明; 湊 真一; 平田 耕一; 伊藤 公人; 下薗 真一; 喜田 拓也
    本研究では，実世界と情報世界が融合した巨大な情報空間から有用な知識を効率よくとりだすための大規模半構造マイニング技術の確立を目指す．とくに，大規模規模知識基盤形成システムのための基礎技術として，超高速半構造マイニングエンジンと，時空間情報を用いた半構造マイニング技術の研究開発，周辺技術として，確率的情報スキーマの導入と，知識連係技術と知識索引技術の研究開発を行った．開発した技術の実装と最適化によりプロトタイプシステムの構築を行った．
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 24240021
  • 位置間の進化系統距離に基づくインフルエンザウイルス塩基配列集合の解析
    科学研究費助成事業
    2013年04月01日 - 2015年03月31日
    平田 耕一; 伊藤 公人
    本研究では，塩基配列から進化系統樹を推定し，葉のラベルをある位置の塩基に置換した再ラベル進化系統樹，および，その二分枝を剪定することで得られる剪定進化系統樹に基づいてA型インフルエンザウイルスの塩基配列の解析に取り組んだ．まず，剪定進化系統樹間の距離としての剪定距離を導入し，剪定距離に基づくクラスタリングによってA型インフルエンザウイルスのパンデミックを解析した．次に，進化系統樹に適用可能かつ多項式時間計算可能な合致部分木マッピングカーネルと葉間パスカーネルを導入し，再ラベルおよび剪定進化系統樹を類別用することで，A型インフルエンザのパンデミック，地域間相違，パッケージング位置を解析した．
    日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 九州工業大学, 25540137
  • フィロウイルスの粒子形成過程を阻害する抗体の研究
    科学研究費助成事業
    2012年04月01日 - 2014年03月31日
    高田 礼人; 伊藤 公人; 五十嵐 学
    マールブルグウイルス (MARV) の表面糖蛋白質(GP) 特異的モノクローナル抗体を作出し、ウイルス出芽阻害活性の有無を解析した。その結果、通常の中和活性は持たない抗体の中に、MARV粒子の感染細胞からの出芽・放出を顕著に抑制する抗体が存在することが明らかとなった。これらの抗体存在下で増殖可能なエスケープ変異体を選択し、GPに導入されたアミノ酸変異を調べた結果、ムチン様領域の大規模な欠損またはfurin開裂部位の点変異が認められた。以上の結果より、抗体によるMARV感染抑制の新規メカニズムとMARVのユニークな免疫逃避メカニズムが明らかとなった。
    日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 24658252
  • 粘膜免疫によって誘導される亜型間交差反応性抗体の解析
    科学研究費助成事業
    2009年 - 2011年
    高田 礼人; 鈴木 定彦; 伊藤 公人
    現行の注射によるインフルエンザワクチンは,ヘマグルチニン(HA)に対する血中IgG抗体の産生を誘導するが,呼吸器でのウイルスの初感染を阻止できない。また,異なるHA亜型のウイルスに対して効果がない。本研究では,マウスの鼻腔内に不活化インフルエンザウイルスを投与すると,複数の亜型のウイルスに結合する交差反応性抗体が誘導されることが明らかになった。さらに,これらの抗体による亜型間交差感染阻害効果には,粘膜免疫で誘導されるIgA抗体が重要であることが示唆された。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 21390134
  • スマートオブジェクトの連携モデルの確立と新奇応用の創成
    科学研究費助成事業
    2009年 - 2011年
    田中 譲; 吉田 哲也; ランザー アラン; 宮崎 裕; シューベルグ ヨーナス; 伊藤 公人
    本研究では,スマート・オブジェクトの近傍近接フェデレーションのモデリングのレベルを,個々のスマートオブジェクトの連携機構のモデリング,複数のスマート・オブジェクトの連携機構のモデリング,応用シナリオのモデリングの3つのレベルにわけ,それぞれに対し,(1)ポートマッチング・モデル.(2)グラフ書き換えモデル.(3)触媒反応メットネットワーク・モデルの3つのモデリングを提案し,その間のマッピングを明らかにした.
