研究者基本情報

• 博士（理学）, 九州大学

• https://researchmap.jp/arakih_hokudai

• https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201301075807419090
• https://www.agr.hokudai.ac.jp/r/lab/animal-ecology
• https://animalecologystaff.wixsite.com/hgs-lae/en

• 201301075807419090

• 魚類
• 環境DNA
• 人為改変
• 環境適応
• 生物進化

• ライフサイエンス, 多様性生物学、分類学
• ライフサイエンス, 生態学、環境学
• ライフサイエンス, 進化生物学

• 学士課程, 農学部
• 修士課程, 農学院
• 博士課程, 農学院

研究活動情報

• 2007年, 日本進化学会, 研究奨励賞
  荒木仁志

• Large-scale environmental DNA survey reveals niche axes of a regional coastal fish community
  Yutaka Osada; Masaki Miya; Hitoshi Araki; Hideyuki Doi; Akihide Kasai; Reiji Masuda; Toshifumi Minamoto; Satoquo Seino; Teruhiko Takahara; Satoshi Yamamoto; Hiroki Yamanaka; Mitsuhiro Aizu-Hirano; Keiichi Fukaya; Takehiko Fukuchi; Ryo O. Gotoh; Masakazu Hori; Midori Iida; Tomohito Imaizumi; Tadashi Kajita; Takashi Kanbe; Tanaka Kenta; Yumi Kobayashi; Tomohiko Matsuura; Hiroki Mizumoto; Hiroyuki Motomura; Hiroaki Murakami; Kenji Nohara; Shin-ichiro Oka; Tetsuya Sado; Hiroshi Senou; Koichi Shibukawa; Tomoki Sunobe; Hiroshi Takahashi; Koji Takayama; Katsuhiko Tanaka; Hisashi Yamakawa; Satoru Yokoyama; Seokjin Yoon; Michio Kondoh
  Scientific Reports, 16, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2026年02月16日
  研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  The concept of the ecological niche, defined as the basic habitat requirements for a species, is central to understanding species geographic distributions and predicting their responses to environmental change. However, identifying the essential niche for large regional communities remains a challenge because niche axes can be “hidden” by the complexity of the underlying ecological processes. Here, applying advanced species distribution modelling to nationwide environmental DNA survey data, we identified hidden niche axes of the Japanese coastal fish community and investigated the response diversity to these axes. Our survey detected 1,220 coastal fish species. The hidden niche axes collectively explained most of the variation in fish biodiversity and revealed five biogeographic boundaries for the regional community. These niches of the Japanese fish community may primarily relate to several processes due to ocean currents, such as environmental filters, transport from source areas and dispersal barriers. We also found that the response diversity to niche axes was positively correlated with species richness, although local communities with particularly high response diversity were geographically biased. A better understanding of the niche axes of the regional ecological community should help to mitigate the loss of biodiversity and ecosystem services caused by ongoing environmental change.
• High-frequency eDNA metabarcoding survey data of coastal fish across the Japanese Archipelago
  Hideyuki Doi; Masaki Miya; Hitoshi Araki; Akihide Kasai; Reiji Masuda; Toshifumi Minamoto; Satoquo Seino; Hiroki Yamanaka; Tetsuya Sado; Hisashi Yamakawa; Hyojin Ahn; Mitsuhiro Aizu-Hirano; Seiji Arakaki; Ryutaro Goto; Keisuke Koizumi; Nobuchika Hara; Yasuhisa Henmi; Masakazu Hori; Midori Iida; Tadashi Kajita; Yumi Kobayashi; Manabu Kume; Shin-ichiro Oka; Shunsuke Matsuoka; Yuki Minegishi; Mariko Nagano; Teruhiko Takahara; Hiroshi Takahashi; Sayaka Takahashi; Koji Takayama; Kunihiro Yamauchi; Michio Kondoh
  EcoEvoRxiv, California Digital Library (CDL), 2025年06月17日
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The Japanese archipelago, spanning over 3,000 km from subarctic to subtropical zones (approximately 24°N to 45°N), hosts a diverse array of coastal fish communities shaped by pronounced latitudinal gradients. Here, we present a high-frequency environmental DNA (eDNA) metabarcoding dataset of coastal fishes collected across the archipelago. Using the MiFish primer set targeting a hypervariable region of the mitochondrial 12S rRNA gene, we conducted surveys at 195 sites, yielding 690 samples collected through one-time (annual), monthly, and biweekly sampling schemes. The inclusion of high-frequency sampling enabled the detection of fine-scale temporal variations in fish community composition. From January 2018 to March 2019, eDNA samples were collected along with metadata on geographic and environmental variables, including coastal structure, wave height, tide, currents, and water temperature. The resulting dataset comprises fish eDNA records for 1,477 species across 171 families. This dataset offers a valuable resource for investigating fish community structure, temporal dynamics, and biodiversity in the coastal ecosystems of the Japanese archipelago, supporting a range of applications in ecology, conservation, and eDNA-based research.
• Exploring the Dynamics of Environmental DNA: Effects of Early Developmental Stage and Physiological State in Chum Salmon
  Masayuki K. Sakata; Takashi Kanbe; Shunpei Sato; Hitoshi Araki
  Environmental DNA, 7, 3, Wiley, 2025年06月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, ABSTRACT
  
  Environmental DNA (eDNA) analyses provide valuable ecological data. Recent studies have explored eDNA dynamics related to reproductive behavior and developmental stages, revealing significant variations in eDNA concentrations across different life stages. However, there is a gap in understanding the association between eDNA concentrations and changes before and after developmental events, such as egg hatching. This study addresses this gap by monitoring eDNA signals in chum salmon (Oncorhynchus keta) during their early developmental stages and examining the effects of their physiological and behavioral changes. For this purpose, eDNA flux was monitored in rearing experiments with chum salmon during their developmental stages (egg, alevin, and fry). The eDNA flux varied significantly across different developmental stages: while no eDNA was detected during the egg stage, eDNA flux increased rapidly after hatching. After hatching, the eDNA flux became stable during the alevin stage but increased approximately 30‐fold when they progressed into the fry stage (LMM and post hoc Tukey‐HSD test: p < 0.05). These results suggest that eDNA signals vary across the developmental stages and can be utilized to estimate and monitor fish development even under natural conditions, such as those occurring under gravel for salmonid species.
• Spatial heterogeneity of eDNA concentration as a predictor of small biomass of fish in a mountain stream
  Hirokazu Urabe; Hiroki Mizumoto; Fumi Tsuda-Yamaguchi; Hitoshi Araki
  Limnology, 26, 1, 223, 233, Springer Science and Business Media LLC, 2024年12月04日
  研究論文（学術雑誌）
• Human activity-associated establishment of invasive mink population estimated using environmental DNA
  Toshihiro Takaba; Masayuki K. Sakata; Takashi Kanbe; Takashi Mitsuzuka; Shouko Inoue; Hiroki Mizumoto; Takahiro Nobetsu; Hitoshi Araki
  Biological Invasions, Springer Science and Business Media LLC, 2024年07月31日
  研究論文（学術雑誌）
• A link between evolution and society fostering the UN sustainable development goals.
  Luc De Meester; Ella Vázquez-Domínguez; Rees Kassen; Félix Forest; Mauricio R Bellon; Britt Koskella; Rosa A Scherson; Licia Colli; Andrew P Hendry; Keith A Crandall; Daniel P Faith; Craig J Starger; R Geeta; Hitoshi Araki; Ehsan M Dulloo; Caroline Souffreau; Sibylle Schroer; Marc T J Johnson
  Evolutionary applications, 17, 6, e13728, 2024年06月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Given the multitude of challenges Earth is facing, sustainability science is of key importance to our continued existence. Evolution is the fundamental biological process underlying the origin of all biodiversity. This phylogenetic diversity fosters the resilience of ecosystems to environmental change, and provides numerous resources to society, and options for the future. Genetic diversity within species is also key to the ability of populations to evolve and adapt to environmental change. Yet, the value of evolutionary processes and the consequences of their impairment have not generally been considered in sustainability research. We argue that biological evolution is important for sustainability and that the concepts, theory, data, and methodological approaches used in evolutionary biology can, in crucial ways, contribute to achieving the UN Sustainable Development Goals (SDGs). We discuss how evolutionary principles are relevant to understanding, maintaining, and improving Nature Contributions to People (NCP) and how they contribute to the SDGs. We highlight specific applications of evolution, evolutionary theory, and evolutionary biology's diverse toolbox, grouped into four major routes through which evolution and evolutionary insights can impact sustainability. We argue that information on both within-species evolutionary potential and among-species phylogenetic diversity is necessary to predict population, community, and ecosystem responses to global change and to make informed decisions on sustainable production, health, and well-being. We provide examples of how evolutionary insights and the tools developed by evolutionary biology can not only inspire and enhance progress on the trajectory to sustainability, but also highlight some obstacles that hitherto seem to have impeded an efficient uptake of evolutionary insights in sustainability research and actions to sustain SDGs. We call for enhanced collaboration between sustainability science and evolutionary biology to understand how integrating these disciplines can help achieve the sustainable future envisioned by the UN SDGs.
