研究者基本情報

• 博士（農学）, 北海道大学, 2004年03月

• https://researchmap.jp/satox

• https://orcid.org/0000-0003-3790-8218
• https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201701011669372275

• 20517693

• https://orcid.org/0000-0003-3790-8218

• 201701011669372275

• gene regulatory network, systems biology, host-microbe interactions

• ライフサイエンス, ウイルス学, バキュロウイルス、ポティウイルス
• ライフサイエンス, ゲノム生物学, 遺伝子制御ネットワーク、トランスクリプトーム

• 学士課程, 農学部
• 修士課程, 農学院
• 博士課程, 農学院

研究活動情報

• Lobe‐Less, a Long Noncoding RNA That Regulates Drosophila Mushroom Body Morphogenesis
  Sachi Inagaki; Natsuki Nakamura; Mitsutaka Kadota; Sean D. Keeley; Shigehiro Kuraku; Masanao Sato; Shinichi Nakagawa; Mari Mito; Kevin G. Nyberg; Kaori Niimi; Hidenori Kiyosawa; Satoru Kobayashi; Yuji Kageyama
  Genes to Cells, 2026年01月
  研究論文（学術雑誌）
• Amyloid-β-induced alteration of fast and localized calcium elevations in cultured astrocytes
  Kaito Nakata; Joe Sakamoto; Kohei Otomo; Masanao Sato; Hirokazu Ishii; Motosuke Tsutsumi; Ryosuke Enoki; Tomomi Nemoto
  Scientific Reports, 15, 1, Springer Science and Business Media LLC, 2025年05月29日, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Clinically approved chemical-controlled suppression of protein expression in BmN cells
  Toshiki Nakanishi; Shin-ichiro Asano; Hisanori Bando; Masanao Sato
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 93, 1, 1, 10, 2024年05月28日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The transcription regulator ChpA affects the global transcriptome including quorum sensing-dependent genes in Ralstonia pseudosolanacearum strain OE1-1.
  Chika Takemura; Wakana Senuma; Masayuki Tsuzuki; Yuki Terazawa; Kanako Inoue; Masanao Sato; Akinori Kiba; Kouhei Ohnishi; Kenji Kai; Yasufumi Hikichi
  Molecular plant pathology, 2023年07月14日, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The gram-negative plant-pathogenic β-proteobacterium Ralstonia pseudosolanacearum strain OE1-1 produces methyl 3-hydroxymyristate as a quorum sensing (QS) signal through methyltransferase PhcB and senses the chemical via the sensor histidine kinase PhcS. This leads to activation of the LysR family transcription regulator PhcA, which regulates the genes (QS-dependent genes) responsible for QS-dependent phenotypes, including virulence. The transcription regulator ChpA, which possesses a response regulator receiver domain and also a hybrid sensor histidine kinase/response regulator phosphore-acceptor domain but lacks a DNA-binding domain, is reportedly involved in QS-dependent biofilm formation and virulence of R. pseudosolanacearum strain GMI1000. To explore the function of ChpA in QS of OE1-1, we generated a chpA-deletion mutant (ΔchpA) and revealed that the chpA deletion leads to significantly altered QS-dependent phenotypes. Furthermore, ΔchpA exhibited a loss in its infectivity in xylem vessels of tomato plant roots, losing virulence on tomato plants, similar to the phcA-deletion mutant (ΔphcA). Transcriptome analysis showed that the transcript levels of phcB, phcQ, phcR, and phcA in ΔchpA were comparable to those in OE1-1. However, the transcript levels of 89.9% and 88.9% of positively and negatively QS-dependent genes, respectively, were significantly altered in ΔchpA compared with OE1-1. Furthermore, the transcript levels of these genes in ΔchpA were positively correlated with those in ΔphcA. Together, our results suggest that ChpA is involved in the regulation of these QS-dependent genes, thereby contributing to the behaviour in host plant roots and virulence of OE1-1.
• The dataset of de novo assembly and inferred functional annotation of the transcriptome of Heterosigma akashiwo, a bloom-forming, cosmopolitan raphidophyte
  Masanao Sato; Masahide Seki; Yutaka Suzuki; Shoko Ueki
  Data in Brief, 48, 109071, 109071, Elsevier BV, 2023年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Construction of gene co-expression networks in cultured silkworm cells and identification of previously uncharacterized lepidopteran-specific genes required for chromosome dynamics.
  Hiroaki Mon; Masanao Sato; Jae Man Lee; Takahiro Kusakabe
  Insect biochemistry and molecular biology, 151, 103875, 103875, 2022年12月, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Advances in sequencing technology and bioinformatics have accelerated gene discovery and homology-based functional annotation in many species, and numerous targeted gene studies have greatly expanded the understanding of gene functions. Nevertheless, there are still many genes that lack homology with genes in other evolutionary lineages and are left as genes with unknown functions. We constructed a gene co-expression network from the Bombyx mori ovary-derived cell line, BmN4, and attempted to infer the biological roles of uncharacterized genes based on the correlation between the function-known and unknown genes. Within this network, we focused on the co-expression modules involved in chromosome architecture, dynamics, and integrity, and selected the uncharacterized genes for subsequent RNAi-based phenotypic screening. This approach enabled the identification of 5 genes whose knockdown led to abnormalities in chromosome dynamics and spindle morphology in mitosis. One of them was a recently characterized gene, BmCenp-T, which plays a central role in building the kinetochore protein complex on the silkworm holocentric chromosomes. In this study, we suggest a method for constructing the gene co-expression network and selecting candidate genes for small-scale RNAi screening. This approach is complementary to homology-based annotation and may be useful for the analysis of lineage-specific uncharacterized genes such as orphan genes.
• Intraspecies variation of the mitochondrial genome: An evaluation for phylogenetic approaches based on the conventional choices of genes and segments on mitogenome.
  Jesús Morón-López; Karen Vergara; Masanao Sato; Gonzalo Gajardo; Shoko Ueki
  PloS one, 17, 8, e0273330, 2022年, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Intraspecies nucleotide sequence variation is a key to understanding the evolutionary history of a species, such as the geographic distribution and population structure. To date, numerous phylogenetic and population genetics studies have been conducted based on the sequences of a gene or an intergenic region on the mitochondrial genome (mtDNA), such as cytochrome c oxidase subunits or the D-loop. To evaluate the credibility of the usage of such 'classic' markers, we compared the phylogenetic inferences based on the analyses of the partial and entire mtDNA sequences. Importantly, the phylogenetic reconstruction based on the short marker sequences did not necessarily reproduce the tree topologies based on the analyses of the entire mtDNA. In addition, analyses on the datasets of various organisms revealed that the analyses based on the classic markers yielded phylogenetic trees with poor confidence in all tested cases compared to the results based on full-length mtDNA. These results demonstrated that phylogenetic analyses based on complete mtDNA sequences yield more insightful results compared to those based on mitochondrial genes and segments. To ameliorate the shortcomings of the classic markers, we identified a segment of mtDNA that may be used as an 'approximate marker' to closely reproduce the phylogenetic inference obtained from the entire mtDNA in the case of mammalian species, which can be utilized to design amplicon-seq-based studies. Our study demonstrates the importance of the choice of mitochondrial markers for phylogenetic analyses and proposes a novel approach to choosing appropriate markers for mammalian mtDNA that reproduces the phylogenetic inferences obtained from full-length mtDNA.
• PhcQ mainly contributes to the regulation of quorum sensing-dependent genes, in which PhcR is partially involved, in Ralstonia pseudosolanacearum strain OE1-1
