研究者基本情報

• 博士（農学）, 京都大学, 2004年03月

• https://researchmap.jp/read0150035

• https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201001086285539430
• https://sgd.sci.hokudai.ac.jp
• https://sgd.sci.hokudai.ac.jp/english-home.html

• 201001086285539430

• ゲノム進化
• エピジェネティクス
• 環境ストレス
• トランスポゾン
• evolution
• epigenetics
• stress
• transposon

• ライフサイエンス, 植物分子、生理科学
• ライフサイエンス, 遺伝学

• 学士課程, 理学部
• 修士課程, 生命科学院
• 博士課程, 生命科学院

研究活動情報

• 2024年02月, 北海道大学, 令和5年度 教育研究総長表彰
  伊藤 秀臣
• 2022年09月, 日本遺伝学会, 日本遺伝学会第94回大会Best Paper賞
  DDR複合体による熱活性型レトロトランスポゾンの制御機構
  牛小蛍;陳露;加藤敦之;伊藤秀臣, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞, 日本国
• 2021年09月, 日本遺伝学会, GGS PRIZE 2021
  ONSEN shows different transposition activities in RdDM pathway mutants
  Yui Hayashi;Kanako Takehira;Kosuke Nozawa;Takamasa Suzuki;Yukari;Masuta;Atsushi Kato;Hidetaka Ito, 学会誌・学術雑誌による顕彰, 日本国
• 2021年08月, 日本遺伝学会, 2021年度日本遺伝学会奨励賞
  環境ストレス活性型トランスポゾンの研究
  伊藤 秀臣, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞, 日本国
• 2010年09月, 日本遺伝学会, 日本遺伝学会第82回大会Best Paper賞
  siRNA pathway control transgenerational transposition of heat activated retrotransposon in Arabidopsis
  伊藤 秀臣, 国内学会・会議・シンポジウム等の賞, 日本国

• Heat-responsive ONSEN long terminal repeats integrate heat shock factor motifs, DNA methylation and natural sequence variation in Arabidopsis
  Baibhav R. Barbaruah; Rahmadani P. Airlangga; Hidetaka Ito
  Biology Open, 2026年08月21日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• RHE1 is associated with short-day-induced hypocotyl elongation, peroxisomal ROS homeostasis, and m 6A-dependent RNA stability in Arabidopsis
  Yibin Lin; Yijun Meng; Hidetaka Ito
  Plant and Cell Physiology, Oxford University Press (OUP), 2026年07月28日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  Plants dynamically adjust growth in response to short-day (SD) conditions while maintaining reactive oxygen species (ROS) homeostasis across cellular compartments. However, how light signaling is coupled to organelle-specific redox regulation remains poorly understood. Here, we identify the peroxisomal Mpv17/PMP22 family protein REGULATOR OF ROS-MEDIATED HYPOCOTYL ELONGATION 1 (RHE1) as a regulator of short-day-induced hypocotyl elongation and ROS homeostasis in Arabidopsis thaliana. RHE1 expression is associated with a light-responsive G-box element bound by HY5 and shows a strong positive relationship with N6-methyladenosine (m6A) enrichment. Environmental stresses that elevate inferred m6A levels increase RHE1 transcript abundance and stability, whereas short-day conditions reduce m6A enrichment and decrease RHE1 expression. Loss of RHE1 results in enhanced hypocotyl cell elongation and elevated ROS accumulation specifically under short-day conditions, indicating that RHE1 constrains growth through peroxisomal redox regulation. Furthermore, RHE1 transcript levels correlate with the m6A reader ECT2, and published binding datasets support direct association of ECT2 with RHE1 mRNA. Together, these findings reveal a multilayered regulatory mechanism in which HY5-associated transcription and m6A-dependent RNA stabilization converge on RHE1 to coordinate SD-dependent growth with peroxisomal ROS homeostasis. This study uncovers a previously unrecognized connection between SD signaling, epitranscriptomic regulation, and organelle-specific redox control.
• Gene-body methylation conservation is associated with volatile-induced transcriptional responsiveness in Arabidopsis thaliana
  Baibhav R. Barbaruah; Yuga Harada; Hidetaka Ito
  Plant Gene, 47, 100602, 100602, Elsevier BV, 2026年07月15日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, 50683450
• Ecotype-specific sensitivity to DNA methylation inhibitors in Arabidopsis cmt3 mutants
  Xin Sun; Guo Du; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Molecular Genetics and Genomics, 2026年05月20日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• A short trans-2-hexenal pulse primes freezing tolerance and a cold-response transcriptome in Arabidopsis thaliana
  Baibhav R. Barbaruah; Hidetaka Ito
  Gene, 987, 150032, 150032, Elsevier BV, 2026年04月15日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, 50683450
• Natural variation uncouples HSFA2 induction from volatile-induced thermotolerance in Arabidopsis thaliana
  B. R. Barbaruah; S. Feng; S. Chen; H. Ito
  Plant Molecular Biology, 2026年03月26日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, 50683450
• Volatile Organic Compounds Prime Heat Tolerance Through Chromatin-Dependent Heat Shock Pathways in Arabidopsis
  Baibhav Raj Barbaruah; Shuo Feng; Hidetaka Ito
  Plant and Cell Physiology, 67, 6, 1037, 1051, Oxford University Press (OUP), 2026年02月28日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Abstract
  