• Environmental DNA unveils deep phylogeographic structure of a freshwater fish
  Tetsu Yatsuyanagi; Takashi Kanbe; Kazuya Fujii; Shouko Inoue; Hitoshi Araki
  Molecular Ecology, 33, 9, e17337, Wiley, 2024年04月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  Phylogeography bears an important part in ecology and evolution. However, current phylogeographic studies are largely constrained by limited numbers of individual samples. Using an environmental DNA (eDNA) assay for phylogeographic analyses, this study provides detailed information regarding the history of Siberian stone loach Barbatula toni, a primary freshwater fish across the whole range of Hokkaido, Japan. Based on an eDNA metabarcoding on 293 river water samples, we detected eDNA from B. toni in 189 rivers. A total of 51 samples, representing the entire island, were then selected from the B. toni eDNA‐positive sample set for the subsequent analyses. To elucidate the phylogeographic structure of B. toni, newly developed eDNA metabarcoding primers (Barba‐cytb‐F/R) were applied to these samples, specifically targeting their haplotypic variation in cytochrome b. After a bioinformatic processing to mitigate haplotypic false positives, a total of 50 eDNA haplotypes were identified. Two regionally restricted, genetically distinct lineages of the species were revealed as a result of phylogeographic analyses on the haplotypes and tissue‐derived DNA from B. toni. According to a molecular clock analysis, they have been genetically isolated for at least 1.5 million years, suggesting their ancient origin and colonisation of Hokkaido, presumably in the glacial periods. These results demonstrate how freshwater fishes can alter their distributions over evolutionary timescales and how eDNA assay can deepen our understanding of phylogeography.
• Co-occurrence patterns of endangered Sakhalin taimen and introduced rainbow trout in Hokkaido, Japan, inferred by environmental DNA metabarcoding
  Takashi Kanbe; Hiroki Mizumoto; Takashi Mitsuzuka; Nobuyoshi Nakajima; Hitoshi Araki
  Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33, 12, 1492, 1500, 2023年12月
  研究論文（学術雑誌）
• The eDNA Society International Meeting 2023, “moving from knowledge into practice”
  Hiroki Yamanaka; Hideyuki Doi; Hitoshi Araki; Kimiko Uchii; Toshifumi Minamoto
  Environmental DNA, Wiley, 2023年08月14日
• Species traits and ecosystem characteristics affect species detection by eDNA metabarcoding in lake fish communities
  Hideyuki Doi; Shunsuke Matsuoka; Shin ichiro S. Matsuzaki; Mariko Nagano; Hirotoshi Sato; Hiroki Yamanaka; Saeko Matsuhashi; Satoshi Yamamoto; Toshifumi Minamoto; Hitoshi Araki; Kousuke Ikeda; Atsuko Kato; Kouichi Kumei; Nobutaka Maki; Takashi Mitsuzuka; Teruhiko Takahara; Kimihito Toki; Natsuki Ueda; Takeshi Watanabe; Kanji Yamazoe; Masaki Miya
  Freshwater Biology, 68, 8, 1346, 1358, Wiley, 2023年08月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• 金原ダム湖におけるオオクチバスの機能的根絶
  坪井 潤一; 片野 修; 水本 寛基; 荒木 仁志
  保全生態学研究, 28, 2, 437, 452, 一般社団法人 日本生態学会, 2023年
  日本語, オオクチバスMicropterus nigricansは水圏生態系に大きな影響を与えることからIUCNの世界の侵略的外来種ワースト100に指定されている。オオクチバスの駆除は多くの湖沼や河川で行われているが、小規模な水域における池干しを除くと、完全駆除に成功した事例は少ない。そこで本研究では、長野県の金原ダム湖において2007年からオオクチバス根絶のため、産卵床の除去、仔稚魚のすくい取り、未成魚と成魚のカゴ網、投網、刺し網、手づかみ、釣り、水中銃による捕獲を行い、シュノーケルを用いた潜水調査や環境DNAの解析により個体群のモニタリングを行った。幼魚の捕獲にはアイカゴが、大型魚を除く未成魚、成魚については岸の水深変化に対応した「かけ上がり用刺し網」が、大型魚については水中銃が効果的であった。年間捕獲個体数は2010年に1,472個体に達した。産卵床数は2012年に131箇所に達したが、その後急速に減少した。2014年には産卵床の見逃しにより約5,000個体の稚魚が生じた。しかし、陸上および水中から、たも網を用いて捕獲を行い、その大部分が捕獲された。興味深いことに、オオクチバス駆除にともなって、トウヨシノボリRhinogobius kurodaiが増加し、オオクチバスの卵を捕食するところが確認された。2016年以降産卵床は形成されず、成魚についても、2018年に1個体が捕獲されてから観察されなくなった。以上の結果から、金原ダム湖のオオクチバスは完全に駆除されたか、わずかに生息していたとしても残存個体が高齢化するなどして新たに繁殖することができず、機能的に根絶したものと考えられる。一方、オオクチバスの種特異プライマーを用いた環境DNA解析は2018年から2022年にかけての計4回全てで微量ながら陽性となっており、少なくともダム湖周辺にはオオクチバス生息の可能性が示唆された。このことから、ダム湖のオオクチバス根絶後も再導入リスクは依然残されており、今後も継続的・定期的なモニタリングが重要と考えられる。
• Application of eDNA methods to evaluate abundance and reproduction of winter-breeding freshwater mussels (Buldowskia iwakawai) in the Ishikari River floodplain
  J. Wu; J. N. Negishi; H. Izumi; T. Kanbe; H. Mizumoto; H. Araki
  Hydrobiologia, 2023年
  研究論文（学術雑誌）
• edna2021: The fourth annual meeting of The eDNA Society “Species distributions, and beyond”
  Hitoshi Araki; Takashi Kanbe; Hiroki Yamanaka; Yuki Minegishi; Noriyuki Koizumi
  Environmental DNA, 4, 3, 487, 491, 2022年05月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
• Utilizing environmental DNA for wide-range distributions of reproductive area of an invasive terrestrial toad in Ishikari river basin in Japan
  Hiroki Mizumoto; Osamu Kishida; Kotaro Takai; Naru Matsuura; Hitoshi Araki
  Biological Invasions, 24, 4, 1199, 1211, 2022年04月
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Hokkaido-wide eDNA Monitoring for Sakhalin Taimen, Endangered Salmonid Species
  Hiroki Mizumoto; Hitoshi Araki
  Technical Report, 17, North Pacific Anadromous Fish Commission, 2021年11月29日
  研究論文（学術雑誌）
• Time to adjust to a new feeding environment determines survival and growth of wild-caught white-spotted charr (Salvelinus leucomaenis pluvius)
  Kouta Miyamoto; Miloš Đorđević; Hitoshi Araki
  Environmental Biology of Fishes, 104, 8, 959, 966, 2021年08月, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国際共著］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• 北海道の渓流魚を対象とした治山ダムの改良効果の検証：長期モニタリングによる検証と環境DNAの活用可能性
  速水将人; 石山信雄; 水本寛基; 神戸崇; 下田和孝; 三坂尚行; 卜部浩一; 長坂晶子; 長坂有; 小野理; 荒木仁志; 中嶋信美; 福島路生
  応用生態工学, 24, 1, 61, 73, 応用生態工学会, 2021年07月, ［査読有り］, ［国内誌］
  日本語, 研究論文（学術雑誌）, 河川上流域に多数設置された治山ダムは，渓流や森林の荒廃を防ぐ重要な役割を果たす一方で，渓流魚の河川内の自由な移動を阻害している．こうした状況に鑑み，河川生態系の保全を目的とした改良事業（魚道の設置，堤体の切り下げ）が国内の多くの治山ダムで実施されている．本研究では，北海道 3 河川に設置された治山ダムを対象に，魚道設置と切り下げによるダム改良工事が，その上下流の渓流魚類相に与える影響について，改良工事前後で行われた採捕調査によって検証した．同時に，ダム改良後の採捕結果と環境 DNA メタバーコーディングによる魚類相推定結果を比較し，治山ダム改良事業における環境 DNA メタバーコーディングを用いた魚類相推定の有効性を検討した．採捕調査の結果，治山ダムの改良事業によって，遡河回遊魚であるアメマスとサクラマスのダム上流への移動を可能にし，10 年後においても効果が確認された．環境 DNA メタバーコーディングでは，採捕された全 9 種に加え，採捕では確認されなか ったニジマスの計 10 種が検出され，治山ダム上下流に設定した各調査地点における遡河回遊魚のアメマス・サクラマスや，ハナカジカの採捕結果との一致率は 70-90 ％であった．環境 DNA メタバーコーディングを治山ダム改良事業に適用する場合，評価対象魚種の特性や過去の採捕記録を考慮する必要はあるものの，改良前の治山ダムにおける魚類の遡上阻害の推定や，改良後の河川の魚類相・生息状況の推定に有効であることが示唆された．但し，治山ダムの切り下げを例にとると，遡上阻害の改善効果が維持される期間は工法によって異なる可能性もあり，正確な評価には様々な河川・工法を対象としたさらなる研究の蓄積が必要である．