  Takemura, C.; Senuma, W.; Hayashi, K.; Minami, A.; Terazawa, Y.; Kaneoka, C.; Sakata, M.; Chen, M.; Zhang, Y.; Nobori, T.; Sato, M.; Kiba, A.; Ohnishi, K.; Tsuda, K.; Kai, K.; Hikichi, Y.
  Molecular Plant Pathology, 22, 12, 1538, 1552, Wiley, 2021年12月, ［査読有り］
  研究論文（学術雑誌）
• Proliferation of Bombyx mori nucleopolyhedrovirus strain H4 in BmN cells is enhanced by exchange of the F gene sequence with type strain T3.
  Mami Sakai; Satoshi Kakutani; Shin-Ichiro Asano; Masanao Sato; Hisanori Bando
  Virus research, 291, 198195, 198195, 2021年01月02日, ［査読有り］, ［責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The Bombyx mori nucleopolyhedrovirus (BmNPV)-based baculoviral expression vector system is among the most efficient expression vector systems for eukaryotic proteins especially when used in combination with silkworms as a host. We newly isolated a novel BmNPV strain (BmNPV H4) in Hokkaido, Japan that outperforms the type strain T3 in terms of both proliferation and expression of polyhedrin protein in silkworm larvae; however, it proliferates poorly in the BmN cell line. We inferred the gene responsible for the differences in proliferation between viral strains by quantifying amino acid similarity distances in protein functional domains and identifying highly divergent alleles between the H4 and T3 strains. Among proteins that differ markedly in functional domain sequence between H4 and T3, we identified the F gene, which encodes the F protein, as a putative cause of proliferative differences between the two strains. Using recombinant viruses with the F protein-coding sequence exchanged between H4 and T3, we determined that the T3 F protein increases H4 proliferation in BmN while the H4 F protein does not improve T3 proliferation in silkworm larvae. Our results suggest that the BmNPV F protein can strongly affect viral proliferation in a genetic background-specific manner and may be an important target for manipulating the proliferation characteristics of BmNPV-based expression vectors.
• A single amino acid replacement of tyrosine with histidine at position 172 in BmNPV T3 GP64 decreases viral proliferation in silkworm larvae despite increasing membrane fusion activity with bmn cells
  Sekiguchi, M.; Ishikawa, S.; Asano, S.-I.; B; o, H.; Sato, M.
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 89, 3, 45, 53, 2020年10月, ［査読有り］, ［責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Design and prototyping of a bombyx mori nucleopolyhedrovirus-based genome assembly from pcr-amplified dna fragments
  Harada, N.; Ishibashi, D.; Asano, S.-I.; Sato, M.; B; o, H.
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 87, 3, 97, 108, 2018年10月, ［査読有り］, ［責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Plutella xylostella ABCC2における変異は,その受容体機能との干渉によりBacillus thuringiensis Cry1Acに対する耐性を引き起こす
  Nakaishi Yumi; Sato Masanao; Bando Hisanori; Asano Shin-ichiro
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 87, 2, 45, 51, 2018年, ［査読有り］
  英語
• Transcripts immunoprecipitated with Sxl protein in primordial germ cells of Drosophila embryos
  Ryoma Ota; Shumpei Morita; Masanao Sato; Shuji Shigenobu; Makoto Hayashi; Satoru Kobayashi
  DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 59, 9, 713, 723, 2017年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Identification and functional analysis of outer kinetochore genes in the holocentric insect Bombyx mori
  Hiroaki Mon; Jae Man Lee; Masanao Sato; Takahiro Kusakabe
  INSECT BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 86, 1, 8, 2017年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Distinct intracellular Ca2+ dynamics regulate apical constriction and differentially contribute to neural tube closure
  Makoto Suzuki; Masanao Sato; Hiroshi Koyama; Yusuke Hara; Kentaro Hayashi; Naoko Yasue; Hiromi Imamura; Toshihiko Fujimori; Takeharu Nagai; Robert E. Campbell; Naoto Ueno
  DEVELOPMENT, 144, 7, 1307, 1316, 2017年04月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Conserved role of Ovo in germline development in mouse and Drosophila
  Makoto Hayashi; Yuko Shinozuka; Shuji Shigenobu; Masanao Sato; Michihiko Sugimoto; Seiji Ito; Kuniya Abe; Satoru Kobayashi
  SCIENTIFIC REPORTS, 7, 40056, 2017年01月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses
  Yuka Hagiwara-Komoda; Sun Hee Choi; Masanao Sato; Go Atsumi; Junya Abe; Junya Fukuda; Mie N. Honjo; Atsushi J. Nagano; Keisuke Komoda; Kenji S. Nakahara; Ichiro Uyeda; Satoshi Naito
  SCIENTIFIC REPORTS, 6, 21411, 2016年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Generation of an infectious cDNA clone of Okushiri virus and its derivative capable of expressing an exogenous gene
  Yudistira Wahyu Kurnia; Ryosuke Fujita; Masanao Sato; Haruhiko Isawa; Shin Ichiro Asano; Ngo Dinh Binh; Hisanori Bando
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 85, 2, 39, 47, 2016年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The distribution pattern of α2,3- and α2,6-linked sialic acids affects host cell preference in Toxoplasma gondii.
  Minami Baba; Masanao Sato; Katsuya Kitoh; Yasuhiro Takashima
  Experimental parasitology, 155, 74, 81, 2015年08月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Ionotropic Glutamate Receptors Mediate Inducible Defense in the Water Flea Daphnia pulex
  Hitoshi Miyakawa; Masanao Sato; John K. Colbourne; Taisen Iguchi
  PLOS ONE, 10, 3, e0121324, 2015年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Tightly Regulated Expression of Autographa californica Multicapsid Nucleopolyhedrovirus Immediate Early Genes Emerges from Their Interactions and Possible Collective Behaviors
  Chikako Ono; Masanao Sato; Hitomi Taka; Shin-ichiro Asano; Yoshiharu Matsuura; Hisanori Bando
  PLOS ONE, 10, 3, e0119580, 2015年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• H3K36 Trimethylation-Mediated Epigenetic Regulation is Activated by Bam and Promotes Germ Cell Differentiation During Early Oogenesis in Drosophila
  Masanori Mukai; Seiji Hira; Katsuhiro Nakamura; Shoichi Nakamura; Hiroshi Kimura; Masanao Sato; Satoru Kobayashi
  BIOLOGY OPEN, 4, 2, 119, 124, 2015年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Detection of plant viruses in natural environments by using RNA-Seq.
  Atsushi J Nagano; Mie N Honjo; Motohiro Mihara; Masanao Sato M; Hiroshi Kudoh
  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1236, 89, 98, 2015年, ［査読有り］, ［招待有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Sequencing of RNA by next generation sequencers, RNA-Seq, is revolutionizing virus detection. In addition to the unbiased detection of various viruses from wild plants in natural environments, RNA-Seq also allows for the parallel collection of host plant transcriptome data. Host transcriptome data are highly valuable for studying the responses of hosts to viral infections, as well as viral host manipulation. When detecting viruses using RNA-Seq, it is critical to choose appropriate methods for the removal of rRNA from total RNA. Although viruses with polyadenylated genomes can be detected by RNA-Seq following mRNA purification using oligo-dT beads, viruses with non-polyadenylated genomes are not effectively detected. However, such viruses can be detected by RNA-Seq using the rRNA selective depression method. The high-throughput and cost-effective method of RNA-Seq library preparation which is described here allows us to detect a broad range of viruses in wild plants.
• Enrichment of Spermatogonial Stem Cells Using Side Population in Teleost
  Makoto Hayashi; Masanao Sato; Yasuhiko Nagasaka; Sakiko Sadaie; Satoru Kobayashi; Goro Yoshizaki
  BIOLOGY OF REPRODUCTION, 91, 1, 23, 2014年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• An effective method for the inference of reduced S-system models of Genetic Networks