  Volatile organic compounds (VOCs) can prime plants for improved survival under heat stress, yet how chromatin regulation shapes VOC-triggered heat-shock responses remains unclear. Here, we analyzed heat and VOC responses in Arabidopsis thaliana Col-0 and the epigenetic mutants ddm1, nrpd1, suvh456 and hda6. In a seven-VOC screen, heat and multiple VOCs induced HSFA2, with trans-2-hexenal (T2H) among the most consistent inducers. Although ddm1 and hda6 showed reduced HSFA2 induction under heat, VOC induction remained strong, indicating that volatile signaling can partially re-balance heat-dependent regulation. Priming with the VOC panel increased survival after lethal heat across genotypes, and phenotype scoring (Healthy/Affected/Dead) revealed genotype-dependent outcome shifts, including a stronger T2H-driven enrichment of Healthy seedlings in hda6. Expression profiling of HSFA1a-e regulators and the downstream chaperone HSP101 indicated intact pathway competence, while revealing quantitative rewiring in hda6. RNA-seq showed that T2H activates a programme that is distinct from, but partially overlaps with, the heat response, combining a shared stress core with VOC-biased signaling and reactive oxygen species (ROS)-related modules that are amplified in hda6. Finally, analysis of public ChIP-seq datasets linked altered promoter enrichment of active marks (H3Ac and H3K4me2), particularly at HDA6-bound promoters, to basal transcript output and uneven tuning of VOC- and heat/ROS-responsive loci. Together, these results support a model in which chromatin regulation tunes both the basal state and inducibility of VOC-responsive stress networks, thereby shaping VOC-primed thermotolerance., 50683450
• The transposition of a heat-activated retrotransposon ONSEN resulted in changes in the hypocotyl elongation.
  Ryu Hasegawa; Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 2025年01月25日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, In our study, we aimed to identify new mutants resulting from ONSEN transposition in Arabidopsis thaliana by subjecting nrpd1 mutants to heat stress. We isolated a mutant with a significantly elongated hypocotyl, named "Long hypocotyl in ONSEN inserted line 1" (HYO1). This phenotype was heritable, with progeny consistently displaying longer hypocotyls than the wild type. Genetic analysis revealed that this trait was due to a single recessive mutation. Further mapping and sequencing identified the insertion of ONSEN in the HY2 gene, a crucial regulator of hypocotyl elongation. The insertion disrupted HY2 transcription, as confirmed by quantitative PCR, leading to the observed phenotype. To assess the influence of the nrpd1 background, we generated lines backcrossed twice to wild-type Col-0, and the results were consistent with those observed in the original mutant lines. Furthermore, we examined the effect of HY2 and HYO1 mutations on flowering time by analyzing the expression levels of FT. The hyo1 mutant exhibited earlier flowering compared to both the wild type and nrpd1 mutants, with increased FT expression levels. This research underscores the significant impact of ONSEN transposition on gene function and phenotypic variation in Arabidopsis thaliana, providing new insights into the mutagenic potential of transposons and their role in shaping plant traits.
• Centrophilic retrotransposon integration via CENH3 chromatin in Arabidopsis
  Sayuri Tsukahara; Alexandros Bousios; Estela Perez-Roman; Sota Yamaguchi; Basile Leduque; Aimi Nakano; Matthew Naish; Akihisa Osakabe; Atsushi Toyoda; Hidetaka Ito; Alejandro Edera; Sayaka Tominaga; Juliarni; Kae Kato; Shoko Oda; Soichi Inagaki; Zdravko Lorković; Kiyotaka Nagaki; Frédéric Berger; Akira Kawabe; Leandro Quadrana; Ian Henderson; Tetsuji Kakutani
  Nature, Springer Science and Business Media LLC, 2025年01月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• Regulatory mechanism of heat-active retrotransposons by the SET domain protein SUVH2
  Xiaoying Niu; Zhiyu Ge; Hidetaka Ito
  Frontiers in Plant Science, 15, frontiers, 2024年02月08日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Regulatory mechanism of a heat-activated retrotransposon by DDR complex in Arabidopsis thaliana
  Xiaoying Niu; Lu Chen; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Frontiers in Plant Science, 13, Frontiers Media SA, 2022年12月21日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The RNA-directed DNA methylation (RdDM) pathway plays an essential role in the transposon silencing mechanism; the DDR complex, consisting of DRD1, DMS3, and RDM1, is an essential component of the RdDM pathway. ONSEN, identified in Arabidopsis, is a retrotransposon activated by heat stress at 37°C; however, studies on the regulation of ONSEN are limited. In this study, we analyzed the regulation of ONSEN activity by the DDR complex in Arabidopsis. We elucidated that loss of any component of the DDR complex increased ONSEN transcript levels. Transgenerational transposition of ONSEN was observed in the DDR-complex mutants treated with heat stress for 48 h. Furthermore, the DDR complex components DRD1, DMS3, and RDM1 played independent roles in suppressing ONSEN transcription and transposition. Moreover, we found that the duration of heat stress affects ONSEN activity. Therefore, the results of this study provide new insights into the retrotransposon regulatory mechanisms of the DDR complex in the RdDM pathway.
• Environmental stress and transposons in plants
  Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 97, 4, 169, 175, Genetics Society of Japan, 2022年08月04日, ［査読有り］, ［招待有り］, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  研究論文（学術雑誌）
• Diversity and strategies of environmental stress-responsive transposons in plants.
  Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 97, 4, 167, 167, 2022年08月, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Epigenetic regulation of ecotype-specific expression of the heat-activated transposon ONSEN
  Kosuke Nozawa; Seiji Masuda; Hidetoshi Saze; Yoko Ikeda; Takamasa Suzuki; Hiroki Takagi; Keisuke Tanaka; Naohiko Ohama; Xiaoying Niu; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Frontiers in Plant Science, 13, Frontiers Media SA, 2022年07月18日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Transposable elements are present in a wide variety of organisms; however, our understanding of the diversity of mechanisms involved in their activation is incomplete. In this study, we analyzed the transcriptional activation of the ONSEN retrotransposon, which is activated by high-temperature stress in Arabidopsis thaliana. We found that its transcription is significantly higher in the Japanese ecotype Kyoto. Considering that transposons are epigenetically regulated, DNA methylation levels were analyzed, revealing that CHH methylation was reduced in Kyoto compared to the standard ecotype, Col-0. A mutation was also detected in the Kyoto CMT2 gene, encoding a CHH methyltransferase, suggesting that it may be responsible for increased expression of ONSEN. CHH methylation is controlled by histone modifications through a self-reinforcing loop between DNA methyltransferase and histone methyltransferase. Analysis of these modifications revealed that the level of H3K9me2, a repressive histone marker for gene expression, was lower in Kyoto than in Col-0. The level of another repressive histone marker, H3K27me1, was decreased in Kyoto; however, it was not impacted in a Col-0 cmt2 mutant. Therefore, in addition to the CMT2 mutation, other factors may reduce repressive histone modifications in Kyoto.
• The novel activity of Argonautes in intron splicing: A transcriptome-wide survey in plants
  Yijun Meng; Xiaoxia Ma; Jie Li; Hidetaka Ito; Krystyna Oracz; Jiahui Cai; Chaogang Shao
  Journal of Plant Physiology, 270, 153632, 153632, Elsevier BV, 2022年01月31日, ［査読有り］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The importance of the evolutionarily conserved Argonaute (AGO) proteins has been well recognized for their involvement in the RNA interference pathways. Recent discoveries in animals demonstrated that AGOs also participate in alternative splicing (AS). Motivated by the question whether the AGO proteins are also functional in RNA splicing in plants, we searched for the introns excised through an AGO-dependent manner in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana). RNA sequencing (RNA-seq) data analysis uncovered hundreds of the introns up- or down-regulated in the ago1 and ago4 mutants, respectively. For different genes, AGOs might play either a positive or a negative role in intron excision, which was further validated by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Some introns were specifically regulated by one of the AGO proteins, while some were regulated by both AGOs. Besides, a large portion of the AGO-dependent introns were organ-specifically regulated. RNA immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing (RIP-seq) revealed that both AGOs preferentially bound to the intronic regions, supporting their high intron binding affinities. Immunoprecipitation followed by mass spectrometry (IP-MS) was performed to identify the proteins potentially interacting with the two AGOs. Six novel interactors (two interacting with AGO1 and four with both AGOs) involved in mRNA binding were uncovered, which might facilitate AGO–intron recognition. Analysis of the RNA-seq data from the rice (Oryza sativa) ago18 mutants revealed that hundreds of the introns were expressed in an AGO18-dependent manner. In summary, our results point to the novel role of the plant AGOs in intron splicing, paving a way for further studies on the mechanisms underlying AGO-mediated RNA splicing.
• DNA methyltransferase CHROMOMETHYLASE3 prevents ONSEN transposon silencing under heat stress
  Kosuke Nozawa; Jiani Chen; Jianjun Jiang; Sarah M. Leichter; Masataka Yamada; Takamasa Suzuki; Fengquan Liu; Hidetaka Ito; Xuehua Zhong
  PLOS Genetics, 17, 8, e1009710, e1009710, Public Library of Science (PLoS), 2021年08月19日, ［査読有り］, ［責任著者］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, DNA methylation plays crucial roles in transposon silencing and genome integrity. CHROMOMETHYLASE3 (CMT3) is a plant-specific DNA methyltransferase responsible for catalyzing DNA methylation at the CHG (H = A, T, C) context. Here, we identified a positive role of CMT3 in heat-induced activation of retrotransposon ONSEN. We found that the full transcription of ONSEN under heat stress requires CMT3. Interestingly, loss-of-function CMT3 mutation led to increased CHH methylation at ONSEN. The CHH methylation is mediated by CMT2, as evidenced by greatly reduced CHH methylation in cmt2 and cmt2 cmt3 mutants coupled with increased ONSEN transcription. Furthermore, we found more CMT2 binding at ONSEN chromatin in cmt3 compared to wild-type accompanied with an ectopic accumulation of H3K9me2 under heat stress, suggesting a collaborative role of H3K9me2 and CHH methylation in preventing heat-induced ONSEN activation. In summary, this study identifies a non-canonical role of CMT3 in preventing transposon silencing and provides new insights into how DNA methyltransferases regulate transcription under stress conditions.