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 21240003
  • 大規模知識基盤形成のための次世代半構造マイニング技術の研究
    科学研究費助成事業
    2008年 - 2011年
    有村 博紀; 喜田 拓也; 湊 真一; 伊藤 公人; 宇野 毅明; 平田 耕一
    本研究では,ネットワーク上の大規模半構造データからの知識獲得のための超高速な半構造マイニングエンジン技術と,これを現実の多様な半構造データに適用するためのさまざまな周辺技術を開発した.さらに,開発した技術の計算機上への実装を行い,大規模半構造データからの知識発見実験を行った.
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 20240014
  • インフルエンザウイルスのRNA分節間に形成される塩基対の検索
    科学研究費助成事業
    2009年 - 2010年
    伊藤 公人; 高田 礼人
    本研究では、公共データベースに蓄積された大量のウイルスゲノムを計算機を用いて解析することにより、RNA分節の選択的集合を説明し得る塩基対の構造を網羅的に探索することを目的とする。平成22年度は、下記項目に関して研究を行った。
    1.RNA分節において、塩基が極度に保存されている位置を明らかにする
    従来研究の成績からパッケージングシグナルは、各RNA分節のから5'末端および3'末端付近の領域に存在することが示唆されている。パンデミック2009インフルエンザウイルス(H1N1)の2285株分の塩基配列をNCBIから取得し、平均情報量を指標に各RNA分節において塩基が極度に保存されている領域を検索した。その結果、ほとんど全てのRNA分節において、3'末端付近の領域に塩基置換が見られた。
    2.二つのRNA分節で同時に変異する傾向にある塩基対があるか否かを確認する
    二つのRNA分節で同時に変異する傾向にある塩基対を高速に検索するために、同時エントロピーの比を用いる手法を開発した。同法を用いて、パンデミック2009インフルエンザウイルス(H1N1)のRNA分節間で同時に変異している塩基を探索した。その結果、PB2の95番目とNPの1530番目、PB2の573番目とNPの44番目、PB1の288番目とHAの1715番目、PAの64番目とNPの417番目、PAの64番目とNPの1419番目、NPの327番目とNAの347番目において、ワトソンクリック型塩基対を保持したまま同時に変異していることが判明した。
    3.RNA分節間の塩基対の連続性あるいは周期性が統計的に有意か否かを判定する
    PB2の95番目とNPの1530番目、PB1の288番目とHAの1715番目、NPの327番目とNAの347番目においては、連続した前後の塩基配列のアライメントを計算したところ、ワトソンクリック型塩基対が統計的に有意に多く見られること(p<0.03)を確認した。
    日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 21650067
  • インフルエンザウイルスの抗原変異予測のためのパターン発見手法に関する研究
    科学研究費助成事業
    2007年 - 2009年
    伊藤 公人; 高田 礼人; 湊 真一
    インフルエンザウイルスのヘマグルチニン(HA)は、人の免疫圧による選択淘汰を受け、抗原性が変化し続ける。インフルエンザの予防にはワクチン接種が有効であるが、HA上にアミノ酸置換を持つ様々な株が毎年分離されるため、翌年のワクチン株の選定が困難である。本研究では、大量のHAの遺伝子情報を利用し、抗原変異に伴うアミノ酸置換の規則性(パターン)を探索し、過去の変異に見られた規則性に基づいて将来起こりうるアミノ酸置換の予測手法を開発した。多次元空間上でウイルス変異を視覚化した結果、異なる年代のHA間の相対的な距離に規則性があることが判明した。過去12年に溯って翌年の変異を予測する試験を行った結果、本手法は、翌年の抗原変異株が持つアミノ酸置換を高い精度で予測できることを明らかにした。
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 19300041
  • 抽象化に基づく情間構造マイニング
    科学研究費助成事業
    2007年 - 2008年
    原口 誠; 富田 悦次; 伊藤 公人; 吉岡 真治; 大久保 好章
    潜在的なクラスタ間接続を, たとえ, 外延的な重なりが小さな場合でも, 内包的な繋がりが高い場合は有意義なクラスタ間接続関係を与える「情間」と捉える.こうした「情間」は, クラスタの外延と内包に対する評価関数を設定することにより, 制約条件下の最適化問題として捉えることができ, 具体的には, 形式概念束探索における分枝限定アルゴリズムとして設計・開発・実証を行った.形式概念束は, 概念の抽象階層と見なすことができ, 主要なクラスタを繋ぐ適切な概念を抽象階層から見出すことを意味している.実証実験において, カテゴリとしては離れた異種文書群から, それらを跨ぐ, 機能的な概念を情間(クロスオーバ概念)として抽出することに成功している.