• Artificially increased habitat complexity reduces predation-induced mortality for juvenile salmon in simplified environments
  Kouta Miyamoto; Miloš Đorđević; Hitoshi Araki
  Environmental Biology of Fishes, 104, 2, 203, 209, 2021年02月, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国際共著］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• Effectiveness of check-dam improvement on freshwater fishes: Assessment based on long-term monitoring and environmental DNA applicability
  Masato Hayamizu; Nobuo Ishiyama; Hiroki Mizumoto; Takashi Kanbe; Kazutaka Shimoda; Naoyuki Misaka; Hirokazu Urabe; Akiko Nagasaka; Yu Nagasaka; Satoru Ono; Hitoshi Araki; Nobuyoshi Nakajima; Michio Fukushima
  Ecology and Civil Engineering, 24, 1, 61, 73, 2021年
  研究論文（学術雑誌）
• An illustrated manual for environmental DNA research: Water sampling guidelines and experimental protocols
  Toshifumi Minamoto; Masaki Miya; Tetsuya Sado; Satoquo Seino; Hideyuki Doi; Michio Kondoh; Keigo Nakamura; Teruhiko Takahara; Satoshi Yamamoto; Hiroki Yamanaka; Hitoshi Araki; Wataru Iwasaki; Akihide Kasai; Reiji Masuda; Kimiko Uchii
  Environmental DNA, 3, 1, 8, 13, Wiley, 2021年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
• An Environmental DNA Survey on Distribution of an Endangered Salmonid Species, Parahucho perryi, in Hokkaido, Japan
  Hiroki Mizumoto; Takashi Mitsuzuka; Hitoshi Araki
  Frontiers in Ecology and Evolution, 8, 2020年11月06日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Understanding seasonal migration of Shishamo smelt in coastal regions using environmental DNA
  Tetsu Yatsuyanagi; Hitoshi Araki
  PLoS ONE, 15, 10 October, e0239912, 2020年10月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Environmental DNA monitoring for short-term reproductive migration of endemic anadromous species, Shishamo smelt (Spirinchus lanceolatus)
  Tetsu Yatsuyanagi; Ryotaro Ishida; Masayuki K. Sakata; Takashi Kanbe; Hiroki Mizumoto; Yumi Kobayashi; Shoko Kamada; Satoko Namba; Hisaya Nii; Toshifumi Minamoto; Hitoshi Araki
  Environmental DNA, 2, 2, 130, 139, Wiley, 2020年04月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• When is it good to be shy? Experimental evaluation of predation of juvenile salmon by riparian wildlife
  Kouta Miyamoto; Hitoshi Araki
  Hydrobiologia, 847, 3, 713, 725, 2020年02月01日, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• 市民参加型調査で集めた位置情報付き生物写真にサンプリングバイアスは存在するか?-市民と専門家の遡河性サケマス関連撮影データの比較から-
  佐橋玄記; 丸山緑; 有賀望; 森田健太郎; 岡本康寿; 向井徹; 水本寛基; 植田和俊; 藤井和也; 渡辺恵三; 大熊一正; 荒木仁志; 佐橋玄記; 丸山緑; 有賀望; 森田健太郎; 岡本康寿; 向井徹; 水本寛基; 植田和俊; 藤井和也; 渡辺恵三; 大熊一正; 荒木仁志
  保全生態学研究, 25, 2, 2020年, ［査読有り］, ［国内誌］
• Evaluation of an Environmental DNA Method as a Potential Tool for Monitoring Salmonid Fishes in the Wild
  Hitoshi Araki; Hiroki Mizumoto; Takashi Kanbe; Shunpei Sato
  Technical Report, 15, 164, 167, North Pacific Anadromous Fish Commission, 2019年12月
  研究論文（学術雑誌）
• Effects of water depth and structural complexity on survival and settlement of white-spotted charr (Salvelinus leucomaenis)
  Kouta Miyamoto; Hitoshi Araki
  Hydrobiologia, 840, 1, 103, 112, 2019年09月01日, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Ongoing localized extinctions of stream-dwelling white-spotted charr populations in small dammed-off habitats of Hokkaido Island, Japan
  Kentaro Morita; Genki Sahashi; Masaki Miya; Shouko Kamada; Takashi Kanbe; Hitoshi Araki
  Hydrobiologia, 840, 1, 207, 213, 2019年09月01日, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Spatiotemporal distribution of juvenile chum salmon in Otsuchi Bay, Iwate, Japan, inferred from environmental DNA
  Yuki Minegishi; Marty Kwok Shing Wong; Takashi Kanbe; Hitoshi Araki; Tomomi Kashiwabara; Minoru Ijichi; Kazuhiro Kogure; Susumu Hyodo
  PLoS ONE, 14, 9, e0222052, 2019年09月01日, ［査読有り］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• 気候変動下における日本系サケの持続可能な保全管理のあり方とその研究課題
  帰山雅秀; 荒木仁志; 宮下和士; 永田光博; 佐々木義隆; 浦和茂彦
  海洋と生物, 40, 5, 459, 466, 2018年10月
  日本語
• 環境変動下におけるサケの持続可能な資源管理：国際サーモン年に向けたプロローグ
  浦和茂彦; 荒木仁志; 宮下和士; 永田光博; 佐々木義隆; 帰山雅秀
  海洋と生物, 40, 4, 315, 318, 生物研究社, 2018年08月
  日本語, 研究論文（学術雑誌）
• Modeling fitness changes in wild Atlantic salmon populations faced by spawning intrusion of domesticated escapees
  Marco Castellani; Mikko Heino; John Gilbey; Hitoshi Araki; Terje Svåsand; Kevin A. Glover
  Evolutionary Applications, 11, 6, 1010, 1025, 2018年07月, ［査読有り］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Establishing an environmental DNA method to detect and estimate the biomass of Sakhalin taimen, a critically endangered Asian salmonid
  Hiroki Mizumoto; Hirokazu Urabe; Takashi Kanbe; Michio Fukushima; Hitoshi Araki
  Limnology, 19, 2, 219, 227, 2018年04月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Experimental evaluation of predation of stocked salmon by riparian wildlife: effects of prey size and predator behaviours
  Kouta Miyamoto; Theodore E. Squires; Hitoshi Araki
  MARINE AND FRESHWATER RESEARCH, 69, 3, 446, 454, 2018年, ［査読有り］, ［最終著者］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Sustainable management of chum salmon in changing environments
  Shigehiko Urawa; Hitoshi Araki; Kazushi Miyashita; Mitsuhiro Nagata; Yoshitaka Sasaki; Masahide Kaeriyama
  Nippon Suisan Gakkaishi (Japanese Edition), 84, 5, 921, 921, 2018年, ［査読有り］
  日本語, 研究論文（学術雑誌）
• Environmental DNA for salmonid studies
  Hitoshi Araki; Takashi Kanbe; Hiroki Mizumoto; Shoko Kamada; Shunpei Sato
  Nippon Suisan Gakkaishi (Japanese Edition), 84, 5, 936, 936, 2018年, ［査読有り］
  日本語
• Half a century of genetic interaction between farmed and wild Atlantic salmon: Status of knowledge and unanswered questions
  Kevin A. Glover; Monica F. Solberg; Phil McGinnity; Kjetil Hindar; Eric Verspoor; Mark W. Coulson; Michael M. Hansen; Hitoshi Araki; Oystein Skaala; Terje Svasand
  FISH AND FISHERIES, 18, 5, 890, 927, 2017年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Differentiated predation risk on hatchery-reared juvenile masu salmon by white-spotted charr with different body sizes
  Kouta Miyamoto; Hitoshi Araki
  FISHERIES SCIENCE, 83, 2, 245, 250, 2017年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Understanding and monitoring the consequences of human impacts on intraspecific variation
  Makiko Mimura; Tetsukazu Yahara; Daniel P. Faith; Ella Vazquez-Dominguez; Robert I. Colautti; Hitoshi Araki; Firouzeh Javadi; Juan Nunez-Farfan; Akira S. Mori; Shiliang Zhou; Peter M. Hollingsworth; Linda E. Neaves; Yuya Fukano; Gideon F. Smith; Yo-Ichiro Sato; Hidenori Tachida; Andrew P. Hendry