• DRD1, a SWI/SNF-like chromatin remodeling protein, regulates a heat-activated transposon in Arabidopsis thaliana
  Kanako Takehira; Yui Hayashi; Kosuke Nozawa; Lu Chen; Takamasa Suzuki; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 96, 3, 151, 158, Genetics Society of Japan, 2021年08月08日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• How to Activate Heat-Responsible Retrotransposon ONSEN in Brassicaceae Species.
  Hidetaka Ito
  Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2250, 189, 194, 2021年04月27日, ［査読有り］, ［招待有り］, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, A number of transposable elements are activated by environmental stress. A Ty1/copia-type retrotransposon named ONSEN is activated by heat stress in Brassicaceae species. A synthetic activation of the transposon is effective for the molecular breeding without genetic modification. Here, we described the detail procedure of heat treatment to activate ONSEN in Brassicaceae species.
• ONSEN shows different transposition activities in RdDM pathway mutants.
  Yui Hayashi; Kanako Takehira; Kosuke Nozawa; Takamasa Suzuki; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 95, 4, 183, 190, 2020年09月05日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Most transposable elements (TEs) are tightly regulated by epigenetic mechanisms such as DNA methylation. RNA-directed DNA methylation (RdDM) is a major control mechanism of TE silencing in plants. We analyzed the transposition activity of a heat-responsive retrotransposon, ONSEN, in Arabidopsis thaliana. Transgenerational transposition was observed in RdDM pathway-deficient mutants upon heat stress. The transposition frequency was higher in the mutants of the upstream processes, but lower in the mutants of the downstream steps, of RdDM. The transposition frequency was not associated with the number of extrachromosomal ONSEN copies. Constitutive heterochromatin of interphase nuclei was dispersed upon heat stress. The degree of decondensation was higher in the RdDM mutants than in wild-type plants subjected to heat stress. We discuss the possible role of RdDM in the regulation of ONSEN transposition upon heat stress., 11473815
• The RNA degradome: a precious resource for deciphering RNA processing and regulation codes in plants.
  Xiaoxia Ma; Xiaopu Yin; Zhonghai Tang; Hidetaka Ito; Chaogang Shao; Yijun Meng; Tian Xie
  RNA biology, 17, 9, 1223, 1227, 2020年09月, ［査読有り］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The plant RNA degradome was defined as an aggregate of the RNA fragments degraded from various biochemical pathways, such as RNA turnover, maturation and quality surveillance. In recent years, the degradome sequencing (degradome-seq) libraries became a rich storehouse for researchers to study on RNA processing and regulation. Here, we provided a brief overview of the uses of degradome-seq data in plant RNA biology, especially on non-coding RNA processing and small RNA-guided target cleavages. Some novel applications in RNA research area, such as in vivo mapping of the endoribonucleolytic cleavage sites, identification of conserved motifs at the 5' ends of the uncapped RNA fragments, and searching for the protein-binding regions on the transcripts, were also mentioned. More importantly, we proposed a model for the biologists to deduce the contributions of transcriptional and/or post-transcriptional regulation to gene differential expression based on degradome-seq data. Finally, we hope that the degradome-based analytical methods could be widely applied for the studies on RNA biology in eukaryotes.
• The effect of zebularine on the heat-activated retrotransposon ONSEN in Arabidopsis thaliana and Vigna angularis.
  Patwira Boonjing; Yukari Masuta; Kosuke Nozawa; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 95, 4, 165, 172, 2020年08月03日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, The Ty1/copia-like retrotransposon ONSEN is conserved among Brassica species, as well as in beans, including adzuki bean (Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi), which is one of the economically important crops in Japan. ONSEN has acquired a heat-responsive element that is recognized by plant heat stress defense factors, resulting in its transcription and the production of full-length extrachromosomal DNA under conditions with elevated temperatures. DNA methylation plays an important role in regulating the activation of this transposon in plants. Therefore, chemical inhibition of DNA methyltransferases has been utilized to study the effect of DNA methylation on transposon activation. To understand the effect of DNA methylation on ONSEN activation, Arabidopsis thaliana and adzuki bean seedlings were treated with zebularine, which is known to be an effective chemical demethylation agent. The results showed that ONSEN transcription levels were upregulated in zebularine-treated plants. Extrachromosomal DNA of ONSEN also accumulated in the treated plants., 11473817
• PmiRDiscVali: an integrated pipeline for plant microRNA discovery and validation.
  Dongliang Yu; Ying Wan; Hidetaka Ito; Xiaoxia Ma; Tian Xie; Tingzhang Wang; Chaogang Shao; Yijun Meng
  BMC genomics, 20, 1, 133, 133, 2019年02月13日, ［査読有り］, ［国際共著］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, BACKGROUND: MicroRNAs (miRNAs) constitute a well-known small RNA (sRNA) species with important regulatory roles. To date, several bioinformatics tools have been developed for large-scale prediction of miRNAs based on high-throughput sequencing data. However, some of these tools become invalid without reference genomes, while some tools cannot supply user-friendly outputs. Besides, most of the current tools focus on the importance of secondary structures and sRNA expression patterns for miRNA prediction, while they do not pay attention to miRNA processing for reliability check. RESULTS: Here, we reported a pipeline PmiRDiscVali for plant miRNA discovery and partial validation. This pipeline integrated the popular tool miRDeep-P for plant miRNA prediction, making PmiRDiscVali compatible for both reference-based and de novo predictions. To check the prediction reliability, we adopted the concept that the miRNA processing intermediates could be tracked by degradome sequencing (degradome-seq) during the development of PmiRDiscVali. A case study was performed by using the public sequencing data of Dendrobium officinale, in order to show the clear and concise presentation of the prediction results. CONCLUSION: Summarily, the integrated pipeline PmiRDiscVali, featured with degradome-seq data-based validation and vivid result presentation, should be useful for large-scale identification of plant miRNA candidates.
• MepmiRDB: a medicinal plant microRNA database.
  Dongliang Yu; Jiangjie Lu; Weishan Shao; Xiaoxia Ma; Tian Xie; Hidetaka Ito; Tingzhang Wang; Min Xu; Huizhong Wang; Yijun Meng
  Database : the journal of biological databases and curation, 2019, 2019年01月01日, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, MicroRNAs (miRNAs) have been recognized as a key regulator in plant development and metabolism. Recent reports showed that the miRNAs of medicinal plants not only act as a critical modulator in secondary metabolism but also had a great potential of performing cross-kingdom gene regulation. Although several plant miRNA repositories have been publicly available, no miRNA database specific for medicinal plants has been reported to date. Here, we report the first version of MepmiRDB (medicinal plant microRNA database), which is freely accessible at http://mepmirdb.cn/mepmirdb/index.html. This database accommodates thousands of miRNA candidates belonging to 29 medicinal plant species. The miRNA information on sequences, expression patterns and regulatory networks has been included in the functional modules of the database. Specifically, the 'Sequence' module provides the sequences of the mature miRNAs and their precursors, and the structure information of the precursors. Moreover, the processing and small RNA accumulation signals on the miRNA precursors are also included in the 'Sequence' module. The organ/growth condition-specific expression information of the mature miRNAs has been stored in the 'Expression' module. The 'Interaction' module offers the information of the degradome-validated miRNA-target pairs of eight plant species. The 'Search' module enables users to search for the miRNAs by plant species and miRNA families, or by sequences. All data in this database are available for download. Taken together, the functional modules of MepmiRDB ensure its importance and timeliness for mechanistic and functional studies on the medicinal plant miRNAs.
• Deciphering the non-coding RNA-level response to arsenic stress in rice (Oryza sativa).
  Zhonghai Tang; Min Xu; Hidetaka Ito; Jiahui Cai; Xiaoxia Ma; Jingping Qin; Dongliang Yu; Yijun Meng
  Plant signaling & behavior, 14, 9, 1629268, 1629268, 2019年, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Arsenic (As) contamination in subsoil and groundwater is a big problem, especially in many South-East Asian countries. As a staple crop growing under flooded condition in these areas, rice (Oryza sativa L.) becomes a big threat to human health through the food chain since As is highly accumulated in grains. Thus, reducing As accumulation in rice through molecular breeding and identification of rice varieties with low As content are the pressing issues. However, the current understanding on the molecular mechanism of As stress response is still limited for rice. In this study, we performed a comprehensive search for the As-responsive small RNAs (sRNAs) of rice. Briefly, 4,762 and 18,152 sRNAs were identified to be highly activated under As stress in roots and shoots respectively, while 14,603 and 8,308 sRNAs were intensively repressed by As treatment in roots and shoots, respectively. A number of the As-responsive sRNAs found their loci on tRNAs, rRNAs or long non-coding RNAs (lncRNAs). Interestingly, these loci preferentially distributed on the 5' halves of the tRNA, rRNA or lncRNA precursors. Among the above-identified As-responsive sRNAs, 252 Argonaute 1 (AGO1)-enriched sRNAs were extracted for target identification, resulting in 200 pairs of sRNA-protein-coding target interactions. Many targets are functionally involved in the development, stress response, reproduction, or lipid metabolism. Additionally, 56 lncRNAs were discovered to be targeted by nine AGO1-enriched sRNAs, indicating the potential involvement of these lncRNAs in As signaling. Taken together, our results could expand the understanding on the non-coding RNA-mediated As stress response in rice.
• Characterization of a heat-activated retrotransposon in Vigna angularis.
  Yukari Masuta; Akira Kawabe; Kosuke Nozawa; Ken Naito; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Breeding science, 68, 2, 168, 176, Japanese Society of Breeding, 2018年03月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Tracking microRNA Processing Signals by Degradome Sequencing Data Analysis.