    日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 19300040
  • ウェブ上の知識資源の自在な群抽出・群連携技術と統合再利用・可視化基盤技術の研究
    科学研究費助成事業
    2006年 - 2007年
    田中 譲; ランザー アラン エドワード; 伊藤 公人; 吉田 哲也; 藤間 淳
    群抽出・群連携の理論を確立し、これに基づくジェネリックな技術を開発し、さらには、これらの技術を用いたウェブ上の知的資源の統合再利用・可視化基盤技術を確立した。具体的には, (a)ウェブ上の知的資源の群抽出・群連携理論を確立し、(b)ウェブ上の知的資源の群抽出・群連携インタラクティブシステムを開発し、(c)ウェブ上の知的資源の統合再利用基盤技術を確立し、(d)ウェブ上の知的資源の統合可視化基盤技術を確立し、(e)統合再利用・可視化基盤技術の応用と評価を行った。
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 19200007
  • 知識基盤形成のための大規模半構造データからの超高速パターン発見
    科学研究費助成事業
    2005年 - 2007年
    有村 博紀; 喜田 拓也; 湊 真一; 伊藤 公人
    本研究では,WWW(ウェブ)などの大規模半構造データからの知識基盤形成のための超高速半構造パターン発見技術とその周辺技術の研究開発を行う.本研究では,次の項目に関して研究開発を行った.
    (1)超高速半構造マイニングエンジンの研究として,変数付き系列モチーフや属性木等の有用かつ自明でない半構造データ族に対して,性能保障をもつ効率よいパターン発見アルゴリズムを開発した.これらの計算量を理論的に明らかにし,さらにこの枠組みを一般化することで,平面幾何グラフ,2次元画像パターン,伸張を許す極大系列パターン,近似アイテム集合等の半構造データ族に対して,効率よい多項式時間遅延・多項式領域アルゴリズムを開発した.統計的マイニングに関して,自然言語処理分野や,人獣共通感染症領域での遺伝子解析応用への応用を行った.(有村,伊藤,喜田).
    (2)知識基盤形成のための大規模知識索引技術として,ZBDD技術を用いた圧縮知識索引機構と,その上で対称パターンの発見や,飽和集合発見を行う高速アルゴリズムを開発し,様々な効率化技術を開発した(湊,有村).
    (3)半自動知識連係技術として,ビット並列手法に基づく多次元数値ストリームデータや,例からの学習を用いた情報抽出技術などネットワークからの情報抽出や高速半構造ストリーム処理に基づく効率よい情報収集技術を開発した.(伊藤,喜田,有村).
    (4)開発した知識発見・知識連携・知識索引技術に関して,これまでのアルゴリズム実装と,評価実験,理論的解析に基づき,知識発見ツールの集合として知識獲得プロトタイプシステムを構築し,適用実験を行った
    (湊・伊藤・喜田・有村).