  EVOLUTIONARY APPLICATIONS, 10, 2, 121, 139, 2017年02月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The eco-evolutionary impacts of domestication and agricultural practices on wild species
  Martin M. Turcotte; Hitoshi Araki; Daniel S. Karp; Katja Poveda; Susan R. Whitehead
  PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES, 372, 1712, 2017年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Environmental DNA metabarcoding reveals local fish communities in a species-rich coastal sea
  Satoshi Yamamoto; Reiji Masuda; Yukuto Sato; Tetsuya Sado; Hitoshi Araki; Michio Kondoh; Toshifumi Minamoto; Masaki Miya
  SCIENTIFIC REPORTS, 7, 40368, 40368, 2017年01月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Environmental DNA as a 'Snapshot' of Fish Distribution: A Case Study of Japanese Jack Mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan (vol 11, e0149786, 2016)
  Satoshi Yamamoto; Kenji Minami; Keiichi Fukaya; Kohji Takahashi; Hideki Sawada; Hiroaki Murakami; Satsuki Tsuji; Hiroki Hashizume; Shou Kubonaga; Tomoya Horiuchi; Masamichi Hongo; Jo Nishida; Yuta Okugawa; Ayaka Fujiwara; Miho Fukuda; Shunsuke Hidaka; Keita W. Suzuki; Masaki Miya; Hitoshi Araki; Hiroki Yamanaka; Atsushi Maruyama; Kazushi Miyashita; Reiji Masuda; Toshifumi Minamoto; Michio Kondoh
  PLOS ONE, 11, 4, e0153291, 2016年04月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Environmental DNA as a 'Snapshot' of Fish Distribution: A Case Study of Japanese Jack Mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan
  Satoshi Yamamoto; Kenji Minami; Keiichi Fukaya; Kohji Takahashi; Hideki Sawada; Hiroaki Murakami; Satsuki Tsuji; Hiroki Hashizume; Shou Kubonaga; Tomoya Horiuchi; Masamichi Hongo; Jo Nishida; Yuta Okugawa; Ayaka Fujiwara; Miho Fukuda; Shunsuke Hidaka; Keita W. Suzuki; Masaki Miya; Hitoshi Araki; Hiroki Yamanaka; Atsushi Maruyama; Kazushi Miyashita; Reiji Masuda; Toshifumi Minamoto; Michio Kondoh
  PLOS ONE, 11, 3, e0149786, 2016年03月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• An Individual-Based Diploid Model Predicts Limited Conditions Under Which Stochastic Gene Expression Becomes Advantageous
  Tomotaka Matsumoto; Katsuhiko Mineta; Naoki Osada; Hitoshi Araki
  FRONTIERS IN GENETICS, 6, NOV, 336, 336, 2015年11月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• IBSEM: An Individual-Based Atlantic Salmon Population Model
  Marco Castellani; Mikko Heino; John Gilbey; Hitoshi Araki; Terje Svasand; Kevin A. Glover
  PLOS ONE, 10, 9, e0138444, 2015年09月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species
  M. Miya; Y. Sato; T. Fukunaga; T. Sado; J. Y. Poulsen; K. Sato; T. Minamoto; S. Yamamoto; H. Yamanaka; H. Araki; M. Kondoh; W. Iwasaki
  ROYAL SOCIETY OPEN SCIENCE, 2, 7, 150088, 2015年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species
  M. Miya; M. Miya; Y. Sato; Y. Sato; T. Fukunaga; T. Sado; T. Sado; J. Y. Poulsen; J. Y. Poulsen; J. Y. Poulsen; K. Sato; T. Minamoto; T. Minamoto; S. Yamamoto; S. Yamamoto; H. Yamanaka; H. Yamanaka; H. Araki; H. Araki; M. Kondoh; M. Kondoh; W. Iwasaki; W. Iwasaki; W. Iwasaki
  Royal Society Open Science, 2, 7, 2015年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Population genetics of non-genetic traits: Evolutionary roles of stochasticity in gene expression
  Katsuhiko Mineta; Tomotaka Matsumoto; Naoki Osada; Hitoshi Araki
  GENE, 562, 1, 16, 21, 2015年05月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語
• Genome-Wide Survey of Pseudogenes in 80 Fully Resequenced Arabidopsis thaliana Accessions
  Long Wang; Weina Si; Yongfang Yao; Dacheng Tian; Hitoshi Araki; Sihai Yang
  PLOS ONE, 7, 12, e51769, 2012年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Stocking of captive-bred fish can cause long-term population decline and gene pool replacement: predictions from a population dynamics model incorporating density-dependent mortality
  Akiko Satake; Hitoshi Araki
  THEORETICAL ECOLOGY, 5, 2, 283, 296, 2012年05月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Spatial and temporal variation in population genetic structure of wild Nile tilapia (Oreochromis niloticus) across Africa
  Etienne Bezault; Patricia Balaresque; Aboubacar Toguyeni; Yves Fermon; Hitoshi Araki; Jean-Francois Baroiller; Xavier Rognon
  BMC GENETICS, 12, 102, 102, 2011年12月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Avoidance of Long Mononucleotide Repeats in Codon Pair Usage
  Tingting Gu; Shengjun Tan; Xiaoxi Gou; Hitoshi Araki; Dacheng Tian
  GENETICS, 186, 3, 1077, U490, 2010年11月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genome-wide investigation reveals high evolutionary rates in annual model plants
  Jia-Xing Yue; Jinpeng Li; Dan Wang; Hitoshi Araki; Dacheng Tian; Sihai Yang
  BMC PLANT BIOLOGY, 10, 242, 242, 2010年11月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• No evidence for large differences in genomic methylation between wild and hatchery steelhead (Oncorhynchus mykiss)
  Michael S. Blouin; Virginie Thuillier; Becky Cooper; Vindhya Amarasinghe; Laura Cluzel; Hitoshi Araki; Christoph Grunau
  CANADIAN JOURNAL OF FISHERIES AND AQUATIC SCIENCES, 67, 2, 217, 224, 2010年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Multilocus analysis of genetic divergence between outcrossing Arabidopsis species: evidence of genome-wide admixture
  Wei-Kuang Wang; Chuan-Wen Ho; Kuo-Hsiang Hung; Kuo-Hsiung Wang; Chi-Chun Huang; Hitoshi Araki; Chi-Chuan Hwang; Tsai-Wen Hsu; Naoki Osada; Tzen-Yuh Chiang
  NEW PHYTOLOGIST, 188, 2, 488, 500, 2010年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Is hatchery stocking a help or harm? Evidence, limitations and future directions in ecological and genetic surveys
  Hitoshi Araki; Corinne Schmid
  AQUACULTURE, 308, SUPPL.1, S2, S11, 2010年, ［査読有り］
  英語
• Carry-over effect of captive breeding reduces reproductive fitness of wild-born descendants in the wild
  Hitoshi Araki; Becky Cooper; Michael S. Blouin
  BIOLOGY LETTERS, 5, 5, 621, 624, 2009年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genomewide Association between Insertions/Deletions and the Nucleotide Diversity in Bacteria
  Liucun Zhu; Qiang Wang; Ping Tang; Hitoshi Araki; Dacheng Tian
  MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 26, 10, 2353, 2361, 2009年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Grouped nucleotide polymorphism: A major contributor to genetic variation in Arabidopsis
  Jianchang Du; Tingting Gu; Hao Tian; Hitoshi Araki; Yong-Hua Yang; Dacheng Tian
  GENE, 426, 1-2, 1, 6, 2008年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The pattern of insertion/deletion polymorphism in Arabidopsis thaliana
  Wen Zhang; Xiaoqin Sun; Huizhong Yuan; Hitoshi Araki; Jue Wang; Dacheng Tian
  MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS, 280, 4, 351, 361, 2008年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Single-nucleotide mutation rate increases close to insertions/deletions in eukaryotes
  Dacheng Tian; Qiang Wang; Pengfei Zhang; Hitoshi Araki; Sihai Yang; Martin Kreitman; Thomas Nagylaki; Richard Hudson; Joy Bergelson; Jian-Qun Chen
  NATURE, 455, 7209, 105, U70, 2008年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Fitness of hatchery-reared salmonids in the wild
  Hitoshi Araki; Barry A. Berejikian; Michael J. Ford; Michael S. Blouin
  EVOLUTIONARY APPLICATIONS, 1, 2, 342, 355, 2008年05月, ［査読有り］
  英語
• Molecular evolution of pathogenicity-island genes in Pseudomonas vitidiflava
  Hitoshi Araki; Flideki Innan; Martin Kreitman; Joy Bergelson
  GENETICS, 177, 2, 1031, 1041, 2007年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genetic effects of captive breeding cause a rapid, cumulative fitness decline in the wild
  Hitoshi Araki; Becky Cooper; Michael S. Blouin
  SCIENCE, 318, 5847, 100, 103, 2007年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Intraspecific genetic variations, fitness cost and benefit of RPW8, a disease resistance locus in Arabidopsis thaliana
  Undral Orgil; Hitoshi Araki; Samantha Tangchaiburana; Robert Berkey; Shunyuan Xiao
  Genetics, 176, 4, 2317, 2333, 2007年08月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A molecular isolation mechanism associated with high intra-specific diversity in rice
  Sihai Yang; Ke Jiang; Hitoshi Araki; Jing Ding; Yong-Hua Yang; Dacheng Tian
  GENE, 394, 1-2, 87, 95, 2007年06月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Highly asymmetric rice genomes
  Jing Ding; Hitoshi Araki; Qiang Wang; Pengfei Zhang; Sihai Yang; Jian-Qun Chen; Dacheng Tian
  BMC GENOMICS, 8, 2007年06月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A potential bias in the temporal method for estimating N-e in admixed populations under natural selection
  Hitoshi Araki; Robin S. Waples; Michael S. Blouin
  MOLECULAR ECOLOGY, 16, 11, 2261, 2271, 2007年06月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Contrasting patterns of evolution between allelic groups at a single locus in Arabidopsis
  Jing Ding; Houlong Cheng; Xinqing Jin; Hitoshi Araki; Yonghua Yang; Dacheng Tian
  GENETICA, 129, 3, 235, 242, 2007年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Effective population size of steelhead trout: influence of variance in reproductive success, hatchery programs, and genetic compensation between life-history forms
  Hitoshi Araki; Robin S. Waples; William R. Ardren; Becky Cooper; Michael S. Blouin
  MOLECULAR ECOLOGY, 16, 5, 953, 966, 2007年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Reproductive success of captive-bred steelhead trout in the wild: Evaluation of three hatchery programs in the Hood River
  Hitoshi Araki; William R. Ardren; Erik Olsen; Becky Cooper; Michael S. Blouin
  CONSERVATION BIOLOGY, 21, 1, 181, 190, 2007年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Presence/absence polymorphism for alternative pathogenicity islands in Pseudomonas viridiflava, a pathogen of Arabidopsis
  Hitoshi Araki; Dacheng Tian; Erica M. Goss; Katrin Jakob; Solveig S. Halldorsdottir; Martin Kreitman; Joy Bergelson
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103, 15, 5887, 5892, 2006年04月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Unique evolutionary mechanism in R-genes under the presence/absence polymorphism in Arabidopsis thaliana
  Jingdan Shen; Hitoshi Araki; Lingling Chen; Jian Qun Chen; Dacheng Tian
  Genetics, 172, 2, 1243, 1250, 2006年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Unbiased estimation of relative reproductive success of different groups: Evaluation and correction of bias caused by parentage assignment errors
  Hitoshi Araki; Michael S. Blouin
  Molecular Ecology, 14, 13, 4097, 4109, 2005年11月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genetic coadaptation of the amylase gene system in Drosophila melanogaster: Evidence for the selective advantage of the lowest AMY activity and of its epistatic genetic background
  H. Araki; S. Yoshizumi; N. Inomata; T. Yamazaki
  Journal of Heredity, 96, 4, 388, 395, 2005年07月, ［査読有り］
  研究論文（学術雑誌）
• Genome-wide identification of NBS genes in japonica rice reveals significant expansion of divergent non-TIR NBS-LRR genes
  T. Zhou; Y. Wang; J. Q. Chen; H. Araki; Z. Jing; K. Jiang; J. Shen; D. Tian
  Molecular Genetics and Genomics, 271, 4, 402, 415, 2004年05月, ［査読有り］
  研究論文（学術雑誌）
• Pseudomonas viridiflava and P. syringae - Natural pathogens of Arabidopsis thaliana
  Katrin Jakob; Erica M. Goss; Hitoshi Araki; Tam Van; Martin Kreitman; Joy Bergelson
  Molecular Plant-Microbe Interactions, 15, 12, 1195, 1203, 2002年12月01日, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Signature of balancing selection in Arabidopsis
  Dacheng Tian; Hitoshi Araki; Eli Stahl; Joy Bergelson; Martin Kreitman
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 17, 11525, 11530, 2002年08月20日, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Molecular evolution of duplicated amylase gene regions in Drosophila melanogaster: Evidence of positive selection in the coding regions and selective constraints in the cis-regulatory regions
  Hitoshi Araki; Nobuyuki Inomata; Tsuneyuki Yamazaki
  Genetics, 157, 2, 667, 677, 2001年, ［査読有り］
  研究論文（学術雑誌）
• Bottleneck effect on evolutionary rate in the nearly neutral mutation model
  Hitoshi Araki; Hidenori Tachida
  Genetics, 147, 2, 907, 914, 1997年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）

• 金原ダム湖におけるオオクチバスの機能的根絶
  坪井潤一; 片野修; 水本寛基; 水本寛基; 荒木仁志, 保全生態学研究, 28, 2, 2024年
• 回遊魚を指標とした森里川海のつながりと自然共生 平成29~令和元年度
  福島路生; 中嶋信美; 山川茜; 速水将人; 荒木仁志; 飯塚毅; RAND P.S., 国立環境研究所研究プロジェクト報告 SR(Web), 138, 2021年
• 市民参加型調査で集めた位置情報付き生物写真にデータバイアスは存在するか?