  Dongliang Yu; Min Xu; Hidetaka Ito; Weishan Shao; Xiaoxia Ma; Huizhong Wang; Yijun Meng
  Frontiers in genetics, 9, 546, 546, 2018年, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Degradome sequencing (degradome-seq) was widely used for cleavage site mapping on the microRNA (miRNA) targets. Here, the application value of degradome-seq data in tracking the miRNA processing intermediates was reported. By adopting the parameter "signal/noise" ratio, prominent degradome signals on the miRNA precursors were extracted. For the 15 species analyzed, the processing of many miRNA precursors were supported by the degradome-seq data. We found that the supporting ratio of the "high-confidence" miRNAs annotated in miRBase was much higher than that of the "low-confidence." For a specific species, the percentage of the miRNAs with degradome-supported processing signals was elevated by the increment of degradome sampling diversity. More interestingly, the tissue- or cell line-specific processing patterns of the miRNA precursors partially contributed to the accumulation patterns of the mature miRNAs. In this study, we also provided examples to show the value of the degradome-seq data in miRNA annotation. Based on the distribution of the processing signals, a renewed model was proposed that the stems of the miRNA precursors were diced through a "single-stranded cropping" mode, and "loop-to-base" processing was much more prevalent than previously thought. Together, our results revealed the remarkable capacity of degradome-seq in tracking miRNA processing signals.
• Epigenetic regulation of a heat-activated retrotransposon in Cruciferous Vegetables
  Nozawa K; Kawagishi Y; Kawabe A; Sato M; Masuta Y; Kato A; Ito H
  Epigenomes, 1, 7, 7, 7, 2017年06月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, Transposable elements (TEs) are highly abundant in plant genomes. Environmental stress is one of the critical stimuli that activate TEs. We analyzed a heat-activated retrotransposon, named ONSEN, in cruciferous vegetables. Multiple copies of ONSEN-like elements (OLEs) were found in all of the cruciferous vegetables that were analyzed. The copy number of OLE was high in Brassica oleracea, which includes cabbage, cauliflower, broccoli, Brussels sprout, and kale. Phylogenic analysis demonstrated that some OLEs transposed after the allopolyploidization of parental Brassica species. Furthermore, we found that the high copy number of OLEs in B. oleracea appeared to induce transpositional silencing through epigenetic regulation, including DNA methylation. The results of this study would be relevant to the understanding of evolutionary adaptations to thermal environmental stress in different species.
• Characterization of a heat-activated retrotransposon in natural accessions of Arabidopsis thaliana.
  Seiji Masuda; Kosuke Nozawa; Wataru Matsunaga; Yukari Masuta; Akira Kawabe; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 91, 6, 293, 299, 2017年05月13日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Inducible Transposition of a Heat-Activated Retrotransposon in Tissue Culture.
  Yukari Masuta; Kosuke Nozawa; Hiroki Takagi; Hiroki Yaegashi; Keisuke Tanaka; Tasuku Ito; Hideyuki Saito; Hisato Kobayashi; Wataru Matsunaga; Seiji Masuda; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Plant & cell physiology, 58, 2, 375, 384, 2017年02月01日, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）, A transposition of a heat-activated retrotransposon named ONSEN required compromise of a small RNA-mediated epigenetic regulation that includes RNA-directed DNA methylation (RdDM) machinery after heat treatment. In the current study, we analyzed the transcriptional and transpositional activation of ONSEN to better understand the underlying molecular mechanism involved in the maintenance and/or induction of transposon activation in plant tissue culture. We found the transposition of heat-primed ONSEN during tissue culture independently of RdDM mutation. The heat activation of ONSEN transcripts was not significantly up-regulated in tissue culture compared with that in heat-stressed seedlings, indicating that the transposition of ONSEN was regulated independently of the transcript level. RdDM-related genes were up-regulated by heat stress in both tissue culture and seedlings. The level of DNA methylation of ONSEN did not show any change in tissue culture, and the amount of ONSEN-derived small RNAs was not affected by heat stress. The results indicated that the transposition of ONSEN was regulated by an alternative mechanism in addition to the RdDM-mediated epigenetic regulation in tissue culture. We applied the tissue culture-induced transposition of ONSEN to Japanese radish, an important breeding species of the family Brassicaceae. Several new insertions were detected in a regenerated plant derived from heat-stressed tissues and its self-fertilized progeny, revealing the possibility of molecular breeding without genetic modification.
• A Stress-Activated Transposon in Arabidopsis Induces Transgenerational Abscisic Acid Insensitivity.
  Hidetaka Ito; Jong-Myong Kim; Wataru Matsunaga; Hidetoshi Saze; Akihiro Matsui; Takaho A Endo; Yoshiko Harukawa; Hiroki Takagi; Hiroki Yaegashi; Yukari Masuta; Seiji Masuda; Junko Ishida; Maho Tanaka; Satoshi Takahashi; Taeko Morosawa; Tetsuro Toyoda; Tetsuji Kakutani; Atsushi Kato; Motoaki Seki
  Scientific reports, 6, 23181, 23181, 2016年03月15日, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• AtRBP1, which encodes an RNA-binding protein containing RNA-recognition motifs, regulates root growth in Arabidopsis thaliana.
  Takuhiro Shida; Ai Fukuda; Tamao Saito; Hidetaka Ito; Atsushi Kato
  Plant physiology and biochemistry : PPB, 92, 62, 70, 2015年07月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Role of the ACL2 locus in flower stalk elongation in Arabidopsis thaliana.
  Hiroaki Kato; Yoshibumi Komeda; Tamao Saito; Hidetaka Ito; Atsushi Kato
  Genes & genetic systems, 90, 3, 163, 74, 2015年, ［査読有り］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A small RNA mediated regulation of a stress-activated retrotransposon and the tissue specific transposition during the reproductive period in Arabidopsis.
  Wataru Matsunaga; Naohiko Ohama; Noriaki Tanabe; Yukari Masuta; Seiji Masuda; Namiki Mitani; Kazuko Yamaguchi-Shinozaki; Jian F Ma; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Frontiers in plant science, 6, 48, 48, 2015年, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genomic localization of AtRE1 and AtRE2, copia-type retrotransposons, in natural variants of Arabidopsis thaliana.
  Mari Yamada; Yumi Yamagishi; Masashi Akaoka; Hidetaka Ito; Atsushi Kato
  Molecular genetics and genomics : MGG, 289, 5, 821, 35, 2014年10月, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Control of transposable elements in Arabidopsis thaliana.
  Hidetaka Ito; Tetsuji Kakutani
  Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology, 22, 2, 217, 23, Kluwer Academic Publishers, 2014年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Overexpression of the TIR-X gene results in a dwarf phenotype and activation of defense-related gene expression in Arabidopsis thaliana.
  Hiroaki Kato; Tamao Saito; Hidetaka Ito; Yoshibumi Komeda; Atsushi Kato
  Journal of plant physiology, 171, 6, 382, 8, 2014年03月15日, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Plant Models of Transgenerational Epigenetic Inheritance
  Hidetaka Ito
  Transgenerational Epigenetics, 147, 161, Elsevier Inc., 2014年, ［査読有り］, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］
  英語, 論文集(書籍)内論文
• Evolution of the ONSEN retrotransposon family activated upon heat stress in Brassicaceae.
  Hidetaka Ito; Takanori Yoshida; Sayuri Tsukahara; Akira Kawabe
  Gene, 518, 2, 256, 61, 2013年04月15日, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Small RNAs and regulation of transposons in plants.
  Hidetaka Ito
  Genes & genetic systems, 88, 1, 3, 7, 2013年, ［査読有り］, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The effects of heat induction and the siRNA biogenesis pathway on the transgenerational transposition of ONSEN, a copia-like retrotransposon in Arabidopsis thaliana.
  Wataru Matsunaga; Akie Kobayashi; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Plant & cell physiology, 53, 5, 824, 33, 2012年05月, ［査読有り］, ［最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Small RNAs and transposon silencing in plants.
  Hidetaka Ito
  Development, growth & differentiation, 54, 1, 100, 7, 2012年01月, ［査読有り］, ［招待有り］, ［筆頭著者, 最終著者, 責任著者］, ［国内誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• An siRNA pathway prevents transgenerational retrotransposition in plants subjected to stress.
  Hidetaka Ito; Hervé Gaubert; Etienne Bucher; Marie Mirouze; Isabelle Vaillant; Jerzy Paszkowski
  Nature, 472, 7341, 115, 9, 2011年04月07日, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Ecotype-specific and chromosome-specific expansion of variant centromeric satellites in Arabidopsis thaliana.
  Hidetaka Ito; Asuka Miura; Kazuya Takashima; Tetsuji Kakutani
  Molecular genetics and genomics : MGG, 277, 1, 23, 30, 2007年01月, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• Genomic and genetic characterization of rice Cen3 reveals extensive transcription and evolutionary implications of a complex centromere.
  Huihuang Yan; Hidetaka Ito; Kan Nobuta; Shu Ouyang; Weiwei Jin; Shulan Tian; Cheng Lu; R C Venu; Guo-Liang Wang; Pamela J Green; Rod A Wing; C Robin Buell; Blake C Meyers; Jiming Jiang
  The Plant cell, 18, 9, 2123, 33, 2006年09月, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• A direct repeat sequence associated with the centromeric retrotransposons in wheat.
  Hidetaka Ito; Shuhei Nasuda; Takashi R Endo
  Genome, 47, 4, 747, 56, 2004年08月, ［査読有り］, ［筆頭著者］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）
• The genome sequence and structure of rice chromosome 1.
  Takuji Sasaki; Takashi Matsumoto; Kimiko Yamamoto; Katsumi Sakata; Tomoya Baba; Yuichi Katayose; Jianzhong Wu; Yoshihito Niimura; Zhukuan Cheng; Yoshiaki Nagamura; Baltazar A Antonio; Hiroyuki Kanamori; Satomi Hosokawa; Masatoshi Masukawa; Koji Arikawa; Yoshino Chiden; Mika Hayashi; Masako Okamoto; Tsuyu Ando; Hiroyoshi Aoki; Kohei Arita; Masao Hamada; Chizuko Harada; Saori Hijishita; Mikiko Honda; Yoko Ichikawa; Atsuko Idonuma; Masumi Iijima; Michiko Ikeda; Maiko Ikeno; Sachie Ito; Tomoko Ito; Yuichi Ito; Yukiyo Ito; Aki Iwabuchi; Kozue Kamiya; Wataru Karasawa; Satoshi Katagiri; Ari Kikuta; Noriko Kobayashi; Izumi Kono; Kayo Machita; Tomoko Maehara; Hiroshi Mizuno; Tatsumi Mizubayashi; Yoshiyuki Mukai; Hideki Nagasaki; Marina Nakashima; Yuko Nakama; Yumi Nakamichi; Mari Nakamura; Nobukazu Namiki; Manami Negishi; Isamu Ohta; Nozomi Ono; Shoko Saji; Kumiko Sakai; Michie Shibata; Takanori Shimokawa; Ayahiko Shomura; Jianyu Song; Yuka Takazaki; Kimihiro Terasawa; Kumiko Tsuji; Kazunori Waki; Harumi Yamagata; Hiroko Yamane; Shoji Yoshiki; Rie Yoshihara; Kazuko Yukawa; Huisun Zhong; Hisakazu Iwama; Toshinori Endo; Hidetaka Ito; Jang Ho Hahn; Ho-Il Kim; Moo-Young Eun; Masahiro Yano; Jiming Jiang; Takashi Gojobori
  Nature, 420, 6913, 312, 6, 2002年11月21日, ［査読有り］, ［国際誌］
  英語, 研究論文（学術雑誌）