  Shuhei Kimura; Masanao Sato; Mariko Okada-Hatakeyama
  IPSJ Transactions on Bioinformatics, 7, 30, 38, Information Processing Society of Japan, 2014年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Inference of Vohradský's models of genetic networks by solving two-dimensional function optimization problems.
  Shuhei Kimura; Masanao Sato; Mariko Okada-Hatakeyama
  PloS one, 8, 12, e83308, 2013年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Complex genetic interactions among non-essential genes of BmNPV revealed by multiple gene knockout analysis
  Hitomi Taka; Chikako Ono; Masanao Sato; Shin-Ichiro Asano; Hisanori Bando
  Journal of Insect Biotechnology and Sericology, 82, 1, 25, 32, 2013年08月05日
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Development of an efficient parameter estimation method for the inference of Vohradský's neural network models of genetic networks
  Shuhei Kimura; Masanao Sato; Mariko Okada-Hatakeyama
  Proceedings of the International Joint Conference on Neural Networks, 2013年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（国際会議プロシーディングス）
• Dual Regulation of Gene Expression Mediated by Extended MAPK Activation and Salicylic Acid Contributes to Robust Innate Immunity in Arabidopsis thaliana
  Kenichi Tsuda; Akira Mine; Gerit Bethke; Daisuke Igarashi; Christopher J. Botanga; Yayoi Tsuda; Jane Glazebrook; Masanao Sato; Fumiaki Katagiri
  PLoS Genetics, 9, 12, e1004015, 2013年, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• CBP60g and SARD1 play partially redundant critical roles in salicylic acid signaling
  Lin Wang; Kenichi Tsuda; William Truman; Masanao Sato; Le V. Nguyen; Fumiaki Katagiri; Jane Glazebrook
  PLANT JOURNAL, 67, 6, 1029, 1041, 2011年09月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A Putative RNA-Binding Protein Positively Regulates Salicylic Acid-Mediated Immunity in Arabidopsis
  Yiping Qi; Kenichi Tsuda; Anna Joe; Masanao Sato; Le V. Nguyen; Jane Glazebrook; James R. Alfano; Jerry D. Cohen; Fumiaki Katagiri
  MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, 23, 12, 1573, 1583, 2010年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Network Modeling Reveals Prevalent Negative Regulatory Relationships between Signaling Sectors in Arabidopsis Immune Signaling
  Masanao Sato; Kenichi Tsuda; Lin Wang; John Coller; Yuichiro Watanabe; Jane Glazebrook; Fumiaki Katagiri
  PLOS PATHOGENS, 6, 7, e1001011, 2010年07月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Endosome-associated CRT1 functions early in resistance gene–mediated defense signaling in Arabidopsis and tobacco
  Hong-Gu Kang; Chang-Sik Oh; Masanao Sato; Fumiaki Katagiri; Jane Glazebrook; Hideki Takahashi; Gregory Martin; Daniel F. Klessig
  Plant Cell, 22, 3, 918, 936, 2010年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Network Properties of Robust Immunity in Plants
  Kenichi Tsuda; Masanao Sato; Thomas Stoddard; Jane Glazebrook; Fumiaki Katagiri
  PLOS GENETICS, 5, 12, e1000772, 2009年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Arabidopsis CaM Binding Protein CBP60g Contributes to MAMP-Induced SA Accumulation and Is Involved in Disease Resistance against Pseudomonas syringae
  Lin Wang; Kenichi Tsuda; Masanao Sato; Jerry D. Cohen; Fumiaki Katagiri; Jane Glazebrook
  PLOS PATHOGENS, 5, 2, e1000301, 2009年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The Genetic Network Controlling the Arabidopsis Transcriptional Response to Pseudomonas syringae pv. maculicola: Roles of Major Regulators and the Phytotoxin Coronatine
  Lin Wang; Raka M. Mitra; Keegan D. Hasselmann; Masanao Sato; Lisa Lenarz-Wyatt; Jerry D. Cohen; Fumiaki Katagiri; Jane Glazebrook
  MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, 21, 11, 1408, 1420, 2008年11月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Interplay between MAMP-triggered and SA-mediated defense responses
  Kenichi Tsuda; Masanao Sato; Jane Glazebrook; Jerry D. Cohen; Fumiaki Katagiri
  PLANT JOURNAL, 53, 5, 763, 775, 2008年03月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Interplay between MAMP-triggered and SA-mediated defense responses (Plant Journal (2008) 53, (763-775))
  Tsuda, K.; Sato, M.; Glazebrook, J.; Cohen, J.D.; Katagiri, F.
  Plant Journal, 55, 6, 1061, 1061, 2008年
  研究論文（学術雑誌）
• Point mutations in helper component protease of clover yellow vein virus are associated with the attenuation of RNA-silencing suppression activity and symptom expression in broad bean
  Ma. Leonora M. Yambao; Haruka Yagihashi; Hiroshi Sekiguchi; Toru Sekiguchi; Toru Sasaki; Masanao Sato; Go Atsumi; Yoko Tacahashi; Kenji S. Nakahara; Ichiro Uyeda
  Archives of Virology, 153, 1, 105, 115, 2008年01月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Natural variation in RPS2-mediated resistance among Arabidopsis accessions: Correlation between gene expression profiles and phenotypic responses
  Remco M. P. Van Poecke; Masanao Sato; Lisa Lenarz-Wyatt; Sanford Weisberg; Fumiaki Katagiri
  PLANT CELL, 19, 12, 4046, 4060, 2007年12月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Two resistance modes to Clover yellow vein virus in pea characterized by a green fluorescent protein-tagged virus
  Marcelo Andrade; Masanao Sato; Ichiro Uyeda
  PHYTOPATHOLOGY, 97, 5, 544, 550, 2007年05月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genetic analysis of lethal tip necrosis induced by Clover yellow vein virus infection in pea
  Gerald Ravelo; Uiko Kagaya; Tsuyoshi Inukai; Masanao Sato; Ichiro Uyeda
  Journal of General Plant Pathology, 73, 1, 59, 65, 2007年02月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A high-performance, small-scale microarray for expression profiling of many samples in Arabidopsis-pathogen studies
  Masanao Sato; Raka M. Mitra; John Coller; Dong Wang; Natalie W. Spivey; Julia Dewdney; Carine Denoux; Jane Glazebrook; Fumiaki Katagiri
  PLANT JOURNAL, 49, 3, 565, 577, 2007年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• System control in plant defense implicated by expression profiles during pathogen infection
  Sato, M.; Katagiri, F.
  Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 52, 6 Suppl, 2007年
  研究論文（学術雑誌）
• The Arabidopsis gene CAD1 controls programmed cell death in the plant immune system and encodes a protein containing a MACPF domain
  C Morita-Yamamuro; T Tsutsui; M Sato; H Yoshioka; M Tamaoki; D Ogawa; H Matsuura; T Yoshihara; A Ikeda; Uyeda, I; J Yamaguchi
  PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 46, 6, 902, 912, 2005年06月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Selective involvement of members of the eukaryotic initiation factor 4E family in the infection of Arabidopsis thaliana by potyviruses
  Masanao Sato; Kenji Nakahara; Moyasu Yoshii; Masayuki Ishikawa; Ichiro Uyeda
  FEBS LETTERS, 579, 5, 1167, 1171, 2005年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Natural resistance to Clover yellow vein virus in beans controlled by a single recessive locus
  Masanao Sato; Chikara Masuta; Ichiro Uyeda
  MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, 16, 11, 994, 1002, 2003年11月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Positional effect of gene insertion on genetic stability of a clover yellow vein virus-based expression vector
  Zhen Dong Wang; Shigenori Ueda; Ichiro Uyeda; Haruka Yagihashi; Hiroshi Sekiguchi; Yoko Tacahashi; Masanao Sato; Kenji Ohya; Chihiro Sugimoto; Takeshi Matsumura
  Journal of General Plant Pathology, 69, 327, 334, 2003年10月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Development of clover yellow vein virus as an efficient, stable gene‐expression system for legume species
  Chikara Masuta; Toshikazu Yamana; Yoko Tacahashi; Ichiro Uyeda; Masanao Sato; Shigenori Ueda; Takeshi Matsumura
  The Plant Journal, 23, 4, 539, 546, 2000年08月, ［査読有り］
  英語, 研究論文（学術雑誌）