  佐橋玄記; 丸山緑; 有賀望; 森田健太郎; 岡本康寿; 向井徹; 水本寛基; 植田和俊; 藤井和也; 渡辺恵三; 大熊一正; 荒木仁志; 佐橋玄記; 丸山緑; 有賀望; 森田健太郎; 岡本康寿; 向井徹; 水本寛基; 植田和俊; 藤井和也; 渡辺恵三; 大熊一正; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 67th, 2020年
• 環境DNAを用いた生物分布推定とシシャモ遡上分布への応用
  八柳哲; 荒木仁志, 水産海洋研究, 84, 3, 2020年
• 環境DNAに基づく希少種・外来種の分布動態評価技術の開発と実践
  荒木仁志; 山中裕樹; 内井喜美子; 加三千宣; 土居秀幸, 個体群生態学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 36th, 2020年
• 環境DNAを用いたナガレモンイワナのハプロタイプ解析
  水本寛基; 亀甲武志; 荒木仁志, 日本魚類学会年会講演要旨, 54th (CD-ROM), 2020年
• 環境DNA手法のコウモリ調査への応用
  岩澤大地; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 66th, 2019年
• 治山ダムの魚道設置や切り下げによる魚類の応答と魚類相の変化
  速水将人; 長坂晶子; 長坂有; 福島路生; 下田和孝; 卜部浩一; 川村洋司; 小野理; 中嶋信美; 荒木仁志; 水本寛基, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 66th, 2019年
• 環境DNAを用いた魚類の現存量推定
  卜部浩一; 水本寛基; 山口文; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 66th, 2019年
• 環境DNAから探る,日本固有種シシャモの遡上と分布
  八柳哲; 神戸崇; 水本寛基; 小林由美; 坂田雅之; 源利文; 石田良太郎; 新居久也; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 66th, 2019年
• 札幌・豊平川の野生サケと市民の持続可能な共存に向けて~市民活動・札幌ワイルドサーモンプロジェクト~
  丸山緑; 水本寛基; 有賀望; 岡本康寿; 森田健太郎; 荒木仁志, 日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 21st, 2019年
• 環境DNA手法のコウモリ調査への応用
  岩澤大地; 荒木仁志, 日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 21st, 2019年
• 環境DNAを用いた絶滅危惧種イトウの遺伝的多様性・分布・生態系同時評価手法の開発
  荒木仁志, 旭硝子財団研究助成成果発表会, 2019, 2019年
• 環境DNAを用いた絶滅危惧種イトウの遺伝的多様性・分布・生態系同時評価手法の開発
  荒木仁志, 旭硝子財団助成研究成果報告(Web), 2019, 2019年
• 環境DNAを用いた水圏生物研究
  荒木仁志; 水本寛基, Salmon情報, 12, 27‐28, 2018年03月
  日本語
• 環境DNAが拓く魚類生態研究の未来 環境DNAを通して観る北海道の水圏生物
  荒木仁志; 水本寛基, 海洋と生物, 40, 1, 35‐39, 2018年02月15日
  日本語
• 環境DNAを通して観る北海道の水圏生物—Understanding aquatic biodiversity in Hokkaido using environmental DNA—特集 環境DNAが拓く魚類生態研究の未来
  荒木 仁志; 水本 寛基, 海洋と生物 = Aquabiology, 40, 1, 35, 39, 2018年02月
  生物研究社, 日本語
• 環境DNA技術を用いたイトウの季節回遊行動の推定
  水本寛基; 荒木仁志; 宮正樹, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 65th, ROMBUNNO.F01‐10 (WEB ONLY), 2018年
  日本語
• 環境DNAから見る絶滅危惧種イトウの回遊行動
  水本寛基; 荒木仁志; 宮正樹, 水産海洋研究, 81, 4, 308, 2017年11月10日
  日本語
• 環境DNAを通して観る北海道の水圏生物
  荒木仁志; 神戸崇; 水本寛基; 鎌田祥子; 南波聡子; 宮正樹, 水産海洋研究, 81, 4, 307, 2017年11月10日
  日本語
• 海洋深層水中の微量DNAを用いた魚類相推定
  荒木仁志; 宮正樹; 池田実; 矢部衞, 海洋深層水研究, 18, 2, 58, 2017年10月10日
  日本語
• 環境DNAを通して観る,北の海の生物と多様性
  荒木仁志; 神戸崇; 水本寛基; 鎌田祥子; 南波聡子; 矢部衞; 大橋優季; 池田実; 峰岸有紀; 佐土哲也; 宮正樹, 日本魚類学会年会講演要旨, 50th, 139, 2017年09月14日
  日本語
• 環境DNAを用いた絶滅危惧種イトウの遺伝的多様性・分布・生態系同時評価手法の開発
  荒木仁志, 旭硝子財団研究助成成果発表会, 2017, 202‐203, 2017年07月
  日本語
• 環境DNA : 水から垣間見る魚類相と生物多様性
  荒木 仁志, アクアネット = Aqua net : 産地と消費地をネットする水産情報誌, 20, 2, 46, 50, 2017年02月
  湊文社, 日本語
• 海水魚種のモニタリングへのeDNAテクニックの応用
  KONDOH Michio; ARAKI Hitoshi; KASAI Akihide; MASUDA Reiji; MINAMOTO Toshifumi; MIYA Masaki, 個体群生態学会大会プログラム・講演要旨集, 33rd, 2017年
• サケの性的サイズ二型:野生魚と放流魚の違い
  森田健太郎; 佐藤俊平; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 64th, 2017年
• 環境DNAを用いた生物フロンティアの開拓
  荒木仁志; 神戸崇; 鎌田頌子; 宮正樹; 佐土哲也; 池田実; 佐藤行人; 峰岸有紀; 永野優季; 矢部衞, 日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 18th, ROMBUNNO.O‐1E‐1 (WEB ONLY), 2016年08月25日
  日本語
• 環境DNAを用いたニホンザリガニ生息場の推定における季節影響
  池田幸資; 土居秀幸; 田中一典; 川井唯史; 荒木仁志; 高原輝彦; 源利文; 鈴木透; 小泉逸郎; 根岸淳二郎, 土木学会年次学術講演会講演概要集(CD-ROM), 71st, ROMBUNNO.VII‐122, 2016年08月01日
  日本語
• 海洋生物の資源量推定 遺伝子マーカーを用いた有効集団サイズ推定について
  荒木仁志, 月刊海洋, 48, 8, 334‐339, 2016年08月01日
  日本語
• 絶滅危惧淡水魚イトウの産卵遡上の特徴
  福島路生; RAND P.S; 水本寛基; 荒木仁志, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 63th, P2‐322 (WEB ONLY), 2016年
  日本語
• 環境DNAと音響ビデオカメラから見るイトウ遡上量の経日変化
  水本寛基; 荒木仁志; 福島路生; 卜部浩一, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 63th, T20‐3 (WEB ONLY), 2016年
  日本語
• 環境DNA研究の実践と課題:生態学フロンティアへの挑戦
  荒木仁志; 神戸崇; 鎌田頌子; 源利文; 佐藤行人; 宮正樹, 日本生態学会大会講演要旨(Web), 63th, T20‐1 (WEB ONLY), 2016年
  日本語
• 環境DNA解析のインパクト
  岩崎渉; 岩崎渉; 岩崎渉; 佐藤行人; 源利文; 山中裕樹; 荒木仁志; 宮正樹, 実験医学, 34, 1, 103, 107, 2016年01月01日
  日本語
• 北の海に未知なる生命と生物多様性を探る
  荒木仁志; 宮正樹; 池田実; 矢部衞; 永野優季; 神戸崇; 鎌田頌子; 佐土哲也; 峰岸有紀; 佐藤行人; 佐藤俊平; MASLENIKOV Katherine, 日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 17th, ROMBUNNO.W6‐2 (WEB ONLY), 2015年08月20日
  日本語
• MiFish, a set of universal primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of > 230 species from aquarium tanks and coral reefs in the subtropical western North Pacific
  Masaki Miya; Yukuto Sato; Tsukasa Fukunaga; Tetsuya Sado; Keiichi Sato; Toshifumi Minamoto; Satoshi Yamamoto; Hiroaki Yamanaka; Hitoshi Araki; Michio Kondoh; Wataru Iwasaki, GENOME, 58, 5, 257, 257, 2015年05月, ［査読有り］
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• 環境DNAメタバーコーディング解析のためのパイプライン開発
  佐藤行人; 荒木仁志; 宮正樹; 佐土哲也; 峰岸有紀; 岩崎渉, 日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web), 17th, 2015年
• 魚類環境DNA用ユニバーサルプライマーの開発と次世代シーケンサを用いた環境水分析法の確立
  宮正樹; 佐藤行人; 福永津嵩; 佐土哲也; 佐藤圭一; 源利文; 山中裕樹; 荒木仁志; 岩崎渉, 日本魚類学会年会講演要旨, 47th, 26, 2014年11月14日
  日本語
• 遺伝子発現の確率的な挙動が生物集団へ与える影響