• A transpositional regulation of a heat-activated retrotransposon in Arabidopsis
  Yui Hayashi; Yukari Masuda; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 91, 6, 359, 359, 2016年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Analysis of transcriptional regulation of heat-activated retrotransposon
  Kosuke Nozawa; Seiji Masuda; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 91, 6, 360, 360, 2016年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• 環境ストレス活性型トランスポゾンからストレス耐性遺伝子の誕生 (特集 トランスポゾンがもたらす進化)
  伊藤 秀臣, 生物科学, 67, 1, 10, 17, 2015年12月
  日本生物科学者協会 ; 1949-, 日本語
• The analysis of suppression mechanism in AtRE1, a copia-type retrotransposon found in Arabidopsis thaliana
  Jing Jin; Yumi Yamagishi; Hidetaka Ito; Atsushi Kato, GENES & GENETIC SYSTEMS, 90, 6, 392, 392, 2015年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Analysis of transcriptional regulation of heat-activated retrotransposon in ecotypes of Arabidopsis thaliana
  Kosuke Nozawa; Seiji Masuda; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 90, 6, 408, 408, 2015年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Research of a retrotransposon activated by heat stress in R. sativus
  Yuki Kawagishi; Yukari Masuta; Seiji Masuda; Wataru Matsunaga; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 89, 6, 317, 317, 2014年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Transcriptional activity and silencing of heat activated retrotransposon in Arabidopsis
  Wataru Matsunaga; Yukari Masuta; Namiki Mitani; Ma Jian Feng; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 89, 6, 316, 316, 2014年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの転写活性とサイレンシング
  松永航; 増田ゆかり; 三谷奈見季; 馬建鋒; 加藤敦之; 伊藤秀臣, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 86th, 2014年
• Search of mobile copies on heat activated retrotransposon
  Seiji Masuda; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 88, 6, 358, 358, 2013年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• Analysis of expression mechanism of AtRE1, a retrotransposon in Arabidopsis thaliana
  Yumi Yamagishi; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 88, 6, 357, 357, 2013年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• A retrotranspositional regulation of a heat-activated retrotransposon in Arabidopsis
  Wataru Matsunaga; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 87, 6, 430, 430, 2012年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの転移制御
  松永航; 増田ゆかり; 加藤敦之; 伊藤秀臣, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 84th, 119, 2012年08月31日
  日本語
• A regulation mechanism of heat-activated retrotransposon in Arabidopsis.
  Wataru Matsunaga; Atsushi Kato; Hidetaka Ito, GENES & GENETIC SYSTEMS, 86, 6, 422, 422, 2011年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの制御機構
  松永航; 加藤敦之; 伊藤秀臣, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 83rd, 99, 2011年08月31日
  日本語
• ストレスにより転移するトランスポゾンとゲノム進化
  伊藤秀臣, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 83rd, 65, 2011年08月31日
  日本語
• siRNA pathway control transgenerational transposition of heat-activated retrotransposon in Arabidopsis
  Hidetaka Ito; Etienne Bucher; Gaubert Herve; Marie Mirouze; Isabelle Vaillant; Jerzy Paszkowski, GENES & GENETIC SYSTEMS, 85, 6, 435, 435, 2010年12月
  英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
• siRNAによるシロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの世代間転移制御
  伊藤秀臣; BUCHER Etienne; GAUBERT Herve; MIROUZE Marie; VAILLANT Isabelle; PASZKOWSKI Jerzy, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 82nd, 109, 2010年09月07日
  日本語
• A direct repeat sequence associated with the centromeric retrotransposons in wheat (vol 47, pg 747, 2004)
  H Ito; S Nasuda; TR Endo, GENOME, 47, 5, 998, 998, 2004年10月, ［査読有り］
  英語, その他
• オオムギ特異的散在型反復配列の単離
  伊藤秀臣; 那須田周平; 遠藤隆, 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集, 71st, 88, 1999年09月24日
  日本語