• カイコゲノム配列解析の現状と展望
  佐藤昌直, 日本応用動物昆虫学会大会講演要旨, 67th, 2023年
• カイコゲノムに干渉しないヒト転写因子の探索とヒトTBX5を用いた転写制御系の移植
  前田麻亜子; 坪田拓也; 門宏明; 増田亮津; 松田拓也; 浅野眞一郎; 伴戸久徳; 瀬筒秀樹; 瀬筒秀樹; 荒川和晴; 荒川和晴; 日下部宜宏; 佐藤昌直; 佐藤昌直, 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 46th, 2023年
• カイコ精巣をモデルとした配偶子形成に関与するカオナシ遺伝子の解析
  柿野耕平; 門宏明; 佐藤昌直; 藤井告; 日野真人; 李在萬; 藤田龍介; 日下部宜宏, 蚕糸・昆虫機能利用学術講演会・日本蚕糸学会大会講演要旨集, 92nd, 2022年
• 組織透明化を利用したBmNPV感染観察の高感度化
  佐藤 拓海; 浅野 眞一郎; 佐藤 昌直, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 46, 17, 22, 2021年12月, ［最終著者］
  日本語
• 遺伝子間相互作用の定量によって浮き彫りになる遺伝子の役割 : バキュロウイルスimmediate early遺伝子群を例に (特集 定量生物学事始め)
  佐藤 昌直; 小野 慎子; 伴戸 久徳, 蚕糸・昆虫バイオテック, 89, 1, 15, 23, 2020年04月
  日本蚕糸学会, 日本語
• 特集「定量生物学事始め」にあたって (特集 定量生物学事始め)
  佐藤 昌直, 蚕糸・昆虫バイオテック, 89, 1, 3, 5, 2020年04月
  日本蚕糸学会, 日本語
• グアム産タイワンカブトにおけるOrNV配列の調査
  橋本健太郎; 佐藤昌直; 伴戸久徳; 浅野眞一郎, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 45, 45, 1, 4, 2020年
  日本語
• 機能性糖質によるラット盲腸内細菌叢の改変に基づいたデオキシコール酸生成菌と相互作用する腸内細菌種の同定
  吹谷智; 佐竹実菜子; 佐藤昌直; 石塚敏; 小椋義俊; 林哲也; 横田篤, 日本乳酸菌学会誌, 30, 2, 103, 2019年
• データベースを利用したカイコのもつ遺伝子の相同性検索と分子系統樹の作成
  横井翔; 天竺桂弘子; 天竺桂弘子; 佐藤昌直, 生物の科学 遺伝 (生物の科学 遺伝 別冊), 別冊No.23, 122, 128, 2019年, ［招待有り］
  日本語, 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
• BmNPV必須遺伝子のリファクタリングとその評価
  石川聡子; 佐藤昌直; 浅野慎一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫機能利用研究報告, 43, 3, 6, 2018年12月
  日本語
• Bombyx mori nucleopolyhedrovirus immediate‐early遺伝子ORF上流500塩基による発現制御についての解析
  工藤滉己; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 42, 8‐11, 2017年12月25日
  日本語
• BmNPVゲノムのin vitroアセンブリ
  原田直人; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 42, 12‐16, 2017年12月25日
  日本語
• マメコガネ幼虫におけるCry8Daトキシンの殺虫活性機構について
  山口真; 佐藤昌直; 伴戸久徳; 浅野眞一郎, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 42, 1‐3, 2017年12月25日
  日本語
• バキュロウイルスの複数の非必須遺伝子がウイルス増殖に与える影響について
  齋藤諒; 武田ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 42, 4‐7, 2017年12月25日
  日本語
• Cry8Daトキシンの殺虫活性機構について
  池田優里恵; 佐藤昌直; 伴戸久徳; 浅野眞一郎, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 41, 12‐13, 2016年12月10日
  日本語
• Cry1Iaトキシンのコナガに対する殺虫活性機構について
  佐藤文美; 佐藤昌直; 伴戸久徳; 浅野眞一郎, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 41, 7‐8, 2016年12月10日
  日本語
• 教室紹介 北海道大学大学院農学研究院 応用分子昆虫学
  佐藤 昌直, ウイルス, 66, 2, 205, 207, 2016年12月
  日本ウィルス学会, 日本語
• ビッグデータから読み解く生命現象 システムレベルシグナル伝達ネットワークモデリング:オミックスと還元主義的アプローチの接点
  佐藤昌直; 佐藤昌直, 生化学, 88, 1, 54‐60, 2016年02月25日
  日本語
• BmSyndecanノックダウンBmN細胞におけるBmNPVの増殖
  宇多桃香; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 40, 12, 14, 2015年12月20日
  日本語
• 摂動に対するカイコ培養細胞株BmN4‐SID1のトランスクリプトーム変化とその情報を利用したネットワークモデリング
  佐藤昌直; 佐藤昌直; 門宏明; 徐剣; 李在萬; 笠嶋めぐみ; 鈴木誉保; 坪田拓也; 小林悟; 瀬筒秀樹; 日下部宜宏, 日本生化学会大会(Web), 88th, 1P0798 (WEB ONLY), [1P0798], 2015年12月
  (公社)日本生化学会, 日本語
• カイコにおけるTORシグナル経路の解明
  平田一真; 佐藤昌直; 徐剣; 季明明; 祝力; 日野真人; 山下真実; 諸熊大輔; 門宏明; 李在萬; 日下部宜宏, 蚕糸・昆虫機能利用学術講演会・日本蚕糸学会大会講演要旨集, 85th, 2015年
• バキュロウイルスゲノム人工合成系の確立に向けて
  石橋大樹; 佐藤昌直; 高ひとみ; 武内潤一; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 39, 5, 7, 2014年12月10日
  日本語
• Toward a systems understanding of plant-microbe interactions
  Akira Mine; Masanao Sato; Kenichi Tsuda, FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 5, 423, 2014年08月, ［査読有り］
  英語, 書評論文,書評,文献紹介等
• BmNPVの非必須遺伝子(Bm32‐Bm36)間相互作用解析
  高ひとみ; 小野慎子; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳, 東北蚕糸・昆虫利用研究報告, 38, 1, 3, 2013年12月30日
  日本語
• Not to be suppressed? Rethinking the host response at a root-parasite interface
  Derek B. Goto; Hikota Miyazawa; Jessica C. Mar; Masanao Sato, PLANT SCIENCE, 213, 9, 17, 2013年12月, ［査読有り］, ［最終著者］
  英語, 書評論文,書評,文献紹介等
• カイコ分散型動原体染色体ループドメイン形成へのCTCF,CP190の関与
  益田篤; 佐藤昌直; 末次克行; 山本公子; 門宏明; 李在萬; 日下部宜宏, 蚕糸・昆虫機能利用学術講演会・日本蚕糸学会大会講演要旨集, 83rd, 2013年
• BmDnmt1,BmDnmt2,bMBDの機能阻害細胞におけるDNAのメチル化
  満留卓実; 門宏明; 佐藤昌直; 末次克行; 山本公子; 李志清; 徐剣; 祝力; 李在萬; 日下部宜宏, 蚕糸・昆虫機能利用学術講演会・日本蚕糸学会大会講演要旨集, 83rd, 2013年
• Expression profiles as detailed snapshots of biological states
  Fumiaki Katagiri; Masanao Sato, TRANSGENIC RESEARCH, 16, 4, 399, 403, 2007年08月, ［査読有り］, ［招待有り］, ［最終著者］
  英語, その他
• 植物と微生物および昆虫との相互作用 遺伝子発現パターンから見た植物の防御応答システム
  佐藤昌直; 片桐文章, 蛋白質 核酸 酵素, 52, 6, 654, 659, 2007年05月10日
  日本語
• 植物ウイルスの感染と宿主因子
  佐藤 昌直; 渡辺 雄一郎, ウイルス, 56, 2, 155, 164, 2006年12月22日, ［査読有り］
  植物ウイルスの感染は，複製あるいは細胞間移行の際にウイルスタンパク質が利用する宿主因子との相互作用が可能か否かでまず決定される．たとえウイルス感染が成立しても，その後に宿主が防御応答を起こすと感染の継続あるいは拡大は阻止される．ウイルス増殖を巡って植物がどのようにしてウイルス感染と関わりあっているか，宿主因子からゲノムまで発展させて考えたい．また，防御応答において機能する宿主因子解析から，植物の病原体応答機構と動物の自然免疫機構との類似性も示唆されており，今後，領域をこえた研究交流を期待したい．, 日本ウイルス学会, 日本語