  峯田克彦; 松本知高; 長田直樹; 荒木仁志, 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 35th, 1P-0013 (WEB ONLY), 2012年
  日本語
• DNA親子鑑定法を用いた種苗放流魚の自然繁殖力に関する保全遺伝学的考察 (The 10th International Symposium on Genetics in Aquaculture特集 Roles of aquaculture genetics in addressing global food crisis)
  荒木 仁志, 水産育種, 39, 1, 31, 35, 2009年10月
  Abstract:In June 2009. I gave a talk about our recent studies on the Hood River steelhead trout at the ISGA X (the 10th International Symposium on Genetics in Aquaculture) in Bangkok. Thailand. In this project. I and group members of Blouin lab in Oregon State University conducted genetic evaluations of reproductive success in hatchery-born fish in the wild. This article is a review summary of my presentation. We used a DNA-based parentage assignment method. in which 8 highly polymorphic microsatellite makers were genotyped in order to reconstruct the pedigree of entire populations and estimate individual reproductive success (number of adult offspring returned to the river). We found (1) number of generations in which hatchery fish spent in captivity has a strong negative impact on their natural reproductive success. and that (2) there is a carry-over effect of captive breeding that reduces the reproductive success of wild-born fish. which had captive-reared parents spawned in the wild. These findings strongly suggest a possible negative effect of hatchery stocking on the conservation of the wild population. In addition. I demonstrate that modern molecular tools and methods can provide much more insights into fish genetics and breeding science than ever obtained or expected., 水産育種研究会, 日本語
• キイロショウジョウバエのケージ集団を用いたアミラーゼ遺伝子についての選択実験に関する分子集団遺伝学的解析 II
  荒木仁志; 吉住敏; 猪股伸幸; 山崎常行, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 71st, 114, 1999年09月24日
  日本語
• キイロショウジョウバエのケージ集団を用いたアミラーゼ遺伝子についての選択実験に関する分子集団遺伝学的解析
  荒木仁志; 吉住敏; 猪股伸幸; 松尾義則; 山崎常行, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 70th, 105, 1998年09月
  日本語
• 自然淘汰と個体数変動の遺伝子置換速度への影響についての理論的研究
  荒木仁志; 舘田英典, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 67th, 86, 1995年10月
  日本語

• 生態進化学特論, 2024年, 修士課程, 農学院
• 生物生態・体系学特論Ⅱ, 2024年, 修士課程, 農学院
• 一般教育演習(ﾌﾚｯｼｭﾏﾝｾﾐﾅｰ), 2024年, 学士課程, 全学教育
• 動物生態学概論, 2024年, 学士課程, 農学部
• 卒業論文, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物・化学実験Ⅰ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物・化学実験Ⅱ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学実験Ⅱ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学演習Ⅰ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学演習Ⅱ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学演習Ⅲ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学演習Ⅳ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物多様性学, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物学概論, 2024年, 学士課程, 農学部
• 国際交流Ⅰ, 2024年, 学士課程, 国際本部
• 生物資源科学特講, 2024年, 学士課程, 農学部
• 環境と人間, 2024年, 学士課程, 全学教育
• 基礎遺伝学, 2024年, 学士課程, 農学部
• 生物資源科学実験Ⅰ, 2024年, 学士課程, 農学部

• 通し回遊魚の河川沿岸域利用実態の解明
  科学研究費助成事業
  2023年04月01日 - 2027年03月31日
  荒木 仁志; 峰岸 有紀; 仲岡 雅裕
  日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 23H00329
• 環境核酸を用いた絶滅危惧種イトウの有効集団サイズ・遺伝子発現推定技術の開発と実践
  科学研究費助成事業
  2023年06月30日 - 2026年03月31日
  荒木 仁志; 坂田 雅之
  日本学術振興会, 挑戦的研究(萌芽), 北海道大学, 23K18145
• 環境DNAを用いたサケ科魚類および回遊性魚類の種内多型解析手法の開発
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2020年04月01日 - 2023年03月31日
  荒木 仁志
  本研究プロジェクトは、生態学分野の新しいツールの一つである「環境DNA」を用いて魚類の生物分布や遺伝的多様性を同時検出・評価することを目的としている。水圏では、水を汲みその中に含まれるDNAを解析する環境DNA技術は捕獲や目視によらない非侵襲的な種判別技術として目覚ましい発展を遂げている。しかしそのDNAには種内多型情報も含まれるため、これに基づく集団遺伝解析への応用可能性がある。そこで本研究では回遊性魚類を主なターゲットに環境DNA技術を核ゲノム中のマイクロサテライトマーカーに適用し、同マーカーの種内多型情報に基づく集団遺伝解析手法の確立をめざす。
  R3年度は北海道・千歳川における定期採水を継続すると共に、そこで得られた環境DNAサンプルを分析、サケ由来の環境DNAの検出を行うと同時に種内多型を検出するためのマイクロサテライトマーカーの開発を行った。その結果、作成した22個のマーカー候補のうち21個についてはサケの種内多型を確認でき、18個については千歳川由来の環境DNAからも対立遺伝子のPCR増幅が見られることが分かった。ただし一部のマーカーは他のサケ科魚類でも僅かながら誤増幅が起こることも判明したため、これらの種が共存しうる河川での使用時には注意が必要となる。一方、これまで研究室で収集した北海道内広域サンプルの解析の結果から、地域変異差の大きい純淡水魚を対象とした環境DNA解析では、ハードルの高い核DNAではなく、相対的に収集の容易なミトコンドリアDNAを用いた種内多型解析が可能な場合あることが分かってきた。今後はこれら回遊魚・純淡水魚を含めた環境DNA解析を行うことで、この技術の種内多型解析研究への応用可能性を広く明らかにしていく。なお、これらの結果は2021年11月に研究代表者が主催した国際学会、環境DNA学会第四回大会において発表を行った。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 20H03005
• 北方四島における動物相の継続的モニタリング―エゾシカとヨーロッパミンクに注目して
  科学研究費助成事業 基盤研究(C)
  2020年04月01日 - 2023年03月31日
  大舘 智志; 荒木 仁志; 河合 久仁子
  内容
  昨年度（令和3年）は、令和2年度に続いて新型コロナ対策のために北方領土に渡航することができなかった。そのかわりに研究計画にも述べてあるように北方領土に隣接した北海道東部の根室市や浜中町に哺乳動物相の捕獲調査を行った。それによると令和3年度は真無盲腸目のトガリネズミ類の個体数密度が低く、特にオオアシトガリネズミの密度がかなり減っていた。一方で浜中町ではイタチ科のラッコが海で繁殖しているのを確認した。ニホンジカについては道東地域では例年通りの高密度であった。一方、現地に直接おもむけない北方領土についての情報は国後島のクリリスク自然保護区の所長や所員から得た。それによると2021年の春の段階ではエゾシカが国後島に数頭存在しているのが確認されたが、色丹島や歯舞諸島などの他の北方領土では確認されていない。また国後島でも繁殖は確認されていない。国後島のヨーロッパミンクについては情報不足ではあるが生息していることは確かであった。事前に採集してある国後島と択捉島の環境DNAの分析では、哺乳類についてはエゾシカとヨーロッパミンクは検出されなかった。一方、淡水魚類については淡水性のサケ・マス類などが検出された。