• 生物の科学 遺伝
  角谷 徹仁; 伊藤 秀臣, トランスポゾン：ゲノム中を動く遺伝子─ゲノム進化の牽引者
  2017年07月, 9784860434861, 日本語, ［分担執筆］
• エピジェネティクスの生態学
  伊藤 秀臣, エピジェネティクスの生態学：環境に応答して遺伝子を調節するしくみ
  文一総合出版, 2017年02月, 9784829962077, 250, 日本語, 学術書, ［共著］
• Transgenerational Epigenetics
  伊藤 秀臣, Plant Models of Transgenerational Epigenetic Inheritance.
  Elsevier, 2014年06月, 9780124059443, 147-161, 英語, 学術書, ［分担執筆］
• 化学と生物
  伊藤 秀臣, 環境ストレスとゲノム進化
  2013年09月, 日本語, ［分担執筆］
• 生命分子を統合するRNA
  伊藤 秀臣, 小分子RNAと世代間シグナル
  羊土社, 2013年05月, ［分担執筆］

• 北海道胆振東部地震における北海道大学の対応と今後の課題
  伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月11日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  2025年09月10日 - 2025年09月12日, 神戸大学, 日本国, ［招待講演］, ［国内会議］
• The Peroxisomal Membrane Protein RHE1 is a Key Regulator of ROS-Dependent Hypocotyl Elongation in Arabidopsis
  Lin Yibin; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月11日, 日本遺伝学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年09月10日 - 2025年09月12日, 神戸大学, 日本国, ［国内会議］
• Decoding plant stress communication: Volatile Organic Compound-Induced HsfA2Expression and Stress Tolerance in plants
  Baibhav Raj Barbaruah; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月11日, 日本遺伝学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年09月10日 - 2025年09月12日, 神戸大学, 日本国, ［国内会議］
• Physiological and Molecular Responses to Drought in Four Japanese Capsicum annuum Varieties
  Rahmadani Primanindita AIRLANGGA; Yoko IKEDA; Takakazu MATSUURA; Diana Mihaela BUZAS; Hidetaka ITO
  日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月10日, 日本遺伝学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年09月10日 - 2025年09月12日, 神戸大学, 日本国, ［国内会議］
• Investigating the Impact of Transposon Insertion on Flowering Time Regulatory Genes
  Sari Saren; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第97回大会, 2025年09月10日, 日本遺伝学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年09月10日 - 2025年09月12日, 神戸大学, 日本国, ［国内会議］
• Investigation on Drought Stress Effect on Four Japanese Chili Pepper Varieties
  Rahmadani Primanindita AIRLANGGA; Hidetaka ITO
  日本育種学会 第147回講演会, 2025年03月21日, 日本育種学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年03月20日 - 2025年03月21日, 仙台, 日本国, ［国内会議］
• Decoding Plant Stress Communication: VOC-Induced HsfA2 Expression and Heat Stress Tolerance in Arabidopsis thaliana
  Baibhav Raj Barbaruah; Feng Shuo; Hidetaka Ito
  日本育種学会 第147回講演会, 2025年03月21日, 日本育種学会, 英語, 口頭発表（一般）
  2025年03月20日 - 2025年03月21日, 仙台, 日本国, ［国内会議］
• 環境ストレス下でのトランスポゾン活性化とその 育種応用の可能性
  伊藤 秀臣
  日本育種学会 第147回講演会, 2025年03月20日, 日本育種学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  2025年03月20日 - 2025年03月21日, 仙台, 日本国, 45565353, ［国内会議］
• Investigating the Impact of Transposon Insertion on Flowering Time Regulatory Genes
  サレン サリ; 伊藤 秀臣
  第47回日本分子生物学会年会, 2024年11月27日, 日本分子生物学会, ポスター発表
  2024年11月27日 - 2024年11月29日
• 北海道胆振東部地震とその後の停電における北大での対応と課題
  伊藤秀臣
  日本育種学会第146回講演会, 2024年09月19日, 日本育種学会, シンポジウム・ワークショップパネル（公募）
  2024年09月19日 - 2024年09月20日, 広島大学, 日本国, ［招待講演］, ［国内会議］
• 熱応答性トランスポゾンONSENの転移による胚軸異常伸長変異体の解析
  長谷川 立、 伊藤 秀臣
  第65回日本植物生理学会年会, 2024年03月18日, 日本植物生理学会, ポスター発表
  神戸国際会議場, ［国内会議］
• The transpositional activity of ONSEN transposons varies among different mutants in the RdDM-related pathways
  SUN XINGYU; Yui Hayshi; Hidetaka.Ito
  日本遺伝学会第95回大会, 2023年09月07日, 日本遺伝学会, 口頭発表（一般）
  熊本, ［国内会議］
• シロイヌナズナにおける熱活性型レトロトランスポゾンの制御機構の解明
  牛小蛍; 伊藤秀臣
  日本遺伝学会第95回大会, 2023年09月07日, 日本遺伝学会, 口頭発表（一般）
  ［招待講演］, ［国内会議］
• Exploration of the association between HSFA2 and ONSEN expression
  Zhiyu Ge; Xiaoying Niu; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第95回大会, 2023年09月07日, 日本遺伝学会, 口頭発表（一般）
  ［国内会議］
• DNA methylation mediates transcriptional regulation of heat-active retrotransposons by HDAC
  SUN XIN; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第95回大会, 2023年09月06日, 日本遺伝学会, 口頭発表（一般）
  ［国内会議］
• Novel mechanism of transposon repression by histone deacetylases.
  Ito, H; Niu, X; Ikeda, Y; Saze, H; Kanehira, R; Son, N
  The 33rd International Conference on Arabidopsis Research, 2023年06月07日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  2023年06月05日 - 2023年06月09日, 幕張メッセ, 日本国, ［招待講演］, ［国際会議］
• DDR複合体による熱活性型レトロトランスポゾンの制御機構
  牛小蛍; 陳露; 加藤敦之; 伊藤秀臣
  日本遺伝学会第94回大会, 2022年09月14日, 日本遺伝学会, 口頭発表（一般）
  北海道大学, 日本国, ［国内会議］
• 環境ストレス活性型トランスポゾンの研究
  伊藤 秀臣
  2021年度日本遺伝学会奨励賞受賞講演, 2021年09月10日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  2021年09月08日 - 2021年09月10日, オンライン, 日本国, ［招待講演］, ［国内会議］
• シロイヌナズナにおける熱活性型レトロトランスポゾンの新規転移制御因子の探索
  牛 小蛍; 竹平 佳菜子; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第93回大会, 2021年09月08日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  2021年09月08日 - 2021年09月10日, オンライン, 日本国, ［国内会議］
• Analysis of transcriptional regulation of heat-activated retrotransposons in Arabidopsis thaliana
  Xiaoying Niu; Lu Chen; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  IPSR_Web_Forum_2021, 2021年09月07日, The IPSR International Plant Web Forum Organizing Committee, 英語, ポスター発表
  2021年09月06日 - 2021年09月07日, 日本国, ［国際会議］
• 茎頂幹細胞におけるトランスポゾンの制御機構
  伊藤 秀臣
  日本植物学会第84回大会, 2020年09月19日, 日本植物学会, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（公募）
  オンライン, ［招待講演］, ［国内会議］
• 利己的な遺伝子トランスポゾンと宿主植物の生存戦略
  伊藤 秀臣
  北海道植物学会講演会, 2019年12月18日, 北海道植物学会, 日本語, 公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等
  2019年12月18日, 北海道大学, 日本国, ［招待講演］, ［国内会議］
• The effect of Zebularine for ONSEN activation in Adzuki upon heat stress
  Patwira Boonjing; Yukari Masuta; Hidetaka Ito
  PGRP 2019 Nara, 2019年03月18日, 英語, ポスター発表
  東大寺総合文化センター, ［国際会議］
• A novel regulation of transposon expression via DNA methylation
  Masataka Yamada; Kosuke Nozawa; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  第60回日本植物生理学会年会, 2019年03月13日, 日本植物生理学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  名古屋大学, ［国内会議］
• A novel regulation of transposon via DNA methylation
  Masahiro Fukuda; Kosuke Nozawa; Kato Atsushi; Hidetaka Ito
  第60回日本植物生理学会年会, 2019年03月13日, 日本植物生理学会, 日本語, ポスター発表
  名古屋大学, ［国内会議］
• シロイヌナズナにおけるONSENの転移の可能性
  Yuto Takai; Tetsu Iwase; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第90回大会, 2018年09月19日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  奈良先端科学技術大学院大学, ［国内会議］
• 熱活性型レトロトランスポゾンの Pol IV特異的な転移制御解析
  竹平 佳菜子; 林 優衣; 野沢 紘佑; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第90回大会, 2018年09月19日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  奈良先端科学技術大学院大学, ［国内会議］
• Functional characterization of ONSEN activated by heat stress in transgenic rice
  Patwira Boonjing; Yoshiki Habu; Hiroyuki Tsuji; Yukari Masuta; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  日本遺伝学会第90回大会, 2018年09月19日, 日本遺伝学会, 英語, 口頭発表（一般）
  奈良先端科学技術大学院大学, ［国内会議］
• 環境ストレス活性型レトロポゾンの適応進化と健康科学
  伊藤 秀臣
  第13回日本食品免疫学会学術大会, 2017年11月09日, 日本食品免疫学会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  東京大学伊藤国際学術研究センター, ［招待講演］, ［国内会議］
• 環境ストレス活性型レトロトランスポゾンと適応進化
  伊藤 秀臣
  京都大学未来創成学国際研究ユニット共催 学際研究会 「生体、人体、精神、宇宙 － つながりの深層を探る」, 2017年05月03日, 京都大学基礎物理学研究所, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  2017年05月02日 - 2017年05月03日, 京都大学 基礎物理学研究所 湯川記念館 パナソニック国際交流ホール, 日本国, ［招待講演］, ［国内会議］
• 植物における環境ストレス応答性レトロトランスポゾンと適応進化
  伊藤 秀臣
  日薬レトロポゾン研究会, 2017年03月25日, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  日本薬科大学お茶の水キャンパス, ［招待講演］, ［国内会議］
• Transposons create environmental stress tolerant plants.
  伊藤 秀臣
  第58回日本植物生理学会, 2017年03月16日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  鹿児島大学, ［招待講演］, ［国内会議］
• Adaptation and regulation of a stress activated transposon in plant
  伊藤 秀臣
  International Symposium on Environmental Stress Adaptation & Memory in Plants, 2017年02月27日, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  RIKEN Yokohama Campus, ［招待講演］, ［国際会議］
• 植物におけるトランスポゾンのエピジェネティックな制御機構
  伊藤 秀臣
  第1回内在性ウィルス様エレメント研究会, 2016年12月16日, ENDEAVR若手内在性ウィルス様エレメント研究会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  京都大学国際科学イノベーション棟, ［招待講演］, ［国内会議］
• Analysis of transcriptional regulation of a heat-activated retrotransposon in Arabidopsis
  Kosuke Nozawa; Atsushi Kato; Hidetaka Ito
  Cold Spring Harbor Asia conferences, 2016年11月18日, 英語, ポスター発表
  Awaji Yumebutai Conference Center, Japan, ［国際会議］
• アブラナ科植物における高温活性型トランスポゾンの解析とその応用
  伊藤 秀臣
  日本育種学会第130回講演会, 2016年09月24日, 日本育種学会, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  鳥取市, ［招待講演］, ［国内会議］
• 熱活性型レトロトランスポゾンの転写制御解析
  野沢 紘佑; 升田 誠二; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第88回大会, 2016年09月08日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  三島市, ［国内会議］
• シロイヌナズナ熱活性型トランスポゾンの転移制御
  林 優衣; 増田 ゆかり; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第88回大会, 2016年09月08日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  三島市, ［国内会議］
• 植物におけるストレス応答性トランスポゾンのエピジェネティック制御
  伊藤 秀臣
  日本分子生物学会, 2015年12月02日, 日本分子生物学会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  神戸ポートアイランド, ［国内会議］
• シロイヌナズナエコタイプを用いた 熱活性型レトロトランスポゾンの転写制御解析
  野沢 紘佑; 升田 誠二; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第87回大会, 2015年09月26日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  東北大学, ［国内会議］
• Epigenetic regulation of a heat-activated transposon in plant
  伊藤 秀臣
  第56回日本植物生理学会年会, 2015年03月16日, 日本植物生理学会, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  東京農業大学, ［招待講演］, ［国内会議］
• 転移因子と宿主の環境ストレス応答
  伊藤 秀臣
  遺伝学研究所研究集会, 2015年02月27日, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  国立遺伝学研究所, ［招待講演］, ［国内会議］
• Epigenetic regulation of a stress activated transposon in plant
  Hidetaka Ito; Jong-Myong Kim; Wataru Matsunaga; Akihiro Matsui; Tetsuro Toyoda; Takaho A. Endo; Junko Ishida; Taeko Morosawa; Motoaki Seki
  第5回NIBB-MPIPZ-TLL合同シンポジウム, 2014年11月24日, 英語, ポスター発表
  Max Planck Institute for Plant Breeding Research, MPIPZ, ［国際会議］
• ダイコン熱活性型レトロトランスポゾンの探索
  川岸 裕輝; 増田 ゆかり; 升田 誠二; 松永 航; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第86回大会, 2014年09月17日, 日本語, 口頭発表（一般）
  ［国内会議］
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの転写活性とサイレンシング
  松永 航; 増田ゆかり; 三谷奈見季; 馬建鋒; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第86回大会, 2014年09月17日, 日本語, 口頭発表（一般）
  ［国内会議］
• アブラナ科植物における熱活性型トランスポゾンの解析
  佐藤 澪; 升田 誠二; 増田 ゆかり; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第86回大会, 2014年09月17日, 日本語, 口頭発表（一般）
  ［国内会議］
• 環境ストレス応答におけるトランスポゾンの役割
  伊藤 秀臣
  日本実験動物科学技術2014, 2014年05月15日, 日本実験動物学会, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  札幌コンベンションセンター, ［招待講演］, ［国内会議］
• Environmental response and epigenetic regulation of transposable elements in plants.
  伊藤 秀臣
  第55回日本植物生理学会年会シンポジウム, 2014年03月19日, 日本植物生理学会, 英語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  富山大学, ［招待講演］, ［国内会議］
• 熱ストレス誘導型レトロトランスポゾンを用いたアブラナ科植物のゲノム改変
  伊藤 秀臣; 増田 ゆかり; 松永 航; 升田 誠二; 加藤 敦之
  第124回育種学会講演会, 2013年10月12日, 日本育種学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  鹿児島大学, ［国内会議］
• 植物siRNAとtransgenerational inheritance
  伊藤 秀臣
  遺伝学研究所研究集会, 2013年10月10日, 日本語, 口頭発表（招待・特別）
  国立遺伝学研究所, ［招待講演］, ［国内会議］
• 転移能をもつ熱活性型レトロトランス ポゾンの探索
  升田 誠二; 増田 ゆかり; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第85回大会, 2013年09月19日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  慶応大学日吉キャンパス, ［国内会議］
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトラン スポゾンの組織特異的な制御機構
  松永 航; 増田 ゆかり; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第85回大会, 2013年09月19日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  慶応大学日吉キャンパス, ［国内会議］
• シロイヌナズナのレトロトランスポゾンAtRE1の発現調節機構の解析
  山岸 祐実; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第85回大会, 2013年09月19日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  慶応大学日吉キャンパス, ［国内会議］
• A nature of a stress-activated transposon and the effect on the host genome
  Hidetaka Ito; Jong-Myong KIM; Wataru Matsunaga; Tetsuro Toyoda; Takaho A. Endo; Junko Ishida; Taeko Morosawa; Motoaki Seki
  ICAR2013, 2013年06月25日, 英語, ポスター発表
  シドニー, ［国際会議］
• A heat-induced activation and epigenetic regulation of a plant mobile element
  伊藤 秀臣
  CMCB2013, 2013年06月15日, 英語, 口頭発表（招待・特別）
  蘇州, ［国際会議］
• An siRNA pathway controls heat-activated retrotransposition in plants
  伊藤 秀臣
  植物電子顕微鏡若手ワークショップ2012, 2013年01月15日, 豊岡 公徳 (理研 植物センター) 佐藤 繭子 (理研 植物センター) 永田 典子 (日本女子大 バイオイメージングセンター), 日本語, ポスター発表
  理化学研究所 横浜研究所 交流棟ホール, ［国内会議］
• siRNAを介したトランスポゾンサイレンシングとゲノム進化
  伊藤 秀臣
  第３５回日本分子生物学会年会, 2012年12月14日, 日本分子生物学会, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  福岡国際会議場・マリンメッセ福岡, ［招待講演］, ［国内会議］
• 環境ストレスとゲノム進化～高温ストレス活性型トランスポゾンと宿主の攻防～
  伊藤 秀臣
  第44回種生物学シンポジウム, 2012年12月09日, 種生物学会, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  奥琵琶湖マキノパークホテル＆セミナーハウス, ［招待講演］, ［国内会議］
• A small RNA regulates a heat-activated transposon
  伊藤 秀臣
  Frontiers in Plant RNA Research 2012, 2012年10月17日, Hokkaido University Leader Development System in the Basic Interdisciplinary Research Area and RIKEN Biomass Engineering Program, 英語, 口頭発表（招待・特別）
  The Conference Hall, Hokkaido Univ., Sapporo Campus, ［招待講演］, ［国際会議］
• シロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの転移制御
  松永 航; 増田 ゆかり; 加藤 敦之; 伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第84回大会, 2012年09月26日, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  九州大学医学部 百年講堂・同窓会館, ［国内会議］
• Genomic impact of a stress-induced retrotransposon
  伊藤 秀臣
  63rd FUJIHARA SEMINAR 2012, 2012年08月02日, Norihiro OKADA (Tokyo Institute of Technology), 英語, 口頭発表（招待・特別）
  芝蘭会館, ［招待講演］, ［国際会議］
• The Effects of a Stress-activated Transposon on Arabidopsis Genome
  伊藤 秀臣
  The 8th Okazaki Biology Conference, 2012年03月22日, Aya Takahashi (National Institute of Genetics, Japan) Fumitoshi Ishino (Tokyo Medical and Dental University, Japan) Michael Purugganan (New York University, USA) Mitsuyasu Hasebe (National Institute for Basic Biology, Japan), 英語, 口頭発表（招待・特別）
  ［招待講演］, ［国際会議］
• A stress-induced activation and epigenetic regulation of a retrotransposon
  伊藤 秀臣
  第53回日本植物生理学会年会シンポジウム, 2012年03月05日, 日本植物生理学会, 英語, 口頭発表（招待・特別）
  京都産業大学, ［招待講演］, ［国内会議］
• Transgenerational effects and genomic impacts in environmental stress
  伊藤 秀臣
  3rd International Conference and Workshop, 2012年02月26日, 英語, 口頭発表（一般）
  ［国際会議］
• Transgenerational effect and epigenetic control in environmental regulation
  伊藤 秀臣
  第14回ソウル国立大学―北海道大学ジョイント・シンポジウム, 2011年11月, 英語, 口頭発表（一般）
  ［国際会議］
• ストレスにより転移するトランスポゾンとゲノム進化
  伊藤 秀臣
  日本遺伝学会第83回大会, 2011年09月, 日本遺伝学会, 日本語, シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
  京都大学農学部・農学研究科（吉田キャンパス北部構内）, ［国内会議］
• An siRNA pathway controls retrotransposition in plants subjected to stress
  伊藤 秀臣
  22nd International Conference on Arabidopsis Research, 2011年06月, 英語, ポスター発表
  ［国際会議］
• Stress-induced retrotransposition controlled by siRNA pathway in Arabidopsis
  第13回ソウル国立大学―北海道大学ジョイント・シンポジウム, 2010年11月
• siRNAによるシロイヌナズナ熱活性型レトロトランスポゾンの世代間転移制御
  伊藤秀臣
  日本遺伝学会第82回大会, 2010年09月, 日本遺伝学会, 日本語, 口頭発表（一般）
  北海道大学高等教育機能開発総合センターS棟および大講堂, ［国内会議］