    日本学術振興会, 特別推進研究, 北海道大学, 17002008
  • Webアプリケーション間の自動連携のための学習推論技術に関する研究
    科学研究費助成事業
    2005年 - 2006年
    伊藤 公人
    近年のWWWの急速な普及・発展により、様々な科学技術研究領域のデータベースや解析ツールがWeb上に公開されている。Web上のデータベースや解析ツールは今なお増え続けており、生命情報学分野においてはその数が5000以上にのぼると言われている。WWWの研究基盤としての浸透により、研究データや解析ツールの個々別々な利用に関しては、従来に比べ格段に簡便化された。しかし、逆に、利用可能なデータやツールの数・種類が膨大化・多様化したため、ユーザがこれらの有効な組み合わせ方を見つけ出すことが困難となっている。
    この問題を解決するために本研究では、計算機を用いてWeb上のデータやツールの組み合わせ方を自動的に見つける手法を開発することを目的とした。これまでに研究代表者らは、IntelligentPadシステムを用いることにより、エンドユーザがWebアプリケーションを自由に部品化し、さらにそれらを組み合わせて新しいツールを合成することが可能な基盤技術を開発した。そこで、部品化の際にユーザが指定した入出力関係を積極的に利用することにより、この技術を計算機によるWebアプリケーションの自動連携に発展させる手法を考案した。IntelligentPadのスロット値間の関係を一階述語論理により形式化した結果、Webアプリケーションの入出力値をProlog言語の単位節として、また、エンドユーザが定義したWebアプリケーション間の連携を確定節として、演繹データベース化することが可能となった。さらに、この演繹データベースに格納された入出力および連携のデータに対して、研究代表者らが開発した帰納論理プログラミング手法「底節交差汎化法」を適用することによって、計算機がWeb上のデータベースやツールの連携可能性を見つけてユーザに提示することが可能であることを明らかにした。
    日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 17700088
  • 検索・計算サービスをも含む科学技術知識の連携統合高度再利用基盤技術の研究
    科学研究費助成事業
    2005年 - 2006年
    田中 譲; ランザー アラン エドワード; 伊藤 公人; 吉田 哲也
    本研究以前においては、ウェブ上の知識から関連する知識を抜き出し、自在に相互に関連付けて連携統合し新しい知識を創成して利用する「知識の連携統合再利用技術」に関しては未発達であった。サービスの出力を利用者が一々コピーして別のサービスに入力するか、ウェブサービス技術に頼るしかなかった。後者の場合は、サーバ側のAPIの公開とプログラム開発が必要であり、定型的な知識連携定義には適するが、アドホックな知識連携定義には適さない。サービスの中には結果をグラフィカルに出力するものも増えており、2次元や3次元のGUIを持つサービスの連携統合再利用に対するニーズも高まっている。本研究では、情報検索、データベース、シミュレーションなどの検索・計算サービスをも含む科学技術知識の連携統合高度再利用基盤技術を確立することを目標とした。この目標を達成するために、(1)ウェブ上の相互関連知識のインタラクティブ抽出法、(2)抽出知識の連携統合技術、(3)抽出知識とレガシー・アプリケーションとの連携統合技術、(4)連携統合可能性に関するメタ情報記述法とそれを用いた自動連携機能、(5)連携統合により創成された新知識の出版流通基盤技術、の5つのソフトウェア基盤技術を確立した。ウェブ上には、相互に関連する知識がテキスト中のリストや、ウェブアプリケーションの入出力など、幾つかの異なる形式で埋め込まれている。これらを相互に関連付けて連携統合可能なように、知識メディア・ビュー形式という新表現形式の知識として抽出し統合する技術を確立した。レガシー・アプリケーションとしては、2次元や3次元のグラフィックス出力を持っものも対象とし、シャドウ・コピーを用いたビュー統合技術を、2次元表現と3次元表現の間のビュー統合、3次元表現間のビュー統合に拡張し、これを知識メディア・ビュー形式と関連付けることにより、ウェブから抽出された任意の知識と任意のレガシー・アプリケーションとの間の連携統合技術を確立した。
    日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 17200004