• カイコの科学
  日本蚕糸学会
  朝倉書店, 2020年07月, 9784254420432, viii, 210p, 日本語, ［共著］
• カイコの実験単 : カイコで生命科学をまるごと理解!
  「カイコの実験単」企画・編集委員会; 日本蚕糸学会; 金児, 雄; 塩見, 邦博; 天竺桂, 弘子; 外川, 徹; 横山, 岳(蚕糸学)
  エヌ・ティー・エス, 2019年03月, 9784860435981, 303p, 日本語, ［共著］

• BmNPVにおける膜タンパク質(GP64)のアミノ酸バリアントが増殖に与える影響
  関口真理; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2020年
  2020年 - 2020年
• 蛍光レポーター発現細胞クラスター認識を自動化・定量化する画像解析アプローチ
  中西登志紀; 関口真理; 浅野眞一郎; 伴戸久徳; 佐藤昌直
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2020年
  2020年 - 2020年
• ポリコーム抑制複合体依存的に機能する植物免疫プライミング制御因子の同定
  田島由理; 佐藤昌直; LOO Eliza Po-Iian; 西條雄介
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2020年
  2020年 - 2020年
• Polycomb repressive complex 2 positively regulates systemic immunity and priming in Arabidopsis thaliana
  Yuri Tajima; Masanao Sato; Eva-Maria Reimer-Michalski; Eliza Po-iian Loo; Barbara Kracher; Franziska Turck; Yusuke Saijo
  2019 IS-MPMI XVIII Congress, 2019年07月15日
• カイコに存在する2つのTOR遺伝子の機能的違い
  小林政彦; 門宏明; 李在萬; 佐藤昌直; 藤田龍介; 日下部宜宏
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2019年
  2019年 - 2019年
• ポリコーム抑制複合体を介した植物免疫プライミング機構
  田島由理; REIMER-MICHALSKI Eva-Maria; LOO Eliza Po-Iian; KRACHER Barbara; TURCK Franziska; 佐藤昌直; 西條雄介; 西條雄介
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2019年
  2019年 - 2019年
• BmN細胞におけるSmall Molecule Assisted Shutoffの検証
  中西登志紀; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2019年
  2019年 - 2019年
• カイコ核多角体病ウイルス新規株H4の膜タンパク質GP64の機能解析
  関口真理; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2019年
  2019年 - 2019年
• カイコRNA-seqデータ自動解析および可視化プログラムの作成と利用
  佐藤昌直; 横井翔; 坪田拓也; 瀬筒秀樹
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2019年
  2019年 - 2019年
• 機能未知遺伝子ライブラリーから得られたカイコ分散型動原体を構成する新規遺伝子の解析
  門宏明; 佐藤昌直; 藤田龍介; 李在萬; 日下部宜宏
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2019年
  2019年 - 2019年
• Gene ontology解析:トランスクリプトーム情報から生物学的解釈を得る
  佐藤昌直
  日本植物病理学会植物感染生理談話会論文集, 2019年
  2019年 - 2019年
• 大量ショートリードデータからトランスクリプトーム情報を抽出する
  佐藤昌直
  日本植物病理学会植物感染生理談話会論文集, 2019年, 公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等
  2019年 - 2019年
• 機能性糖質によるラット盲腸内細菌叢の改変に基づいたデオキシコール酸生成菌と相互作用する腸内細菌種の同定
  吹谷智; 佐竹実菜子; 佐藤昌直; 石塚敏; 小椋義俊; 林哲也; 横田篤
  日本乳酸菌学会誌, 2019年
  2019年 - 2019年
• Lobe‐less RNAはショウジョウバエの胚発生期において軸索走行制御に寄与する長鎖ノンコーディングRNAである
  稲垣幸; 門田満隆; KEELEY Sean D; KEELEY Sean D; 中村奈月; 佐藤昌直; 工樂樹洋; 影山裕二; 影山裕二
  日本RNA学会年会要旨集, 2018年07月09日, 日本語
• ネッタイシマカにおけるCry44Aaトキシンレセプターの評価
  浅野眞一郎; 小野山雄亮; 中神あゆみ; 中尾悠太; 佐藤昌直; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2018年03月19日, 日本語
• in vitro DNA連結によるBmNPVゲノム構築プラットフォームの確立
  原田直人; 石橋大樹; 浅野眞一郎; 佐藤昌直; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2018年03月19日, 日本語
• Pseudomonas syringae pv. tabaciのNicotiana tabacumに対する感染挙動
  丸山望; 石賀貴子; 石賀康博; 佐藤昌直; 鈴木智子; 加来久敏; 尾花望; 一瀬勇規; 野村暢彦; 別役重之
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2018年03月12日, 日本語
• ポリコーム抑制複合体を介した植物免疫プライミングの分子制御機構の解明
  田島由理; REIMER‐MICHALSKI Eva‐Maria; LOO Eliza Po‐iian; 白石菜月; KRACHER Barbara; TURCK Franziska; 佐藤昌直; 西條雄介; 西條雄介
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2018年03月12日, 日本語
• ラットへのコール酸および難消化性オリゴ糖の同時投与による腸内細菌叢改変に基づいたデオキシコール酸生成菌と相互作用する腸内細菌種の探索
  佐竹実菜子; 吹谷智; 佐藤昌直; 石塚敏; 小椋義俊; 林哲也; 横田篤
  日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2018年03月05日, 日本語
• ウイルス感染時におけるAGO1-vsiRNAの標的となる植物mRNAの予測
  堀裕和; 岩橋美穂; 白谷公孝; 佐藤昌直; 峯彰; 峯彰; 竹田篤史; 竹田篤史; 竹田篤史
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2018年
  2018年 - 2018年
• Lobe-less RNAはショウジョウバエの胚発生期において軸索走行制御に寄与する長鎖ノンコーディングRNAである
  稲垣幸; 門田満隆; KEELEY Sean D.; KEELEY Sean D.; 中村奈月; 佐藤昌直; 工樂樹洋; 影山裕二; 影山裕二
  日本RNA学会年会要旨集, 2018年
  2018年 - 2018年
• ショウジョウバエLobe‐less RNAは胚発生期の軸索走行シグナルを制御している
  稲垣幸; 中野美幸; 中村奈月; 門田満隆; KEELEY Sean D; 佐藤昌直; 工樂樹洋; 影山裕二; 影山裕二
  日本RNA学会年会要旨集, 2017年07月19日, 日本語
• 〔主要な業績〕「顔無し遺伝子」ハンティングパイプラインの構築:配列情報から機能を推定できない遺伝子の機能推定
  佐藤昌直; 門宏明; 日下部宜宏
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2017年03月17日, 日本語
• ネッタイシマカにおけるCry44Aaトキシンレセプターについて
  浅野眞一郎; 中神あゆみ; 中尾悠太; 佐藤昌直; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2017年03月17日, 日本語
• 〔主要な業績〕BmNPV非必須遺伝子arif‐1,pif‐2による補償的な必須遺伝子発現制御
  高ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2017年03月17日, 日本語
• 動的なカルシウムシグナルによる頂端収縮と神経管閉鎖の制御
  鈴木誠; 佐藤昌直; 小山宏史; 上野直人
  日本数理生物学会年会(Web), 2017年
  2017年 - 2017年
• ショウジョウバエLobe-less RNAは胚発生期の軸索走行シグナルを制御している
  稲垣幸; 中野美幸; 中村奈月; 門田満隆; KEELEY Sean D.; 佐藤昌直; 工樂樹洋; 影山裕二; 影山裕二
  日本RNA学会年会要旨集, 2017年
  2017年 - 2017年
• BmNPV非必須遺伝子arif-1,pif-2による補償的な必須遺伝子発現制御
  高ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2017年
  2017年 - 2017年
• カイコ分散型動原体を構成するDNA結合タンパク質の解析
  門宏明; 佐藤昌直; 李在萬; 日下部宜宏
  日本生化学会大会(Web), 2017年, 日本語
• カイコにおける核多角体病ウイルスの重感染排除の観察,および原因因子の探索
  諸熊大輔; 門宏明; 佐藤昌直; 李在萬; 伴戸久徳; 日下部宜宏
  日本生化学会大会(Web), 2017年, 日本語
• 植物micro‐RNAの認識特異性に関する研究とその応用
  白谷公孝; 舛田さくら; 長田怜子; 唐戸俊介; 都筑正行; 佐藤昌直; 渡邊雄一郎; 竹田篤史
  日本植物学会大会研究発表記録, 2016年09月01日, 日本語
• サバ類近縁種間のトランスクリプトーム解析
  大崎彰梧; 佐藤昌直; 矢澤良輔
  日本水産学会大会講演要旨集, 2016年03月26日, 日本語
• RNA‐seq法を用いた核多角体病ウイルス感染カイコ細胞のトランスクリプトーム解析
  浜島りな; 佐藤昌直; 小林迪弘; 池田素子
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2016年03月16日, 日本語
• MAPKの基質となるWRKY型転写因子の葉緑体ROSバーストへの関与
  安達広明; 波多江健太; 佐藤昌直; 吉岡博文
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2016年03月03日, 日本語
• 植物micro-RNAの認識特異性に関する研究とその応用
  白谷公孝; 舛田さくら; 長田怜子; 唐戸俊介; 都筑正行; 佐藤昌直; 渡邊雄一郎; 竹田篤史
  日本植物学会大会研究発表記録, 2016年
  2016年 - 2016年
• RNA-seq法を用いた核多角体病ウイルス感染カイコ細胞のトランスクリプトーム解析
  浜島りな; 佐藤昌直; 小林迪弘; 池田素子
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2016年
  2016年 - 2016年
• BmNPVのアクセサリー遺伝子が担うウイルス増殖のロバストネス
  高ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2016年, 日本語
• 必須性を示すBmNPV非必須遺伝子クラスターの解析
  高ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2015年09月25日, 日本語
• カイコにおけるTORシグナル経路の解明
  平田一真; 佐藤昌直; 徐剣; 季明明; 祝力; 日野真人; 山下真実; 諸熊大輔; 門宏明; 李在萬; 日下部宜宏
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2015年09月25日, 日本語
• カイコ卵巣由来培養細胞BmN‐BmNPVトランスクリプトームにおけるmRNA配列の推定と評価
  佐藤昌直; 佐藤昌直; 高ひとみ; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2015年09月25日, 日本語
• BmSyndecanノックダウンBmN細胞におけるBmNPVの増殖
  宇多桃香; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2015年09月25日, 日本語
• 遺伝子ネットワークのreduced S-systemモデルの効率的同定法の提案
  木村 周平; 佐藤 昌直; 岡田(畠山) 眞里子