• 環境応答システム科学特論, 2024年, 修士課程, 生命科学院
• 大学院共通授業科目（一般科目）：複合領域, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• 大学院共通授業科目（教育プログラム）：新渡戸カレッジオナーズプログラム大学院カリキュラム, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• 大学院共通授業科目（教育プログラム）：新渡戸カレッジオナーズプログラム大学院カリキュラム, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• 大学院共通授業科目（一般科目）：複合領域, 2024年, 修士課程, 大学院共通科目
• 生命システム科学基礎論, 2024年, 修士課程, 生命科学院
• 生物学Ⅰ, 2024年, 学士課程, 全学教育
• 細胞生物学概論, 2024年, 学士課程, 理学部
• 科学・技術の世界（1単位）, 2024年, 学士課程, 全学教育
• ISP生物科学実習Ⅱ・a, 2024年, 学士課程, 理学部
• ISP生物科学実習Ⅱ・b, 2024年, 学士課程, 理学部
• 形態機能学実習, 2024年, 学士課程, 理学部
• 形態機能学実習, 2024年, 学士課程, 理学部
• 形態機能学Ⅰ, 2024年, 学士課程, 理学部

• 現在
  日本植物生理学会
• 現在
  日本遺伝学会
• 現在
  日本育種学会

• 植物間コミュニケーションが導く環境適応進化の解明
  科学研究費助成事業
  2025年06月27日 - 2028年03月31日
  伊藤 秀臣
  日本学術振興会, 挑戦的研究(萌芽), 北海道大学, 25K22430
• プラズマ技術を用いたシロイヌナズナの発芽とストレス応答のエピジェネティクス制御
  科学研究費助成事業
  2025年04月01日 - 2027年03月31日
  伊藤 秀臣
  日本学術振興会, 学術変革領域研究(A), 北海道大学, 25H02203
• Epigenetic Regulation of Japanese Pepper Varieties under Drought Stress
  令和8年度国立大学法人筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター「形質転換植物デザイン研究拠点」共同利用・共同 研究課題
  2026年04月 - 2027年03月
  筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 研究代表者
• 植物種子超低温保存におけるエピジェネティック修飾動態解析
  2026年度基礎生物学研究所 共同利用研究 生物遺伝資源新規保存技術開発共同利用研究 【定時】
  2026年04月 - 2027年03月
  基礎生物学研究所, 基礎生物学研究所, 研究代表者
• カブ (Brassica rapa) における光『非』依存的なアントシアニン蓄積機構の解明
  科学研究費助成事業
  2023年04月01日 - 2026年03月31日
  高木 宏樹; 西内 巧; 殿崎 薫; 伊藤 秀臣
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 石川県立大学, 23K05170
• 植物種子超低温保存におけるエピジェネティック修飾動態解析
  2025年度基礎生物学研究所 共同利用研究
  2025年04月 - 2026年03月
  伊藤秀臣
  基礎生物学研究所, 生物遺伝資源新規保存技術開発共同利用研究 【定時】, 基礎生物学研究所, 研究代表者
• Epigenetic Regulation of Japanese Pepper Varieties under Drought Stress
  令和7年度国立大学法人筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター「形質転換植物デザイン研究拠点」共同利用・共同 研究課題
  2025年04月 - 2026年03月
  伊藤秀臣; Diana Mihaela Buzas; RAHMADANI P. AIRLANGGA
  筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 研究代表者
• 植物種子超低温保存におけるエピジェネティック修飾動態解析
  ２０２４年度基礎生物学研究所 共同利用研究
  2024年04月 - 2025年03月
  伊藤秀臣
  基礎生物学研究所, 生物遺伝資源新規保存技術開発共同利用研究 【定時】, 基礎生物学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• トランスポゾンを利用したダイコンの変異体ライブラリーの整備
  令和6年度 研究開発助成事業
  2024年04月 - 2025年03月
  伊藤秀臣; 高木宏樹
  公益財団法人G-7奨学財団, 研究代表者, 競争的資金
• Epigenetic Regulation of Japanese Pepper Varieties under Drought Stress
  令和6年度国立大学法人筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター「形質転換植物デザイン研究拠点」共同利用・共同 研究課題
  2024年04月 - 2025年03月
  伊藤秀臣; Diana Mihaela Buzas; RAHMADANI P. AIRLANGGA
  筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 研究代表者
• 新規トランスポゾン転移制御機構の解明
  科学研究費助成事業 基盤研究(C)
  2021年04月01日 - 2024年03月31日
  伊藤 秀臣
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 21K06008
• Epigenetic Regulation of Japanese Pepper Varieties under Drought Stress
  令和５年度国立大学法人筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター「形質転換植物デザイン研究拠点」共同利用・共同 研究課題
  2023年04月 - 2024年03月
  伊藤秀臣; Diana Mihaela Buzas; RAHMADANI P. AIRLANGGA
  筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 筑波大学つくば機能植物イノベーション 研究センター, 研究代表者
• 内在性トランスポゾンを利用したダイズのゲノム育種
  令和５年度 コンソーシアム形成型「ロバスト農林水産工学研究プログラム」
  2023年04月 - 2024年03月
  伊藤秀臣; 金澤章
  国立大学法人 北海道大学 ロバスト農林水産工学国際連携研究教育拠点 「知」の集積と活用の場 産学官連携協議会 ロバスト農林水産工学研究開発プラットフォーム, 研究代表者, 競争的資金
• トランスポゾンを利用したダイコンの変異体ライブラリーの整備
  令和５年度 研究開発助成事業
  2023年04月 - 2024年03月
  伊藤秀臣; 高木宏樹
  公益財団法人G-7奨学財団, 研究代表者, 競争的資金
• Discovery of novel regulators of " TRANSPOSONS ", the mobile genes that drive evolution.
  EXPLORATION FRANCE
  2023年06月 - 2023年06月
  伊藤 秀臣
  フランス大使館, 研究代表者, ［国際共著］
• ヒストン脱アセチル化酵素による新規トランスポゾン抑制機構の解明
  令和4年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2022年04月 - 2023年03月
  伊藤秀臣、池田陽子、牛小蛍
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 競争的資金, R406
• ヒストン脱アセチル化酵素による新規トランスポゾン抑制機構の解明
  令和3年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2021年04月 - 2022年03月
  伊藤 秀臣; 池田 陽子、牛小蛍
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, R305
• DNA脱メチル化依存的な新規トランスポゾン制御機構の解明
  科学研究費助成事業 基盤研究(C)
  2018年04月01日 - 2021年03月31日
  伊藤 秀臣
  シロイヌナズナにおいてCHG配列のメチル化を担うDNAメチル化転移酵素であるCMT3の変異体で高温活性型のトランスポゾン(TE)の発現が低下することを見いだした。この現象は今まで考えられてきたDNAのメチル化や抑制的ヒストン修飾によるTEの制御機構とは異なる制御機構の存在を示唆している。このTEの転写活性化は、CMT3に依存しており、CMT3の機能喪失変異によりCHHメチル化が増加するが、このメチル化はCMT2が仲介していることが明らかになった。さらに、CMT3がTE配列上のCMT2の結合を阻害してCHHのメチル化を抑制し、TEの転写を促進していることが明らかになった。
  日本学術振興会, 基盤研究(C), 北海道大学, 18K06050
• 植物における新規環境ストレス応答因子の解明
  2020年度国立遺伝学研究所共同研究（Ｂ）
  2020年04月 - 2021年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 新規トランスポゾン転移制御因子の特定と機能解析
  科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))
  2021年 - 2021年
  伊藤 秀臣
  日本学術振興会, 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)), 北海道大学, 21KK0263
• 乾燥及び温度ストレスに対する植物の時空間的応答と記憶の分子機構
  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)
  2015年06月29日 - 2020年03月31日
  篠崎 和子; 伊藤 秀臣
  平成２９年度は以下の４つの研究を進めた。
  1）サブクラスI SnRK2キナーゼの上流因子の探索：水分欠乏ストレスによって活性化するサブクラス I SnRK2キナーゼは、mRNAの脱キャップ複合体の構成因子をリン酸化することで、ストレス下において不要なmRNAの分解を促進する。このSnRK2キナーゼの上流因子の候補として、数種のタンパク質キナーゼが同定された。
  2）転写因子DREB2Aの活性化機構の解明：乾燥及び高温ストレスによる遺伝子発現を活性化する転写因子DREB2Aは、通常条件下では速やかに分解される。DREB2Aの中央部の短いアミノ酸配列（NRD）を除くと、安定な活性型（DREB2A CA）に変換される。このNRDはタンパク質の分解系であるBPM-CUL3 E3リガーゼが認識して結合する配列であり、その結合によりDREB2Aの分解機構が働くことを明らかにした。
  3）低温誘導性遺伝子発現制御機構の解明：季節変化などに起こる緩やかな温度低下と異常気象時や夜間に起こる急激な温度低下を、植物は別々の機構で感知して耐性機構を制御していることを明らかにした。急激な温度低下時にはCAMTAが転写因子として機能しており、緩やかな温度低下では時計関連因子が働いて低温応答のマスタースイッチであるDREB1遺伝子の発現を誘導していることを示した。
  4）高温ストレス活性型レトロトランスポゾンONSENの転写制御：シロイヌナズナのエコタイプKyotoではONSENの発現量が高い。KyotoではCol-0と比較し、エピジェネティックに抑制されている因子の発現が上昇していた。また、クロマチン構造解析の結果、熱ストレスによってセントロメアヘテロクロマチンの脱凝縮が観察された。ヒストン修飾解析の結果、Kyotoでは、ヒストン修飾がゲノム全体でみられ、トランスポゾン配列では特に顕著であった。
  日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 東京大学, 15H05960
• 環境ストレス活性型トランスポゾンを用いたストレス耐性植物の作出
  「形質転換植物デザイン研究拠点」平成30年度 共同利用・共同研究
  2019年04月 - 2020年03月
  伊藤 秀臣; 三浦 謙治; 野沢 紘佑
  筑波大学遺伝子実験センター, 筑波大学遺伝子実験センター, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型転移因子を制御するクロマチン構造の解析
  令和元年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2019年04月 - 2020年03月
  伊藤 秀臣、池田 陽子
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 3109
• 高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
  2019年度国立遺伝学研究所共同研究（A）
  2019年04月 - 2020年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 稲垣 宗一; 野沢 紘佑
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 高温活性型トランスポゾンを用いた乾燥耐性植物の作出
  鳥取大学乾燥地研究センター共同利用研究
  2018年04月 - 2020年03月
  伊藤 秀臣、辻本 壽
  鳥取大学乾燥地研究センター, 鳥取大学乾燥地研究センター, 研究代表者