  意義
  北方領土に隣接する北海道東部では例年通りにシカの密度は高かった。このことはいつでも北方領土へのさらなるシカの移住が起こりうることを示している。また国後島ではシカは前年に確認した個体が生存していると思われるが、繁殖していないということは、まだ当地でシカが増加するという段階にはないことを示している。一方、ヨーロッパミンクは現地調査ができない状況が最大の研究上の障害であることが明確になった。
  重要性
  モニタリングは継続することが重要であるが、現地に赴けない状況下では現地の協力機関や協力者との密な情報のやり取りにより必要な知見をえることができる。
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 20K06086
• 絶滅危惧種イトウの環境ＤＮＡによる遺伝的多様性、個体群構造と分布の解明
  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
  2017年11月10日 - 2020年03月31日
  荒木 仁志; CAMPBELL MATTHEW
  本研究は日本最大の淡水魚で絶滅危惧種であるイトウの生態に関する新たな知見を得るため、昨今進展目覚ましい環境ＤＮＡを用いた手法を核ＤＮＡの種内多型に応用する技術開発を目標としている。現在環境ＤＮＡ技術は主に細胞内小器官の一つであるミトコンドリアのＤＮＡを基に解析されているが、ミトコンドリアＤＮＡは一般に種内多型に乏しく、同一種内でおこる変異の多くを反映していない。そこで、環境水中の核ＤＮＡ情報をより高密度で集積することにより、「一すくいの水から希少種・野外集団の遺伝的多様性評価」へとつなげるのが本研究プロジェクトの狙いである。この技術開発が実現すれば、イトウに限らず希少種を捕獲したり傷つけたりすることなく彼らの遺伝的多様性を評価できるばかりか、過去のボトルネック、集団間の遺伝的交流といった歴史についても推定が可能となることが期待される。
  これにはRAD-seqと呼ばれる手法を用い、本解析に適したゲノムスケールでの核DNAマーカー探索を行う必要があるため、H29年度はこの解析を実施するためのサンプル収集と予備的な解析を実施した。共同研究者であるマシュー・キャンベル（JSPS外国人特別研究員）の着任がH29年10月末であったことから、昨年度は5カ月間という限られた期間ではあったが、研究協力者らの協力の下、約30個体のイトウ組織サンプルからのDNA抽出が実現し、これらのサンプルを基にRAD-seq法による核DNAマーカー開発の準備が整いつつある。
  日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 北海道大学, 17F17391
• 環境DNAを用いた回遊性魚類分布推定と河川工作物の影響評価
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2017年04月01日 - 2020年03月31日
  荒木 仁志; 福島 路生
  本研究プロジェクトは、生態学分野において発展目覚ましい「環境DNA」を用いて、地域特異性の高い回遊性魚類の生物分布や季節性、河川工作物の影響を客観的かつ網羅的に解明することを目的としている。河川工作物には大規模なダムから大小さまざまな堰堤・カルバートなど様々なものがあり、また新たに魚道を新設した場所など、その形態は多岐にわたる。これら個別の状況を体系立てて整理し、環境DNAメタバーコーディングと呼ばれる手法により、工作物上下の魚類相を明らかにするのが目下の目標となっている。
  H30年度はH29年度に引き続き国立環境研究所の協力の下、胆振・日高地方をはじめ北海道内約100河川（二年合計では250河川）において本解析に供する河川水サンプルの収集を行った。これらのサンプルは申請者（荒木）の所属する北海道大学農学部において継続して解析中だが、初年度に調査を行った道北・道東地方の河川水からは回遊魚であるサケやサクラマス、カラフトマスはもちろんのこと、絶滅危惧種イトウや希少種エゾホトケを含む多数の魚種由来の環境DNA検出が見られている。
  これらの研究成果は日本生態学会（神戸大会）や環境DNA学会（東京）で発表したほか、環境アセスメント協会や魚道研究会、猿払イトウ保全協議会シンポジウムでの招待講演等でも発表を行い、専門家・一般市民を交えての情報交換を行った。
  最終年度となるH31年度にはこれらの結果をもとに河川工作物上下比較による各魚種の遡上阻害の有無を評価する予定だが、サケ、イトウ、サクラマス、シシャモについては種特異的な環境DNA定量プライマー開発に基づく生物量推定も進めており、上記サンプルの一部を用いて定性的のみならず定量的な評価を可能にする。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 17H03623
• 遺伝的多様性維持機構の解明：ヤチネズミ個体群の空間構造と個体数変動に着目して
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2014年04月01日 - 2017年03月31日
  齊藤 隆; 荒木 仁志
  mtDNAとncDNAの多様性は，理論上，mtDNAの方が著しく低くなると予想されている。これを実証するために，哺乳類，鳥類個体群の観察と個体群構造の分析を行った。その結果，予測とは異なり，多くの個体群でmtDNAの多様性がncDNAよりも高かった。これは，突然変異率がmtDNAでより高いという性質で説明できたが，データの大きなばらつきは個体数変動の結果であると考えられた。哺乳類，鳥類間の違い（哺乳類でmtDNAの多様性がより高い）は，分散行動の性差の違いで説明できた。これらの結果は，遺伝的多様性の維持機構において個体群構造が重要な機能を持つという報告者の仮説を支持するものである。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 26291086
• 野生サケとは何か？ 河川遡上期を決める 遺伝的基盤と資源量 への貢献度の解明
  科学研究費助成事業 基盤研究(B)
  2014年04月01日 - 2017年03月31日
  荒木 仁志; 森田 健太郎; 佐藤 俊平; 小泉 逸郎; O' Malley Kathleen
  サケは日本人には身近な魚だが、その大半は人工飼育されたサケ稚魚の放流に頼っている。一方、川で生まれた野生魚についてはその実態がよく分かっていない。そこで本研究では、サケの産卵遡上に注目し、遡上時期と関わる遺伝子の違いを探った。その結果、サケ遡上河川の一部では前期遡上群と後期遡上群が明確に分かれており、これらの間に遺伝的な違いが生じていることが分かった。また、人工飼育魚を他の河川から移植している川では、現在は野生サケが繁殖しているものの遺伝的には移植元の河川とよく似た組成となっていた。これらの結果は、サケには遡上時期によって遺伝的に明確な差異があり、別々の管理・保全が必要なことを示唆している。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 26292102
• 環境DNAを用いた回遊性サケ科魚類の非侵襲的モニタリングとバイオマス推定
  科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究
  2014年04月01日 - 2017年03月31日
  荒木 仁志; 近藤 倫生; 土居 秀幸; 佐藤 俊平; 高原 輝彦; 源 利文
  野生生物のモニタリングや生物資源の正確な把握は生物資源保全学上の急務となっているが、実証的な研究には様々な制限が伴う。殊に水圏に生息する生物はその捕獲が困難で、これまでごく限られた情報を基にその資源量推定を行ってきた。
  本研究では水から周辺生物のDNAを検出する環境DNAと呼ばれる技術を用いて、サケ科魚類を対象に、野外で捕獲に頼らず資源量を推定する新しい手法の開発に取り組んだ。その結果、管理環境下では検出された環境DNA量が生物量を反映しており、野外においても河川・海洋を問わず、回遊魚であるサケの季節消長や空間分布をある程度正確に検出できることが明らかになった。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 26640136
• シロイヌナズナの抵抗性遺伝子と病原体抗原遺伝子の共進化に関する研究
  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
  2002年 - 2004年
  荒木 仁志
  シロイヌナズナで見つかっている病原体認識遺伝子、R遺伝子は、LRRと呼ばれるシグナル伝達に関わると思われる領域を持ち、バクテリアの持つAvr遺伝子の産物を特異的に認識して免疫反応を引き起こす。しかしながら、R遺伝子、Avr遺伝子の分子進化上の対応関係については未だ明らかにされていない。本研究は、シロイヌナズナのR遺伝子の一つ、RPS5の種内変異を解析すると共に、自然界における主要な病原体と思われるPseudomonas viridiflavaのAvr遺伝子を同定し、種内変異を基にR遺伝子との共進化のパターンについて解析を行うことにより、植物の抵抗性遺伝子とバクテリアの抗原遺伝子の間の相互作用、植物の免疫システムの獲得プロセスを解明することを目的としている。
  本年度は、昨年度より研究代表者が共同研究者であるシカゴ大学生態進化学講座のメンバーと共に携わってきたRPS5の種内変異の解析を行い、この遺伝子が、これまで一般に受け入れられていた「軍拡競争仮説」の予測に反して分子進化上、長期にわたって「病原体抵抗性・非抵抗性」の種内多型を選択的に維持していることを示した。また、自家受精型であるこのシロイヌナズナにおいて、上記の遺伝子で選択的種内多型を維持したことがゲノム上の隣接する遺伝子に与える影響を、周辺部位のDNA多型から推定したところ、その影響の範囲がおよそ10KB以内であったことも示した。さらに、バクテリアの一種、Pseudomonas viridiflava及びPseudomonas syringaeがシロイヌナズナに寄生する天然の寄生バクテリアであることを示すに当たって、寄生に不可欠なプロセスに関与する複数の遺伝子がこれらのバクテリアに存在することを示した.。
  日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 九州大学, 02J08855
• キイロショウジョウバエのアミラーゼ遺伝子におけるエサ環境と適応度に関する研究
  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
  1999年 - 2000年
  荒木 仁志
  日本学術振興会, 特別研究員奨励費, 九州大学, 99J03231