  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学, 2015年03月13日, 一般社団法人情報処理学会, 日本語
  2015年03月13日 - 2015年03月13日, 遺伝子ネットワーク同定とは,観察された遺伝子発現データに合うような遺伝子ネットワークのモデルのパラメータを推定する問題のことである.遺伝子ネットワークを記述するために多くの数理モデルが提案されているが,中でも S-system モデルは最も使用されてモデルの一つである. S-system モデルは生化学反応を近似したモデルであり,遺伝子ネットワークの記述に適していると考えられている.そのため S-system モデルを用いた遺伝子ネットワーク同定法が,これまでに数多く提案されている.しかしながら S-system に含まれるパラメータ数は,他の頻繁に使用されているモデルのパラメータ数よりも多い.従って遺伝子ネットワークの S-system モデルを同定するためには,より多くの遺伝子発現データを与える必要があると考えられる.遺伝子ネットワーク同定に必要な遺伝子発現データの量を減らすために,本研究では S-system モデルの一部のパラメータを 0 に固定することでモデルを単純化する.本研究では単純化した S-system モデルを,reduced S-system モデルと呼ぶ.次に遺伝子ネットワークの reduced S-system モデルを効率的に同定するための新たな方法を提案する.最後に数値実験を通して,提案手法の有効性を示す.
• 遺伝子ネットワークのreduced S‐systemモデルの効率的同定法の提案
  木村周平; 佐藤昌直; 岡田(畠山)眞里子
  情報処理学会研究報告(Web), 2015年03月13日, 日本語
• クローバ葉脈黄化ウイルスがコードするP3N‐PIPOおよび新規タンパク質の発現機構
  薦田(萩原)優香; CHOI S. H; 佐藤昌直; 厚見剛; 阿部純也; 中原健二; 上田一郎; 内藤哲
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2015年03月10日, 日本語
• RNA‐seqによるMAPK‐WRKY経路下流の植物免疫関連遺伝子の探索
  安達広明; 佐藤昌直; 吉岡博文
  日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集, 2015年03月10日, 日本語
• RNA‐seqによるMAPK‐WRKY経路下流の免疫応答誘導機構の解析
  安達広明; 佐藤昌直; 吉岡博文
  日本植物生理学会年会要旨集, 2015年03月09日, 日本語
• バキュロウイルスゲノム人工合成系の確立
  石橋大樹; 佐藤昌直; 高ひとみ; 武内潤一; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2015年
  2015年 - 2015年
• ショウジョウバエ母性因子Mamoと遺伝学的に相互作用する因子の解析
  中村翔一; 塩田孝祐; 小林悟; 佐藤昌直; 向正則
  日本生化学会大会(Web), 2015年, 日本語
• 摂動に対するカイコ培養細胞株BmN4‐SID1のトランスクリプトーム変化とその情報を利用したネットワークモデリング
  佐藤昌直; 佐藤昌直; 門宏明; 徐剣; 李在萬; 笠嶋めぐみ; 鈴木誉保; 坪田拓也; 小林悟; 瀬筒秀樹; 日下部宜宏
  日本生化学会大会(Web), 2015年, 日本語
• 植物のmicroRNA‐標的mRNA間に1~3ケ所のミスマッチがある際の認識特異性に関する研究
  白谷公孝; 舛田さくら; 長田怜子; 唐戸俊介; 都筑正行; 佐藤昌直; 佐藤昌直; 渡邊雄一郎; 竹田篤史; 竹田篤史
  日本生化学会大会(Web), 2015年, 日本語
• 視(み)ることで識(し)る植物免疫応答
  別役重之; 加藤新平; 佐藤昌直; 浜田紗稀; 福田裕穂
  日本植物病理学会植物感染生理談話会論文集, 2014年07月28日, 日本語
• Lobe‐less RNAはポリコーム複合体と相互作用し,ショウジョウバエにおけるキノコ体の形態形成を制御している
  稲垣幸; 佐藤昌直; 中村奈月; 小林悟; 影山裕二
  日本RNA学会年会要旨集, 2014年07月23日, 日本語
• 植物exosome因子RRP44/DIS3が作用するRNA
  熊倉直祐; 大月陽路香; 佐藤昌直; 渡邊雄一郎
  日本RNA学会年会要旨集, 2014年07月23日, 日本語
• AcMNPV IE遺伝子発現のロバストネスを支えるIE遺伝子ネットワークと補償的相互作用
  小野慎子; 高ひとみ; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2014年03月09日, 日本語
• 非必須遺伝子の複数ノックアウトがBmNPV増殖に与える影響について
  高ひとみ; 小野慎子; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2014年03月09日, 日本語
• 非必須遺伝子の多重ノックアウトがBmNPV増殖に与える影響
  高ひとみ; 小野慎子; 佐藤昌直; 浅野眞一郎; 伴戸久徳
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年, 日本語
• カイコDNMT‐1(BmDNMT‐1)の生化学的特性と遺伝子転写制御における役割
  満留卓実; 門宏明; 佐藤昌直; 末次克行; 山本公子; 李志清; 徐剣, 祝力; LEE Jae M; 日下部宜宏; 益田篤
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2014年, 日本語
• ショウジョウバエPGCにおける母性転写因子Ovoの機能解析
  篠塚裕子; 佐藤昌直; 小林悟
  日本動物学会大会予稿集, 2013年08月12日, 日本語
• BmDnmt1,BmDnmt2,bMBDの機能阻害細胞におけるDNAのメチル化
  満留卓実; 門宏明; 佐藤昌直; 末次克行; 山本公子; 李志清; 徐剣, 祝力; 李在萬; 日下部宜宏
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2013年03月18日, 日本語
• カイコ分散型動原体染色体ループドメイン形成へのCTCF,CP190の関与
  益田篤; 佐藤昌直; 末次克行; 山本公子; 門宏明; 李在萬; 日下部宜宏
  日本蚕糸学会大会・蚕糸・昆虫機能学術講演会講演要旨集, 2013年03月18日, 日本語
• Lobe‐less RNAはショウジョウバエキノコ体の形態形成を介して学習・記憶を制御している
  稲垣幸; 佐藤昌直; 宮下知之; 中村奈月; 小林悟; 斉藤実; 影山裕二
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2013年, 日本語
• Side populationを指標にしたニジマス精原幹細胞の濃縮
  林誠; 佐藤昌直; 岩崎佳子; 小野澤健明; 長坂安彦; 定家咲子; 小林悟; 吉崎悟朗
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年, 日本語
• カイコ分散型動原体染色体におけるクロマチンループ形成とその役割
  益田篤; 佐藤昌直; 門宏明; LEE Jae Man; 日下部宜宏
  日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 2012年, 日本語
• サリチル酸,ジャスモン酸,エチレンのシグナル伝達を司る遺伝子の多重変異体の解析は,植物抵抗性メカニズムにおけるそれらの協調的影響を明らかにした
  津田賢一; 佐藤昌直; STODDARD Thomas; GLAZEBROOK Jane; 片桐文章
  日本植物病理学会報, 2009年08月25日, 日本語
• mRNA発現プロファイリングおよびネットワーク解析を基盤とした機能ゲノミクス
  佐藤昌直; LENARZ‐WYATT Lisa; HERNICK Charles; GLAZEBROOK Jane; 渡辺雄一郎; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2009年03月16日, 日本語
• 植物ホルモンの情報伝達を司る遺伝子の多重変異が植物の病原体抵抗性に与える影響
  津田賢一; 佐藤昌直; STODDARD Thomas; GLAZEBROOK Jane; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2009年03月16日, 日本語
• (403) 防御応答ネットワーク解析によって明らかになったサリチル酸を介したシグナル伝達とmicrobe-associated molecular patterns (MAMPs)認識後のシグナル伝達の相互阻害(平成20年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  佐藤 昌直; 津田 賢一; Glazebrook Jane; 渡辺 雄一郎; 片桐 文章
  日本植物病理學會報, 2008年08月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2008年08月25日 - 2008年08月25日
• MAMPによって誘導される防御応答におけるSAシグナリングの重要性
  津田賢一; 佐藤昌直; GLAZEBROOK Jane; COHEN Jerry; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2008年03月15日, 日本語
• シロイヌナズナの防御応答シグナル伝達のネットワークレベルでの解析
  佐藤昌直; 津田賢一; GLAZEBROOK Jane; 渡辺雄一郎; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2008年03月15日, 日本語
• (283) 初期遺伝子発現プロファイルからのバクテリア増殖のモデル化および防御応答マーカー遺伝子の探索(平成19年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  佐藤 昌直; Lenarz-Wtatt Lisa; 渡辺 雄一郎; 片桐 文章
  日本植物病理學會報, 2007年08月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2007年08月25日 - 2007年08月25日
• 遺伝子発現プロファイリングによる,シロイヌナズナのPseudomonas syringae hrcC変異体に対する防御応答解析
  津田賢一; 佐藤昌直; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2007年03月15日, 日本語
• シロイヌナズナのPseudomonas syringaeに対する防御応答を制御するシグナル伝達ネットワークの解析
  佐藤昌直; LENARZ‐WYATT Lisa; 渡辺雄一郎; 片桐文章
  日本植物生理学会年会要旨集, 2007年03月15日, 日本語
• シロイヌナズナのPseudomonas syringaeに対する防御応答を制御するシグナル伝達ネットワークの解析
  佐藤 昌直; Lenarz-Wyatt Lisa; 渡辺 雄一郎; 片桐 文章
  日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2007年, 日本植物生理学会, 英語
  2007年 - 2007年, 植物の病原体感染に対する防御応答シグナル伝達ネットワークの解明は以下の理由で困難であった。1）防御応答に関わるシグナル伝達経路群は高度にクロストークしており、それぞれに対する単独の観察では全体の挙動が把握できない。2）PAMPsやエフェクターなどの多数の因子が病原体感染時には同時に、あるいは経時的に植物の防御応答を誘導する。3）防御応答シグナル伝達ネットワークの一部は遺伝子変異などの妨害に対しロバストであり、詳細なシステムの挙動解析が必要である。これらを克服し、防御応答シグナル伝達ネットワークの構造と機能を明らかにするために、我々は定量的かつ多数のパラメーターについて平行したデータ収集を基盤とした方策をとっている。防御応答シグナル伝達ネットワークに対する撹乱（例 遺伝子変異・欠失）を導入後にシステムの挙動に関する観察を行い、防御応答シグナル伝達ネットワークのモデルを構築するのが目的である。そのため、我々は定量性、再現性が高く、低コストのカスタムマイクロアレイを開発し、逆遺伝学と遺伝子発現プロファイリングを組み合わせたシグナル伝達因子スクリーニングを開始した。既知の変異体を用いた解析から防御応答シグナル伝達ネットワークにおける各遺伝子の相対関係モデルや病原体からの別個の防御応答誘導因子によって活性化される共通シグナル伝達経路、およびそれを制御する鍵遺伝子が明らかになっている。
• 遺伝子発現プロファイリングによる、シロイヌナズナの Pseudomonas syringae hrcC 変異体に対する防御応答解析
  津田 賢一; 佐藤 昌直; 片桐 文章
  日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集, 2007年, 日本植物生理学会, 英語