• 総長奨励による若手教員海外派遣支援事業
  総長奨励による若手教員海外派遣支援事業
  2018年04月 - 2020年03月
  伊藤 秀臣
  北海道大学, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型転移因子を制御するクロマチン構造の解析
  平成30年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2018年04月 - 2019年03月
  伊藤 秀臣、池田 陽子
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 3010
• 高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
  2018年度国立遺伝学研究所共同研究（Ｂ）
  2018年04月 - 2019年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 稲垣 宗一; 野沢 紘佑
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型トランスポゾンを用いたストレス耐性植物の作出
  「形質転換植物デザイン研究拠点」平成29年度 共同利用・共同研究
  2017年04月 - 2018年03月
  伊藤 秀臣; 三浦 謙治; 野沢 紘佑
  筑波大学遺伝子実験センター, 筑波大学遺伝子実験センター, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型転移因子を制御するクロマチン構造の解析
  平成29年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2017年04月 - 2018年03月
  伊藤 秀臣,池田 陽子
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 2908
• 高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
  2017年度国立遺伝学研究所共同研究（Ａ）
  2017年04月 - 2018年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 稲垣 宗一
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 高温活性型転移因子を利用したゲノム育種
  研究助成金
  2017年04月 - 2018年03月
  伊藤 秀臣
  公益財団法人 寿原記念財団, 研究代表者, 競争的資金
• 高温活性型トランスポゾンを用いた乾燥耐性植物の作出
  鳥取大学乾燥地研究センター共同利用研究
  2016年04月 - 2018年03月
  伊藤 秀臣; 岡本 昌憲; 辻本 壽
  鳥取大学乾燥地研究センター, 鳥取大学乾燥地研究センター, 研究代表者
• 環境ストレス活性型トランスポゾンを用いたストレス耐性植物の作出
  「形質転換植物デザイン研究拠点」平成28年度 共同利用・共同研究
  2016年04月 - 2017年03月
  伊藤 秀臣; 三浦 謙治; 野沢 紘佑
  筑波大学遺伝子実験センター, 筑波大学遺伝子実験センター, 研究代表者, 競争的資金
• 熱活性型トランスポゾンの転移とその制御機構の解明
  2016年度国立遺伝学研究所共同研究（A1）
  2016年04月 - 2017年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 稲垣 宗一; 伊藤 佑
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型トランスポゾンを用いたストレス耐性植物の作出
  「形質転換植物デザイン研究拠点」平成27年度 共同利用・共同研究
  2015年04月 - 2016年03月
  伊藤 秀臣; 三浦 謙治; 野沢 紘佑
  筑波大学遺伝子実験センター, 筑波大学遺伝子実験センター, 研究代表者, 競争的資金
• メリステム特異的なストレス活性型トランスポゾン制御機構の解明
  平成27年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2015年04月 - 2016年03月
  伊藤 秀臣、馬 建鋒
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 2713
• 熱活性型トランスポゾンの転移とその制御機構の解明
  2015年度国立遺伝学研究所共同研究（A1）
  2015年04月 - 2016年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 樽谷 芳明
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型転移因子の育種への応用
  talent補助金
  2015年04月 - 2016年03月
  伊藤 秀臣
  ノーステック財団, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレス活性型転移因子による植物のゲノム変化と環境適応
  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)
  2013年04月01日 - 2015年03月31日
  伊藤 秀臣
  １、トランスポゾンの転写を制御する機構の解明
  高温ストレスで活性化するトランスポゾン(ONSEN)において、その転写活性を制御する因子の同定を行うためにONSENのプロモーター領域にGFP遺伝子マーカーを融合させた形質転換体を作成し、変異原(EMS)処理を行い、ONSENが常温で活性化するような変異体の探索を行った。現在までに独立した系で複数の候補個体を得ている。候補個体を自殖させた個体でGFP遺伝子の活性化の再現性を確認できた。今後、原因遺伝子を同定し、ONSENの転写制御を担っている因子の明らかにする。
  ２、トランスポゾンの転移を制御する機構の解明
  種子及び植物の細胞を脱分化させたカルスを誘導し、未分化細胞でのONSENの転移を解析した。その結果、カルスから再分化させた植物体でONSENの転移が確認された。興味深いことにカルス誘導を介したONSENの転移はRNA干渉を担う遺伝子の変異体のみならず、野生型でも起こることがわかった。このことから，分化細胞と脱分化細胞ではトランスポゾンの制御機構に違いがあることが示唆された。次世代シーケンサーを用いて、転移先を同定した結果、多くが遺伝子内部に挿入していることが分かった。カルス由来の挿入領域の遺伝子発現を解析するため野生型転移集団を用いてマイクロアレイ解析により遺伝子発現解析を行った。その結果、ONSENの挿入による遺伝子発現の変化は少数でそのほとんどが発現の低下であったが、一つの遺伝子で発現の上昇が見られた。
  日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 北海道大学, 25119701
• 環境ストレス活性型トランスポゾンを用いたストレス耐性植物の作出
  平成26年度「形質転換植物デザイン研究拠点」共同利用・共同研究
  2014年04月 - 2015年03月
  伊藤 秀臣; 三浦 謙治; 佐藤 澪
  筑波大学遺伝子実験センター, 筑波大学遺伝子実験センター, 研究代表者
• メリステム特異的なストレス活性型トランスポゾン制御機構の解明
  平成26年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2014年04月 - 2015年03月
  伊藤 秀臣,馬 建鋒
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 2612
• 熱活性型トランスポゾンの転移とその制御機構の解明
  2014年度国立遺伝学研究所共同研究（A）
  2014年04月 - 2015年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 樽谷 芳明
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境変動にともなう転移因子と宿主のゲノム応答
  戦略的創造研究推進事業・さきがけ
  2011年10月 - 2015年03月
  伊藤 秀臣
  科学技術振興機構, 研究代表者, 競争的資金
• メリステム特異的なストレス活性型トランスポゾン制御機構の解明
  平成25年度 岡山大学資源植物科学研究所 共同研究
  2013年04月 - 2014年03月
  伊藤 秀臣; 馬 建鋒
  岡山大学資源植物科学研究所, 岡山大学資源植物科学研究所, 研究代表者, 2510
• 環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲノムの安定性
  2013年度国立遺伝学研究所共同研究（B）
  2013年04月 - 2014年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 樽谷 芳明
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境変動に伴う植物のゲノム変化とストレス応答
  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)
  2011年04月01日 - 2013年03月31日
  伊藤 秀臣
  地球の温暖化など地球環境の破壊が問題となっている昨今、環境ストレスと生物の関係はどうなっているのか？そのような課題から環境の変化がもたらす影響について研究を行った。その結果、環境の変化が植物の進化に積極的な影響力を持つことをはじめて実証した。環境ストレスである高温ストレスを植物に与えると転移因子（トランスポゾン）が活性化し、その子孫でトランスポゾンの挿入によるゲノム構造の変化が起ることを見つけた。このことはゲノム構造の変化によって引き起こされる様々な変異の中から環境ストレスに対する耐性を獲得した植物が誕生する可能性を示唆している。本研究は環境ストレスが植物に与える影響について「ゲノム構造の変化と環境適応」という側面からアプローチし、ストレス条件下で活性化するトランスポゾンとそれを制御する宿主側の遺伝子の解析を行うことにより大地・大気環境の変動に対処するために植物がもつ巧妙な生存戦略について理解し、最終的には実際にストレスにより活性化するトランスポゾンを用い植物のゲノム構造を変化させ環境適応能力を獲得した個体を作り上げることを目的とした。研究成果として、熱ストレスによりトランスポゾンの転移が引き起こされた集団からABAストレス耐性個体を同定し、その原因となる挿入先を次世代シークエンサーを用いたゲノム解析により明らかにした。マイクロアレイの解析結果から、ABAストレスで活性化するいくつかのトランスポゾンを同定した。トランスポゾン挿入領域のエピジェネティックな修飾の変化を解析するため、ヒストンH3K9やH3K4の抗体を用いた免疫沈降実験を行った。
  日本学術振興会, 新学術領域研究(研究領域提案型), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 23119501
• 環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲノムの安定性
  2012年度国立遺伝学研究所共同研究（B）
  2012年04月 - 2013年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 河邉 昭
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者
• 環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲノムの安定性
  2011年度国立遺伝学研究所共同研究（B）
  2011年04月 - 2012年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁; 河邊 昭
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレスにより活性化される転移因子の制御機構の解明
  研究助成（奨励）
  2011年04月 - 2012年03月
  伊藤 秀臣
  秋山記念生命科学振興財団, 研究代表者, 競争的資金
• 環境ストレスが誘導する植物のゲノム変化
  科学研究費助成事業 若手研究(B)
  2011年 - 2012年
  伊藤 秀臣
  熱活性型トランスポゾンを利用することで環境ストレスが植物ゲノムに与える影響を検証した。熱活性型トランスポゾンの温度感受性を詳細に調べ、閾値があることを明らかにした。このトランスポゾンはアブラナ科植物に保存されており,熱活性も保存された種があることを明らかにした。
  日本学術振興会, 若手研究(B), 北海道大学, 研究代表者, 競争的資金, 23770034
• An siRNA pathway controls retrotransposition in plants subjected to stress
  平成23年度加藤記念国際交流助成金
  2011年06月
  加藤記念バイオサイエンス研究振興財団, 研究代表者, 競争的資金, ［国際共著］
• 環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲ ノム構造の解析
  2010年度国立遺伝学研究所共同研究（Ａ）
  2010年04月 - 2011年03月
  伊藤 秀臣; 角谷 徹仁
  国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 研究代表者

• 植物においてレトロトランスポゾンを活性化させるための剤またはその方法
  特許権, 伊藤 秀臣; バルバルア バイバフ ラジ
  特願2025-139232
  国内, 国内
• 植物のストレス耐性を誘導するための剤又はその方法
  特許権, 伊藤 秀臣; バルバルア バイバフ ラジ
  特願2025-139234
  国内, 国内