  2007年 - 2007年, 植物は病原体感染時に多くの遺伝子発現を変化させ、防御応答を行う。病原細菌 Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 (Pst DC3000) の hrcC 変異体はタイプIII分泌機構に変異を持ち、タイプIIIエフェクターを植物細胞に導入することができない。従って、 hrcC 変異体の感染によって誘導される植物の大部分の防御応答は、 pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) の認識によって起こると考えられる。植物はタイプIIIエフェクターを認識し、サリチル酸を介した防御応答を誘導することが知られている。しかし、 PAMPs がサリチル酸を介した防御応答を誘導するかどうかについてはわかっていない。そこで我々は、 Pst DC3000 hrcC 接種後、いくつかのシロイヌナズナ防御関連遺伝子の変異体の遺伝子発現プロファイルを、カスタムマイクロアレイを用いて解析した。その結果、 Pst DC3000 hrcC によって誘導されるいくつかの遺伝子は、病原体感染時のSA合成に必須である ICS1 遺伝子依存的であることがわかった。この結果は、PAMPsによってサリチル酸を介した防御応答が誘導されることを強く示唆している。また、その他の変異体における遺伝子発現プロファイル解析も紹介し、シロイヌナズナの基礎抵抗性メカニズムについて考察する。
• ウイルス感染からみた植物免疫
  渡邊雄一郎; 稲葉直子; 滝澤真理; 佐藤昌直
  日本生体防御学会学術総会講演抄録集, 2007年, 日本語
• (212) シロイヌナズナー病原体相互作用大規模解析用マイクロアレイ"Arabidopsis Pathoarray"の開発(平成18年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  佐藤 昌直; Mitra Raka M.; Poecke Remco M. van; Collar John; Glazebrook Jane; 片桐 文章
  日本植物病理學會報, 2006年11月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2006年11月25日 - 2006年11月25日
• シロイヌナズナ‐病原体相互作用大規模解析用マイクロアレイ“Arabidopsis Pathoarray”の開発
  佐藤昌直; MITRA Raka M; VAN POECKE Remco M; COLLER John; GLAZEBROOK Jane; 片桐文章
  日本植物病理学会報, 2006年11月25日, 英語
• (347) GFPでタグしたクローバー葉脈黄化ウイルスを用いたエンドウ抵抗性の解析(平成17年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  Andrade M.; 佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2005年08月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2005年08月25日 - 2005年08月25日
• (293)エンドウにおける抵抗性を打破するクローバー葉脈黄化ウイルスの分離(平成16年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  Andrade M.; Yambao M. L. M.; 佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2004年08月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2004年08月25日 - 2004年08月25日
• (7)幾つかのエンドウ品種にみられるクローバー葉脈黄化ウイルス(C1YVV)に対する劣性一因子による抵抗性(北海道部会講演要旨)(平成15年度地域部会講演要旨)
  Andrade M.; 佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2004年02月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2004年02月25日 - 2004年02月25日
• (6)クローバー葉脈黄化ウイルス(C1YVV)のHC-Pro遺伝子点変異による病微の軽減(北海道部会講演要旨)(平成15年度地域部会講演要旨)
  Yambao M. L. M.; 佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2004年02月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2004年02月25日 - 2004年02月25日
• (5)クローバー葉脈黄化ウイルス(C1YVV)感染エンドウでの病徴決定因子の遺伝的解析(北海道部会講演要旨)(平成15年度地域部会講演要旨)
  加賀谷 羽衣子; 佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2004年02月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2004年02月25日 - 2004年02月25日
• (427)クローバー葉脈黄化ウイルスゲノム病原性決定領域のファインマッピング(平成15年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  Yambo M. L. M.; 佐々木 亨; 上田 一郎; 佐藤 昌直; 関口 博史; 八木橋 悠; 高橋 葉子
  日本植物病理學會報, 2003年08月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2003年08月25日 - 2003年08月25日
• (426)クローバー葉脈黄化ウイルス(C1YVV)感染に対するエンドウ品種間の応答比較(平成15年度日本植物病理学会大会講演要旨)
  佐藤 昌直; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2003年08月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2003年08月25日 - 2003年08月25日
• (8)ClYVV-MM分離株と野生株のキメラを用いた病徴発現解析
  Yambao M.L.M.; 佐々木 亨; 上田 一郎; 佐藤 昌直; 関口 博史; 八木橋 悠; 高橋 葉子
  日本植物病理學會報, 2003年02月25日, 日本植物病理学会, 英語
  2003年02月25日 - 2003年02月25日, Wild type Clover yellow vein virus (ClYVV) induces severe necrosis in broad bean plants. A spontaneous mutant (MM) that induces mosaic symptoms with replication efficiency similar to wild type was isolated. To determine the domain in the viral genome involve in necrosis induction, cDNAs to genomic RNA of MM mutant were exchanged with corresponding wild type fragment. Three chimeric clones, pClYVV/CN, pClYVV/NS and pClYVV/SS were made and inoculated to broad beans. Symptom severity was scored and viral accumulation was measured by western blot. pClYVV/NS and pClYVV/SS induced symptoms essentially the same as the wild type. Viral accumulation in broad beans after inoculation of these constructs are also similar to the wild type. On the other hand, pClYVV/CN containing the C-terminal P1 to N-terminal P3 of MM caused a drastic symptom change to mild chlorosis with debilitated infectivity. Sequence analysis of this MM regions showed amino acid substitutions at P1 (E182G), HCPro (T27I, I33V, R51I, D193Y, L327Q, V393I) and P3 (N122S). These results indicate that the ability to induce necrosis and the control of viral accumulation are mapped in the C-terminal P1 to N-terminal P3 region of ClYVV.
• (6)レポーター遺伝子を用いたJolandaのClYVV抵抗性の解析
  佐藤 昌直; 増田 税; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2003年02月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2003年02月25日 - 2003年02月25日, インゲンマメ品種Jolandaはクローバー葉脈黄化ウイルス(ClYVV)に対して抵抗性を示す.我々はgreen fluorescent protein(GFP,C3-S65T)を発現するpClYVV/C3-S65Tを構築し,その組み換えウイルスに対してもJolandaが抵抗性を示すことを確認した.pClYVV/C3-S65Tをパーティクルボンバードメントで導入した場合に感受性品種ではウイルス感染の進行と共にGFP蛍光は広がっていったが,Jolandaでは全く観察されなかった.この結果から,1細胞レベルで抵抗性が発揮されていることが明らかになった.次に感染性が失われた欠失クローンpClYVVΔSac/Gを大正金時およびJolandaに導入したところ両者でGFP蛍光は観察されたが,JolandaでのGFP蛍光発現に遅れが見られた.この遺伝子発現の遅れが感受性・抵抗性に関与するかを解析するために,ClYVVの非翻訳領域(NTR)とホタル由来のルシフェラーゼを連結した発現ベクターpClnLを用いた.このルシフェラーゼを用いた解析から,Jolandaの抵抗性とClYVVのNTRによる発現制御は無関係であることが判明した.
• (225)インゲンマメ品種Jolandaのクローバー葉脈黄化ウイルス(C1YVV)抵抗性の遺伝的背景(平成14年度 日本植物病理学会大会講演要旨)
  佐藤 昌直; 増田 税; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2002年08月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2002年08月25日 - 2002年08月25日
• (88)インゲンマメのクローバー葉脈黄化ウイルス抵抗性を打破する変異ウイルスの解析
  佐藤 昌直; 増田 税; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 2001年08月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2001年08月25日 - 2001年08月25日
• クローバー葉脈黄化ウイルス発現ベクターの改良と外来遺伝子発現の安定性(北海道部会講演要旨)
  王 振東; 上田 一郎; 上田 重文; 関口 博史; 高橋 葉子; 佐藤 昌直
  日本植物病理學會報, 2000年12月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  2000年12月25日 - 2000年12月25日
• (21) クローバー葉脈黄化ウイルス感染のGreen Fluorescent Protein (GFP)によるモニタリング (北海道部会講演要旨)
  佐藤 昌直; 増田 税; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 1999年12月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  1999年12月25日 - 1999年12月25日
• マメ科植物での高発現植物ウイルスベクターの構築
  山名利一; 増田税; 高橋葉子; 佐藤昌直; 松村健; 上田一郎
  日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集, 1999年07月22日, 日本語
• (250) ウイルスベクター構築とマメ科植物での外来遺伝子の高発現 (平成11年度 日本植物病理学会大会)
  山名 利一; 増田 税; 高橋 葉子; 佐藤 昌直; 松村 健; 上田 一郎
  日本植物病理學會報, 1999年06月25日, 日本植物病理学会, 日本語
  1999年06月25日 - 1999年06月25日

• 大学院共通授業科目（一般科目）：自然科学・応用科学, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• バイオテクノロジー学特論, 2024年, 修士課程, 農学院
• バイオテクノロジー学特論演習, 2024年, 修士課程, 農学院
• 応用分子生物学特論, 2024年, 修士課程, 農学院
• 応用分子生物学特論演習, 2024年, 修士課程, 農学院
• 応用分子昆虫学, 2024年, 学士課程, 農学部
• 応用生命科学実験, 2024年, 学士課程, 農学部
• 応用生命科学概論, 2024年, 学士課程, 農学部
• 基礎分子生物学, 2024年, 学士課程, 農学部
• 応用生命科学演習Ⅰ, 2024年, 学士課程, 農学部
• 農場実習, 2024年, 学士課程, 農学部

• 植物ウイルスおよびウイロイドによる宿主遺伝子の発現抑制機構に関する研究
  科学研究費助成事業
  2018年06月29日 - 2021年03月31日
  竹田 篤史; 佐藤 昌直
  本研究では、植物がウイルスやウイロイドを撃退する際に、これらの病原体のゲノムRNAから生じる小分子RNAが果たす役割を明らかにするための基盤の確立を目指した。今回、ウイルスおよびウイロイド由来の小分子RNAを取り込むことが知られているAGO1およびAGO2タンパク質に着目して研究を実施した。本研究の主な成果は、「（１）植物において、AGO1-小分子RNA複合体が標的mRNAを決定する際のG:U wobble結合の役割を明らかにしたこと」と、「（２）植物において、AGO2-小分子RNA複合体の標的mRNA決定機構を解析するためのアッセイ系を確立したこと」の二点である。
  日本学術振興会, 挑戦的研究(萌芽), 立命館大学, 18K19219
• バキュロウイルス増殖戦略研究の新展開：非必須遺伝子群に秘められた必須性の解明
  科学研究費助成事業
  2015年04月01日 - 2018年03月31日
  伴戸 久徳; 佐藤 昌直; 高 ひとみ; 石橋 大樹; 原田 直人; 斎藤 諒
  本研究では非必須遺伝子群に潜む必須性を指標に抽出した非必須遺伝子セットを対象に、非必須遺伝子の相互作用と重要性について解析を進め、それらの集合体としての重要性を確認すると共に、遺伝子間相互作用に関する新たな知見を得た。さらに、ウイルス増殖機構の理解に不可欠な遺伝子間相互作用の詳細な解析進めると共に、ここで得られた知見を基にした論理的デザインに基づくBmNPVベクターの再構築を行うために、ギブソンアッセンブリ法を利用してBmNPVゲノム人工合成（再構築）システムを確立した。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 北海道大学, 15H04608
• 昆虫分散型動原体の形成と制御の分子基盤
  科学研究費助成事業
  2014年04月01日 - 2018年03月31日
  日下部 宜宏; 佐藤 昌直
  鱗翅目昆虫は、分散型動原体と呼ばれる特異な染色体を持つことが知られている。本研究では、分散型動原体形成の分子基盤を明らかにするとともに、遺伝子ネットワーク解析から、新たに６つのカイコに特異な動原体遺伝子を見出した。またその成果と、複製関連遺伝の解析結果をもとに、DNA複製因子と動原体タンパク質を結合させることで機能する初期型の人工染色体を合成した。
  一方、ゲノムワイドな遺伝子発現制御とクロマチン構造の分子基盤については、特に、ヒストンのアセチル化、脱アセチル化酵素に着目し、これら遺伝子について機能阻害実験などを行った結果、カイコでは、HDAC8が非常に重要な働きを担っていることを明らかにした。
  日本学術振興会, 基盤研究(A), 九州大学, 26252057
• バキュロウイルス個体適応性の機能ゲノミクス
  科学研究費助成事業
  2015年04月01日 - 2017年03月31日
  伴戸 久徳; 浅野 眞一郎; 佐藤 昌直
  カイコバキュロウイルス（BmNPV)分離株(H4)と標準株(T3)のゲノム塩基配列の類似性は98％と非常に高いが、H4はカイコ個体での増殖に高度に適応した系統である。T3とH4のキメラウイルスを作製し、ウイルス増殖と外来遺伝子発現に与える影響を調査した。その結果、gp64の構造の違いが、T3とH4の個体での増殖特性の違いに大きく関わっていること、H4のGP64に認められる6カ所のアミノ酸変異のうち、少なくとも2カ所の変異がウイルスの個体増殖能と外来遺伝子の発現効率に大きく影響を及ぼすことが明らかとなった。以上の結果は、GP64の構造を標的としたBmNPVベクター改良の可能性を示すものであった。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 15K14891
• 植物Small RNAの特異性とウイルスの病原性に関する研究
  科学研究費助成事業
  2015年04月01日 - 2017年03月31日
  竹田 篤史; 佐藤 昌直
  ウイルスが植物に感染すると、RNAサイレンシング機構による抵抗性反応が引き起こされる。この際、大量に生じるウイルス由来小分子RNA (vsiRNA)が主にAGO1に取り込まれた後に、配列特異的なRNAの分解が起こる。本研究では、AGO1-vsiRNA複合体の配列特異性を明らかにし、ウイルス感染時にウイルスRNA以外のどのmRNAが副次的に分解されているのかを予測できるようにすることを目指した。本研究の結果から、これまで詳細に解析されていなかった植物AGO1の特異性決定機構の一部が明らかとなり、植物ウイルス感染時の遺伝子発現抑制におけるvsiRNAの役割を評価することが可能となった。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 立命館大学, 15K14665
• 種間遺伝学的相互作用解析法の確立と宿主-微生物相互作用研究への適用
  科学研究費助成事業
  2015年04月01日 - 2017年03月31日
  佐藤 昌直
  微生物・宿主は感染する・感染される生物として互いに影響を及ぼしながら進化してきた。その進化過程で両者が感染に関わる分子メカニズムを幾重にも変化させ、結果としてそれぞれが複雑な遺伝子ネットワークを構築していると考えられる。このような複雑な宿主-微生物相互作用を解明するには、宿主-微生物相互作用に関わる両者の遺伝子ネットワーク、そして両者の遺伝子ネットワークの相互作用ダイナミクスを理解する必要がある。
  本研究では網羅的な大腸菌の遺伝子破壊株プールと遺伝学的に阻害を導入したショウジョウバエの組合せで種の間での遺伝子間相互作用をハイスループットに、且つen masse（一度に）解析する系を確立した。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 15K14437
• ウイルス・宿主共存機構：宿主個体群構造ダイナミクスの生理生態学的・数理学的解析
  科学研究費助成事業
  2014年04月01日 - 2017年03月31日
  植木 尚子; 佐藤 昌直; 中山 奈津子; 東 藍子; 小橋 理絵子
  赤潮原因藻ヘテロシグマと大型二本鎖DNAウイルスHeterosigma akashiwo virus (HaV)をモデルとし、HaVに対して異なる感染応答を示す宿主混合個体群へのウイルス感染進行の過程を解析を目的として研究を行った。本研究により、HaV全長遺伝子配列を解読し、他の大型二本鎖DNAウイルスとの比較解析により、進化的・分類学的知見を得た。また、ヘテロシグマのウイルス感染への応答は、宿主遺伝子型のみではなく、宿主に随伴する細菌の種類に依存することが明らかとなった。本研究は、予定とは異なる方向に進展したが、今後のヘテロシグマおよびHaV研究の進展の基盤となる成果を上げたと考えている。
  日本学術振興会, 基盤研究(B), 岡山大学, 26291092
• バキュロウイルスゲノム人工合成系の確立と新規遺伝子解析用ウイルスベクターの開発
  科学研究費助成事業
  2013年04月01日 - 2015年03月31日
  伴戸 久徳; 佐藤 昌直
  本研究の第一の目的は、DNA断片からバキュロウイルスゲノムを人工合成する技術を確立することであり、これは多様な分野で利用されているバキュロウイルスの遺伝子構造を改変して、その有用性を高め、更なる高次利用を展開するためには不可欠な技術である。本研究ではまず、カイコバキュロウイルスゲノムDNA(BmNPV/bacmid)に酵母での複製起点（Yori）を導入し、大腸菌および酵母で複製可能であるBmNPVゲノムを作出した。次に、Yoriを含むBmNPVゲノム全域をカバーする21DNA断片を大腸菌にクローニングし、これらの断片を酵母細胞内に導入して、連結させることに成功した。
  日本学術振興会, 挑戦的萌芽研究, 北海道大学, 25660260
• システムバキュロウイルス学の幕開け －タンパク質超発現システムの解明と再構築－
  科学研究費助成事業
  2010年04月01日 - 2014年03月31日
  伴戸 久徳; 日下部 宜宏; 佐藤 昌直
  バキュロウイルスのタンパク質高発現に関わる遺伝子間相互作用解析にシステムバイオロジーを導入し、遺伝子欠失ウイルスを用いてウイルス遺伝子（40遺伝子）間ネットワークのモデル構築を行うとともに、複雑な遺伝子間相互作用の存在を明らかにした。また、複数遺伝子欠失ウイルスを用いて、最初期遺伝子間のネットワークを解明し、ウイルス遺伝子ネットワークの最上流を操作するための基盤を確立した。さらに、ウイルスベクターからのタンパク質発現に関わる新規宿主因子を同定した。
  日本学術振興会, 基盤研究(A), 北海道大学, 22248003
• 不妊を引き起こす生殖細胞発生異常のシステム解析
  科学研究費助成事業
  2011年 - 2013年
  佐藤 昌直
  生殖細胞発生に関わる因子および様々な細胞内シグナル伝達因子をショウジョウバエ、カイコでの遺伝子発現情報や遺伝子間相互作用情報、進化的な保存性も加味して選抜し、カイコ培養細胞BmN4を用いてシグナル伝達ネットワークモデルを構築した。得られたモデルはショウジョウバエで生殖細胞発生に関わる遺伝子がハブとなるネットワークトポロジーを示した。また、機能未知の不妊の原因遺伝子の生殖細胞での役割、これまで体細胞でしか機能が知られていなかった遺伝子の生殖細胞におけるシグナル伝達制御機能をこのモデルから推定することができた。
  日本学術振興会, 若手研究(B), 基礎生物学研究所, 23710237
• ショウジョウバエ卵巣/精巣におけるGSC/ニッチ・システムの解明
  科学研究費助成事業
  2008年 - 2012年
  小林 悟; 浅岡 美穂; 林 良樹; 佐藤 昌直; 北舘 祐; 阿部 訓也
  本研究は、GSC/ニッチ・システムを構成するGSC、ニッチ細胞、ニッチの場の形成機構の解明を目標とする。本研究では、1)ニッチ細胞が合成する細胞外マトリックスの主要な構成分子であるヘパラン硫酸プロテオグリカン(HSPG)が、GSC 維持に必要な細胞増殖因子を保持するニッチの場を形成すること、2)ニッチ細胞の形成にNotch、Sevenless、Egfr シグナル伝達経路が関与すること、3)GSC の性差や生殖細胞としての性質を獲得するために必要な遺伝子を同定した。
  日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 20116002